mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-08-25 06:31:43 +02:00
single top-level import of pytrexio resolves bug with caching
This commit is contained in:
parent
31b14a891a
commit
f0bccee32d
@ -20,6 +20,11 @@
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** Python
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** Python
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#+begin_src python :tangle prefix_python.py
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#+begin_src python :tangle prefix_python.py
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try:
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from trexio.pytrexio import *
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except ImportError:
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raise Exception("Could not import pytrexio module from trexio package")
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# define TREXIO back ends
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# define TREXIO back ends
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TREXIO_HDF5 = 0
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TREXIO_HDF5 = 0
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@ -450,10 +455,10 @@ end interface
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#+begin_src python :tangle prefix_python.py :noexport
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#+begin_src python :tangle prefix_python.py :noexport
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def string_of_error(return_code: int) -> str:
|
def string_of_error(return_code: int) -> str:
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||||||
try:
|
#try:
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from pytrexio import trexio_string_of_error
|
# from trexio.pytrexio import trexio_string_of_error
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except ImportError:
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#except ImportError:
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||||||
raise
|
# raise
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||||||
|
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||||||
try:
|
try:
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error_str = trexio_string_of_error(trexio_return_code)
|
error_str = trexio_string_of_error(trexio_return_code)
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@ -735,10 +740,10 @@ end interface
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#+begin_src c :tangle prefix_python.py
|
#+begin_src c :tangle prefix_python.py
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def open(file_name: str, mode: str, back_end: int):
|
def open(file_name: str, mode: str, back_end: int):
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||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import trexio_open
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# from trexio.pytrexio import trexio_open
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except ImportError:
|
#except ImportError:
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||||||
raise
|
# raise
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
try:
|
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trexio_file = trexio_open(file_name, mode, back_end)
|
trexio_file = trexio_open(file_name, mode, back_end)
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||||||
@ -868,10 +873,10 @@ end interface
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|||||||
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||||||
#+begin_src c :tangle prefix_python.py
|
#+begin_src c :tangle prefix_python.py
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||||||
def close(trexio_file):
|
def close(trexio_file):
|
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try:
|
#try:
|
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from pytrexio import trexio_close, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
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# from trexio.pytrexio import trexio_close, trexio_string_of_error
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except ImportError:
|
#except ImportError:
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||||||
raise
|
# raise
|
||||||
|
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||||||
try:
|
try:
|
||||||
rc = trexio_close(trexio_file)
|
rc = trexio_close(trexio_file)
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||||||
@ -1228,10 +1233,10 @@ end interface
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|||||||
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||||||
#+begin_src python :tangle write_num_front.py
|
#+begin_src python :tangle write_num_front.py
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||||||
def write_$group_num$(trexio_file, num_w) -> None:
|
def write_$group_num$(trexio_file, num_w) -> None:
|
||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import trexio_write_$group_num$, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
# from trexio.pytrexio import trexio_write_$group_num$, trexio_string_of_error
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||||||
except ImportError:
|
#except ImportError:
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||||||
raise
|
# raise
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
rc = trexio_write_$group_num$(trexio_file, num_w)
|
rc = trexio_write_$group_num$(trexio_file, num_w)
|
||||||
@ -1245,10 +1250,10 @@ def write_$group_num$(trexio_file, num_w) -> None:
|
|||||||
|
|
||||||
#+begin_src python :tangle read_num_front.py
|
#+begin_src python :tangle read_num_front.py
|
||||||
def read_$group_num$(trexio_file):
|
def read_$group_num$(trexio_file):
|
||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import trexio_read_$group_num$, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
# from trexio.pytrexio import trexio_read_$group_num$, trexio_string_of_error
|
||||||
except ImportError:
|
#except ImportError:
|
||||||
raise
|
# raise
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
rc, num_r = trexio_read_$group_num$(trexio_file)
|
rc, num_r = trexio_read_$group_num$(trexio_file)
|
||||||
@ -1755,14 +1760,14 @@ end interface
|
|||||||
*** Python templates for front end
|
*** Python templates for front end
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||||||
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||||||
#+begin_src python :tangle write_dset_data_front.py
|
#+begin_src python :tangle write_dset_data_front.py
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||||||
def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
def write_safe_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import trexio_write_$group_dset$, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
# from trexio.pytrexio import trexio_write_safe_$group_dset$, trexio_string_of_error
|
||||||
except ImportError:
|
#except ImportError:
|
||||||
raise
|
# raise
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
rc = trexio_write_$group_dset$(trexio_file, dset_w)
|
rc = trexio_write_safe_$group_dset$(trexio_file, dset_w)
|
||||||
assert rc==TREXIO_SUCCESS
|
assert rc==TREXIO_SUCCESS
|
||||||
except AssertionError:
|
except AssertionError:
|
||||||
raise Exception(trexio_string_of_error(rc))
|
raise Exception(trexio_string_of_error(rc))
|
||||||
@ -1772,20 +1777,22 @@ def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
|||||||
#+end_src
|
#+end_src
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||||||
|
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||||||
#+begin_src python :tangle read_dset_data_front.py
|
#+begin_src python :tangle read_dset_data_front.py
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||||||
def read_$group_dset$(trexio_file):
|
def read_safe_$group_dset$(trexio_file, dim):
|
||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import trexio_read_$group_dset$, trexio_string_of_error, TREXIO_SUCCESS
|
# from trexio.pytrexio import trexio_read_safe_$group_dset$, trexio_string_of_error
|
||||||
except ImportError:
|
#except ImportError:
|
||||||
raise
|
# raise
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
rc, dset_r = trexio_read_$group_dset$(trexio_file)
|
rc, dset_r = trexio_read_safe_$group_dset$(trexio_file, dim)
|
||||||
assert rc==TREXIO_SUCCESS
|
assert rc==TREXIO_SUCCESS
|
||||||
except AssertionError:
|
except AssertionError:
|
||||||
raise Exception(trexio_string_of_error(rc))
|
raise Exception(trexio_string_of_error(rc))
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||||||
except:
|
except:
|
||||||
raise
|
raise
|
||||||
|
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||||||
|
# additional assert can be added here to check that read_safe functions returns numpy array of proper dimension
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||||||
return dset_r
|
return dset_r
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#+end_src
|
#+end_src
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** Sparse data structures
|
** Sparse data structures
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@ -2247,13 +2254,12 @@ end interface
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||||||
#+begin_src python :tangle write_dset_str_front.py
|
#+begin_src python :tangle write_dset_str_front.py
|
||||||
def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import (trexio_write_$group_dset$,
|
# from trexio.pytrexio import (trexio_write_$group_dset$,
|
||||||
trexio_string_of_error,
|
# trexio_string_of_error
|
||||||
TREXIO_SUCCESS
|
# )
|
||||||
)
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#except ImportError:
|
||||||
except ImportError:
|
# raise
|
||||||
raise
|
|
||||||
|
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||||||
max_str_length = len(max(dset_w, key=len)) + 1
|
max_str_length = len(max(dset_w, key=len)) + 1
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||||||
|
|
||||||
@ -2269,13 +2275,13 @@ def write_$group_dset$(trexio_file, dset_w) -> None:
|
|||||||
|
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||||||
#+begin_src python :tangle read_dset_str_front.py
|
#+begin_src python :tangle read_dset_str_front.py
|
||||||
def read_$group_dset$(trexio_file):
|
def read_$group_dset$(trexio_file):
|
||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import (trexio_read_$group_dset$,
|
# from trexio.pytrexio import (trexio_read_$group_dset$_low,
|
||||||
trexio_string_of_error,
|
# trexio_string_of_error,
|
||||||
TREXIO_DELIM
|
# TREXIO_DELIM
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||||||
)
|
# )
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||||||
except ImportError:
|
#except ImportError:
|
||||||
raise
|
# raise
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
rc, dset_1d_r = trexio_read_$group_dset$_low(trexio_file, PYTREXIO_MAX_STR_LENGTH)
|
rc, dset_1d_r = trexio_read_$group_dset$_low(trexio_file, PYTREXIO_MAX_STR_LENGTH)
|
||||||
@ -2475,13 +2481,12 @@ end interface
|
|||||||
|
|
||||||
#+begin_src python :tangle write_attr_str_front.py
|
#+begin_src python :tangle write_attr_str_front.py
|
||||||
def write_$group_str$(trexio_file, str_w) -> None:
|
def write_$group_str$(trexio_file, str_w) -> None:
|
||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import (trexio_write_$group_str$,
|
# from trexio.pytrexio import (trexio_write_$group_str$,
|
||||||
trexio_string_of_error,
|
# trexio_string_of_error,
|
||||||
TREXIO_SUCCESS
|
# )
|
||||||
)
|
#except ImportError:
|
||||||
except ImportError:
|
# raise
|
||||||
raise
|
|
||||||
|
|
||||||
max_str_length = len(str_w) + 1
|
max_str_length = len(str_w) + 1
|
||||||
|
|
||||||
@ -2497,12 +2502,12 @@ def write_$group_str$(trexio_file, str_w) -> None:
|
|||||||
|
|
||||||
#+begin_src python :tangle read_attr_str_front.py
|
#+begin_src python :tangle read_attr_str_front.py
|
||||||
def read_$group_str$(trexio_file):
|
def read_$group_str$(trexio_file):
|
||||||
try:
|
#try:
|
||||||
from pytrexio import (trexio_read_$group_str$,
|
# from trexio.pytrexio import (trexio_read_$group_str$,
|
||||||
trexio_string_of_error
|
# trexio_string_of_error
|
||||||
)
|
# )
|
||||||
except ImportError:
|
#except ImportError:
|
||||||
raise
|
# raise
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
rc, str_r = trexio_read_$group_str$(trexio_file, PYTREXIO_MAX_STR_LENGTH)
|
rc, str_r = trexio_read_$group_str$(trexio_file, PYTREXIO_MAX_STR_LENGTH)
|
||||||
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