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Anthony Scemama
parent
688fe8a722
commit
3e97da35f5
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@ -1,26 +0,0 @@
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#!/usr/bin/env python
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import sys,os,time
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from resultsFile import *
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||||
# Check command line
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if len(sys.argv) != 2:
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||||
print "usage: "+sys.argv[0]+" file.out"
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sys.exit(2)
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firstArg = sys.argv[1]
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file = open("eplf_grid.data","w")
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print >>file, "&eplf_grid"
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print >>file, " Npoints=80,80,80"
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print >>file, "/"
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file.close()
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file = getFile(firstArg)
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||||
print firstArg, 'recognized as', str(file).split('.')[-1].split()[0]
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from qcio import qcio
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||||
write_qcioFile(file,"QCIO_File")
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@ -0,0 +1,180 @@
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#!/usr/bin/env python
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||||
import sys,os,time
|
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||||
wd = os.path.dirname(__file__)
|
||||
sys.path += [ wd+"../EZFIO/Python" ]
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||||
sys.path += [ "/home/scemama/resultsFile" ]
|
||||
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||||
from resultsFile import *
|
||||
|
||||
# Check command line
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||||
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||||
if len(sys.argv) == 2:
|
||||
State=0
|
||||
elif len(sys.argv) == 3:
|
||||
State=int(sys.argv[2])
|
||||
else:
|
||||
print "usage: "+sys.argv[0]+" file.out"
|
||||
sys.exit(2)
|
||||
|
||||
firstArg = sys.argv[1]
|
||||
|
||||
file = getFile(firstArg)
|
||||
print firstArg, 'recognized as', str(file).split('.')[-1].split()[0]
|
||||
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||||
from ezfio import ezfio
|
||||
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||||
def write_ezfioFile(res,filename):
|
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ezfio.set_file(filename)
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# Electrons
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ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(res.num_alpha)
|
||||
ezfio.set_electrons_elec_beta_num(res.num_beta)
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||||
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||||
# Nuclei
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_num(len(res.geometry))
|
||||
charge = []
|
||||
coord = []
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coord_x = []
|
||||
coord_y = []
|
||||
coord_z = []
|
||||
for a in res.geometry:
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||||
charge.append(a.charge)
|
||||
if res.units == 'BOHR':
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||||
coord_x.append(a.coord[0])
|
||||
coord_y.append(a.coord[1])
|
||||
coord_z.append(a.coord[2])
|
||||
else:
|
||||
coord_x.append(a.coord[0]/a0)
|
||||
coord_y.append(a.coord[1]/a0)
|
||||
coord_z.append(a.coord[2]/a0)
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_coord(coord_x+coord_y+coord_z)
|
||||
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||||
# AO Basis
|
||||
import string
|
||||
is_cartesian = True
|
||||
at = []
|
||||
num_prim = []
|
||||
magnetic_number = []
|
||||
angular_number = []
|
||||
power_x = []
|
||||
power_y = []
|
||||
power_z = []
|
||||
coefficient = []
|
||||
exponent = []
|
||||
for b in res.basis:
|
||||
if '+' in b.sym or '-' in b.sym:
|
||||
is_cartesian = False
|
||||
names = ["s","p","d","f","g","h","i","j"]
|
||||
for b in res.basis:
|
||||
c = b.center
|
||||
for i,atom in enumerate(res.geometry):
|
||||
if atom.coord == c:
|
||||
at.append(i+1)
|
||||
num_prim.append(len(b.prim))
|
||||
if is_cartesian:
|
||||
s = b.sym
|
||||
power_x.append( string.count(s,"x") )
|
||||
power_y.append( string.count(s,"y") )
|
||||
power_z.append( string.count(s,"z") )
|
||||
else:
|
||||
magnetic_number.append(names.index(b.sym[0]))
|
||||
angular_number.append(int(b.sym[1:]))
|
||||
coefficient.append( b.coef )
|
||||
exponent.append( [ p.expo for p in b.prim ] )
|
||||
if not is_cartesian:
|
||||
print 'Only cartesian basis functions work...'
|
||||
sys.exit(0)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_num(len(res.basis))
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(at)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(num_prim)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_power(power_x+power_y+power_z)
|
||||
prim_num_max = ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num_max()
|
||||
len_res_basis = len(res.basis)
|
||||
for i in range(len(res.basis)):
|
||||
coefficient[i] += [ 0. for j in range(len(coefficient[i]),prim_num_max) ]
|
||||
exponent[i] += [ 0. for j in range(len(exponent[i]),prim_num_max) ]
|
||||
coefficient = reduce(lambda x, y: x+y, coefficient, [])
|
||||
exponent = reduce(lambda x, y: x+y, exponent, [])
|
||||
coef = []
|
||||
expo = []
|
||||
for i in range(prim_num_max):
|
||||
for j in range(i,len(coefficient),prim_num_max):
|
||||
coef.append ( coefficient[j] )
|
||||
expo.append ( exponent[j] )
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_coef(coef)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_expo(expo)
|
||||
|
||||
# MOs
|
||||
NumOrbSym = [ s[1] for s in res.symmetries ]
|
||||
mo_tot_num = sum(NumOrbSym)
|
||||
ezfio.set_mo_basis_mo_tot_num(mo_tot_num)
|
||||
if res.occ_num is not None:
|
||||
ezfio.set_mo_basis_mo_occ(res.occ_num)
|
||||
|
||||
MoTag = res.mo_types[-1]
|
||||
mo = res.mo_sets[MoTag]
|
||||
if len(mo) < mo_tot_num:
|
||||
newmo = orbital()
|
||||
newmo.eigenvalue = 0.
|
||||
newmo.vector = [0. for i in range(mo_tot_num)]
|
||||
while len(mo) < mo_tot_num:
|
||||
mo.append(newmo)
|
||||
Energies = [ m.eigenvalue for m in mo ]
|
||||
ezfio.set_mo_basis_mo_energy(Energies)
|
||||
|
||||
if res.occ_num is not None:
|
||||
OccNum = res.occ_num[MoTag]
|
||||
while len(OccNum) < mo_tot_num:
|
||||
OccNum.append(0.)
|
||||
ezfio.set_mo_basis_mo_occ(OccNum)
|
||||
|
||||
cls = [ "v" for i in mo ]
|
||||
for i in res.closed_mos:
|
||||
cls[i] = 'c'
|
||||
for i in res.active_mos:
|
||||
cls[i] = 'a'
|
||||
ezfio.set_mo_basis_mo_classif(cls)
|
||||
|
||||
MoMatrix = []
|
||||
for m in mo:
|
||||
for coef in m.vector:
|
||||
MoMatrix.append(coef)
|
||||
while len(MoMatrix) < len(mo[0].vector)**2:
|
||||
MoMatrix.append(0.)
|
||||
ezfio.set_mo_basis_mo_coef(MoMatrix)
|
||||
|
||||
# Determinants
|
||||
closed_mos = res.closed_mos
|
||||
nactive = ezfio.get_mo_basis_mo_active_num()
|
||||
dets_a = []
|
||||
dets_b = []
|
||||
for d in res.determinants:
|
||||
dnew_a = []
|
||||
dnew_b = []
|
||||
for x in d['alpha']:
|
||||
if x not in closed_mos:
|
||||
dnew_a.append(x+1)
|
||||
for x in d['beta']:
|
||||
if x not in closed_mos:
|
||||
dnew_b.append(x+1)
|
||||
for x in range(nactive-len(dnew_b)):
|
||||
dnew_b.append(0)
|
||||
dets_a.append( dnew_a )
|
||||
dets_b.append( dnew_b )
|
||||
|
||||
coef = reduce(lambda x, y: x+y,res.det_coefficients,[])
|
||||
|
||||
if len(dets_a[0]) > 0:
|
||||
ezfio.set_determinants_det_num(len(dets_a))
|
||||
ezfio.set_determinants_det_coef(coef)
|
||||
ezfio.set_determinants_det_occ(dets_a+dets_b)
|
||||
else:
|
||||
ezfio.set_determinants_det_num(1)
|
||||
ezfio.set_determinants_det_coef([1.])
|
||||
ezfio.set_determinants_det_occ(dets_a+dets_b)
|
||||
|
||||
|
||||
write_ezfioFile(file,firstArg+".ezfio")
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,40 @@
|
|||
electrons
|
||||
elec_alpha_num integer
|
||||
elec_beta_num integer
|
||||
elec_num integer = electrons_elec_alpha_num + electrons_elec_beta_num
|
||||
|
||||
nuclei
|
||||
nucl_num integer
|
||||
nucl_charge real (nuclei_nucl_num)
|
||||
nucl_coord real (nuclei_nucl_num,3)
|
||||
|
||||
determinants
|
||||
det_num integer
|
||||
det_occ integer (mo_basis_mo_active_num,determinants_det_num,2)
|
||||
det_coef real (determinants_det_num)
|
||||
|
||||
ao_basis
|
||||
ao_num integer
|
||||
ao_prim_num integer (ao_basis_ao_num)
|
||||
ao_nucl integer (ao_basis_ao_num)
|
||||
ao_power integer (ao_basis_ao_num,3)
|
||||
ao_prim_num_max integer = maxval(ao_basis_ao_prim_num)
|
||||
ao_coef real (ao_basis_ao_num,ao_basis_ao_prim_num_max)
|
||||
ao_expo real (ao_basis_ao_num,ao_basis_ao_prim_num_max)
|
||||
|
||||
mo_basis
|
||||
mo_tot_num integer
|
||||
mo_coef real (ao_basis_ao_num,mo_basis_mo_tot_num)
|
||||
mo_classif character (mo_basis_mo_tot_num)
|
||||
mo_closed_num integer =n_count_ch(mo_basis_mo_classif,size(mo_basis_mo_classif),'c')
|
||||
mo_active_num integer =n_count_ch(mo_basis_mo_classif,size(mo_basis_mo_classif),'a')
|
||||
mo_virtual_num integer =n_count_ch(mo_basis_mo_classif,size(mo_basis_mo_classif),'v')
|
||||
mo_energy real (mo_basis_mo_tot_num)
|
||||
mo_occ real (mo_basis_mo_tot_num)
|
||||
|
||||
grid
|
||||
point_num integer (3)
|
||||
step_size real (3)
|
||||
origin real (3)
|
||||
opposite real (3)
|
||||
|
||||
|
|
@ -15,7 +15,7 @@ FCFLAGS= -O3
|
|||
|
||||
SRC=
|
||||
OBJ=
|
||||
LIB=-lqcio
|
||||
LIB=../EZFIO/lib/libezfio.a
|
||||
|
||||
include irpf90.make
|
||||
|
||||
|
|
|
|||
93
src/ao.irp.f
93
src/ao.irp.f
|
|
@ -5,11 +5,11 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_num ]
|
|||
! Number of atomic orbitals
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_basis_num_contr(ao_num)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
assert (ao_num > 0)
|
||||
ao_num = -1
|
||||
call get_ao_basis_ao_num(ao_num)
|
||||
if (ao_num <= 0) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Number of contracted gaussians should be > 0')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
|
@ -20,10 +20,16 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_prim_num, (ao_num) ]
|
|||
! Number of primitives per atomic orbital
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_basis_num_prim(ao_prim_num)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
ao_prim_num = -1
|
||||
call get_ao_basis_ao_prim_num(ao_prim_num)
|
||||
integer :: i
|
||||
character*(80) :: message
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
if (ao_prim_num(i) <= 0) then
|
||||
write(message,'(A,I6,A)') 'Number of primitives of contraction ',i,' should be > 0'
|
||||
call abrt(irp_here,message)
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
|
@ -34,10 +40,19 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_nucl, (ao_num) ]
|
|||
! Nucleus on which the atomic orbital is centered
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_basis_atom(ao_nucl)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
ao_nucl = -1
|
||||
call get_ao_basis_ao_nucl(ao_nucl)
|
||||
|
||||
character*(80) :: message
|
||||
character*(30) :: range
|
||||
write(range,'(A,I5,A)') '(1,',nucl_num,')'
|
||||
integer :: i
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
if ( (ao_nucl(i) <= 0) .or. (ao_nucl(i) > nucl_num) ) then
|
||||
write(message,'(A,I6,A)') 'Contraction ',i,' should be centered on a nucleus in the range'//trim(range)
|
||||
call abrt(irp_here,message)
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
|
@ -47,17 +62,17 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_power, (ao_num,3) ]
|
|||
BEGIN_DOC
|
||||
! x,y,z powers of the atomic orbital
|
||||
END_DOC
|
||||
integer :: buffer(3,ao_num)
|
||||
ao_power = 0
|
||||
call get_ao_basis_ao_power(ao_power)
|
||||
|
||||
character*(80) :: message
|
||||
integer :: i,j
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_basis_power(buffer)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
|
||||
do i=1,3
|
||||
do j=1,ao_num
|
||||
ao_power(j,i) = buffer(i,j)
|
||||
if (ao_power(j,i) < 0) then
|
||||
write(message,'(A,I1,A,I6,A)') 'Power ',i,' of contraction ',j,' should be > 0'
|
||||
call abrt(irp_here,message)
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
|
@ -103,38 +118,42 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_prim_num_max ]
|
|||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, ao_expo, (ao_prim_num_max,ao_num) ]
|
||||
&BEGIN_PROVIDER [ real, ao_coef, (ao_prim_num_max,ao_num) ]
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, ao_expo, (ao_num,ao_prim_num_max) ]
|
||||
&BEGIN_PROVIDER [ real, ao_coef, (ao_num,ao_prim_num_max) ]
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Exponents and coefficients of the atomic orbitals
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
double precision :: buffer(ao_prim_num_max,ao_num)
|
||||
integer :: i,j
|
||||
ao_expo = 0.
|
||||
call get_ao_basis_ao_expo(ao_expo)
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_basis_exponent(buffer)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
integer :: i,j
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
do j=1,ao_prim_num(i)
|
||||
ao_expo(j,i) = buffer(j,i)
|
||||
if (ao_expo(i,j) <= 0.) then
|
||||
character*(80) :: message
|
||||
write(message,'(A,I6,A,I6,A)') 'Exponent ',j,' of contracted gaussian ',i,' is < 0'
|
||||
call abrt(irp_here,message)
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_basis_coefficient(buffer)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
ao_coef = 0.
|
||||
call get_ao_basis_ao_coef(ao_coef)
|
||||
|
||||
! Normalization of the AO coefficients
|
||||
! ------------------------------------
|
||||
double precision :: norm, norm2
|
||||
double precision :: goverlap
|
||||
integer :: pow(3), l
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
do j=1,ao_prim_num(i)
|
||||
norm = goverlap(ao_expo(j,i),ao_expo(j,i),ao_power(i,:))
|
||||
norm = sqrt(norm)
|
||||
ao_coef(j,i) = buffer(j,i)/norm
|
||||
pow(1) = ao_power(i,1)
|
||||
pow(2) = ao_power(i,2)
|
||||
pow(3) = ao_power(i,3)
|
||||
norm = goverlap(ao_expo(i,j),ao_expo(i,j),pow)
|
||||
ao_coef(i,j) = ao_coef(i,j)/sqrt(norm)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
|||
BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_p, (ao_prim_num_max,ao_num) ]
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_p, (ao_num,ao_prim_num_max) ]
|
||||
implicit none
|
||||
include 'types.F'
|
||||
|
||||
|
|
@ -9,22 +9,24 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_p, (ao_prim_num_max,ao_num) ]
|
|||
real:: r2, rtemp
|
||||
|
||||
! Compute alpha*r or alpha*r^2
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
r2 = point_nucl_dist_2(ao_nucl(i))
|
||||
do k=1,ao_prim_num(i)
|
||||
ao_oneD_prim_p(k,i) = r2
|
||||
do k=1,ao_prim_num_max
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_prim_p(i,k) = point_nucl_dist_2(ao_nucl(i))
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
! Compute exp(-alpha*r) or exp(-alpha*r^2)
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
do k=1,ao_prim_num(i)
|
||||
ao_oneD_prim_p(k,i) = exp(-ao_oneD_prim_p(k,i)*ao_expo(k,i))
|
||||
do k=1,ao_prim_num_max
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_prim_p(i,k) = exp(-ao_oneD_prim_p(i,k)*ao_expo(i,k))
|
||||
enddo
|
||||
! Cut below 1.d-12
|
||||
do k=1,ao_prim_num(i)
|
||||
if ( abs(ao_oneD_prim_p(k,i)) < 1.e-12 ) then
|
||||
ao_oneD_prim_p(k,i) = 0.
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
! Cut below 1.d-12
|
||||
do k=1,ao_prim_num_max
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
if ( abs(ao_oneD_prim_p(i,k)) < 1.e-12 ) then
|
||||
ao_oneD_prim_p(i,k) = 0.
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
|
@ -43,15 +45,17 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_p, (ao_num) ]
|
|||
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_p(i) = 0.
|
||||
do k=1,ao_prim_num(i)
|
||||
ao_oneD_p(i) = ao_oneD_p(i) + ao_coef(k,i)*ao_oneD_prim_p(k,i)
|
||||
enddo
|
||||
do k=1,ao_prim_num_max
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_p(i) = ao_oneD_p(i) + ao_coef(i,k)*ao_oneD_prim_p(i,k)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_grad_p, (ao_prim_num_max,ao_num,3) ]
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_grad_p, (ao_num,ao_prim_num_max,3) ]
|
||||
implicit none
|
||||
include 'types.F'
|
||||
|
||||
|
|
@ -61,10 +65,10 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_grad_p, (ao_prim_num_max,ao_num,3) ]
|
|||
integer :: i, k, l
|
||||
real:: factor
|
||||
do l=1,3
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
factor = -2.*point_nucl_dist_vec(ao_nucl(i),l)
|
||||
do k=1,ao_prim_num(i)
|
||||
ao_oneD_prim_grad_p(k,i,l) = factor*ao_expo(k,i)*ao_oneD_prim_p(k,i)
|
||||
do k=1,ao_prim_num_max
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
factor = -2.*point_nucl_dist_vec(ao_nucl(i),l)
|
||||
ao_oneD_prim_grad_p(i,k,l) = factor*ao_expo(i,k)*ao_oneD_prim_p(i,k)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
|
@ -82,15 +86,17 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_grad_p, (ao_num,3) ]
|
|||
do l=1,3
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_grad_p(i,l) = 0.
|
||||
do k=1,ao_prim_num(i)
|
||||
ao_oneD_grad_p(i,l) = ao_oneD_grad_p(i,l) + ao_coef(k,i)*ao_oneD_prim_grad_p(k,i,l)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
do k=1,ao_prim_num_max
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_grad_p(i,l) = ao_oneD_grad_p(i,l) + ao_coef(i,k)*ao_oneD_prim_grad_p(i,k,l)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_lapl_p, (ao_prim_num_max,ao_num) ]
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_lapl_p, (ao_num,ao_prim_num_max) ]
|
||||
implicit none
|
||||
include 'types.F'
|
||||
|
||||
|
|
@ -98,10 +104,10 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_prim_lapl_p, (ao_prim_num_max,ao_num) ]
|
|||
! Laplacian of the one-dimensional component of the primitive AOs
|
||||
END_DOC
|
||||
integer :: i, k, l
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
do k=1,ao_prim_num(i)
|
||||
ao_oneD_prim_lapl_p(k,i) = ao_oneD_prim_p(k,i) * ao_expo(k,i) * &
|
||||
( 4.*ao_expo(k,i)*point_nucl_dist_2(ao_nucl(i)) - 6. )
|
||||
do k=1,ao_prim_num_max
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_prim_lapl_p(i,k) = ao_oneD_prim_p(i,k) * ao_expo(i,k) * &
|
||||
( 4.*ao_expo(i,k)*point_nucl_dist_2(ao_nucl(i)) - 6. )
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
|
|
@ -119,8 +125,10 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, ao_oneD_lapl_p, (ao_num) ]
|
|||
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_lapl_p(i) = 0.
|
||||
do k=1,ao_prim_num(i)
|
||||
ao_oneD_lapl_p(i) = ao_oneD_lapl_p(i) + ao_coef(k,i)*ao_oneD_prim_lapl_p(k,i)
|
||||
enddo
|
||||
do k=1,ao_prim_num_max
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
ao_oneD_lapl_p(i) = ao_oneD_lapl_p(i) + ao_coef(i,k)*ao_oneD_prim_lapl_p(i,k)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,10 +4,10 @@ program debug
|
|||
integer :: i,j
|
||||
integer :: k
|
||||
print *, ''
|
||||
print *, 'Occupation numbers'
|
||||
do k=1,mo_num
|
||||
print *, k, mo_occ(k)
|
||||
enddo
|
||||
!print *, 'Occupation numbers'
|
||||
!do k=1,mo_num
|
||||
! print *, k, mo_occ(k)
|
||||
!enddo
|
||||
read(*,*) i,j
|
||||
|
||||
print *, ''
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -0,0 +1,33 @@
|
|||
BEGIN_PROVIDER [ integer, det_num ]
|
||||
implicit none
|
||||
include "types.F"
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Number of determinants
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
det_num = 1
|
||||
call get_determinants_det_num(det_num)
|
||||
if (det_num < 1) then
|
||||
call abrt(irp_here,'det_num should be > 0')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, det, (elec_alpha_num-mo_closed_num,det_num,2) ]
|
||||
&BEGIN_PROVIDER [ real, det_coef, (det_num) ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! det : Description of the active orbitals of the determinants
|
||||
! det_coef : Determinant coefficients
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
det = 0
|
||||
det_coef = 0.
|
||||
call get_determinants_det_occ(det)
|
||||
call get_determinants_det_coef(det_coef)
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
@ -1,48 +1,41 @@
|
|||
BEGIN_PROVIDER [ integer, elec_alpha_num ]
|
||||
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Number of alpha electrons
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
implicit none
|
||||
elec_alpha_num = -1
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_system_num_alpha(elec_alpha_num)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
ASSERT (elec_alpha_num > 0)
|
||||
END_DOC
|
||||
elec_alpha_num = -1
|
||||
call get_electrons_elec_alpha_num(elec_alpha_num)
|
||||
if (elec_alpha_num <= 0) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Number of alpha electrons should be > 0')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, elec_beta_num ]
|
||||
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Number of beta electrons
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
implicit none
|
||||
elec_beta_num = -1
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_system_num_beta(elec_beta_num)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
ASSERT (elec_beta_num >= 0)
|
||||
END_DOC
|
||||
elec_beta_num = 0
|
||||
call get_electrons_elec_beta_num(elec_beta_num)
|
||||
if (elec_beta_num < 0) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Number of beta electrons should be >= 0')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, elec_num ]
|
||||
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Number of electrons
|
||||
END_DOC
|
||||
implicit none
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
elec_num = elec_alpha_num + elec_beta_num
|
||||
|
||||
ASSERT ( elec_num > 0 )
|
||||
elec_num = elec_alpha_num + elec_beta_num
|
||||
ASSERT ( elec_num > 0 )
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, elec_num_2, (2) ]
|
||||
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -1,5 +1,5 @@
|
|||
program eplf
|
||||
|
||||
provide mpi_rank
|
||||
call write_grid_eplf()
|
||||
call finish()
|
||||
end
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, eplf_gamma ]
|
|||
END_DOC
|
||||
real :: eps
|
||||
eps = -real(dlog(tiny(1.d0)))
|
||||
eplf_gamma = density_p**(2./3.) * 100.*eps
|
||||
eplf_gamma = density_p**(2./3.) * eps
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_eplf_integral_matrix, (ao_num,ao_num) ]
|
||||
|
|
@ -34,7 +34,7 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, mo_eplf_integral_matrix, (mo_num,mo_num) ]
|
|||
PROVIDE mo_coef
|
||||
do i=1,mo_num
|
||||
do j=i,mo_num
|
||||
mo_eplf_integral_matrix(j,i) = 0.
|
||||
mo_eplf_integral_matrix(j,i) = 0.d0
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
@ -72,8 +72,8 @@ END_PROVIDER
|
|||
double precision :: thr
|
||||
|
||||
thr = 1.d-12 / eplf_gamma
|
||||
eplf_up_up = 0.
|
||||
eplf_up_dn = 0.
|
||||
eplf_up_up = 0.d0
|
||||
eplf_up_dn = 0.d0
|
||||
|
||||
PROVIDE mo_coef_transp
|
||||
|
||||
|
|
@ -178,34 +178,34 @@ double precision function ao_eplf_integral_numeric(i,j,gmma,center)
|
|||
real :: gmma, center(3), c
|
||||
|
||||
|
||||
ao_eplf_integral_numeric = 0.
|
||||
ao_eplf_integral_numeric = 0.d0
|
||||
do q=1,ao_prim_num(j)
|
||||
do p=1,ao_prim_num(i)
|
||||
c = ao_coef(p,i)*ao_coef(q,j)
|
||||
c = ao_coef(i,p)*ao_coef(j,q)
|
||||
integral = &
|
||||
ao_eplf_integral_primitive_oneD_numeric( &
|
||||
ao_expo(p,i), &
|
||||
ao_expo(i,p), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(i),1), &
|
||||
ao_power(i,1), &
|
||||
ao_expo(q,j), &
|
||||
ao_expo(j,q), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(j),1), &
|
||||
ao_power(j,1), &
|
||||
gmma, &
|
||||
center(1)) * &
|
||||
ao_eplf_integral_primitive_oneD_numeric( &
|
||||
ao_expo(p,i), &
|
||||
ao_expo(i,p), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(i),2), &
|
||||
ao_power(i,2), &
|
||||
ao_expo(q,j), &
|
||||
ao_expo(j,q), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(j),2), &
|
||||
ao_power(j,2), &
|
||||
gmma, &
|
||||
center(2)) * &
|
||||
ao_eplf_integral_primitive_oneD_numeric( &
|
||||
ao_expo(p,i), &
|
||||
ao_expo(i,p), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(i),3), &
|
||||
ao_power(i,3), &
|
||||
ao_expo(q,j), &
|
||||
ao_expo(j,q), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(j),3), &
|
||||
ao_power(j,3), &
|
||||
gmma, &
|
||||
|
|
@ -216,60 +216,60 @@ double precision function ao_eplf_integral_numeric(i,j,gmma,center)
|
|||
|
||||
end function
|
||||
|
||||
double precision function ao_eplf_integral_primitive_oneD2(a,xa,i,b,xb,j,gmma,xr)
|
||||
implicit none
|
||||
include 'constants.F'
|
||||
|
||||
real, intent(in) :: a,b,gmma ! Exponents
|
||||
real, intent(in) :: xa,xb,xr ! Centers
|
||||
integer, intent(in) :: i,j ! Powers of xa and xb
|
||||
integer :: ii, jj, kk, ll
|
||||
real :: xp1,xp
|
||||
real :: p1,p
|
||||
double precision :: S(0:i+1,0:j+1)
|
||||
double precision :: inv_p, di(max(i,j)), dj(j), c, c1
|
||||
|
||||
ASSERT (a>0.)
|
||||
ASSERT (b>0.)
|
||||
ASSERT (i>=0)
|
||||
ASSERT (j>=0)
|
||||
|
||||
! Gaussian product
|
||||
call gaussian_product(a,xa,b,xb,c1,p1,xp1)
|
||||
call gaussian_product(p1,xp1,gmma,xr,c,p,xp)
|
||||
inv_p = 1.d0/p
|
||||
S(0,0) = dsqrt(pi*inv_p)*c*c1
|
||||
|
||||
! Obara-Saika recursion
|
||||
|
||||
do ii=1,max(i,j)
|
||||
di(ii) = 0.5d0*inv_p*dble(ii)
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
S(1,0) = (xp-xa) * S(0,0)
|
||||
if (i>1) then
|
||||
do ii=1,i-1
|
||||
S(ii+1,0) = (xp-xa) * S(ii,0) + di(ii)*S(ii-1,0)
|
||||
enddo
|
||||
endif
|
||||
|
||||
S(0,1) = (xp-xb) * S(0,0)
|
||||
if (j>1) then
|
||||
do jj=1,j-1
|
||||
S(0,jj+1) = (xp-xb) * S(0,jj) + di(jj)*S(0,jj-1)
|
||||
enddo
|
||||
endif
|
||||
|
||||
do jj=1,j
|
||||
S(1,jj) = (xp-xa) * S(0,jj) + di(jj) * S(0,jj-1)
|
||||
do ii=2,i
|
||||
S(ii,jj) = (xp-xa) * S(ii-1,jj) + di(ii-1) * S(ii-2,jj) + di(jj) * S(ii-1,jj-1)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
ao_eplf_integral_primitive_oneD2 = S(i,j)
|
||||
|
||||
end function
|
||||
!double precision function ao_eplf_integral_primitive_oneD(a,xa,i,b,xb,j,gmma,xr)
|
||||
! implicit none
|
||||
! include 'constants.F'
|
||||
!
|
||||
! real, intent(in) :: a,b,gmma ! Exponents
|
||||
! real, intent(in) :: xa,xb,xr ! Centers
|
||||
! integer, intent(in) :: i,j ! Powers of xa and xb
|
||||
! integer :: ii, jj, kk, ll
|
||||
! real :: xp1,xp
|
||||
! real :: p1,p
|
||||
! double precision :: S(0:i+1,0:j+1)
|
||||
! double precision :: inv_p, di(max(i,j)), dj(j), c, c1
|
||||
!
|
||||
! ASSERT (a>0.)
|
||||
! ASSERT (b>0.)
|
||||
! ASSERT (i>=0)
|
||||
! ASSERT (j>=0)
|
||||
!
|
||||
! ! Gaussian product
|
||||
! call gaussian_product(a,xa,b,xb,c1,p1,xp1)
|
||||
! call gaussian_product(p1,xp1,gmma,xr,c,p,xp)
|
||||
! inv_p = 1.d0/p
|
||||
! S(0,0) = dsqrt(pi*inv_p)*c*c1
|
||||
!
|
||||
! ! Obara-Saika recursion
|
||||
!
|
||||
! do ii=1,max(i,j)
|
||||
! di(ii) = 0.5d0*inv_p*dble(ii)
|
||||
! enddo
|
||||
!
|
||||
! S(1,0) = (xp-xa) * S(0,0)
|
||||
! if (i>1) then
|
||||
! do ii=1,i-1
|
||||
! S(ii+1,0) = (xp-xa) * S(ii,0) + di(ii)*S(ii-1,0)
|
||||
! enddo
|
||||
! endif
|
||||
!
|
||||
! S(0,1) = (xp-xb) * S(0,0)
|
||||
! if (j>1) then
|
||||
! do jj=1,j-1
|
||||
! S(0,jj+1) = (xp-xb) * S(0,jj) + di(jj)*S(0,jj-1)
|
||||
! enddo
|
||||
! endif
|
||||
!
|
||||
! do jj=1,j
|
||||
! S(1,jj) = (xp-xa) * S(0,jj) + di(jj) * S(0,jj-1)
|
||||
! do ii=2,i
|
||||
! S(ii,jj) = (xp-xa) * S(ii-1,jj) + di(ii-1) * S(ii-2,jj) + di(jj) * S(ii-1,jj-1)
|
||||
! enddo
|
||||
! enddo
|
||||
!
|
||||
! ao_eplf_integral_primitive_oneD = S(i,j)
|
||||
!
|
||||
!end function
|
||||
|
||||
double precision function ao_eplf_integral_primitive_oneD(a,xa,i,b,xb,j,gmma,xr)
|
||||
implicit none
|
||||
|
|
@ -351,39 +351,39 @@ double precision function ao_eplf_integral(i,j,gmma,center)
|
|||
do p=1,ao_prim_num(i)
|
||||
integral = &
|
||||
ao_eplf_integral_primitive_oneD( &
|
||||
ao_expo(p,i), &
|
||||
ao_expo(i,p), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(i),1), &
|
||||
ao_power(i,1), &
|
||||
ao_expo(q,j), &
|
||||
ao_expo(j,q), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(j),1), &
|
||||
ao_power(j,1), &
|
||||
gmma, &
|
||||
center(1)) * &
|
||||
ao_eplf_integral_primitive_oneD( &
|
||||
ao_expo(p,i), &
|
||||
ao_expo(i,p), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(i),2), &
|
||||
ao_power(i,2), &
|
||||
ao_expo(q,j), &
|
||||
ao_expo(j,q), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(j),2), &
|
||||
ao_power(j,2), &
|
||||
gmma, &
|
||||
center(2)) * &
|
||||
ao_eplf_integral_primitive_oneD( &
|
||||
ao_expo(p,i), &
|
||||
ao_expo(i,p), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(i),3), &
|
||||
ao_power(i,3), &
|
||||
ao_expo(q,j), &
|
||||
ao_expo(j,q), &
|
||||
nucl_coord(ao_nucl(j),3), &
|
||||
ao_power(j,3), &
|
||||
gmma, &
|
||||
center(3))
|
||||
ao_eplf_integral = ao_eplf_integral + integral*ao_coef(p,i)*ao_coef(q,j)
|
||||
ao_eplf_integral = ao_eplf_integral + integral*ao_coef(i,p)*ao_coef(j,q)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
end function
|
||||
|
||||
double precision function mo_eplf_integral(i,j)
|
||||
double precision function mo_eplf_integral(i,j)
|
||||
implicit none
|
||||
integer :: i, j, k, l
|
||||
PROVIDE ao_eplf_integral_matrix
|
||||
|
|
@ -399,5 +399,5 @@ end function
|
|||
endif
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
end function
|
||||
end function
|
||||
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -1,10 +1,3 @@
|
|||
BEGIN_PROVIDER [ character*(100), grid_data_filename ]
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Name of the file containing the parameters of the grid
|
||||
END_DOC
|
||||
grid_data_filename = 'eplf_grid.data'
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ character*(100), grid_cube_filename ]
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Name of the file containing the parameters of the grid
|
||||
|
|
@ -29,23 +22,16 @@ END_PROVIDER
|
|||
real :: origin(3)
|
||||
real :: opposite(3)
|
||||
|
||||
namelist /eplf_grid/ Npoints, step_size, origin, opposite
|
||||
|
||||
Npoints (:) = 80
|
||||
origin (:) = UNDEFINED
|
||||
opposite (:) = UNDEFINED
|
||||
step_size(:) = UNDEFINED
|
||||
|
||||
logical :: do_next
|
||||
inquire(file=grid_data_filename,exist=do_next)
|
||||
if (do_next) then
|
||||
open(99,file=grid_data_filename,action='READ',status='OLD')
|
||||
read(99,eplf_grid,end=90,err=80)
|
||||
close(99)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
90 continue
|
||||
|
||||
call get_grid_point_num(Npoints)
|
||||
call get_grid_origin(origin)
|
||||
call get_grid_opposite(opposite)
|
||||
call get_grid_step_size(step_size)
|
||||
|
||||
if (origin(1) == UNDEFINED) then
|
||||
integer :: i,l
|
||||
do l=1,3
|
||||
|
|
@ -81,12 +67,6 @@ END_PROVIDER
|
|||
grid_eplf_y_num = Npoints(2)
|
||||
grid_eplf_z_num = Npoints(3)
|
||||
|
||||
return
|
||||
|
||||
80 continue
|
||||
print *, 'Error in input file'
|
||||
stop 1
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, grid_eplf, (grid_eplf_x_num,grid_eplf_y_num,grid_eplf_z_num) ]
|
||||
|
|
@ -114,7 +94,7 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, grid_eplf, (grid_eplf_x_num,grid_eplf_y_num,grid_eplf_z_n
|
|||
icount = mpi_size
|
||||
do iz=1,grid_eplf_z_num
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
print *, iz
|
||||
print *, int(100*dble(iz)/dble(grid_eplf_z_num)), '%'
|
||||
endif
|
||||
point(3) = grid_eplf_origin(3)+(iz-1)*grid_eplf_step(3)
|
||||
do iy=1,grid_eplf_y_num
|
||||
|
|
@ -135,20 +115,19 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, grid_eplf, (grid_eplf_x_num,grid_eplf_y_num,grid_eplf_z_n
|
|||
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
integer :: dim, ierr
|
||||
real :: buffer(grid_eplf_x_num*grid_eplf_y_num*grid_eplf_z_num)
|
||||
icount = 0
|
||||
do iz=1,grid_eplf_z_num
|
||||
real :: buffer(grid_eplf_x_num*grid_eplf_y_num)
|
||||
icount = 0
|
||||
do iy=1,grid_eplf_y_num
|
||||
do ix=1,grid_eplf_x_num
|
||||
buffer(icount+ix) = grid_eplf(ix,iy,iz)
|
||||
enddo
|
||||
icount = icount + grid_eplf_x_num
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
dim = grid_eplf_x_num * grid_eplf_y_num * grid_eplf_z_num
|
||||
call MPI_REDUCE(buffer,grid_eplf,dim,mpi_real, &
|
||||
dim = grid_eplf_x_num * grid_eplf_y_num
|
||||
call MPI_REDUCE(buffer,grid_eplf(1,1,iz),dim,mpi_real, &
|
||||
mpi_sum,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
|
||||
call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD,ierr)
|
||||
enddo
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -0,0 +1,122 @@
|
|||
BEGIN_SHELL [ /usr/bin/python ]
|
||||
|
||||
data = [ \
|
||||
("nuclei_nucl_num" , "integer" , "" ),
|
||||
("nuclei_nucl_charge" , "real" , "(nucl_num)" ),
|
||||
("nuclei_nucl_coord" , "real" , "(nucl_num,3)" ),
|
||||
("mo_basis_mo_coef" , "real" , "(ao_num,mo_tot_num)" ),
|
||||
("mo_basis_mo_occ" , "real" , "(mo_tot_num)" ),
|
||||
("electrons_elec_alpha_num" , "integer" , "" ),
|
||||
("electrons_elec_beta_num" , "integer" , "" ),
|
||||
("ao_basis_ao_num" , "integer" , "" ),
|
||||
("ao_basis_ao_prim_num" , "integer" , "(ao_num)" ),
|
||||
("ao_basis_ao_nucl" , "integer" , "(ao_num)" ),
|
||||
("ao_basis_ao_power" , "integer" , "(ao_num,3)" ),
|
||||
("ao_basis_ao_expo" , "real" , "(ao_num,ao_prim_num_max)" ),
|
||||
("ao_basis_ao_coef" , "real" , "(ao_num,ao_prim_num_max)" ),
|
||||
("determinants_det_num" , "integer" , "" ),
|
||||
("determinants_det_coef" , "real" , "(det_num)" ),
|
||||
("determinants_det_occ" , "integer" , "(elec_alpha_num-mo_closed_num,det_num,2)" ),
|
||||
("grid_point_num" , "integer" , "(3)" ),
|
||||
("grid_step_size" , "real" , "(3)" ),
|
||||
("grid_origin" , "real" , "(3)" ),
|
||||
("grid_opposite" , "real" , "(3)" ),
|
||||
]
|
||||
|
||||
data_no_set = [\
|
||||
("mo_basis_mo_tot_num" , "integer" , "" ),
|
||||
("mo_basis_mo_active_num" , "integer" , "" ),
|
||||
("mo_basis_mo_closed_num" , "integer" , "" ),
|
||||
]
|
||||
|
||||
def do_subst(t0,d):
|
||||
t = t0
|
||||
t = t.replace("$X",d[0])
|
||||
t = t.replace("$T",d[1])
|
||||
t = t.replace("$D",d[2])
|
||||
if d[1].startswith("character"):
|
||||
size = d[1].split("*")[1][1:-1]
|
||||
u = "character"
|
||||
elif d[1].startswith("double precision"):
|
||||
u = d[1].replace(" ","_")
|
||||
size = "1"
|
||||
elif "*" in d[1]:
|
||||
size = "1"
|
||||
u = d[1].replace("*","")
|
||||
else:
|
||||
size = "1"
|
||||
u = d[1]
|
||||
t = t.replace("$U",u)
|
||||
if d[2] == "":
|
||||
t = t.replace("$S",size)
|
||||
else:
|
||||
if size == "1":
|
||||
t = t.replace("$S","size(res)")
|
||||
else:
|
||||
t = t.replace("$S","%s*size(res)"%(size))
|
||||
print t
|
||||
t0 = """
|
||||
subroutine get_$X(res)
|
||||
implicit none
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
include 'mpif.h'
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
$T :: res$D
|
||||
integer :: ierr
|
||||
logical :: exists
|
||||
!$OMP CRITICAL (ezfio_critical)
|
||||
PROVIDE ezfio_filename
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
call ezfio_has_$X(exists)
|
||||
if (exists) then
|
||||
call ezfio_get_$X(res)
|
||||
else
|
||||
call ezfio_set_$X(res)
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
call MPI_BCAST(res,$S,MPI_$U,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
|
||||
if (ierr /= MPI_SUCCESS) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Unable to broadcast $X')
|
||||
endif
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
!$OMP END CRITICAL (ezfio_critical)
|
||||
|
||||
end
|
||||
"""
|
||||
|
||||
|
||||
t1 = """
|
||||
subroutine get_$X(res)
|
||||
implicit none
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
include 'mpif.h'
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
$T :: res$D
|
||||
integer :: ierr
|
||||
!$OMP CRITICAL (ezfio_critical)
|
||||
PROVIDE ezfio_filename
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
call ezfio_get_$X(res)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
call MPI_BCAST(res,$S,MPI_$U,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
|
||||
if (ierr /= MPI_SUCCESS) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Unable to broadcast $X')
|
||||
endif
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
!$OMP END CRITICAL (ezfio_critical)
|
||||
|
||||
end
|
||||
"""
|
||||
|
||||
for d in data:
|
||||
do_subst(t0,d)
|
||||
|
||||
for d in data_no_set:
|
||||
do_subst(t1,d)
|
||||
|
||||
END_SHELL
|
||||
|
||||
|
|
@ -1,24 +1,31 @@
|
|||
BEGIN_PROVIDER [ character*(128), qcio_filename ]
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Name of the QCIO file
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ character*(64), ezfio_filename ]
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Name of the ezfio file
|
||||
END_DOC
|
||||
integer :: iargc
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
include 'mpif.h'
|
||||
integer :: ierr
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
call getarg(1,ezfio_filename)
|
||||
if (ezfio_filename == '') then
|
||||
call ezfio_get_filename(ezfio_filename)
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
PROVIDE mpi_rank
|
||||
call MPI_BCAST(ezfio_filename,64,MPI_character,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
|
||||
if (ierr /= MPI_SUCCESS) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Unable to broadcast ezfio_filename')
|
||||
endif
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
call getarg(1,qcio_filename)
|
||||
if (qcio_filename /= '') then
|
||||
call qcio_set_file(qcio_filename)
|
||||
else
|
||||
call qcio_get_filename(qcio_filename)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
call ezfio_set_file(ezfio_filename)
|
||||
if (.not.mpi_master) then
|
||||
call qcio_set_read_only(.True.)
|
||||
call ezfio_set_read_only(.True.)
|
||||
endif
|
||||
call barrier
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
|
|||
126
src/mo.irp.f
126
src/mo.irp.f
|
|
@ -1,59 +1,39 @@
|
|||
BEGIN_PROVIDER [ integer, mo_closed_num ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Number of closed shell Molecular orbitals
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_mo_num_closed(mo_closed_num)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
ASSERT (mo_closed_num >= 0)
|
||||
ASSERT (mo_closed_num <= elec_alpha_num)
|
||||
ASSERT (mo_closed_num <= elec_beta_num)
|
||||
mo_closed_num = -1
|
||||
call get_mo_basis_mo_closed_num(mo_closed_num)
|
||||
if (mo_closed_num < 0) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Number of closed-shell MOs should be >=0')
|
||||
endif
|
||||
if (mo_closed_num > elec_alpha_num) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Number of closed-should MOs should be <= Number of alpha electrons')
|
||||
endif
|
||||
if (mo_closed_num > elec_beta_num) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Number of closed-should MOs should be <= Number of beta electrons')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, mo_active_num ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Number of active Molecular orbitals
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_mo_num_active(mo_active_num)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
ASSERT (mo_active_num >= 0)
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, mo_occ, (mo_num) ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Occupation numbers of molecular orbitals
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
double precision, allocatable :: buffer(:)
|
||||
allocate ( buffer(mo_tot_num) )
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_mo_occupation(buffer)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
integer :: i
|
||||
do i=1,mo_num
|
||||
mo_occ(i) = buffer(i)
|
||||
enddo
|
||||
deallocate(buffer)
|
||||
mo_active_num = -1
|
||||
call get_mo_basis_mo_active_num(mo_active_num)
|
||||
if (mo_active_num < 0) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Number of active MOs should be >=0')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, mo_num ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Number of Molecular orbitals
|
||||
END_DOC
|
||||
|
|
@ -63,42 +43,29 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, mo_num ]
|
|||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, mo_coef, (ao_num,mo_num) ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, mo_occ, (mo_tot_num) ]
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Molecular orbital coefficients
|
||||
! Occupation numbers of molecular orbitals
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
integer :: i, j
|
||||
double precision, allocatable :: buffer(:,:)
|
||||
allocate (buffer(ao_num,mo_tot_num))
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_mo_matrix(buffer)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
do j=1,mo_num
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
mo_coef(i,j) = buffer(i,j)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
deallocate (buffer)
|
||||
call get_mo_basis_mo_occ(mo_occ)
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ logical, mo_non_zero, (mo_num,ao_num) ]
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, mo_coef, (ao_num,mo_num) ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Values where the mo coefficients are /= 0.
|
||||
! Molecular orbital coefficients
|
||||
END_DOC
|
||||
integer :: i, j
|
||||
real :: buffer(ao_num,mo_tot_num)
|
||||
|
||||
integer :: i, j, k
|
||||
|
||||
do j=1,ao_num
|
||||
do k=1,mo_num
|
||||
mo_non_zero(k,j) = mo_coef_transp(j,k) /= 0.
|
||||
buffer = 0.
|
||||
call get_mo_basis_mo_coef(buffer)
|
||||
do i=1,mo_num
|
||||
do j=1,ao_num
|
||||
mo_coef(j,i) = buffer(j,i)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
|
|
@ -130,39 +97,36 @@ BEGIN_PROVIDER [ logical, mo_is_closed, (mo_num) ]
|
|||
! mo_is_active : True if mo(i) is an active orbital
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
character, allocatable :: buffer(:)
|
||||
allocate (buffer(mo_num))
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_mo_classif(buffer)
|
||||
!$OMP END CRITICAL
|
||||
|
||||
character :: buffer(mo_tot_num)
|
||||
|
||||
integer :: i
|
||||
do i=1,mo_num
|
||||
if ( buffer(i) == 'c' ) then
|
||||
mo_is_closed(i) = .True.
|
||||
mo_is_closed(i) = .True.
|
||||
mo_is_active(i) = .False.
|
||||
else if ( buffer(i) == 'a' ) then
|
||||
mo_is_closed(i) = .False.
|
||||
mo_is_closed(i) = .False.
|
||||
mo_is_active(i) = .True.
|
||||
else
|
||||
mo_is_closed(i) = .False.
|
||||
mo_is_active(i) = .False.
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
deallocate (buffer)
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, mo_tot_num ]
|
||||
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Total number of MOs in the QCIO file
|
||||
! Total number of MOs in the EZFIO file
|
||||
END_DOC
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_mo_num_orb_tot(mo_tot_num)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
ASSERT (mo_tot_num > 0)
|
||||
|
||||
mo_tot_num = -1
|
||||
call get_mo_basis_mo_tot_num(mo_tot_num)
|
||||
if (mo_tot_num <= 0) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Tota number of MOs can''t be <0')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
||||
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|||
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@ -62,8 +62,6 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, mpi_size ]
|
|||
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||||
IRP_ENDIF
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||||
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||||
call iinfo(irp_here,'mpi_size',mpi_size)
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
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|||
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@ -5,11 +5,11 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, nucl_num ]
|
|||
! Number of nuclei
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||||
END_DOC
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_geometry_num_atom(nucl_num)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
assert (nucl_num > 0)
|
||||
nucl_num = -1
|
||||
call get_nuclei_nucl_num(nucl_num)
|
||||
if (nucl_num <= 0) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Number of nuclei should be > 0')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
|
@ -20,19 +20,16 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, nucl_charge, (nucl_num) ]
|
|||
! Nuclear charge
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
double precision,allocatable :: buffer(:)
|
||||
allocate(buffer(nucl_num))
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_geometry_charge(buffer)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
nucl_charge = -1.d0
|
||||
call get_nuclei_nucl_charge(nucl_charge)
|
||||
|
||||
integer :: i
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
nucl_charge(i) = buffer(i)
|
||||
if (nucl_charge(i) <= 0.) then
|
||||
call abrt(irp_here,'Nuclear charges should be > 0')
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
deallocate(buffer)
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, nucl_coord, (nucl_num,3) ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
|
@ -40,24 +37,13 @@ BEGIN_PROVIDER [ real, nucl_coord, (nucl_num,3) ]
|
|||
BEGIN_DOC
|
||||
! Nuclear coordinates
|
||||
END_DOC
|
||||
double precision, allocatable :: buffer(:,:)
|
||||
allocate (buffer(3,nucl_num))
|
||||
|
||||
!$OMP CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
PROVIDE qcio_filename
|
||||
call qcio_get_geometry_coord(buffer)
|
||||
!$OMP END CRITICAL (qcio_critical)
|
||||
|
||||
integer :: i,j
|
||||
do i=1,3
|
||||
do j=1,nucl_num
|
||||
nucl_coord(j,i) = buffer(i,j)
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
deallocate(buffer)
|
||||
nucl_coord = 0.
|
||||
call get_nuclei_nucl_coord(nucl_coord)
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ real, nucl_dist_2, (nucl_num,nucl_num) ]
|
||||
&BEGIN_PROVIDER [ real, nucl_dist_vec, (nucl_num,nucl_num,3) ]
|
||||
implicit none
|
||||
|
|
|
|||
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||
T
|
||||
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||
35
|
||||
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||
2.032531471843000E+01
|
||||
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||
3
|
||||
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
Binary file not shown.
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||
4
|
||||
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||
-7.614196870000001E+01
|
||||
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||
7
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||||
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||
6
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||||
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@ -1 +0,0 @@
|
|||
titre
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||||
Binary file not shown.
File diff suppressed because it is too large
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