Work: test E HF, full ci
This commit is contained in:
parent
961954547a
commit
46678e279d
412
Work.ipynb
412
Work.ipynb
@ -127,8 +127,10 @@
|
||||
"#install_printer HartreeFock.pp ;;\n",
|
||||
"#install_printer Fock.pp ;;\n",
|
||||
"#install_printer MOClass.pp ;;\n",
|
||||
"(*\n",
|
||||
"#install_printer DeterminantSpace.pp;;\n",
|
||||
"#install_printer SpindeterminantSpace.pp;;\n",
|
||||
"*)\n",
|
||||
"#install_printer Bitstring.pp;;\n",
|
||||
"let pp_mo ppf t = MOBasis.pp ~start:1 ~finish:0 ppf t ;;\n",
|
||||
"#install_printer pp_mo;;\n",
|
||||
@ -202,7 +204,7 @@
|
||||
" accu\n",
|
||||
" in string_of_int(n) ^ \"\\nH\" ^ string_of_int(n) ^ \"\\n\" ^ toto accu d n;;\n",
|
||||
" \n",
|
||||
"let xyz_string = xyz 1.8 6;;\n"
|
||||
"let xyz_string = xyz 1.8 4;;\n"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
@ -617,8 +619,10 @@
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"(*\n",
|
||||
"let m_X = \n",
|
||||
" AOBasis.ortho ao_basis\n"
|
||||
" AOBasis.ortho ao_basis\n",
|
||||
"*)"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
@ -634,6 +638,7 @@
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"(*\n",
|
||||
"let c_of_h m_H = \n",
|
||||
" (* On exprime H dans la base orthonormale *)\n",
|
||||
" let m_Hmo =\n",
|
||||
@ -652,7 +657,8 @@
|
||||
"let m_C = \n",
|
||||
" match Guess.make ~nocc ~guess:`Hcore ao_basis with\n",
|
||||
" | Hcore m_H -> c_of_h m_H\n",
|
||||
" | _ -> assert false\n"
|
||||
" | _ -> assert false\n",
|
||||
"*)"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
@ -669,9 +675,11 @@
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"\n",
|
||||
"let m_P = \n",
|
||||
" (*let m_C = m_assemble_er in*)\n",
|
||||
" (* P = 2 C.C^t *)\n",
|
||||
" gemm ~alpha:2. ~transb:`T ~k:nocc m_C m_C"
|
||||
" gemm ~alpha:2. ~transb:`T ~k:nocc m_C m_C\n"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
@ -687,11 +695,12 @@
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"\n",
|
||||
"let m_Hc, m_J, m_K =\n",
|
||||
" let f =\n",
|
||||
" Fock.make_rhf ~density:m_P ao_basis\n",
|
||||
" in\n",
|
||||
" Fock.(core f, coulomb f, exchange f)"
|
||||
" Fock.(core f, coulomb f, exchange f)\n"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
@ -708,9 +717,10 @@
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"\n",
|
||||
"let m_F = \n",
|
||||
" Mat.add m_Hc (Mat.sub m_J m_K)\n",
|
||||
" "
|
||||
" "
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
@ -747,6 +757,7 @@
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"\n",
|
||||
"let energy =\n",
|
||||
" (Simulation.nuclear_repulsion simulation) +. 0.5 *.\n",
|
||||
" Mat.gemm_trace m_P (Mat.add m_Hc m_F)\n"
|
||||
@ -765,6 +776,7 @@
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"\n",
|
||||
"let rec iteration m_C n =\n",
|
||||
" let m_P = \n",
|
||||
" (* P = 2 C.C^t *)\n",
|
||||
@ -2023,6 +2035,75 @@
|
||||
"let loc_assemble_er = localisation m_assemble_er \"er\" \"loc\" 1. 100 0. 10e-7;;"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"let mo_base = MOBasis.make ~simulation ~mo_type:(MOBasis.Localized \"Boys\") \n",
|
||||
"~mo_occupation:(MOBasis.mo_occupation mo_basis) ~mo_coef:loc_assemble_boys ();;\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"let mo_base2 = MOBasis.make ~simulation ~mo_type:(MOBasis.Localized \"Boys\") \n",
|
||||
"~mo_occupation:(MOBasis.mo_occupation mo_basis) ~mo_coef:m_assemble_er ();;\n"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"let plot data filename = \n",
|
||||
" let output = Gnuplot.Output.create (`Png filename) in\n",
|
||||
" let gp = Gnuplot.create () in\n",
|
||||
" Gnuplot.set gp ~use_grid:true;\n",
|
||||
" List.map Gnuplot.Series.lines_xy data\n",
|
||||
" |> Gnuplot.plot_many gp ~output;\n",
|
||||
" Gnuplot.close gp ;\n",
|
||||
" Jupyter_notebook.display_file ~base64:true \"image/png\" filename\n",
|
||||
";;\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"let x_values = \n",
|
||||
" let n = 1000 in\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" let xmin, xmax =\n",
|
||||
" let coord =\n",
|
||||
" Array.map snd nuclei\n",
|
||||
" |> Array.map (fun a -> Coordinate.(get X) a)\n",
|
||||
" in\n",
|
||||
" Array.sort compare coord;\n",
|
||||
" coord.(0) -. 4. ,\n",
|
||||
" coord.(Array.length coord -1) +. 4.\n",
|
||||
" in\n",
|
||||
"\n",
|
||||
" let dx =\n",
|
||||
" (xmax -. xmin) /. (float_of_int n -. 1.)\n",
|
||||
" in\n",
|
||||
" Array.init n (fun i -> xmin +. (float_of_int i)*.dx)\n",
|
||||
"in\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"let data = \n",
|
||||
" let result = \n",
|
||||
" Array.map (fun x -> \n",
|
||||
" let point = Coordinate.make_angstrom\n",
|
||||
" { Coordinate.\n",
|
||||
" x ; y = 0. ; z = 0.\n",
|
||||
" } in\n",
|
||||
" MOBasis.values mo_base2 point\n",
|
||||
" ) x_values\n",
|
||||
" |> Mat.of_col_vecs\n",
|
||||
" |> Mat.transpose_copy\n",
|
||||
" |> Mat.to_col_vecs\n",
|
||||
" |> Array.map Vec.to_list\n",
|
||||
" |> Array.map (fun l -> List.mapi (fun i y -> (x_values.(i),y)) l)\n",
|
||||
" in\n",
|
||||
" [ result.(0) ; result.(1) ; result.(2) ]\n",
|
||||
"in\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"plot data \"test_data.png\""
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
@ -2056,7 +2137,9 @@
|
||||
" DeterminantSpace.fci_of_mo_basis mo_basis ~frozen_core:false\n",
|
||||
" |> CI.make\n",
|
||||
" \n",
|
||||
"let ci_coef, ci_energy = Lazy.force ci.eigensystem "
|
||||
"let ci_coef, ci_energy = Lazy.force ci.eigensystem ;;\n",
|
||||
"Vec.iteri (fun i x -> Printf.printf \"%d %f\\n\" i x) ci_coef;;\n",
|
||||
"\n"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
@ -2087,6 +2170,321 @@
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
|
||||
Loading…
Reference in New Issue
Block a user