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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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68
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68
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||||||
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||||||
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||||||
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|
||||||
|
OH -0.0592857464 -0.0280217832
|
||||||
|
P -0.2454871270 -0.0100369599
|
||||||
|
P2 -0.4998236961 -0.0319527336
|
||||||
|
PH2 -0.2487133414 -0.0156071588
|
||||||
|
PH3 -0.2494577700 -0.0176393280
|
||||||
|
S -0.2596834599 -0.0197274715
|
||||||
|
S2 -0.5235551985 -0.0460842388
|
||||||
|
SO -0.3199384469 -0.0499824101
|
||||||
|
SO2 -0.3811127705 -0.0820619255
|
||||||
|
Si -0.2347189528 -0.0062704310
|
||||||
|
Si2 -0.4721940381 -0.0172961327
|
||||||
|
Si2H6 -0.4737710886 -0.0257169440
|
||||||
|
SiH2_1A1 -0.2328012114 -0.0086983106
|
||||||
|
SiH2_3B1 -0.2313789330 -0.0075890537
|
||||||
|
SiH3 -0.2362603214 -0.0110112545
|
||||||
|
SiH4 -0.2369354578 -0.0131215091
|
||||||
|
SiO -0.2975595719 -0.0389182995
|
||||||
68
Big_data/Large_core/vtz/data_PBE_vtz
Normal file
68
Big_data/Large_core/vtz/data_PBE_vtz
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
Be -0.0325306569 -0.0325306569
|
||||||
|
BeH -0.0331945924 -0.0331945924
|
||||||
|
C -0.0411684378 -0.0064934805
|
||||||
|
C2H2 -0.0883732390 -0.0259435093
|
||||||
|
C2H4 -0.0894688457 -0.0275858499
|
||||||
|
C2H6 -0.0906831431 -0.0296264968
|
||||||
|
CH -0.0429427220 -0.0097237689
|
||||||
|
CH2_1A1 -0.0444852842 -0.0123189367
|
||||||
|
CH2_3B1 -0.0421091779 -0.0102436051
|
||||||
|
CH3 -0.0443770562 -0.0134047565
|
||||||
|
CH3Cl -0.3861816724 -0.0451000521
|
||||||
|
CH4 -0.0459282042 -0.0155996637
|
||||||
|
CN -0.0966230050 -0.0287792593
|
||||||
|
CO -0.1095163979 -0.0393579515
|
||||||
|
CO2 -0.1746428416 -0.0690569677
|
||||||
|
CS -0.3683411313 -0.0319566099
|
||||||
|
Cl -0.3388054959 -0.0275037956
|
||||||
|
Cl2 -0.6813286632 -0.0601464762
|
||||||
|
ClF -0.4179615358 -0.0680536891
|
||||||
|
ClO -0.4044993952 -0.0562403873
|
||||||
|
F -0.0753008898 -0.0355395040
|
||||||
|
F2 -0.1540322978 -0.0751839636
|
||||||
|
H 0.0000000000 0.0000000000
|
||||||
|
H2CO -0.1100983348 -0.0420315324
|
||||||
|
H2O -0.0674334833 -0.0305928982
|
||||||
|
H2O2 -0.1321928738 -0.0580857532
|
||||||
|
H2S -0.3241387118 -0.0219066781
|
||||||
|
H3COH -0.1118310819 -0.0444610579
|
||||||
|
H3CSH -0.3695069357 -0.0366441645
|
||||||
|
HCN -0.0977864159 -0.0316200817
|
||||||
|
HCO -0.1091038503 -0.0399240074
|
||||||
|
HCl -0.3407775618 -0.0302917498
|
||||||
|
HF -0.0790432028 -0.0398935587
|
||||||
|
HOCl -0.4066943011 -0.0590760649
|
||||||
|
Li -0.0238585092 -0.0238585092
|
||||||
|
Li2 -0.0476676782 -0.0476676782
|
||||||
|
LiF -0.1040266425 -0.0648428704
|
||||||
|
LiH -0.0251196239 -0.0251196239
|
||||||
|
Mg -0.2784696629 -0.2484175599
|
||||||
|
N -0.0468916519 -0.0102291243
|
||||||
|
N2 -0.1065178723 -0.0369264156
|
||||||
|
N2H4 -0.1105120995 -0.0422192119
|
||||||
|
NH -0.0505967515 -0.0150244755
|
||||||
|
NH2 -0.0536156340 -0.0189025185
|
||||||
|
NH3 -0.0558408576 -0.0219794921
|
||||||
|
NO -0.1168990468 -0.0446282721
|
||||||
|
Na -0.2691503667 -0.2394291191
|
||||||
|
Na2 -0.5365325185 -0.4767537691
|
||||||
|
NaCl -0.6114192833 -0.2712689181
|
||||||
|
O -0.0606110203 -0.0223520761
|
||||||
|
O2 -0.1265823150 -0.0518050854
|
||||||
|
OH -0.0644462185 -0.0269883043
|
||||||
|
P -0.3015247321 -0.0074829792
|
||||||
|
P2 -0.6131752059 -0.0277707943
|
||||||
|
PH2 -0.3050601181 -0.0130259989
|
||||||
|
PH3 -0.3059083753 -0.0149938440
|
||||||
|
S -0.3207860166 -0.0166550513
|
||||||
|
S2 -0.6469358670 -0.0409170166
|
||||||
|
SO -0.3871355659 -0.0467347673
|
||||||
|
SO2 -0.4552605964 -0.0793029681
|
||||||
|
Si -0.2855023506 -0.0045601889
|
||||||
|
Si2 -0.5740290921 -0.0140049717
|
||||||
|
Si2H6 -0.5757230504 -0.0215439598
|
||||||
|
SiH2_1A1 -0.2844021324 -0.0070843332
|
||||||
|
SiH2_3B1 -0.2829732592 -0.0059503541
|
||||||
|
SiH3 -0.2872501484 -0.0089573078
|
||||||
|
SiH4 -0.2879162508 -0.0109089799
|
||||||
|
SiO -0.3542920898 -0.0366347108
|
||||||
49
Big_data/Large_core/vtz/produce_data_DFT.py
Executable file
49
Big_data/Large_core/vtz/produce_data_DFT.py
Executable file
@ -0,0 +1,49 @@
|
|||||||
|
#!/usr/bin/env python2
|
||||||
|
|
||||||
|
import sys
|
||||||
|
|
||||||
|
basis = sys.argv[1]
|
||||||
|
|
||||||
|
filecc = "data_CC_"+basis+"_g09"
|
||||||
|
fileLDA = "data_LDA_"+basis
|
||||||
|
filePBE = "data_PBE_"+basis
|
||||||
|
|
||||||
|
cc = []
|
||||||
|
LDA_ful = []
|
||||||
|
LDA_val = []
|
||||||
|
PBE_ful = []
|
||||||
|
PBE_val = []
|
||||||
|
system = []
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(filecc, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
system.append(a[0])
|
||||||
|
b = a[1].replace("D","E")
|
||||||
|
cc.append(float(b))
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(fileLDA, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
LDA_ful.append(float(a[1]))
|
||||||
|
LDA_val.append(float(a[2]))
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(filePBE, "r") as fp:
|
||||||
|
for line in fp:
|
||||||
|
a=line.split()
|
||||||
|
PBE_ful.append(float(a[1]))
|
||||||
|
PBE_val.append(float(a[2]))
|
||||||
|
|
||||||
|
file_output_cc = open("data_CC_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_LDA_ful = open("data_CC+LDA_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_LDA_val = open("data_CC+LDA_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_ful = open("data_CC+PBE_ful_"+basis,"w+")
|
||||||
|
file_output_PBE_val = open("data_CC+PBE_val_"+basis,"w+")
|
||||||
|
icount = 0
|
||||||
|
for e in cc:
|
||||||
|
file_output_cc.write(system[icount]+' '+str(e) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_ful.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_LDA_val.write(system[icount]+' '+str(e + LDA_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_ful.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_ful[icount]) +'\n')
|
||||||
|
file_output_PBE_val.write(system[icount]+' '+str(e + PBE_val[icount]) +'\n')
|
||||||
|
icount += 1
|
||||||
12
Big_data/Large_core/vtz/script.sh
Executable file
12
Big_data/Large_core/vtz/script.sh
Executable file
@ -0,0 +1,12 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
atom=$1
|
||||||
|
mol=${atom}2
|
||||||
|
file=$2
|
||||||
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|
||||||
|
Eatom=`grep -w "${atom}" $file | cut -d "-" -f 2`
|
||||||
|
Emol=` grep -w "${mol}" $file | cut -d "-" -f 2`
|
||||||
|
Eatom=-${Eatom}
|
||||||
|
Emol=-${Emol}
|
||||||
|
echo $Eatom $Emol
|
||||||
|
de=`echo "($Eatom * 2 - $Emol) * 627.509608" | bc `
|
||||||
|
echo $de
|
||||||
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