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https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-08-25 06:31:43 +02:00
Merge branch 'master' of github.com:TREX-CoE/trexio into generator-1
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4c40b33d1b
22
src/trexio.c
22
src/trexio.c
@ -245,16 +245,13 @@ trexio_exit_code trexio_read_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord) {
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_coord = nucleus_num*3;
|
||||
if (dim_coord < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
uint32_t rank = 2;
|
||||
uint64_t dims[2] = {nucleus_num, 3};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_coord(file, coord, (uint64_t) dim_coord);
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_coord(file, coord, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -278,16 +275,13 @@ trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, const double* coord)
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_coord = nucleus_num*3;
|
||||
if (dim_coord < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
uint32_t rank = 2;
|
||||
uint64_t dims[2] = {nucleus_num, 3};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_coord(file, coord, (uint64_t) dim_coord);
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_coord(file, coord, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -311,13 +305,13 @@ trexio_exit_code trexio_read_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge) {
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_charge = nucleus_num;
|
||||
if (dim_charge < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
uint32_t rank = 1;
|
||||
uint64_t dims[1] = {nucleus_num};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_charge(file, charge, (uint64_t) dim_charge);
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_charge(file, charge, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -341,13 +335,13 @@ trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, const double* charg
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_charge = nucleus_num;
|
||||
if (dim_charge < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
uint32_t rank = 1;
|
||||
uint64_t dims[1] = {nucleus_num};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_charge(file, charge, (uint64_t) dim_charge);
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_charge(file, charge, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
|
@ -410,16 +410,13 @@ trexio_exit_code trexio_read_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord) {
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_coord = nucleus_num*3;
|
||||
if (dim_coord < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
uint32_t rank = 2;
|
||||
uint64_t dims[2] = {nucleus_num, 3};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_coord(file, coord, (uint64_t) dim_coord);
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_coord(file, coord, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -443,16 +440,13 @@ trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, const double* coord)
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_coord = nucleus_num*3;
|
||||
if (dim_coord < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
uint32_t rank = 2;
|
||||
uint64_t dims[2] = {nucleus_num, 3};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_coord(file, coord, (uint64_t) dim_coord);
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_coord(file, coord, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -484,13 +478,13 @@ trexio_exit_code trexio_read_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge) {
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_charge = nucleus_num;
|
||||
if (dim_charge < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
uint32_t rank = 1;
|
||||
uint64_t dims[1] = {nucleus_num};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_charge(file, charge, (uint64_t) dim_charge);
|
||||
return trexio_text_read_nucleus_charge(file, charge, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
@ -514,13 +508,13 @@ trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, const double* charg
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_read_nucleus_num(file, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
int64_t dim_charge = nucleus_num;
|
||||
if (dim_charge < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
uint32_t rank = 1;
|
||||
uint64_t dims[1] = {nucleus_num};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_charge(file, charge, (uint64_t) dim_charge);
|
||||
return trexio_text_write_nucleus_charge(file, charge, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
|
@ -108,7 +108,9 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
nucleus->file = NULL;
|
||||
nucleus->num = 0;
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
nucleus->dims_coord = NULL;
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
nucleus->dims_charge = NULL;
|
||||
nucleus->to_flush = 0;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If the file does not exist, return */
|
||||
@ -134,23 +136,55 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
int rc;
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_charge") == 0);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "rank_charge") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dim_charge));
|
||||
rc = fscanf(f, "%u", &(nucleus->rank_charge));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
nucleus->dims_charge = (uint64_t*) calloc(nucleus->rank_charge, sizeof(uint64_t));
|
||||
assert (nucleus->dims_charge != NULL);
|
||||
|
||||
uint64_t size_charge = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_charge; i++){
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
//assert (strcmp(buffer, "dims_charge") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dims_charge[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
size_charge *= nucleus->dims_charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_coord") == 0);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "rank_coord") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dim_coord));
|
||||
rc = fscanf(f, "%u", &(nucleus->rank_coord));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
nucleus->dims_coord = (uint64_t*) calloc(nucleus->rank_coord, sizeof(uint64_t));
|
||||
assert (nucleus->dims_coord != NULL);
|
||||
|
||||
uint64_t size_coord = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_coord; i++){
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
//assert (strcmp(buffer, "dims_coord") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dims_coord[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
size_coord *= nucleus->dims_coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->dim_charge, sizeof(double));
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(size_charge, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(nucleus->dim_coord, sizeof(double));
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(size_coord, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
/* Read data */
|
||||
@ -165,7 +199,7 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "charge") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_charge ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_charge ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(nucleus->charge[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
@ -174,7 +208,7 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "coord") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_coord ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_coord ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(nucleus->coord[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
@ -208,18 +242,31 @@ trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file) {
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
fprintf(f, "dim_charge %ld\n", nucleus->dim_charge);
|
||||
fprintf(f, "dim_coord %ld\n", nucleus->dim_coord );
|
||||
fprintf(f, "rank_charge %d\n", nucleus->rank_charge);
|
||||
|
||||
uint64_t size_charge = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_charge; i++){
|
||||
fprintf(f, "dims_charge[%d] %ld\n", i, nucleus->dims_charge[i]);
|
||||
size_charge *= nucleus->dims_charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "rank_coord %d\n", nucleus->rank_coord);
|
||||
|
||||
uint64_t size_coord = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_coord; i++){
|
||||
fprintf(f, "dims_coord[%d] %ld\n", i, nucleus->dims_coord[i]);
|
||||
size_coord *= nucleus->dims_coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", nucleus->num);
|
||||
fprintf(f, "charge\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_charge ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_charge ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->charge[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "coord\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_coord ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_coord ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->coord[i]);
|
||||
}
|
||||
fflush(f);
|
||||
@ -245,11 +292,21 @@ trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
nucleus->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->dims_coord != NULL) {
|
||||
free (nucleus->dims_coord);
|
||||
nucleus->dims_coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) {
|
||||
free (nucleus->coord);
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->dims_charge != NULL) {
|
||||
free (nucleus->dims_charge);
|
||||
nucleus->dims_charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) {
|
||||
free (nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
@ -289,7 +346,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint6
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint64_t dim_coord) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
@ -297,9 +354,15 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* co
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_coord != nucleus->dim_coord) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
if (rank != nucleus->rank_coord) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_coord ; i++) {
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<rank; i++){
|
||||
if (dims[i] != nucleus->dims_coord[i]) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -307,7 +370,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* co
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint64_t dim_coord) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
@ -321,10 +384,23 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const dou
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->dim_coord = dim_coord;
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(dim_coord, sizeof(double));
|
||||
if (nucleus->dims_coord != NULL) {
|
||||
free(nucleus->dims_coord);
|
||||
nucleus->dims_coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_coord ; i++) {
|
||||
nucleus->rank_coord = rank;
|
||||
nucleus->dims_coord = (uint64_t*) calloc(rank, sizeof(uint64_t));
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_coord; i++){
|
||||
nucleus->dims_coord[i] = dims[i];
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(dim_size, sizeof(double));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
nucleus->coord[i] = coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -332,7 +408,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const dou
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint64_t dim_charge) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
@ -340,9 +416,15 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* c
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_charge != nucleus->dim_charge) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
if (rank != nucleus->rank_charge) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_charge ; i++) {
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<rank; i++){
|
||||
if (dims[i] != nucleus->dims_charge[i]) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
charge[i] = nucleus->charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -350,7 +432,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* c
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint64_t dim_charge) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
@ -364,10 +446,24 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const do
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->dim_charge = dim_charge;
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(dim_charge, sizeof(double));
|
||||
if (nucleus->dims_charge != NULL) {
|
||||
free(nucleus->dims_charge);
|
||||
nucleus->dims_charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_charge ; i++) {
|
||||
nucleus->rank_charge = rank;
|
||||
|
||||
nucleus->dims_charge = (uint64_t*) calloc(rank, sizeof(uint64_t));
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_charge; i++){
|
||||
nucleus->dims_charge[i] = dims[i];
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(dim_size, sizeof(double));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
nucleus->charge[i] = charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
@ -22,11 +22,13 @@
|
||||
|
||||
typedef struct nucleus_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
uint64_t dim_coord;
|
||||
uint64_t dim_charge;
|
||||
double* coord;
|
||||
double* charge;
|
||||
uint64_t num;
|
||||
uint64_t* dims_charge;
|
||||
uint64_t* dims_coord;
|
||||
uint32_t rank_charge;
|
||||
uint32_t rank_coord;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} nucleus_t;
|
||||
|
||||
@ -71,11 +73,11 @@ trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(trexio_text_t* file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint64_t dim_coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint64_t dim_coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint64_t dim_charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint64_t dim_charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
|
||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* file);
|
||||
|
||||
|
@ -55,11 +55,13 @@
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
typedef struct nucleus_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
uint64_t dim_coord;
|
||||
uint64_t dim_charge;
|
||||
double* coord;
|
||||
double* charge;
|
||||
uint64_t num;
|
||||
uint64_t* dims_charge;
|
||||
uint64_t* dims_coord;
|
||||
uint32_t rank_charge;
|
||||
uint32_t rank_coord;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} nucleus_t;
|
||||
|
||||
@ -238,7 +240,9 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
nucleus->file = NULL;
|
||||
nucleus->num = 0;
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
nucleus->dims_coord = NULL;
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
nucleus->dims_charge = NULL;
|
||||
nucleus->to_flush = 0;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If the file does not exist, return */
|
||||
@ -264,23 +268,55 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
int rc;
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_charge") == 0);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "rank_charge") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dim_charge));
|
||||
rc = fscanf(f, "%u", &(nucleus->rank_charge));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
nucleus->dims_charge = (uint64_t*) calloc(nucleus->rank_charge, sizeof(uint64_t));
|
||||
assert (nucleus->dims_charge != NULL);
|
||||
|
||||
uint64_t size_charge = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_charge; i++){
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
//assert (strcmp(buffer, "dims_charge") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dims_charge[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
size_charge *= nucleus->dims_charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_coord") == 0);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "rank_coord") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dim_coord));
|
||||
rc = fscanf(f, "%u", &(nucleus->rank_coord));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
nucleus->dims_coord = (uint64_t*) calloc(nucleus->rank_coord, sizeof(uint64_t));
|
||||
assert (nucleus->dims_coord != NULL);
|
||||
|
||||
uint64_t size_coord = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_coord; i++){
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
//assert (strcmp(buffer, "dims_coord") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(nucleus->dims_coord[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
size_coord *= nucleus->dims_coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->dim_charge, sizeof(double));
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(size_charge, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(nucleus->dim_coord, sizeof(double));
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(size_coord, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
/* Read data */
|
||||
@ -295,7 +331,7 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "charge") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_charge ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_charge ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(nucleus->charge[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
@ -304,7 +340,7 @@ nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "coord") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_coord ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_coord ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(nucleus->coord[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
@ -346,18 +382,31 @@ trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file) {
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
fprintf(f, "dim_charge %ld\n", nucleus->dim_charge);
|
||||
fprintf(f, "dim_coord %ld\n", nucleus->dim_coord );
|
||||
fprintf(f, "rank_charge %d\n", nucleus->rank_charge);
|
||||
|
||||
uint64_t size_charge = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_charge; i++){
|
||||
fprintf(f, "dims_charge[%d] %ld\n", i, nucleus->dims_charge[i]);
|
||||
size_charge *= nucleus->dims_charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "rank_coord %d\n", nucleus->rank_coord);
|
||||
|
||||
uint64_t size_coord = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_coord; i++){
|
||||
fprintf(f, "dims_coord[%d] %ld\n", i, nucleus->dims_coord[i]);
|
||||
size_coord *= nucleus->dims_coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", nucleus->num);
|
||||
fprintf(f, "charge\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_charge ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_charge ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->charge[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "coord\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<nucleus->dim_coord ; i++) {
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_coord ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->coord[i]);
|
||||
}
|
||||
fflush(f);
|
||||
@ -393,11 +442,21 @@ trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(trexio_text_t* file) {
|
||||
nucleus->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->dims_coord != NULL) {
|
||||
free (nucleus->dims_coord);
|
||||
nucleus->dims_coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) {
|
||||
free (nucleus->coord);
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->dims_charge != NULL) {
|
||||
free (nucleus->dims_charge);
|
||||
nucleus->dims_charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) {
|
||||
free (nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
@ -452,12 +511,12 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint6
|
||||
The ~coord~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint64_t dim_coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint64_t dim_coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint64_t dim_coord) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
@ -465,9 +524,15 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* co
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_coord != nucleus->dim_coord) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
if (rank != nucleus->rank_coord) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_coord ; i++) {
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<rank; i++){
|
||||
if (dims[i] != nucleus->dims_coord[i]) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -475,7 +540,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* co
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint64_t dim_coord) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (coord == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
@ -489,10 +554,23 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const dou
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->dim_coord = dim_coord;
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(dim_coord, sizeof(double));
|
||||
if (nucleus->dims_coord != NULL) {
|
||||
free(nucleus->dims_coord);
|
||||
nucleus->dims_coord = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_coord ; i++) {
|
||||
nucleus->rank_coord = rank;
|
||||
nucleus->dims_coord = (uint64_t*) calloc(rank, sizeof(uint64_t));
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_coord; i++){
|
||||
nucleus->dims_coord[i] = dims[i];
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(dim_size, sizeof(double));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
nucleus->coord[i] = coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -505,12 +583,12 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const dou
|
||||
The ~charge~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint64_t dim_charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint64_t dim_charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint64_t dim_charge) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
@ -518,9 +596,15 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* c
|
||||
nucleus_t* nucleus = trexio_text_read_nucleus((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (nucleus == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_charge != nucleus->dim_charge) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
if (rank != nucleus->rank_charge) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_charge ; i++) {
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<rank; i++){
|
||||
if (dims[i] != nucleus->dims_charge[i]) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
charge[i] = nucleus->charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -528,7 +612,7 @@ trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* c
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint64_t dim_charge) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (charge == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
@ -542,10 +626,24 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const do
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->dim_charge = dim_charge;
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(dim_charge, sizeof(double));
|
||||
if (nucleus->dims_charge != NULL) {
|
||||
free(nucleus->dims_charge);
|
||||
nucleus->dims_charge = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_charge ; i++) {
|
||||
nucleus->rank_charge = rank;
|
||||
|
||||
nucleus->dims_charge = (uint64_t*) calloc(rank, sizeof(uint64_t));
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (uint i=0; i<nucleus->rank_charge; i++){
|
||||
nucleus->dims_charge[i] = dims[i];
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(dim_size, sizeof(double));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
nucleus->charge[i] = charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
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