mirror of
https://gitlab.com/scemama/qp_plugins_scemama.git
synced 2024-08-30 07:53:39 +02:00
Plugin for reading AO integrals
This commit is contained in:
parent
ce2f6f4a67
commit
5e60f68b89
5
devel/density_matrix/.gitignore
vendored
5
devel/density_matrix/.gitignore
vendored
@ -1,5 +0,0 @@
|
|||||||
IRPF90_temp/
|
|
||||||
IRPF90_man/
|
|
||||||
irpf90.make
|
|
||||||
irpf90_entities
|
|
||||||
tags
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
|||||||
determinants
|
|
@ -1,5 +0,0 @@
|
|||||||
====================
|
|
||||||
DensityMatrix Module
|
|
||||||
====================
|
|
||||||
|
|
||||||
Prints the 1- and 2- body density matrices
|
|
@ -1,115 +0,0 @@
|
|||||||
use bitmasks
|
|
||||||
BEGIN_PROVIDER [ double precision, two_e_dm_aa, (mo_num,mo_num,mo_num,mo_num) ]
|
|
||||||
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, two_e_dm_bb, (mo_num,mo_num,mo_num,mo_num) ]
|
|
||||||
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, two_e_dm_ab, (mo_num,mo_num,mo_num,mo_num) ]
|
|
||||||
implicit none
|
|
||||||
use bitmasks
|
|
||||||
BEGIN_DOC
|
|
||||||
! Temporary files for 2-e dm calculation
|
|
||||||
END_DOC
|
|
||||||
integer :: getUnitAndOpen
|
|
||||||
|
|
||||||
integer :: k,l,degree, idx,i,j
|
|
||||||
integer :: exc(0:2,2,2),n_occ_alpha
|
|
||||||
double precision :: phase, coef
|
|
||||||
integer :: h1,h2,p1,p2,s1,s2, e1, e2
|
|
||||||
double precision :: ck, cl
|
|
||||||
character*(128), parameter :: f = '(i8,4(x,i5),x,d16.8)'
|
|
||||||
integer :: istate
|
|
||||||
|
|
||||||
two_e_dm_aa = 0.d0
|
|
||||||
two_e_dm_ab = 0.d0
|
|
||||||
two_e_dm_bb = 0.d0
|
|
||||||
|
|
||||||
istate = 1
|
|
||||||
! OMP PARALLEL DEFAULT(SHARED) PRIVATE(k,ck,ckl,i,j,e1,e2,cl,phase,h1,p1,h2,p2,s1,s2,occ)
|
|
||||||
! OMP DO SCHEDULE(dynamic,64)
|
|
||||||
do k=1,N_det
|
|
||||||
ck = psi_coef(k,istate)
|
|
||||||
call bitstring_to_list(psi_det(1,1,k), occ(1,1), n_occ_alpha, N_int)
|
|
||||||
call bitstring_to_list(psi_det(1,2,k), occ(1,2), n_occ_alpha, N_int)
|
|
||||||
ckl = psi_coef(k,istate) * psi_coef(k,istate)
|
|
||||||
do i = 1,elec_alpha_num
|
|
||||||
e1=occ(i,1)
|
|
||||||
do j = 1,elec_alpha_num
|
|
||||||
e2=occ(j,1)
|
|
||||||
! alpha-alpha
|
|
||||||
two_e_dm_aa(e1,e2,e1,e2) += 0.5d0*ckl
|
|
||||||
two_e_dm_aa(e1,e2,e2,e1) -= 0.5d0*ckl
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
do j = 1,elec_beta_num
|
|
||||||
e2=occ(j,2)
|
|
||||||
! alpha-beta
|
|
||||||
two_e_dm_ab(e1,e2,e1,e2) += ckl
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
do i = 1,elec_beta_num
|
|
||||||
e1=occ(i,2)
|
|
||||||
do j = 1,elec_beta_num
|
|
||||||
e2=occ(j,2)
|
|
||||||
! beta-beta
|
|
||||||
two_e_dm_bb(e1,e2,e1,e2) += 0.5d0*ckl
|
|
||||||
two_e_dm_bb(e1,e2,e2,e1) -= 0.5d0*ckl
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
do l=1,k-1
|
|
||||||
cl = 2.d0*psi_coef(l,istate)
|
|
||||||
call get_excitation_degree(psi_det(1,1,k),psi_det(1,1,l),degree,N_int)
|
|
||||||
if (degree == 2) then
|
|
||||||
call get_double_excitation(psi_det(1,1,k),psi_det(1,1,l),exc,phase,N_int)
|
|
||||||
call decode_exc(exc,degree,h1,p1,h2,p2,s1,s2)
|
|
||||||
ckl = phase*ck*cl
|
|
||||||
select case (s1+s2)
|
|
||||||
case(2) ! alpha alpha
|
|
||||||
two_e_dm_aa(h1,h2,p1,p2) += ckl
|
|
||||||
two_e_dm_aa(h1,h2,p2,p1) -= ckl
|
|
||||||
case(3) ! alpha beta
|
|
||||||
two_e_dm_ab(h1,h2,p1,p2) += ckl
|
|
||||||
case(4) ! beta beta
|
|
||||||
two_e_dm_bb(h1,h2,p1,p2) += ckl
|
|
||||||
two_e_dm_bb(h1,h2,p2,p1) -= ckl
|
|
||||||
end select
|
|
||||||
else if (degree == 1) then
|
|
||||||
call get_single_excitation(psi_det(1,1,k),psi_det(1,1,l),exc,phase,N_int)
|
|
||||||
call decode_exc(exc,degree,h1,p1,h2,p2,s1,s2)
|
|
||||||
double precision :: ckl
|
|
||||||
ckl = phase*ck*cl
|
|
||||||
call bitstring_to_list(psi_det(1,1,k), occ(1,1), n_occ_alpha, N_int)
|
|
||||||
call bitstring_to_list(psi_det(1,2,k), occ(1,2), n_occ_alpha, N_int)
|
|
||||||
select case (s1)
|
|
||||||
case (1) ! Alpha single excitation
|
|
||||||
integer :: occ(N_int*bit_kind_size,2)
|
|
||||||
do i = 1, elec_alpha_num
|
|
||||||
p2=occ(i,1)
|
|
||||||
h2=p2
|
|
||||||
two_e_dm_aa(h1,h2,p1,p2) += ckl
|
|
||||||
two_e_dm_aa(h1,h2,p2,p1) -= ckl
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
do i = 1, elec_beta_num
|
|
||||||
p2=occ(i,2)
|
|
||||||
h2=p2
|
|
||||||
two_e_dm_ab(h1,h2,p1,p2) += ckl
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
case (2) ! Beta single excitation
|
|
||||||
do i = 1, elec_alpha_num
|
|
||||||
p2=occ(i,1)
|
|
||||||
h2=p2
|
|
||||||
two_e_dm_ab(h1,h2,p1,p2) += ckl
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
do i = 1, elec_beta_num
|
|
||||||
p2=occ(i,2)
|
|
||||||
h2=p2
|
|
||||||
two_e_dm_bb(h1,h2,p1,p2) += ckl
|
|
||||||
two_e_dm_bb(h1,h2,p2,p1) -= ckl
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
end select
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
! OMP END DO
|
|
||||||
! OMP END PARALLEL
|
|
||||||
|
|
||||||
END_PROVIDER
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -1,43 +0,0 @@
|
|||||||
program print_2rdm
|
|
||||||
implicit none
|
|
||||||
integer :: i,j,k,l
|
|
||||||
double precision, external :: get_two_e_integral
|
|
||||||
read_wf = .True.
|
|
||||||
TOUCH read_wf
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision :: e(10)
|
|
||||||
double precision, parameter :: thr = 1.d-15
|
|
||||||
e = 0.d0
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, '1RDM'
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
if (dabs(one_e_dm_mo_alpha(i,j,1) + one_e_dm_mo_beta(i,j,1)) > thr) then
|
|
||||||
print *, i, j, one_e_dm_mo_alpha(i,j,1) + one_e_dm_mo_beta(i,j,1)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
e(4) += one_e_dm_mo_alpha(i,j,1) * mo_one_e_integrals(i,j)
|
|
||||||
e(4) += one_e_dm_mo_beta(i,j,1) * mo_one_e_integrals(i,j)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, '2RDM'
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
do k=1,mo_num
|
|
||||||
do l=1,mo_num
|
|
||||||
if (dabs(two_e_dm_aa(i,j,k,l) + two_e_dm_bb(i,j,k,l) + two_e_dm_ab(i,j,k,l)) > thr) then
|
|
||||||
print *, i, j, k, l, two_e_dm_aa(i,j,k,l) + two_e_dm_bb(i,j,k,l) + two_e_dm_ab(i,j,k,l)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
e(1) += two_e_dm_aa(i,j,k,l) * get_two_e_integral(i,j,k,l, mo_integrals_map)
|
|
||||||
e(2) += two_e_dm_bb(i,j,k,l) * get_two_e_integral(i,j,k,l, mo_integrals_map)
|
|
||||||
e(3) += two_e_dm_ab(i,j,k,l) * get_two_e_integral(i,j,k,l, mo_integrals_map)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, ''
|
|
||||||
print *, 'Energy ', sum(e(1:4)) + nuclear_repulsion
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
end
|
|
@ -1,78 +0,0 @@
|
|||||||
program print_2rdm_decomposed
|
|
||||||
implicit none
|
|
||||||
integer :: i,j,k,l
|
|
||||||
double precision, external :: get_two_e_integral
|
|
||||||
read_wf = .True.
|
|
||||||
TOUCH read_wf
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision :: e(10)
|
|
||||||
double precision, parameter :: thr = 1.d-15
|
|
||||||
e = 0.d0
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, '1RDM ALPHA'
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
if (dabs(one_e_dm_mo_alpha(i,j,1)) > thr) then
|
|
||||||
print *, i, j, one_e_dm_mo_alpha(i,j,1)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
e(4) += one_e_dm_mo_alpha(i,j,1) * mo_one_e_integrals(i,j)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, '1RDM BETA'
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
if (dabs(one_e_dm_mo_beta(i,j,1)) > thr) then
|
|
||||||
print *, i, j, one_e_dm_mo_beta(i,j,1)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
e(4) += one_e_dm_mo_beta(i,j,1) * mo_one_e_integrals(i,j)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, '2RDM ALPHA ALPHA'
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
do k=1,mo_num
|
|
||||||
do l=1,mo_num
|
|
||||||
if (dabs(two_e_dm_aa(i,j,k,l)) > thr) then
|
|
||||||
print *, i, j, k, l, two_e_dm_aa(i,j,k,l)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
e(1) += two_e_dm_aa(i,j,k,l) * get_two_e_integral(i,j,k,l, mo_integrals_map)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, '2RDM BETA BETA'
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
do k=1,mo_num
|
|
||||||
do l=1,mo_num
|
|
||||||
if (dabs(two_e_dm_bb(i,j,k,l)) > thr) then
|
|
||||||
print *, i, j, k, l, two_e_dm_bb(i,j,k,l)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
e(2) += two_e_dm_bb(i,j,k,l) * get_two_e_integral(i,j,k,l, mo_integrals_map)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, '2RDM ALPHA BETA'
|
|
||||||
do i=1,mo_num
|
|
||||||
do j=1,mo_num
|
|
||||||
do k=1,mo_num
|
|
||||||
do l=1,mo_num
|
|
||||||
if (dabs(two_e_dm_ab(i,j,k,l)) > thr) then
|
|
||||||
print *, i, j, k, l, two_e_dm_ab(i,j,k,l)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
e(3) += two_e_dm_ab(i,j,k,l) * get_two_e_integral(i,j,k,l, mo_integrals_map)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
print *, ''
|
|
||||||
print *, 'Energy ', sum(e(1:4)) + nuclear_repulsion
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
end
|
|
59
devel/import_integrals_ao/.gitignore
vendored
Normal file
59
devel/import_integrals_ao/.gitignore
vendored
Normal file
@ -0,0 +1,59 @@
|
|||||||
|
IRPF90_temp/
|
||||||
|
IRPF90_man/
|
||||||
|
build.ninja
|
||||||
|
irpf90.make
|
||||||
|
ezfio_interface.irp.f
|
||||||
|
irpf90_entities
|
||||||
|
tags
|
||||||
|
Makefile
|
||||||
|
ao_basis
|
||||||
|
ao_one_e_ints
|
||||||
|
ao_two_e_erf_ints
|
||||||
|
ao_two_e_ints
|
||||||
|
aux_quantities
|
||||||
|
becke_numerical_grid
|
||||||
|
bitmask
|
||||||
|
cis
|
||||||
|
cisd
|
||||||
|
cipsi
|
||||||
|
davidson
|
||||||
|
davidson_dressed
|
||||||
|
davidson_undressed
|
||||||
|
density_for_dft
|
||||||
|
determinants
|
||||||
|
dft_keywords
|
||||||
|
dft_utils_in_r
|
||||||
|
dft_utils_one_e
|
||||||
|
dft_utils_two_body
|
||||||
|
dressing
|
||||||
|
dummy
|
||||||
|
electrons
|
||||||
|
ezfio_files
|
||||||
|
fci
|
||||||
|
generators_cas
|
||||||
|
generators_full
|
||||||
|
hartree_fock
|
||||||
|
iterations
|
||||||
|
kohn_sham
|
||||||
|
kohn_sham_rs
|
||||||
|
mo_basis
|
||||||
|
mo_guess
|
||||||
|
mo_one_e_ints
|
||||||
|
mo_two_e_erf_ints
|
||||||
|
mo_two_e_ints
|
||||||
|
mpi
|
||||||
|
mrpt_utils
|
||||||
|
nuclei
|
||||||
|
perturbation
|
||||||
|
pseudo
|
||||||
|
psiref_cas
|
||||||
|
psiref_utils
|
||||||
|
scf_utils
|
||||||
|
selectors_cassd
|
||||||
|
selectors_full
|
||||||
|
selectors_utils
|
||||||
|
single_ref_method
|
||||||
|
slave
|
||||||
|
tools
|
||||||
|
utils
|
||||||
|
zmq
|
1
devel/import_integrals_ao/NEED
Normal file
1
devel/import_integrals_ao/NEED
Normal file
@ -0,0 +1 @@
|
|||||||
|
nuclei ao_one_e_ints ao_two_e_ints
|
28
devel/import_integrals_ao/README.rst
Normal file
28
devel/import_integrals_ao/README.rst
Normal file
@ -0,0 +1,28 @@
|
|||||||
|
===================
|
||||||
|
import_integrals_ao
|
||||||
|
===================
|
||||||
|
|
||||||
|
Module to read all the integrals in the |AO| basis from files (all in atomic units).
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
The following files are required:
|
||||||
|
|
||||||
|
- :file:`S.qp` : overlap integrals
|
||||||
|
- :file:`T.qp` : kinetic integrals
|
||||||
|
- :file:`V.qp` : electron-nucleus potential integrals
|
||||||
|
- :file:`P.qp` : pseudo-potential integrals
|
||||||
|
- :file:`W.qp` : electron repulsion integrals
|
||||||
|
|
||||||
|
If present, the :file:`E.qp` file, should contain the nuclear repulsion energy.
|
||||||
|
|
||||||
|
In all the other files, there is one integral per line and for the one-electron integral
|
||||||
|
$\int \chi_i(r) \hat{O} \chi_j(r) dr$, the format is
|
||||||
|
|
||||||
|
i j value
|
||||||
|
|
||||||
|
and for two electron integral the format uses the physicists' convention,
|
||||||
|
$\int \chi_i(r_1) \chi_j(r_2) \hat{O} \chi_k(r_1) \chi_l(r_2) dr$:
|
||||||
|
|
||||||
|
i j k l value
|
||||||
|
|
||||||
|
|
108
devel/import_integrals_ao/import_integrals_ao.irp.f
Normal file
108
devel/import_integrals_ao/import_integrals_ao.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,108 @@
|
|||||||
|
program print_integrals
|
||||||
|
print *, 'Number of AOs?'
|
||||||
|
read(*,*) ao_num
|
||||||
|
TOUCH ao_num
|
||||||
|
call run
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine run
|
||||||
|
use map_module
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: iunit
|
||||||
|
integer :: getunitandopen
|
||||||
|
|
||||||
|
integer ::i,j,k,l
|
||||||
|
double precision :: integral
|
||||||
|
double precision, allocatable :: A(:,:)
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_integrals
|
||||||
|
integer(key_kind), allocatable :: buffer_i(:)
|
||||||
|
real(integral_kind), allocatable :: buffer_values(:)
|
||||||
|
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_basis_ao_num(ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
allocate (A(ao_num,ao_num))
|
||||||
|
|
||||||
|
A(1,1) = huge(1.d0)
|
||||||
|
iunit = getunitandopen('E.qp','r')
|
||||||
|
read (iunit,*,end=9) A(1,1)
|
||||||
|
9 continue
|
||||||
|
close(iunit)
|
||||||
|
if (A(1,1) /= huge(1.d0)) then
|
||||||
|
call ezfio_set_nuclei_nuclear_repulsion(A(1,1))
|
||||||
|
call ezfio_set_nuclei_io_nuclear_repulsion("Read")
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
A = 0.d0
|
||||||
|
iunit = getunitandopen('T.qp','r')
|
||||||
|
do
|
||||||
|
read (iunit,*,end=10) i,j, integral
|
||||||
|
A(i,j) = integral
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
10 continue
|
||||||
|
close(iunit)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_kinetic(A(1:ao_num, 1:ao_num))
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_kinetic("Read")
|
||||||
|
|
||||||
|
A = 0.d0
|
||||||
|
iunit = getunitandopen('S.qp','r')
|
||||||
|
do
|
||||||
|
read (iunit,*,end=11) i,j, integral
|
||||||
|
A(i,j) = integral
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
11 continue
|
||||||
|
close(iunit)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_overlap(A(1:ao_num, 1:ao_num))
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_overlap("Read")
|
||||||
|
|
||||||
|
A = 0.d0
|
||||||
|
iunit = getunitandopen('P.qp','r')
|
||||||
|
do
|
||||||
|
read (iunit,*,end=14) i,j, integral
|
||||||
|
A(i,j) = integral
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
14 continue
|
||||||
|
close(iunit)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_pseudo(A(1:ao_num,1:ao_num))
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_pseudo("Read")
|
||||||
|
|
||||||
|
A = 0.d0
|
||||||
|
iunit = getunitandopen('V.qp','r')
|
||||||
|
do
|
||||||
|
read (iunit,*,end=12) i,j, integral
|
||||||
|
A(i,j) = integral
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
12 continue
|
||||||
|
close(iunit)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_e_n(A(1:ao_num, 1:ao_num))
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_e_n("Read")
|
||||||
|
|
||||||
|
allocate(buffer_i(ao_num**3), buffer_values(ao_num**3))
|
||||||
|
iunit = getunitandopen('W.qp','r')
|
||||||
|
n_integrals=0
|
||||||
|
buffer_values = 0.d0
|
||||||
|
do
|
||||||
|
read (iunit,*,end=13) i,j,k,l, integral
|
||||||
|
n_integrals += 1
|
||||||
|
call two_e_integrals_index(i, j, k, l, buffer_i(n_integrals) )
|
||||||
|
buffer_values(n_integrals) = integral
|
||||||
|
if (n_integrals == size(buffer_i)) then
|
||||||
|
call insert_into_ao_integrals_map(n_integrals,buffer_i,buffer_values)
|
||||||
|
n_integrals = 0
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
13 continue
|
||||||
|
close(iunit)
|
||||||
|
|
||||||
|
if (n_integrals > 0) then
|
||||||
|
call insert_into_ao_integrals_map(n_integrals,buffer_i,buffer_values)
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
call map_sort(ao_integrals_map)
|
||||||
|
call map_unique(ao_integrals_map)
|
||||||
|
|
||||||
|
call map_save_to_disk(trim(ezfio_filename)//'/work/ao_ints',ao_integrals_map)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_two_e_ints_io_ao_two_e_integrals('Read')
|
||||||
|
|
||||||
|
end
|
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