added all vdz vtz vqz for mixed core
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eginer
parent
6baaa9a995
commit
25ab254f48
49
Big_data/Mixed_core/produce_data_DFT.py
Executable file
49
Big_data/Mixed_core/produce_data_DFT.py
Executable file
@ -0,0 +1,49 @@
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#!/usr/bin/env python2
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import sys
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basis = sys.argv[1]
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filecc = "data_CC_"+basis+"_g09"
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fileLDA = "data_LDA_"+basis
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filePBE = "data_PBE_"+basis
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cc = []
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LDA_ful = []
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LDA_val = []
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PBE_ful = []
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PBE_val = []
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system = []
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with open(filecc, "r") as fp:
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for line in fp:
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a=line.split()
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system.append(a[0])
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b = a[1].replace("D","E")
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cc.append(float(b))
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with open(fileLDA, "r") as fp:
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for line in fp:
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a=line.split()
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||||||
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LDA_ful.append(float(a[1]))
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|
LDA_val.append(float(a[2]))
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||||||
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||||||
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with open(filePBE, "r") as fp:
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||||||
|
for line in fp:
|
||||||
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a=line.split()
|
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PBE_ful.append(float(a[1]))
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||||||
|
PBE_val.append(float(a[2]))
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||||||
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file_output_cc = open("data_CC_"+basis,"w+")
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file_output_LDA_ful = open("data_CC+LDA_ful_"+basis,"w+")
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||||||
|
file_output_LDA_val = open("data_CC+LDA_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_ful = open("data_CC+PBE_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_val = open("data_CC+PBE_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
icount = 0
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for e in cc:
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file_output_cc.write(system[icount]+' '+str(e) +'\n')
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|
file_output_LDA_ful.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_val.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_ful.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_val.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
icount += 1
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||||||
12
Big_data/Mixed_core/script.sh
Executable file
12
Big_data/Mixed_core/script.sh
Executable file
@ -0,0 +1,12 @@
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atom=$1
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mol=${atom}2
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file=$2
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Eatom=`grep -w "${atom}" $file | cut -d "-" -f 2`
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Emol=` grep -w "${mol}" $file | cut -d "-" -f 2`
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Eatom=-${Eatom}
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Emol=-${Emol}
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echo $Eatom $Emol
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de=`echo "($Eatom * 2 - $Emol) * 627.509608" | bc `
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||||||
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echo $de
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68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC+LDA_ful_vdz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC+LDA_ful_vdz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.6585367019
|
||||||
|
BeH -15.2341631887
|
||||||
|
C -37.8199644218
|
||||||
|
C2H2 -77.2536034648
|
||||||
|
C2H4 -78.5063388768
|
||||||
|
C2H6 -79.7420475112
|
||||||
|
CH -38.4469477581
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.0957974576
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.1111682586
|
||||||
|
CH3 -39.7931657917
|
||||||
|
CH3Cl -499.848610192
|
||||||
|
CH4 -40.4701938959
|
||||||
|
CN -92.6383412936
|
||||||
|
CO -113.219990032
|
||||||
|
CO2 -188.414953203
|
||||||
|
CS -435.979479227
|
||||||
|
Cl -459.923990294
|
||||||
|
Cl2 -919.920802819
|
||||||
|
ClF -559.638071765
|
||||||
|
ClO -534.99896492
|
||||||
|
F -99.6401033297
|
||||||
|
F2 -199.326292716
|
||||||
|
H -0.49927840342
|
||||||
|
H2CO -114.393359656
|
||||||
|
H2O -76.3495228696
|
||||||
|
H2O2 -151.400630931
|
||||||
|
H2S -399.179266256
|
||||||
|
H3COH -115.60443958
|
||||||
|
H3CSH -438.446712252
|
||||||
|
HCN -93.3427418007
|
||||||
|
HCO -113.745130228
|
||||||
|
HCl -460.585661739
|
||||||
|
HF -100.349637421
|
||||||
|
HOCl -535.660737039
|
||||||
|
Li -7.4690972535
|
||||||
|
Li2 -14.9761774069
|
||||||
|
LiF -107.315966549
|
||||||
|
LiH -8.0566869146
|
||||||
|
Mg -199.897883157
|
||||||
|
N -54.5486101657
|
||||||
|
N2 -109.439416962
|
||||||
|
N2H4 -111.753525346
|
||||||
|
NH -55.171320476
|
||||||
|
NH2 -55.8210126465
|
||||||
|
NH3 -56.4976254753
|
||||||
|
NO -129.77628011
|
||||||
|
Na -162.101631346
|
||||||
|
Na2 -324.22916976
|
||||||
|
NaCl -622.172648605
|
||||||
|
O -75.0012773026
|
||||||
|
O2 -150.177725434
|
||||||
|
OH -75.6599267096
|
||||||
|
P -341.073399372
|
||||||
|
P2 -682.307856357
|
||||||
|
PH2 -342.302904125
|
||||||
|
PH3 -342.936477625
|
||||||
|
S -397.903573527
|
||||||
|
S2 -795.946851978
|
||||||
|
SO -473.066976568
|
||||||
|
SO2 -548.225397742
|
||||||
|
Si -289.186543405
|
||||||
|
Si2 -578.477954327
|
||||||
|
Si2H6 -582.183474712
|
||||||
|
SiH2_1A1 nan
|
||||||
|
SiH2_3B1 nan
|
||||||
|
SiH3 -291.031621264
|
||||||
|
SiH4 -291.680851173
|
||||||
|
SiO -364.458391562
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC+LDA_val_vdz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC+LDA_val_vdz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.6585367019
|
||||||
|
BeH -15.2341631887
|
||||||
|
C -37.7787255617
|
||||||
|
C2H2 -77.1739887089
|
||||||
|
C2H4 -78.4268831456
|
||||||
|
C2H6 -79.6630001365
|
||||||
|
CH -38.4065167259
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.0558719121
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.0709621898
|
||||||
|
CH3 -39.7534788833
|
||||||
|
CH3Cl -499.542510012
|
||||||
|
CH4 -40.4308451649
|
||||||
|
CN -92.557074026
|
||||||
|
CO -113.138175139
|
||||||
|
CO2 -188.292464324
|
||||||
|
CS -435.675786109
|
||||||
|
Cl -459.656784342
|
||||||
|
Cl2 -919.387152184
|
||||||
|
ClF -559.329624267
|
||||||
|
ClO -534.690547417
|
||||||
|
F -99.5980833837
|
||||||
|
F2 -199.242631713
|
||||||
|
H -0.49927840342
|
||||||
|
H2CO -114.312315141
|
||||||
|
H2O -76.3081569932
|
||||||
|
H2O2 -151.317714117
|
||||||
|
H2S -398.916836635
|
||||||
|
H3COH -115.523652729
|
||||||
|
H3CSH -438.144524263
|
||||||
|
HCN -93.2619836772
|
||||||
|
HCO -113.66367518
|
||||||
|
HCl -460.319359559
|
||||||
|
HF -100.307849803
|
||||||
|
HOCl -535.352681707
|
||||||
|
Li -7.4690972535
|
||||||
|
Li2 -14.9761774069
|
||||||
|
LiF -107.274265245
|
||||||
|
LiH -8.0566869146
|
||||||
|
Mg -199.856082685
|
||||||
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N -54.5063334836
|
||||||
|
N2 -109.357413837
|
||||||
|
N2H4 -111.67224306
|
||||||
|
NH -55.129840677
|
||||||
|
NH2 -55.7801325405
|
||||||
|
NH3 -56.4571223616
|
||||||
|
NO -129.69367951
|
||||||
|
Na -162.059382352
|
||||||
|
Na2 -324.144663085
|
||||||
|
NaCl -621.863962383
|
||||||
|
O -74.9590360848
|
||||||
|
O2 -150.094389957
|
||||||
|
OH -75.6182614555
|
||||||
|
P -340.811890045
|
||||||
|
P2 -681.787574076
|
||||||
|
PH2 -342.043367148
|
||||||
|
PH3 -342.677813258
|
||||||
|
S -397.6392454
|
||||||
|
S2 -795.419667052
|
||||||
|
SO -472.762245818
|
||||||
|
SO2 -547.881152702
|
||||||
|
Si -288.92821963
|
||||||
|
Si2 -577.962828396
|
||||||
|
Si2H6 -581.672073051
|
||||||
|
SiH2_1A1 nan
|
||||||
|
SiH2_3B1 nan
|
||||||
|
SiH3 -290.775315479
|
||||||
|
SiH4 -291.425309549
|
||||||
|
SiO -364.159671707
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC+PBE_ful_vdz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC+PBE_ful_vdz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.6547566354
|
||||||
|
BeH -15.2300587419
|
||||||
|
C -37.8158534001
|
||||||
|
C2H2 -77.2536825651
|
||||||
|
C2H4 -78.5059101577
|
||||||
|
C2H6 -79.7410424368
|
||||||
|
CH -38.4444285922
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.0944177183
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.108620612
|
||||||
|
CH3 -39.7918038519
|
||||||
|
CH3Cl -499.913354805
|
||||||
|
CH4 -40.4694910055
|
||||||
|
CN -92.6404320878
|
||||||
|
CO -113.227175937
|
||||||
|
CO2 -188.430842403
|
||||||
|
CS -436.037578842
|
||||||
|
Cl -459.987371058
|
||||||
|
Cl2 -920.051091782
|
||||||
|
ClF -559.715190122
|
||||||
|
ClO -535.069824591
|
||||||
|
F -99.6498610963
|
||||||
|
F2 -199.349431584
|
||||||
|
H -0.49927840342
|
||||||
|
H2CO -114.400628017
|
||||||
|
H2O -76.3563792912
|
||||||
|
H2O2 -151.413991663
|
||||||
|
H2S -399.236836958
|
||||||
|
H3COH -115.611243783
|
||||||
|
H3CSH -438.504233159
|
||||||
|
HCN -93.3461993573
|
||||||
|
HCO -113.751684801
|
||||||
|
HCl -460.650456332
|
||||||
|
HF -100.36177463
|
||||||
|
HOCl -535.732644864
|
||||||
|
Li -7.4657074109
|
||||||
|
Li2 -14.9687869694
|
||||||
|
LiF -107.323254303
|
||||||
|
LiH -8.0521009602
|
||||||
|
Mg -199.934321462
|
||||||
|
N -54.545274297
|
||||||
|
N2 -109.446498175
|
||||||
|
N2H4 -111.75908567
|
||||||
|
NH -55.1705547971
|
||||||
|
NH2 -55.8222055064
|
||||||
|
NH3 -56.5001901425
|
||||||
|
NO -129.785471893
|
||||||
|
Na -162.132745985
|
||||||
|
Na2 -324.29111598
|
||||||
|
NaCl -622.267310164
|
||||||
|
O -75.0038329071
|
||||||
|
O2 -150.188981159
|
||||||
|
OH -75.6649212788
|
||||||
|
P -341.122544585
|
||||||
|
P2 -682.412346775
|
||||||
|
PH2 -342.353497031
|
||||||
|
PH3 -342.987610922
|
||||||
|
S -397.958959803
|
||||||
|
S2 -796.062062335
|
||||||
|
SO -473.130759998
|
||||||
|
SO2 -548.299886885
|
||||||
|
Si -289.231361302
|
||||||
|
Si2 -578.56994727
|
||||||
|
Si2H6 -582.275150219
|
||||||
|
SiH2_1A1 nan
|
||||||
|
SiH2_3B1 nan
|
||||||
|
SiH3 -291.076775109
|
||||||
|
SiH4 -291.726186439
|
||||||
|
SiO -364.511671407
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC+PBE_val_vdz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC+PBE_val_vdz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.6547566354
|
||||||
|
BeH -15.2300587419
|
||||||
|
C -37.7757651496
|
||||||
|
C2H2 -77.1758679532
|
||||||
|
C2H4 -78.428323527
|
||||||
|
C2H6 -79.6637996171
|
||||||
|
CH -38.4051152543
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.0555383975
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.0693215077
|
||||||
|
CH3 -39.7530189089
|
||||||
|
CH3Cl -499.542753959
|
||||||
|
CH4 -40.4309814179
|
||||||
|
CN -92.560705507
|
||||||
|
CO -113.146526768
|
||||||
|
CO2 -188.309366896
|
||||||
|
CS -435.675026159
|
||||||
|
Cl -459.654858019
|
||||||
|
Cl2 -919.386624511
|
||||||
|
ClF -559.341500365
|
||||||
|
ClO -534.695961415
|
||||||
|
F -99.6078818509
|
||||||
|
F2 -199.265939333
|
||||||
|
H -0.49927840342
|
||||||
|
H2CO -114.320577914
|
||||||
|
H2O -76.3151433077
|
||||||
|
H2O2 -151.33130931
|
||||||
|
H2S -398.914357262
|
||||||
|
H3COH -115.531515605
|
||||||
|
H3CSH -438.142999213
|
||||||
|
HCN -93.2666626058
|
||||||
|
HCO -113.671366935
|
||||||
|
HCl -460.318663774
|
||||||
|
HF -100.32026148
|
||||||
|
HOCl -535.359284328
|
||||||
|
Li -7.4657074109
|
||||||
|
Li2 -14.9687869694
|
||||||
|
LiF -107.281890873
|
||||||
|
LiH -8.0521009602
|
||||||
|
Mg -199.905632425
|
||||||
|
N -54.5026215
|
||||||
|
N2 -109.365262933
|
||||||
|
N2H4 -111.678653256
|
||||||
|
NH -55.1291691371
|
||||||
|
NH2 -55.781617533
|
||||||
|
NH3 -56.4600254032
|
||||||
|
NO -129.703403381
|
||||||
|
Na -162.103959558
|
||||||
|
Na2 -324.233410056
|
||||||
|
NaCl -621.90676827
|
||||||
|
O -74.9612424273
|
||||||
|
O2 -150.105842245
|
||||||
|
OH -75.623249912
|
||||||
|
P -340.807100209
|
||||||
|
P2 -681.783544583
|
||||||
|
PH2 -342.03957117
|
||||||
|
PH3 -342.674309216
|
||||||
|
S -397.635012362
|
||||||
|
S2 -795.415505164
|
||||||
|
SO -472.766361685
|
||||||
|
SO2 -547.895789242
|
||||||
|
Si -288.924775313
|
||||||
|
Si2 -577.957798579
|
||||||
|
Si2H6 -581.665435081
|
||||||
|
SiH2_1A1 nan
|
||||||
|
SiH2_3B1 nan
|
||||||
|
SiH3 -290.771528374
|
||||||
|
SiH4 -291.421421968
|
||||||
|
SiO -364.164148528
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC_vdz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vdz/data_CC_vdz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.617407091
|
||||||
|
BeH -15.189023417
|
||||||
|
C -37.760324327
|
||||||
|
C2H2 -77.108707577
|
||||||
|
C2H4 -78.354582318
|
||||||
|
C2H6 -79.582627286
|
||||||
|
CH -38.379911849
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.022428864
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.041486776
|
||||||
|
CH3 -39.715947366
|
||||||
|
CH3Cl -499.44005433
|
||||||
|
CH4 -40.387265518
|
||||||
|
CN -92.490344174
|
||||||
|
CO -113.05456271
|
||||||
|
CO2 -188.14771875
|
||||||
|
CS -435.60464203
|
||||||
|
Cl -459.59885015
|
||||||
|
Cl2 -919.26390611
|
||||||
|
ClF -559.19399877
|
||||||
|
ClO -534.57410732
|
||||||
|
F -99.527540939
|
||||||
|
F2 -199.09605301
|
||||||
|
H -0.49927840342
|
||||||
|
H2CO -114.21852437
|
||||||
|
H2O -76.241194921
|
||||||
|
H2O2 -151.19371085
|
||||||
|
H2S -398.8650923
|
||||||
|
H3COH -115.42046104
|
||||||
|
H3CSH -438.05495117
|
||||||
|
HCN -93.188167617
|
||||||
|
HCO -113.57595116
|
||||||
|
HCl -460.25461199
|
||||||
|
HF -100.22815608
|
||||||
|
HOCl -535.22898901
|
||||||
|
Li -7.4326375328
|
||||||
|
Li2 -14.901426259
|
||||||
|
LiF -107.15527695
|
||||||
|
LiH -8.0147734794
|
||||||
|
Mg -199.64469782
|
||||||
|
N -54.478432936
|
||||||
|
N2 -109.27547265
|
||||||
|
N2H4 -111.57050241
|
||||||
|
NH -55.091448548
|
||||||
|
NH2 -55.732869714
|
||||||
|
NH3 -56.402462813
|
||||||
|
NO -129.59804235
|
||||||
|
Na -161.85421262
|
||||||
|
Na2 -323.7333739
|
||||||
|
NaCl -621.58966258
|
||||||
|
O -74.90989012
|
||||||
|
O2 -149.98528959
|
||||||
|
OH -75.559315945
|
||||||
|
P -340.79132503
|
||||||
|
P2 -681.72398707
|
||||||
|
PH2 -342.0085528
|
||||||
|
PH3 -342.63762418
|
||||||
|
S -397.6004987
|
||||||
|
S2 -795.33090904
|
||||||
|
SO -472.66249747
|
||||||
|
SO2 -547.7167092
|
||||||
|
Si -288.91503251
|
||||||
|
Si2 -577.92718865
|
||||||
|
Si2H6 -581.61107115
|
||||||
|
SiH2_1A1 -290.1374325
|
||||||
|
SiH2_3B1 -290.10776142
|
||||||
|
SiH3 -290.74824476
|
||||||
|
SiH4 -291.39270607
|
||||||
|
SiO -364.08048254
|
||||||
49
Big_data/Mixed_core/vdz/produce_data_DFT.py
Executable file
49
Big_data/Mixed_core/vdz/produce_data_DFT.py
Executable file
@ -0,0 +1,49 @@
|
|||||||
|
#!/usr/bin/env python2
|
||||||
|
|
||||||
|
import sys
|
||||||
|
|
||||||
|
basis = sys.argv[1]
|
||||||
|
|
||||||
|
filecc = "data_CC_"+basis+"_g09"
|
||||||
|
fileLDA = "data_LDA_"+basis
|
||||||
|
filePBE = "data_PBE_"+basis
|
||||||
|
|
||||||
|
cc = []
|
||||||
|
LDA_ful = []
|
||||||
|
LDA_val = []
|
||||||
|
PBE_ful = []
|
||||||
|
PBE_val = []
|
||||||
|
system = []
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(filecc, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
system.append(a[0])
|
||||||
|
b = a[1].replace("D","E")
|
||||||
|
cc.append(float(b))
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(fileLDA, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
LDA_ful.append(float(a[1]))
|
||||||
|
LDA_val.append(float(a[2]))
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(filePBE, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
PBE_ful.append(float(a[1]))
|
||||||
|
PBE_val.append(float(a[2]))
|
||||||
|
|
||||||
|
file_output_cc = open("data_CC_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_LDA_ful = open("data_CC+LDA_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_LDA_val = open("data_CC+LDA_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_ful = open("data_CC+PBE_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_val = open("data_CC+PBE_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
icount = 0
|
||||||
|
for e in cc:
|
||||||
|
file_output_cc.write(system[icount]+' '+str(e) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_ful.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_val.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_ful.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_val.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
icount += 1
|
||||||
12
Big_data/Mixed_core/vdz/script.sh
Executable file
12
Big_data/Mixed_core/vdz/script.sh
Executable file
@ -0,0 +1,12 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
atom=$1
|
||||||
|
mol=${atom}2
|
||||||
|
file=$2
|
||||||
|
|
||||||
|
Eatom=`grep -w "${atom}" $file | cut -d "-" -f 2`
|
||||||
|
Emol=` grep -w "${mol}" $file | cut -d "-" -f 2`
|
||||||
|
Eatom=-${Eatom}
|
||||||
|
Emol=-${Emol}
|
||||||
|
echo $Eatom $Emol
|
||||||
|
de=`echo "($Eatom * 2 - $Emol) * 627.509608" | bc `
|
||||||
|
echo $de
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC+LDA_ful_vqz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC+LDA_ful_vqz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.662686488
|
||||||
|
BeH -15.2436640519
|
||||||
|
C -37.8120556572
|
||||||
|
C2H2 -77.2645132836
|
||||||
|
C2H4 -78.5170444615
|
||||||
|
C2H6 -79.7543383041
|
||||||
|
CH -38.4453161742
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.0991049763
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.1135635261
|
||||||
|
CH3 -39.7997592401
|
||||||
|
CH3Cl -499.865577237
|
||||||
|
CH4 -40.4788357257
|
||||||
|
CN -92.6493321793
|
||||||
|
CO -113.250907674
|
||||||
|
CO2 -188.483726101
|
||||||
|
CS -435.976957167
|
||||||
|
Cl -459.927370641
|
||||||
|
Cl2 -919.945492944
|
||||||
|
ClF -559.713262329
|
||||||
|
ClO -535.052534009
|
||||||
|
F -99.6897806612
|
||||||
|
F2 -199.439403821
|
||||||
|
H -0.499945568583
|
||||||
|
H2CO -114.432411761
|
||||||
|
H2O -76.3962489657
|
||||||
|
H2O2 -151.48027065
|
||||||
|
H2S -399.184867929
|
||||||
|
H3COH -115.652916854
|
||||||
|
H3CSH -438.458267
|
||||||
|
HCN -93.3597730217
|
||||||
|
HCO -113.780853936
|
||||||
|
HCl -460.596693114
|
||||||
|
HF -100.414424453
|
||||||
|
HOCl -535.715316054
|
||||||
|
Li -7.4729898941
|
||||||
|
Li2 -14.9856003404
|
||||||
|
LiF -107.384740804
|
||||||
|
LiH -8.0657308653
|
||||||
|
Mg -199.906189755
|
||||||
|
N -54.5520744886
|
||||||
|
N2 -109.465831839
|
||||||
|
N2H4 -111.798645747
|
||||||
|
NH -55.1836172892
|
||||||
|
NH2 -55.8412546808
|
||||||
|
NH3 -56.5245371257
|
||||||
|
NO -129.820281734
|
||||||
|
Na -162.104026344
|
||||||
|
Na2 -324.240574584
|
||||||
|
NaCl -622.188243868
|
||||||
|
O -75.0269460083
|
||||||
|
O2 -150.243421257
|
||||||
|
OH -75.6967816327
|
||||||
|
P -341.051275938
|
||||||
|
P2 -682.283865782
|
||||||
|
PH2 -342.29431327
|
||||||
|
PH3 -342.93274378
|
||||||
|
S -397.895429316
|
||||||
|
S2 -795.950300992
|
||||||
|
SO -473.116964771
|
||||||
|
SO2 -548.348078891
|
||||||
|
Si -289.161752541
|
||||||
|
Si2 -578.441958188
|
||||||
|
Si2H6 -582.166573817
|
||||||
|
SiH2_1A1 -290.398427723
|
||||||
|
SiH2_3B1 -290.365368097
|
||||||
|
SiH3 -291.020646571
|
||||||
|
SiH4 -291.673261662
|
||||||
|
SiO -364.49029006
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC+LDA_val_vqz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC+LDA_val_vqz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.662686488
|
||||||
|
BeH -15.2436640519
|
||||||
|
C -37.7903015572
|
||||||
|
C2H2 -77.2229699446
|
||||||
|
C2H4 -78.4759811186
|
||||||
|
C2H6 -79.7138813136
|
||||||
|
CH -38.4240049537
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.0782019744
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.0926897723
|
||||||
|
CH3 -39.7792759268
|
||||||
|
CH3Cl -499.629188749
|
||||||
|
CH4 -40.4587224952
|
||||||
|
CN -92.6073556142
|
||||||
|
CO -113.209126105
|
||||||
|
CO2 -188.421850882
|
||||||
|
CS -435.73879489
|
||||||
|
Cl -459.710577606
|
||||||
|
Cl2 -919.512836715
|
||||||
|
ClF -559.476720446
|
||||||
|
ClO -534.815614092
|
||||||
|
F -99.6693099786
|
||||||
|
F2 -199.398734576
|
||||||
|
H -0.499945568583
|
||||||
|
H2CO -114.391289172
|
||||||
|
H2O -76.3758307346
|
||||||
|
H2O2 -151.439217729
|
||||||
|
H2S -398.968625006
|
||||||
|
H3COH -115.612216452
|
||||||
|
H3CSH -438.221837053
|
||||||
|
HCN -93.3182277754
|
||||||
|
HCO -113.739367062
|
||||||
|
HCl -460.380573
|
||||||
|
HF -100.394172299
|
||||||
|
HOCl -535.478590198
|
||||||
|
Li -7.4729898941
|
||||||
|
Li2 -14.9856003404
|
||||||
|
LiF -107.364377001
|
||||||
|
LiH -8.0657308653
|
||||||
|
Mg -199.865377077
|
||||||
|
N -54.531155043
|
||||||
|
N2 -109.424333302
|
||||||
|
N2H4 -111.758075821
|
||||||
|
NH -55.1627907304
|
||||||
|
NH2 -55.8207411424
|
||||||
|
NH3 -56.5043736915
|
||||||
|
NO -129.778811274
|
||||||
|
Na -162.062770135
|
||||||
|
Na2 -324.158689398
|
||||||
|
NaCl -621.9308218
|
||||||
|
O -75.0059738443
|
||||||
|
O2 -150.201948515
|
||||||
|
OH -75.6760799239
|
||||||
|
P -340.832989444
|
||||||
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P2 -681.849095611
|
||||||
|
PH2 -342.077486761
|
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|
PH3 -342.716635464
|
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S -397.677861967
|
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S2 -795.51662401
|
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SO -472.879560449
|
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|
SO2 -548.091184451
|
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|
Si -288.940640914
|
||||||
|
Si2 -578.001020699
|
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|
Si2H6 -581.732398849
|
||||||
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|
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|
SiH2_3B1 -290.151299569
|
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|
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|
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|
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|
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68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC+PBE_ful_vqz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC+PBE_ful_vqz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
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|
Be -14.6636406321
|
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|
BeH -15.2444927852
|
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C -37.8146896698
|
||||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
|
CH3 -39.8024710288
|
||||||
|
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|
||||||
|
CH4 -40.4814973171
|
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|
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|
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CO2 -188.496975826
|
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|
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Cl -459.998174026
|
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Cl2 -920.087170711
|
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ClF -559.791265738
|
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ClO -535.128648092
|
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F -99.6968585535
|
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|
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H -0.499945568583
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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LiH -8.065506789
|
||||||
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|
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N -54.5558558694
|
||||||
|
N2 -109.473747596
|
||||||
|
N2H4 -111.80622299
|
||||||
|
NH -55.1873967338
|
||||||
|
NH2 -55.8450383488
|
||||||
|
NH3 -56.5283217195
|
||||||
|
NO -129.82942055
|
||||||
|
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|
||||||
|
Na2 -324.311295169
|
||||||
|
NaCl -622.293963649
|
||||||
|
O -75.0320417464
|
||||||
|
O2 -150.253690951
|
||||||
|
OH -75.7018949977
|
||||||
|
P -341.111091555
|
||||||
|
P2 -682.403634969
|
||||||
|
PH2 -342.354431719
|
||||||
|
PH3 -342.99303641
|
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|
S -397.960397914
|
||||||
|
S2 -796.080415374
|
||||||
|
SO -473.187234064
|
||||||
|
SO2 -548.42383432
|
||||||
|
Si -289.215752971
|
||||||
|
Si2 -578.550180906
|
||||||
|
Si2H6 -582.277155794
|
||||||
|
SiH2_1A1 -290.454625564
|
||||||
|
SiH2_3B1 -290.421688068
|
||||||
|
SiH3 -291.075789058
|
||||||
|
SiH4 -291.728773467
|
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|
SiO -364.549914792
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC+PBE_val_vqz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC+PBE_val_vqz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.6636406321
|
||||||
|
BeH -15.2444927852
|
||||||
|
C -37.7895107767
|
||||||
|
C2H2 -77.2211815538
|
||||||
|
C2H4 -78.4741370635
|
||||||
|
C2H6 -79.7119135999
|
||||||
|
CH -38.4231680789
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.0773091924
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.0918087701
|
||||||
|
CH3 -39.7783261357
|
||||||
|
CH3Cl -499.626025727
|
||||||
|
CH4 -40.4577026165
|
||||||
|
CN -92.6054437281
|
||||||
|
CO -113.207202894
|
||||||
|
CO2 -188.418613963
|
||||||
|
CS -435.736202869
|
||||||
|
Cl -459.708399325
|
||||||
|
Cl2 -919.508460146
|
||||||
|
ClF -559.473538723
|
||||||
|
ClO -534.812191903
|
||||||
|
F -99.6682268393
|
||||||
|
F2 -199.396754806
|
||||||
|
H -0.499945568583
|
||||||
|
H2CO -114.389170123
|
||||||
|
H2O -76.3744618507
|
||||||
|
H2O2 -151.436604043
|
||||||
|
H2S -398.966741848
|
||||||
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H3COH -115.609930092
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
Li -7.4727334059
|
||||||
|
Li2 -14.9852748866
|
||||||
|
LiF -107.362906847
|
||||||
|
LiH -8.065506789
|
||||||
|
Mg -199.918281756
|
||||||
|
N -54.5298704403
|
||||||
|
N2 -109.422257595
|
||||||
|
N2H4 -111.7555804
|
||||||
|
NH -55.1615686198
|
||||||
|
NH2 -55.8194972134
|
||||||
|
NH3 -56.5030781454
|
||||||
|
NO -129.776525823
|
||||||
|
Na -162.109339094
|
||||||
|
Na2 -324.250920321
|
||||||
|
NaCl -621.974898246
|
||||||
|
O -75.0045961399
|
||||||
|
O2 -150.199370229
|
||||||
|
OH -75.6747297057
|
||||||
|
P -340.831727595
|
||||||
|
P2 -681.846250606
|
||||||
|
PH2 -342.076124088
|
||||||
|
PH3 -342.715230827
|
||||||
|
S -397.675979946
|
||||||
|
S2 -795.512823305
|
||||||
|
SO -472.876439821
|
||||||
|
SO2 -548.086973584
|
||||||
|
Si -288.939851306
|
||||||
|
Si2 -577.999209079
|
||||||
|
Si2H6 -581.73035919
|
||||||
|
SiH2_1A1 -290.18335937
|
||||||
|
SiH2_3B1 -290.150598809
|
||||||
|
SiH3 -290.80199844
|
||||||
|
SiH4 -291.45576223
|
||||||
|
SiO -364.247592791
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC_vqz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vqz/data_CC_vqz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.640082993
|
||||||
|
BeH -15.22117405
|
||||||
|
C -37.786447705
|
||||||
|
C2H2 -77.209206009
|
||||||
|
C2H4 -78.461619409
|
||||||
|
C2H6 -79.698640985
|
||||||
|
CH -38.418706669
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.071754359
|
||||||
|
CH2_3B1 -39.087257474
|
||||||
|
CH3 -39.772407249
|
||||||
|
CH3Cl -499.60292293
|
||||||
|
CH4 -40.450848876
|
||||||
|
CN -92.591638542
|
||||||
|
CO -113.18790475
|
||||||
|
CO2 -188.38456325
|
||||||
|
CS -435.71976695
|
||||||
|
Cl -459.69324757
|
||||||
|
Cl2 -919.47564418
|
||||||
|
ClF -559.43785629
|
||||||
|
ClO -534.78272671
|
||||||
|
F -99.650199433
|
||||||
|
F2 -199.35854395
|
||||||
|
H -0.499945568583
|
||||||
|
H2CO -114.36884198
|
||||||
|
H2O -76.359763143
|
||||||
|
H2O2 -151.40815198
|
||||||
|
H2S -398.95549506
|
||||||
|
H3COH -115.58880806
|
||||||
|
H3CSH -438.2009784
|
||||||
|
HCN -93.301254992
|
||||||
|
HCO -113.71787862
|
||||||
|
HCl -460.36210782
|
||||||
|
HF -100.37316856
|
||||||
|
HOCl -535.44450122
|
||||||
|
Li -7.4498272713
|
||||||
|
Li2 -14.940903058
|
||||||
|
LiF -107.31982189
|
||||||
|
LiH -8.0425827663
|
||||||
|
Mg -199.67976443
|
||||||
|
N -54.524683358
|
||||||
|
N2 -109.40438477
|
||||||
|
N2H4 -111.73585974
|
||||||
|
NH -55.154450368
|
||||||
|
NH2 -55.810717987
|
||||||
|
NH3 -56.492989182
|
||||||
|
NO -129.7545184
|
||||||
|
Na -161.87085496
|
||||||
|
Na2 -323.7807298
|
||||||
|
NaCl -621.72064831
|
||||||
|
O -74.993456741
|
||||||
|
O2 -150.17356212
|
||||||
|
OH -75.661553971
|
||||||
|
P -340.82784835
|
||||||
|
P2 -681.83204008
|
||||||
|
PH2 -342.06968958
|
||||||
|
PH3 -342.70793893
|
||||||
|
S -397.66701064
|
||||||
|
S2 -795.49120287
|
||||||
|
SO -472.85245443
|
||||||
|
SO2 -548.04663959
|
||||||
|
Si -288.9375489
|
||||||
|
Si2 -577.99220369
|
||||||
|
Si2H6 -581.72021928
|
||||||
|
SiH2_1A1 -290.17997596
|
||||||
|
SiH2_3B1 -290.14781856
|
||||||
|
SiH3 -290.79780777
|
||||||
|
SiH4 -291.45070837
|
||||||
|
SiO -364.22905944
|
||||||
49
Big_data/Mixed_core/vqz/produce_data_DFT.py
Executable file
49
Big_data/Mixed_core/vqz/produce_data_DFT.py
Executable file
@ -0,0 +1,49 @@
|
|||||||
|
#!/usr/bin/env python2
|
||||||
|
|
||||||
|
import sys
|
||||||
|
|
||||||
|
basis = sys.argv[1]
|
||||||
|
|
||||||
|
filecc = "data_CC_"+basis+"_g09"
|
||||||
|
fileLDA = "data_LDA_"+basis
|
||||||
|
filePBE = "data_PBE_"+basis
|
||||||
|
|
||||||
|
cc = []
|
||||||
|
LDA_ful = []
|
||||||
|
LDA_val = []
|
||||||
|
PBE_ful = []
|
||||||
|
PBE_val = []
|
||||||
|
system = []
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(filecc, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
system.append(a[0])
|
||||||
|
b = a[1].replace("D","E")
|
||||||
|
cc.append(float(b))
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(fileLDA, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
LDA_ful.append(float(a[1]))
|
||||||
|
LDA_val.append(float(a[2]))
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(filePBE, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
PBE_ful.append(float(a[1]))
|
||||||
|
PBE_val.append(float(a[2]))
|
||||||
|
|
||||||
|
file_output_cc = open("data_CC_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_LDA_ful = open("data_CC+LDA_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_LDA_val = open("data_CC+LDA_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_ful = open("data_CC+PBE_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_val = open("data_CC+PBE_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
icount = 0
|
||||||
|
for e in cc:
|
||||||
|
file_output_cc.write(system[icount]+' '+str(e) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_ful.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_val.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_ful.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_val.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
icount += 1
|
||||||
12
Big_data/Mixed_core/vqz/script.sh
Executable file
12
Big_data/Mixed_core/vqz/script.sh
Executable file
@ -0,0 +1,12 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
atom=$1
|
||||||
|
mol=${atom}2
|
||||||
|
file=$2
|
||||||
|
|
||||||
|
Eatom=`grep -w "${atom}" $file | cut -d "-" -f 2`
|
||||||
|
Emol=` grep -w "${mol}" $file | cut -d "-" -f 2`
|
||||||
|
Eatom=-${Eatom}
|
||||||
|
Emol=-${Emol}
|
||||||
|
echo $Eatom $Emol
|
||||||
|
de=`echo "($Eatom * 2 - $Emol) * 627.509608" | bc `
|
||||||
|
echo $de
|
||||||
68
Big_data/Mixed_core/vtz/data_CC+LDA_ful_vtz
Normal file
68
Big_data/Mixed_core/vtz/data_CC+LDA_ful_vtz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -14.6565890978
|
||||||
|
BeH -15.2362237609
|
||||||
|
C -37.8207903811
|
||||||
|
C2H2 -77.2721155761
|
||||||
|
C2H4 -78.5248256147
|
||||||
|
C2H6 -79.7622117035
|
||||||
|
CH -38.451780632
|
||||||
|
CH2_1A1 -39.104198016
|
||||||
|
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ClO -534.73433032
|
||||||
|
F -99.620306531
|
||||||
|
F2 -199.29566025
|
||||||
|
H -0.499809811302
|
||||||
|
H2CO -114.33367415
|
||||||
|
H2O -76.33220144
|
||||||
|
H2O2 -151.35850867
|
||||||
|
H2S -398.93538128
|
||||||
|
H3COH -115.5507083
|
||||||
|
H3CSH -438.16891028
|
||||||
|
HCN -93.275068419
|
||||||
|
HCO -113.6840405
|
||||||
|
HCl -460.33719189
|
||||||
|
HF -100.33835076
|
||||||
|
HOCl -535.39466875
|
||||||
|
Li -7.4460657819
|
||||||
|
Li2 -14.930948732
|
||||||
|
LiF -107.27846722
|
||||||
|
LiH -8.0366472499
|
||||||
|
Mg -199.6660607
|
||||||
|
N -54.514566274
|
||||||
|
N2 -109.37387164
|
||||||
|
N2H4 -111.69862476
|
||||||
|
NH -55.140575957
|
||||||
|
NH2 -55.793569123
|
||||||
|
NH3 -56.473175905
|
||||||
|
NO -129.71694091
|
||||||
|
Na -161.86981399
|
||||||
|
Na2 -323.76908346
|
||||||
|
NaCl -621.69045136
|
||||||
|
O -74.973856232
|
||||||
|
O2 -150.12866633
|
||||||
|
OH -75.637659905
|
||||||
|
P -340.82095217
|
||||||
|
P2 -681.807061
|
||||||
|
PH2 -342.05649591
|
||||||
|
PH3 -342.69244896
|
||||||
|
S -397.65326254
|
||||||
|
S2 -795.45520243
|
||||||
|
SO -472.80969666
|
||||||
|
SO2 -547.97085254
|
||||||
|
Si -288.93303775
|
||||||
|
Si2 -577.97799428
|
||||||
|
Si2H6 -581.69482092
|
||||||
|
SiH2_1A1 -290.17069717
|
||||||
|
SiH2_3B1 -290.13876207
|
||||||
|
SiH3 -290.78647253
|
||||||
|
SiH4 -291.43734995
|
||||||
|
SiO -364.19480876
|
||||||
49
Big_data/Mixed_core/vtz/produce_data_DFT.py
Executable file
49
Big_data/Mixed_core/vtz/produce_data_DFT.py
Executable file
@ -0,0 +1,49 @@
|
|||||||
|
#!/usr/bin/env python2
|
||||||
|
|
||||||
|
import sys
|
||||||
|
|
||||||
|
basis = sys.argv[1]
|
||||||
|
|
||||||
|
filecc = "data_CC_"+basis+"_g09"
|
||||||
|
fileLDA = "data_LDA_"+basis
|
||||||
|
filePBE = "data_PBE_"+basis
|
||||||
|
|
||||||
|
cc = []
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||||||
|
LDA_ful = []
|
||||||
|
LDA_val = []
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||||||
|
PBE_ful = []
|
||||||
|
PBE_val = []
|
||||||
|
system = []
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(filecc, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
system.append(a[0])
|
||||||
|
b = a[1].replace("D","E")
|
||||||
|
cc.append(float(b))
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(fileLDA, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
LDA_ful.append(float(a[1]))
|
||||||
|
LDA_val.append(float(a[2]))
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(filePBE, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
PBE_ful.append(float(a[1]))
|
||||||
|
PBE_val.append(float(a[2]))
|
||||||
|
|
||||||
|
file_output_cc = open("data_CC_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_LDA_ful = open("data_CC+LDA_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_LDA_val = open("data_CC+LDA_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_ful = open("data_CC+PBE_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_val = open("data_CC+PBE_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
icount = 0
|
||||||
|
for e in cc:
|
||||||
|
file_output_cc.write(system[icount]+' '+str(e) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_ful.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_val.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_ful.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_val.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
icount += 1
|
||||||
12
Big_data/Mixed_core/vtz/script.sh
Executable file
12
Big_data/Mixed_core/vtz/script.sh
Executable file
@ -0,0 +1,12 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
atom=$1
|
||||||
|
mol=${atom}2
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|
file=$2
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||||||
|
Eatom=`grep -w "${atom}" $file | cut -d "-" -f 2`
|
||||||
|
Emol=` grep -w "${mol}" $file | cut -d "-" -f 2`
|
||||||
|
Eatom=-${Eatom}
|
||||||
|
Emol=-${Emol}
|
||||||
|
echo $Eatom $Emol
|
||||||
|
de=`echo "($Eatom * 2 - $Emol) * 627.509608" | bc `
|
||||||
|
echo $de
|
||||||
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