mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-11-03 20:54:07 +01:00
WIP: hdf5: read_nucleus_coord works
This commit is contained in:
parent
ac9e1aa410
commit
29b4e4d313
11
src/Makefile
11
src/Makefile
@ -6,7 +6,8 @@ ifeq ($(COMPILER),GNU)
|
||||
CC=gcc -g
|
||||
CFLAGS=-fPIC -fexceptions -Wall -Werror -Wpedantic -Wextra
|
||||
|
||||
LIBS= #-lgfortran -lm
|
||||
LIBS= -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ -lz -lm -lhdf5 -lhdf5_hl #-lgfortran
|
||||
INCLUDE = -I/usr/include/hdf5/serial
|
||||
endif
|
||||
|
||||
ifeq ($(COMPILER),INTEL)
|
||||
@ -31,8 +32,8 @@ LIBS=-lm
|
||||
endif
|
||||
|
||||
|
||||
OBJECT_FILES= trio.o trio_text.o
|
||||
HEADER_FILES= trio.h trio_text.h trio_s.h
|
||||
OBJECT_FILES= trio.o trio_text.o trio_hdf5.o
|
||||
HEADER_FILES= trio.h trio_text.h trio_hdf5.h trio_s.h
|
||||
|
||||
export CC CFLAGS LIBS
|
||||
|
||||
@ -42,11 +43,11 @@ libtrio.so: $(OBJECT_FILES) $(HEADER_FILES)
|
||||
$(CC) -shared $(OBJECT_FILES) -o libtrio.so
|
||||
|
||||
test: libtrio.so test.c
|
||||
$(CC) $(CFLAGS) -Wl,-rpath,$(PWD) -L. test.c -ltrio $(LIBS) -o test
|
||||
$(CC) $(CFLAGS) $(INCLUDE) -Wl,-rpath,$(PWD) -L. test.c -ltrio $(LIBS) -o test
|
||||
|
||||
clean:
|
||||
rm -f *.o libtrio.so
|
||||
|
||||
%.o: %.c $(HEADER_FILES)
|
||||
$(CC) $(CFLAGS) -c $*.c -o $*.o
|
||||
$(CC) $(CFLAGS) $(INCLUDE) -c $*.c -o $*.o
|
||||
|
||||
|
||||
22
src/trio.c
22
src/trio.c
@ -14,8 +14,8 @@
|
||||
#include "trio.h"
|
||||
#include "trio_s.h"
|
||||
#include "trio_text.h"
|
||||
/*
|
||||
#include "trio_hdf5.h"
|
||||
/*
|
||||
#include "trio_json.h"
|
||||
*/
|
||||
|
||||
@ -35,11 +35,11 @@ trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_text_t));
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_hdf5_t));
|
||||
break;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_json_t));
|
||||
break;
|
||||
@ -65,11 +65,11 @@ trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
rc = trio_text_init(result);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
rc = trio_hdf5_init(result);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
rc = trio_json_init(result);
|
||||
break;
|
||||
@ -93,11 +93,11 @@ trio_exit_code trio_close(trio_t* file) {
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
rc = trio_text_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
rc = trio_hdf5_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
rc = trio_json_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
@ -121,7 +121,7 @@ trio_exit_code trio_close(trio_t* file) {
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, uint64_t* num) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
@ -143,7 +143,7 @@ trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_num(trio_t* file, int64_t num) {
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_num(trio_t* file, uint64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
@ -173,11 +173,11 @@ trio_exit_code trio_read_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord) {
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
@ -28,8 +28,8 @@ trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_close(trio_t* file);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, int64_t* num);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_num(trio_t* file, int64_t num);
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, uint64_t* num);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_num(trio_t* file, uint64_t num);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord);
|
||||
|
||||
363
src/trio.org
363
src/trio.org
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
#+TITLE: TREX Input/Ouput library (TRIO)
|
||||
#+Title: TREX Input/Ouput library (TRIO)
|
||||
|
||||
* File prefixes :noxport:
|
||||
|
||||
@ -33,8 +33,8 @@
|
||||
#include "trio.h"
|
||||
#include "trio_s.h"
|
||||
#include "trio_text.h"
|
||||
/*
|
||||
#include "trio_hdf5.h"
|
||||
/*
|
||||
#include "trio_json.h"
|
||||
,*/
|
||||
|
||||
@ -72,6 +72,30 @@
|
||||
#include "trio_text.h"
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TRIO_HDF5_H
|
||||
#define _TRIO_HDF5_H
|
||||
|
||||
#include "trio.h"
|
||||
#include "trio_s.h"
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
#include "hdf5.h"
|
||||
#include "hdf5_hl.h" // needed for high-level APIs like H5LT, requires additional linking in Makefile
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#include "trio_hdf5.h"
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
* Coding conventions
|
||||
|
||||
- integer types will be defined using types given in ~stdint.h~
|
||||
@ -189,11 +213,11 @@ trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_text_t));
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_hdf5_t));
|
||||
break;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_json_t));
|
||||
break;
|
||||
@ -219,11 +243,11 @@ trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
rc = trio_text_init(result);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
rc = trio_hdf5_init(result);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
rc = trio_json_init(result);
|
||||
break;
|
||||
@ -256,11 +280,11 @@ trio_exit_code trio_close(trio_t* file) {
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
rc = trio_text_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
rc = trio_hdf5_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
rc = trio_json_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
@ -352,11 +376,11 @@ trio_exit_code trio_read_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord) {
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
@ -566,7 +590,7 @@ nucleus_t* trio_text_read_nucleus(const trio_text_t* file) {
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "num") == 0);
|
||||
|
||||
fscanf(f, "%ld", &(nucleus->num));
|
||||
fscanf(f, "%lu", &(nucleus->num));
|
||||
assert (nucleus->num > 0);
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
@ -580,14 +604,14 @@ nucleus_t* trio_text_read_nucleus(const trio_text_t* file) {
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "charge") == 0);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
fscanf(f, "%lf", &(nucleus->charge[i]));
|
||||
}
|
||||
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "coord") == 0);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
fscanf(f, "%lf", &(nucleus->coord[i]));
|
||||
}
|
||||
free(buffer);
|
||||
@ -607,12 +631,12 @@ trio_exit_code trio_text_write_nucleus(const trio_text_t* file, nucleus_t* nucle
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "charge\n");
|
||||
for (int i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->charge[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "coord\n");
|
||||
for (int i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->coord[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -733,7 +757,7 @@ trio_exit_code trio_text_read_nucleus_coord(const trio_t* file, double* coord) {
|
||||
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -750,7 +774,7 @@ trio_exit_code trio_text_write_nucleus_coord(const trio_t* file, const double* c
|
||||
nucleus_t* nucleus = trio_text_read_nucleus((trio_text_t*) file);
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
nucleus->coord[i] = coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -784,7 +808,7 @@ trio_exit_code trio_text_read_nucleus_charge(const trio_t* file, double* charge)
|
||||
|
||||
assert (charge != NULL);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
charge[i] = nucleus->charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -801,7 +825,7 @@ trio_exit_code trio_text_write_nucleus_charge(const trio_t* file, const double*
|
||||
nucleus_t* nucleus = trio_text_read_nucleus((trio_text_t*)file);
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
nucleus->charge[i] = charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -814,6 +838,302 @@ trio_exit_code trio_text_write_nucleus_charge(const trio_t* file, const double*
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
** HDF5 Back end
|
||||
|
||||
*** HDF5 structures
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.h
|
||||
|
||||
typedef struct slab_s {
|
||||
uint64_t a;
|
||||
uint64_t b;
|
||||
uint64_t c;
|
||||
uint64_t d;
|
||||
} slab_t;
|
||||
|
||||
typedef struct dset_s {
|
||||
hid_t dset_id;
|
||||
hid_t dspace_id;
|
||||
hid_t dtype_id;
|
||||
uint64_t* dims;
|
||||
uint32_t rank;
|
||||
const char* dset_name;
|
||||
} dset_t;
|
||||
|
||||
typedef struct h5nucleus_s {
|
||||
uint64_t num;
|
||||
double *coord;
|
||||
double *charge;
|
||||
dset_t* h5_coord;
|
||||
dset_t* h5_charge;
|
||||
} h5nucleus_t;
|
||||
|
||||
typedef struct h5electron_s {
|
||||
uint64_t alpha_num;
|
||||
uint64_t beta_num;
|
||||
} h5electron_t;
|
||||
|
||||
typedef struct trio_hdf5_s {
|
||||
trio_t parent ;
|
||||
hid_t file_id;
|
||||
hid_t nucleus_group;
|
||||
hid_t electron_group;
|
||||
//... other groups' id
|
||||
const char* file_name;
|
||||
} trio_hdf5_t;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** HDF5 basic functions
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.h
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_init(trio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.c
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_init(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
trio_hdf5_t* f = (trio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
/* If file doesn't exist, create it */
|
||||
int f_ishere = 0;
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0) {
|
||||
printf("%s \n","HDF5 file already exists");
|
||||
// RDWR OR RDONLY ???
|
||||
f->file_id = H5Fopen(file->file_name, H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
|
||||
f_ishere = 1;
|
||||
} else {
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
f_ishere = 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create groups in the hdf5 file */
|
||||
const char* nucleus_group_name = "nucleus";
|
||||
//const char* electron_group_name = "electron";
|
||||
|
||||
if (f_ishere == 0){
|
||||
f->nucleus_group = H5Gcreate(f->file_id, nucleus_group_name, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gcreate(f->file_id, electron_group_name, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
} else {
|
||||
f->nucleus_group = H5Gopen(f->file_id, nucleus_group_name, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gopen(f->file_id, electron_group_name, H5P_DEFAULT);
|
||||
}
|
||||
/* not sure if assert statement here makes sence
|
||||
H5Gcreate will raise its own H5 error if somethings is wrong*/
|
||||
assert (f->nucleus_group > 0L);
|
||||
//assert (f->electron_group > 0L);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.h
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_finalize(trio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.c
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_finalize(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
trio_hdf5_t* f = (trio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
H5Gclose(f->nucleus_group);
|
||||
f->nucleus_group = 0;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
H5Gclose(f->electron_group);
|
||||
f->electron_group = 0;
|
||||
*/
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
*** Read/write the nucleus struct
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.c
|
||||
h5nucleus_t* trio_hdf5_read_nucleus(const trio_hdf5_t* file) {
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = (h5nucleus_t*) malloc(sizeof(h5nucleus_t));
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->num = 0;
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
nucleus->h5_coord = NULL;
|
||||
nucleus->h5_charge = NULL;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If HDF5 cannot open, return */
|
||||
if (file->file_id < 0) return nucleus;
|
||||
|
||||
herr_t status;
|
||||
/* Read the nucleus_num attribute of nucleus group */
|
||||
const char *num_name = "nucleus_num";
|
||||
hid_t num_id;
|
||||
num_id = H5Aopen(file->nucleus_group, num_name, H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (num_id > 0);
|
||||
|
||||
status = H5Aread(num_id, H5T_NATIVE_ULLONG, &(nucleus->num));
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
/* Allocate and read nucleus_charge array */
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* High-level H5LT API. No need to deal with dataspaces and datatypes
|
||||
*/
|
||||
/*
|
||||
status = H5LTread_dataset_double(file->nucleus_group,
|
||||
"nucleus_charge",
|
||||
nucleus->charge)
|
||||
*/
|
||||
/*
|
||||
* Low-level implementation. Involves dealing with all HDF5 handles and dimensions
|
||||
*/
|
||||
nucleus->h5_charge = (dset_t*) malloc(sizeof(dset_t));
|
||||
assert (nucleus->h5_charge != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->h5_charge->dset_id = H5Dopen(file->nucleus_group,
|
||||
"nucleus_charge",
|
||||
H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (nucleus->h5_charge->dset_id > 0);
|
||||
/*
|
||||
* Get dataspace, datatype and dimensions
|
||||
* dspace and dtype handles created below have to be closed when not used
|
||||
*/
|
||||
nucleus->h5_charge->dspace_id = H5Dget_space(nucleus->h5_charge->dset_id);
|
||||
assert (nucleus->h5_charge->dspace_id > 0);
|
||||
|
||||
nucleus->h5_charge->dtype_id = H5Dget_type(nucleus->h5_charge->dset_id);
|
||||
assert (nucleus->h5_charge->dtype_id > 0);
|
||||
|
||||
int rrank;
|
||||
const int rank = 1;
|
||||
hsize_t dims[1] = {0};
|
||||
rrank = H5Sget_simple_extent_dims(nucleus->h5_charge->dspace_id,
|
||||
dims, NULL);
|
||||
assert (rrank == rank);
|
||||
for (int i=0; i<rank; i++){
|
||||
assert (dims[i] > 0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
status = H5Dread(nucleus->h5_charge->dset_id, nucleus->h5_charge->dtype_id,
|
||||
H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,
|
||||
nucleus->charge);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
/* Allocate and read nucleus_coord array */
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(3 * nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
status = H5LTread_dataset_double(file->nucleus_group,
|
||||
"nucleus_coord",
|
||||
nucleus->coord);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
/* Print arrays */
|
||||
/*
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
printf("%lf \n", nucleus->charge[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
printf("%lf \n", nucleus->coord[i]);
|
||||
}
|
||||
*/
|
||||
H5Aclose(num_id);
|
||||
H5Sclose(nucleus->h5_charge->dspace_id);
|
||||
H5Tclose(nucleus->h5_charge->dtype_id);
|
||||
H5Dclose(nucleus->h5_charge->dset_id);
|
||||
H5Fclose(file->file_id);
|
||||
|
||||
return nucleus;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_write_nucleus(const trio_hdf5_t* file, h5nucleus_t* nucleus) {
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
// TODO
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Free memory
|
||||
|
||||
Memory is allocated when reading. The followig function frees memory.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.c
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_free_nucleus(h5nucleus_t* nucleus) {
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) free (nucleus->coord);
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) free (nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->h5_coord != NULL) free (nucleus->h5_coord);
|
||||
nucleus->h5_coord = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->h5_charge != NULL) free (nucleus->h5_charge);
|
||||
nucleus->h5_charge = NULL;
|
||||
|
||||
free (nucleus);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** TODO Read/Write the num attribute
|
||||
|
||||
*** Read/Write the coord attribute
|
||||
|
||||
The ~coord~ array is assumed allocated with the appropriate size.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.h
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_read_nucleus_coord(const trio_t* file, double* coord);
|
||||
// TODO
|
||||
//trio_exit_code trio_hdf5_write_nucleus_coord(const trio_t* file, const double* coord);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.c
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_read_nucleus_coord(const trio_t* file, double* coord) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = trio_hdf5_read_nucleus((trio_hdf5_t*) file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_write_nucleus_coord(const trio_t* file, const double* coord) {
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
// TODO
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
*** TODO Read/Write the charge attribute
|
||||
|
||||
* File suffixes :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.h
|
||||
@ -827,6 +1147,11 @@ trio_exit_code trio_text_write_nucleus_charge(const trio_t* file, const double*
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_text.h
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_hdf5.h
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
* TODO Things to be done :noexport:
|
||||
- [ ] Thread safety
|
||||
- [ ] Error handling with errno
|
||||
|
||||
214
src/trio_hdf5.c
Normal file
214
src/trio_hdf5.c
Normal file
@ -0,0 +1,214 @@
|
||||
/* This file was generated from the trio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#include "trio_hdf5.h"
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_init(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
trio_hdf5_t* f = (trio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
/* If file doesn't exist, create it */
|
||||
int f_ishere = 0;
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0) {
|
||||
printf("%s \n","HDF5 file already exists");
|
||||
// RDWR OR RDONLY ???
|
||||
f->file_id = H5Fopen(file->file_name, H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
|
||||
f_ishere = 1;
|
||||
} else {
|
||||
f->file_id = H5Fcreate(file->file_name, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
f_ishere = 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create groups in the hdf5 file */
|
||||
const char* nucleus_group_name = "nucleus";
|
||||
//const char* electron_group_name = "electron";
|
||||
|
||||
if (f_ishere == 0){
|
||||
f->nucleus_group = H5Gcreate(f->file_id, nucleus_group_name, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gcreate(f->file_id, electron_group_name, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
} else {
|
||||
f->nucleus_group = H5Gopen(f->file_id, nucleus_group_name, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gopen(f->file_id, electron_group_name, H5P_DEFAULT);
|
||||
}
|
||||
/* not sure if assert statement here makes sence
|
||||
H5Gcreate will raise its own H5 error if somethings is wrong*/
|
||||
assert (f->nucleus_group > 0L);
|
||||
//assert (f->electron_group > 0L);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_finalize(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
trio_hdf5_t* f = (trio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
H5Gclose(f->nucleus_group);
|
||||
f->nucleus_group = 0;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
H5Gclose(f->electron_group);
|
||||
f->electron_group = 0;
|
||||
*/
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
h5nucleus_t* trio_hdf5_read_nucleus(const trio_hdf5_t* file) {
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = (h5nucleus_t*) malloc(sizeof(h5nucleus_t));
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->num = 0;
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
nucleus->h5_coord = NULL;
|
||||
nucleus->h5_charge = NULL;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If HDF5 cannot open, return */
|
||||
if (file->file_id < 0) return nucleus;
|
||||
|
||||
herr_t status;
|
||||
/* Read the nucleus_num attribute of nucleus group */
|
||||
const char *num_name = "nucleus_num";
|
||||
hid_t num_id;
|
||||
num_id = H5Aopen(file->nucleus_group, num_name, H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (num_id > 0);
|
||||
|
||||
status = H5Aread(num_id, H5T_NATIVE_ULLONG, &(nucleus->num));
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
/* Allocate and read nucleus_charge array */
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* High-level H5LT API. No need to deal with dataspaces and datatypes
|
||||
*/
|
||||
/*
|
||||
status = H5LTread_dataset_double(file->nucleus_group,
|
||||
"nucleus_charge",
|
||||
nucleus->charge)
|
||||
*/
|
||||
/*
|
||||
* Low-level implementation. Involves dealing with all HDF5 handles and dimensions
|
||||
*/
|
||||
nucleus->h5_charge = (dset_t*) malloc(sizeof(dset_t));
|
||||
assert (nucleus->h5_charge != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->h5_charge->dset_id = H5Dopen(file->nucleus_group,
|
||||
"nucleus_charge",
|
||||
H5P_DEFAULT);
|
||||
assert (nucleus->h5_charge->dset_id > 0);
|
||||
/*
|
||||
* Get dataspace, datatype and dimensions
|
||||
* dspace and dtype handles created below have to be closed when not used
|
||||
*/
|
||||
nucleus->h5_charge->dspace_id = H5Dget_space(nucleus->h5_charge->dset_id);
|
||||
assert (nucleus->h5_charge->dspace_id > 0);
|
||||
|
||||
nucleus->h5_charge->dtype_id = H5Dget_type(nucleus->h5_charge->dset_id);
|
||||
assert (nucleus->h5_charge->dtype_id > 0);
|
||||
|
||||
int rrank;
|
||||
const int rank = 1;
|
||||
hsize_t dims[1] = {0};
|
||||
rrank = H5Sget_simple_extent_dims(nucleus->h5_charge->dspace_id,
|
||||
dims, NULL);
|
||||
assert (rrank == rank);
|
||||
for (int i=0; i<rank; i++){
|
||||
assert (dims[i] > 0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
status = H5Dread(nucleus->h5_charge->dset_id, nucleus->h5_charge->dtype_id,
|
||||
H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,
|
||||
nucleus->charge);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
|
||||
/* Allocate and read nucleus_coord array */
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(3 * nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
status = H5LTread_dataset_double(file->nucleus_group,
|
||||
"nucleus_coord",
|
||||
nucleus->coord);
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
/* Print arrays */
|
||||
/*
|
||||
for (size_t i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
printf("%lf \n", nucleus->charge[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
printf("%lf \n", nucleus->coord[i]);
|
||||
}
|
||||
*/
|
||||
H5Aclose(num_id);
|
||||
H5Sclose(nucleus->h5_charge->dspace_id);
|
||||
H5Tclose(nucleus->h5_charge->dtype_id);
|
||||
H5Dclose(nucleus->h5_charge->dset_id);
|
||||
H5Fclose(file->file_id);
|
||||
|
||||
return nucleus;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_write_nucleus(const trio_hdf5_t* file, h5nucleus_t* nucleus) {
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
// TODO
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_free_nucleus(h5nucleus_t* nucleus) {
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) free (nucleus->coord);
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) free (nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->h5_coord != NULL) free (nucleus->h5_coord);
|
||||
nucleus->h5_coord = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->h5_charge != NULL) free (nucleus->h5_charge);
|
||||
nucleus->h5_charge = NULL;
|
||||
|
||||
free (nucleus);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_read_nucleus_coord(const trio_t* file, double* coord) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
h5nucleus_t* nucleus = trio_hdf5_read_nucleus((trio_hdf5_t*) file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
|
||||
for (size_t i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_hdf5_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_write_nucleus_coord(const trio_t* file, const double* coord) {
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
// TODO
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
69
src/trio_hdf5.h
Normal file
69
src/trio_hdf5.h
Normal file
@ -0,0 +1,69 @@
|
||||
/* This file was generated from the trio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#ifndef _TRIO_HDF5_H
|
||||
#define _TRIO_HDF5_H
|
||||
|
||||
#include "trio.h"
|
||||
#include "trio_s.h"
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
#include "hdf5.h"
|
||||
#include "hdf5_hl.h" // needed for high-level APIs like H5LT, requires additional linking in Makefile
|
||||
|
||||
typedef struct slab_s {
|
||||
uint64_t a;
|
||||
uint64_t b;
|
||||
uint64_t c;
|
||||
uint64_t d;
|
||||
} slab_t;
|
||||
|
||||
typedef struct dset_s {
|
||||
hid_t dset_id;
|
||||
hid_t dspace_id;
|
||||
hid_t dtype_id;
|
||||
uint64_t* dims;
|
||||
uint32_t rank;
|
||||
const char* dset_name;
|
||||
} dset_t;
|
||||
|
||||
typedef struct h5nucleus_s {
|
||||
uint64_t num;
|
||||
double *coord;
|
||||
double *charge;
|
||||
dset_t* h5_coord;
|
||||
dset_t* h5_charge;
|
||||
} h5nucleus_t;
|
||||
|
||||
typedef struct h5electron_s {
|
||||
uint64_t alpha_num;
|
||||
uint64_t beta_num;
|
||||
} h5electron_t;
|
||||
|
||||
typedef struct trio_hdf5_s {
|
||||
trio_t parent ;
|
||||
hid_t file_id;
|
||||
hid_t nucleus_group;
|
||||
hid_t electron_group;
|
||||
//... other groups' id
|
||||
const char* file_name;
|
||||
} trio_hdf5_t;
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_init(trio_t* file);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_finalize(trio_t* file);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_hdf5_read_nucleus_coord(const trio_t* file, double* coord);
|
||||
// TODO
|
||||
//trio_exit_code trio_hdf5_write_nucleus_coord(const trio_t* file, const double* coord);
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
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