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https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-12-22 12:23:54 +01:00
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1b504d92bf
commit
bec752361c
@ -1129,6 +1129,7 @@ trexio_read_$group_dset$_64 (trexio_t* const file, $group_dset_dtype_double$* co
|
||||
|
||||
/* Error handling for this call is added by the generator */
|
||||
rc = trexio_read_$group_dset_dim$_64(file, &($group_dset_dim$));
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
if ($group_dset_dim$ == 0L) return TREXIO_INVALID_NUM;
|
||||
|
||||
@ -1137,22 +1138,36 @@ trexio_read_$group_dset$_64 (trexio_t* const file, $group_dset_dtype_double$* co
|
||||
|
||||
assert(file->back_end < TREXIO_INVALID_BACK_END);
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
rc = trexio_text_read_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_read_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_read_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
rc = trexio_json_read_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
}
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
/* Handle index type */
|
||||
if ($is_index$) {
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint32_t i=0; i<rank; ++i){
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
for (uint64_t i=0; i<dim_size; ++i){
|
||||
$group_dset$[i] += ($group_dset_dtype_single$) 1;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -1170,30 +1185,56 @@ trexio_write_$group_dset$_64 (trexio_t* const file, const $group_dset_dtype_doub
|
||||
|
||||
/* Error handling for this call is added by the generator */
|
||||
rc = trexio_read_$group_dset_dim$_64(file, &($group_dset_dim$));
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
if ($group_dset_dim$ == 0L) return TREXIO_INVALID_NUM;
|
||||
|
||||
uint32_t rank = $group_dset_rank$;
|
||||
uint64_t dims[$group_dset_rank$] = {$group_dset_dim_list$};
|
||||
|
||||
$group_dset_dtype_double$* $group_dset$_p = $group_dset$;
|
||||
|
||||
/* Handle index type */
|
||||
if ($is_index$) {
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint32_t i=0; i<rank; ++i){
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
$group_dset$_p = CALLOC(dim_size, $group_dset_dtype_double$);
|
||||
if ($group_dset$_p == NULL) return TREXIO_ALLOCATION_FAILED;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0; i<dim_size; ++i){
|
||||
$group_dset$_p[i] = $group_dset$_p[i] - ($group_dset_dtype_single$) 1;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert(file->back_end < TREXIO_INVALID_BACK_END);
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
rc = trexio_text_write_$group_dset$(file, $group_dset$_p, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_write_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
rc = trexio_hdf5_write_$group_dset$(file, $group_dset$_p, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_write_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
rc = trexio_json_write_$group_dset$(file, $group_dset$_p, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
}
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
/* Handle index type */
|
||||
if ($is_index$) {
|
||||
FREE($group_dset$_p);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -1217,7 +1258,7 @@ trexio_read_$group_dset$_32 (trexio_t* const file, $group_dset_dtype_single$* co
|
||||
uint64_t dims[$group_dset_rank$] = {$group_dset_dim_list$};
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<rank; ++i){
|
||||
for (uint32_t i=0; i<rank; ++i){
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -1249,8 +1290,14 @@ trexio_read_$group_dset$_32 (trexio_t* const file, $group_dset_dtype_single$* co
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0; i<dim_size; ++i){
|
||||
$group_dset$[i] = ($group_dset_dtype_single$) $group_dset$_64[i];
|
||||
if ($is_index$) {
|
||||
for (uint64_t i=0; i<dim_size; ++i){
|
||||
$group_dset$[i] = ($group_dset_dtype_single$) $group_dset$_64[i] + ($group_dset_dtype_single$) 1;
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
for (uint64_t i=0; i<dim_size; ++i){
|
||||
$group_dset$[i] = ($group_dset_dtype_single$) $group_dset$_64[i];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
FREE($group_dset$_64);
|
||||
@ -1279,7 +1326,7 @@ trexio_write_$group_dset$_32 (trexio_t* const file, const $group_dset_dtype_sing
|
||||
uint64_t dims[$group_dset_rank$] = {$group_dset_dim_list$};
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<rank; ++i){
|
||||
for (uint32_t i=0; i<rank; ++i){
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -1287,8 +1334,14 @@ trexio_write_$group_dset$_32 (trexio_t* const file, const $group_dset_dtype_sing
|
||||
if ($group_dset$_64 == NULL) return TREXIO_ALLOCATION_FAILED;
|
||||
|
||||
/* A type conversion from single precision to double reqired since back end only accepts 64-bit data */
|
||||
for (uint64_t i=0; i<dim_size; ++i){
|
||||
$group_dset$_64[i] = ($group_dset_dtype_double$) $group_dset$[i];
|
||||
if ($is_index$) {
|
||||
for (uint64_t i=0; i<dim_size; ++i){
|
||||
$group_dset$_64[i] = ($group_dset_dtype_double$) $group_dset$[i] - ($group_dset_dtype_double$) 1;
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
for (uint64_t i=0; i<dim_size; ++i){
|
||||
$group_dset$_64[i] = ($group_dset_dtype_double$) $group_dset$[i];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert(file->back_end < TREXIO_INVALID_BACK_END);
|
||||
|
||||
@ -35,6 +35,7 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
character*(128) :: str
|
||||
|
||||
|
||||
integer :: basis_nucleus_index(12)
|
||||
double precision :: charge(12)
|
||||
double precision :: coord(3,12)
|
||||
|
||||
@ -55,6 +56,8 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
0.00000000d0, 2.47304151d0 , 0.00000000d0 /), &
|
||||
shape(coord) )
|
||||
|
||||
basis_nucleus_index = (/ 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 /)
|
||||
|
||||
! ================= START OF TEST ===================== !
|
||||
|
||||
trex_file = trexio_open(file_name, 'w', back_end)
|
||||
@ -63,7 +66,7 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_HAS_NOT) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS HAS NOT 1'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -72,7 +75,7 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_HAS_NOT) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS HAS NOT 2'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -82,7 +85,7 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS WRITE NUM'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -91,7 +94,7 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS WRITE CHARGE'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -100,7 +103,7 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS WRITE COORD'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -109,7 +112,7 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS HAS 1'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -118,7 +121,16 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS HAS 2'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
rc = trexio_write_basis_nucleus_index(trex_file, basis_nucleus_index)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS WRITE INDEX'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -127,7 +139,7 @@ subroutine test_write(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS CLOSE'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -172,6 +184,7 @@ subroutine test_read(file_name, back_end)
|
||||
integer :: rc = 1
|
||||
integer :: num, num_read
|
||||
|
||||
integer :: basis_nucleus_index(12)
|
||||
double precision :: charge(12)
|
||||
double precision :: coord(3,12)
|
||||
|
||||
@ -188,7 +201,7 @@ subroutine test_read(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS .and. num_read == num) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS READ NUM'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
@ -199,7 +212,7 @@ subroutine test_read(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS .and. (dabs(charge(11) - 1.d0) < 1.0D-8) ) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS READ CHARGE'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(-1)
|
||||
endif
|
||||
@ -209,16 +222,26 @@ subroutine test_read(file_name, back_end)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS .and. (dabs(coord(2,1) - 1.39250319d0) < 1.0D-8) ) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS READ COORD'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(-1)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
rc = trexio_read_basis_nucleus_index(trex_file, basis_nucleus_index)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS .and. (basis_nucleus_index(12) == 12) ) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS READ INDEX'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(-1)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
|
||||
rc = trexio_close(trex_file)
|
||||
if (rc == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
write(*,*) 'SUCCESS CLOSE'
|
||||
else
|
||||
call trexio_string_of_error(TREXIO_READONLY,str)
|
||||
call trexio_string_of_error(rc,str)
|
||||
print *, trim(str)
|
||||
call exit(1)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
@ -100,7 +100,7 @@ def recursive_populate_file(fname: str, paths: dict, detailed_source: dict) -> N
|
||||
fname_new = join('populated',f'pop_{fname}')
|
||||
templ_path = get_template_path(fname, paths)
|
||||
|
||||
triggers = ['group_dset_dtype', 'group_dset_h5_dtype', 'default_prec',
|
||||
triggers = ['group_dset_dtype', 'group_dset_h5_dtype', 'default_prec', 'is_index',
|
||||
'group_dset_f_dtype_default', 'group_dset_f_dtype_double', 'group_dset_f_dtype_single',
|
||||
'group_dset_dtype_default', 'group_dset_dtype_double', 'group_dset_dtype_single',
|
||||
'group_dset_rank', 'group_dset_dim_list', 'group_dset_f_dims',
|
||||
@ -472,7 +472,7 @@ def split_dset_dict_detailed (datasets: dict) -> tuple:
|
||||
default_prec = '64'
|
||||
group_dset_std_dtype_out = '24.16e'
|
||||
group_dset_std_dtype_in = 'lf'
|
||||
elif v[0] == 'int':
|
||||
elif v[0] in ['int', 'index']:
|
||||
datatype = 'int64_t'
|
||||
group_dset_h5_dtype = 'native_int64'
|
||||
group_dset_f_dtype_default= 'integer(4)'
|
||||
@ -490,6 +490,11 @@ def split_dset_dict_detailed (datasets: dict) -> tuple:
|
||||
|
||||
# add the dset name for templates
|
||||
tmp_dict['group_dset'] = k
|
||||
# add flag to detect index types
|
||||
if 'index' == v[0]:
|
||||
tmp_dict['is_index'] = 'file->one_based'
|
||||
else:
|
||||
tmp_dict['is_index'] = 'false'
|
||||
# add the datatypes for templates
|
||||
tmp_dict['dtype'] = datatype
|
||||
tmp_dict['group_dset_dtype'] = datatype
|
||||
|
||||
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