mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
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parent
a9a00e8bec
commit
3ac1f8f135
71
src/trexio.c
71
src/trexio.c
@ -31,6 +31,7 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
|||||||
|
|
||||||
trexio_t* result = NULL;
|
trexio_t* result = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Allocate data structures */
|
||||||
switch (back_end) {
|
switch (back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
case TREXIO_TEXT:
|
case TREXIO_TEXT:
|
||||||
@ -47,8 +48,10 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
|||||||
*/
|
*/
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
/* TODO: Error handling */
|
assert (result != NULL); /* TODO: Error handling */
|
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assert (result != NULL);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Data for the parent type */
|
||||||
|
|
||||||
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
||||||
strcpy(result->file_name, file_name);
|
strcpy(result->file_name, file_name);
|
||||||
@ -57,7 +60,11 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
|||||||
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||||
assert (irc == 0);
|
assert (irc == 0);
|
||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code rc = TREXIO_FAILURE;
|
trexio_exit_code rc;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Back end initialization */
|
||||||
|
|
||||||
|
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
switch (back_end) {
|
switch (back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
@ -76,6 +83,31 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return NULL;
|
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/* File locking */
|
||||||
|
|
||||||
|
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
|
switch (back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_TEXT:
|
||||||
|
rc = trexio_text_lock(result);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_HDF5:
|
||||||
|
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
rc = trexio_hdf5_lock(result);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_JSON:
|
||||||
|
rc = trexio_json_lock(result);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
return result;
|
return result;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -85,6 +117,7 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
|||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code rc;
|
trexio_exit_code rc;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Terminate the back end */
|
||||||
switch (file->back_end) {
|
switch (file->back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
case TREXIO_TEXT:
|
case TREXIO_TEXT:
|
||||||
@ -106,14 +139,42 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
|||||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||||
return TREXIO_FAILURE;
|
return TREXIO_FAILURE;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/* File unlocking */
|
||||||
|
|
||||||
|
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
|
switch (file->back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_TEXT:
|
||||||
|
rc = trexio_text_unlock(file);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_HDF5:
|
||||||
|
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
rc = trexio_hdf5_unlock(file);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_JSON:
|
||||||
|
rc = trexio_json_unlock(file);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Terminate front end */
|
||||||
|
|
||||||
free(file->file_name);
|
free(file->file_name);
|
||||||
file->file_name = NULL;
|
file->file_name = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
||||||
assert (irc == 0);
|
|
||||||
|
|
||||||
free(file);
|
free(file);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (irc != 0) return TREXIO_ERRNO;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
@ -21,6 +21,7 @@ typedef int32_t trexio_exit_code;
|
|||||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
||||||
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
||||||
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
||||||
|
#define TREXIO_ERRNO ( (trexio_exit_code) 12 )
|
||||||
|
|
||||||
typedef int32_t back_end_t;
|
typedef int32_t back_end_t;
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -78,6 +78,7 @@ typedef int32_t trexio_exit_code;
|
|||||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
||||||
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
||||||
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
||||||
|
#define TREXIO_ERRNO ( (trexio_exit_code) 12 )
|
||||||
#+end_src
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
** Back ends
|
** Back ends
|
||||||
@ -168,6 +169,7 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
|||||||
|
|
||||||
trexio_t* result = NULL;
|
trexio_t* result = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Allocate data structures */
|
||||||
switch (back_end) {
|
switch (back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
case TREXIO_TEXT:
|
case TREXIO_TEXT:
|
||||||
@ -184,8 +186,10 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
|||||||
,*/
|
,*/
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
/* TODO: Error handling */
|
assert (result != NULL); /* TODO: Error handling */
|
||||||
assert (result != NULL);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Data for the parent type */
|
||||||
|
|
||||||
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
||||||
strcpy(result->file_name, file_name);
|
strcpy(result->file_name, file_name);
|
||||||
@ -194,7 +198,11 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
|||||||
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||||
assert (irc == 0);
|
assert (irc == 0);
|
||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code rc = TREXIO_FAILURE;
|
trexio_exit_code rc;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Back end initialization */
|
||||||
|
|
||||||
|
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
switch (back_end) {
|
switch (back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
@ -213,6 +221,31 @@ trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t b
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return NULL;
|
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/* File locking */
|
||||||
|
|
||||||
|
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
|
switch (back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_TEXT:
|
||||||
|
rc = trexio_text_lock(result);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_HDF5:
|
||||||
|
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
rc = trexio_hdf5_lock(result);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_JSON:
|
||||||
|
rc = trexio_json_lock(result);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
,*/
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
return result;
|
return result;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
#+end_src
|
#+end_src
|
||||||
@ -230,6 +263,7 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
|||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code rc;
|
trexio_exit_code rc;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Terminate the back end */
|
||||||
switch (file->back_end) {
|
switch (file->back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
case TREXIO_TEXT:
|
case TREXIO_TEXT:
|
||||||
@ -251,14 +285,42 @@ trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
|||||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||||
return TREXIO_FAILURE;
|
return TREXIO_FAILURE;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/* File unlocking */
|
||||||
|
|
||||||
|
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
|
switch (file->back_end) {
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_TEXT:
|
||||||
|
rc = trexio_text_unlock(file);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_HDF5:
|
||||||
|
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
rc = trexio_hdf5_unlock(file);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case TREXIO_JSON:
|
||||||
|
rc = trexio_json_unlock(file);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
,*/
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Terminate front end */
|
||||||
|
|
||||||
free(file->file_name);
|
free(file->file_name);
|
||||||
file->file_name = NULL;
|
file->file_name = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
||||||
assert (irc == 0);
|
|
||||||
|
|
||||||
free(file);
|
free(file);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (irc != 0) return TREXIO_ERRNO;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -618,5 +680,4 @@ trexio_exit_code trexio_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* file, const int64_t o
|
|||||||
- [ ] Error handling with errno
|
- [ ] Error handling with errno
|
||||||
- [ ] HDF5 back-end
|
- [ ] HDF5 back-end
|
||||||
- [ ] JSON back-end
|
- [ ] JSON back-end
|
||||||
- [ ] File locking with flock
|
|
||||||
- [ ] Caching of the struct saving last modification date in structs
|
- [ ] Caching of the struct saving last modification date in structs
|
||||||
|
@ -526,7 +526,7 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint6
|
|||||||
|
|
||||||
if (nucleus->num != 0) {
|
if (nucleus->num != 0) {
|
||||||
printf("%ld -> %ld %s \n", num, nucleus->num,
|
printf("%ld -> %ld %s \n", num, nucleus->num,
|
||||||
"This variable alreasy exists. Overwriting it is not supported");
|
"This variable already exists. Overwriting it is not supported");
|
||||||
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
trexio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||||
return TREXIO_FAILURE;
|
return TREXIO_FAILURE;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
@ -38,7 +38,18 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
|||||||
assert (f->lock_file > 0);
|
assert (f->lock_file > 0);
|
||||||
free(file_name);
|
free(file_name);
|
||||||
|
|
||||||
/* Lock the directory for the current process */
|
f->nucleus = NULL;
|
||||||
|
f->electron= NULL;
|
||||||
|
f->rdm = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file) {
|
||||||
|
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||||
|
|
||||||
|
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||||
|
|
||||||
struct flock fl;
|
struct flock fl;
|
||||||
|
|
||||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||||
@ -50,20 +61,12 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
|||||||
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
||||||
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
||||||
|
|
||||||
trexio_text_t* f_child = (trexio_text_t*) file;
|
|
||||||
|
|
||||||
f_child->nucleus = NULL;
|
|
||||||
f_child->electron= NULL;
|
|
||||||
f_child->rdm = NULL;
|
|
||||||
|
|
||||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
||||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||||
|
|
||||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
|
||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code rc;
|
trexio_exit_code rc;
|
||||||
rc = trexio_text_free_nucleus( (trexio_text_t*) file);
|
rc = trexio_text_free_nucleus( (trexio_text_t*) file);
|
||||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||||
@ -71,7 +74,14 @@ trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
|||||||
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
||||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||||
|
|
||||||
/* Release lock */
|
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file) {
|
||||||
|
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||||
|
|
||||||
|
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||||
|
|
||||||
struct flock fl;
|
struct flock fl;
|
||||||
|
|
||||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||||
|
@ -56,8 +56,12 @@ typedef struct trexio_text_s {
|
|||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file);
|
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file);
|
||||||
|
|
||||||
|
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file);
|
||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
|
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
|
||||||
|
|
||||||
|
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file);
|
||||||
|
|
||||||
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file);
|
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file);
|
||||||
|
|
||||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file);
|
trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file);
|
||||||
|
@ -136,7 +136,25 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
|||||||
assert (f->lock_file > 0);
|
assert (f->lock_file > 0);
|
||||||
free(file_name);
|
free(file_name);
|
||||||
|
|
||||||
/* Lock the directory for the current process */
|
f->nucleus = NULL;
|
||||||
|
f->electron= NULL;
|
||||||
|
f->rdm = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src c :tangle trexio_text.h
|
||||||
|
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file);
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src c :tangle trexio_text.c
|
||||||
|
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file) {
|
||||||
|
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||||
|
|
||||||
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trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
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||||||
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||||||
struct flock fl;
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struct flock fl;
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||||||
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||||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
fl.l_type = F_WRLCK;
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||||||
@ -148,12 +166,6 @@ trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
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|||||||
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
||||||
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
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||||||
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||||||
trexio_text_t* f_child = (trexio_text_t*) file;
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f_child->nucleus = NULL;
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f_child->electron= NULL;
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f_child->rdm = NULL;
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||||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
return TREXIO_SUCCESS;
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}
|
}
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||||||
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@ -168,8 +180,6 @@ trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
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|||||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
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||||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||||
|
|
||||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
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||||||
|
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||||||
trexio_exit_code rc;
|
trexio_exit_code rc;
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||||||
rc = trexio_text_free_nucleus( (trexio_text_t*) file);
|
rc = trexio_text_free_nucleus( (trexio_text_t*) file);
|
||||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||||
@ -177,7 +187,20 @@ trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
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|||||||
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
||||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
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||||||
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||||||
/* Release lock */
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return TREXIO_SUCCESS;
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}
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#+end_src
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#+begin_src c :tangle trexio_text.h
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trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file);
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#+end_src
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#+begin_src c :tangle trexio_text.c
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||||||
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trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file) {
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||||||
|
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
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|
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||||||
|
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
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||||||
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struct flock fl;
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struct flock fl;
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||||||
fl.l_type = F_WRLCK;
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fl.l_type = F_WRLCK;
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