mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-12-31 16:45:59 +01:00
consistent naming init/deinit instead init/finalize in back ends
This commit is contained in:
parent
b8c9bfa2df
commit
b656917323
@ -549,19 +549,19 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_finalize(file);
|
||||
rc = trexio_text_deinit(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = trexio_hdf5_finalize(file);
|
||||
rc = trexio_hdf5_deinit(file);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_finalize(file);
|
||||
rc = trexio_json_deinit(file);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
|
||||
@ -1,10 +1,10 @@
|
||||
|
||||
#+Title: Templator for HDF5 backend
|
||||
|
||||
** Constant file prefixes (not used by generator) for HDF5 :noxport:
|
||||
** Constant file prefixes (not used by generator) for HDF5 :noxport:
|
||||
|
||||
#+NAME:header
|
||||
#+begin_src c
|
||||
#+begin_src c
|
||||
/* This file was generated from the org-mode file.
|
||||
To generate it, open templator_hdf5.org file in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
@ -31,21 +31,21 @@
|
||||
#include "hdf5_hl.h" // needed for high-level APIs like H5LT, requires additional linking in Makefile
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_hdf5.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#include "trexio_hdf5.h"
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 definitions
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 definitions
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle def_hdf5.c
|
||||
#define $GROUP$_GROUP_NAME "$group$"
|
||||
#define $GROUP_NUM$_NAME "$group_num$"
|
||||
#define $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME "$group_dset$"
|
||||
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
@ -61,12 +61,12 @@ typedef struct trexio_hdf5_s {
|
||||
} trexio_hdf5_t;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_deinit(trexio_t* const file);
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 init/deinit
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 init/deinit
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_hdf5.c
|
||||
|
||||
@ -77,46 +77,46 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* const file) {
|
||||
/* If file doesn't exist, create it */
|
||||
int f_exists = 0;
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0) f_exists = 1;
|
||||
|
||||
|
||||
if (f_exists == 1) {
|
||||
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'r':
|
||||
// reading the existing file -> open as RDONLY
|
||||
f->file_id = H5Fopen(file->file_name, H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
case 'a':
|
||||
case 'a':
|
||||
// appending the existing file -> open as RDWR
|
||||
f->file_id = H5Fopen(file->file_name, H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
case 'w':
|
||||
case 'w':
|
||||
// writing the existing file -> overwrite it (_TRUNC) [_EXCL | H5F_ACC_DEBUG as an alternative]
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
// reading or appending non-existing file -> error
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
case 'w':
|
||||
case 'w':
|
||||
// writing non-existing file -> create it
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_EXCL, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create or open groups in the hdf5 file assuming that they exist if file exists */
|
||||
/* Create or open groups in the hdf5 file assuming that they exist if file exists */
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
// the switch for 'r'/'a' is reached only if file exists
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
case 'a':
|
||||
f->$group$_group = H5Gopen(f->file_id, $GROUP$_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
case 'w':
|
||||
@ -128,7 +128,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* const file) {
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* const file) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_deinit(trexio_t* const file) {
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
@ -152,12 +152,12 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group_num$ (trexio_t* const file, uint64_t* c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$(trexio_t* const file, const uint64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_num_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group_num$ (trexio_t* const file, uint64_t* const num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
|
||||
const trexio_hdf5_t* f = (const trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
/* Quit if the dimensioning attribute is missing in the file */
|
||||
if (H5Aexists(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME) == 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
@ -173,28 +173,28 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group_num$ (trexio_t* const file, uint64_t* c
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_num_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$ (trexio_t* const file, const uint64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num == 0L ) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* const f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
if (H5Aexists(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME) == 0) {
|
||||
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
const hid_t dtype = H5Tcopy(H5T_NATIVE_ULLONG);
|
||||
const hid_t dspace = H5Screate(H5S_SCALAR);
|
||||
|
||||
const hid_t num_id = H5Acreate(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME, dtype, dspace,
|
||||
H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (num_id <= 0) {
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
H5Tclose(dtype);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
const herr_t status = H5Awrite(num_id, dtype, &(num));
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
H5Aclose(num_id);
|
||||
@ -207,7 +207,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$ (trexio_t* const file, const uint
|
||||
H5Aclose(num_id);
|
||||
H5Tclose(dtype);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
uint64_t infile_num;
|
||||
@ -217,27 +217,27 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$ (trexio_t* const file, const uint
|
||||
if (infile_num != num) {
|
||||
|
||||
if (infile_num != 0) {
|
||||
printf("%lu -> %lu %s \n", num, infile_num,
|
||||
printf("%lu -> %lu %s \n", num, infile_num,
|
||||
"This variable already exists. Overwriting it is not supported");
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
const hid_t dtype = H5Tcopy(H5T_NATIVE_ULLONG);
|
||||
const hid_t num_id = H5Aopen(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (num_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
const herr_t status = H5Awrite(num_id, dtype, &(num));
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
H5Aclose(num_id);
|
||||
H5Tclose(dtype);
|
||||
const hid_t dtype = H5Tcopy(H5T_NATIVE_ULLONG);
|
||||
const hid_t num_id = H5Aopen(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (num_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
const herr_t status = H5Awrite(num_id, dtype, &(num));
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
H5Aclose(num_id);
|
||||
H5Tclose(dtype);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -260,7 +260,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_has_$group_num$ (trexio_t* const file) {
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 has/read/write a dataset
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle hrw_dset_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_has_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
@ -271,22 +271,22 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, co
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
|
||||
const trexio_hdf5_t* f = (const trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
|
||||
herr_t status;
|
||||
int rrank;
|
||||
// get the rank of the dataset in a file
|
||||
status = H5LTget_dataset_ndims (f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
&rrank);
|
||||
status = H5LTget_dataset_ndims (f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
&rrank);
|
||||
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (rrank != (int) rank) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
// open the dataset to get its dimensions
|
||||
// open the dataset to get its dimensions
|
||||
hid_t dset_id = H5Dopen(f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (dset_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
if (dset_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
// allocate space for the dimensions to be read
|
||||
hsize_t* ddims = CALLOC( (int) rank, hsize_t);
|
||||
@ -311,8 +311,8 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $gr
|
||||
|
||||
/* High-level H5LT API. No need to deal with dataspaces and datatypes */
|
||||
status = H5LTread_dataset_$group_dset_h5_dtype$(f->$group$_group,
|
||||
$GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
$group_dset$);
|
||||
$GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
$group_dset$);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
@ -324,36 +324,36 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $gr
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
uint64_t $group_dset_dim$;
|
||||
// error handling for rc is added by the generator
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_dset_dim$(file, &($group_dset_dim$));
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_dset_dim$(file, &($group_dset_dim$));
|
||||
if ($group_dset_dim$ == 0L) return TREXIO_INVALID_NUM;
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
if ( H5LTfind_dataset(f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME) != 1) {
|
||||
|
||||
if ( H5LTfind_dataset(f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME) != 1) {
|
||||
|
||||
const herr_t status =
|
||||
H5LTmake_dataset_$group_dset_h5_dtype$ (f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
(int) rank, (const hsize_t*) dims, $group_dset$);
|
||||
H5LTmake_dataset_$group_dset_h5_dtype$ (f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
(int) rank, (const hsize_t*) dims, $group_dset$);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
hid_t dset_id = H5Dopen(f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (dset_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
|
||||
const herr_t status =
|
||||
H5Dwrite(dset_id, H5T_NATIVE_$GROUP_DSET_H5_DTYPE$, H5S_ALL, H5S_ALL,
|
||||
H5P_DEFAULT, $group_dset$);
|
||||
|
||||
H5P_DEFAULT, $group_dset$);
|
||||
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -376,7 +376,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_has_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file) {
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Constant file suffixes (not used by generator) for HDF5 :noxport:
|
||||
** Constant file suffixes (not used by generator) for HDF5 :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle suffix_hdf5.h
|
||||
|
||||
|
||||
@ -17,7 +17,7 @@
|
||||
|
||||
|
||||
#+NAME:header
|
||||
#+begin_src c
|
||||
#+begin_src c
|
||||
/* This file was generated from the trexio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trexio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
@ -46,7 +46,7 @@
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_text.c :noweb yes
|
||||
/* This file was generated from the trexio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trexio.org in Emacs and execute
|
||||
@ -63,16 +63,16 @@
|
||||
|
||||
The "file" produced by the text back end is a directory with one
|
||||
file per group.
|
||||
|
||||
|
||||
When the file is open, it is locked by the current process. No other
|
||||
process can read/write the same file. This guarantees that the
|
||||
representation in memory is consistent with the file and avoid
|
||||
re-reading the file before writing.
|
||||
To lock the file, we lock the =.lock= file which is present in the
|
||||
directory.
|
||||
|
||||
directory.
|
||||
|
||||
The file is written when closed, or when the flush function is called.
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for group-related structures in text back end
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle struct_text_group_dset.h
|
||||
@ -89,7 +89,7 @@ typedef struct $group$_s {
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Template for general structure in text back end
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle struct_text_group.h
|
||||
|
||||
typedef struct rdm_s {
|
||||
@ -115,7 +115,7 @@ typedef struct trexio_text_s {
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* const file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
@ -127,16 +127,16 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* const file) {
|
||||
|
||||
/* If directory doesn't exist, create it in write mode */
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0 && S_ISDIR(st.st_mode)) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else {
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
|
||||
if (mkdir(file->file_name, 0777) != 0) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create the lock file in the directory */
|
||||
const char* lock_file_name = "/.lock";
|
||||
@ -147,7 +147,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* const file) {
|
||||
if (file_name == NULL) {
|
||||
return TREXIO_ALLOCATION_FAILED;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
strncpy (file_name, file->file_name, str_size);
|
||||
strncat (file_name, lock_file_name, strlen(lock_file_name));
|
||||
|
||||
@ -165,7 +165,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* const file) {
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* const file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
@ -173,13 +173,13 @@ trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* const file) {
|
||||
trexio_text_t* const f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
fl.l_whence = SEEK_SET;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
|
||||
|
||||
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
||||
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
@ -187,15 +187,15 @@ trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* const file) {
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_deinit(trexio_t* const file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* const file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
@ -204,23 +204,23 @@ trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* const file) {
|
||||
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_UNLCK;
|
||||
fl.l_type = F_UNLCK;
|
||||
fl.l_whence = SEEK_SET;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
fcntl(f->lock_file, F_SETLK, &fl);
|
||||
|
||||
|
||||
close(f->lock_file);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
** Init/deinit functions (templated part)
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text_group.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* const file) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_deinit(trexio_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
@ -229,7 +229,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* const file) {
|
||||
|
||||
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -248,7 +248,7 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
if (file->$group$ != NULL) {
|
||||
return file->$group$;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
$group$_t* $group$ = MALLOC($group$_t);
|
||||
if ($group$ == NULL) return NULL;
|
||||
@ -271,7 +271,7 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
/* If the file exists, read it */
|
||||
FILE* f = fopen(file_name,"r");
|
||||
if (f != NULL) {
|
||||
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
size_t sz = ftell(f);
|
||||
@ -285,7 +285,7 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
int rc;
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
@ -297,7 +297,7 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%u", &($group$->rank_$group_dset$));
|
||||
if (rc != 1) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
@ -317,21 +317,21 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%1023s %u", buffer, &j);
|
||||
if ((rc != 2) || (strcmp(buffer, "dims_$group_dset$") != 0) || (j!=i)) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
fclose(f);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
fclose(f);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu\n", &($group$->dims_$group_dset$[i]));
|
||||
assert(!(rc != 1));
|
||||
if (rc != 1) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
fclose(f);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
fclose(f);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
size_$group_dset$ *= $group$->dims_$group_dset$[i];
|
||||
@ -349,7 +349,7 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &($group$->$group_num$));
|
||||
assert(!(rc != 1));
|
||||
if (rc != 1) {
|
||||
@ -360,8 +360,8 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
// END REPEAT GROUP_NUM
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
$group$->$group_dset$ = CALLOC(size_$group_dset$, $group_dset_dtype$);
|
||||
assert (!($group$->$group_dset$ == NULL));
|
||||
@ -372,28 +372,28 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%1023s", buffer);
|
||||
assert(!((rc != 1) || (strcmp(buffer, "$group_dset$") != 0)));
|
||||
if ((rc != 1) || (strcmp(buffer, "$group_dset$") != 0)) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
fclose(f);
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
fclose(f);
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_$group_dset$ ; ++i) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%$group_dset_std_dtype_in$", &($group$->$group_dset$[i]));
|
||||
assert(!(rc != 1));
|
||||
if (rc != 1) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
fclose(f);
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
fclose(f);
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// END REPEAT GROUP_DSET
|
||||
@ -404,9 +404,9 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode == 'w') {
|
||||
$group$->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
$group$->file = fopen(file_name,"r");
|
||||
$group$->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
$group$->file = fopen(file_name,"r");
|
||||
}
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
assert (!($group$->file == NULL));
|
||||
@ -421,7 +421,7 @@ $group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
return $group$;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for text flush struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle flush_group_text.h
|
||||
@ -435,7 +435,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_flush_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
if (file->parent.mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
$group$_t* $group$ = file->$group$;
|
||||
|
||||
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if ($group$->to_flush == 0) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
@ -456,7 +456,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_flush_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
size_$group_dset$ *= $group$->dims_$group_dset$[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
// END REPEAT GROUP_DSET
|
||||
// END REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_NUM
|
||||
fprintf(f, "$group_num$ %lu\n", $group$->$group_num$);
|
||||
@ -480,15 +480,15 @@ trexio_exit_code trexio_text_flush_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
** Template for text free memory
|
||||
|
||||
Memory is allocated when reading. The following function frees memory.
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle free_group_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_$group$(trexio_text_t* const file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle free_group_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode != 'r') {
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_text_flush_$group$(file);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
@ -501,7 +501,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_free_$group$(trexio_text_t* const file) {
|
||||
fclose($group$->file);
|
||||
$group$->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
if ($group$->$group_dset$ != NULL) {
|
||||
FREE ($group$->$group_dset$);
|
||||
@ -536,17 +536,17 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_$group_num$(trexio_t* const file, uint64_t* co
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_num_text.c
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_$group_num$(trexio_t* const file, const uint64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
|
||||
$group$_t* $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
|
||||
$group$->$group_num$ = num;
|
||||
$group$->to_flush = 1;
|
||||
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -571,7 +571,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_has_$group_num$(trexio_t* const file) {
|
||||
** Template for has/read/write the $group_dset$ dataset
|
||||
|
||||
The ~dset~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle hrw_dset_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_has_$group_dset$ (trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_$group_dset$ (trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
@ -588,7 +588,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_$group_dset$(trexio_t* const file, $group_dset
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (rank != $group$->rank_$group_dset$) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<rank; ++i){
|
||||
if (dims[i] != $group$->dims_$group_dset$[i]) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
@ -612,13 +612,13 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_$group_dset$(trexio_t* const file, const $gro
|
||||
|
||||
$group$_t* const $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
|
||||
if ($group$->$group_dset$ != NULL) {
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
}
|
||||
|
||||
$group$->rank_$group_dset$ = rank;
|
||||
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<$group$->rank_$group_dset$; ++i){
|
||||
$group$->dims_$group_dset$[i] = dims[i];
|
||||
@ -630,7 +630,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_$group_dset$(trexio_t* const file, const $gro
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; ++i) {
|
||||
$group$->$group_dset$[i] = $group_dset$[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
$group$->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
@ -657,7 +657,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_has_$group_dset$(trexio_t* const file) {
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.h
|
||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* const file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return NULL;
|
||||
@ -685,56 +685,56 @@ rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* const file) {
|
||||
/* If the file exists, read it */
|
||||
FILE* f = fopen(file_name,"r");
|
||||
if (f != NULL) {
|
||||
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
size_t sz = ftell(f);
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_SET);
|
||||
sz = (sz < 1024) ? (1024) : (sz);
|
||||
char* buffer = CALLOC(sz, char);
|
||||
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
int rc;
|
||||
rc = fscanf(f, "%1023s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_one_e") == 0);
|
||||
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(rdm->dim_one_e));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
rdm->one_e = CALLOC(rdm->dim_one_e, double);
|
||||
assert (rdm->one_e != NULL);
|
||||
|
||||
|
||||
/* Read one_e */
|
||||
rc = fscanf(f, "%1023s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "one_e") == 0);
|
||||
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<rdm->dim_one_e; ++i) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(rdm->one_e[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* Read two_e */
|
||||
rc = fscanf(f, "%1023s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "two_e_file_name") == 0);
|
||||
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%1023s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
str_size = strlen(buffer);
|
||||
rdm->two_e_file_name = CALLOC(str_size,char);
|
||||
strncpy(rdm->two_e_file_name, buffer, str_size);
|
||||
|
||||
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
fclose(f);
|
||||
f = NULL;
|
||||
}
|
||||
if (file->parent.mode == 'w') {
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"r");
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"r");
|
||||
}
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
file->rdm = rdm ;
|
||||
@ -784,15 +784,15 @@ trexio_exit_code trexio_text_flush_rdm(trexio_text_t* const file) {
|
||||
*** Free memory
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Memory is allocated when reading. The followig function frees memory.
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#+begin_src c :tangle rdm_text.h
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||||
trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* const file);
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#+end_src
|
||||
|
||||
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||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
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||||
if (file->parent.mode != 'r') {
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_text_flush_rdm(file);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
@ -805,15 +805,15 @@ trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* const file) {
|
||||
fclose(rdm->file);
|
||||
rdm->file = NULL;
|
||||
}
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||||
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||||
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||||
if (rdm->one_e != NULL) {
|
||||
FREE (rdm->one_e);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
if (rdm->two_e_file_name != NULL) {
|
||||
FREE (rdm->two_e_file_name);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
free (rdm);
|
||||
file->rdm = NULL;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
@ -823,24 +823,24 @@ trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* const file) {
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||||
*** Read/Write the one_e attribute
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||||
The ~one_e~ array is assumed allocated with the appropriate size.
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||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.h
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||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_read_rdm_one_e(trexio_t* const file,
|
||||
double* const one_e,
|
||||
const uint64_t dim_one_e);
|
||||
double* const one_e,
|
||||
const uint64_t dim_one_e);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_write_rdm_one_e(trexio_t* const file,
|
||||
const double* one_e,
|
||||
const uint64_t dim_one_e);
|
||||
const double* one_e,
|
||||
const uint64_t dim_one_e);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_read_rdm_one_e(trexio_t* const file,
|
||||
double* const one_e,
|
||||
const uint64_t dim_one_e)
|
||||
double* const one_e,
|
||||
const uint64_t dim_one_e)
|
||||
{
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
@ -857,11 +857,11 @@ trexio_text_read_rdm_one_e(trexio_t* const file,
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_write_rdm_one_e(trexio_t* const file,
|
||||
const double* one_e,
|
||||
const uint64_t dim_one_e)
|
||||
const double* one_e,
|
||||
const uint64_t dim_one_e)
|
||||
{
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
@ -869,12 +869,12 @@ trexio_text_write_rdm_one_e(trexio_t* const file,
|
||||
|
||||
rdm_t* const rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
|
||||
rdm->dim_one_e = dim_one_e;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_one_e ; ++i) {
|
||||
rdm->one_e[i] = one_e[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rdm->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
@ -887,30 +887,30 @@ trexio_text_write_rdm_one_e(trexio_t* const file,
|
||||
chunks.
|
||||
In the text back end, the easiest way to do it is to create a
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||||
file for each sparse float structure.
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||||
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||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.h
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(trexio_t* const file,
|
||||
const uint64_t offset,
|
||||
const uint64_t size,
|
||||
int64_t* const index,
|
||||
double* const value);
|
||||
const uint64_t offset,
|
||||
const uint64_t size,
|
||||
int64_t* const index,
|
||||
double* const value);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* const file,
|
||||
const uint64_t offset,
|
||||
const uint64_t size,
|
||||
const int64_t* index,
|
||||
const double* value);
|
||||
const uint64_t offset,
|
||||
const uint64_t size,
|
||||
const int64_t* index,
|
||||
const double* value);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(trexio_t* const file,
|
||||
const uint64_t offset,
|
||||
const uint64_t size,
|
||||
int64_t* const index,
|
||||
double* const value)
|
||||
const uint64_t offset,
|
||||
const uint64_t size,
|
||||
int64_t* const index,
|
||||
double* const value)
|
||||
{
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
@ -924,14 +924,14 @@ trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(trexio_t* const file,
|
||||
|
||||
const uint64_t line_length = 64L;
|
||||
fseek(f, (long) offset * line_length, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size ; ++i) {
|
||||
int rc = fscanf(f, "%9ld %9ld %9ld %9ld %24le\n",
|
||||
&index[4*i],
|
||||
&index[4*i+1],
|
||||
&index[4*i+2],
|
||||
&index[4*i+3],
|
||||
&value[i]);
|
||||
&index[4*i],
|
||||
&index[4*i+1],
|
||||
&index[4*i+2],
|
||||
&index[4*i+3],
|
||||
&value[i]);
|
||||
if (rc == 5) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else if (rc == EOF) {
|
||||
@ -942,13 +942,13 @@ trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(trexio_t* const file,
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* const file,
|
||||
const uint64_t offset,
|
||||
const uint64_t size,
|
||||
const int64_t* index,
|
||||
const double* value)
|
||||
const uint64_t offset,
|
||||
const uint64_t size,
|
||||
const int64_t* index,
|
||||
const double* value)
|
||||
{
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
@ -963,14 +963,14 @@ trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* const file,
|
||||
|
||||
const uint64_t line_length = 64L;
|
||||
fseek(f, (long) offset * line_length, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size ; ++i) {
|
||||
int rc = fprintf(f, "%9ld %9ld %9ld %9ld %24le\n",
|
||||
index[4*i],
|
||||
index[4*i+1],
|
||||
index[4*i+2],
|
||||
index[4*i+3],
|
||||
value[i]);
|
||||
index[4*i],
|
||||
index[4*i+1],
|
||||
index[4*i+2],
|
||||
index[4*i+3],
|
||||
value[i]);
|
||||
if (rc != 5) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -978,7 +978,7 @@ trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* const file,
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
:noexport:
|
||||
:noexport:
|
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|
||||
* Constant file suffixes :noxport:
|
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