mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-08-24 22:21:43 +02:00
Merge branch 'master' into change_h5rw_datasets
This commit is contained in:
commit
e624be1435
10
src/test.c
10
src/test.c
@ -120,15 +120,11 @@ int test_h5read() {
|
||||
file2 = trexio_open(file_name2, 'r', TREXIO_HDF5);
|
||||
assert (file2 == NULL);
|
||||
|
||||
// test appending non-existing file, should create it
|
||||
const char* file_name3 = "test_append.h5";
|
||||
// test appending non-existing file, should fail and return NULL
|
||||
trexio_t* file3 = NULL;
|
||||
|
||||
file3 = trexio_open(file_name3, 'a', TREXIO_HDF5);
|
||||
assert (file3 != NULL);
|
||||
|
||||
rc = trexio_close(file3);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
file3 = trexio_open(file_name2, 'a', TREXIO_HDF5);
|
||||
assert (file3 == NULL);
|
||||
|
||||
free(coord);
|
||||
|
||||
|
72
src/trexio.c
72
src/trexio.c
@ -31,6 +31,7 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
||||
|
||||
trexio_t* result = NULL;
|
||||
|
||||
/* Allocate data structures */
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
@ -47,8 +48,10 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* TODO: Error handling */
|
||||
assert (result != NULL);
|
||||
assert (result != NULL); /* TODO: Error handling */
|
||||
|
||||
|
||||
/* Data for the parent type */
|
||||
|
||||
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
||||
strcpy(result->file_name, file_name);
|
||||
@ -57,7 +60,11 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
||||
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
/* Back end initialization */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
@ -81,6 +88,32 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* File locking */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_lock(result);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_lock(result);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
free(result->file_name);
|
||||
free(result);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return result;
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -90,6 +123,7 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
/* Terminate the back end */
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
@ -108,15 +142,43 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
free(file->file_name);
|
||||
free(file);
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* File unlocking */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_unlock(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_unlock(file);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Terminate front end */
|
||||
|
||||
free(file->file_name);
|
||||
file->file_name = NULL;
|
||||
|
||||
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
free(file);
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
if (irc != 0) return TREXIO_ERRNO;
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
@ -21,6 +21,7 @@ typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
||||
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
||||
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
||||
#define TREXIO_ERRNO ( (trexio_exit_code) 12 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ID ( (trexio_exit_code) 20 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_NUM ( (trexio_exit_code) 21 )
|
||||
|
||||
|
@ -78,6 +78,7 @@ typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
||||
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
||||
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
||||
#define TREXIO_ERRNO ( (trexio_exit_code) 12 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ID ( (trexio_exit_code) 20 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_NUM ( (trexio_exit_code) 21 )
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -170,6 +171,7 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
||||
|
||||
trexio_t* result = NULL;
|
||||
|
||||
/* Allocate data structures */
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
@ -186,8 +188,10 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
||||
,*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* TODO: Error handling */
|
||||
assert (result != NULL);
|
||||
assert (result != NULL); /* TODO: Error handling */
|
||||
|
||||
|
||||
/* Data for the parent type */
|
||||
|
||||
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
||||
strcpy(result->file_name, file_name);
|
||||
@ -196,7 +200,11 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
||||
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
/* Back end initialization */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
@ -220,6 +228,32 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* File locking */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_lock(result);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_lock(result);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
free(result->file_name);
|
||||
free(result);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return result;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -237,6 +271,7 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
/* Terminate the back end */
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
@ -255,17 +290,47 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
free(file->file_name);
|
||||
free(file);
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* File unlocking */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_unlock(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_unlock(file);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Terminate front end */
|
||||
|
||||
free(file->file_name);
|
||||
file->file_name = NULL;
|
||||
|
||||
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
free(file);
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
if (irc != 0) return TREXIO_ERRNO;
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
** Reading/writing data
|
||||
@ -629,5 +694,4 @@ trexio_exit_code trexio_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* file, const int64_t o
|
||||
- [ ] Error handling with errno
|
||||
- [ ] HDF5 back-end
|
||||
- [ ] JSON back-end
|
||||
- [ ] File locking with flock
|
||||
- [ ] Caching of the struct saving last modification date in structs
|
||||
|
@ -95,10 +95,10 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file) {
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
// reading non-existing file -> error
|
||||
// reading or appending non-existing file -> error
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
case 'w':
|
||||
// appending or writing non-existing file -> create it
|
||||
// writing non-existing file -> create it
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_EXCL, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
@ -107,6 +107,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
/* Create or open groups in the hdf5 file assuming that they exist if file exists */
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
// the switch for 'r'/'a' is reached only if file exists
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
f->nucleus_group = H5Gopen(f->file_id, NUCLEUS_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
@ -370,7 +371,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint6
|
||||
|
||||
if (nucleus->num != 0) {
|
||||
printf("%ld -> %ld %s \n", num, nucleus->num,
|
||||
"This variable alreasy exists. Overwriting it is not supported");
|
||||
"This variable already exists. Overwriting it is not supported");
|
||||
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
@ -186,10 +186,10 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file) {
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
// reading non-existing file -> error
|
||||
// reading or appending non-existing file -> error
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
case 'w':
|
||||
// appending or writing non-existing file -> create it
|
||||
// writing non-existing file -> create it
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_EXCL, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
@ -198,6 +198,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
/* Create or open groups in the hdf5 file assuming that they exist if file exists */
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
// the switch for 'r'/'a' is reached only if file exists
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
f->nucleus_group = H5Gopen(f->file_id, NUCLEUS_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
@ -521,7 +522,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint6
|
||||
|
||||
if (nucleus->num != 0) {
|
||||
printf("%ld -> %ld %s \n", num, nucleus->num,
|
||||
"This variable alreasy exists. Overwriting it is not supported");
|
||||
"This variable already exists. Overwriting it is not supported");
|
||||
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
@ -38,7 +38,18 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
||||
assert (f->lock_file > 0);
|
||||
free(file_name);
|
||||
|
||||
/* Lock the directory for the current process */
|
||||
f->nucleus = NULL;
|
||||
f->electron= NULL;
|
||||
f->rdm = NULL;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
@ -50,20 +61,12 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
||||
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
||||
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f_child = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
f_child->nucleus = NULL;
|
||||
f_child->electron= NULL;
|
||||
f_child->rdm = NULL;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
rc = trexio_text_free_nucleus( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
@ -71,7 +74,14 @@ trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
||||
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
/* Release lock */
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
|
@ -56,8 +56,12 @@ typedef struct trexio_text_s {
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file);
|
||||
|
@ -137,7 +137,25 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
||||
assert (f->lock_file > 0);
|
||||
free(file_name);
|
||||
|
||||
/* Lock the directory for the current process */
|
||||
f->nucleus = NULL;
|
||||
f->electron= NULL;
|
||||
f->rdm = NULL;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
@ -149,12 +167,6 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
||||
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
||||
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f_child = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
f_child->nucleus = NULL;
|
||||
f_child->electron= NULL;
|
||||
f_child->rdm = NULL;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -169,8 +181,6 @@ trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
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||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
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||||
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||||
trexio_exit_code rc;
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||||
rc = trexio_text_free_nucleus( (trexio_text_t*) file);
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||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
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||||
@ -178,7 +188,20 @@ trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
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||||
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
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||||
/* Release lock */
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
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||||
#+end_src
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||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
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||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file);
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||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
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||||
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||||
struct flock fl;
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fl.l_type = F_WRLCK;
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