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synced 2024-12-22 12:23:37 +01:00
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192f4c6913
...
ad2b6b97c6
| Author | SHA1 | Date | |
|---|---|---|---|
| ad2b6b97c6 | |||
| 6f04cc0eb0 |
@ -1,54 +0,0 @@
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|||||||
[backend]
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|
||||||
type: integer
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|
||||||
doc: Back-end used in TREXIO. 0: HDF5, 1:Text
|
|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: 0
|
|
||||||
|
|
||||||
[trexio_file]
|
|
||||||
type: character*(256)
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||||||
doc: Name of the exported TREXIO file
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|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: None
|
|
||||||
|
|
||||||
[export_rdm]
|
|
||||||
type: logical
|
|
||||||
doc: If True, export two-body reduced density matrix
|
|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: False
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|
||||||
|
|
||||||
[export_ao_one_e_ints]
|
|
||||||
type: logical
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|
||||||
doc: If True, export one-electron integrals in AO basis
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|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: False
|
|
||||||
|
|
||||||
[export_mo_one_e_ints]
|
|
||||||
type: logical
|
|
||||||
doc: If True, export one-electron integrals in MO basis
|
|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: False
|
|
||||||
|
|
||||||
[export_ao_two_e_ints]
|
|
||||||
type: logical
|
|
||||||
doc: If True, export two-electron integrals in AO basis
|
|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: False
|
|
||||||
|
|
||||||
[export_ao_two_e_ints_cholesky]
|
|
||||||
type: logical
|
|
||||||
doc: If True, export Cholesky-decomposed two-electron integrals in AO basis
|
|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: False
|
|
||||||
|
|
||||||
[export_mo_two_e_ints]
|
|
||||||
type: logical
|
|
||||||
doc: If True, export two-electron integrals in MO basis
|
|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: False
|
|
||||||
|
|
||||||
[export_mo_two_e_ints_cholesky]
|
|
||||||
type: logical
|
|
||||||
doc: If True, export Cholesky-decomposed two-electron integrals in MO basis
|
|
||||||
interface: ezfio, ocaml, provider
|
|
||||||
default: False
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -1,8 +0,0 @@
|
|||||||
ezfio_files
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|
||||||
determinants
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||||||
mo_one_e_ints
|
|
||||||
mo_two_e_ints
|
|
||||||
ao_two_e_ints
|
|
||||||
ao_one_e_ints
|
|
||||||
two_body_rdm
|
|
||||||
hartree_fock
|
|
||||||
@ -1,4 +0,0 @@
|
|||||||
======
|
|
||||||
trexio
|
|
||||||
======
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -1,7 +0,0 @@
|
|||||||
program export_trexio_prog
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||||||
implicit none
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||||||
read_wf = .True.
|
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||||||
SOFT_TOUCH read_wf
|
|
||||||
call export_trexio
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -1,601 +0,0 @@
|
|||||||
subroutine export_trexio
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|
||||||
use trexio
|
|
||||||
implicit none
|
|
||||||
BEGIN_DOC
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||||||
! Exports the wave function in TREXIO format
|
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||||||
END_DOC
|
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||||||
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|
||||||
integer(trexio_t) :: f ! TREXIO file handle
|
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||||||
integer(trexio_exit_code) :: rc
|
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||||||
double precision, allocatable :: factor(:)
|
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||||||
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||||||
print *, 'TREXIO file : '//trim(trexio_filename)
|
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||||||
print *, ''
|
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||||||
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||||||
call system('cp '//trim(trexio_filename)//' '//trim(trexio_filename)//'.bak')
|
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||||||
if (backend == 0) then
|
|
||||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'u', TREXIO_HDF5, rc)
|
|
||||||
else if (backend == 1) then
|
|
||||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'u', TREXIO_TEXT, rc)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
if (f == 0_8) then
|
|
||||||
print *, 'Unable to open TREXIO file for writing'
|
|
||||||
print *, 'rc = ', rc
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
call ezfio_set_trexio_trexio_file(trexio_filename)
|
|
||||||
|
|
||||||
! ------------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
! Electrons
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||||||
! ---------
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||||||
|
|
||||||
print *, 'Electrons'
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_electron_up_num(f, elec_alpha_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_electron_dn_num(f, elec_beta_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! Nuclei
|
|
||||||
! ------
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, 'Nuclei'
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_nucleus_num(f, nucl_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_nucleus_charge(f, nucl_charge)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_nucleus_coord(f, nucl_coord_transp)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_nucleus_label(f, nucl_label, 32)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_nucleus_repulsion(f, nuclear_repulsion)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! Pseudo-potentials
|
|
||||||
! -----------------
|
|
||||||
|
|
||||||
if (do_pseudo) then
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, 'ECP'
|
|
||||||
integer :: num
|
|
||||||
|
|
||||||
num = 0
|
|
||||||
do k=1,pseudo_klocmax
|
|
||||||
do i=1,nucl_num
|
|
||||||
if (pseudo_dz_k(i,k) /= 0.d0) then
|
|
||||||
num = num+1
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
do l=0,pseudo_lmax
|
|
||||||
do k=1,pseudo_kmax
|
|
||||||
do i=1,nucl_num
|
|
||||||
if (pseudo_dz_kl(i,k,l) /= 0.d0) then
|
|
||||||
num = num+1
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
integer, allocatable :: ang_mom(:), nucleus_index(:), power(:), lmax(:)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: exponent(:), coefficient(:)
|
|
||||||
|
|
||||||
allocate(ang_mom(num), nucleus_index(num), exponent(num), coefficient(num), power(num), &
|
|
||||||
lmax(nucl_num) )
|
|
||||||
|
|
||||||
do i=1,nucl_num
|
|
||||||
lmax(i) = -1
|
|
||||||
do l=0,pseudo_lmax
|
|
||||||
do k=1,pseudo_kmax
|
|
||||||
if (pseudo_dz_kl_transp(k,l,i) /= 0.d0) then
|
|
||||||
lmax(i) = max(lmax(i), l)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
j = 0
|
|
||||||
do i=1,nucl_num
|
|
||||||
do k=1,pseudo_klocmax
|
|
||||||
if (pseudo_dz_k_transp(k,i) /= 0.d0) then
|
|
||||||
j = j+1
|
|
||||||
ang_mom(j) = lmax(i)+1
|
|
||||||
nucleus_index(j) = i
|
|
||||||
exponent(j) = pseudo_dz_k_transp(k,i)
|
|
||||||
coefficient(j) = pseudo_v_k_transp(k,i)
|
|
||||||
power(j) = pseudo_n_k_transp(k,i)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
do l=0,lmax(i)
|
|
||||||
do k=1,pseudo_kmax
|
|
||||||
if (pseudo_dz_kl_transp(k,l,i) /= 0.d0) then
|
|
||||||
j = j+1
|
|
||||||
ang_mom(j) = l
|
|
||||||
nucleus_index(j) = i
|
|
||||||
exponent(j) = pseudo_dz_kl_transp(k,l,i)
|
|
||||||
coefficient(j) = pseudo_v_kl_transp(k,l,i)
|
|
||||||
power(j) = pseudo_n_kl_transp(k,l,i)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
lmax(:) = lmax(:)+1
|
|
||||||
rc = trexio_write_ecp_max_ang_mom_plus_1(f, lmax)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ecp_z_core(f, int(nucl_charge_remove))
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ecp_num(f, num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ecp_ang_mom(f, ang_mom)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ecp_nucleus_index(f, nucleus_index)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ecp_exponent(f, exponent)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ecp_coefficient(f, coefficient)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ecp_power(f, power)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! Basis
|
|
||||||
! -----
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, 'Basis'
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_type(f, 'Gaussian', len('Gaussian'))
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_prim_num(f, prim_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_shell_num(f, shell_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_nucleus_index(f, basis_nucleus_index)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_shell_ang_mom(f, shell_ang_mom)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
allocate(factor(shell_num))
|
|
||||||
if (ao_normalized) then
|
|
||||||
factor(1:shell_num) = shell_normalization_factor(1:shell_num)
|
|
||||||
else
|
|
||||||
factor(1:shell_num) = 1.d0
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_shell_factor(f, factor)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
deallocate(factor)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_shell_index(f, shell_index)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_exponent(f, prim_expo)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_coefficient(f, prim_coef)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
allocate(factor(prim_num))
|
|
||||||
if (primitives_normalized) then
|
|
||||||
factor(1:prim_num) = prim_normalization_factor(1:prim_num)
|
|
||||||
else
|
|
||||||
factor(1:prim_num) = 1.d0
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
rc = trexio_write_basis_prim_factor(f, factor)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
deallocate(factor)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! Atomic orbitals
|
|
||||||
! ---------------
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, 'AOs'
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_num(f, ao_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_cartesian(f, 1)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_shell(f, ao_shell)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
integer :: i, pow0(3), powA(3), j, k, l, nz
|
|
||||||
double precision :: normA, norm0, C_A(3), overlap_x, overlap_z, overlap_y, c
|
|
||||||
nz=100
|
|
||||||
|
|
||||||
C_A(1) = 0.d0
|
|
||||||
C_A(2) = 0.d0
|
|
||||||
C_A(3) = 0.d0
|
|
||||||
|
|
||||||
allocate(factor(ao_num))
|
|
||||||
if (ao_normalized) then
|
|
||||||
do i=1,ao_num
|
|
||||||
l = ao_first_of_shell(ao_shell(i))
|
|
||||||
factor(i) = (ao_coef_normalized(i,1)+tiny(1.d0))/(ao_coef_normalized(l,1)+tiny(1.d0))
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
else
|
|
||||||
factor(:) = 1.d0
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_normalization(f, factor)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
deallocate(factor)
|
|
||||||
|
|
||||||
! One-e AO integrals
|
|
||||||
! ------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
if (export_ao_one_e_ints) then
|
|
||||||
print *, 'AO one-e integrals'
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_overlap(f,ao_overlap)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_kinetic(f,ao_kinetic_integrals)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_potential_n_e(f,ao_integrals_n_e)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
if (do_pseudo) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_ecp(f, ao_pseudo_integrals_local + ao_pseudo_integrals_non_local)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_1e_int_core_hamiltonian(f,ao_one_e_integrals)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
|
|
||||||
! Two-e AO integrals
|
|
||||||
! ------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
if (export_ao_two_e_ints) then
|
|
||||||
print *, 'AO two-e integrals'
|
|
||||||
PROVIDE ao_two_e_integrals_in_map
|
|
||||||
|
|
||||||
integer(8), parameter :: BUFSIZE=10000_8
|
|
||||||
double precision :: eri_buffer(BUFSIZE), integral
|
|
||||||
integer(4) :: eri_index(4,BUFSIZE)
|
|
||||||
integer(8) :: icount, offset
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, external :: get_ao_two_e_integral
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
offset = 0_8
|
|
||||||
do l=1,ao_num
|
|
||||||
do k=1,ao_num
|
|
||||||
do j=l,ao_num
|
|
||||||
do i=k,ao_num
|
|
||||||
if (i==j .and. k<l) cycle
|
|
||||||
if (i<j) cycle
|
|
||||||
integral = get_ao_two_e_integral(i,j,k,l,ao_integrals_map)
|
|
||||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
|
||||||
icount += 1_8
|
|
||||||
eri_buffer(icount) = integral
|
|
||||||
eri_index(1,icount) = i
|
|
||||||
eri_index(2,icount) = j
|
|
||||||
eri_index(3,icount) = k
|
|
||||||
eri_index(4,icount) = l
|
|
||||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
offset += icount
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
if (icount >= 0_8) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
|
|
||||||
! Two-e AO integrals - Cholesky
|
|
||||||
! -----------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
integer(4) :: chol_index(3,BUFSIZE)
|
|
||||||
double precision :: chol_buffer(BUFSIZE)
|
|
||||||
|
|
||||||
if (export_ao_two_e_ints_cholesky) then
|
|
||||||
print *, 'AO two-e integrals Cholesky'
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri_cholesky_num(f, cholesky_ao_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
offset = 0_8
|
|
||||||
do k=1,cholesky_ao_num
|
|
||||||
do j=1,ao_num
|
|
||||||
do i=1,ao_num
|
|
||||||
integral = cholesky_ao(i,j,k)
|
|
||||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
|
||||||
icount += 1_8
|
|
||||||
chol_buffer(icount) = integral
|
|
||||||
chol_index(1,icount) = i
|
|
||||||
chol_index(2,icount) = j
|
|
||||||
chol_index(3,icount) = k
|
|
||||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri_cholesky(f, offset, icount, chol_index, chol_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
offset += icount
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
if (icount > 0_8) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_ao_2e_int_eri_cholesky(f, offset, icount, chol_index, chol_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! Molecular orbitals
|
|
||||||
! ------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, 'MOs'
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_type(f, mo_label, len(trim(mo_label)))
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_num(f, mo_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_coefficient(f, mo_coef)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
! if (trim(mo_label) == 'Canonical') then
|
|
||||||
! rc = trexio_write_mo_energy(f, fock_matrix_diag_mo)
|
|
||||||
! call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
! endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! One-e MO integrals
|
|
||||||
! ------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
if (export_mo_one_e_ints) then
|
|
||||||
print *, 'MO one-e integrals'
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_kinetic(f,mo_kinetic_integrals)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_potential_n_e(f,mo_integrals_n_e)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
if (do_pseudo) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_ecp(f,mo_pseudo_integrals_local)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_1e_int_core_hamiltonian(f,mo_one_e_integrals)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
|
|
||||||
! Two-e MO integrals
|
|
||||||
! ------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
if (export_mo_two_e_ints) then
|
|
||||||
print *, 'MO two-e integrals'
|
|
||||||
PROVIDE mo_two_e_integrals_in_map
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, external :: mo_two_e_integral
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
offset = 0_8
|
|
||||||
do l=1,mo_num
|
|
||||||
do k=1,mo_num
|
|
||||||
do j=l,mo_num
|
|
||||||
do i=k,mo_num
|
|
||||||
if (i==j .and. k<l) cycle
|
|
||||||
if (i<j) cycle
|
|
||||||
integral = mo_two_e_integral(i,j,k,l)
|
|
||||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
|
||||||
icount += 1_8
|
|
||||||
eri_buffer(icount) = integral
|
|
||||||
eri_index(1,icount) = i
|
|
||||||
eri_index(2,icount) = j
|
|
||||||
eri_index(3,icount) = k
|
|
||||||
eri_index(4,icount) = l
|
|
||||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
offset += icount
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
if (icount > 0_8) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
|
|
||||||
! Two-e MO integrals - Cholesky
|
|
||||||
! -----------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
if (export_mo_two_e_ints_cholesky) then
|
|
||||||
print *, 'MO two-e integrals Cholesky'
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri_cholesky_num(f, cholesky_ao_num)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
offset = 0_8
|
|
||||||
do k=1,cholesky_ao_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
integral = cholesky_mo(i,j,k)
|
|
||||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
|
||||||
icount += 1_8
|
|
||||||
chol_buffer(icount) = integral
|
|
||||||
chol_index(1,icount) = i
|
|
||||||
chol_index(2,icount) = j
|
|
||||||
chol_index(3,icount) = k
|
|
||||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri_cholesky(f, offset, icount, chol_index, chol_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
offset += icount
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
if (icount > 0_8) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_mo_2e_int_eri_cholesky(f, offset, icount, chol_index, chol_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! One-e RDM
|
|
||||||
! ---------
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_rdm_1e(f,one_e_dm_mo)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_rdm_1e_up(f,one_e_dm_mo_alpha_average)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_write_rdm_1e_dn(f,one_e_dm_mo_beta_average)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! Two-e RDM
|
|
||||||
! ---------
|
|
||||||
|
|
||||||
if (export_rdm) then
|
|
||||||
PROVIDE two_e_dm_mo
|
|
||||||
print *, 'Two-e RDM'
|
|
||||||
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
offset = 0_8
|
|
||||||
do l=1,mo_num
|
|
||||||
do k=1,mo_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
integral = two_e_dm_mo(i,j,k,l)
|
|
||||||
if (integral == 0.d0) cycle
|
|
||||||
icount += 1_8
|
|
||||||
eri_buffer(icount) = integral
|
|
||||||
eri_index(1,icount) = i
|
|
||||||
eri_index(2,icount) = j
|
|
||||||
eri_index(3,icount) = k
|
|
||||||
eri_index(4,icount) = l
|
|
||||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_rdm_2e(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
offset += icount
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
if (icount >= 0_8) then
|
|
||||||
rc = trexio_write_rdm_2e(f, offset, icount, eri_index, eri_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! ------------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
! Determinants
|
|
||||||
! ------------
|
|
||||||
|
|
||||||
integer*8, allocatable :: det_buffer(:,:,:)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: coef_buffer(:,:)
|
|
||||||
integer :: nint
|
|
||||||
|
|
||||||
! rc = trexio_read_determinant_int64_num(f, nint)
|
|
||||||
! call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
nint = N_int
|
|
||||||
if (nint /= N_int) then
|
|
||||||
stop 'Problem with N_int'
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
allocate ( det_buffer(nint, 2, BUFSIZE), coef_buffer(BUFSIZE, n_states) )
|
|
||||||
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
offset = 0_8
|
|
||||||
rc = trexio_write_state_num(f, n_states)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
do k=1,n_det
|
|
||||||
icount += 1_8
|
|
||||||
det_buffer(1:nint, 1:2, icount) = psi_det(1:N_int, 1:2, k)
|
|
||||||
coef_buffer(icount,1:N_states) = psi_coef(k,1:N_states)
|
|
||||||
if (icount == BUFSIZE) then
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
rc = trexio_write_determinant_list(f, offset, icount, det_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
do i=1,N_states
|
|
||||||
rc = trexio_set_state (f, i-1)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
rc = trexio_write_determinant_coefficient(f, offset, icount, coef_buffer(1,i))
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
|
||||||
offset += icount
|
|
||||||
icount = 0_8
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
|
|
||||||
if (icount >= 0_8) then
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
rc = trexio_write_determinant_list(f, offset, icount, det_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
do i=1,N_states
|
|
||||||
rc = trexio_set_state (f, i-1)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
rc = trexio_write_determinant_coefficient(f, offset, icount, coef_buffer(1,i))
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
rc = trexio_set_state (f, 0)
|
|
||||||
end if
|
|
||||||
|
|
||||||
deallocate ( det_buffer, coef_buffer )
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_close(f)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! -*- mode: f90 -*-
|
|
||||||
@ -1,79 +0,0 @@
|
|||||||
program import_determinants_ao
|
|
||||||
call run
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
subroutine run
|
|
||||||
use trexio
|
|
||||||
use map_module
|
|
||||||
implicit none
|
|
||||||
BEGIN_DOC
|
|
||||||
! Program to import determinants from TREXIO
|
|
||||||
END_DOC
|
|
||||||
|
|
||||||
integer(trexio_t) :: f ! TREXIO file handle
|
|
||||||
integer(trexio_exit_code) :: rc
|
|
||||||
|
|
||||||
integer :: m
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: coef_buffer(:,:)
|
|
||||||
integer*8 , allocatable :: det_buffer(:,:,:)
|
|
||||||
|
|
||||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'r', TREXIO_AUTO, rc)
|
|
||||||
if (f == 0_8) then
|
|
||||||
print *, 'Unable to open TREXIO file for reading'
|
|
||||||
print *, 'rc = ', rc
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
! Determinants
|
|
||||||
! ------------
|
|
||||||
|
|
||||||
integer :: nint, nstates
|
|
||||||
integer :: bufsize
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_read_state_num(f, nstates)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
|
|
||||||
! rc = trexio_read_determinant_int64_num(f, nint)
|
|
||||||
! call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
nint = N_int
|
|
||||||
if (nint /= N_int) then
|
|
||||||
stop 'Problem with N_int'
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
integer*8 :: offset, icount
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_read_determinant_num(f, bufsize)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
print *, 'N_det = ', bufsize
|
|
||||||
|
|
||||||
allocate ( det_buffer(nint, 2, bufsize), coef_buffer(bufsize, n_states) )
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
offset = 0_8
|
|
||||||
icount = bufsize
|
|
||||||
|
|
||||||
rc = trexio_read_determinant_list(f, offset, icount, det_buffer)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
if (icount /= bufsize) then
|
|
||||||
print *, 'error: bufsize /= N_det: ', bufsize, icount
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
do m=1,nstates
|
|
||||||
rc = trexio_set_state(f, m-1)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
rc = trexio_read_determinant_coefficient(f, offset, icount, coef_buffer(1,m))
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
if (icount /= bufsize) then
|
|
||||||
print *, 'error: bufsize /= N_det for state', m, ':', icount, bufsize
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
call save_wavefunction_general(bufsize,nstates,det_buffer,size(coef_buffer,1),coef_buffer)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
end
|
|
||||||
@ -1,142 +0,0 @@
|
|||||||
program import_integrals_ao
|
|
||||||
call run
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
subroutine run
|
|
||||||
use trexio
|
|
||||||
use map_module
|
|
||||||
implicit none
|
|
||||||
BEGIN_DOC
|
|
||||||
! Program to import integrals from TREXIO
|
|
||||||
END_DOC
|
|
||||||
|
|
||||||
integer(trexio_t) :: f ! TREXIO file handle
|
|
||||||
integer(trexio_exit_code) :: rc
|
|
||||||
|
|
||||||
integer ::i,j,k,l
|
|
||||||
integer(8) :: m, n_integrals
|
|
||||||
double precision :: integral
|
|
||||||
|
|
||||||
integer(key_kind), allocatable :: buffer_i(:)
|
|
||||||
real(integral_kind), allocatable :: buffer_values(:)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: A(:,:)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: V(:)
|
|
||||||
integer , allocatable :: Vi(:,:)
|
|
||||||
double precision :: s
|
|
||||||
PROVIDE ao_num
|
|
||||||
|
|
||||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'r', TREXIO_AUTO, rc)
|
|
||||||
if (f == 0_8) then
|
|
||||||
print *, 'Unable to open TREXIO file for reading'
|
|
||||||
print *, 'rc = ', rc
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (trexio_has_nucleus_repulsion(f) == TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
rc = trexio_read_nucleus_repulsion(f, s)
|
|
||||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
|
||||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
print *, irp_here, rc
|
|
||||||
print *, 'Error reading nuclear repulsion'
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
call ezfio_set_nuclei_nuclear_repulsion(s)
|
|
||||||
call ezfio_set_nuclei_io_nuclear_repulsion('Read')
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
! AO integrals
|
|
||||||
! ------------
|
|
||||||
|
|
||||||
allocate(A(ao_num, ao_num))
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (trexio_has_ao_1e_int_overlap(f) == TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
rc = trexio_read_ao_1e_int_overlap(f, A)
|
|
||||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
print *, irp_here
|
|
||||||
print *, 'Error reading AO overlap'
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_overlap(A)
|
|
||||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_overlap('Read')
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if (trexio_has_ao_1e_int_kinetic(f) == TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
rc = trexio_read_ao_1e_int_kinetic(f, A)
|
|
||||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
print *, irp_here
|
|
||||||
print *, 'Error reading AO kinetic integrals'
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_kinetic(A)
|
|
||||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_kinetic('Read')
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
! if (trexio_has_ao_1e_int_ecp(f) == TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
! rc = trexio_read_ao_1e_int_ecp(f, A)
|
|
||||||
! if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
! print *, irp_here
|
|
||||||
! print *, 'Error reading AO ECP local integrals'
|
|
||||||
! stop -1
|
|
||||||
! endif
|
|
||||||
! call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_pseudo(A)
|
|
||||||
! call ezfio_set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_pseudo('Read')
|
|
||||||
! endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if (trexio_has_ao_1e_int_potential_n_e(f) == TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
rc = trexio_read_ao_1e_int_potential_n_e(f, A)
|
|
||||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
print *, irp_here
|
|
||||||
print *, 'Error reading AO potential N-e integrals'
|
|
||||||
stop -1
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_n_e(A)
|
|
||||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_n_e('Read')
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
deallocate(A)
|
|
||||||
|
|
||||||
! AO 2e integrals
|
|
||||||
! ---------------
|
|
||||||
PROVIDE ao_integrals_map
|
|
||||||
|
|
||||||
integer*4 :: BUFSIZE
|
|
||||||
BUFSIZE=ao_num**2
|
|
||||||
allocate(buffer_i(BUFSIZE), buffer_values(BUFSIZE))
|
|
||||||
allocate(Vi(4,BUFSIZE), V(BUFSIZE))
|
|
||||||
|
|
||||||
integer*8 :: offset, icount
|
|
||||||
|
|
||||||
offset = 0_8
|
|
||||||
icount = BUFSIZE
|
|
||||||
rc = TREXIO_SUCCESS
|
|
||||||
do while (icount == size(V))
|
|
||||||
rc = trexio_read_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, Vi, V)
|
|
||||||
do m=1,icount
|
|
||||||
i = Vi(1,m)
|
|
||||||
j = Vi(2,m)
|
|
||||||
k = Vi(3,m)
|
|
||||||
l = Vi(4,m)
|
|
||||||
integral = V(m)
|
|
||||||
call two_e_integrals_index(i, j, k, l, buffer_i(m) )
|
|
||||||
buffer_values(m) = integral
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
call insert_into_ao_integrals_map(int(icount,4),buffer_i,buffer_values)
|
|
||||||
offset = offset + icount
|
|
||||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
|
||||||
exit
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
end do
|
|
||||||
n_integrals = offset
|
|
||||||
|
|
||||||
call map_sort(ao_integrals_map)
|
|
||||||
call map_unique(ao_integrals_map)
|
|
||||||
|
|
||||||
call map_save_to_disk(trim(ezfio_filename)//'/work/ao_ints',ao_integrals_map)
|
|
||||||
call ezfio_set_ao_two_e_ints_io_ao_two_e_integrals('Read')
|
|
||||||
|
|
||||||
end
|
|
||||||
@ -1,23 +0,0 @@
|
|||||||
#!/bin/bash
|
|
||||||
|
|
||||||
# Check if the QP_ROOT environment variable is set.
|
|
||||||
if [[ -z ${QP_ROOT} ]]
|
|
||||||
then
|
|
||||||
print "The QP_ROOT environment variable is not set."
|
|
||||||
print "Please reload the quantum_package.rc file."
|
|
||||||
exit -1
|
|
||||||
fi
|
|
||||||
|
|
||||||
pkg-config --libs trexio > LIB
|
|
||||||
|
|
||||||
scripts_list="qp_import_trexio.py"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Destroy ONLY the symbolic link for the scripts to be used in the
|
|
||||||
# ${QP_ROOT}/scripts/ directory.
|
|
||||||
for i in $scripts_list
|
|
||||||
do
|
|
||||||
find ${QP_ROOT}/scripts/$i -type l -delete 2> /dev/null
|
|
||||||
done
|
|
||||||
|
|
||||||
# Create symlink in scripts
|
|
||||||
ln --symbolic ${PWD}/qp_import_trexio.py $QP_ROOT/scripts
|
|
||||||
@ -1,397 +0,0 @@
|
|||||||
#!/usr/bin/env python3
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
convert TREXIO file to EZFIO
|
|
||||||
|
|
||||||
Usage:
|
|
||||||
qp_import_trexio [-o EZFIO_DIR] FILE
|
|
||||||
|
|
||||||
Options:
|
|
||||||
-o --output=EZFIO_DIR Produced directory
|
|
||||||
by default is FILE.ezfio
|
|
||||||
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
|
|
||||||
import sys
|
|
||||||
import os
|
|
||||||
import trexio
|
|
||||||
import numpy as np
|
|
||||||
from functools import reduce
|
|
||||||
from ezfio import ezfio
|
|
||||||
from docopt import docopt
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
QP_ROOT = os.environ["QP_ROOT"]
|
|
||||||
QP_EZFIO = os.environ["QP_EZFIO"]
|
|
||||||
except KeyError:
|
|
||||||
print("Error: QP_ROOT environment variable not found.")
|
|
||||||
sys.exit(1)
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
sys.path = [QP_EZFIO + "/Python",
|
|
||||||
QP_ROOT + "/install/resultsFile",
|
|
||||||
QP_ROOT + "/install",
|
|
||||||
QP_ROOT + "/scripts"] + sys.path
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def generate_xyz(l):
|
|
||||||
|
|
||||||
def create_z(x,y,z):
|
|
||||||
return (x, y, l-(x+y))
|
|
||||||
|
|
||||||
def create_y(accu,x,y,z):
|
|
||||||
if y == 0:
|
|
||||||
result = [create_z(x,y,z)] + accu
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
result = create_y([create_z(x,y,z)] + accu , x, y-1, z)
|
|
||||||
return result
|
|
||||||
|
|
||||||
def create_x(accu,x,y,z):
|
|
||||||
if x == 0:
|
|
||||||
result = create_y([], x,y,z) + accu
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
xnew = x-1
|
|
||||||
ynew = l-xnew
|
|
||||||
result = create_x(create_y([],x,y,z) + accu , xnew, ynew, z)
|
|
||||||
return result
|
|
||||||
|
|
||||||
result = create_x([], l, 0, 0)
|
|
||||||
result.reverse()
|
|
||||||
return result
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
trexio_file = trexio.File(trexio_filename,mode='r',back_end=trexio.TREXIO_TEXT)
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
trexio_file = trexio.File(trexio_filename,mode='r',back_end=trexio.TREXIO_HDF5)
|
|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_file(filename)
|
|
||||||
ezfio.set_trexio_trexio_file(trexio_filename)
|
|
||||||
|
|
||||||
print("Nuclei\t\t...\t", end=' ')
|
|
||||||
|
|
||||||
charge = trexio.read_nucleus_charge(trexio_file)
|
|
||||||
ezfio.set_nuclei_nucl_num(len(charge))
|
|
||||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
|
|
||||||
|
|
||||||
coord = trexio.read_nucleus_coord(trexio_file)
|
|
||||||
coord = np.transpose(coord)
|
|
||||||
ezfio.set_nuclei_nucl_coord(coord)
|
|
||||||
|
|
||||||
label = trexio.read_nucleus_label(trexio_file)
|
|
||||||
nucl_num = trexio.read_nucleus_num(trexio_file)
|
|
||||||
|
|
||||||
# Transformt H1 into H
|
|
||||||
import re
|
|
||||||
p = re.compile(r'(\d*)$')
|
|
||||||
label = [p.sub("", x).capitalize() for x in label]
|
|
||||||
ezfio.set_nuclei_nucl_label(label)
|
|
||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
print("Electrons\t...\t", end=' ')
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
num_beta = trexio.read_electron_dn_num(trexio_file)
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
num_beta = sum(charge)//2
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
num_alpha = trexio.read_electron_up_num(trexio_file)
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
num_alpha = sum(charge) - num_beta
|
|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(num_alpha)
|
|
||||||
ezfio.set_electrons_elec_beta_num(num_beta)
|
|
||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
|
||||||
|
|
||||||
print("Basis\t\t...\t", end=' ')
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
basis_type = trexio.read_basis_type(trexio_file)
|
|
||||||
|
|
||||||
if basis_type.lower() != "gaussian":
|
|
||||||
raise TypeError
|
|
||||||
|
|
||||||
shell_num = trexio.read_basis_shell_num(trexio_file)
|
|
||||||
prim_num = trexio.read_basis_prim_num(trexio_file)
|
|
||||||
ang_mom = trexio.read_basis_shell_ang_mom(trexio_file)
|
|
||||||
nucl_index = trexio.read_basis_nucleus_index(trexio_file)
|
|
||||||
exponent = trexio.read_basis_exponent(trexio_file)
|
|
||||||
coefficient = trexio.read_basis_coefficient(trexio_file)
|
|
||||||
shell_index = trexio.read_basis_shell_index(trexio_file)
|
|
||||||
ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
|
|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_basis_basis("Read from TREXIO")
|
|
||||||
ezfio.set_basis_shell_num(shell_num)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_prim_num(prim_num)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_shell_ang_mom(ang_mom)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_basis_nucleus_index([ x+1 for x in nucl_index ])
|
|
||||||
ezfio.set_basis_prim_expo(exponent)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_prim_coef(coefficient)
|
|
||||||
|
|
||||||
nucl_shell_num = []
|
|
||||||
prev = None
|
|
||||||
m = 0
|
|
||||||
for i in ao_shell:
|
|
||||||
if i != prev:
|
|
||||||
m += 1
|
|
||||||
if prev is None or nucl_index[i] != nucl_index[prev]:
|
|
||||||
nucl_shell_num.append(m)
|
|
||||||
m = 0
|
|
||||||
prev = i
|
|
||||||
assert (len(nucl_shell_num) == nucl_num)
|
|
||||||
|
|
||||||
shell_prim_num = []
|
|
||||||
prev = shell_index[0]
|
|
||||||
count = 0
|
|
||||||
for i in shell_index:
|
|
||||||
if i != prev:
|
|
||||||
shell_prim_num.append(count)
|
|
||||||
count = 0
|
|
||||||
count += 1
|
|
||||||
prev = i
|
|
||||||
shell_prim_num.append(count)
|
|
||||||
|
|
||||||
assert (len(shell_prim_num) == shell_num)
|
|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_basis_shell_prim_num(shell_prim_num)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_shell_index([x+1 for x in shell_index])
|
|
||||||
ezfio.set_basis_nucleus_shell_num(nucl_shell_num)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
shell_factor = trexio.read_basis_shell_factor(trexio_file)
|
|
||||||
prim_factor = trexio.read_basis_prim_factor(trexio_file)
|
|
||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
print("None")
|
|
||||||
|
|
||||||
print("AOS\t\t...\t", end=' ')
|
|
||||||
|
|
||||||
ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
|
|
||||||
cartesian = trexio.read_ao_cartesian(trexio_file)
|
|
||||||
if not cartesian:
|
|
||||||
raise TypeError('Only cartesian TREXIO files can be converted')
|
|
||||||
|
|
||||||
ao_num = trexio.read_ao_num(trexio_file)
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_num(ao_num)
|
|
||||||
|
|
||||||
at = [ nucl_index[i]+1 for i in ao_shell ]
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(at)
|
|
||||||
|
|
||||||
num_prim0 = [ 0 for i in range(shell_num) ]
|
|
||||||
for i in shell_index:
|
|
||||||
num_prim0[i] += 1
|
|
||||||
|
|
||||||
coef = {}
|
|
||||||
expo = {}
|
|
||||||
for i,c in enumerate(coefficient):
|
|
||||||
idx = shell_index[i]
|
|
||||||
if idx in coef:
|
|
||||||
coef[idx].append(c)
|
|
||||||
expo[idx].append(exponent[i])
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
coef[idx] = [c]
|
|
||||||
expo[idx] = [exponent[i]]
|
|
||||||
|
|
||||||
coefficient = []
|
|
||||||
exponent = []
|
|
||||||
power_x = []
|
|
||||||
power_y = []
|
|
||||||
power_z = []
|
|
||||||
num_prim = []
|
|
||||||
|
|
||||||
for i in range(shell_num):
|
|
||||||
for x,y,z in generate_xyz(ang_mom[i]):
|
|
||||||
power_x.append(x)
|
|
||||||
power_y.append(y)
|
|
||||||
power_z.append(z)
|
|
||||||
coefficient.append(coef[i])
|
|
||||||
exponent.append(expo[i])
|
|
||||||
num_prim.append(num_prim0[i])
|
|
||||||
|
|
||||||
assert (len(coefficient) == ao_num)
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_power(power_x + power_y + power_z)
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(num_prim)
|
|
||||||
|
|
||||||
prim_num_max = max( [ len(x) for x in coefficient ] )
|
|
||||||
|
|
||||||
for i in range(ao_num):
|
|
||||||
coefficient[i] += [0. for j in range(len(coefficient[i]), prim_num_max)]
|
|
||||||
exponent [i] += [0. for j in range(len(exponent[i]), prim_num_max)]
|
|
||||||
|
|
||||||
coefficient = reduce(lambda x, y: x + y, coefficient, [])
|
|
||||||
exponent = reduce(lambda x, y: x + y, exponent , [])
|
|
||||||
|
|
||||||
coef = []
|
|
||||||
expo = []
|
|
||||||
for i in range(prim_num_max):
|
|
||||||
for j in range(i, len(coefficient), prim_num_max):
|
|
||||||
coef.append(coefficient[j])
|
|
||||||
expo.append(exponent[j])
|
|
||||||
|
|
||||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max(prim_num_max)
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_coef(coef)
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_expo(expo)
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_basis("Read from TREXIO")
|
|
||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
# _
|
|
||||||
# |\/| _ _ |_) _. _ o _
|
|
||||||
# | | (_) _> |_) (_| _> | _>
|
|
||||||
#
|
|
||||||
|
|
||||||
print("MOS\t\t...\t", end=' ')
|
|
||||||
|
|
||||||
labels = { "Canonical" : "Canonical",
|
|
||||||
"RHF" : "Canonical",
|
|
||||||
"BOYS" : "Localized",
|
|
||||||
"ROHF" : "Canonical",
|
|
||||||
"UHF" : "Canonical",
|
|
||||||
"Natural": "Natural" }
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
label = labels[trexio.read_mo_type(trexio_file)]
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
label = "None"
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_label(label)
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
clss = trexio.read_mo_class(trexio_file)
|
|
||||||
core = [ i for i in clss if i.lower() == "core" ]
|
|
||||||
inactive = [ i for i in clss if i.lower() == "inactive" ]
|
|
||||||
active = [ i for i in clss if i.lower() == "active" ]
|
|
||||||
virtual = [ i for i in clss if i.lower() == "virtual" ]
|
|
||||||
deleted = [ i for i in clss if i.lower() == "deleted" ]
|
|
||||||
except trexio.Error:
|
|
||||||
pass
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
mo_num = trexio.read_mo_num(trexio_file)
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_num(mo_num)
|
|
||||||
|
|
||||||
MoMatrix = trexio.read_mo_coefficient(trexio_file)
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_coef(MoMatrix)
|
|
||||||
|
|
||||||
mo_occ = [ 0. for i in range(mo_num) ]
|
|
||||||
for i in range(num_alpha):
|
|
||||||
mo_occ[i] += 1.
|
|
||||||
for i in range(num_beta):
|
|
||||||
mo_occ[i] += 1.
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_occ(mo_occ)
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
pass
|
|
||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
|
||||||
|
|
||||||
|
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print("Pseudos\t\t...\t", end=' ')
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ezfio.set_pseudo_do_pseudo(False)
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if trexio.has_ecp_ang_mom(trexio_file):
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ezfio.set_pseudo_do_pseudo(True)
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max_ang_mom_plus_1 = trexio.read_ecp_max_ang_mom_plus_1(trexio_file)
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||||||
z_core = trexio.read_ecp_z_core(trexio_file)
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||||||
ang_mom = trexio.read_ecp_ang_mom(trexio_file)
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||||||
nucleus_index = trexio.read_ecp_nucleus_index(trexio_file)
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||||||
exponent = trexio.read_ecp_exponent(trexio_file)
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||||||
coefficient = trexio.read_ecp_coefficient(trexio_file)
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||||||
power = trexio.read_ecp_power(trexio_file)
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||||||
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lmax = max( max_ang_mom_plus_1 ) - 1
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ezfio.set_pseudo_pseudo_lmax(lmax)
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ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(z_core)
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prev_center = None
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ecp = {}
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for i in range(len(ang_mom)):
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center = nucleus_index[i]
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if center != prev_center:
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ecp[center] = { "lmax": max_ang_mom_plus_1[center],
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"zcore": z_core[center],
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"contr": {} }
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for j in range(max_ang_mom_plus_1[center]+1):
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ecp[center]["contr"][j] = []
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ecp[center]["contr"][ang_mom[i]].append( (coefficient[i], power[i], exponent[i]) )
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prev_center = center
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ecp_loc = {}
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ecp_nl = {}
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kmax = 0
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klocmax = 0
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for center in ecp:
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ecp_nl [center] = {}
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for k in ecp[center]["contr"]:
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if k == ecp[center]["lmax"]:
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ecp_loc[center] = ecp[center]["contr"][k]
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||||||
klocmax = max(len(ecp_loc[center]), klocmax)
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||||||
else:
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ecp_nl [center][k] = ecp[center]["contr"][k]
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||||||
kmax = max(len(ecp_nl [center][k]), kmax)
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||||||
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ezfio.set_pseudo_pseudo_klocmax(klocmax)
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||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_kmax(kmax)
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||||||
pseudo_n_k = [[0 for _ in range(nucl_num)] for _ in range(klocmax)]
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||||||
pseudo_v_k = [[0. for _ in range(nucl_num)] for _ in range(klocmax)]
|
|
||||||
pseudo_dz_k = [[0. for _ in range(nucl_num)] for _ in range(klocmax)]
|
|
||||||
pseudo_n_kl = [[[0 for _ in range(nucl_num)] for _ in range(kmax)] for _ in range(lmax+1)]
|
|
||||||
pseudo_v_kl = [[[0. for _ in range(nucl_num)] for _ in range(kmax)] for _ in range(lmax+1)]
|
|
||||||
pseudo_dz_kl = [[[0. for _ in range(nucl_num)] for _ in range(kmax)] for _ in range(lmax+1)]
|
|
||||||
for center in ecp_loc:
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||||||
for k in range( len(ecp_loc[center]) ):
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v, n, dz = ecp_loc[center][k]
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||||||
pseudo_n_k[k][center] = n
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pseudo_v_k[k][center] = v
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||||||
pseudo_dz_k[k][center] = dz
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||||||
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||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_k(pseudo_n_k)
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||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_k(pseudo_v_k)
|
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||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_k(pseudo_dz_k)
|
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||||||
|
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||||||
for center in ecp_nl:
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||||||
for l in range( len(ecp_nl[center]) ):
|
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||||||
for k in range( len(ecp_nl[center][l]) ):
|
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||||||
v, n, dz = ecp_nl[center][l][k]
|
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||||||
pseudo_n_kl[l][k][center] = n
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||||||
pseudo_v_kl[l][k][center] = v
|
|
||||||
pseudo_dz_kl[l][k][center] = dz
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||||||
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||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_kl(pseudo_n_kl)
|
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||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_kl(pseudo_v_kl)
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||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_kl(pseudo_dz_kl)
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print("OK")
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def get_full_path(file_path):
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file_path = os.path.expanduser(file_path)
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file_path = os.path.expandvars(file_path)
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return file_path
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if __name__ == '__main__':
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ARGUMENTS = docopt(__doc__)
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FILE = get_full_path(ARGUMENTS['FILE'])
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trexio_filename = FILE
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if ARGUMENTS["--output"]:
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EZFIO_FILE = get_full_path(ARGUMENTS["--output"])
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else:
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EZFIO_FILE = "{0}.ezfio".format(FILE)
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write_ezfio(trexio_filename, EZFIO_FILE)
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||||||
sys.stdout.flush()
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@ -1,20 +0,0 @@
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BEGIN_PROVIDER [ character*(1024), trexio_filename ]
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implicit none
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BEGIN_DOC
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||||||
! Name of the TREXIO file
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END_DOC
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character*(1024) :: prefix
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trexio_filename = trexio_file
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if (trexio_file == 'None') then
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prefix = trim(ezfio_work_dir)//trim(ezfio_filename)
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if (backend == 0) then
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trexio_filename = trim(prefix)//'.h5'
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||||||
else if (backend == 1) then
|
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||||||
trexio_filename = trim(prefix)
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||||||
endif
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||||||
endif
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||||||
END_PROVIDER
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@ -1 +0,0 @@
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#include "trexio_f.f90"
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||||||
@ -1,20 +0,0 @@
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|||||||
#!/bin/bash
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||||||
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||||||
# Check if the QP_ROOT environment variable is set.
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if [[ -z ${QP_ROOT} ]]
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then
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||||||
print "The QP_ROOT environment variable is not set."
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||||||
print "Please reload the quantum_package.rc file."
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||||||
exit -1
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||||||
fi
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||||||
scripts_list="qp_import_trexio.py"
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||||||
# Destroy ONLY the symbolic link for the scripts to be used in the
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||||||
# ${QP_ROOT}/scripts/ directory.
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||||||
for i in $scripts_list
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do
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find ${QP_ROOT}/scripts/$i -type l -delete
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done
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