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synced 2024-11-07 14:43:41 +01:00
Import trexio
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parent
f87df2b4e9
commit
e789983821
@ -120,7 +120,7 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
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nucl_index = trexio.read_basis_nucleus_index(trexio_file)
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nucl_index = trexio.read_basis_nucleus_index(trexio_file)
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||||||
ezfio.set_basis_shell_ang_mom(ang_mom)
|
ezfio.set_basis_shell_ang_mom(ang_mom)
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ezfio.set_basis_basis_nucleus_index(nucl_index)
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ezfio.set_basis_basis_nucleus_index([ x+1 for x in nucl_index ])
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exponent = trexio.read_basis_exponent(trexio_file)
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exponent = trexio.read_basis_exponent(trexio_file)
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coefficient = trexio.read_basis_coefficient(trexio_file)
|
coefficient = trexio.read_basis_coefficient(trexio_file)
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||||||
@ -131,29 +131,34 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
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|||||||
shell_index = trexio.read_basis_shell_index(trexio_file)
|
shell_index = trexio.read_basis_shell_index(trexio_file)
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ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
|
ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
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||||||
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shell_prim_num = []
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nucl_shell_num = []
|
nucl_shell_num = []
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prev = None
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prev = None
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count = 0
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n = 0
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m = 0
|
m = 0
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||||||
for i in ao_shell:
|
for i in ao_shell:
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count += 1
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if i != prev:
|
if i != prev:
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n += 1
|
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||||||
m += 1
|
m += 1
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||||||
if prev is None or nucl_index[i] != nucl_index[prev]:
|
if prev is None or nucl_index[i] != nucl_index[prev]:
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||||||
nucl_shell_num.append(m)
|
nucl_shell_num.append(m)
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||||||
m = 0
|
m = 0
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shell_prim_num.append(count)
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count = 0
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prev = i
|
prev = i
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||||||
assert (len(nucl_shell_num) == nucl_num)
|
assert (len(nucl_shell_num) == nucl_num)
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||||||
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||||||
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shell_prim_num = []
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prev = shell_index[0]
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count = 0
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for i in shell_index:
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|
if i != prev:
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||||||
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shell_prim_num.append(count)
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|
count = 0
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||||||
|
count += 1
|
||||||
|
prev = i
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||||||
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shell_prim_num.append(count)
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||||||
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||||||
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print(shell_prim_num)
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assert (len(shell_prim_num) == shell_num)
|
assert (len(shell_prim_num) == shell_num)
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||||||
ezfio.set_basis_shell_prim_num(shell_prim_num)
|
ezfio.set_basis_shell_prim_num(shell_prim_num)
|
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ezfio.set_basis_shell_index(shell_index)
|
ezfio.set_basis_shell_index([x+1 for x in shell_index])
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||||||
ezfio.set_basis_nucleus_shell_num(nucl_shell_num)
|
ezfio.set_basis_nucleus_shell_num(nucl_shell_num)
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||||||
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||||||
@ -169,7 +174,7 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
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|||||||
ao_num = trexio.read_ao_num(trexio_file)
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ao_num = trexio.read_ao_num(trexio_file)
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||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_num(ao_num)
|
ezfio.set_ao_basis_ao_num(ao_num)
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at = [ nucl_index[i] for i in ao_shell ]
|
at = [ nucl_index[i]+1 for i in ao_shell ]
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ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(at)
|
ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(at)
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||||||
|
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||||||
num_prim0 = [ 0 for i in range(shell_num) ]
|
num_prim0 = [ 0 for i in range(shell_num) ]
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||||||
@ -203,7 +208,6 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
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|||||||
exponent.append(expo[i])
|
exponent.append(expo[i])
|
||||||
num_prim.append(num_prim0[i])
|
num_prim.append(num_prim0[i])
|
||||||
|
|
||||||
print (len(coefficient) , ao_num, len(ao_shell))
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||||||
assert (len(coefficient) == ao_num)
|
assert (len(coefficient) == ao_num)
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_power(power_x + power_y + power_z)
|
ezfio.set_ao_basis_ao_power(power_x + power_y + power_z)
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(num_prim)
|
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(num_prim)
|
||||||
@ -243,17 +247,26 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|||||||
label = trexio.read_mo_type(trexio_file)
|
label = trexio.read_mo_type(trexio_file)
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_label(label)
|
ezfio.set_mo_basis_mo_label(label)
|
||||||
|
|
||||||
clss = trexio.read_mo_class(trexio_file)
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try:
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||||||
core = [ i for i in clss if i.lower() == "core" ]
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clss = trexio.read_mo_class(trexio_file)
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||||||
inactive = [ i for i in clss if i.lower() == "inactive" ]
|
core = [ i for i in clss if i.lower() == "core" ]
|
||||||
active = [ i for i in clss if i.lower() == "active" ]
|
inactive = [ i for i in clss if i.lower() == "inactive" ]
|
||||||
virtual = [ i for i in clss if i.lower() == "virtual" ]
|
active = [ i for i in clss if i.lower() == "active" ]
|
||||||
deleted = [ i for i in clss if i.lower() == "deleted" ]
|
virtual = [ i for i in clss if i.lower() == "virtual" ]
|
||||||
|
deleted = [ i for i in clss if i.lower() == "deleted" ]
|
||||||
|
except trexio.Error:
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||||||
|
pass
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||||||
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MoMatrix = trexio.read_mo_coefficient(trexio_file)
|
MoMatrix = trexio.read_mo_coefficient(trexio_file)
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||||||
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_num(mo_num)
|
ezfio.set_mo_basis_mo_num(mo_num)
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_coef(MoMatrix)
|
ezfio.set_mo_basis_mo_coef(MoMatrix)
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||||||
|
mo_occ = [ 0. for i in range(mo_num) ]
|
||||||
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for i in range(num_alpha):
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||||||
|
mo_occ[i] += 1.
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||||||
|
for i in range(num_beta):
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||||||
|
mo_occ[i] += 1.
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||||||
|
ezfio.set_mo_basis_mo_occ(mo_occ)
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||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
print("OK")
|
||||||
|
|
||||||
@ -282,7 +295,7 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|||||||
center = nucleus_index[i]
|
center = nucleus_index[i]
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||||||
if center != prev_center:
|
if center != prev_center:
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||||||
ecp[center] = { "lmax": max_ang_mom_plus_1[center],
|
ecp[center] = { "lmax": max_ang_mom_plus_1[center],
|
||||||
"zcore": zcore[center],
|
"zcore": z_core[center],
|
||||||
"contr": {} }
|
"contr": {} }
|
||||||
for i in range(max_ang_mom_plus_1[center]+1):
|
for i in range(max_ang_mom_plus_1[center]+1):
|
||||||
ecp[center]["contr"][i] = []
|
ecp[center]["contr"][i] = []
|
||||||
@ -295,13 +308,14 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|||||||
kmax = 0
|
kmax = 0
|
||||||
klocmax = 0
|
klocmax = 0
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||||||
for center in ecp:
|
for center in ecp:
|
||||||
|
ecp_nl [center] = {}
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||||||
for k in ecp[center]["contr"]:
|
for k in ecp[center]["contr"]:
|
||||||
if k == ecp[center]["lmax"]:
|
if k == ecp[center]["lmax"]:
|
||||||
ecp_loc[center] = ecp[center]["contr"][k]
|
ecp_loc[center] = ecp[center]["contr"][k]
|
||||||
klocmax = max(len(ecp_loc[center], klocmax))
|
klocmax = max(len(ecp_loc[center]), klocmax)
|
||||||
else:
|
else:
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||||||
ecp_nl [center][k] = ecp[center]["contr"][k]
|
ecp_nl [center][k] = ecp[center]["contr"][k]
|
||||||
kmax = max(len(ecp_nl [center][k], kmax))
|
kmax = max(len(ecp_nl [center][k]), kmax)
|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_klocmax(klocmax)
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_klocmax(klocmax)
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_kmax(kmax)
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_kmax(kmax)
|
||||||
@ -335,9 +349,7 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_kl(pseudo_v_kl)
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_kl(pseudo_v_kl)
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_kl(pseudo_dz_kl)
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_kl(pseudo_dz_kl)
|
||||||
|
|
||||||
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charge = [ x-y for x,y in zip(charge,z_core) ]
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||||||
for i in range(nucl_num):
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charge[i] -= nucl_charge_remove[i]
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||||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
|
ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
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|
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||||||
print("OK")
|
print("OK")
|
||||||
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