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synced 2024-08-25 14:41:44 +02:00
[WIP] working write dset of strings, but with memory leak [text]
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e8732c3611
commit
5abac3fec2
@ -1549,7 +1549,7 @@ trexio_read_$group_dset$ (trexio_t* const file, char* dset, const uint32_t max_s
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||||
switch (file->back_end) {
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||||
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||||
case TREXIO_TEXT:
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||||
//return trexio_text_read_$group_dset$(file, dset_str, rank, dims);
|
||||
//return trexio_text_read_$group_dset$(file, dset, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
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||||
case TREXIO_HDF5:
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||||
@ -1623,7 +1623,7 @@ trexio_write_$group_dset$ (trexio_t* const file, const char* dset, const uint32_
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
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||||
case TREXIO_TEXT:
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||||
//rc = trexio_text_write_$group_dset$(file, dset, rank, dims);
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||||
rc = trexio_text_write_$group_dset$(file, (const char**) dset_str, rank, dims);
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||||
break;
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||||
case TREXIO_HDF5:
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||||
@ -1656,7 +1656,7 @@ trexio_has_$group_dset$ (trexio_t* const file)
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||||
switch (file->back_end) {
|
||||
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||||
case TREXIO_TEXT:
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||||
//return trexio_text_has_$group_dset$(file);
|
||||
return trexio_text_has_$group_dset$(file);
|
||||
break;
|
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||||
case TREXIO_HDF5:
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@ -18,17 +18,17 @@ cat populated/pop_read_group_text.h >> trexio_text.h
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cat populated/pop_flush_group_text.h >> trexio_text.h
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||||
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||||
cat populated/pop_has_dset_data_text.c >> trexio_text.c
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||||
#cat populated/pop_has_dset_str_text.c >> trexio_text.c
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||||
cat populated/pop_has_dset_str_text.c >> trexio_text.c
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||||
cat populated/pop_has_num_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_read_dset_data_text.c >> trexio_text.c
|
||||
#cat populated/pop_read_dset_str_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_read_dset_str_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_read_num_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_write_dset_data_text.c >> trexio_text.c
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||||
#cat populated/pop_write_dset_str_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_write_dset_str_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_write_num_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_hrw_num_text.h >> trexio_text.h
|
||||
cat populated/pop_hrw_dset_data_text.h >> trexio_text.h
|
||||
#cat populated/pop_hrw_dset_str_text.h >> trexio_text.h
|
||||
cat populated/pop_hrw_dset_str_text.h >> trexio_text.h
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||||
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||||
cat rdm_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat rdm_text.h >> trexio_text.h
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@ -669,16 +669,35 @@ trexio_text_has_$group_dset$ (trexio_t* const file)
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||||
#+begin_src c :tangle hrw_dset_str_text.h :exports none
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||||
trexio_exit_code trexio_text_has_$group_dset$ (trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_$group_dset$ (trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_$group_dset$(trexio_t* const file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_$group_dset$ (trexio_t* const file, char* const dset, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_$group_dset$ (trexio_t* const file, const char** dset, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_dset_str_text.c
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_read_$group_dset$ (trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $group_dset$,
|
||||
const uint32_t rank, const uint64_t* dims)
|
||||
trexio_text_read_$group_dset$ (trexio_t* const file, char* const dset, const uint32_t rank, const uint64_t* dims)
|
||||
{
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (dset == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
$group$_t* const $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (rank != $group$->rank_$group_dset$) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (unsigned int i=0 ; i<rank ; ++i) {
|
||||
if (dims[i] != $group$->dims_$group_dset$[i]) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* REDO ! */
|
||||
strcpy(dset, "");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dims[0] ; ++i) {
|
||||
strcat(dset, $group$->$group_dset$[i]);
|
||||
strcat(dset, TREXIO_DELIM);
|
||||
}
|
||||
/* REDO ! */
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
}
|
||||
@ -686,10 +705,46 @@ trexio_text_read_$group_dset$ (trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_dset_str_text.c
|
||||
trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_write_$group_dset$ (trexio_t* const file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$,
|
||||
const uint32_t rank, const uint64_t* dims)
|
||||
trexio_text_write_$group_dset$ (trexio_t* const file, const char** dset, const uint32_t rank, const uint64_t* dims)
|
||||
{
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (dset == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
$group$_t* const $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if ($group$->$group_dset$ != NULL) {
|
||||
FREE($group$->$group_dset$[0]);
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
}
|
||||
|
||||
$group$->rank_$group_dset$ = rank;
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<$group$->rank_$group_dset$; ++i){
|
||||
$group$->dims_$group_dset$[i] = dims[i];
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* REDO ! */
|
||||
$group$->$group_dset$ = CALLOC(dims[0], char*);
|
||||
|
||||
char* tmp_str = CALLOC(dims[0]*32 + 1, char);
|
||||
size_t tmp_len = 0;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dims[0] ; ++i) {
|
||||
tmp_len = strlen(dset[i]);
|
||||
$group$->$group_dset$[i] = tmp_str;
|
||||
strncpy(tmp_str, dset[i], tmp_len);
|
||||
tmp_str += tmp_len + 1;
|
||||
printf("%s\n", $group$->$group_dset$[i]);
|
||||
}
|
||||
/* REDO ! */
|
||||
|
||||
$group$->to_flush = 1;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
}
|
||||
@ -700,7 +755,16 @@ trexio_exit_code
|
||||
trexio_text_has_$group_dset$ (trexio_t* const file)
|
||||
{
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
$group$_t* const $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if ($group$->rank_$group_dset$ > 0){
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
} else {
|
||||
return TREXIO_HAS_NOT;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
17
tests/test.c
17
tests/test.c
@ -23,7 +23,7 @@ int main() {
|
||||
assert (rc == 0);
|
||||
test_write("test_write.dir", TREXIO_TEXT);
|
||||
test_read ("test_write.dir", TREXIO_TEXT);
|
||||
rc = system("rm -rf test_write.dir");
|
||||
// rc = system("rm -rf test_write.dir");
|
||||
assert (rc == 0);
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
@ -93,11 +93,21 @@ int test_write(const char* file_name, const back_end_t backend) {
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_coord(file,coord);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
if (backend == TREXIO_HDF5) rc = trexio_write_nucleus_label(file,labelxxx, 32);
|
||||
rc = trexio_write_nucleus_label(file,labelxxx, 32);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
if (backend == TREXIO_HDF5) rc = trexio_write_nucleus_point_group(file, sym, 32);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
// close current session
|
||||
rc = trexio_close(file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
/*
|
||||
// open file in 'write' mode
|
||||
file = trexio_open(file_name, 'w', backend);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
|
||||
// check if the written data exists in the file
|
||||
rc = trexio_has_nucleus_num(file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
@ -133,6 +143,7 @@ int test_write(const char* file_name, const back_end_t backend) {
|
||||
// close current session
|
||||
rc = trexio_close(file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
*/
|
||||
|
||||
/*================= END OF TEST ==================*/
|
||||
|
||||
|
@ -63,6 +63,6 @@ for fname in files_todo['dset_str']:
|
||||
|
||||
# populate group-related functions with mixed (iterative+recursive) scheme [text backend]
|
||||
for fname in files_todo['group']:
|
||||
special_populate_text_group(fname, template_paths, group_dict, detailed_dsets_nostr, detailed_nums)
|
||||
special_populate_text_group(fname, template_paths, group_dict, detailed_dsets, detailed_nums)
|
||||
|
||||
# --------------------------------------------------------------------------- #
|
||||
|
@ -43,7 +43,7 @@ def get_files_todo(source_files: dict) -> dict:
|
||||
files_todo[key] = list(filter(lambda x: key in x, files_todo['all']))
|
||||
|
||||
files_todo['group'].append('struct_text_group_dset.h')
|
||||
# files that correspond to todo1 group (e.g. only iterative population within the function body)
|
||||
# files that correspond to iterative population (e.g. the code is repeated within the function body but the function itself is unique)
|
||||
files_todo['auxiliary'] = ['def_hdf5.c', 'basic_hdf5.c', 'basic_text_group.c', 'struct_hdf5.h', 'struct_text_group.h']
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||||
|
||||
return files_todo
|
||||
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