mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-12-31 16:45:59 +01:00
Merge pull request #27 from TREX-CoE/generator-1
implemented templates and generator
This commit is contained in:
Evgeny Posenitskiy
GitHub
commit
3428657560
62
src/build_trex.sh
Executable file
62
src/build_trex.sh
Executable file
@ -0,0 +1,62 @@
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||||
#!/bin/bash
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|
||||
if [[ $(basename $PWD) != "src" ]] ; then
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echo "This script should run in the src directory"
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exit -1
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fi
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# We want the script to crash on the 1st error:
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set -e
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echo "create populated directories"
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mkdir -p templates_front/populated
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mkdir -p templates_text/populated
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mkdir -p templates_hdf5/populated
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# It is important to ad '--' to rm because it tells rm that what follows are
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# not options. It is safer.
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||||
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echo "remove existing templates"
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rm -- templates_front/*.{c,h}
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rm -- templates_text/*.{c,h}
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rm -- templates_hdf5/*.{c,h}
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||||
echo "clean populated directories"
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||||
rm -- templates_front/populated/*
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||||
rm -- templates_text/populated/*
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rm -- templates_hdf5/populated/*
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||||
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||||
echo "tangle org files to generate templates"
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||||
cd templates_front
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||||
emacs --batch --eval "(require 'org)" --eval '(org-babel-tangle-file "templator_front.org")'
|
||||
cd ..
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||||
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||||
cd templates_text
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||||
emacs --batch --eval "(require 'org)" --eval '(org-babel-tangle-file "templator_text.org")'
|
||||
cd ..
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||||
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||||
cd templates_hdf5
|
||||
emacs --batch --eval "(require 'org)" --eval '(org-babel-tangle-file "templator_hdf5.org")'
|
||||
cd ..
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||||
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||||
echo "run generator script to populate templates"
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||||
python3 generator.py
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sleep 2
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echo "compile populated files in the lib source files "
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cd templates_front
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source build.sh
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||||
cp trexio* ../
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||||
cd ..
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||||
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||||
cd templates_text
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||||
source build.sh
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||||
cp trexio* ../
|
||||
cd ..
|
||||
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||||
cd templates_hdf5
|
||||
source build.sh
|
||||
cp trexio* ../
|
||||
cd ..
|
||||
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||||
358
src/generator.py
Normal file
358
src/generator.py
Normal file
@ -0,0 +1,358 @@
|
||||
import json
|
||||
|
||||
from os import listdir, scandir, remove
|
||||
from os.path import isfile, join, dirname, abspath
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||||
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||||
fileDir = dirname(abspath(__file__))
|
||||
parentDir = dirname(fileDir)
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||||
with open(join(parentDir,'trex.json'), 'r') as f:
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||||
config0 = json.load(f)
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||||
print('Metadata I/O currently not supported')
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||||
# TODO, for now remove metadata-related stuff
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del config0['metadata']
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config = {}
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||||
for k,v in config0.items():
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||||
if k == 'nucleus' or k == 'ecp':
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||||
#if k == 'nucleus':
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||||
config[k] = v
|
||||
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||||
#print(config)
|
||||
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||||
groups = [group for group in config.keys()]
|
||||
|
||||
dim_variables = {}
|
||||
dim_list = []
|
||||
dim_dict = {}
|
||||
for k1,v1 in config.items():
|
||||
grname = k1
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||||
for v2 in v1.values():
|
||||
for dim in v2[1]:
|
||||
if not dim.isdigit():
|
||||
tmp = dim.replace('.','_')
|
||||
dim_variables[tmp] = 0
|
||||
if dim not in dim_list:
|
||||
dim_list.append(tmp)
|
||||
|
||||
dim_dict[grname] = dim_list
|
||||
dim_list = []
|
||||
|
||||
#print(dim_variables)
|
||||
#print(dim_dict)
|
||||
|
||||
datasets = {}
|
||||
numbers = {}
|
||||
for k1,v1 in config.items():
|
||||
for k2,v2 in v1.items():
|
||||
if len(v2[1]) > 0:
|
||||
datasets[f'{k1}_{k2}'] = v2
|
||||
else:
|
||||
var_name = f'{k1}_{k2}'
|
||||
if var_name not in dim_variables.keys():
|
||||
numbers[var_name] = v2[0]
|
||||
|
||||
print('Strings I/O currently not supported')
|
||||
# TODO, for now remove char-related stuff
|
||||
datasets_nostr = {}
|
||||
for k,v in datasets.items():
|
||||
tmp_dict = {}
|
||||
if 'char' not in v[0]:
|
||||
if v[0] == 'float':
|
||||
datatype = 'double'
|
||||
elif v[0] == 'int':
|
||||
datatype = 'int64_t'
|
||||
tmp_dict['dtype'] = datatype
|
||||
tmp_dict['dims'] = [dim.replace('.','_') for dim in v[1]]
|
||||
tmp_dict['rank'] = len(v[1])
|
||||
dim_str = tmp_dict['dims'][0]
|
||||
if tmp_dict['rank'] > 1:
|
||||
for i in range(1, tmp_dict['rank']):
|
||||
dim_toadd = tmp_dict['dims'][i]
|
||||
dim_str += f', {dim_toadd}'
|
||||
tmp_dict['dim_list'] = dim_str
|
||||
datasets_nostr[k] = tmp_dict
|
||||
|
||||
#print(datasets_nostr['nucleus_coord'])
|
||||
|
||||
#put also dimensioning variables in numbers
|
||||
numbers.update(dim_variables)
|
||||
print(numbers)
|
||||
|
||||
templ_path_text = join(fileDir,'templates_text')
|
||||
templ_path_hdf5 = join(fileDir,'templates_hdf5')
|
||||
templ_path_front = join(fileDir,'templates_front')
|
||||
|
||||
#clean the populated/ directory
|
||||
#for popdir in [templ_path_front, templ_path_front, templ_path_text]:
|
||||
# cleandir = join(popdir, 'populated')
|
||||
# for f in scandir(cleandir):
|
||||
# remove(f.path)
|
||||
|
||||
files_exclude = ['prefix_hdf5.c', 'prefix_hdf5.h', 'suffix_hdf5.h',
|
||||
'prefix_text.c', 'prefix_text.h', 'suffix_text.h',
|
||||
'prefix_front.c', 'prefix_front.h', 'suffix_front.h',
|
||||
'prefix_s_front.h', 'suffix_s_front.h',
|
||||
'templator_front.org', 'templator_hdf5.org', 'templator_text.org']
|
||||
|
||||
files_text = [f for f in listdir(templ_path_text) if isfile(join(templ_path_text, f)) and f not in files_exclude]
|
||||
files_hdf5 = [f for f in listdir(templ_path_hdf5) if isfile(join(templ_path_hdf5, f)) and f not in files_exclude]
|
||||
files_front = [f for f in listdir(templ_path_front) if isfile(join(templ_path_front, f)) and f not in files_exclude]
|
||||
|
||||
files = files_text + files_hdf5 + files_front
|
||||
|
||||
files_funcs = [f for f in files if 'read_' in f or 'write_' in f or 'flush_' in f or 'free_' in f or 'rw_' in f ]
|
||||
files_funcs_dsets = [f for f in files_funcs if 'dset' in f]
|
||||
files_funcs_nums = [f for f in files_funcs if 'num' in f]
|
||||
files_funcs_groups = [f for f in files_funcs if 'group' in f]
|
||||
|
||||
files_funcs_groups.append('struct_text_group_dset.h')
|
||||
#print(files_funcs_groups)
|
||||
|
||||
files_auxil = [f for f in files if not ('read_' in f or 'write_' in f or 'rw_' in f)]
|
||||
|
||||
# build files with functions for text groups
|
||||
|
||||
for fname in files_funcs_groups:
|
||||
fname_new = join('populated',f'pop_{fname}')
|
||||
if '_text' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_text
|
||||
|
||||
groups_done = []
|
||||
for group in config.keys():
|
||||
|
||||
grname = group.split('_')[0]
|
||||
if grname in groups_done:
|
||||
continue
|
||||
else:
|
||||
groups_done.append(grname)
|
||||
|
||||
subloop = False
|
||||
do_dset = False
|
||||
do_num = False
|
||||
loop_body = ''
|
||||
with open(join(templ_path,fname), 'r') as f_in :
|
||||
with open(join(templ_path,fname_new), 'a') as f_out :
|
||||
for line in f_in :
|
||||
|
||||
if 'END REPEAT' in line:
|
||||
|
||||
if do_dset:
|
||||
for dset,params in datasets_nostr.items():
|
||||
dset_grname = dset.split('_')[0]
|
||||
if dset_grname != grname:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
templine1 = loop_body.replace('$group_dset$', dset)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$group$', grname)
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group_dset_dtype$', params['dtype'])
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
|
||||
if params['dtype'] == 'double':
|
||||
std_dtype = 'lf'
|
||||
elif params['dtype'] == 'int64_t':
|
||||
std_dtype = 'ld'
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group_dset_std_dtype$', std_dtype)
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
elif do_num:
|
||||
#for dim in dim_variables.keys():
|
||||
for dim in numbers.keys():
|
||||
|
||||
num_grname = dim.split('_')[0]
|
||||
if num_grname != grname:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
templine1 = loop_body.replace('$group_num$', dim)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$group$', grname)
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
else:
|
||||
print('fishy')
|
||||
|
||||
#print(loop_body)
|
||||
loop_body = ''
|
||||
subloop = False
|
||||
do_dset = False
|
||||
do_num = False
|
||||
continue
|
||||
|
||||
if subloop:
|
||||
loop_body += line
|
||||
|
||||
if 'START REPEAT' in line:
|
||||
if 'GROUP_DSET' in line:
|
||||
do_dset = True
|
||||
if 'GROUP_NUM' in line:
|
||||
do_num = True
|
||||
subloop = True
|
||||
|
||||
if '$group_dset' in line and not subloop:
|
||||
for dset,params in datasets_nostr.items():
|
||||
|
||||
dset_grname = dset.split('_')[0]
|
||||
if dset_grname != grname:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
templine1 = line.replace('$group_dset$', dset)
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group_dset_dtype$', params['dtype'])
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group$', grname)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$GROUP$', grname.upper())
|
||||
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
elif '$group_num' in line and not subloop:
|
||||
#for dim in dim_variables.keys():
|
||||
for dim in numbers.keys():
|
||||
num_grname = dim.split('_')[0]
|
||||
if num_grname != grname:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
templine1 = line.replace('$GROUP_NUM$', dim.upper())
|
||||
templine2 = templine1.replace('$group_num$', dim)
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group$', grname)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$GROUP$', grname.upper())
|
||||
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
|
||||
elif '$group$' in line and not subloop:
|
||||
|
||||
templine1 = line.replace('$group$', grname)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$GROUP$', grname.upper())
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
|
||||
elif not subloop:
|
||||
f_out.write(line)
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
# build files with functions
|
||||
for fname in files_funcs_dsets:
|
||||
fname_new = join('populated',f'pop_{fname}')
|
||||
if '_hdf5' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_hdf5
|
||||
if '_front' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_front
|
||||
if '_text' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_text
|
||||
|
||||
for dset,params in datasets_nostr.items():
|
||||
|
||||
grname = dset.split('_')[0]
|
||||
with open(join(templ_path,fname), 'r') as f_in :
|
||||
with open(join(templ_path,fname_new), 'a') as f_out :
|
||||
for line in f_in :
|
||||
if '$' in line:
|
||||
|
||||
if '$group_dset_dim$' in line:
|
||||
rc_line = ' if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;\n'
|
||||
for dim in params['dims']:
|
||||
if not dim.isdigit():
|
||||
templine1 = line.replace('$group_dset_dim$', dim)
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
if '_read' in templine2 and 'hdf5' in fname:
|
||||
templine1 = rc_line
|
||||
templine2 += templine1
|
||||
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
continue
|
||||
|
||||
templine1 = line.replace('$GROUP$_$GROUP_DSET$', dset.upper())
|
||||
templine2 = templine1.replace('$group$_$group_dset$', dset)
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group_dset$', dset)
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group_dset_dtype$', params['dtype'])
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
|
||||
if params['dtype'] == 'double':
|
||||
h5_dtype = 'double'
|
||||
elif params['dtype'] == 'int64_t':
|
||||
h5_dtype = 'long'
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group_dset_h5_dtype$', h5_dtype)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$group_dset_h5_dtype$'.upper(), h5_dtype.upper())
|
||||
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group_dset_rank$', str(params['rank']))
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group_dset_dim_list$', params['dim_list'])
|
||||
templine2 = templine1
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group$', grname)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$GROUP$', grname.upper())
|
||||
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
else:
|
||||
f_out.write(line)
|
||||
|
||||
# build files with functions
|
||||
for fname in files_funcs_nums:
|
||||
fname_new = join('populated',f'pop_{fname}')
|
||||
if '_hdf5' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_hdf5
|
||||
if '_front' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_front
|
||||
if '_text' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_text
|
||||
|
||||
for dim in dim_variables.keys():
|
||||
#for dim in numbers.keys():
|
||||
grname = dim.split('_')[0]
|
||||
with open(join(templ_path,fname), 'r') as f_in :
|
||||
with open(join(templ_path,fname_new), 'a') as f_out :
|
||||
for line in f_in :
|
||||
if '$' in line:
|
||||
templine1 = line.replace('$GROUP_NUM$', dim.upper())
|
||||
templine2 = templine1.replace('$group_num$', dim)
|
||||
|
||||
templine1 = templine2.replace('$group$', grname)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$GROUP$', grname.upper())
|
||||
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
else:
|
||||
f_out.write(line)
|
||||
|
||||
# build files with $group$ and $group$-based
|
||||
for fname in ['def_hdf5.c', 'basic_hdf5.c', 'basic_text_group.c',
|
||||
'struct_hdf5.h', 'struct_text_group.h'] :
|
||||
fname_new = join('populated',f'pop_{fname}')
|
||||
if '_hdf5' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_hdf5
|
||||
if '_front' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_front
|
||||
if '_text' in fname:
|
||||
templ_path = templ_path_text
|
||||
|
||||
with open(join(templ_path,fname), 'r') as f_in :
|
||||
with open(join(templ_path,fname_new), 'a') as f_out :
|
||||
for line in f_in :
|
||||
if '$group_dset$' in line or '$GROUP_DSET$' in line :
|
||||
for dset in datasets_nostr.keys():
|
||||
templine1 = line.replace('$GROUP$_$GROUP_DSET$', dset.upper())
|
||||
templine2 = templine1.replace('$group_dset$', dset)
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
elif '$group_num$' in line or '$GROUP_NUM$' in line :
|
||||
for num in dim_variables.keys():
|
||||
#for num in numbers.keys():
|
||||
templine1 = line.replace('$GROUP_NUM$', num.upper())
|
||||
templine2 = templine1.replace('$group_num$', num)
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
elif '$group$' in line or '$GROUP$' in line :
|
||||
for grname in config.keys():
|
||||
templine1 = line.replace('$group$', grname)
|
||||
templine2 = templine1.replace('$GROUP$', grname.upper())
|
||||
f_out.write(templine2)
|
||||
else:
|
||||
f_out.write(line)
|
||||
|
||||
|
||||
15
src/templates_front/build.sh
Normal file
15
src/templates_front/build.sh
Normal file
@ -0,0 +1,15 @@
|
||||
#!/bin/bash
|
||||
|
||||
DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" &> /dev/null && pwd )"
|
||||
|
||||
cat $DIR/prefix_front.c > trexio.c
|
||||
cat $DIR/prefix_front.h > trexio.h
|
||||
cat $DIR/prefix_s_front.h > trexio_s.h
|
||||
|
||||
cat $DIR/populated/pop_*.c >> trexio.c
|
||||
cat $DIR/populated/pop_*.h >> trexio.h
|
||||
|
||||
cat $DIR/suffix_s_front.h >> trexio_s.h
|
||||
cat $DIR/suffix_front.h >> trexio.h
|
||||
|
||||
|
||||
555
src/templates_front/templator_front.org
Normal file
555
src/templates_front/templator_front.org
Normal file
@ -0,0 +1,555 @@
|
||||
#+Title: Templator for frontend
|
||||
|
||||
* Constant file prefixes (not used by generator) :noxport:
|
||||
|
||||
** Prefixes
|
||||
|
||||
#+NAME:header
|
||||
#+begin_src c
|
||||
/* This file was generated from the trexio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trexio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TREXIO_H
|
||||
#define _TREXIO_H
|
||||
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include "trexio_s.h"
|
||||
#include "trexio_text.h"
|
||||
#include "trexio_hdf5.h"
|
||||
/*
|
||||
#include "trexio_json.h"
|
||||
,*/
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_s_front.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TREXIO_S_H
|
||||
#define _TREXIO_S_H
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
* Coding conventions
|
||||
|
||||
- integer types will be defined using types given in ~stdint.h~
|
||||
- pointers are always initialized to ~NULL~
|
||||
- when memory is freed, the pointer is set to ~NULL~
|
||||
- ~assert.h~ should be used extensively
|
||||
- variable names are in lower case
|
||||
- ~#define~ constants are in upper case
|
||||
- structs are suffixed by ~_s~
|
||||
- types are suffixed by ~_t~
|
||||
|
||||
** Memory allocation
|
||||
|
||||
Memory allocation of structures can be facilitated by using the
|
||||
following macro, which ensures that the size of the allocated
|
||||
object is the same as the size of the data type pointed by the pointer.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_private.h
|
||||
#define MALLOC(T) (T*) malloc (sizeof(T));
|
||||
#define CALLOC(N,T) (T*) calloc ((N),sizeof(T));
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
When a pointer is freed, it should be set to ~NULL~.
|
||||
This can be facilitated by the use of the following macro:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trexio_private.h
|
||||
#define FREE(X) { free(X) ; (X)=NULL; }
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
* Front end
|
||||
|
||||
All calls to TREXIO are thread-safe.
|
||||
|
||||
|
||||
** Error handling
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h
|
||||
typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
|
||||
#define TREXIO_FAILURE ( (trexio_exit_code) -1 )
|
||||
#define TREXIO_SUCCESS ( (trexio_exit_code) 0 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_1 ( (trexio_exit_code) 1 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_2 ( (trexio_exit_code) 2 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_3 ( (trexio_exit_code) 3 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_4 ( (trexio_exit_code) 4 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
||||
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
||||
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
||||
#define TREXIO_ERRNO ( (trexio_exit_code) 12 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ID ( (trexio_exit_code) 20 )
|
||||
#define TREXIO_ALLOCATION_FAILED ( (trexio_exit_code) 21 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_NUM ( (trexio_exit_code) 22 )
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Back ends
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h
|
||||
typedef int32_t back_end_t;
|
||||
|
||||
#define TREXIO_HDF5 ( (back_end_t) 0 )
|
||||
#define TREXIO_TEXT ( (back_end_t) 1 )
|
||||
#define TREXIO_JSON ( (back_end_t) 2 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_BACK_END ( (back_end_t) 3 )
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Read/write behavior
|
||||
|
||||
Every time a reading function is called, the data is read from the
|
||||
disk. If data needs to be cached, this is left to the user of the
|
||||
library.
|
||||
|
||||
Writing to TREXIO files is done with transactions (all-or-nothing
|
||||
effect) in a per-group fashion. File writes are attempted by
|
||||
calling explicitly the flush function, or when the TREXIO file is
|
||||
closed. If writing is impossible because the data is not valid, no
|
||||
data is written.
|
||||
|
||||
The order in which the data is written is not necessarily consistent
|
||||
with the order in which the function calls were made.
|
||||
|
||||
The TREXIO files are supposed to be opened by only one program at a
|
||||
time: if the same TREXIO file is modified simultaneously by multiple
|
||||
concurrent programs, the behavior is not specified.
|
||||
|
||||
** TREXIO file type
|
||||
|
||||
~trexio_s~ is the the main type for TREXIO files, visible to the users
|
||||
of the library. This type is kept opaque, and all modifications to
|
||||
the files will be necessarily done through the use of functions,
|
||||
taking such a type as argument.
|
||||
|
||||
File creation and opening functions will return /TREXIO file handles/,
|
||||
namely pointers to ~trexio_s~ types. All functions accessing to the
|
||||
TREXIO files will have as a first argument the TREXIO file handle.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h
|
||||
typedef struct trexio_s trexio_t;
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_s_front.h
|
||||
struct trexio_s {
|
||||
char* file_name;
|
||||
pthread_mutex_t thread_lock;
|
||||
back_end_t back_end;
|
||||
char mode;
|
||||
char padding[7]; /* Ensures the proper alignment of back-ends */
|
||||
};
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Polymorphism of the file handle
|
||||
|
||||
Polymorphism of the ~trexio_t~ type is handled by ensuring that the
|
||||
corresponding types for all back ends can be safely casted to
|
||||
~trexio_t~. This is done by making the back end structs start with
|
||||
~struct trexio_s~:
|
||||
|
||||
#+begin_src c
|
||||
struct trexio_back_end_s {
|
||||
trexio_t parent ;
|
||||
/* add below specific back end data */
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** File opening
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h
|
||||
trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t back_end);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.c
|
||||
trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t back_end) {
|
||||
|
||||
if (file_name == NULL) return NULL;
|
||||
if (file_name[0] == '\0') return NULL;
|
||||
|
||||
if (back_end < 0) return NULL;
|
||||
if (back_end >= TREXIO_INVALID_BACK_END) return NULL;
|
||||
|
||||
if (mode != 'r' && mode != 'w' && mode != 'a') return NULL;
|
||||
|
||||
trexio_t* result = NULL;
|
||||
|
||||
/* Allocate data structures */
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
result = (trexio_t*) malloc (sizeof(trexio_text_t));
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
result = (trexio_t*) malloc (sizeof(trexio_hdf5_t));
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
result = (trexio_t*) malloc (sizeof(trexio_json_t));
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (result != NULL); /* TODO: Error handling */
|
||||
|
||||
|
||||
/* Data for the parent type */
|
||||
|
||||
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
||||
strcpy(result->file_name, file_name);
|
||||
result->back_end = back_end;
|
||||
result->mode = mode;
|
||||
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
/* Back end initialization */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_init(result);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = trexio_hdf5_init(result);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_init(result);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
free(result->file_name);
|
||||
free(result);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* File locking */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_lock(result);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_lock(result);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
free(result->file_name);
|
||||
free(result);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return result;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** File closing
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
/* Terminate the back end */
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = trexio_hdf5_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
free(file->file_name);
|
||||
free(file);
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* File unlocking */
|
||||
|
||||
rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_unlock(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS;
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_unlock(file);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Terminate front end */
|
||||
|
||||
free(file->file_name);
|
||||
file->file_name = NULL;
|
||||
|
||||
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
||||
|
||||
free(file);
|
||||
|
||||
if (irc != 0) return TREXIO_ERRNO;
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
* Templates for front end
|
||||
|
||||
** Template for frontend read/write a number
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_num_front.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_$group_num$(trexio_t* file, int64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_$group_num$(trexio_t* file, const int64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_num_front.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_$group_num$(trexio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
uint64_t u_num = 0;
|
||||
trexio_exit_code rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_read_$group_num$(file, &u_num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_num$(file, &u_num);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc =trexio_json_read_$group_num$(file, &u_num);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
/**/ *num = (int64_t) u_num;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_num_front.c
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_$group_num$(trexio_t* file, const int64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num < 0 ) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc = TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_write_$group_num$(file, (uint64_t) num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = trexio_hdf5_write_$group_num$(file, (uint64_t) num);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_write_$group_num$(file, (uint64_t) num);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
}
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for frontend read/write a dataset
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_dset_front.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* file, $group_dset_dtype$* $group_dset$);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_dset_front.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* file, $group_dset_dtype$* $group_dset$) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
uint64_t $group_dset_dim$ = -1;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_read_$group_dset_dim$(file, &$group_dset_dim$);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_dset_dim$(file, &$group_dset_dim$);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_read_$group_dset_dim$(file, &$group_dset_dim$);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
if ($group_dset_dim$ <= 0L) return TREXIO_INVALID_NUM;
|
||||
|
||||
uint32_t rank = $group_dset_rank$;
|
||||
uint64_t dims[$group_dset_rank$] = {$group_dset_dim_list$};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_read_$group$_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_read_$group$_$group_dset$(file, $group_dset$);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_dset_front.c
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
uint64_t $group_dset_dim$ = -1;
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
rc = trexio_text_read_$group_dset_dim$(file, &$group_dset_dim$);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_dset_dim$(file, &$group_dset_dim$);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_read_$group_dset_dim$(file, &$group_dset_dim$);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
if ($group_dset_dim$ <= 0L) return TREXIO_INVALID_NUM;
|
||||
|
||||
uint32_t rank = $group_dset_rank$;
|
||||
uint64_t dims[$group_dset_rank$] = {$group_dset_dim_list$};
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_write_$group$_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_write_$group$_$group_dset$(file, $group_dset$, rank, dims);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_write_$group$_$group_dset$(file, $group_dset$);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
* Back ends
|
||||
|
||||
TREXIO has multiple possible back ends:
|
||||
|
||||
- HDF5: The most efficient back-end, by default
|
||||
- Text files: not to be used for production, but useful for debugging
|
||||
- JSON: for portability
|
||||
|
||||
* File suffixes :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle suffix_front.h
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle suffix_s_front.h
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
18
src/templates_hdf5/build.sh
Normal file
18
src/templates_hdf5/build.sh
Normal file
@ -0,0 +1,18 @@
|
||||
#!/bin/sh
|
||||
|
||||
cat prefix_hdf5.c > trexio_hdf5.c
|
||||
cat prefix_hdf5.h > trexio_hdf5.h
|
||||
|
||||
cat populated/pop_def_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_struct_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
|
||||
cat populated/pop_basic_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_read_dset_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_read_num_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_write_dset_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_write_num_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_rw_num_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
cat populated/pop_rw_dset_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
|
||||
cat suffix_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
|
||||
349
src/templates_hdf5/templator_hdf5.org
Normal file
349
src/templates_hdf5/templator_hdf5.org
Normal file
@ -0,0 +1,349 @@
|
||||
|
||||
#+Title: Templator for HDF5 backend
|
||||
|
||||
** Constant file prefixes (not used by generator) for HDF5 :noxport:
|
||||
|
||||
#+NAME:header
|
||||
#+begin_src c
|
||||
/* This file was generated from the org-mode file.
|
||||
To generate it, open templator_hdf5.org file in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_hdf5.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TREXIO_HDF5_H
|
||||
#define _TREXIO_HDF5_H
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include "trexio_s.h"
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
#include "hdf5.h"
|
||||
#include "hdf5_hl.h" // needed for high-level APIs like H5LT, requires additional linking in Makefile
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_hdf5.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#include "trexio_hdf5.h"
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 definitions
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle def_hdf5.c
|
||||
#define $GROUP$_GROUP_NAME "$group$"
|
||||
#define $GROUP_NUM$_NAME "$group_num$"
|
||||
#define $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME "$group_dset$"
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 structures
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle struct_hdf5.h
|
||||
|
||||
typedef struct trexio_hdf5_s {
|
||||
trexio_t parent ;
|
||||
hid_t file_id;
|
||||
hid_t $group$_group;
|
||||
const char* file_name;
|
||||
} trexio_hdf5_t;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 init/deinit
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_hdf5.c
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
/* If file doesn't exist, create it */
|
||||
int f_exists = 0;
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0) f_exists = 1;
|
||||
|
||||
if (f_exists == 1) {
|
||||
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
case 'r':
|
||||
// reading the existing file -> open as RDONLY
|
||||
f->file_id = H5Fopen(file->file_name, H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
case 'a':
|
||||
// appending the existing file -> open as RDWR
|
||||
f->file_id = H5Fopen(file->file_name, H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
case 'w':
|
||||
// writing the existing file -> overwrite it (_TRUNC) [_EXCL | H5F_ACC_DEBUG as an alternative]
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
// reading or appending non-existing file -> error
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
case 'w':
|
||||
// writing non-existing file -> create it
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_EXCL, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create or open groups in the hdf5 file assuming that they exist if file exists */
|
||||
switch (file->mode) {
|
||||
// the switch for 'r'/'a' is reached only if file exists
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
f->$group$_group = H5Gopen(f->file_id, $GROUP$_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gopen(f->file_id, ELECTRON_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
case 'w':
|
||||
f->$group$_group = H5Gcreate(f->file_id, $GROUP$_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gcreate(f->file_id, ELECTRON_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
assert (f->$group$_group > 0L);
|
||||
//assert (f->electron_group > 0L);
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* file) {
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
H5Gclose(f->$group$_group);
|
||||
f->$group$_group = 0;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
H5Gclose(f->electron_group);
|
||||
f->electron_group = 0;
|
||||
*/
|
||||
|
||||
H5Fclose(f->file_id);
|
||||
f->file_id = 0;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 read/write a number
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_num_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group_num$ (const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$ (const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_num_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group_num$ (const trexio_t* file, uint64_t* num) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (num != NULL);
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
/* Quit if the dimensioning attribute is missing in the file */
|
||||
if (H5Aexists(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME) == 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
/* Read the nucleus_num attribute of nucleus group */
|
||||
hid_t num_id = H5Aopen(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (num_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
herr_t status = H5Aread(num_id, H5T_NATIVE_ULLONG, num);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_num_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$ (const trexio_t* file, const uint64_t num) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (num > 0L);
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
hid_t num_id;
|
||||
herr_t status;
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
hid_t dtype = H5Tcopy(H5T_NATIVE_ULLONG);
|
||||
|
||||
if (H5Aexists(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME) == 0) {
|
||||
|
||||
hid_t dspace = H5Screate(H5S_SCALAR);
|
||||
|
||||
num_id = H5Acreate(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME, dtype, dspace,
|
||||
H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (num_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
status = H5Awrite(num_id, dtype, &(num));
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
uint64_t infile_num;
|
||||
trexio_exit_code rc = trexio_hdf5_read_$group_num$(file, &(infile_num));
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
if (infile_num != num) {
|
||||
|
||||
if (infile_num != 0) {
|
||||
printf("%ld -> %ld %s \n", num, infile_num,
|
||||
"This variable already exists. Overwriting it is not supported");
|
||||
H5Tclose(dtype);
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
num_id = H5Aopen(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (num_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
status = H5Awrite(num_id, dtype, &(num));
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
H5Aclose(num_id);
|
||||
H5Tclose(dtype);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 read/write a dataset
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_dset_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(const trexio_t* file, $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group$_$group_dset$(const trexio_t* file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_dset_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(const trexio_t* file, $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert ($group_dset$ != NULL);
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
herr_t status;
|
||||
int rrank;
|
||||
// get the rank of the dataset in a file
|
||||
status = H5LTget_dataset_ndims (f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
&rrank);
|
||||
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (rrank != (int) rank) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
// open the dataset to get its dimensions
|
||||
hid_t dset_id = H5Dopen(f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (dset_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
// allocate space for the dimensions to be read
|
||||
hsize_t* ddims = (hsize_t*) calloc( (int) rank, sizeof(hsize_t));
|
||||
if (ddims == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
// read dimensions from the existing dataset
|
||||
status = H5LDget_dset_dims(dset_id, ddims);
|
||||
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
free(ddims);
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint32_t i=0; i<rank; i++){
|
||||
if (ddims[i] != dims[i]) {
|
||||
free(ddims);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
free(ddims);
|
||||
|
||||
/* High-level H5LT API. No need to deal with dataspaces and datatypes */
|
||||
status = H5LTread_dataset_$group_dset_h5_dtype$(f->$group$_group,
|
||||
$GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
$group_dset$);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_dset_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group$_$group_dset$(const trexio_t* file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert ($group_dset$ != NULL);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
uint64_t $group_dset_dim$;
|
||||
// error handling for rc is added by the generator
|
||||
rc = trexio_hdf5_read_$group_dset_dim$(file, &($group_dset_dim$));
|
||||
if ($group_dset_dim$ <= 0L) return TREXIO_INVALID_NUM;
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
herr_t status;
|
||||
if ( H5LTfind_dataset(f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME) != 1) {
|
||||
|
||||
status = H5LTmake_dataset_$group_dset_h5_dtype$ (f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
(int) rank, (hsize_t*) dims, $group_dset$);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
hid_t dset_id = H5Dopen(f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
if (dset_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
status = H5Dwrite(dset_id, H5T_NATIVE_$GROUP_DSET_H5_DTYPE$, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, $group_dset$);
|
||||
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Constant file suffixes (not used by generator) for HDF5 :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle suffix_hdf5.h
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
31
src/templates_text/build.sh
Normal file
31
src/templates_text/build.sh
Normal file
@ -0,0 +1,31 @@
|
||||
#!/bin/sh
|
||||
|
||||
cat prefix_text.c > trexio_text.c
|
||||
cat prefix_text.h > trexio_text.h
|
||||
|
||||
cat basic_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_basic_text_group.c >> trexio_text.c
|
||||
|
||||
cat populated/pop_struct_text_group_dset.h >> trexio_text.h
|
||||
cat populated/pop_struct_text_group.h >> trexio_text.h
|
||||
cat basic_text.h >> trexio_text.h
|
||||
|
||||
cat populated/pop_free_group_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_read_group_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_flush_group_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_free_group_text.h >> trexio_text.h
|
||||
cat populated/pop_read_group_text.h >> trexio_text.h
|
||||
cat populated/pop_flush_group_text.h >> trexio_text.h
|
||||
|
||||
cat populated/pop_read_dset_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_read_num_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_write_dset_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_write_num_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat populated/pop_rw_num_text.h >> trexio_text.h
|
||||
cat populated/pop_rw_dset_text.h >> trexio_text.h
|
||||
|
||||
cat rdm_text.c >> trexio_text.c
|
||||
cat rdm_text.h >> trexio_text.h
|
||||
|
||||
cat suffix_text.h >> trexio_text.h
|
||||
|
||||
946
src/templates_text/templator_text.org
Normal file
946
src/templates_text/templator_text.org
Normal file
@ -0,0 +1,946 @@
|
||||
|
||||
#+Title: Templator for TEXT backend
|
||||
|
||||
* Constant file prefixes (not used by generator) :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src emacs-lisp
|
||||
(setq-local org-babel-default-header-args:c '((:comments . "both")))
|
||||
org-babel-default-header-args:c
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+RESULTS:
|
||||
: ((:comments . both))
|
||||
|
||||
# Local Variables:
|
||||
# eval: (setq-local org-babel-default-header-args:Python '((:session . "foo")))
|
||||
# End:
|
||||
|
||||
|
||||
#+NAME:header
|
||||
#+begin_src c
|
||||
/* This file was generated from the trexio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trexio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_text.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TREXIO_TEXT_H
|
||||
#define _TREXIO_TEXT_H
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include "trexio_private.h"
|
||||
#include "trexio_s.h"
|
||||
#include <errno.h>
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <fcntl.h>
|
||||
#include <unistd.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_text.c :noweb yes
|
||||
/* This file was generated from the trexio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trexio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
#include "trexio_text.h"
|
||||
|
||||
#define DEBUG printf("%s : line %d\n", __FILE__, __LINE__);
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
* TEXT Back end
|
||||
|
||||
The "file" produced by the text back end is a directory with one
|
||||
file per group.
|
||||
|
||||
When the file is open, it is locked by the current process. No other
|
||||
process can read/write the same file. This guarantees that the
|
||||
representation in memory is consistent with the file and avoid
|
||||
re-reading the file before writing.
|
||||
To lock the file, we lock the =.lock= file which is present in the
|
||||
directory.
|
||||
|
||||
The file is written when closed, or when the flush function is called.
|
||||
|
||||
*** Template for group-related structures in text back end
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle struct_text_group_dset.h
|
||||
|
||||
typedef struct $group$_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
$group_dset_dtype$* $group_dset$;
|
||||
uint64_t $group_num$;
|
||||
uint64_t dims_$group_dset$[16];
|
||||
uint32_t rank_$group_dset$;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} $group$_t;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Template for general structure in text back end
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle struct_text_group.h
|
||||
|
||||
typedef struct rdm_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
uint64_t dim_one_e;
|
||||
double* one_e;
|
||||
char* two_e_file_name;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} rdm_t;
|
||||
|
||||
typedef struct trexio_text_s {
|
||||
trexio_t parent ;
|
||||
int lock_file;
|
||||
$group$_t* $group$;
|
||||
rdm_t* rdm;
|
||||
} trexio_text_t;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Init/deinit functions (constant part)
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
/* Put all pointers to NULL but leave parent untouched */
|
||||
memset(&(f->parent)+1,0,sizeof(trexio_text_t)-sizeof(trexio_t));
|
||||
|
||||
/* If directory doesn't exist, create it in write mode */
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0 && S_ISDIR(st.st_mode)) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else {
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
if (mkdir(file->file_name, 0777) != 0) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create the lock file in the directory */
|
||||
const char* lock_file_name = "/.lock";
|
||||
char* file_name =
|
||||
CALLOC(strlen(file->file_name) + strlen(lock_file_name) + 1, char);
|
||||
|
||||
if (file_name == NULL) {
|
||||
return TREXIO_ALLOCATION_FAILED;
|
||||
}
|
||||
|
||||
strcpy (file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (file_name, lock_file_name);
|
||||
|
||||
f->lock_file = open(file_name,O_WRONLY|O_CREAT|O_TRUNC, 0644);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
|
||||
if (f->lock_file <= 0) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
fl.l_whence = SEEK_SET;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
|
||||
int rc = fcntl(f->lock_file, F_SETLKW, &fl);
|
||||
if (rc == -1) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_text_t* f = (trexio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
struct flock fl;
|
||||
|
||||
fl.l_type = F_WRLCK;
|
||||
fl.l_whence = SEEK_SET;
|
||||
fl.l_start = 0;
|
||||
fl.l_len = 0;
|
||||
fl.l_pid = getpid();
|
||||
fl.l_type = F_UNLCK;
|
||||
fcntl(f->lock_file, F_SETLK, &fl);
|
||||
|
||||
close(f->lock_file);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
*** Init/deinit functions (templated part)
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle basic_text_group.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
//rc = trexio_text_free_$group$( (trexio_text_t*) file);
|
||||
//assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
assert (trexio_text_free_$group$( (trexio_text_t*) file) == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
rc = trexio_text_free_rdm( (trexio_text_t*) file);
|
||||
assert (rc == TREXIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Template for text read struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_group_text.h
|
||||
$group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_group_text.c
|
||||
|
||||
$group$_t* trexio_text_read_$group$(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return NULL;
|
||||
|
||||
/* If the data structure exists, return it */
|
||||
if (file->$group$ != NULL) {
|
||||
return file->$group$;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
$group$_t* $group$ = MALLOC($group$_t);
|
||||
if ($group$ == NULL) return NULL;
|
||||
|
||||
memset($group$,0,sizeof($group$_t));
|
||||
|
||||
/* Build the file name */
|
||||
const char* $group$_file_name = "/$group$.txt";
|
||||
char * file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->parent.file_name) + strlen($group$_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
|
||||
if (file_name == NULL) {
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
strcpy (file_name, file->parent.file_name);
|
||||
strcat (file_name, $group$_file_name);
|
||||
|
||||
/* If the file exists, read it */
|
||||
FILE* f = fopen(file_name,"r");
|
||||
if (f != NULL) {
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
size_t sz = ftell(f);
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
char* buffer = CALLOC(sz,char);
|
||||
if (buffer == NULL) {
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
int rc;
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
if ((rc != 1) || (strcmp(buffer, "rank_$group_dset$") != 0)) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%u", &($group$->rank_$group_dset$));
|
||||
if (rc != 1) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
uint64_t size_$group_dset$ = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<$group$->rank_$group_dset$; i++){
|
||||
|
||||
unsigned int j=-1;
|
||||
rc = fscanf(f, "%s %u", buffer, &j);
|
||||
if ((rc != 2) || (strcmp(buffer, "dims_$group_dset$") != 0) || (j!=i)) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu\n", &($group$->dims_$group_dset$[i]));
|
||||
assert(!(rc != 1));
|
||||
if (rc != 1) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
size_$group_dset$ *= $group$->dims_$group_dset$[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
// END REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_NUM
|
||||
|
||||
/* Read data */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert(!((rc != 1) || (strcmp(buffer, "$group_num$") != 0)));
|
||||
if ((rc != 1) || (strcmp(buffer, "$group_num$") != 0)) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &($group$->$group_num$));
|
||||
assert(!(rc != 1));
|
||||
if (rc != 1) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// END REPEAT GROUP_NUM
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
$group$->$group_dset$ = ($group_dset_dtype$*) calloc(size_$group_dset$, sizeof($group_dset_dtype$));
|
||||
assert (!($group$->$group_dset$ == NULL));
|
||||
if ($group$->$group_dset$ == NULL) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert(!((rc != 1) || (strcmp(buffer, "$group_dset$") != 0)));
|
||||
if ((rc != 1) || (strcmp(buffer, "$group_dset$") != 0)) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
// TODO: free all dsets
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_$group_dset$ ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%$group_dset_std_dtype$", &($group$->$group_dset$[i]));
|
||||
assert(!(rc != 1));
|
||||
if (rc != 1) {
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
// TODO: free all dsets
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
// END REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
fclose(f);
|
||||
f = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode == 'w') {
|
||||
$group$->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
$group$->file = fopen(file_name,"r");
|
||||
}
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
assert (!($group$->file == NULL));
|
||||
if ($group$->file == NULL) {
|
||||
// TODO: free all dsets
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
FREE($group$);
|
||||
DEBUG
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
fseek($group$->file, 0L, SEEK_SET);
|
||||
file->$group$ = $group$;
|
||||
return $group$;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Template for text flush struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle flush_group_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_$group$(const trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle flush_group_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_$group$(const trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
$group$_t* $group$ = file->$group$;
|
||||
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if ($group$->to_flush == 0) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
FILE* f = $group$->file;
|
||||
assert (f != NULL);
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
fprintf(f, "rank_$group_dset$ %d\n", $group$->rank_$group_dset$);
|
||||
|
||||
uint64_t size_$group_dset$ = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<$group$->rank_$group_dset$; i++){
|
||||
fprintf(f, "dims_$group_dset$ %d %ld\n", i, $group$->dims_$group_dset$[i]);
|
||||
size_$group_dset$ *= $group$->dims_$group_dset$[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
// END REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_NUM
|
||||
|
||||
fprintf(f, "$group_num$ %ld\n", $group$->$group_num$);
|
||||
|
||||
// END REPEAT GROUP_NUM
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
|
||||
fprintf(f, "$group_dset$\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size_$group_dset$ ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%$group_dset_std_dtype$\n", $group$->$group_dset$[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// END REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
fflush(f);
|
||||
file->$group$->to_flush = 0;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Template for text free memory
|
||||
|
||||
Memory is allocated when reading. The following function frees memory.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle free_group_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_$group$(trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle free_group_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_$group$(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode != 'r') {
|
||||
rc = trexio_text_flush_$group$(file);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
$group$_t* $group$ = file->$group$;
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if ($group$->file != NULL) {
|
||||
fclose($group$->file);
|
||||
$group$->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// START REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
if ($group$->$group_dset$ != NULL) {
|
||||
FREE ($group$->$group_dset$);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// END REPEAT GROUP_DSET
|
||||
|
||||
FREE ($group$);
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Template for read/write the $group_num$ attribute
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_num_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_$group_num$(const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_$group_num$(const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_num_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_$group_num$(const trexio_t* file, uint64_t* num) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
$group$_t* $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
/**/ *num = $group$->$group_num$;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_num_text.c
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_$group_num$(const trexio_t* file, const uint64_t num) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
$group$_t* $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
$group$->$group_num$ = num;
|
||||
$group$->to_flush = 1;
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Template for read/write the $group_dset$ dataset
|
||||
|
||||
The ~dset~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_dset_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_$group_dset$(const trexio_t* file, $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_$group_dset$(const trexio_t* file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_dset_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_$group_dset$(const trexio_t* file, $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
$group$_t* $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (rank != $group$->rank_$group_dset$) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<rank; i++){
|
||||
if (dims[i] != $group$->dims_$group_dset$[i]) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
$group_dset$[i] = $group$->$group_dset$[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_dset_text.c
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_$group_dset$(const trexio_t* file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
if (file->mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
$group$_t* $group$ = trexio_text_read_$group$((trexio_text_t*) file);
|
||||
if ($group$ == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if ($group$->$group_dset$ != NULL) {
|
||||
FREE($group$->$group_dset$);
|
||||
}
|
||||
|
||||
$group$->rank_$group_dset$ = rank;
|
||||
|
||||
uint64_t dim_size = 1;
|
||||
for (unsigned int i=0; i<$group$->rank_$group_dset$; i++){
|
||||
$group$->dims_$group_dset$[i] = dims[i];
|
||||
dim_size *= dims[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
$group$->$group_dset$ = ($group_dset_dtype$*) calloc(dim_size, sizeof($group_dset_dtype$));
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_size ; i++) {
|
||||
$group$->$group_dset$[i] = $group_dset$[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
$group$->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
*** RDM struct
|
||||
**** Read the complete struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.h
|
||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return NULL;
|
||||
|
||||
if (file->rdm != NULL) return file->rdm;
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
rdm_t* rdm = MALLOC(rdm_t);
|
||||
assert (rdm != NULL);
|
||||
|
||||
rdm->one_e = NULL;
|
||||
rdm->two_e_file_name = NULL;
|
||||
rdm->file = NULL;
|
||||
rdm->to_flush = 0;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If the file does not exist, return */
|
||||
const char* rdm_file_name = "/rdm.txt";
|
||||
char * file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->parent.file_name) + strlen(rdm_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
strcpy (file_name, file->parent.file_name);
|
||||
strcat (file_name, rdm_file_name);
|
||||
|
||||
/* If the file exists, read it */
|
||||
FILE* f = fopen(file_name,"r");
|
||||
if (f != NULL) {
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
size_t sz = ftell(f);
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_SET);
|
||||
char* buffer = CALLOC(sz,char);
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
int rc;
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "dim_one_e") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%lu", &(rdm->dim_one_e));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
rdm->one_e = (double*) calloc(rdm->dim_one_e, sizeof(double));
|
||||
assert (rdm->one_e != NULL);
|
||||
|
||||
/* Read one_e */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "one_e") == 0);
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<rdm->dim_one_e; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%lf", &(rdm->one_e[i]));
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Read two_e */
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "two_e_file_name") == 0);
|
||||
|
||||
rc = fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (rc == 1);
|
||||
rdm->two_e_file_name = CALLOC (strlen(buffer),char);
|
||||
strcpy(rdm->two_e_file_name, buffer);
|
||||
|
||||
FREE(buffer);
|
||||
fclose(f);
|
||||
f = NULL;
|
||||
}
|
||||
if (file->parent.mode == 'w') {
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"a");
|
||||
} else {
|
||||
rdm->file = fopen(file_name,"r");
|
||||
}
|
||||
FREE(file_name);
|
||||
file->rdm = rdm ;
|
||||
return rdm;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Flush the complete struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_rdm(const trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_rdm(const trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
if (file->parent.mode == 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = file->rdm;
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (rdm->to_flush == 0) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
FILE* f = rdm->file;
|
||||
assert (f != NULL);
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", rdm->dim_one_e);
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "one_e\n");
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i< rdm->dim_one_e; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", rdm->one_e[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "two_e_file_name\n");
|
||||
fprintf(f, "%s\n", rdm->two_e_file_name);
|
||||
|
||||
fflush(f);
|
||||
file->rdm->to_flush = 0;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Free memory
|
||||
|
||||
Memory is allocated when reading. The followig function frees memory.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_free_rdm(trexio_text_t* file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
if (file->parent.mode != 'r') {
|
||||
rc = trexio_text_flush_rdm(file);
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = file->rdm;
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
|
||||
if (rdm->file != NULL) {
|
||||
fclose(rdm->file);
|
||||
rdm->file = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rdm->one_e != NULL) {
|
||||
FREE (rdm->one_e);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rdm->two_e_file_name != NULL) {
|
||||
FREE (rdm->two_e_file_name);
|
||||
}
|
||||
|
||||
free (rdm);
|
||||
file->rdm = NULL;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Read/Write the one_e attribute
|
||||
|
||||
The ~one_e~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_rdm_one_e(const trexio_t* file, double* one_e, const uint64_t dim_one_e);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_rdm_one_e(const trexio_t* file, const double* one_e, const uint64_t dim_one_e);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_rdm_one_e(const trexio_t* file, double* one_e, const uint64_t dim_one_e) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (dim_one_e != rdm->dim_one_e) return TREXIO_INVALID_ARG_3;
|
||||
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_one_e ; i++) {
|
||||
one_e[i] = rdm->one_e[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_rdm_one_e(const trexio_t* file, const double* one_e, const uint64_t dim_one_e) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (one_e == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
if (file->mode != 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
rdm->dim_one_e = dim_one_e;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<dim_one_e ; i++) {
|
||||
rdm->one_e[i] = one_e[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
rdm->to_flush = 1;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
**** Read/Write the two_e attribute
|
||||
|
||||
~two_e~ is a sparse data structure, which can be too large to fit
|
||||
in memory. So we provide functions to read and write it by
|
||||
chunks.
|
||||
In the text back end, the easiest way to do it is to create a
|
||||
file for each sparse float structure.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, int64_t* index, double* value);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, const int64_t* index, const double* value);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rdm_text.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, int64_t* index, double* value) {
|
||||
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
if (value == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_5;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
FILE* f = fopen(rdm->two_e_file_name, "r");
|
||||
if (f == NULL) return TREXIO_END;
|
||||
|
||||
const uint64_t line_length = 64;
|
||||
fseek(f, (long) offset * line_length, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
int rc;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size ; i++) {
|
||||
rc = fscanf(f, "%9ld %9ld %9ld %9ld %24le\n",
|
||||
&index[4*i],
|
||||
&index[4*i+1],
|
||||
&index[4*i+2],
|
||||
&index[4*i+3],
|
||||
&value[i]);
|
||||
if (rc == 5) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else if (rc == EOF) {
|
||||
return TREXIO_END;
|
||||
} else if (rc == EOF) {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, const int64_t* index, const double* value) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (index == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_4;
|
||||
if (value == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_5;
|
||||
if (file->mode != 'r') return TREXIO_READONLY;
|
||||
|
||||
rdm_t* rdm = trexio_text_read_rdm((trexio_text_t*) file);
|
||||
if (rdm == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
FILE* f = fopen(rdm->two_e_file_name, "w");
|
||||
if (f == NULL) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
const uint64_t line_length = 64;
|
||||
fseek(f, (long) offset * line_length, SEEK_SET);
|
||||
|
||||
int rc;
|
||||
for (uint64_t i=0 ; i<size ; i++) {
|
||||
rc = fprintf(f, "%9ld %9ld %9ld %9ld %24le\n",
|
||||
index[4*i],
|
||||
index[4*i+1],
|
||||
index[4*i+2],
|
||||
index[4*i+3],
|
||||
value[i]);
|
||||
if (rc != 5) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
:noexport:
|
||||
|
||||
* Constant file suffixes :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle suffix_text.h
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
1505
src/trexio.c
1505
src/trexio.c
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
70
src/trexio.h
70
src/trexio.h
@ -3,8 +3,6 @@
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#ifndef _TREXIO_H
|
||||
#define _TREXIO_H
|
||||
|
||||
@ -12,19 +10,19 @@
|
||||
|
||||
typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
|
||||
#define TREXIO_FAILURE ( (trexio_exit_code) -1 )
|
||||
#define TREXIO_SUCCESS ( (trexio_exit_code) 0 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_1 ( (trexio_exit_code) 1 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_2 ( (trexio_exit_code) 2 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_3 ( (trexio_exit_code) 3 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_4 ( (trexio_exit_code) 4 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
||||
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
||||
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
||||
#define TREXIO_ERRNO ( (trexio_exit_code) 12 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ID ( (trexio_exit_code) 20 )
|
||||
#define TREXIO_ALLOCATION_FAILED ( (trexio_exit_code) 21 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_NUM ( (trexio_exit_code) 22 )
|
||||
#define TREXIO_FAILURE ( (trexio_exit_code) -1 )
|
||||
#define TREXIO_SUCCESS ( (trexio_exit_code) 0 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_1 ( (trexio_exit_code) 1 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_2 ( (trexio_exit_code) 2 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_3 ( (trexio_exit_code) 3 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_4 ( (trexio_exit_code) 4 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ARG_5 ( (trexio_exit_code) 5 )
|
||||
#define TREXIO_END ( (trexio_exit_code) 10 )
|
||||
#define TREXIO_READONLY ( (trexio_exit_code) 11 )
|
||||
#define TREXIO_ERRNO ( (trexio_exit_code) 12 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ID ( (trexio_exit_code) 20 )
|
||||
#define TREXIO_ALLOCATION_FAILED ( (trexio_exit_code) 21 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_NUM ( (trexio_exit_code) 22 )
|
||||
|
||||
typedef int32_t back_end_t;
|
||||
|
||||
@ -38,20 +36,34 @@ typedef struct trexio_s trexio_t;
|
||||
trexio_t* trexio_open(const char* file_name, const char mode, const back_end_t back_end);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_close(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_charge(trexio_t* file, double* nucleus_charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, const double* nucleus_charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_coord(trexio_t* file, double* nucleus_coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, const double* nucleus_coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_lmax_plus_1(trexio_t* file, int64_t* ecp_lmax_plus_1);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_lmax_plus_1(trexio_t* file, const int64_t* ecp_lmax_plus_1);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_z_core(trexio_t* file, int64_t* ecp_z_core);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_z_core(trexio_t* file, const int64_t* ecp_z_core);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_local_n(trexio_t* file, int64_t* ecp_local_n);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_local_n(trexio_t* file, const int64_t* ecp_local_n);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_local_exponent(trexio_t* file, double* ecp_local_exponent);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_local_exponent(trexio_t* file, const double* ecp_local_exponent);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_local_coef(trexio_t* file, double* ecp_local_coef);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_local_coef(trexio_t* file, const double* ecp_local_coef);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_local_power(trexio_t* file, int64_t* ecp_local_power);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_local_power(trexio_t* file, const int64_t* ecp_local_power);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_non_local_n(trexio_t* file, int64_t* ecp_non_local_n);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_non_local_n(trexio_t* file, const int64_t* ecp_non_local_n);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_non_local_exponent(trexio_t* file, double* ecp_non_local_exponent);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_non_local_exponent(trexio_t* file, const double* ecp_non_local_exponent);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_non_local_coef(trexio_t* file, double* ecp_non_local_coef);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_non_local_coef(trexio_t* file, const double* ecp_non_local_coef);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_non_local_power(trexio_t* file, int64_t* ecp_non_local_power);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_non_local_power(trexio_t* file, const int64_t* ecp_non_local_power);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_num(trexio_t* file, int64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_num(trexio_t* file, const int64_t num);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_coord(trexio_t* file, double* coord);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_coord(trexio_t* file, const double* coord);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_nucleus_charge(trexio_t* file, double* charge);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_nucleus_charge(trexio_t* file, const double* charge);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_rdm_one_e(trexio_t* file, double* one_e);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_rdm_one_e(trexio_t* file, const double* one_e);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_buffered_read_rdm_two_e(trexio_t* file, const int64_t offset, const int64_t size, int64_t* index, double* value);
|
||||
trexio_exit_code trexio_buffered_write_rdm_two_e(trexio_t* file, const int64_t offset, const int64_t size, const int64_t* index, const double* value);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_local_num_n_max(trexio_t* file, int64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_local_num_n_max(trexio_t* file, const int64_t num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_ecp_non_local_num_n_max(trexio_t* file, int64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_ecp_non_local_num_n_max(trexio_t* file, const int64_t num);
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
1524
src/trexio_hdf5.c
1524
src/trexio_hdf5.c
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@ -1,15 +1,12 @@
|
||||
/* This file was generated from the trexio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trexio.org in Emacs and execute
|
||||
/* This file was generated from the org-mode file.
|
||||
To generate it, open templator_hdf5.org file in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#ifndef _TREXIO_HDF5_H
|
||||
#define _TREXIO_HDF5_H
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include "trexio_private.h"
|
||||
#include "trexio_s.h"
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
@ -20,79 +17,44 @@
|
||||
|
||||
#include "hdf5.h"
|
||||
#include "hdf5_hl.h" // needed for high-level APIs like H5LT, requires additional linking in Makefile
|
||||
|
||||
typedef struct slab_s {
|
||||
uint64_t a;
|
||||
uint64_t b;
|
||||
uint64_t c;
|
||||
uint64_t d;
|
||||
} slab_t;
|
||||
|
||||
typedef struct dset_s {
|
||||
hid_t dset_id;
|
||||
hid_t dspace_id;
|
||||
hid_t dtype_id;
|
||||
uint64_t* dims;
|
||||
uint32_t rank;
|
||||
const char* dset_name;
|
||||
} dset_t;
|
||||
|
||||
typedef struct h5nucleus_s {
|
||||
uint64_t num;
|
||||
double *coord;
|
||||
double *charge;
|
||||
dset_t* h5_coord;
|
||||
dset_t* h5_charge;
|
||||
} h5nucleus_t;
|
||||
|
||||
typedef struct h5electron_s {
|
||||
uint64_t alpha_num;
|
||||
uint64_t beta_num;
|
||||
} h5electron_t;
|
||||
|
||||
typedef struct trexio_hdf5_s {
|
||||
trexio_t parent ;
|
||||
hid_t file_id;
|
||||
hid_t nucleus_group;
|
||||
hid_t electron_group;
|
||||
//... other groups' id
|
||||
hid_t ecp_group;
|
||||
const char* file_name;
|
||||
} trexio_hdf5_t;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* file);
|
||||
|
||||
typedef struct one_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
} one_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct two_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
} two_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct three_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
int64_t k;
|
||||
} three_index_t;
|
||||
|
||||
typedef struct four_index_s {
|
||||
double value;
|
||||
int64_t i;
|
||||
int64_t j;
|
||||
int64_t k;
|
||||
int64_t l;
|
||||
} four_index_t;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_num (const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_num (const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_local_num_n_max (const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_local_num_n_max (const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_non_local_num_n_max (const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_non_local_num_n_max (const trexio_t* file, const uint64_t num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* nucleus_charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* nucleus_charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* nucleus_coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* nucleus_coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_lmax_plus_1(const trexio_t* file, int64_t* ecp_lmax_plus_1, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_lmax_plus_1(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_lmax_plus_1, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_z_core(const trexio_t* file, int64_t* ecp_z_core, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_z_core(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_z_core, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_local_n(const trexio_t* file, int64_t* ecp_local_n, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_local_n(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_local_n, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_local_exponent(const trexio_t* file, double* ecp_local_exponent, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_local_exponent(const trexio_t* file, const double* ecp_local_exponent, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_local_coef(const trexio_t* file, double* ecp_local_coef, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_local_coef(const trexio_t* file, const double* ecp_local_coef, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_local_power(const trexio_t* file, int64_t* ecp_local_power, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_local_power(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_local_power, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_non_local_n(const trexio_t* file, int64_t* ecp_non_local_n, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_non_local_n(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_non_local_n, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_non_local_exponent(const trexio_t* file, double* ecp_non_local_exponent, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_non_local_exponent(const trexio_t* file, const double* ecp_non_local_exponent, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_non_local_coef(const trexio_t* file, double* ecp_non_local_coef, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_non_local_coef(const trexio_t* file, const double* ecp_non_local_coef, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_ecp_non_local_power(const trexio_t* file, int64_t* ecp_non_local_power, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_ecp_non_local_power(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_non_local_power, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
@ -3,13 +3,10 @@
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#ifndef _TREXIO_S_H
|
||||
#define _TREXIO_S_H
|
||||
|
||||
#include "trexio.h"
|
||||
#include "trexio_private.h"
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
|
||||
@ -20,5 +17,4 @@ struct trexio_s {
|
||||
char mode;
|
||||
char padding[7]; /* Ensures the proper alignment of back-ends */
|
||||
};
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
2306
src/trexio_text.c
2306
src/trexio_text.c
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@ -20,26 +20,53 @@
|
||||
#include <fcntl.h>
|
||||
#include <unistd.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
typedef struct nucleus_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
double* coord;
|
||||
double* charge;
|
||||
uint64_t num;
|
||||
uint64_t dims_charge[16];
|
||||
uint64_t dims_coord[16];
|
||||
uint32_t rank_charge;
|
||||
uint32_t rank_coord;
|
||||
double* nucleus_charge;
|
||||
double* nucleus_coord;
|
||||
uint64_t nucleus_num;
|
||||
uint64_t dims_nucleus_charge[16];
|
||||
uint64_t dims_nucleus_coord[16];
|
||||
uint32_t rank_nucleus_charge;
|
||||
uint32_t rank_nucleus_coord;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} nucleus_t;
|
||||
|
||||
typedef struct electron_s {
|
||||
typedef struct ecp_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
uint64_t alpha_num;
|
||||
uint64_t beta_num;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} electron_t;
|
||||
|
||||
int64_t* ecp_lmax_plus_1;
|
||||
int64_t* ecp_z_core;
|
||||
int64_t* ecp_local_n;
|
||||
double* ecp_local_exponent;
|
||||
double* ecp_local_coef;
|
||||
int64_t* ecp_local_power;
|
||||
int64_t* ecp_non_local_n;
|
||||
double* ecp_non_local_exponent;
|
||||
double* ecp_non_local_coef;
|
||||
int64_t* ecp_non_local_power;
|
||||
uint64_t ecp_local_num_n_max;
|
||||
uint64_t ecp_non_local_num_n_max;
|
||||
uint64_t dims_ecp_lmax_plus_1[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_z_core[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_local_n[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_local_exponent[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_local_coef[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_local_power[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_non_local_n[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_non_local_exponent[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_non_local_coef[16];
|
||||
uint64_t dims_ecp_non_local_power[16];
|
||||
uint32_t rank_ecp_lmax_plus_1;
|
||||
uint32_t rank_ecp_z_core;
|
||||
uint32_t rank_ecp_local_n;
|
||||
uint32_t rank_ecp_local_exponent;
|
||||
uint32_t rank_ecp_local_coef;
|
||||
uint32_t rank_ecp_local_power;
|
||||
uint32_t rank_ecp_non_local_n;
|
||||
uint32_t rank_ecp_non_local_exponent;
|
||||
uint32_t rank_ecp_non_local_coef;
|
||||
uint32_t rank_ecp_non_local_power;
|
||||
int to_flush;
|
||||
} ecp_t;
|
||||
typedef struct rdm_s {
|
||||
FILE* file;
|
||||
uint64_t dim_one_e;
|
||||
@ -51,12 +78,10 @@ typedef struct rdm_s {
|
||||
typedef struct trexio_text_s {
|
||||
trexio_t parent ;
|
||||
int lock_file;
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nucleus_t* nucleus;
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||||
electron_t* electron;
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||||
nucleus_t* nucleus;
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||||
ecp_t* ecp;
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||||
rdm_t* rdm;
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} trexio_text_t;
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||||
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||||
trexio_exit_code trexio_text_init(trexio_t* file);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file);
|
||||
@ -64,22 +89,42 @@ trexio_exit_code trexio_text_lock(trexio_t* file);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_finalize(trexio_t* file);
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||||
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||||
trexio_exit_code trexio_text_unlock(trexio_t* file);
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||||
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||||
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file);
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||||
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||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file);
|
||||
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||||
trexio_exit_code trexio_text_free_nucleus(trexio_text_t* file);
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||||
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||||
trexio_exit_code trexio_text_free_ecp(trexio_text_t* file);
|
||||
nucleus_t* trexio_text_read_nucleus(trexio_text_t* file);
|
||||
ecp_t* trexio_text_read_ecp(trexio_text_t* file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_nucleus(const trexio_text_t* file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_flush_ecp(const trexio_text_t* file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_num(const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_num(const trexio_t* file, const uint64_t num);
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||||
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
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||||
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
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||||
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_local_num_n_max(const trexio_t* file, uint64_t* num);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_local_num_n_max(const trexio_t* file, const uint64_t num);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_non_local_num_n_max(const trexio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_non_local_num_n_max(const trexio_t* file, const uint64_t num);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_charge(const trexio_t* file, double* nucleus_charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
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||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_charge(const trexio_t* file, const double* nucleus_charge, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_nucleus_coord(const trexio_t* file, double* nucleus_coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_nucleus_coord(const trexio_t* file, const double* nucleus_coord, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_lmax_plus_1(const trexio_t* file, int64_t* ecp_lmax_plus_1, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_lmax_plus_1(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_lmax_plus_1, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_z_core(const trexio_t* file, int64_t* ecp_z_core, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_z_core(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_z_core, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_local_n(const trexio_t* file, int64_t* ecp_local_n, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_local_n(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_local_n, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_local_exponent(const trexio_t* file, double* ecp_local_exponent, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_local_exponent(const trexio_t* file, const double* ecp_local_exponent, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_local_coef(const trexio_t* file, double* ecp_local_coef, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_local_coef(const trexio_t* file, const double* ecp_local_coef, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_local_power(const trexio_t* file, int64_t* ecp_local_power, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_local_power(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_local_power, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_non_local_n(const trexio_t* file, int64_t* ecp_non_local_n, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_non_local_n(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_non_local_n, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_non_local_exponent(const trexio_t* file, double* ecp_non_local_exponent, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_non_local_exponent(const trexio_t* file, const double* ecp_non_local_exponent, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_non_local_coef(const trexio_t* file, double* ecp_non_local_coef, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_non_local_coef(const trexio_t* file, const double* ecp_non_local_coef, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_read_ecp_non_local_power(const trexio_t* file, int64_t* ecp_non_local_power, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_write_ecp_non_local_power(const trexio_t* file, const int64_t* ecp_non_local_power, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
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||||
rdm_t* trexio_text_read_rdm(trexio_text_t* file);
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trexio_exit_code trexio_text_flush_rdm(const trexio_text_t* file);
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@ -91,5 +136,4 @@ trexio_exit_code trexio_text_write_rdm_one_e(const trexio_t* file, const double*
|
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trexio_exit_code trexio_text_buffered_read_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, int64_t* index, double* value);
|
||||
trexio_exit_code trexio_text_buffered_write_rdm_two_e(const trexio_t* file, const uint64_t offset, const uint64_t size, const int64_t* index, const double* value);
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#endif
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