mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
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Forgot org files
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parent
d4b2ff5c6e
commit
997bc92f52
587
src/trexio_hdf5.org
Normal file
587
src/trexio_hdf5.org
Normal file
@ -0,0 +1,587 @@
|
||||
#+Title: HDF5 back end for the TREX Input/Ouput library (TREXIO)
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* File prefixes :noxport:
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#+NAME:header
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#+begin_src c
|
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/* This file was generated from the trexio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trexio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
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||||
*/
|
||||
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||||
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||||
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||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TREXIO_HDF5_H
|
||||
#define _TREXIO_HDF5_H
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include "trexio_s.h"
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
#include "hdf5.h"
|
||||
#include "hdf5_hl.h" // needed for high-level APIs like H5LT, requires additional linking in Makefile
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#include "trexio_hdf5.h"
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
* HDF5 Back end
|
||||
|
||||
** HDF5 definitions
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.c
|
||||
#define NUCLEUS_GROUP_NAME "nucleus"
|
||||
#define NUCLEUS_NUM_NAME "nucleus_num"
|
||||
#define NUCLEUS_CHARGE_NAME "nucleus_charge"
|
||||
#define NUCLEUS_COORD_NAME "nucleus_coord"
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** HDF5 structures
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.h
|
||||
|
||||
typedef struct slab_s {
|
||||
uint64_t a;
|
||||
uint64_t b;
|
||||
uint64_t c;
|
||||
uint64_t d;
|
||||
} slab_t;
|
||||
|
||||
typedef struct dset_s {
|
||||
hid_t dset_id;
|
||||
hid_t dspace_id;
|
||||
hid_t dtype_id;
|
||||
uint64_t* dims;
|
||||
uint32_t rank;
|
||||
const char* dset_name;
|
||||
} dset_t;
|
||||
|
||||
typedef struct h5nucleus_s {
|
||||
uint64_t num;
|
||||
double *coord;
|
||||
double *charge;
|
||||
dset_t* h5_coord;
|
||||
dset_t* h5_charge;
|
||||
} h5nucleus_t;
|
||||
|
||||
typedef struct h5electron_s {
|
||||
uint64_t alpha_num;
|
||||
uint64_t beta_num;
|
||||
} h5electron_t;
|
||||
|
||||
typedef struct trexio_hdf5_s {
|
||||
trexio_t parent ;
|
||||
hid_t file_id;
|
||||
hid_t nucleus_group;
|
||||
hid_t electron_group;
|
||||
//... other groups' id
|
||||
const char* file_name;
|
||||
} trexio_hdf5_t;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** HDF5 basic functions
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.c
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Currently H5LTread_dataset_ is used instead of this function
|
||||
* but keep it for later if we decide to get rid of the H5LT API
|
||||
*/
|
||||
dset_t* trexio_hdf5_read_dset_low(const trexio_hdf5_t* file, const char *dset_name, void *buf) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (dset_name != NULL);
|
||||
assert (buf != NULL);
|
||||
/*
|
||||
* Low-level implementation. Involves dealing with all HDF5 handles and dimensions
|
||||
*/
|
||||
dset_t* dset = (dset_t*) malloc(sizeof(dset_t));
|
||||
assert (dset != NULL);
|
||||
|
||||
dset->dset_id = H5Dopen(file->nucleus_group,
|
||||
dset_name,
|
||||
H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (dset->dset_id > 0);
|
||||
/*
|
||||
* Get dataspace, datatype and dimensions
|
||||
* dspace and dtype handles created below have to be closed when not used
|
||||
*/
|
||||
dset->dspace_id = H5Dget_space(dset->dset_id);
|
||||
assert (dset->dspace_id > 0);
|
||||
|
||||
dset->dtype_id = H5Dget_type(dset->dset_id);
|
||||
assert (dset->dtype_id > 0);
|
||||
|
||||
/* Check dimensions. Usefull, but then additional parameters
|
||||
* ranks and dims[] have to be passed to the function
|
||||
int rrank;
|
||||
const int rank = 1;
|
||||
hsize_t dims[1] = {0};
|
||||
rrank = H5Sget_simple_extent_dims(nucleus->h5_charge->dspace_id,
|
||||
dims, NULL);
|
||||
assert (rrank == rank);
|
||||
for (int i=0; i<rank; i++){
|
||||
assert (dims[i] > 0);
|
||||
}
|
||||
*/
|
||||
herr_t status;
|
||||
status = H5Dread(dset->dset_id, dset->dtype_id,
|
||||
H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,
|
||||
buf);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
return dset;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
/* If file doesn't exist, create it */
|
||||
int f_ishere = 0;
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0) {
|
||||
printf("%s \n","HDF5 file already exists");
|
||||
// RDWR OR RDONLY ???
|
||||
f->file_id = H5Fopen(file->file_name, H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
|
||||
f_ishere = 1;
|
||||
} else {
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
f_ishere = 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create groups in the hdf5 file */
|
||||
if (f_ishere == 0){
|
||||
f->nucleus_group = H5Gcreate(f->file_id, NUCLEUS_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gcreate(f->file_id, ELECTRON_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
} else {
|
||||
f->nucleus_group = H5Gopen(f->file_id, NUCLEUS_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gopen(f->file_id, ELECTRON_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
}
|
||||
assert (f->nucleus_group > 0L);
|
||||
//assert (f->electron_group > 0L);
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
H5Gclose(f->nucleus_group);
|
||||
f->nucleus_group = 0;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
H5Gclose(f->electron_group);
|
||||
f->electron_group = 0;
|
||||
*/
|
||||
|
||||
H5Fclose(f->file_id);
|
||||
f->file_id = 0;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
** Structs for sparse data structures
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.h
|
||||
typedef struct one_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
} one_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct two_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
} two_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct three_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
int64_t k;
|
||||
} three_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct four_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
int64_t k;
|
||||
int64_t l;
|
||||
} four_index_t;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Read/write the nucleus struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.c
|
||||
h5nucleus_t* trexio_hdf5_read_nucleus(const trexio_hdf5_t* file) {
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = (h5nucleus_t*) malloc(sizeof(h5nucleus_t));
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->num = 0;
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
nucleus->h5_coord = NULL;
|
||||
nucleus->h5_charge = NULL;
|
||||
|
||||
/* Check that the file was opened/created correctly, return */
|
||||
if (file->file_id < 0) return nucleus;
|
||||
|
||||
/* Quit if the dimensioning attribute is missing in the file */
|
||||
if (H5Aexists(file->nucleus_group, NUCLEUS_NUM_NAME) == 0) return nucleus;
|
||||
|
||||
herr_t status;
|
||||
/* Read the nucleus_num attribute of nucleus group */
|
||||
hid_t num_id;
|
||||
num_id = H5Aopen(file->nucleus_group, NUCLEUS_NUM_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (num_id > 0);
|
||||
|
||||
status = H5Aread(num_id, H5T_NATIVE_ULLONG, &(nucleus->num));
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
/* Allocate and read nucleus_charge array */
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
/* High-level H5LT API. No need to deal with dataspaces and datatypes */
|
||||
status = H5LTread_dataset_double(file->nucleus_group,
|
||||
NUCLEUS_CHARGE_NAME,
|
||||
nucleus->charge);
|
||||
|
||||
/* Allocate and read nucleus_coord array */
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(3 * nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
/* High-level H5LT API. No need to deal with dataspaces and datatypes */
|
||||
status = H5LTread_dataset_double(file->nucleus_group,
|
||||
NUCLEUS_COORD_NAME,
|
||||
nucleus->coord);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
/* Low-level read. Do not forget to close the associated IDs (dset,dtype,dspace)
|
||||
* when not used anymore, see below. Note how this function is similar to H5LTread_dataset_double
|
||||
*/
|
||||
/*
|
||||
nucleus->h5_coord = trexio_hdf5_read_dset_low(file, NUCLEUS_COORD_NAME,
|
||||
nucleus->coord);
|
||||
|
||||
H5Sclose(nucleus->h5_coord->dspace_id);
|
||||
H5Tclose(nucleus->h5_coord->dtype_id);
|
||||
H5Dclose(nucleus->h5_coord->dset_id);
|
||||
*/
|
||||
|
||||
H5Aclose(num_id);
|
||||
|
||||
return nucleus;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus(const trexio_hdf5_t* file, h5nucleus_t* nucleus) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
herr_t status;
|
||||
hid_t dspace, dtype;
|
||||
hid_t attr_id;
|
||||
|
||||
dtype = H5Tcopy(H5T_NATIVE_ULLONG);
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
if (H5Aexists(file->nucleus_group, NUCLEUS_NUM_NAME) == 0) {
|
||||
dspace = H5Screate(H5S_SCALAR);
|
||||
attr_id = H5Acreate(file->nucleus_group, NUCLEUS_NUM_NAME, dtype, dspace,
|
||||
H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (attr_id > 0);
|
||||
|
||||
/* High-level routine does not work for some reason
|
||||
* status = H5LTset_attribute_ulong (file->nucleus_group, "nucleus", NUCLEUS_NUM_NAME,
|
||||
* &(nucleus->num), 1);
|
||||
*/
|
||||
} else {
|
||||
attr_id = H5Aopen(file->nucleus_group, NUCLEUS_NUM_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (attr_id > 0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
status = H5Awrite(attr_id, dtype, &(nucleus->num));
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
H5Aclose(attr_id);
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
hid_t dset_id;
|
||||
int charge_rank = 1;
|
||||
const hsize_t charge_dims[1] = {nucleus->num};
|
||||
|
||||
if ( H5LTfind_dataset(file->nucleus_group, NUCLEUS_CHARGE_NAME) != 1) {
|
||||
|
||||
status = H5LTmake_dataset_double (file->nucleus_group, NUCLEUS_CHARGE_NAME,
|
||||
charge_rank, charge_dims, nucleus->charge);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
dset_id = H5Dopen(file->nucleus_group, NUCLEUS_CHARGE_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (dset_id > 0);
|
||||
|
||||
dspace = H5Dget_space(dset_id);
|
||||
assert (dspace > 0);
|
||||
|
||||
dtype = H5Dget_type(dset_id);
|
||||
assert (dtype > 0);
|
||||
|
||||
|
||||
int rrank;
|
||||
hsize_t dims[1] = {0};
|
||||
rrank = H5Sget_simple_extent_dims(dspace,
|
||||
dims, NULL);
|
||||
assert (rrank == charge_rank);
|
||||
// disabling asserts like this allows to overwrite _num variable
|
||||
for (int i=0; i<rrank; i++){
|
||||
assert (dims[i] == charge_dims[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
status = H5Dwrite(dset_id, H5T_NATIVE_DOUBLE, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, nucleus->charge);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
H5Tclose(dtype);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
int coord_rank = 2;
|
||||
const hsize_t coord_dims[2] = {nucleus->num, 3};
|
||||
if ( H5LTfind_dataset(file->nucleus_group, NUCLEUS_COORD_NAME) != 1) {
|
||||
status = H5LTmake_dataset_double (file->nucleus_group, NUCLEUS_COORD_NAME,
|
||||
coord_rank, coord_dims, nucleus->coord);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
dset_id = H5Dopen(file->nucleus_group, NUCLEUS_COORD_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (dset_id > 0);
|
||||
|
||||
dspace = H5Dget_space(dset_id);
|
||||
assert (dspace > 0);
|
||||
|
||||
dtype = H5Dget_type(dset_id);
|
||||
assert (dtype > 0);
|
||||
|
||||
|
||||
int rrank;
|
||||
hsize_t dims[2] = {0, 0};
|
||||
rrank = H5Sget_simple_extent_dims(dspace,
|
||||
dims, NULL);
|
||||
assert (rrank == coord_rank);
|
||||
for (int i=0; i<rrank; i++){
|
||||
assert (dims[i] == coord_dims[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
status = H5Dwrite(dset_id, H5T_NATIVE_DOUBLE, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, nucleus->coord);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
H5Tclose(dtype);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Free memory
|
||||
|
||||
Memory is allocated when reading. The followig function frees memory.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_free_nucleus(h5nucleus_t* nucleus) {
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) free (nucleus->coord);
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) free (nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->h5_coord != NULL) free (nucleus->h5_coord);
|
||||
nucleus->h5_coord = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->h5_charge != NULL) free (nucleus->h5_charge);
|
||||
nucleus->h5_charge = NULL;
|
||||
|
||||
free (nucleus);
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Read/Write the num attribute
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (num != NULL);
|
||||
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = trexio_hdf5_read_nucleus((trexio_hdf5_t*) file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/**/ *num = nucleus->num;
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (num > 0L);
|
||||
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = trexio_hdf5_read_nucleus((trexio_hdf5_t*) file);
|
||||
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
if (nucleus->num != num) {
|
||||
|
||||
if (nucleus->num != 0) {
|
||||
printf("%ld -> %ld %s \n", num, nucleus->num,
|
||||
"This variable alreasy exists. Overwriting it is not supported");
|
||||
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->num = num;
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) free(nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) free(nucleus->coord );
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(3*num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
nucleus->num = num;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_hdf5_write_nucleus((trexio_hdf5_t*) file, nucleus);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Read/Write the coord attribute
|
||||
|
||||
The ~coord~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = trexio_hdf5_read_nucleus((trexio_hdf5_t*) file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = trexio_hdf5_read_nucleus((trexio_hdf5_t*) file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
nucleus->coord[i] = coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_hdf5_write_nucleus((trexio_hdf5_t*) file, nucleus);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
** TODO Read/Write the charge attribute
|
||||
|
||||
* File suffixes :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_hdf5.h
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
834
src/trexio_text.org
Normal file
834
src/trexio_text.org
Normal file
@ -0,0 +1,834 @@
|
||||
#+Title: TEXT back end of the TREX Input/Ouput library (TREXIO)
|
||||
|
||||
* File prefixes :noxport:
|
||||
|
||||
#+NAME:header
|
||||
#+begin_src c
|
||||
/* This file was generated from the trexio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trexio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TREXIO_TEXT_H
|
||||
#define _TREXIO_TEXT_H
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include "trexio_s.h"
|
||||
#include <errno.h>
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <fcntl.h>
|
||||
#include <unistd.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#include "trexio_text.h"
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
* TEXT Back end
|
||||
|
||||
The "file" produced by the text back end is a directory with one
|
||||
file per group.
|
||||
|
||||
When the file is open, it is locked by the current process. No other
|
||||
process can read/write the same file. This guarantees that the
|
||||
representation in memory is consistent with the file and avoid
|
||||
re-reading the file before writing.
|
||||
To lock the file, we lock the =.lock= file which is present in the
|
||||
directory.
|
||||
|
||||
The file is written when closed, or when the flush function is called.
|
||||
|
||||
*** Structs for blocks
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
typedef struct nucleus_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
uint64_t dim_coord;
|
||||
uint64_t dim_charge;
|
||||
double* coord;
|
||||
double* charge;
|
||||
uint64_t num;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} nucleus_t;
|
||||
|
||||
typedef struct electron_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
uint64_t alpha_num;
|
||||
uint64_t beta_num;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} electron_t;
|
||||
|
||||
typedef struct rdm_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
uint64_t dim_one_e;
|
||||
double* one_e;
|
||||
char* two_e_file_name;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} rdm_t;
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
*** TO DO
|
||||
- to_flush = 1 in write
|
||||
- to_flush = 0 when flushed
|
||||
- name
|
||||
|
||||
*** Structs for the text back end
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
typedef struct trexio_text_s {
|
||||
trexio_t parent ;
|
||||
int lock_file;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus;
|
||||
electron_t* electron;
|
||||
rdm_t* rdm;
|
||||
} trexio_text_t;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
/* If directory doesn't exist, create it in write mode */
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0 && S_ISDIR(st.st_mode)) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else {
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
if (mkdir(file->file_name, 0777) != 0) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create the lock file in the directory */
|
||||
const char* lock_file_name = "/.lock";
|
||||
char* file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->file_name) + strlen(lock_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
strcpy (file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (file_name, lock_file_name);
|
||||
|
||||
f->lock_file = open(file_name,O_WRONLY|O_CREAT|O_TRUNC, 0644);
|
||||
assert (f->lock_file > 0);
|
||||
free(file_name);
|
||||
|
||||
/* Lock the directory for the current process */
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
fl.l_whence = SEEK_SET;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
|
||||
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
||||
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f_child = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
f_child->nucleus = NULL;
|
||||
f_child->electron= NULL;
|
||||
f_child->rdm = NULL;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
rc = trexio_text_free_nucleus( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
/* Release lock */
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
fl.l_whence = SEEK_SET;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
fl.l_type = F_UNLCK;
|
||||
fcntl(f->lock_file, F_SETLK, &fl);
|
||||
|
||||
close(f->lock_file);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Nucleus struct
|
||||
|
||||
**** Read the struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return NULL;
|
||||
|
||||
if (file->nucleus != NULL) return file->nucleus;
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
nucleus_t* nucleus = (nucleus_t*) malloc(sizeof(nucleus_t));
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->file = NULL;
|
||||
nucleus->num = 0;
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
nucleus->to_flush = 0;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If the file does not exist, return */
|
||||
const char* nucleus_file_name = "/nucleus.txt";
|
||||
char * file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->parent.file_name) + strlen(nucleus_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
strcpy (file_name, file->parent.file_name);
|
||||
strcat (file_name, nucleus_file_name);
|
||||
|
||||
/* If the file exists, read it */
|
||||
FILE* f = fopen(file_name,"r");
|
||||
if (f != NULL) {
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
size_t sz = ftell(f);
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_SET);
|
||||
char* buffer = (char*) malloc(sz*sizeof(char));
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
int rc;
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_charge") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dim_charge));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_coord") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dim_coord));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->dim_charge, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(nucleus->dim_coord, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
/* Read data */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "num") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->num));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "charge") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_charge ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(nucleus->charge[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "coord") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_coord ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(nucleus->coord[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
free(buffer);
|
||||
fclose(f);
|
||||
f = NULL;
|
||||
}
|
||||
if (file->parent.mode == 'w') {
|
||||
nucleus->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
nucleus->file = fopen(file_name,"r");
|
||||
}
|
||||
free(file_name);
|
||||
file->nucleus = nucleus;
|
||||
return nucleus;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Flush the struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = file->nucleus;
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (nucleus->to_flush == 0) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
FILE* f = nucleus->file;
|
||||
assert (f != NULL);
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
fprintf(f, "dim_charge %ld\n", nucleus->dim_charge);
|
||||
fprintf(f, "dim_coord %ld\n", nucleus->dim_coord );
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", nucleus->num);
|
||||
fprintf(f, "charge\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_charge ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->charge[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "coord\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_coord ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->coord[i]);
|
||||
}
|
||||
fflush(f);
|
||||
file->nucleus->to_flush = 0;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Free memory
|
||||
|
||||
Memory is allocated when reading. The following function frees memory.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode != 'r') {
|
||||
rc = trexio_text_flush_nucleus(file);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = file->nucleus;
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (nucleus->file != NULL) {
|
||||
fclose(nucleus->file);
|
||||
nucleus->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) {
|
||||
free (nucleus->coord);
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) {
|
||||
free (nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
free (nucleus);
|
||||
file->nucleus = NULL;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Read/Write the num attribute
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
/**/ *num = nucleus->num;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
nucleus->num = num;
|
||||
nucleus->to_flush = 1;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Read/Write the coord attribute
|
||||
|
||||
The ~coord~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint64_t dim_coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint64_t dim_coord);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint64_t dim_coord) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_coord != nucleus->dim_coord) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_coord ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint64_t dim_coord) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) {
|
||||
free(nucleus->coord);
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->dim_coord = dim_coord;
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(dim_coord, sizeof(double));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_coord ; i++) {
|
||||
nucleus->coord[i] = coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
**** Read/Write the charge attribute
|
||||
|
||||
The ~charge~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint64_t dim_charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint64_t dim_charge);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint64_t dim_charge) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_charge != nucleus->dim_charge) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_charge ; i++) {
|
||||
charge[i] = nucleus->charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint64_t dim_charge) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) {
|
||||
free(nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->dim_charge = dim_charge;
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(dim_charge, sizeof(double));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_charge ; i++) {
|
||||
nucleus->charge[i] = charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** RDM struct
|
||||
**** Read the complete struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return NULL;
|
||||
|
||||
if (file->rdm != NULL) return file->rdm;
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
rdm_t* rdm = (rdm_t*) malloc(sizeof(rdm_t));
|
||||
assert (rdm != NULL);
|
||||
|
||||
rdm->one_e = NULL;
|
||||
rdm->two_e_file_name = NULL;
|
||||
rdm->file = NULL;
|
||||
rdm->to_flush = 0;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If the file does not exist, return */
|
||||
const char* rdm_file_name = "/rdm.txt";
|
||||
char * file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->parent.file_name) + strlen(rdm_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
strcpy (file_name, file->parent.file_name);
|
||||
strcat (file_name, rdm_file_name);
|
||||
|
||||
/* If the file exists, read it */
|
||||
FILE* f = fopen(file_name,"r");
|
||||
if (f != NULL) {
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
size_t sz = ftell(f);
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_SET);
|
||||
char* buffer = (char*) malloc(sz*sizeof(char));
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
int rc;
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_one_e") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(rdm->dim_one_e));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
rdm->one_e = (double*) calloc(rdm->dim_one_e, sizeof(double));
|
||||
assert (rdm->one_e != NULL);
|
||||
|
||||
/* Read one_e */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "one_e") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<rdm->dim_one_e; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(rdm->one_e[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Read two_e */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "two_e_file_name") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
rdm->two_e_file_name = (char*) malloc (strlen(buffer)*sizeof(char));
|
||||
strcpy(rdm->two_e_file_name, buffer);
|
||||
|
||||
free(buffer);
|
||||
fclose(f);
|
||||
f = NULL;
|
||||
}
|
||||
if (file->parent.mode == 'w') {
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"");
|
||||
}
|
||||
free(file_name);
|
||||
file->rdm = rdm ;
|
||||
return rdm;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Flush the complete struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_rdm(const trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_rdm(const trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = file->rdm;
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (rdm->to_flush == 0) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
FILE* f = rdm->file;
|
||||
assert (f != NULL);
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", rdm->dim_one_e);
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "one_e\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i< rdm->dim_one_e; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", rdm->one_e[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "two_e_file_name\n");
|
||||
fprintf(f, "%s\n", rdm->two_e_file_name);
|
||||
|
||||
fflush(f);
|
||||
file->rdm->to_flush = 0;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Free memory
|
||||
|
||||
Memory is allocated when reading. The followig function frees memory.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
if (file->parent.mode != 'r') {
|
||||
rc = trexio_text_flush_rdm(file);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = file->rdm;
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (rdm->file != NULL) {
|
||||
fclose(rdm->file);
|
||||
rdm->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rdm->one_e != NULL) {
|
||||
free (rdm->one_e);
|
||||
rdm->one_e = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rdm->two_e_file_name != NULL) {
|
||||
free (rdm->two_e_file_name);
|
||||
rdm->two_e_file_name = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
free (rdm);
|
||||
file->rdm = NULL;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Read/Write the one_e attribute
|
||||
|
||||
The ~one_e~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_rdm_one_e(const trexio_t* file, double* one_e, const uint64_t dim_one_e);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_rdm_one_e(const trexio_t* file, const double* one_e, const uint64_t dim_one_e);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_rdm_one_e(const trexio_t* file, double* one_e, const uint64_t dim_one_e) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_one_e != rdm->dim_one_e) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_one_e ; i++) {
|
||||
one_e[i] = rdm->one_e[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_rdm_one_e(const trexio_t* file, const double* one_e, const uint64_t dim_one_e) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
if (file->mode != 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
rdm->dim_one_e = dim_one_e;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_one_e ; i++) {
|
||||
rdm->one_e[i] = one_e[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
rdm->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Read/Write the two_e attribute
|
||||
|
||||
~two_e~ is a sparse data structure, which can be too large to fit
|
||||
in memory. So we provide functions to read and write it by
|
||||
chunks.
|
||||
In the text back end, the easiest way to do it is to create a
|
||||
file for each sparse float structure.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, int64_t* index, double* value);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, const int64_t* index, const double* value);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, int64_t* index, double* value) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
if (value == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_5;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
FILE* f = fopen(rdm->two_e_file_name, "r");
|
||||
if (f == NULL) return TREXIO_END;
|
||||
|
||||
const uint64_t line_length = 64;
|
||||
fseek(f, (long) offset * line_length, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
int rc;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%9ld %9ld %9ld %9ld %24le\n",
|
||||
&index[4*i],
|
||||
&index[4*i+1],
|
||||
&index[4*i+2],
|
||||
&index[4*i+3],
|
||||
&value[i]);
|
||||
if (rc == 5) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else if (rc == EOF) {
|
||||
return TREXIO_END;
|
||||
} else if (rc == EOF) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, const int64_t* index, const double* value) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
if (value == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_5;
|
||||
if (file->mode != 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
FILE* f = fopen(rdm->two_e_file_name, "w");
|
||||
if (f == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
const uint64_t line_length = 64;
|
||||
fseek(f, (long) offset * line_length, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
int rc;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size ; i++) {
|
||||
rc = fprintf(f, "%9ld %9ld %9ld %9ld %24le\n",
|
||||
index[4*i],
|
||||
index[4*i+1],
|
||||
index[4*i+2],
|
||||
index[4*i+3],
|
||||
value[i]);
|
||||
if (rc != 5) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
* File suffixes :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
#endif
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