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synced 2024-11-07 06:33:40 +01:00
Allow no basis set
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parent
192f4c6913
commit
6f04cc0eb0
@ -1,8 +1,22 @@
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||||
program import_integrals_ao
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call run
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use trexio
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implicit none
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integer(trexio_t) :: f ! TREXIO file handle
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integer(trexio_exit_code) :: rc
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||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'r', TREXIO_AUTO, rc)
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||||
if (f == 0_8) then
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print *, 'Unable to open TREXIO file for reading'
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print *, 'rc = ', rc
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stop -1
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||||
endif
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call run(f)
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rc = trexio_close(f)
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call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
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end
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subroutine run
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||||
subroutine run(f)
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use trexio
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use map_module
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implicit none
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||||
@ -10,7 +24,7 @@ subroutine run
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||||
! Program to import integrals from TREXIO
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END_DOC
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||||
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||||
integer(trexio_t) :: f ! TREXIO file handle
|
||||
integer(trexio_t), intent(in) :: f ! TREXIO file handle
|
||||
integer(trexio_exit_code) :: rc
|
||||
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||||
integer ::i,j,k,l
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||||
@ -25,16 +39,6 @@ subroutine run
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||||
double precision, allocatable :: V(:)
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||||
integer , allocatable :: Vi(:,:)
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||||
double precision :: s
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||||
PROVIDE ao_num
|
||||
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||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'r', TREXIO_AUTO, rc)
|
||||
if (f == 0_8) then
|
||||
print *, 'Unable to open TREXIO file for reading'
|
||||
print *, 'rc = ', rc
|
||||
stop -1
|
||||
endif
|
||||
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||||
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||||
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||||
if (trexio_has_nucleus_repulsion(f) == TREXIO_SUCCESS) then
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||||
rc = trexio_read_nucleus_repulsion(f, s)
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@ -72,22 +72,30 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
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print("Nuclei\t\t...\t", end=' ')
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charge = trexio.read_nucleus_charge(trexio_file)
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ezfio.set_nuclei_nucl_num(len(charge))
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||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
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||||
charge = [0.]
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||||
if trexio.has_nucleus(trexio_file):
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||||
charge = trexio.read_nucleus_charge(trexio_file)
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||||
ezfio.set_nuclei_nucl_num(len(charge))
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
|
||||
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||||
coord = trexio.read_nucleus_coord(trexio_file)
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||||
coord = np.transpose(coord)
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||||
ezfio.set_nuclei_nucl_coord(coord)
|
||||
coord = trexio.read_nucleus_coord(trexio_file)
|
||||
coord = np.transpose(coord)
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_coord(coord)
|
||||
|
||||
label = trexio.read_nucleus_label(trexio_file)
|
||||
nucl_num = trexio.read_nucleus_num(trexio_file)
|
||||
label = trexio.read_nucleus_label(trexio_file)
|
||||
nucl_num = trexio.read_nucleus_num(trexio_file)
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||||
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||||
# Transformt H1 into H
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import re
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||||
p = re.compile(r'(\d*)$')
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||||
label = [p.sub("", x).capitalize() for x in label]
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||||
ezfio.set_nuclei_nucl_label(label)
|
||||
# Transformt H1 into H
|
||||
import re
|
||||
p = re.compile(r'(\d*)$')
|
||||
label = [p.sub("", x).capitalize() for x in label]
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_label(label)
|
||||
|
||||
else:
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_num(1)
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge([0.])
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_coord([0.,0.,0.])
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||||
ezfio.set_nuclei_nucl_label(["X"])
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||||
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||||
print("OK")
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||||
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||||
@ -104,6 +112,9 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
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||||
except:
|
||||
num_alpha = sum(charge) - num_beta
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||||
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||||
if num_alpha == 0:
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||||
print("\n\nError: There are zero electrons in the TREXIO file.\n\n")
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||||
sys.exit(1)
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||||
ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(num_alpha)
|
||||
ezfio.set_electrons_elec_beta_num(num_beta)
|
||||
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||||
@ -111,10 +122,11 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
||||
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||||
print("Basis\t\t...\t", end=' ')
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||||
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||||
shell_num = 0
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try:
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||||
basis_type = trexio.read_basis_type(trexio_file)
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||||
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||||
if basis_type.lower() != "gaussian":
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||||
|
||||
if basis_type.lower() not in ["gaussian", "slater"]:
|
||||
raise TypeError
|
||||
|
||||
shell_num = trexio.read_basis_shell_num(trexio_file)
|
||||
@ -173,72 +185,77 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
||||
|
||||
print("AOS\t\t...\t", end=' ')
|
||||
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||||
ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
|
||||
cartesian = trexio.read_ao_cartesian(trexio_file)
|
||||
try:
|
||||
cartesian = trexio.read_ao_cartesian(trexio_file)
|
||||
except:
|
||||
cartesian = True
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||||
|
||||
if not cartesian:
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||||
raise TypeError('Only cartesian TREXIO files can be converted')
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||||
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||||
ao_num = trexio.read_ao_num(trexio_file)
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||||
ezfio.set_ao_basis_ao_num(ao_num)
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||||
at = [ nucl_index[i]+1 for i in ao_shell ]
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(at)
|
||||
if shell_num > 0:
|
||||
ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
|
||||
at = [ nucl_index[i]+1 for i in ao_shell ]
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(at)
|
||||
|
||||
num_prim0 = [ 0 for i in range(shell_num) ]
|
||||
for i in shell_index:
|
||||
num_prim0[i] += 1
|
||||
num_prim0 = [ 0 for i in range(shell_num) ]
|
||||
for i in shell_index:
|
||||
num_prim0[i] += 1
|
||||
|
||||
coef = {}
|
||||
expo = {}
|
||||
for i,c in enumerate(coefficient):
|
||||
idx = shell_index[i]
|
||||
if idx in coef:
|
||||
coef[idx].append(c)
|
||||
expo[idx].append(exponent[i])
|
||||
else:
|
||||
coef[idx] = [c]
|
||||
expo[idx] = [exponent[i]]
|
||||
coef = {}
|
||||
expo = {}
|
||||
for i,c in enumerate(coefficient):
|
||||
idx = shell_index[i]
|
||||
if idx in coef:
|
||||
coef[idx].append(c)
|
||||
expo[idx].append(exponent[i])
|
||||
else:
|
||||
coef[idx] = [c]
|
||||
expo[idx] = [exponent[i]]
|
||||
|
||||
coefficient = []
|
||||
exponent = []
|
||||
power_x = []
|
||||
power_y = []
|
||||
power_z = []
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||||
num_prim = []
|
||||
coefficient = []
|
||||
exponent = []
|
||||
power_x = []
|
||||
power_y = []
|
||||
power_z = []
|
||||
num_prim = []
|
||||
|
||||
for i in range(shell_num):
|
||||
for x,y,z in generate_xyz(ang_mom[i]):
|
||||
power_x.append(x)
|
||||
power_y.append(y)
|
||||
power_z.append(z)
|
||||
coefficient.append(coef[i])
|
||||
exponent.append(expo[i])
|
||||
num_prim.append(num_prim0[i])
|
||||
for i in range(shell_num):
|
||||
for x,y,z in generate_xyz(ang_mom[i]):
|
||||
power_x.append(x)
|
||||
power_y.append(y)
|
||||
power_z.append(z)
|
||||
coefficient.append(coef[i])
|
||||
exponent.append(expo[i])
|
||||
num_prim.append(num_prim0[i])
|
||||
|
||||
assert (len(coefficient) == ao_num)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_power(power_x + power_y + power_z)
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||||
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(num_prim)
|
||||
assert (len(coefficient) == ao_num)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_power(power_x + power_y + power_z)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(num_prim)
|
||||
|
||||
prim_num_max = max( [ len(x) for x in coefficient ] )
|
||||
prim_num_max = max( [ len(x) for x in coefficient ] )
|
||||
|
||||
for i in range(ao_num):
|
||||
coefficient[i] += [0. for j in range(len(coefficient[i]), prim_num_max)]
|
||||
exponent [i] += [0. for j in range(len(exponent[i]), prim_num_max)]
|
||||
for i in range(ao_num):
|
||||
coefficient[i] += [0. for j in range(len(coefficient[i]), prim_num_max)]
|
||||
exponent [i] += [0. for j in range(len(exponent[i]), prim_num_max)]
|
||||
|
||||
coefficient = reduce(lambda x, y: x + y, coefficient, [])
|
||||
exponent = reduce(lambda x, y: x + y, exponent , [])
|
||||
coefficient = reduce(lambda x, y: x + y, coefficient, [])
|
||||
exponent = reduce(lambda x, y: x + y, exponent , [])
|
||||
|
||||
coef = []
|
||||
expo = []
|
||||
for i in range(prim_num_max):
|
||||
for j in range(i, len(coefficient), prim_num_max):
|
||||
coef.append(coefficient[j])
|
||||
expo.append(exponent[j])
|
||||
coef = []
|
||||
expo = []
|
||||
for i in range(prim_num_max):
|
||||
for j in range(i, len(coefficient), prim_num_max):
|
||||
coef.append(coefficient[j])
|
||||
expo.append(exponent[j])
|
||||
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||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max(prim_num_max)
|
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ezfio.set_ao_basis_ao_coef(coef)
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||||
ezfio.set_ao_basis_ao_expo(expo)
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||||
ezfio.set_ao_basis_ao_basis("Read from TREXIO")
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||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max(prim_num_max)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_coef(coef)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_expo(expo)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_basis("Read from TREXIO")
|
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print("OK")
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