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d4b2ff5c6e
74
src/test.c
74
src/test.c
@ -11,8 +11,10 @@ int test_h5read();
|
||||
int test_h5write();
|
||||
|
||||
int main() {
|
||||
|
||||
test_h5write();
|
||||
test_h5read();
|
||||
|
||||
test_write();
|
||||
test_read();
|
||||
return 0 ;
|
||||
@ -27,7 +29,7 @@ int test_h5write() {
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
uint64_t num = 12;
|
||||
int64_t num = 12;
|
||||
|
||||
double coord[36] = {
|
||||
0.00000000 , 1.39250319 , 0.00000000 ,
|
||||
@ -44,27 +46,26 @@ int test_h5write() {
|
||||
0.00000000 , 2.47304151 , 0.00000000 ,
|
||||
};
|
||||
|
||||
file = trexio_create(file_name, TREXIO_HDF5);
|
||||
file = trexio_open(file_name, 'w', TREXIO_HDF5);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
// works: try writing info in an empty file
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_num(file,num);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_coord(file,coord);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
// should not work: try to rewrite the nucleus_num
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_num(file,25);
|
||||
assert (rc != TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
// works: try to rewrite the nucleus_coord
|
||||
coord[0] = 666.666;
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_coord(file,coord);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
printf("SUCCESS\n");
|
||||
} else {
|
||||
printf("FAILURE\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
rc = trexio_close(file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
@ -75,16 +76,19 @@ int test_h5read() {
|
||||
trexio_t* file = NULL;
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
uint64_t num;
|
||||
int64_t num;
|
||||
double* coord;
|
||||
|
||||
file = trexio_create(file_name, TREXIO_HDF5);
|
||||
file = trexio_open(file_name, 'r', TREXIO_HDF5);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
rc = trexio_read_nucleus_num(file,&num);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
assert (num == 12);
|
||||
|
||||
coord = (double*) calloc(3*num, sizeof(double));
|
||||
rc = trexio_read_nucleus_coord(file,coord);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
/*for (size_t i=0; i<3*num; i++){
|
||||
printf("%lf \n", coord[i]);
|
||||
@ -93,14 +97,9 @@ int test_h5read() {
|
||||
double x = coord[30] - 2.14171677;
|
||||
assert( x*x < 1.e-12);
|
||||
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
printf("SUCCESS\n");
|
||||
} else {
|
||||
printf("FAILURE\n");
|
||||
}
|
||||
rc = trexio_close(file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
free(coord);
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
@ -114,7 +113,7 @@ int test_write() {
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
|
||||
uint64_t num = 12;
|
||||
int64_t num = 12;
|
||||
|
||||
double charge[12] = {6., 6., 6., 6., 6., 6., 1., 1., 1., 1., 1., 1.};
|
||||
|
||||
@ -133,19 +132,20 @@ int test_write() {
|
||||
0.00000000 , 2.47304151 , 0.00000000 ,
|
||||
};
|
||||
|
||||
file = trexio_create(file_name, TREXIO_TEXT);
|
||||
file = trexio_open(file_name, 'w', TREXIO_TEXT);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_num(file,num);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_charge(file,charge);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_coord(file,coord);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
printf("SUCCESS\n");
|
||||
} else {
|
||||
printf("FAILURE\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
rc = trexio_close(file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
@ -156,31 +156,31 @@ int test_read() {
|
||||
trexio_t* file = NULL;
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
uint64_t num;
|
||||
int64_t num;
|
||||
double* charge;
|
||||
double* coord;
|
||||
|
||||
file = trexio_create(file_name, TREXIO_TEXT);
|
||||
file = trexio_open(file_name, 'r', TREXIO_TEXT);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
rc = trexio_read_nucleus_num(file,&num);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
assert (num == 12);
|
||||
|
||||
charge = (double*) calloc(num, sizeof(double));
|
||||
rc = trexio_read_nucleus_charge(file,charge);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
assert(charge[10] == 1.);
|
||||
|
||||
coord = (double*) calloc(3*num, sizeof(double));
|
||||
rc = trexio_read_nucleus_coord(file,coord);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
double x = coord[30] - 2.14171677;
|
||||
assert( x*x < 1.e-12);
|
||||
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
printf("SUCCESS\n");
|
||||
} else {
|
||||
printf("FAILURE\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
rc = trexio_close(file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
free(charge);
|
||||
free(coord);
|
||||
|
||||
225
src/trexio.c
225
src/trexio.c
@ -19,14 +19,15 @@
|
||||
#include "trexio_json.h"
|
||||
*/
|
||||
|
||||
trexio_t* trexio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t back_end) {
|
||||
|
||||
/* Check that file name is not NULL or empty */
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
assert (file_name[0] != '\0');
|
||||
if (file_name == NULL) return NULL;
|
||||
if (file_name[0] == '\0') return NULL;
|
||||
|
||||
/* Check that back_end is valid */
|
||||
assert (back_end < TREXIO_INVALID_BACK_END);
|
||||
if (back_end < 0) return NULL;
|
||||
if (back_end >= TREXIO_INVALID_BACK_END) return NULL;
|
||||
|
||||
if (mode != 'r' && mode != 'w') return NULL;
|
||||
|
||||
trexio_t* result = NULL;
|
||||
|
||||
@ -44,8 +45,6 @@ trexio_t* trexio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
result = (trexio_t*) malloc (sizeof(trexio_json_t));
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* TODO: Error handling */
|
||||
@ -54,7 +53,7 @@ trexio_t* trexio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
||||
strcpy(result->file_name, file_name);
|
||||
result->back_end = back_end;
|
||||
result->mode = 'w'; /* Upon creation, mode=write */
|
||||
result->mode = mode;
|
||||
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
@ -74,17 +73,15 @@ trexio_t* trexio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
rc = trexio_json_init(result);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return NULL;
|
||||
|
||||
return result;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
@ -121,57 +118,75 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_num(trexio_t* file, uint64_t* num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_num(trexio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
uint64_t u_num = 0;
|
||||
trexio_exit_code rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_num(file, num);
|
||||
rc = trexio_text_read_nucleus_num(file, &u_num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_read_nucleus_num(file, num);
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_nucleus_num(file, &u_num);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_read_nucleus_num(file, num);
|
||||
rc =trexio_json_read_nucleus_num(file, &u_num);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_num(trexio_t* file, uint64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
/**/ *num = (int64_t) u_num;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_num(trexio_t* file, const int64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num < 0 ) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
rc = trexio_text_write_nucleus_num(file, (uint64_t) num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
rc = trexio_hdf5_write_nucleus_num(file, (uint64_t) num);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
rc = trexio_json_write_nucleus_num(file, (uint64_t) num);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
int64_t nucleus_num = -1;
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_coord = nucleus_num*3;
|
||||
if (dim_coord < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_coord(file, coord, (uint64_t) dim_coord);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -187,13 +202,21 @@ trexio_exit_code trexio_read_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, const double* coord) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
int64_t nucleus_num = -1;
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_coord = nucleus_num*3;
|
||||
if (dim_coord < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_coord(file, coord, (uint64_t) dim_coord);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -210,12 +233,20 @@ trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord) {
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
int64_t nucleus_num = -1;
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_charge = nucleus_num;
|
||||
if (dim_charge < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_charge(file, charge, (uint64_t) dim_charge);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -231,13 +262,21 @@ trexio_exit_code trexio_read_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, const double* charge) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
int64_t nucleus_num = -1;
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_charge = nucleus_num;
|
||||
if (dim_charge < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_charge(file, charge, (uint64_t) dim_charge);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -252,3 +291,113 @@ trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_rdm_one_e(trexio_t* file, double* one_e) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
int64_t dim_one_e = -1;
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &dim_one_e); /* This dimension is wrong. Should be mo_num */
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
if (dim_one_e < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_rdm_one_e(file, one_e, (uint64_t) dim_one_e);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_read_rdm_one_e(file, one_e);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_read_rdm_one_e(file, one_e);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_rdm_one_e(trexio_t* file, const double* one_e) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
int64_t nucleus_num = -1;
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_one_e = nucleus_num * nucleus_num; /* This dimension is wrong. Should be mo_num */
|
||||
if (dim_one_e < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_rdm_one_e(file, one_e, (uint64_t) dim_one_e);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_write_rdm_one_e(file, one_e);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_write_rdm_one_e(file, one_e);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_buffered_read_rdm_two_e(trexio_t* file, const int64_t offset, const int64_t size, int64_t* index, double* value) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (offset <= 0 ) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
if (size <= 0 ) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
if (value == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_5;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(file, (uint64_t) offset, (uint64_t) size, index, value);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_buffered_read_rdm_two_e(file, size);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_buffered_read_rdm_two_e(file, size);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* file, const int64_t offset, const int64_t size, const int64_t* index, const double* value) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (offset <= 0 ) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
if (size <= 0 ) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
if (value == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_5;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(file, (uint64_t) offset, (uint64_t) size, index, value);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_buffered_write_rdm_two_e(file, size);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_buffered_write_rdm_two_e(file, size);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
27
src/trexio.h
27
src/trexio.h
@ -12,10 +12,17 @@
|
||||
|
||||
typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
|
||||
#define TREXIO_FAILURE ( (trexio_exit_code) -1 )
|
||||
#define TREXIO_SUCCESS ( (trexio_exit_code) 0 )
|
||||
#define TREXIO_FAILURE ( (trexio_exit_code) 1 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_1 ( (trexio_exit_code) 1 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_2 ( (trexio_exit_code) 2 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_3 ( (trexio_exit_code) 3 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_4 ( (trexio_exit_code) 4 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
||||
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
||||
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
||||
|
||||
typedef uint32_t back_end_t;
|
||||
typedef int32_t back_end_t;
|
||||
|
||||
#define TREXIO_HDF5 ( (back_end_t) 0 )
|
||||
#define TREXIO_TEXT ( (back_end_t) 1 )
|
||||
@ -24,17 +31,23 @@ typedef uint32_t back_end_t;
|
||||
|
||||
typedef struct trexio_s trexio_t;
|
||||
|
||||
trexio_t* trexio_create(const char* file_name, back_end_t back_end);
|
||||
trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t back_end);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_num(trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_num(trexio_t* file, uint64_t num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_num(trexio_t* file, int64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_num(trexio_t* file, const int64_t num);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, const double* coord);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, const double* charge);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_rdm_one_e(trexio_t* file, double* one_e);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_rdm_one_e(trexio_t* file, const double* one_e);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_buffered_read_rdm_two_e(trexio_t* file, const int64_t offset, const int64_t size, int64_t* index, double* value);
|
||||
trexio_exit_code trexio_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* file, const int64_t offset, const int64_t size, const int64_t* index, const double* value);
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
1217
src/trexio.org
1217
src/trexio.org
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@ -62,6 +62,32 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
typedef struct one_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
} one_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct two_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
} two_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct three_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
int64_t k;
|
||||
} three_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct four_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
int64_t k;
|
||||
int64_t l;
|
||||
} four_index_t;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
|
||||
|
||||
@ -8,69 +8,111 @@
|
||||
#include "trexio_text.h"
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
/* If directory doesn't exist, create it */
|
||||
/* If directory doesn't exist, create it in write mode */
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0 && S_ISDIR(st.st_mode)) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else {
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
if (mkdir(file->file_name, 0777) != 0) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create name of files in the directory */
|
||||
const char* nucleus_file_name = "/nucleus.txt";
|
||||
f->nucleus_file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->file_name) + strlen(nucleus_file_name) + 1,
|
||||
/* Create the lock file in the directory */
|
||||
const char* lock_file_name = "/.lock";
|
||||
char* file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->file_name) + strlen(lock_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (f->nucleus_file_name != NULL);
|
||||
strcpy (f->nucleus_file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (f->nucleus_file_name, nucleus_file_name);
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
strcpy (file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (file_name, lock_file_name);
|
||||
|
||||
f->lock_file = open(file_name,O_WRONLY|O_CREAT|O_TRUNC, 0644);
|
||||
assert (f->lock_file > 0);
|
||||
free(file_name);
|
||||
|
||||
const char* electron_file_name = "/electron.txt";
|
||||
f->electron_file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->file_name) + strlen(electron_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (f->electron_file_name != NULL);
|
||||
strcpy (f->electron_file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (f->electron_file_name, electron_file_name);
|
||||
/* Lock the directory for the current process */
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
fl.l_whence = SEEK_SET;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
|
||||
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
||||
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f_child = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
f_child->nucleus = NULL;
|
||||
f_child->electron= NULL;
|
||||
f_child->rdm = NULL;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
free (f->nucleus_file_name);
|
||||
f->nucleus_file_name = NULL;
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
rc = trexio_text_free_nucleus( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
free (f->electron_file_name);
|
||||
f->electron_file_name = NULL;
|
||||
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
/* Release lock */
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
fl.l_whence = SEEK_SET;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
fl.l_type = F_UNLCK;
|
||||
fcntl(f->lock_file, F_SETLK, &fl);
|
||||
|
||||
close(f->lock_file);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(const trexio_text_t* file) {
|
||||
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return NULL;
|
||||
|
||||
if (file->nucleus != NULL) return file->nucleus;
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
nucleus_t* nucleus = (nucleus_t*) malloc(sizeof(nucleus_t));
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->file = NULL;
|
||||
nucleus->num = 0;
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
nucleus->to_flush = 0;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If the file does not exist, return */
|
||||
FILE* f = fopen(file->nucleus_file_name,"r");
|
||||
if (f == NULL) {
|
||||
return nucleus;
|
||||
}
|
||||
const char* nucleus_file_name = "/nucleus.txt";
|
||||
char * file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->parent.file_name) + strlen(nucleus_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
strcpy (file_name, file->parent.file_name);
|
||||
strcat (file_name, nucleus_file_name);
|
||||
|
||||
/* If the file exists, read it */
|
||||
FILE* f = fopen(file_name,"r");
|
||||
if (f != NULL) {
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
@ -79,216 +121,489 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(const trexio_text_t* file) {
|
||||
char* buffer = (char*) malloc(sz*sizeof(char));
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "num") == 0);
|
||||
int rc;
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_charge") == 0);
|
||||
|
||||
fscanf(f, "%lu", &(nucleus->num));
|
||||
assert (nucleus->num > 0);
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dim_charge));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_coord") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dim_coord));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->dim_charge, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(3 * nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(nucleus->dim_coord, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
/* Read arrays */
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
/* Read data */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "num") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->num));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "charge") == 0);
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
fscanf(f, "%lf", &(nucleus->charge[i]));
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_charge ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(nucleus->charge[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "coord") == 0);
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
fscanf(f, "%lf", &(nucleus->coord[i]));
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_coord ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(nucleus->coord[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
free(buffer);
|
||||
fclose(f);
|
||||
f = NULL;
|
||||
}
|
||||
if (file->parent.mode == 'w') {
|
||||
nucleus->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
nucleus->file = fopen(file_name,"r");
|
||||
}
|
||||
free(file_name);
|
||||
file->nucleus = nucleus;
|
||||
return nucleus;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus(const trexio_text_t* file, nucleus_t* nucleus) {
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
if (file->parent.mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
FILE* f = fopen(file->nucleus_file_name,"w");
|
||||
nucleus_t* nucleus = file->nucleus;
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (nucleus->to_flush == 0) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
FILE* f = nucleus->file;
|
||||
assert (f != NULL);
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", nucleus->num);
|
||||
fprintf(f, "dim_charge %ld\n", nucleus->dim_charge);
|
||||
fprintf(f, "dim_coord %ld\n", nucleus->dim_coord );
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", nucleus->num);
|
||||
fprintf(f, "charge\n");
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_charge ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->charge[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "coord\n");
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_coord ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->coord[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fclose(f);
|
||||
fflush(f);
|
||||
file->nucleus->to_flush = 0;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(nucleus_t* nucleus) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode != 'r') {
|
||||
rc = trexio_text_flush_nucleus(file);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = file->nucleus;
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (nucleus->file != NULL) {
|
||||
fclose(nucleus->file);
|
||||
nucleus->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) {
|
||||
free (nucleus->coord);
|
||||
}
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) {
|
||||
free (nucleus->charge);
|
||||
}
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
free (nucleus);
|
||||
file->nucleus = NULL;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (num != NULL);
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
/**/ *num = nucleus->num;
|
||||
|
||||
trexio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num) {
|
||||
|
||||
assert (num > 0L);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
if (nucleus->num != num) {
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
nucleus->num = num;
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) free(nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) free(nucleus->coord );
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(3*num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
nucleus->num = num;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_text_write_nucleus((trexio_text_t*) file, nucleus);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
trexio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
nucleus->to_flush = 1;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint64_t dim_coord) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
if (dim_coord != nucleus->dim_coord) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_coord ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint64_t dim_coord) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) {
|
||||
free(nucleus->coord);
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->dim_coord = dim_coord;
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(dim_coord, sizeof(double));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_coord ; i++) {
|
||||
nucleus->coord[i] = coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_text_write_nucleus((trexio_text_t*) file, nucleus);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
trexio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
|
||||
nucleus->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint64_t dim_charge) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
if (dim_charge != nucleus->dim_charge) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
assert (charge != NULL);
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_charge ; i++) {
|
||||
charge[i] = nucleus->charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint64_t dim_charge) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
assert (charge != NULL);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) {
|
||||
free(nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->dim_charge = dim_charge;
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(dim_charge, sizeof(double));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_charge ; i++) {
|
||||
nucleus->charge[i] = charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_text_write_nucleus((trexio_text_t*) file, nucleus);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
nucleus->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return NULL;
|
||||
|
||||
if (file->rdm != NULL) return file->rdm;
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
rdm_t* rdm = (rdm_t*) malloc(sizeof(rdm_t));
|
||||
assert (rdm != NULL);
|
||||
|
||||
rdm->one_e = NULL;
|
||||
rdm->two_e_file_name = NULL;
|
||||
rdm->file = NULL;
|
||||
rdm->to_flush = 0;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If the file does not exist, return */
|
||||
const char* rdm_file_name = "/rdm.txt";
|
||||
char * file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->parent.file_name) + strlen(rdm_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
strcpy (file_name, file->parent.file_name);
|
||||
strcat (file_name, rdm_file_name);
|
||||
|
||||
/* If the file exists, read it */
|
||||
FILE* f = fopen(file_name,"r");
|
||||
if (f != NULL) {
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
size_t sz = ftell(f);
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_SET);
|
||||
char* buffer = (char*) malloc(sz*sizeof(char));
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
int rc;
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_one_e") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(rdm->dim_one_e));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
rdm->one_e = (double*) calloc(rdm->dim_one_e, sizeof(double));
|
||||
assert (rdm->one_e != NULL);
|
||||
|
||||
/* Read one_e */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "one_e") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<rdm->dim_one_e; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(rdm->one_e[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Read two_e */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "two_e_file_name") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
rdm->two_e_file_name = (char*) malloc (strlen(buffer)*sizeof(char));
|
||||
strcpy(rdm->two_e_file_name, buffer);
|
||||
|
||||
free(buffer);
|
||||
fclose(f);
|
||||
f = NULL;
|
||||
}
|
||||
if (file->parent.mode == 'w') {
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"");
|
||||
}
|
||||
free(file_name);
|
||||
file->rdm = rdm ;
|
||||
return rdm;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_rdm(const trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = file->rdm;
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (rdm->to_flush == 0) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
FILE* f = rdm->file;
|
||||
assert (f != NULL);
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", rdm->dim_one_e);
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "one_e\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i< rdm->dim_one_e; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", rdm->one_e[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "two_e_file_name\n");
|
||||
fprintf(f, "%s\n", rdm->two_e_file_name);
|
||||
|
||||
fflush(f);
|
||||
file->rdm->to_flush = 0;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
if (file->parent.mode != 'r') {
|
||||
rc = trexio_text_flush_rdm(file);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = file->rdm;
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (rdm->file != NULL) {
|
||||
fclose(rdm->file);
|
||||
rdm->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rdm->one_e != NULL) {
|
||||
free (rdm->one_e);
|
||||
rdm->one_e = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rdm->two_e_file_name != NULL) {
|
||||
free (rdm->two_e_file_name);
|
||||
rdm->two_e_file_name = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
free (rdm);
|
||||
file->rdm = NULL;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_rdm_one_e(const trexio_t* file, double* one_e, const uint64_t dim_one_e) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_one_e != rdm->dim_one_e) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_one_e ; i++) {
|
||||
one_e[i] = rdm->one_e[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_rdm_one_e(const trexio_t* file, const double* one_e, const uint64_t dim_one_e) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
if (file->mode != 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
rdm->dim_one_e = dim_one_e;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_one_e ; i++) {
|
||||
rdm->one_e[i] = one_e[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
rdm->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, int64_t* index, double* value) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
if (value == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_5;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
FILE* f = fopen(rdm->two_e_file_name, "r");
|
||||
if (f == NULL) return TREXIO_END;
|
||||
|
||||
const uint64_t line_length = 64;
|
||||
fseek(f, (long) offset * line_length, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
int rc;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%9ld %9ld %9ld %9ld %24le\n",
|
||||
&index[4*i],
|
||||
&index[4*i+1],
|
||||
&index[4*i+2],
|
||||
&index[4*i+3],
|
||||
&value[i]);
|
||||
if (rc == 5) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else if (rc == EOF) {
|
||||
return TREXIO_END;
|
||||
} else if (rc == EOF) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, const int64_t* index, const double* value) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
if (value == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_5;
|
||||
if (file->mode != 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
FILE* f = fopen(rdm->two_e_file_name, "w");
|
||||
if (f == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
const uint64_t line_length = 64;
|
||||
fseek(f, (long) offset * line_length, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
int rc;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size ; i++) {
|
||||
rc = fprintf(f, "%9ld %9ld %9ld %9ld %24le\n",
|
||||
index[4*i],
|
||||
index[4*i+1],
|
||||
index[4*i+2],
|
||||
index[4*i+3],
|
||||
value[i]);
|
||||
if (rc != 5) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
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}
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@ -10,41 +10,79 @@
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#include "trexio.h"
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#include "trexio_s.h"
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#include <errno.h>
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#include <stdint.h>
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#include <stdio.h>
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#include <stdlib.h>
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#include <string.h>
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#include <assert.h>
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#include <fcntl.h>
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#include <unistd.h>
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#include <sys/stat.h>
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typedef struct nucleus_s {
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FILE* file;
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uint64_t dim_coord;
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uint64_t dim_charge;
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double* coord;
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double* charge;
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uint64_t num;
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int to_flush;
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} nucleus_t;
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typedef struct electron_s {
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FILE* file;
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uint64_t alpha_num;
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uint64_t beta_num;
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||||
int to_flush;
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||||
} electron_t;
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typedef struct rdm_s {
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FILE* file;
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uint64_t dim_one_e;
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double* one_e;
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char* two_e_file_name;
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int to_flush;
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} rdm_t;
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typedef struct trexio_text_s {
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trexio_t parent ;
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char* nucleus_file_name;
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char* electron_file_name;
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int lock_file;
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nucleus_t* nucleus;
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electron_t* electron;
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rdm_t* rdm;
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} trexio_text_t;
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trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file);
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trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
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nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file);
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trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file);
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trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(trexio_text_t* file);
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trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num);
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trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint64_t dim_coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint64_t dim_coord);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* coord);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* coord);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint64_t dim_charge);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint64_t dim_charge);
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rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* file);
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trexio_exit_code trexio_text_flush_rdm(const trexio_text_t* file);
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trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* file);
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trexio_exit_code trexio_text_read_rdm_one_e(const trexio_t* file, double* one_e, const uint64_t dim_one_e);
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trexio_exit_code trexio_text_write_rdm_one_e(const trexio_t* file, const double* one_e, const uint64_t dim_one_e);
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trexio_exit_code trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, int64_t* index, double* value);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, const int64_t* index, const double* value);
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#endif
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