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single top-level import of pytrexio resolves bug with caching
This commit is contained in:
parent
31b14a891a
commit
f0bccee32d
@ -20,6 +20,11 @@
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** Python
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#+begin_src python :tangle prefix_python.py
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try:
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from trexio.pytrexio import *
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except ImportError:
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raise Exception("Could not import pytrexio module from trexio package")
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# define TREXIO back ends
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TREXIO_HDF5 = 0
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@ -450,10 +455,10 @@ end interface
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#+begin_src python :tangle prefix_python.py :noexport
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def string_of_error(return_code: int) -> str:
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try:
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||||
from pytrexio import trexio_string_of_error
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import trexio_string_of_error
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
try:
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||||
error_str = trexio_string_of_error(trexio_return_code)
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||||
@ -735,10 +740,10 @@ end interface
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#+begin_src c :tangle prefix_python.py
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def open(file_name: str, mode: str, back_end: int):
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try:
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from pytrexio import trexio_open
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import trexio_open
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
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||||
try:
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||||
trexio_file = trexio_open(file_name, mode, back_end)
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||||
@ -868,10 +873,10 @@ end interface
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||||
#+begin_src c :tangle prefix_python.py
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||||
def close(trexio_file):
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import trexio_close, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import trexio_close, trexio_string_of_error
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
try:
|
||||
rc = trexio_close(trexio_file)
|
||||
@ -1228,10 +1233,10 @@ end interface
|
||||
|
||||
#+begin_src python :tangle write_num_front.py
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||||
def write_$group_num$(trexio_file, num_w) -> None:
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import trexio_write_$group_num$, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import trexio_write_$group_num$, trexio_string_of_error
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
try:
|
||||
rc = trexio_write_$group_num$(trexio_file, num_w)
|
||||
@ -1245,10 +1250,10 @@ def write_$group_num$(trexio_file, num_w) -> None:
|
||||
|
||||
#+begin_src python :tangle read_num_front.py
|
||||
def read_$group_num$(trexio_file):
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import trexio_read_$group_num$, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import trexio_read_$group_num$, trexio_string_of_error
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
try:
|
||||
rc, num_r = trexio_read_$group_num$(trexio_file)
|
||||
@ -1755,14 +1760,14 @@ end interface
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||||
*** Python templates for front end
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||||
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||||
#+begin_src python :tangle write_dset_data_front.py
|
||||
def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import trexio_write_$group_dset$, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
def write_safe_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import trexio_write_safe_$group_dset$, trexio_string_of_error
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
try:
|
||||
rc = trexio_write_$group_dset$(trexio_file, dset_w)
|
||||
rc = trexio_write_safe_$group_dset$(trexio_file, dset_w)
|
||||
assert rc==TREXIO_SUCCESS
|
||||
except AssertionError:
|
||||
raise Exception(trexio_string_of_error(rc))
|
||||
@ -1772,20 +1777,22 @@ def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src python :tangle read_dset_data_front.py
|
||||
def read_$group_dset$(trexio_file):
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import trexio_read_$group_dset$, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
def read_safe_$group_dset$(trexio_file, dim):
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import trexio_read_safe_$group_dset$, trexio_string_of_error
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
try:
|
||||
rc, dset_r = trexio_read_$group_dset$(trexio_file)
|
||||
rc, dset_r = trexio_read_safe_$group_dset$(trexio_file, dim)
|
||||
assert rc==TREXIO_SUCCESS
|
||||
except AssertionError:
|
||||
raise Exception(trexio_string_of_error(rc))
|
||||
except:
|
||||
raise
|
||||
|
||||
# additional assert can be added here to check that read_safe functions returns numpy array of proper dimension
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||||
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||||
return dset_r
|
||||
#+end_src
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||||
** Sparse data structures
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||||
@ -2247,13 +2254,12 @@ end interface
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||||
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||||
#+begin_src python :tangle write_dset_str_front.py
|
||||
def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import (trexio_write_$group_dset$,
|
||||
trexio_string_of_error,
|
||||
TREXIO_SUCCESS
|
||||
)
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import (trexio_write_$group_dset$,
|
||||
# trexio_string_of_error
|
||||
# )
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
max_str_length = len(max(dset_w, key=len)) + 1
|
||||
|
||||
@ -2269,13 +2275,13 @@ def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
||||
|
||||
#+begin_src python :tangle read_dset_str_front.py
|
||||
def read_$group_dset$(trexio_file):
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import (trexio_read_$group_dset$,
|
||||
trexio_string_of_error,
|
||||
TREXIO_DELIM
|
||||
)
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import (trexio_read_$group_dset$_low,
|
||||
# trexio_string_of_error,
|
||||
# TREXIO_DELIM
|
||||
# )
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
try:
|
||||
rc, dset_1d_r = trexio_read_$group_dset$_low(trexio_file, PYTREXIO_MAX_STR_LENGTH)
|
||||
@ -2475,13 +2481,12 @@ end interface
|
||||
|
||||
#+begin_src python :tangle write_attr_str_front.py
|
||||
def write_$group_str$(trexio_file, str_w) -> None:
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import (trexio_write_$group_str$,
|
||||
trexio_string_of_error,
|
||||
TREXIO_SUCCESS
|
||||
)
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import (trexio_write_$group_str$,
|
||||
# trexio_string_of_error,
|
||||
# )
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
max_str_length = len(str_w) + 1
|
||||
|
||||
@ -2497,12 +2502,12 @@ def write_$group_str$(trexio_file, str_w) -> None:
|
||||
|
||||
#+begin_src python :tangle read_attr_str_front.py
|
||||
def read_$group_str$(trexio_file):
|
||||
try:
|
||||
from pytrexio import (trexio_read_$group_str$,
|
||||
trexio_string_of_error
|
||||
)
|
||||
except ImportError:
|
||||
raise
|
||||
#try:
|
||||
# from trexio.pytrexio import (trexio_read_$group_str$,
|
||||
# trexio_string_of_error
|
||||
# )
|
||||
#except ImportError:
|
||||
# raise
|
||||
|
||||
try:
|
||||
rc, str_r = trexio_read_$group_str$(trexio_file, PYTREXIO_MAX_STR_LENGTH)
|
||||
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