mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2025-01-03 10:06:01 +01:00
Autoconfig with optional HDF5 compilation (#42)
Makefile.in: * recursive build; * advanced make targets; * major support for autoconf and minor for package managers. configure.ac: * optional HDF5 compilation [default: --with-hdf5]; * add -fPIC to CFLAGS if missing.
This commit is contained in:
Evgeny Posenitskiy
GitHub
parent
08a28c9ae4
commit
818d66d4d3
13
.gitignore
vendored
Normal file
13
.gitignore
vendored
Normal file
@ -0,0 +1,13 @@
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Makefile
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src/Makefile
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auto-bugs
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autogen.sh
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autom4te.cache/
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clean.sh
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config.*
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configure
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install-sh
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trexio-*.tar.gz
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trexio-*/
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83
Makefile.in
Normal file
83
Makefile.in
Normal file
@ -0,0 +1,83 @@
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# @configure_input@
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# Package-specific substitution variables
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package = @PACKAGE_NAME@
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version = @PACKAGE_VERSION@
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tarname = @PACKAGE_TARNAME@
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distdir = $(tarname)-$(version)
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# Prefix-specific substitution variables
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prefix = @prefix@
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includedir = @includedir@
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docdir = @docdir@
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htmldir = @htmldir@
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libdir = @libdir@
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|
# Supplementary
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exec_prefix = @exec_prefix@
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libexecdir = @libexecdir@
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lispdir = @lispdir@
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# VPATH-specific substitution variables
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srcdir = @srcdir@
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||||||
|
VPATH = @srcdir@
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# Tool-specific substitution variables
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CC = @CC@
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CFLAGS = @CFLAGS@
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CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
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FC = @FC@
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FCFLAGS = @FCFLAGS@
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LIBS = @LIBS@
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LDFLAGS = @LDFLAGS@
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INSTALL = @INSTALL@
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.PHONY: FORCE all install clean check dist distcheck
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.POSIX:
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.SUFFIXES:
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all install clean check:
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cd src && $(MAKE) $@
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dist: $(distdir).tar.gz
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|
$(distdir).tar.gz: $(distdir)
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tar chof - $(distdir) | gzip -9 -c > $@
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rm -rf $(distdir)
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# for now copy entire src/ directory into $(distdir) in order for distcheck rule to work
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# later on can be changed to ship only files like *.c *.h *.f90 *.so *.mod
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$(distdir): FORCE
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mkdir -p $(distdir)
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cp $(srcdir)/configure.ac $(distdir)
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cp $(srcdir)/configure $(distdir)
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|
cp $(srcdir)/config.h.in $(distdir)
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cp $(srcdir)/install-sh $(distdir)
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||||||
|
cp -r $(srcdir)/src $(distdir)
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||||||
|
cp $(srcdir)/Makefile.in $(distdir)
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cp $(srcdir)/LICENSE $(distdir)
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FORCE:
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-rm $(distdir).tar.gz >/dev/null 2>&1
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-rm -rf $(distdir) >/dev/null 2>&1
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distcheck: $(distdir).tar.gz
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gzip -cd $(distdir).tar.gz | tar xvf -
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cd $(distdir) && \
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|
./configure CC="$(CC)" CFLAGS="$(CFLAGS)" && \
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$(MAKE) all && \
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$(MAKE) check && \
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|
$(MAKE) DESTDIR=$${PWD}/_inst install && \
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$(MAKE) clean
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|
rm -rf $(distdir)
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|
@echo "*** Package $(distdir).tar.gz is ready for distribution."
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|
Makefile: Makefile.in config.status
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./config.status $@
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|
config.status: configure
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|
./config.status --recheck
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152
configure.ac
Normal file
152
configure.ac
Normal file
@ -0,0 +1,152 @@
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|
# -*- Autoconf -*-
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|
# Process this file with autoconf to produce a configure script.
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AC_PREREQ([2.69])
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|
AC_INIT([TREXIO], [0.2], [https://github.com/TREX-CoE/trexio/issues])
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|
AC_CONFIG_SRCDIR([src/trexio_text.h])
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||||||
|
AC_CONFIG_HEADERS([config.h])
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|
PKG_PROG_PKG_CONFIG()
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|
# Checks for programs.
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AC_PROG_CC
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AC_PROG_FC
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AC_PROG_INSTALL
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AC_PROG_LN_S
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|
AC_PROG_CC_C99
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|
# Configure with HDF5 (default: --with-hdf5 using pkg-config) [optional]:
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# ./configure [--with-hdf5 or --with-hdf5=yes]
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|
# Configure with user-provided path to HDF5:
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# ./configure --with-hdf5=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial
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|
# Configure without HDF5:
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|
# ./configure --without-hdf5 [or --with-hdf5=no]
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|
# Checks for basic libraries.
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AC_CHECK_LIB([m], [main])
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||||||
|
AC_CHECK_LIB([z], [main])
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|
# Checks for basic header files.
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|
AC_CHECK_HEADERS([fcntl.h stdint.h stdlib.h string.h unistd.h])
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|
# Search for pthread
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have_pthreads=no
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|
AC_SEARCH_LIBS([pthread_create], [pthread], [have_pthreads=yes])
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||||||
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||||||
|
if test "x${have_pthreads}" = xyes; then
|
||||||
|
AC_CHECK_HEADERS([pthread.h], [], [have_pthreads=no])
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||||||
|
fi
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||||||
|
|
||||||
|
if test "x${have_pthreads}" = xno; then
|
||||||
|
AC_MSG_ERROR([
|
||||||
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------------------------------------------
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||||||
|
The pthread library and header file
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||||||
|
required to build TREXIO. Stopping...
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||||||
|
Check 'config.log' for more information.
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||||||
|
------------------------------------------])
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||||||
|
fi
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||||||
|
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||||||
|
AC_ARG_WITH([hdf5],
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|
AS_HELP_STRING([--with-hdf5],
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|
[Include HDF5 functionality @<:@default: yes@:>@])],
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[hdf5=${withval}],
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[hdf5=yes])
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||||||
|
have_hdf5=no
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||||||
|
have_hdf5_hl=no
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||||||
|
if test "x${hdf5}" = xno; then
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||||||
|
AC_MSG_WARN([
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||||||
|
------------------------------------------
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||||||
|
Configuring with the HDF5 library is
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recommended to build efficient TREXIO.
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||||||
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------------------------------------------])
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||||||
|
elif test "x${hdf5}" = xyes; then
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||||||
|
# Check if HDF5 is already configured (e.g. after calling `module load hdf5-<version>`)
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||||||
|
AC_CHECK_HEADERS([hdf5_hl.h])
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||||||
|
AC_CHECK_LIB([hdf5_hl], [H5LTfind_dataset], [], [have_hdf5_hl=no])
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||||||
|
|
||||||
|
AC_CHECK_HEADERS([hdf5.h])
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||||||
|
AC_CHECK_LIB([hdf5], [H5open], [], [have_hdf5=no])
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||||||
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||||||
|
# If HDF5 is not configured, try using pkg-config
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||||||
|
if test "x${have_hdf5}" = xno; then
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PKG_CHECK_MODULES([HDF5], [hdf5 >= 1.8])
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|
CFLAGS="${HDF5_CFLAGS} ${CFLAGS}"
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|
LIBS="${HDF5_LIBS} -lhdf5_hl ${LIBS}"
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|
fi
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|
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||||||
|
else
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||||||
|
if test "x${hdf5}" = x; then
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||||||
|
AC_MSG_ERROR([
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||||||
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------------------------------------------
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||||||
|
The path to HDF5 library is required.
|
||||||
|
Maybe you forgot to pass --with-hdf5="/your/path/" to configure script.
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||||||
|
Stopping...
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||||||
|
------------------------------------------])
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
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||||||
|
CPPFLAGS="-I${hdf5}/include ${CPPFLAGS}"
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||||||
|
LDFLAGS="-L${hdf5} ${LDFLAGS}"
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||||||
|
|
||||||
|
AC_CHECK_HEADERS([hdf5_hl.h], [], [have_hdf5_hl=no])
|
||||||
|
AC_CHECK_LIB([hdf5_hl], [H5LTfind_dataset], [], [have_hdf5_hl=no])
|
||||||
|
|
||||||
|
AC_CHECK_HEADERS([hdf5.h], [], [have_hdf5=no])
|
||||||
|
AC_CHECK_LIB([hdf5], [H5open], [], [have_hdf5=no])
|
||||||
|
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
# add -fPIC if not present in CFLAGS, necessary to compile TREXIO
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|
# TODO: replace with AM_CFLAGS for appropriate targer once Automake is introduced
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|
case "${CFLAGS}" in
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|
*-fPIC*)
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||||||
|
;;
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|
*)
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||||||
|
AC_MSG_WARN([
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||||||
|
------------------------------------------
|
||||||
|
Adding -fPIC option to CFLAGS.
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||||||
|
This is necessary to build TREXIO.
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||||||
|
------------------------------------------])
|
||||||
|
CFLAGS="${CFLAGS} -fPIC"
|
||||||
|
;;
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||||||
|
esac
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||||||
|
# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
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|
AC_TYPE_INT32_T
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||||||
|
AC_TYPE_INT64_T
|
||||||
|
AC_TYPE_SIZE_T
|
||||||
|
AC_TYPE_UINT32_T
|
||||||
|
AC_TYPE_UINT64_T
|
||||||
|
|
||||||
|
# Checks for library functions.
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||||||
|
AC_FUNC_MALLOC
|
||||||
|
AC_CHECK_FUNCS([memset mkdir strerror])
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||||||
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||||||
|
AC_CONFIG_FILES([Makefile
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||||||
|
src/Makefile])
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|
AC_OUTPUT
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||||||
|
echo \
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|
"-------------------------------------------------
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||||||
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||||||
|
${PACKAGE_NAME} Version ${PACKAGE_VERSION}
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||||||
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||||||
|
Prefix: '${prefix}'.
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||||||
|
CC: ${CC}
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||||||
|
CPPFLAGS: ${CPPFLAGS}
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||||||
|
CFLAGS: ${CFLAGS}
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||||||
|
FC: ${FC}
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|
FCLAGS: ${FCFLAGS}
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|
LDFLAGS: ${LDFLAGS}
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||||||
|
LIBS: ${LIBS}
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||||||
|
Package features:
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||||||
|
Compilation with HDF5: ${hdf5}
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|
Now type 'make @<:@<target>@:>@'
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|
where the optional <target> is:
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|
all - build C and Fortran APIs
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||||||
|
check - check C and Fortran APIs
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||||||
|
clean - clean the produced files
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||||||
|
--------------------------------------------------"
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||||||
|
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||||||
95
src/Makefile
95
src/Makefile
@ -1,95 +0,0 @@
|
|||||||
COMPILER=GNU
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||||||
#COMPILER=INTEL
|
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||||||
#COMPILER=LLVM
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||||||
ifeq ($(COMPILER),GNU)
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||||||
CC=gcc -g
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||||||
CFLAGS=-fPIC -fexceptions -Wall -Werror -Wpedantic -Wextra
|
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||||||
|
|
||||||
FC=gfortran -g
|
|
||||||
FFLAGS=-fPIC -fcheck=all -Waliasing -Wampersand -Wconversion -Wsurprising -Wintrinsics-std -Wno-tabs -Wintrinsic-shadow -Wline-truncation -Wreal-q-constant -Wuninitialized -fbacktrace -ffpe-trap=zero,overflow,underflow -finit-real=nan
|
|
||||||
|
|
||||||
LIBS= $(shell pkg-config --libs hdf5) -lhdf5_hl -lgfortran
|
|
||||||
INCLUDE = $(shell pkg-config --cflags hdf5)
|
|
||||||
endif
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||||||
|
|
||||||
ifeq ($(COMPILER),INTEL)
|
|
||||||
CC=icc -xHost
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|
||||||
CFLAGS=-fPIC -g -O2
|
|
||||||
|
|
||||||
FC=ifort -xHost
|
|
||||||
FFLAGS=-fPIC -g -O2
|
|
||||||
|
|
||||||
LIBS= #-lm
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
#TODO
|
|
||||||
ifeq ($(COMPILER),LLVM)
|
|
||||||
CC=clang
|
|
||||||
CFLAGS=-fPIC -g -O2
|
|
||||||
|
|
||||||
FC=flang
|
|
||||||
FFLAGS=fPIC -g -O2
|
|
||||||
|
|
||||||
LIBS=-lm
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
OBJECT_FILES= trexio.o trexio_text.o trexio_hdf5.o
|
|
||||||
SOURCE_FILES= test.c trexio.c trexio_hdf5.c trexio_text.c
|
|
||||||
HEADER_FILES= trexio.h trexio_text.h trexio_hdf5.h trexio_s.h
|
|
||||||
ORG_FILES= templates_front/templator_front.org templates_text/templator_text.org \
|
|
||||||
templates_hdf5/templator_hdf5.org
|
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||||||
|
|
||||||
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|
||||||
export CC CFLAGS FC FFLAGS LIBS
|
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||||||
|
|
||||||
.PHONY: clean
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||||||
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|
||||||
|
|
||||||
libtrexio.so: $(OBJECT_FILES) $(HEADER_FILES)
|
|
||||||
$(CC) -shared $(OBJECT_FILES) -o libtrexio.so
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|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
fortran: trexio_f.o
|
|
||||||
|
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||||||
|
|
||||||
trexio_f.o: libtrexio.so trexio_f.f90
|
|
||||||
$(FC) $(FFLAGS) -c trexio_f.f90 -o trexio_f.o
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
check: cppcheck.out
|
|
||||||
cat cppcheck.out
|
|
||||||
|
|
||||||
cppcheck.out: $(HEADER_FILES) $(SOURCE_FILES)
|
|
||||||
cppcheck --addon=cert -q --error-exitcode=0 \
|
|
||||||
--enable=warning,performance,portability,missingInclude,information \
|
|
||||||
--language=c --std=c99 -rp --platform=unix64 \
|
|
||||||
$(INCLUDE) $(SOURCE_FILES) 2>$@
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
trexio.c trexio_f.f90 trexio.h: $(ORG_FILES)
|
|
||||||
./build_trexio.sh
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
test_c: libtrexio.so test.c
|
|
||||||
$(CC) $(CFLAGS) $(INCLUDE) -Wl,-rpath,$(PWD) -L. test.c -ltrexio $(LIBS) -o test_c
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
test_f: libtrexio.so test.f90 trexio_f.o
|
|
||||||
$(FC) $(FFLAGS) $(INCLUDE) -Wl,-rpath,$(PWD) -L. test.f90 trexio_f.o -ltrexio $(LIBS) -o test_f
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
test: test_c test_f
|
|
||||||
$(RM) -r trexio_test
|
|
||||||
$(RM) -r trexio_test_fort
|
|
||||||
./test_c
|
|
||||||
./test_f
|
|
||||||
|
|
||||||
clean:
|
|
||||||
$(RM) *.o libtrexio.so test_*.h5 test_f test_c
|
|
||||||
$(RM) -r trexio_test/ trexio_test_fort/
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
%.o: %.c $(HEADER_FILES)
|
|
||||||
$(CC) $(CFLAGS) $(INCLUDE) -c $*.c -o $*.o
|
|
||||||
|
|
||||||
133
src/Makefile.in
Normal file
133
src/Makefile.in
Normal file
@ -0,0 +1,133 @@
|
|||||||
|
# @configure_input@
|
||||||
|
|
||||||
|
# Package-specific substitution variables
|
||||||
|
package = @PACKAGE_NAME@
|
||||||
|
version = @PACKAGE_VERSION@
|
||||||
|
tarname = @PACKAGE_TARNAME@
|
||||||
|
distdir = $(tarname)-$(version)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Prefix-specific substitution variables
|
||||||
|
prefix = @prefix@
|
||||||
|
includedir = @includedir@
|
||||||
|
docdir = @docdir@
|
||||||
|
htmldir = @htmldir@
|
||||||
|
libdir = @libdir@
|
||||||
|
# Supplementary
|
||||||
|
exec_prefix = @exec_prefix@
|
||||||
|
libexecdir = @libexecdir@
|
||||||
|
lispdir = @lispdir@
|
||||||
|
# VPATH-specific substitution variables
|
||||||
|
srcdir = @srcdir@
|
||||||
|
VPATH = @srcdir@
|
||||||
|
|
||||||
|
# Tool-specific substitution variables
|
||||||
|
CC = @CC@
|
||||||
|
CFLAGS = @CFLAGS@
|
||||||
|
CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
|
||||||
|
FC = @FC@
|
||||||
|
FCFLAGS = @FCFLAGS@
|
||||||
|
LIBS = @LIBS@
|
||||||
|
LDFLAGS = @LDFLAGS@
|
||||||
|
INSTALL = @INSTALL@
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
ifeq ($(CC),gcc)
|
||||||
|
#CFLAGS = -g -fPIC -O2 -fexceptions -Wall -Werror -Wpedantic -Wextra
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
ifeq ($(FC),gfortran)
|
||||||
|
#FCFLAGS = -g -fPIC -O2 -fcheck=all -Waliasing -Wampersand -Wconversion -Wsurprising -Wintrinsics-std -Wno-tabs -Wintrinsic-shadow -Wline-truncation -Wreal-q-constant -Wuninitialized -fbacktrace -ffpe-trap=zero,overflow,underflow -finit-real=nan
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
ifeq ($(CC),icc)
|
||||||
|
#CFLAGS = -xHost -fPIC -g -O2 -fexceptions -Wall -Werror -Wpedantic -Wextra
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
ifeq ($(FC),ifort)
|
||||||
|
#FCFLAGS = -xHost -fPIC -g -O2
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
ifeq ($(CC),clang)
|
||||||
|
#CFLAGS = -fPIC -g -O2
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
ifeq ($(FC),flang)
|
||||||
|
#FCFLAGS = -fPIC -g -O2
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
OBJECT_FILES= trexio.o trexio_text.o trexio_hdf5.o
|
||||||
|
SOURCE_FILES= test.c trexio.c trexio_hdf5.c trexio_text.c
|
||||||
|
HEADER_FILES= trexio.h trexio_text.h trexio_hdf5.h trexio_s.h
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ORG_FILES= templates_front/templator_front.org templates_text/templator_text.org \
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templates_hdf5/templator_hdf5.org
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.PHONY: all fortran clean install
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.POSIX:
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.SUFFIXES:
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all: libtrexio.so fortran
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libtrexio.so: $(OBJECT_FILES) $(HEADER_FILES)
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$(CC) -shared $(OBJECT_FILES) -o libtrexio.so
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fortran: trexio_f.o
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trexio_f.o: libtrexio.so trexio_f.f90
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$(FC) $(FCFLAGS) -c trexio_f.f90 -o trexio_f.o
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cppcheck: cppcheck.out
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cat cppcheck.out
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cppcheck.out: $(HEADER_FILES) $(SOURCE_FILES)
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cppcheck --addon=cert -q --error-exitcode=0 \
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--enable=warning,performance,portability,missingInclude,information \
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--language=c --std=c99 -rp --platform=unix64 \
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$(CPPFLAGS) $(SOURCE_FILES) 2>$@
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trexio.c trexio_f.f90 trexio.h: $(ORG_FILES)
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./build_trexio.sh
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test_c: libtrexio.so test.c
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$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -Wl,-rpath,$(PWD) -L. test.c -ltrexio $(LDFLAGS) $(LIBS) -o test_c
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test_f: libtrexio.so trexio_f.o test.f90
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$(FC) $(CPPFLAGS) $(FCFLAGS) -Wl,-rpath,$(PWD) -L. test.f90 trexio_f.o -ltrexio $(LDFLAGS) $(LIBS) -o test_f
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check: test_c test_f
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$(RM) -r trexio_test
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$(RM) -r trexio_test_fort
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./test_c
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./test_f
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# $(DESTDIR) is needed for future support of package managers
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# install should avoid build target due to possible conflict when prefix overriden
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install:
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$(INSTALL) -d $(DESTDIR)$(libdir) $(DESTDIR)$(includedir)
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cp libtrexio.so $(DESTDIR)$(libdir)
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cp trexio*.h $(DESTDIR)$(includedir)
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clean:
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$(RM) *.o libtrexio.so test_*.h5 test_f test_c
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$(RM) -r trexio_test/ trexio_test_fort/
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%.o: %.c $(HEADER_FILES)
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$(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c $*.c -o $*.o
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Makefile: Makefile.in ../config.status
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cd .. && ./config.status src/$@
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../config.status: ../configure
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cd .. && ./config.status --recheck
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@ -402,7 +402,7 @@ struct trexio_back_end_s {
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These names are populated by the generator.py (i.e. they are hard-coded), which is why the user
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These names are populated by the generator.py (i.e. they are hard-coded), which is why the user
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should tend to avoid renaming the ~.txt~ data files.
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should tend to avoid renaming the ~.txt~ data files.
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#+begin_src c :tangle prefix_front.h
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#+begin_src c :tangle prefix_front.h :exports none
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trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t back_end);
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trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t back_end);
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#+end_src
|
#+end_src
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@ -530,7 +530,7 @@ end interface
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output:
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output:
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~trexio_exit_code~ exit code.
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~trexio_exit_code~ exit code.
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#+begin_src c :tangle prefix_front.h
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#+begin_src c :tangle prefix_front.h :exports none
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trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file);
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trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file);
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#+end_src
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#+end_src
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