mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-12-31 16:45:59 +01:00
Merge branch 'master' into configure
This commit is contained in:
commit
7128675339
51
Makefile.am
51
Makefile.am
@ -36,10 +36,6 @@ ACLOCAL_AMFLAGS = -I m4
|
||||
CLEANFILES = trexio.mod
|
||||
BUILT_SOURCES = trexio.mod
|
||||
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||||
VERSION_MAJOR = @VERSION_MAJOR@
|
||||
VERSION_MINOR = @VERSION_MINOR@
|
||||
VERSION_PATCH = @VERSION_PATCH@
|
||||
|
||||
SUBDIRS =
|
||||
|
||||
pkgconfigdir = $(libdir)/pkgconfig
|
||||
@ -62,11 +58,14 @@ SOURCES = \
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src/trexio.c \
|
||||
src/trexio_private.h \
|
||||
src/trexio_s.h \
|
||||
src/trexio_hdf5.c \
|
||||
src/trexio_hdf5.h \
|
||||
src/trexio_text.c \
|
||||
src/trexio_text.h
|
||||
|
||||
if HAVE_HDF5
|
||||
SOURCES += src/trexio_hdf5.c \
|
||||
src/trexio_hdf5.h
|
||||
endif
|
||||
|
||||
ORG_FILES = \
|
||||
src/templates_front/templator_front.org \
|
||||
src/templates_text/templator_text.org \
|
||||
@ -79,24 +78,28 @@ src_libtrexio_la_SOURCES = $(SOURCES)
|
||||
# =============== TESTS =============== #
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||||
|
||||
TESTS_C = \
|
||||
tests/open_hdf5 \
|
||||
tests/open_text \
|
||||
tests/io_num_hdf5 \
|
||||
tests/io_num_text \
|
||||
tests/io_dset_float_hdf5 \
|
||||
tests/io_dset_float_text \
|
||||
tests/io_dset_int_hdf5 \
|
||||
tests/io_dset_int_text \
|
||||
tests/io_safe_dset_float_hdf5 \
|
||||
tests/io_safe_dset_float_text \
|
||||
tests/io_str_hdf5 \
|
||||
tests/io_str_text \
|
||||
tests/io_dset_str_hdf5 \
|
||||
tests/io_dset_str_text \
|
||||
tests/overwrite_all_hdf5 \
|
||||
tests/overwrite_all_text \
|
||||
tests/io_all
|
||||
|
||||
if HAVE_HDF5
|
||||
TESTS_C += \
|
||||
tests/open_hdf5 \
|
||||
tests/io_num_hdf5 \
|
||||
tests/io_dset_float_hdf5 \
|
||||
tests/io_dset_int_hdf5 \
|
||||
tests/io_safe_dset_float_hdf5 \
|
||||
tests/io_str_hdf5 \
|
||||
tests/io_dset_str_hdf5 \
|
||||
tests/overwrite_all_hdf5
|
||||
endif
|
||||
|
||||
TESTS_F = \
|
||||
tests/test_f
|
||||
|
||||
@ -108,24 +111,28 @@ LDADD = src/libtrexio.la
|
||||
|
||||
# in principal, specifying -no-install (see below) is not mandatory
|
||||
# for the tests to compile and pass, but the produced test binaries differ
|
||||
tests_open_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_open_text_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_num_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_num_text_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_float_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_float_text_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_int_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_int_text_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_safe_dset_float_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_safe_dset_float_text_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_str_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_str_text_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_str_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_str_text_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_overwrite_all_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_overwrite_all_text_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_all_LDFLAGS = -no-install
|
||||
|
||||
if HAVE_HDF5
|
||||
tests_open_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_num_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_float_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_int_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_safe_dset_float_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_str_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_io_dset_str_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
tests_overwrite_all_hdf5_LDFLAGS = -no-install
|
||||
endif
|
||||
|
||||
|
||||
test_trexio_f = $(srcdir)/tests/trexio_f.f90
|
||||
|
||||
$(test_trexio_f): $(trexio_f)
|
||||
|
||||
@ -12,7 +12,7 @@ TREX library for efficient I/O.
|
||||
- Autotools (autoconf >= 2.69, automake >= 1.11, libtool >= 2.2)
|
||||
- C compiler (gcc/icc/clang)
|
||||
- Fortran compiler (gfortran/ifort)
|
||||
- HDF5 library (>= 1.8)
|
||||
- HDF5 library (>= 1.8) [optional, recommended for high performance]
|
||||
|
||||
|
||||
## Installation procedure from the tarball (for users):
|
||||
@ -45,6 +45,13 @@ TREX library for efficient I/O.
|
||||
6. `make check`
|
||||
7. `sudo make install`
|
||||
|
||||
## Compilation without the HDF5 library
|
||||
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||||
By default, the configuration step proceeds to search for the [HDF5 library](https://portal.hdfgroup.org/display/HDF5/HDF5).
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||||
This search can be disabled if HDF5 is not present/installable on the user machine.
|
||||
To compile without HDF5, append `--without-hdf5` option to `configure` script. For example,
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||||
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||||
`./configure --without-hdf5`
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||||
|
||||
## Linking to your program
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||||
|
||||
|
||||
14
configure.ac
14
configure.ac
@ -23,13 +23,9 @@ AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])
|
||||
VERSION_MAJOR=`echo ${PACKAGE_VERSION} | cut -d. -f1`
|
||||
VERSION_MINOR=`echo ${PACKAGE_VERSION} | cut -d. -f2`
|
||||
VERSION_PATCH=`echo ${PACKAGE_VERSION} | cut -d. -f3 | cut -d- -f1`
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(TREXIO_PACKAGE_VERSION, ["${PACKAGE_VERSION}"], [full version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(TREXIO_VERSION_MAJOR, [$VERSION_MAJOR], [major version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(TREXIO_VERSION_MINOR, [$VERSION_MINOR], [minor version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(TREXIO_VERSION_PATCH, [$VERSION_PATCH], [patch version])
|
||||
AC_SUBST([VERSION_MAJOR])
|
||||
AC_SUBST([VERSION_MINOR])
|
||||
AC_SUBST([VERSION_PATCH])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(VERSION_MAJOR, [$VERSION_MAJOR], [major version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(VERSION_MINOR, [$VERSION_MINOR], [minor version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(VERSION_PATCH, [$VERSION_PATCH], [patch version])
|
||||
|
||||
## Save system information, e.g. user name
|
||||
|
||||
@ -119,6 +115,8 @@ AC_SUBST([PKG_HDF5])
|
||||
AC_SUBST([PKG_CFLAGS])
|
||||
AC_SUBST([PKG_LIBS])
|
||||
|
||||
AM_CONDITIONAL([HAVE_HDF5],[test "$with_hdf5" = "yes"])
|
||||
|
||||
# The block below should only execute if the ax_lib_hdf5.m4 macro failed to find HDF5.
|
||||
# It is only needed to manually build Python API because setup.py depends on HDF5.
|
||||
|
||||
@ -200,7 +198,7 @@ CC ............: ${CC}
|
||||
CPPFLAGS ......: ${CPPFLAGS}
|
||||
CFLAGS ........: ${CFLAGS}
|
||||
FC ............: ${FC}
|
||||
FCLAGS ........: ${FCFLAGS}
|
||||
FCFLAGS .......: ${FCFLAGS}
|
||||
LDFLAGS .......: ${LDFLAGS}
|
||||
LIBS ..........: ${LIBS}
|
||||
|
||||
|
||||
@ -9,7 +9,7 @@ from pytrexio.pytrexio import *
|
||||
#=========================================================#
|
||||
|
||||
# 0: TREXIO_HDF5 ; 1: TREXIO_TEXT
|
||||
TEST_TREXIO_BACKEND = 1
|
||||
TEST_TREXIO_BACKEND = 0
|
||||
OUTPUT_FILENAME_TEXT = 'test_py_swig.dir'
|
||||
OUTPUT_FILENAME_HDF5 = 'test_py_swig.h5'
|
||||
|
||||
@ -34,7 +34,16 @@ except:
|
||||
#============ WRITE THE DATA IN THE TEST FILE ============#
|
||||
#=========================================================#
|
||||
|
||||
test_file = trexio_open(output_filename, 'w', TEST_TREXIO_BACKEND)
|
||||
return_obj = trexio_open(output_filename, 'w', TEST_TREXIO_BACKEND)
|
||||
assert return_obj is not None
|
||||
if isinstance(return_obj, int):
|
||||
print(trexio_string_of_error(return_obj))
|
||||
assert return_obj==0
|
||||
else:
|
||||
rc_open = return_obj[1]
|
||||
assert rc_open==0
|
||||
test_file = return_obj[0]
|
||||
assert test_file is not None
|
||||
|
||||
nucleus_num = 12
|
||||
|
||||
@ -103,7 +112,16 @@ assert rc==0
|
||||
#============ READ THE DATA FROM THE TEST FILE ============#
|
||||
#==========================================================#
|
||||
|
||||
test_file2 = trexio_open(output_filename, 'r', TEST_TREXIO_BACKEND)
|
||||
return_obj = trexio_open(output_filename, 'r', TEST_TREXIO_BACKEND)
|
||||
assert return_obj is not None
|
||||
if isinstance(return_obj, int):
|
||||
print(trexio_string_of_error(return_obj))
|
||||
assert return_obj==0
|
||||
else:
|
||||
rc_open = return_obj[1]
|
||||
assert rc_open==0
|
||||
test_file2 = return_obj[0]
|
||||
assert test_file is not None
|
||||
|
||||
result = trexio_read_nucleus_num(test_file2)
|
||||
assert result[0]==0
|
||||
@ -129,7 +147,7 @@ assert rc==23
|
||||
#for i in range(nucleus_num):
|
||||
# assert charges2[i]==charges[i]
|
||||
|
||||
result_basis = trexio_read_basis_shell_num(test_file2)
|
||||
result = trexio_read_basis_shell_num(test_file2)
|
||||
assert result[0]==0
|
||||
assert result[1]==basis_num
|
||||
|
||||
|
||||
@ -4,20 +4,20 @@
|
||||
cat prefix_front.c > trexio.c
|
||||
cat prefix_front.h > trexio.h
|
||||
|
||||
# parse the config-defined version attributes to pass them to Fortran module file
|
||||
VERSION_VAL=`grep "PACKAGE_VERSION" ../../include/config.h | cut -d " " -f 3`
|
||||
VERSION_MAJOR_VAL=`grep "VERSION_MAJOR" ../../include/config.h | cut -d " " -f 3`
|
||||
VERSION_MINOR_VAL=`grep "VERSION_MINOR" ../../include/config.h | cut -d " " -f 3`
|
||||
VERSION_PATCH_VAL=`grep "VERSION_PATCH" ../../include/config.h | cut -d " " -f 3`
|
||||
|
||||
# grep some usefull constants from the config.h
|
||||
echo "" >> trexio.h
|
||||
grep "TREXIO_PACKAGE_VERSION" ../../include/config.h >> trexio.h
|
||||
grep "TREXIO_VERSION_MAJOR" ../../include/config.h >> trexio.h
|
||||
grep "TREXIO_VERSION_MINOR" ../../include/config.h >> trexio.h
|
||||
grep "TREXIO_VERSION_PATCH" ../../include/config.h >> trexio.h
|
||||
echo "#define TREXIO_PACKAGE_VERSION ${VERSION_VAL}" >> trexio.h
|
||||
echo "#define TREXIO_VERSION_MAJOR ${VERSION_MAJOR_VAL}" >> trexio.h
|
||||
echo "#define TREXIO_VERSION_MINOR ${VERSION_MINOR_VAL}" >> trexio.h
|
||||
echo "#define TREXIO_VERSION_PATCH ${VERSION_PATCH_VAL}" >> trexio.h
|
||||
echo "" >> trexio.h
|
||||
|
||||
# parse the config-defined version attributes to pass them to Fortran module file
|
||||
VERSION_VAL=`grep "TREXIO_PACKAGE_VERSION" ../../include/config.h | cut -d " " -f 3`
|
||||
VERSION_MAJOR_VAL=`grep "TREXIO_VERSION_MAJOR" ../../include/config.h | cut -d " " -f 3`
|
||||
VERSION_MINOR_VAL=`grep "TREXIO_VERSION_MINOR" ../../include/config.h | cut -d " " -f 3`
|
||||
VERSION_PATCH_VAL=`grep "TREXIO_VERSION_PATCH" ../../include/config.h | cut -d " " -f 3`
|
||||
|
||||
cat prefix_s_front.h > trexio_s.h
|
||||
cat prefix_fortran.f90 > trexio_f.f90
|
||||
cat prefix_python.py > trexio.py
|
||||
|
||||
@ -25,6 +25,7 @@
|
||||
#ifndef TREXIO_H
|
||||
#define TREXIO_H
|
||||
|
||||
#include <stdbool.h>
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
|
||||
typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
@ -32,6 +33,11 @@ typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
|
||||
#ifdef HAVE_CONFIG_H
|
||||
#include "config.h"
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
@ -42,7 +48,9 @@ typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
#include "trexio_private.h"
|
||||
#include "trexio_s.h"
|
||||
#include "trexio_text.h"
|
||||
#include "trexio_hdf5.h"
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
#include "trexio_hdf5.h"
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
#include "trexio_json.h"
|
||||
,*/
|
||||
@ -178,6 +186,7 @@ __trexio_path__ = None
|
||||
| ~TREXIO_UNSAFE_ARRAY_DIM~ | 23 | 'Access to memory beyond allocated' |
|
||||
| ~TREXIO_ATTR_MISSING~ | 24 | 'Attribute does not exist in the file' |
|
||||
| ~TREXIO_DSET_MISSING~ | 25 | 'Dataset does not exist in the file' |
|
||||
| ~TREXIO_BACK_END_MISSING~ | 26 | 'Requested back end is disabled' |
|
||||
| ~TREXIO_INVALID_STR_LEN~ | 30 | 'Invalid max_str_len' |
|
||||
|
||||
# We need to force Emacs not to indent the Python code:
|
||||
@ -217,7 +226,7 @@ return '\n'.join(result)
|
||||
|
||||
|
||||
#+RESULTS:
|
||||
:results:
|
||||
:RESULTS:
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h :exports none
|
||||
#define TREXIO_FAILURE ((trexio_exit_code) -1)
|
||||
#define TREXIO_SUCCESS ((trexio_exit_code) 0)
|
||||
@ -246,6 +255,7 @@ return '\n'.join(result)
|
||||
#define TREXIO_UNSAFE_ARRAY_DIM ((trexio_exit_code) 23)
|
||||
#define TREXIO_ATTR_MISSING ((trexio_exit_code) 24)
|
||||
#define TREXIO_DSET_MISSING ((trexio_exit_code) 25)
|
||||
#define TREXIO_BACK_END_MISSING ((trexio_exit_code) 26)
|
||||
#define TREXIO_INVALID_STR_LEN ((trexio_exit_code) 30)
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -277,6 +287,7 @@ return '\n'.join(result)
|
||||
integer(trexio_exit_code), parameter :: TREXIO_UNSAFE_ARRAY_DIM = 23
|
||||
integer(trexio_exit_code), parameter :: TREXIO_ATTR_MISSING = 24
|
||||
integer(trexio_exit_code), parameter :: TREXIO_DSET_MISSING = 25
|
||||
integer(trexio_exit_code), parameter :: TREXIO_BACK_END_MISSING = 26
|
||||
integer(trexio_exit_code), parameter :: TREXIO_INVALID_STR_LEN = 30
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -309,9 +320,10 @@ return '\n'.join(result)
|
||||
TREXIO_UNSAFE_ARRAY_DIM = 23
|
||||
TREXIO_ATTR_MISSING = 24
|
||||
TREXIO_DSET_MISSING = 25
|
||||
TREXIO_BACK_END_MISSING = 26
|
||||
TREXIO_INVALID_STR_LEN = 30
|
||||
#+end_src
|
||||
:end:
|
||||
:END:
|
||||
|
||||
*** Decoding errors
|
||||
|
||||
@ -523,31 +535,65 @@ typedef int32_t back_end_t;
|
||||
|
||||
#define TREXIO_HDF5 ( (back_end_t) 0 )
|
||||
#define TREXIO_TEXT ( (back_end_t) 1 )
|
||||
/*#define TREXIO_JSON ( (back_end_t) 2 )*/
|
||||
#define TREXIO_INVALID_BACK_END ( (back_end_t) 2 )
|
||||
/*#define TREXIO_JSON ( (back_end_t) 2 )*/
|
||||
|
||||
#define TREXIO_DELIM "\n"
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
The helper function ~trexio_has_backend~ returns ~true~ if TREXIO compilation includes a back end provided as an argument; ~false~ otherwise.
|
||||
This is useful due to the fact that HDF5 back end can be disabled at configure step.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h
|
||||
bool trexio_has_backend(back_end_t back_end);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.c
|
||||
bool trexio_has_backend(back_end_t back_end) {
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return true;
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return true;
|
||||
#else
|
||||
return false;
|
||||
#endif
|
||||
}
|
||||
return false;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Fortran
|
||||
|
||||
#+begin_src f90 :tangle prefix_fortran.f90
|
||||
integer(trexio_backend), parameter :: TREXIO_HDF5 = 0
|
||||
integer(trexio_backend), parameter :: TREXIO_HDF5 = 0
|
||||
integer(trexio_backend), parameter :: TREXIO_TEXT = 1
|
||||
! integer(trexio_backend), parameter :: TREXIO_JSON = 2
|
||||
integer(trexio_backend), parameter :: TREXIO_INVALID_BACK_END = 2
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
The function below is a Fortran interface for the aforementioned C-compatible ~trexio_has_backend~ function.
|
||||
|
||||
#+begin_src f90 :tangle prefix_fortran.f90
|
||||
interface
|
||||
logical function trexio_has_backend (back_end) bind(C)
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
integer(4), intent(in), value :: back_end
|
||||
end function trexio_has_backend
|
||||
end interface
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Python
|
||||
|
||||
#+begin_src python :tangle prefix_python.py
|
||||
# define TREXIO back ends
|
||||
TREXIO_HDF5 = 0
|
||||
TREXIO_HDF5 = 0
|
||||
TREXIO_TEXT = 1
|
||||
#TREXIO_JSON = 2
|
||||
TREXIO_INVALID_BACK_END = 2
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Read/write behavior
|
||||
|
||||
Every time a reading function is called, the data is read from the
|
||||
@ -740,8 +786,13 @@ trexio_open(const char* file_name, const char mode,
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
result_tmp = malloc(sizeof(trexio_hdf5_t));
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
if (rc_open != NULL) *rc_open = TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
return NULL;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
result = (trexio_t*) malloc (sizeof(trexio_json_t));
|
||||
@ -791,8 +842,13 @@ trexio_open(const char* file_name, const char mode,
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_init(result);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
if (rc_open != NULL) *rc_open = TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
return NULL;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_init(result);
|
||||
@ -821,8 +877,13 @@ trexio_open(const char* file_name, const char mode,
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_write_metadata_package_version(result, TREXIO_PACKAGE_VERSION);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
if (rc_open != NULL) *rc_open = TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
return NULL;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_write_metadata_package_version(result, TREXIO_PACKAGE_VERSION);
|
||||
@ -849,8 +910,13 @@ trexio_open(const char* file_name, const char mode,
|
||||
break;
|
||||
/* HDF5 v.>=1.10 has file locking activated by default */
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
if (rc_open != NULL) *rc_open = TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
return NULL;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_lock(result);
|
||||
@ -993,8 +1059,12 @@ trexio_close (trexio_t* file)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_deinit(file);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_deinit(file);
|
||||
@ -1018,8 +1088,12 @@ trexio_close (trexio_t* file)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_unlock(file);
|
||||
@ -1202,8 +1276,12 @@ trexio_read_$group_num$_64 (trexio_t* const file, $group_num_dtype_double$* cons
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_read_$group_num$(file, num);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_read_$group_num$(file, num);
|
||||
@ -1229,9 +1307,13 @@ trexio_write_$group_num$_64 (trexio_t* const file, const $group_num_dtype_double
|
||||
return trexio_text_write_$group_num$(file, num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_write_$group_num$(file, num);
|
||||
break;
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_write_$group_num$(file, num);
|
||||
@ -1262,8 +1344,12 @@ trexio_read_$group_num$_32 (trexio_t* const file, $group_num_dtype_single$* cons
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_num$(file, &num_64);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc =trexio_json_read_$group_num$(file, &num_64);
|
||||
@ -1293,9 +1379,13 @@ trexio_write_$group_num$_32 (trexio_t* const file, const $group_num_dtype_single
|
||||
return trexio_text_write_$group_num$(file, ($group_num_dtype_double$) num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_write_$group_num$(file, ($group_num_dtype_double$) num);
|
||||
break;
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_write_$group_num$(file, ($group_num_dtype_double$) num);
|
||||
@ -1341,8 +1431,12 @@ trexio_has_$group_num$ (trexio_t* const file)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_has_$group_num$(file);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_has_$group_num$(file);
|
||||
@ -1584,8 +1678,12 @@ trexio_read_$group_dset$_64 (trexio_t* const file, $group_dset_dtype_double$* co
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_read_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
@ -1658,8 +1756,12 @@ trexio_write_$group_dset$_64 (trexio_t* const file, const $group_dset_dtype_doub
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_write_$group_dset$(file, $group_dset$_p, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_write_$group_dset$(file, $group_dset$_p, rank, dims);
|
||||
@ -1718,8 +1820,12 @@ trexio_read_$group_dset$_32 (trexio_t* const file, $group_dset_dtype_single$* co
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_dset$(file, $group_dset$_64, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_read_$group_dset$(file, $group_dset$_64, rank, dims);
|
||||
@ -1797,8 +1903,12 @@ trexio_write_$group_dset$_32 (trexio_t* const file, const $group_dset_dtype_sing
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_write_$group_dset$(file, $group_dset$_64, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_write_$group_dset$(file, $group_dset$_64, rank, dims);
|
||||
@ -1961,8 +2071,12 @@ trexio_has_$group_dset$ (trexio_t* const file)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_has_$group_dset$(file);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_has_$group_dset$(file);
|
||||
@ -2406,8 +2520,12 @@ trexio_read_$group_dset$_low (trexio_t* const file, char* dset_out, const int32_
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_read_$group_dset$(file, dset_out, rank, dims, (uint32_t) max_str_len);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_read_$group_dset$(file, dset_out, rank, dims);
|
||||
@ -2530,8 +2648,12 @@ trexio_write_$group_dset$_low (trexio_t* const file, const char* dset_in, const
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
rc = trexio_hdf5_write_$group_dset$(file, (const char**) dset_str, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_write_$group_dset$(file, dset, rank, dims);
|
||||
@ -2598,8 +2720,12 @@ trexio_has_$group_dset$ (trexio_t* const file)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_has_$group_dset$(file);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_has_$group_dset$(file);
|
||||
@ -2847,8 +2973,12 @@ trexio_read_$group_str$ (trexio_t* const file, char* const str_out, const int32_
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_read_$group_str$(file, str_out, (uint32_t) max_str_len);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_read_$group_str$(file, str);
|
||||
@ -2880,8 +3010,12 @@ trexio_write_$group_str$ (trexio_t* const file, const char* str, const int32_t m
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_write_$group_str$(file, str);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_write_$group_str$(file, str);
|
||||
@ -2909,8 +3043,12 @@ trexio_has_$group_str$ (trexio_t* const file)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
#ifdef HAVE_HDF5
|
||||
return trexio_hdf5_has_$group_str$(file);
|
||||
break;
|
||||
#else
|
||||
return TREXIO_BACK_END_MISSING;
|
||||
#endif
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_has_$group_str$(file);
|
||||
|
||||
@ -1,3 +1,4 @@
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
@ -12,12 +13,16 @@ int main() {
|
||||
/*============== Main test launcher ================*/
|
||||
|
||||
int rc;
|
||||
rc = system("rm -rf test_all.h5");
|
||||
assert (rc == 0);
|
||||
test_write("test_all.h5", TREXIO_HDF5);
|
||||
test_read ("test_all.h5", TREXIO_HDF5);
|
||||
rc = system("rm -rf test_all.h5");
|
||||
assert (rc == 0);
|
||||
|
||||
bool have_hdf5 = trexio_has_backend(TREXIO_HDF5);
|
||||
if(have_hdf5) {
|
||||
rc = system("rm -f -- test_all.h5");
|
||||
assert (rc == 0);
|
||||
test_write("test_all.h5", TREXIO_HDF5);
|
||||
test_read ("test_all.h5", TREXIO_HDF5);
|
||||
rc = system("rm -f -- test_all.h5");
|
||||
assert (rc == 0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = system("rm -rf test_all.dir");
|
||||
assert (rc == 0);
|
||||
|
||||
@ -1,6 +1,9 @@
|
||||
program test_trexio
|
||||
use trexio
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
logical :: have_hdf5
|
||||
|
||||
print * , "============================================"
|
||||
print'(a,a)' , " TREXIO VERSION STRING : ", TREXIO_PACKAGE_VERSION
|
||||
@ -17,14 +20,19 @@ program test_trexio
|
||||
|
||||
call test_read_void('test_write_f.dir', TREXIO_TEXT)
|
||||
|
||||
call system('rm -rf test_write_f.h5')
|
||||
print *, 'call test_write(''test_write_f.h5'', TREXIO_HDF5)'
|
||||
call test_write('test_write_f.h5', TREXIO_HDF5)
|
||||
print *, 'call test_read(''test_write_f.h5'', TREXIO_HDF5)'
|
||||
call test_read('test_write_f.h5', TREXIO_HDF5)
|
||||
call system('rm -rf test_write_f.h5')
|
||||
|
||||
call test_read_void('test_write_f.h5', TREXIO_HDF5)
|
||||
! No way to conditionally check whether compilation was done with HDF5
|
||||
! So temporarily disable the test for HDF5 back end at the moment
|
||||
have_hdf5 = trexio_has_backend(TREXIO_HDF5)
|
||||
if (have_hdf5) then
|
||||
call system('rm -f -- test_write_f.h5')
|
||||
print *, 'call test_write(''test_write_f.h5'', TREXIO_HDF5)'
|
||||
call test_write('test_write_f.h5', TREXIO_HDF5)
|
||||
print *, 'call test_read(''test_write_f.h5'', TREXIO_HDF5)'
|
||||
call test_read('test_write_f.h5', TREXIO_HDF5)
|
||||
call system('rm -f -- test_write_f.h5')
|
||||
|
||||
call test_read_void('test_write_f.h5', TREXIO_HDF5)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
end program test_trexio
|
||||
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,11 @@ cp ${SRC}/*.c ${PYDIR}/src
|
||||
cp ${SRC}/*.h ${PYDIR}/src
|
||||
cp ${INCLUDIR}/trexio.h ${PYDIR}/src
|
||||
|
||||
# fix needed to define HAVE_HDF5 symbol so that Python extension is always compiled with HDF5 (without including config.h)
|
||||
# add "#define HAVE_HDF5 1" line after "#include stdint.h" using awk and sed
|
||||
LINE_NO=$(($(awk '/stdint.h/{print NR}' ${PYDIR}/src/trexio.h) + 1))
|
||||
sed -i "$LINE_NO i #define HAVE_HDF5 1" ${PYDIR}/src/trexio.h
|
||||
|
||||
# Copy additional info
|
||||
cp ${TREXIO_ROOT}/AUTHORS ${TREXIO_ROOT}/LICENSE ${PYDIR}
|
||||
|
||||
|
||||
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