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c52dcd8846
...
533026d3cb
| Author | SHA1 | Date |
|---|---|---|
 Anthony Scemama
|
533026d3cb | |
|
Anthony Scemama
|
b72ea96670 |
|
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@ -1,4 +1,5 @@
|
|||
determinants
|
||||
davidson_undressed
|
||||
fci
|
||||
trexio
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||||
zmq
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||||
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|||
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@ -0,0 +1,23 @@
|
|||
#!/bin/bash
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||||
|
||||
# Check if the QP_ROOT environment variable is set.
|
||||
if [[ -z ${QP_ROOT} ]]
|
||||
then
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||||
print "The QP_ROOT environment variable is not set."
|
||||
print "Please reload the quantum_package.rc file."
|
||||
exit -1
|
||||
fi
|
||||
|
||||
pkg-config --libs trexio > LIB
|
||||
|
||||
scripts_list="qp_import_trexio.py"
|
||||
|
||||
# Destroy ONLY the symbolic link for the scripts to be used in the
|
||||
# ${QP_ROOT}/scripts/ directory.
|
||||
for i in $scripts_list
|
||||
do
|
||||
find ${QP_ROOT}/scripts/$i -type l -delete
|
||||
done
|
||||
|
||||
# Create symlink in scripts
|
||||
ln --symbolic ${PWD}/qp_import_trexio.py $QP_ROOT/scripts
|
||||
|
|
@ -42,4 +42,6 @@ program save_for_qmc
|
|||
write(iunit,*) e_ref
|
||||
close(iunit)
|
||||
|
||||
call export_trexio
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
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|||
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@ -1,530 +1,7 @@
|
|||
program export_trexio
|
||||
program export_trexio_prog
|
||||
implicit none
|
||||
read_wf = .True.
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||||
SOFT_TOUCH read_wf
|
||||
call run
|
||||
call export_trexio
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine run
|
||||
use trexio
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
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||||
! Exports the wave function in TREXIO format
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||||
END_DOC
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||||
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||||
integer(trexio_t) :: f ! TREXIO file handle
|
||||
integer(trexio_exit_code) :: rc
|
||||
double precision, allocatable :: factor(:)
|
||||
|
||||
print *, 'TREXIO file : '//trim(trexio_filename)
|
||||
print *, ''
|
||||
|
||||
call system('cp '//trim(trexio_filename)//' '//trim(trexio_filename)//'.bak')
|
||||
if (backend == 0) then
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||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'u', TREXIO_HDF5, rc)
|
||||
else if (backend == 1) then
|
||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'u', TREXIO_TEXT, rc)
|
||||
endif
|
||||
if (f == 0_8) then
|
||||
print *, 'Unable to open TREXIO file for writing'
|
||||
print *, 'rc = ', rc
|
||||
stop -1
|
||||
endif
|
||||
|
||||
! ------------------------------------------------------------------------------
|
||||
|
||||
! Electrons
|
||||
! ---------
|
||||
|
||||
print *, 'Electrons'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_electron_up_num(f, elec_alpha_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_electron_dn_num(f, elec_beta_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
|
||||
! Nuclei
|
||||
! ------
|
||||
|
||||
print *, 'Nuclei'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_num(f, nucl_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_charge(f, nucl_charge)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_coord(f, nucl_coord_transp)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_label(f, nucl_label, 32)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_repulsion(f, nuclear_repulsion)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
|
||||
! Pseudo-potentials
|
||||
! -----------------
|
||||
|
||||
if (do_pseudo) then
|
||||
|
||||
print *, 'ECP'
|
||||
integer :: num
|
||||
|
||||
num = 0
|
||||
do k=1,pseudo_klocmax
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
if (pseudo_dz_k(i,k) /= 0.d0) then
|
||||
num = num+1
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
do l=0,pseudo_lmax
|
||||
do k=1,pseudo_kmax
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
if (pseudo_dz_kl(i,k,l) /= 0.d0) then
|
||||
num = num+1
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
integer, allocatable :: ang_mom(:), nucleus_index(:), power(:), lmax(:)
|
||||
double precision, allocatable :: exponent(:), coefficient(:)
|
||||
|
||||
allocate(ang_mom(num), nucleus_index(num), exponent(num), coefficient(num), power(num), &
|
||||
lmax(nucl_num) )
|
||||
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
lmax(i) = -1
|
||||
do l=0,pseudo_lmax
|
||||
do k=1,pseudo_kmax
|
||||
if (pseudo_dz_kl_transp(k,l,i) /= 0.d0) then
|
||||
lmax(i) = max(lmax(i), l)
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
j = 0
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
do k=1,pseudo_klocmax
|
||||
if (pseudo_dz_k_transp(k,i) /= 0.d0) then
|
||||
j = j+1
|
||||
ang_mom(j) = lmax(i)+1
|
||||
nucleus_index(j) = i
|
||||
exponent(j) = pseudo_dz_k_transp(k,i)
|
||||
coefficient(j) = pseudo_v_k_transp(k,i)
|
||||
power(j) = pseudo_n_k_transp(k,i)
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
|
||||
do l=0,lmax(i)
|
||||
do k=1,pseudo_kmax
|
||||
if (pseudo_dz_kl_transp(k,l,i) /= 0.d0) then
|
||||
j = j+1
|
||||
ang_mom(j) = l
|
||||
nucleus_index(j) = i
|
||||
exponent(j) = pseudo_dz_kl_transp(k,l,i)
|
||||
coefficient(j) = pseudo_v_kl_transp(k,l,i)
|
||||
power(j) = pseudo_n_kl_transp(k,l,i)
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
|
||||
lmax(:) = lmax(:)+1
|
||||
rc = trexio_write_ecp_max_ang_mom_plus_1(f, lmax)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_z_core(f, int(nucl_charge_remove))
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_num(f, num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_ang_mom(f, ang_mom)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_nucleus_index(f, nucleus_index)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_exponent(f, exponent)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_coefficient(f, coefficient)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_power(f, power)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
endif
|
||||
|
||||
|
||||
! Basis
|
||||
! -----
|
||||
|
||||
print *, 'Basis'
|
||||
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_type(f, 'Gaussian', len('Gaussian'))
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_prim_num(f, prim_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_shell_num(f, shell_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_nucleus_index(f, basis_nucleus_index)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_shell_ang_mom(f, shell_ang_mom)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
allocate(factor(shell_num))
|
||||
if (ao_normalized) then
|
||||
factor(1:shell_num) = shell_normalization_factor(1:shell_num)
|
||||
else
|
||||
factor(1:shell_num) = 1.d0
|
||||
endif
|
||||
rc = trexio_write_basis_shell_factor(f, factor)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
deallocate(factor)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_shell_index(f, shell_index)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_exponent(f, prim_expo)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_coefficient(f, prim_coef)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
allocate(factor(prim_num))
|
||||
if (primitives_normalized) then
|
||||
factor(1:prim_num) = prim_normalization_factor(1:prim_num)
|
||||
else
|
||||
factor(1:prim_num) = 1.d0
|
||||
endif
|
||||
rc = trexio_write_basis_prim_factor(f, factor)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
deallocate(factor)
|
||||
|
||||
|
||||
! Atomic orbitals
|
||||
! ---------------
|
||||
|
||||
print *, 'AOs'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_num(f, ao_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_cartesian(f, 1)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_shell(f, ao_shell)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
integer :: i, pow0(3), powA(3), j, k, l, nz
|
||||
double precision :: normA, norm0, C_A(3), overlap_x, overlap_z, overlap_y, c
|
||||
nz=100
|
||||
|
||||
C_A(1) = 0.d0
|
||||
C_A(2) = 0.d0
|
||||
C_A(3) = 0.d0
|
||||
|
||||
allocate(factor(ao_num))
|
||||
if (ao_normalized) then
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
l = ao_first_of_shell(ao_shell(i))
|
||||
factor(i) = (ao_coef_normalized(i,1)+tiny(1.d0))/(ao_coef_normalized(l,1)+tiny(1.d0))
|
||||
enddo
|
||||
else
|
||||
factor(:) = 1.d0
|
||||
endif
|
||||
rc = trexio_write_ao_normalization(f, factor)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
deallocate(factor)
|
||||
|
||||
! One-e AO integrals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
if (export_ao_one_e_ints) then
|
||||
print *, 'AO one-e integrals'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_overlap(f,ao_overlap)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_kinetic(f,ao_kinetic_integrals)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_potential_n_e(f,ao_integrals_n_e)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
if (do_pseudo) then
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_ecp(f, ao_pseudo_integrals_local + ao_pseudo_integrals_non_local)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_core_hamiltonian(f,ao_one_e_integrals)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
|
||||
! Two-e AO integrals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
if (export_ao_two_e_ints) then
|
||||
print *, 'AO two-e integrals'
|
||||
PROVIDE ao_two_e_integrals_in_map
|
||||
|
||||
integer(8), parameter :: BUFSIZE=10000_8
|
||||
double precision :: eri_buffer(BUFSIZE), integral
|
||||
integer(4) :: eri_index(4,BUFSIZE)
|
||||
integer(8) :: icount, offset
|
||||
|
||||
double precision, external :: get_ao_two_e_integral
|
||||
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
offset = 0_8
|
||||
do l=1,ao_num
|
||||
do k=1,ao_num
|
||||
do j=l,ao_num
|
||||
do i=k,ao_num
|
||||
if (i==j .and. k<l) cycle
|
||||
if (i<j) cycle
|
||||
integral = get_ao_two_e_integral(i,j,k,l,ao_integrals_map)
|
||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
||||
icount += 1_8
|
||||
eri_buffer(icount) = integral
|
||||
eri_index(1,icount) = i
|
||||
eri_index(2,icount) = j
|
||||
eri_index(3,icount) = k
|
||||
eri_index(4,icount) = l
|
||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
offset += icount
|
||||
icount = 0_8
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
if (icount >= 0_8) then
|
||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
end if
|
||||
|
||||
|
||||
! Molecular orbitals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
print *, 'MOs'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_type(f, mo_label, len(trim(mo_label)))
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_num(f, mo_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_coefficient(f, mo_coef)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
! if (trim(mo_label) == 'Canonical') then
|
||||
! rc = trexio_write_mo_energy(f, fock_matrix_diag_mo)
|
||||
! call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
! endif
|
||||
|
||||
|
||||
! One-e MO integrals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
if (export_mo_two_e_ints) then
|
||||
print *, 'MO one-e integrals'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_kinetic(f,mo_kinetic_integrals)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_potential_n_e(f,mo_integrals_n_e)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
if (do_pseudo) then
|
||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_ecp(f,mo_pseudo_integrals_local)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_core_hamiltonian(f,mo_one_e_integrals)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
|
||||
! Two-e MO integrals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
if (export_mo_two_e_ints) then
|
||||
print *, 'MO two-e integrals'
|
||||
PROVIDE mo_two_e_integrals_in_map
|
||||
|
||||
double precision, external :: mo_two_e_integral
|
||||
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
offset = 0_8
|
||||
do l=1,mo_num
|
||||
do k=1,mo_num
|
||||
do j=l,mo_num
|
||||
do i=k,mo_num
|
||||
if (i==j .and. k<l) cycle
|
||||
if (i<j) cycle
|
||||
integral = mo_two_e_integral(i,j,k,l)
|
||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
||||
icount += 1_8
|
||||
eri_buffer(icount) = integral
|
||||
eri_index(1,icount) = i
|
||||
eri_index(2,icount) = j
|
||||
eri_index(3,icount) = k
|
||||
eri_index(4,icount) = l
|
||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
offset += icount
|
||||
icount = 0_8
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
if (icount > 0_8) then
|
||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
end if
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
! One-e RDM
|
||||
! ---------
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_rdm_1e(f,one_e_dm_mo)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_rdm_1e_up(f,one_e_dm_mo_alpha_average)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_rdm_1e_dn(f,one_e_dm_mo_beta_average)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
|
||||
! Two-e RDM
|
||||
! ---------
|
||||
|
||||
if (export_rdm) then
|
||||
PROVIDE two_e_dm_mo
|
||||
print *, 'Two-e RDM'
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
offset = 0_8
|
||||
do l=1,mo_num
|
||||
do k=1,mo_num
|
||||
do j=1,mo_num
|
||||
do i=1,mo_num
|
||||
integral = two_e_dm_mo(i,j,k,l)
|
||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
||||
icount += 1_8
|
||||
eri_buffer(icount) = integral
|
||||
eri_index(1,icount) = i
|
||||
eri_index(2,icount) = j
|
||||
eri_index(3,icount) = k
|
||||
eri_index(4,icount) = l
|
||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
||||
rc = trexio_write_rdm_2e(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
offset += icount
|
||||
icount = 0_8
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
if (icount >= 0_8) then
|
||||
rc = trexio_write_rdm_2e(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
end if
|
||||
|
||||
|
||||
! ------------------------------------------------------------------------------
|
||||
|
||||
! Determinants
|
||||
! ------------
|
||||
|
||||
integer*8, allocatable :: det_buffer(:,:,:)
|
||||
double precision, allocatable :: coef_buffer(:,:)
|
||||
integer :: nint
|
||||
|
||||
! rc = trexio_read_determinant_int64_num(f, nint)
|
||||
! call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
nint = N_int
|
||||
if (nint /= N_int) then
|
||||
stop 'Problem with N_int'
|
||||
endif
|
||||
allocate ( det_buffer(nint, 2, BUFSIZE), coef_buffer(BUFSIZE, n_states) )
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
offset = 0_8
|
||||
rc = trexio_write_state_num(f, n_states)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
do k=1,n_det
|
||||
icount += 1_8
|
||||
det_buffer(1:nint, 1:2, icount) = psi_det(1:N_int, 1:2, k)
|
||||
coef_buffer(icount,1:N_states) = psi_coef(k,1:N_states)
|
||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
rc = trexio_write_determinant_list(f, offset, icount, det_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
do i=1,N_states
|
||||
rc = trexio_set_state (f, i-1)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
rc = trexio_write_determinant_coefficient(f, offset, icount, coef_buffer(1,i))
|
||||
end do
|
||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
||||
offset += icount
|
||||
icount = 0_8
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
|
||||
if (icount >= 0_8) then
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
rc = trexio_write_determinant_list(f, offset, icount, det_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
do i=1,N_states
|
||||
rc = trexio_set_state (f, i-1)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
rc = trexio_write_determinant_coefficient(f, offset, icount, coef_buffer(1,i))
|
||||
end do
|
||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
||||
end if
|
||||
|
||||
deallocate ( det_buffer, coef_buffer )
|
||||
|
||||
rc = trexio_close(f)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
! -*- mode: f90 -*-
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -0,0 +1,524 @@
|
|||
subroutine export_trexio
|
||||
use trexio
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Exports the wave function in TREXIO format
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
integer(trexio_t) :: f ! TREXIO file handle
|
||||
integer(trexio_exit_code) :: rc
|
||||
double precision, allocatable :: factor(:)
|
||||
|
||||
print *, 'TREXIO file : '//trim(trexio_filename)
|
||||
print *, ''
|
||||
|
||||
call system('cp '//trim(trexio_filename)//' '//trim(trexio_filename)//'.bak')
|
||||
if (backend == 0) then
|
||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'u', TREXIO_HDF5, rc)
|
||||
else if (backend == 1) then
|
||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'u', TREXIO_TEXT, rc)
|
||||
endif
|
||||
if (f == 0_8) then
|
||||
print *, 'Unable to open TREXIO file for writing'
|
||||
print *, 'rc = ', rc
|
||||
stop -1
|
||||
endif
|
||||
call ezfio_set_trexio_trexio_file(trexio_filename)
|
||||
|
||||
! ------------------------------------------------------------------------------
|
||||
|
||||
! Electrons
|
||||
! ---------
|
||||
|
||||
print *, 'Electrons'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_electron_up_num(f, elec_alpha_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_electron_dn_num(f, elec_beta_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
|
||||
! Nuclei
|
||||
! ------
|
||||
|
||||
print *, 'Nuclei'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_num(f, nucl_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_charge(f, nucl_charge)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_coord(f, nucl_coord_transp)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_label(f, nucl_label, 32)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_repulsion(f, nuclear_repulsion)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
|
||||
! Pseudo-potentials
|
||||
! -----------------
|
||||
|
||||
if (do_pseudo) then
|
||||
|
||||
print *, 'ECP'
|
||||
integer :: num
|
||||
|
||||
num = 0
|
||||
do k=1,pseudo_klocmax
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
if (pseudo_dz_k(i,k) /= 0.d0) then
|
||||
num = num+1
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
do l=0,pseudo_lmax
|
||||
do k=1,pseudo_kmax
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
if (pseudo_dz_kl(i,k,l) /= 0.d0) then
|
||||
num = num+1
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
integer, allocatable :: ang_mom(:), nucleus_index(:), power(:), lmax(:)
|
||||
double precision, allocatable :: exponent(:), coefficient(:)
|
||||
|
||||
allocate(ang_mom(num), nucleus_index(num), exponent(num), coefficient(num), power(num), &
|
||||
lmax(nucl_num) )
|
||||
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
lmax(i) = -1
|
||||
do l=0,pseudo_lmax
|
||||
do k=1,pseudo_kmax
|
||||
if (pseudo_dz_kl_transp(k,l,i) /= 0.d0) then
|
||||
lmax(i) = max(lmax(i), l)
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
j = 0
|
||||
do i=1,nucl_num
|
||||
do k=1,pseudo_klocmax
|
||||
if (pseudo_dz_k_transp(k,i) /= 0.d0) then
|
||||
j = j+1
|
||||
ang_mom(j) = lmax(i)+1
|
||||
nucleus_index(j) = i
|
||||
exponent(j) = pseudo_dz_k_transp(k,i)
|
||||
coefficient(j) = pseudo_v_k_transp(k,i)
|
||||
power(j) = pseudo_n_k_transp(k,i)
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
|
||||
do l=0,lmax(i)
|
||||
do k=1,pseudo_kmax
|
||||
if (pseudo_dz_kl_transp(k,l,i) /= 0.d0) then
|
||||
j = j+1
|
||||
ang_mom(j) = l
|
||||
nucleus_index(j) = i
|
||||
exponent(j) = pseudo_dz_kl_transp(k,l,i)
|
||||
coefficient(j) = pseudo_v_kl_transp(k,l,i)
|
||||
power(j) = pseudo_n_kl_transp(k,l,i)
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
|
||||
lmax(:) = lmax(:)+1
|
||||
rc = trexio_write_ecp_max_ang_mom_plus_1(f, lmax)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_z_core(f, int(nucl_charge_remove))
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_num(f, num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_ang_mom(f, ang_mom)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_nucleus_index(f, nucleus_index)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_exponent(f, exponent)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_coefficient(f, coefficient)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ecp_power(f, power)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
endif
|
||||
|
||||
|
||||
! Basis
|
||||
! -----
|
||||
|
||||
print *, 'Basis'
|
||||
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_type(f, 'Gaussian', len('Gaussian'))
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_prim_num(f, prim_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_shell_num(f, shell_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_nucleus_index(f, basis_nucleus_index)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_shell_ang_mom(f, shell_ang_mom)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
allocate(factor(shell_num))
|
||||
if (ao_normalized) then
|
||||
factor(1:shell_num) = shell_normalization_factor(1:shell_num)
|
||||
else
|
||||
factor(1:shell_num) = 1.d0
|
||||
endif
|
||||
rc = trexio_write_basis_shell_factor(f, factor)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
deallocate(factor)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_shell_index(f, shell_index)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_exponent(f, prim_expo)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_coefficient(f, prim_coef)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
allocate(factor(prim_num))
|
||||
if (primitives_normalized) then
|
||||
factor(1:prim_num) = prim_normalization_factor(1:prim_num)
|
||||
else
|
||||
factor(1:prim_num) = 1.d0
|
||||
endif
|
||||
rc = trexio_write_basis_prim_factor(f, factor)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
deallocate(factor)
|
||||
|
||||
|
||||
! Atomic orbitals
|
||||
! ---------------
|
||||
|
||||
print *, 'AOs'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_num(f, ao_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_cartesian(f, 1)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_shell(f, ao_shell)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
integer :: i, pow0(3), powA(3), j, k, l, nz
|
||||
double precision :: normA, norm0, C_A(3), overlap_x, overlap_z, overlap_y, c
|
||||
nz=100
|
||||
|
||||
C_A(1) = 0.d0
|
||||
C_A(2) = 0.d0
|
||||
C_A(3) = 0.d0
|
||||
|
||||
allocate(factor(ao_num))
|
||||
if (ao_normalized) then
|
||||
do i=1,ao_num
|
||||
l = ao_first_of_shell(ao_shell(i))
|
||||
factor(i) = (ao_coef_normalized(i,1)+tiny(1.d0))/(ao_coef_normalized(l,1)+tiny(1.d0))
|
||||
enddo
|
||||
else
|
||||
factor(:) = 1.d0
|
||||
endif
|
||||
rc = trexio_write_ao_normalization(f, factor)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
deallocate(factor)
|
||||
|
||||
! One-e AO integrals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
if (export_ao_one_e_ints) then
|
||||
print *, 'AO one-e integrals'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_overlap(f,ao_overlap)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_kinetic(f,ao_kinetic_integrals)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_potential_n_e(f,ao_integrals_n_e)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
if (do_pseudo) then
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_ecp(f, ao_pseudo_integrals_local + ao_pseudo_integrals_non_local)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_core_hamiltonian(f,ao_one_e_integrals)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
|
||||
! Two-e AO integrals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
if (export_ao_two_e_ints) then
|
||||
print *, 'AO two-e integrals'
|
||||
PROVIDE ao_two_e_integrals_in_map
|
||||
|
||||
integer(8), parameter :: BUFSIZE=10000_8
|
||||
double precision :: eri_buffer(BUFSIZE), integral
|
||||
integer(4) :: eri_index(4,BUFSIZE)
|
||||
integer(8) :: icount, offset
|
||||
|
||||
double precision, external :: get_ao_two_e_integral
|
||||
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
offset = 0_8
|
||||
do l=1,ao_num
|
||||
do k=1,ao_num
|
||||
do j=l,ao_num
|
||||
do i=k,ao_num
|
||||
if (i==j .and. k<l) cycle
|
||||
if (i<j) cycle
|
||||
integral = get_ao_two_e_integral(i,j,k,l,ao_integrals_map)
|
||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
||||
icount += 1_8
|
||||
eri_buffer(icount) = integral
|
||||
eri_index(1,icount) = i
|
||||
eri_index(2,icount) = j
|
||||
eri_index(3,icount) = k
|
||||
eri_index(4,icount) = l
|
||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
offset += icount
|
||||
icount = 0_8
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
if (icount >= 0_8) then
|
||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
end if
|
||||
|
||||
|
||||
! Molecular orbitals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
print *, 'MOs'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_type(f, mo_label, len(trim(mo_label)))
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_num(f, mo_num)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_coefficient(f, mo_coef)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
! if (trim(mo_label) == 'Canonical') then
|
||||
! rc = trexio_write_mo_energy(f, fock_matrix_diag_mo)
|
||||
! call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
! endif
|
||||
|
||||
|
||||
! One-e MO integrals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
if (export_mo_two_e_ints) then
|
||||
print *, 'MO one-e integrals'
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_kinetic(f,mo_kinetic_integrals)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_potential_n_e(f,mo_integrals_n_e)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
if (do_pseudo) then
|
||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_ecp(f,mo_pseudo_integrals_local)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_core_hamiltonian(f,mo_one_e_integrals)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
|
||||
! Two-e MO integrals
|
||||
! ------------------
|
||||
|
||||
if (export_mo_two_e_ints) then
|
||||
print *, 'MO two-e integrals'
|
||||
PROVIDE mo_two_e_integrals_in_map
|
||||
|
||||
double precision, external :: mo_two_e_integral
|
||||
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
offset = 0_8
|
||||
do l=1,mo_num
|
||||
do k=1,mo_num
|
||||
do j=l,mo_num
|
||||
do i=k,mo_num
|
||||
if (i==j .and. k<l) cycle
|
||||
if (i<j) cycle
|
||||
integral = mo_two_e_integral(i,j,k,l)
|
||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
||||
icount += 1_8
|
||||
eri_buffer(icount) = integral
|
||||
eri_index(1,icount) = i
|
||||
eri_index(2,icount) = j
|
||||
eri_index(3,icount) = k
|
||||
eri_index(4,icount) = l
|
||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
offset += icount
|
||||
icount = 0_8
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
if (icount > 0_8) then
|
||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
end if
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
! One-e RDM
|
||||
! ---------
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_rdm_1e(f,one_e_dm_mo)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_rdm_1e_up(f,one_e_dm_mo_alpha_average)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_rdm_1e_dn(f,one_e_dm_mo_beta_average)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
|
||||
! Two-e RDM
|
||||
! ---------
|
||||
|
||||
if (export_rdm) then
|
||||
PROVIDE two_e_dm_mo
|
||||
print *, 'Two-e RDM'
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
offset = 0_8
|
||||
do l=1,mo_num
|
||||
do k=1,mo_num
|
||||
do j=1,mo_num
|
||||
do i=1,mo_num
|
||||
integral = two_e_dm_mo(i,j,k,l)
|
||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
||||
icount += 1_8
|
||||
eri_buffer(icount) = integral
|
||||
eri_index(1,icount) = i
|
||||
eri_index(2,icount) = j
|
||||
eri_index(3,icount) = k
|
||||
eri_index(4,icount) = l
|
||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
||||
rc = trexio_write_rdm_2e(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
offset += icount
|
||||
icount = 0_8
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
end do
|
||||
|
||||
if (icount >= 0_8) then
|
||||
rc = trexio_write_rdm_2e(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
end if
|
||||
end if
|
||||
|
||||
|
||||
! ------------------------------------------------------------------------------
|
||||
|
||||
! Determinants
|
||||
! ------------
|
||||
|
||||
integer*8, allocatable :: det_buffer(:,:,:)
|
||||
double precision, allocatable :: coef_buffer(:,:)
|
||||
integer :: nint
|
||||
|
||||
! rc = trexio_read_determinant_int64_num(f, nint)
|
||||
! call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
nint = N_int
|
||||
if (nint /= N_int) then
|
||||
stop 'Problem with N_int'
|
||||
endif
|
||||
allocate ( det_buffer(nint, 2, BUFSIZE), coef_buffer(BUFSIZE, n_states) )
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
offset = 0_8
|
||||
rc = trexio_write_state_num(f, n_states)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
do k=1,n_det
|
||||
icount += 1_8
|
||||
det_buffer(1:nint, 1:2, icount) = psi_det(1:N_int, 1:2, k)
|
||||
coef_buffer(icount,1:N_states) = psi_coef(k,1:N_states)
|
||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
rc = trexio_write_determinant_list(f, offset, icount, det_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
do i=1,N_states
|
||||
rc = trexio_set_state (f, i-1)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
rc = trexio_write_determinant_coefficient(f, offset, icount, coef_buffer(1,i))
|
||||
end do
|
||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
||||
offset += icount
|
||||
icount = 0_8
|
||||
end if
|
||||
end do
|
||||
|
||||
if (icount >= 0_8) then
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
rc = trexio_write_determinant_list(f, offset, icount, det_buffer)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
do i=1,N_states
|
||||
rc = trexio_set_state (f, i-1)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
rc = trexio_write_determinant_coefficient(f, offset, icount, coef_buffer(1,i))
|
||||
end do
|
||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
||||
end if
|
||||
|
||||
deallocate ( det_buffer, coef_buffer )
|
||||
|
||||
rc = trexio_close(f)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
! -*- mode: f90 -*-
|
||||
|
|
@ -111,7 +111,6 @@ subroutine run
|
|||
|
||||
integer*8 :: offset, icount
|
||||
|
||||
! open(unit=104,file='tmp')
|
||||
offset = 0_8
|
||||
icount = BUFSIZE
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS
|
||||
|
|
@ -125,7 +124,6 @@ subroutine run
|
|||
integral = V(m)
|
||||
call two_e_integrals_index(i, j, k, l, buffer_i(m) )
|
||||
buffer_values(m) = integral
|
||||
! write(104,'(4(I5,X),2D22.15)') i,j,k,l, integral
|
||||
enddo
|
||||
call insert_into_ao_integrals_map(int(icount,4),buffer_i,buffer_values)
|
||||
offset = offset + icount
|
||||
|
|
@ -134,7 +132,6 @@ subroutine run
|
|||
endif
|
||||
end do
|
||||
n_integrals = offset
|
||||
! close(104)
|
||||
|
||||
call map_sort(ao_integrals_map)
|
||||
call map_unique(ao_integrals_map)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -150,6 +150,7 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|||
nucl_shell_num.append(m)
|
||||
m = 0
|
||||
prev = i
|
||||
print (len(nucl_shell_num), nucl_num)
|
||||
assert (len(nucl_shell_num) == nucl_num)
|
||||
|
||||
shell_prim_num = []
|
||||
|
|
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