LCPQ/dft_tools
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Oleg E. Peil 2015-02-19 14:50:26 +01:00 committed by Michel Ferrero
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python/converters/vasp/python/vaspio.py
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@ -15,6 +15,38 @@ def read_lines(filename):
for line in f: for line in f:
yield line yield line
################################################################################
################################################################################
#
# class VaspData
#
################################################################################
################################################################################
class VaspData:
"""
Container class for all VASP data.
"""
def __init__(self, vasp_dir):
self.vasp_dir = vasp_dir
self.plocar = Plocar()
self.plocar.from_file(vasp_dir)
self.poscar = Poscar()
self.poscar.from_file(vasp_dir)
self.kpoints = Kpoints()
self.kpoints.from_file(vasp_dir)
self.eigenval = Eigenval()
self.eigenval.from_file(vasp_dir)
self.doscar = Doscar()
self.doscar.from_file(vasp_dir)
################################################################################
################################################################################
#
# class Plocar
#
################################################################################
################################################################################
class Plocar: class Plocar:
r""" r"""
Class containing raw PLO data from VASP. Class containing raw PLO data from VASP.
@ -44,6 +76,13 @@ class Plocar:
self.params, self.plo, self.ferw = c_plocar_io.read_plocar(vasp_dir + plocar_filename) self.params, self.plo, self.ferw = c_plocar_io.read_plocar(vasp_dir + plocar_filename)
################################################################################
################################################################################
#
# class Poscar
#
################################################################################
################################################################################
class Poscar: class Poscar:
""" """
Class containing POSCAR data from VASP. Class containing POSCAR data from VASP.
@ -153,11 +192,13 @@ class Poscar:
# print " Element:", el_names[it] # print " Element:", el_names[it]
# print q_at[it] # print q_at[it]
################################################################ ################################################################################
################################################################################
# #
# Kpoints # class Kpoints
# #
################################################################ ################################################################################
################################################################################
class Kpoints: class Kpoints:
""" """
Class describing k-points and optionally tetrahedra. Class describing k-points and optionally tetrahedra.
@ -229,8 +270,8 @@ class Kpoints:
for it in xrange(self.ntet): for it in xrange(self.ntet):
line = ibz_file.next() line = ibz_file.next()
self.itet[it, :] = map(int, line.split()[:5]) self.itet[it, :] = map(int, line.split()[:5])
except IOError, ValueError: except StopIteration, ValueError:
print " Error reading tetrahedra. No tetrahedron data is uesd" print " Error reading tetrahedra. No tetrahedron data is used"
self.ntet = 0 self.ntet = 0
# data = { 'nktot': nktot, # data = { 'nktot': nktot,
@ -241,11 +282,14 @@ class Kpoints:
# #
# return data # return data
################################################################
################################################################################
################################################################################
# #
# Eigenval # class Eigenval
# #
################################################################ ################################################################################
################################################################################
class Eigenval: class Eigenval:
""" """
Class containing Kohn-Sham-eigenvalues data from VASP (EIGENVAL file). Class containing Kohn-Sham-eigenvalues data from VASP (EIGENVAL file).
@ -265,7 +309,7 @@ class Eigenval:
# First line: only the first and the last number out of four # First line: only the first and the last number out of four
# are used; these are 'nions' and 'ispin' # are used; these are 'nions' and 'ispin'
sline = f.next() sline = f.next().split()
self.nq = int(sline[0]) self.nq = int(sline[0])
self.ispin = int(sline[3]) self.ispin = int(sline[3])
@ -280,38 +324,41 @@ class Eigenval:
sline = f.next() sline = f.next()
# Sixth line: NELECT, NKTOT, NBTOT # Sixth line: NELECT, NKTOT, NBTOT
sline = f.next() sline = f.next().split()
self.nelect = int(sline[0]) self.nelect = int(sline[0])
self.nktot = int(sline[1]) self.nktot = int(sline[1])
self.nband = int(sline[2]) self.nband = int(sline[2])
# Set of eigenvalues and k-points # Set of eigenvalues and k-points
self.kpts = np.zeros((self.nktot, 3)) self.kpts = np.zeros((self.nktot, 3))
sefl.kwghts = np.zeros((self.nktot,)) self.kwghts = np.zeros((self.nktot,))
self.eigs = np.zeros((self.nktot, self.nband, self.ispin)) self.eigs = np.zeros((self.nktot, self.nband, self.ispin))
for ik in xrange(self.nktot): for ik in xrange(self.nktot):
sline = f.next() # Empty line sline = f.next() # Empty line
sline = f.next() # k-point info sline = f.next() # k-point info
tmp = map(float, sline) tmp = map(float, sline.split())
self.kpts[ik, :] = tmp[:3] self.kpts[ik, :] = tmp[:3]
self.kwghts[ik] = tmp[3] self.kwghts[ik] = tmp[3]
for ib in xrange(self.nband): for ib in xrange(self.nband):
sline = f.next() sline = f.next().split()
tmp = map(float, sline[1:self.ispin+1]) tmp = map(float, sline[1:self.ispin+1])
self.eigs[ik, ib, :] = tmp[:] self.eigs[ik, ib, :] = tmp[:]
################################################################
################################################################################
################################################################################
# #
# Doscar # class Doscar
# #
################################################################ ################################################################################
################################################################################
class Doscar: class Doscar:
""" """
Class containing some data from DOSCAR Class containing some data from DOSCAR
""" """
def from_file(self, vasp_dir='./', eig_filename='DOSCAR'): def from_file(self, vasp_dir='./', dos_filename='DOSCAR'):
""" """
Reads only E_Fermi from DOSCAR. Reads only E_Fermi from DOSCAR.
""" """
@ -320,15 +367,15 @@ class Doscar:
if vasp_dir[-1] != '/': if vasp_dir[-1] != '/':
vasp_dir += '/' vasp_dir += '/'
f = read_lines(vasp_dir + eig_filename) f = read_lines(vasp_dir + dos_filename)
# Skip first 5 lines # Skip first 5 lines
for _ in xrange(5): for _ in xrange(5):
sline = f.next() sline = f.next()
# Sixth line: EMAX, EMIN, NEDOS, EFERMI, 1.0 # Sixth line: EMAX, EMIN, NEDOS, EFERMI, 1.0
sline = f.next() sline = f.next().split()
self.efermi = int(sline[3]) self.efermi = float(sline[3])
################################################################ ################################################################