From b05d176f3947f3051edfc3207fba18f4dd442b00 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Oleg E. Peil" Date: Thu, 19 Feb 2015 14:50:26 +0100 Subject: [PATCH] Fixed 'vaspio.py' to pass the tests' --- python/converters/vasp/python/vaspio.py | 87 +++++++++++++++++++------ 1 file changed, 67 insertions(+), 20 deletions(-) diff --git a/python/converters/vasp/python/vaspio.py b/python/converters/vasp/python/vaspio.py index 3b4e0507..1b082a07 100644 --- a/python/converters/vasp/python/vaspio.py +++ b/python/converters/vasp/python/vaspio.py @@ -15,6 +15,38 @@ def read_lines(filename): for line in f: yield line +################################################################################ +################################################################################ +# +# class VaspData +# +################################################################################ +################################################################################ +class VaspData: + """ + Container class for all VASP data. + """ + def __init__(self, vasp_dir): + self.vasp_dir = vasp_dir + + self.plocar = Plocar() + self.plocar.from_file(vasp_dir) + self.poscar = Poscar() + self.poscar.from_file(vasp_dir) + self.kpoints = Kpoints() + self.kpoints.from_file(vasp_dir) + self.eigenval = Eigenval() + self.eigenval.from_file(vasp_dir) + self.doscar = Doscar() + self.doscar.from_file(vasp_dir) + +################################################################################ +################################################################################ +# +# class Plocar +# +################################################################################ +################################################################################ class Plocar: r""" Class containing raw PLO data from VASP. @@ -44,6 +76,13 @@ class Plocar: self.params, self.plo, self.ferw = c_plocar_io.read_plocar(vasp_dir + plocar_filename) +################################################################################ +################################################################################ +# +# class Poscar +# +################################################################################ +################################################################################ class Poscar: """ Class containing POSCAR data from VASP. @@ -153,11 +192,13 @@ class Poscar: # print " Element:", el_names[it] # print q_at[it] -################################################################ +################################################################################ +################################################################################ # -# Kpoints +# class Kpoints # -################################################################ +################################################################################ +################################################################################ class Kpoints: """ Class describing k-points and optionally tetrahedra. @@ -229,8 +270,8 @@ class Kpoints: for it in xrange(self.ntet): line = ibz_file.next() self.itet[it, :] = map(int, line.split()[:5]) - except IOError, ValueError: - print " Error reading tetrahedra. No tetrahedron data is uesd" + except StopIteration, ValueError: + print " Error reading tetrahedra. No tetrahedron data is used" self.ntet = 0 # data = { 'nktot': nktot, @@ -241,11 +282,14 @@ class Kpoints: # # return data -################################################################ + +################################################################################ +################################################################################ # -# Eigenval +# class Eigenval # -################################################################ +################################################################################ +################################################################################ class Eigenval: """ Class containing Kohn-Sham-eigenvalues data from VASP (EIGENVAL file). @@ -265,7 +309,7 @@ class Eigenval: # First line: only the first and the last number out of four # are used; these are 'nions' and 'ispin' - sline = f.next() + sline = f.next().split() self.nq = int(sline[0]) self.ispin = int(sline[3]) @@ -280,38 +324,41 @@ class Eigenval: sline = f.next() # Sixth line: NELECT, NKTOT, NBTOT - sline = f.next() + sline = f.next().split() self.nelect = int(sline[0]) self.nktot = int(sline[1]) self.nband = int(sline[2]) # Set of eigenvalues and k-points self.kpts = np.zeros((self.nktot, 3)) - sefl.kwghts = np.zeros((self.nktot,)) + self.kwghts = np.zeros((self.nktot,)) self.eigs = np.zeros((self.nktot, self.nband, self.ispin)) for ik in xrange(self.nktot): sline = f.next() # Empty line sline = f.next() # k-point info - tmp = map(float, sline) + tmp = map(float, sline.split()) self.kpts[ik, :] = tmp[:3] self.kwghts[ik] = tmp[3] for ib in xrange(self.nband): - sline = f.next() + sline = f.next().split() tmp = map(float, sline[1:self.ispin+1]) self.eigs[ik, ib, :] = tmp[:] -################################################################ + +################################################################################ +################################################################################ # -# Doscar +# class Doscar # -################################################################ +################################################################################ +################################################################################ class Doscar: """ Class containing some data from DOSCAR """ - def from_file(self, vasp_dir='./', eig_filename='DOSCAR'): + def from_file(self, vasp_dir='./', dos_filename='DOSCAR'): """ Reads only E_Fermi from DOSCAR. """ @@ -320,15 +367,15 @@ class Doscar: if vasp_dir[-1] != '/': vasp_dir += '/' - f = read_lines(vasp_dir + eig_filename) + f = read_lines(vasp_dir + dos_filename) # Skip first 5 lines for _ in xrange(5): sline = f.next() # Sixth line: EMAX, EMIN, NEDOS, EFERMI, 1.0 - sline = f.next() - self.efermi = int(sline[3]) + sline = f.next().split() + self.efermi = float(sline[3]) ################################################################