mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-07-22 10:47:43 +02:00
Example works with no memory leaks
This commit is contained in:
parent
43bbcfcdbf
commit
0c60cf78d9
95
src/test.c
Normal file
95
src/test.c
Normal file
@ -0,0 +1,95 @@
|
||||
#include "trio.h"
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
|
||||
int test_read();
|
||||
int test_write();
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
int main() {
|
||||
test_write();
|
||||
test_read();
|
||||
return 0 ;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int test_write() {
|
||||
const char* file_name = "trio_test";
|
||||
|
||||
trio_t* file = NULL;
|
||||
trio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
|
||||
int64_t num = 12;
|
||||
|
||||
double charge[12] = {6., 6., 6., 6., 6., 6., 1., 1., 1., 1., 1., 1.};
|
||||
|
||||
double coord[36] = {
|
||||
0.00000000 , 1.39250319 , 0.00000000 ,
|
||||
-1.20594314 , 0.69625160 , 0.00000000 ,
|
||||
-1.20594314 , -0.69625160 , 0.00000000 ,
|
||||
0.00000000 , -1.39250319 , 0.00000000 ,
|
||||
1.20594314 , -0.69625160 , 0.00000000 ,
|
||||
1.20594314 , 0.69625160 , 0.00000000 ,
|
||||
-2.14171677 , 1.23652075 , 0.00000000 ,
|
||||
-2.14171677 , -1.23652075 , 0.00000000 ,
|
||||
0.00000000 , -2.47304151 , 0.00000000 ,
|
||||
2.14171677 , -1.23652075 , 0.00000000 ,
|
||||
2.14171677 , 1.23652075 , 0.00000000 ,
|
||||
0.00000000 , 2.47304151 , 0.00000000 ,
|
||||
};
|
||||
|
||||
file = trio_create(file_name, TRIO_TEXT);
|
||||
|
||||
rc = trio_write_nucleus_num(file,num);
|
||||
rc = trio_write_nucleus_charge(file,charge);
|
||||
rc = trio_write_nucleus_coord(file,coord);
|
||||
|
||||
if (rc == TRIO_SUCCESS) {
|
||||
printf("SUCCESS\n");
|
||||
} else {
|
||||
printf("FAILURE\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_close(file);
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int test_read() {
|
||||
const char* file_name = "trio_test";
|
||||
|
||||
trio_t* file = NULL;
|
||||
trio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
int64_t num;
|
||||
double* charge;
|
||||
double* coord;
|
||||
|
||||
file = trio_create(file_name, TRIO_TEXT);
|
||||
|
||||
rc = trio_read_nucleus_num(file,&num);
|
||||
assert (num == 12);
|
||||
|
||||
charge = (double*) calloc(num, sizeof(double));
|
||||
rc = trio_read_nucleus_charge(file,charge);
|
||||
assert(charge[10] == 1.);
|
||||
|
||||
coord = (double*) calloc(3*num, sizeof(double));
|
||||
rc = trio_read_nucleus_coord(file,coord);
|
||||
double x = coord[30] - 2.14171677;
|
||||
assert( x*x < 1.e-12);
|
||||
|
||||
if (rc == TRIO_SUCCESS) {
|
||||
printf("SUCCESS\n");
|
||||
} else {
|
||||
printf("FAILURE\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_close(file);
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
254
src/trio.c
Normal file
254
src/trio.c
Normal file
@ -0,0 +1,254 @@
|
||||
/* This file was generated from the trio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
|
||||
#include "trio.h"
|
||||
#include "trio_s.h"
|
||||
#include "trio_text.h"
|
||||
/*
|
||||
#include "trio_hdf5.h"
|
||||
#include "trio_json.h"
|
||||
*/
|
||||
|
||||
trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
|
||||
/* Check that file name is not NULL or empty */
|
||||
assert (file_name != NULL);
|
||||
assert (file_name[0] != '\0');
|
||||
|
||||
/* Check that back_end is valid */
|
||||
assert (back_end < TRIO_INVALID_BACK_END);
|
||||
|
||||
trio_t* result = NULL;
|
||||
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_text_t));
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_hdf5_t));
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
result = (trio_t*) malloc (sizeof(trio_json_t));
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* TODO: Error handling */
|
||||
assert (result != NULL);
|
||||
|
||||
result->file_name = (char*) calloc(strlen(file_name)+1,sizeof(char));
|
||||
strcpy(result->file_name, file_name);
|
||||
result->back_end = back_end;
|
||||
result->mode = 'w'; /* Upon creation, mode=write */
|
||||
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
trio_exit_code rc = TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
rc = trio_text_init(result);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
rc = trio_hdf5_init(result);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
rc = trio_json_init(result);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
assert (rc == TRIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
return result;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_close(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
trio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
rc = trio_text_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
rc = trio_hdf5_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
rc = trio_json_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TRIO_SUCCESS) {
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
free(file->file_name);
|
||||
file->file_name = NULL;
|
||||
|
||||
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
free(file);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_read_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_read_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_read_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_num(trio_t* file, int64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_write_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_write_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_write_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_charge(trio_t* file, double* charge) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_read_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_read_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_read_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_charge(trio_t* file, double* charge) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_write_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_write_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_write_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
40
src/trio.h
Normal file
40
src/trio.h
Normal file
@ -0,0 +1,40 @@
|
||||
/* This file was generated from the trio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#ifndef _TRIO_H
|
||||
#define _TRIO_H
|
||||
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
|
||||
typedef int32_t trio_exit_code;
|
||||
|
||||
#define TRIO_SUCCESS ( (trio_exit_code) 0 )
|
||||
#define TRIO_FAILURE ( (trio_exit_code) 1 )
|
||||
|
||||
typedef uint32_t back_end_t;
|
||||
|
||||
#define TRIO_HDF5 ( (back_end_t) 0 )
|
||||
#define TRIO_TEXT ( (back_end_t) 1 )
|
||||
#define TRIO_JSON ( (back_end_t) 2 )
|
||||
#define TRIO_INVALID_BACK_END ( (back_end_t) 3 )
|
||||
|
||||
typedef struct trio_s trio_t;
|
||||
|
||||
trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_close(trio_t* file);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, int64_t* num);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_num(trio_t* file, int64_t num);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord);
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_charge(trio_t* file, double* charge);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_charge(trio_t* file, double* charge);
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
168
src/trio.org
168
src/trio.org
@ -2,7 +2,19 @@
|
||||
|
||||
* File prefixes :noxport:
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.h
|
||||
#+NAME:header
|
||||
#+begin_src c
|
||||
/* This file was generated from the trio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TRIO_H
|
||||
#define _TRIO_H
|
||||
|
||||
@ -10,7 +22,8 @@
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.c
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
@ -28,7 +41,8 @@
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_s.h
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_s.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TRIO_S_H
|
||||
#define _TRIO_S_H
|
||||
|
||||
@ -37,7 +51,8 @@
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_text.h
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_text.h :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#ifndef _TRIO_TEXT_H
|
||||
#define _TRIO_TEXT_H
|
||||
|
||||
@ -48,10 +63,12 @@
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_text.c
|
||||
#+begin_src c :tangle trio_text.c :noweb yes
|
||||
<<header>>
|
||||
#include "trio_text.h"
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -192,7 +209,8 @@ trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
strcpy(result->file_name, file_name);
|
||||
result->back_end = back_end;
|
||||
result->mode = 'w'; /* Upon creation, mode=write */
|
||||
pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||
int irc = pthread_mutex_init ( &(result->thread_lock), NULL);
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
trio_exit_code rc = TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
@ -219,10 +237,58 @@ trio_t* trio_create(const char* file_name, back_end_t back_end) {
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** File closing
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.h
|
||||
trio_exit_code trio_close(trio_t* file);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.c
|
||||
trio_exit_code trio_close(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
trio_exit_code rc;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
rc = trio_text_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
rc = trio_hdf5_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
rc = trio_json_finalize(file);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
assert (1 == 0); /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != TRIO_SUCCESS) {
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
free(file->file_name);
|
||||
file->file_name = NULL;
|
||||
|
||||
int irc = pthread_mutex_destroy( &(file->thread_lock) );
|
||||
assert (irc == 0);
|
||||
|
||||
free(file);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
** Reading/writing data
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.h
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, int64_t* num);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_num(trio_t* file, int64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.c
|
||||
@ -247,11 +313,34 @@ trio_exit_code trio_read_nucleus_num(trio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_num(trio_t* file, int64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_write_nucleus_num(file, num);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.h
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.c
|
||||
@ -271,7 +360,29 @@ trio_exit_code trio_read_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord) {
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_read_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
*/
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_write_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_write_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_write_nucleus_coord(file, coord);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
@ -281,6 +392,7 @@ trio_exit_code trio_read_nucleus_coord(trio_t* file, double* coord) {
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.h
|
||||
trio_exit_code trio_read_nucleus_charge(trio_t* file, double* charge);
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_charge(trio_t* file, double* charge);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle trio.c
|
||||
@ -305,6 +417,28 @@ trio_exit_code trio_read_nucleus_charge(trio_t* file, double* charge) {
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_write_nucleus_charge(trio_t* file, double* charge) {
|
||||
if (file == NULL) return TRIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TRIO_TEXT:
|
||||
return trio_text_write_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TRIO_HDF5:
|
||||
return trio_hdf5_write_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TRIO_JSON:
|
||||
return trio_json_write_nucleus_charge(file, charge);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
return TRIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
* Back ends
|
||||
@ -347,20 +481,34 @@ trio_exit_code trio_text_init(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
trio_text_t* f = (trio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
/* If directory doesn't exist, create it */
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0 && S_ISDIR(st.st_mode)) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else {
|
||||
if (mkdir(file->file_name, 0777) != 0) {
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create name of files in the directory */
|
||||
const char* nucleus_file_name = "/nucleus.txt";
|
||||
f->nucleus_file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->file_name) + strlen(nucleus_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (f->nucleus_file_name != NULL);
|
||||
strcpy (f->nucleus_file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (f->nucleus_file_name, nucleus_file_name);
|
||||
|
||||
|
||||
const char* electron_file_name = "/electron.txt";
|
||||
f->nucleus_file_name = (char*)
|
||||
f->electron_file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->file_name) + strlen(electron_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (f->nucleus_file_name != NULL);
|
||||
strcat (f->nucleus_file_name, electron_file_name);
|
||||
assert (f->electron_file_name != NULL);
|
||||
strcpy (f->electron_file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (f->electron_file_name, electron_file_name);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
23
src/trio_s.h
Normal file
23
src/trio_s.h
Normal file
@ -0,0 +1,23 @@
|
||||
/* This file was generated from the trio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#ifndef _TRIO_S_H
|
||||
#define _TRIO_S_H
|
||||
|
||||
#include "trio.h"
|
||||
#include <pthread.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
|
||||
struct trio_s {
|
||||
char* file_name;
|
||||
pthread_mutex_t thread_lock;
|
||||
back_end_t back_end;
|
||||
char mode;
|
||||
char padding[7]; /* Ensures the proper alignment of back-ends */
|
||||
};
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
294
src/trio_text.c
Normal file
294
src/trio_text.c
Normal file
@ -0,0 +1,294 @@
|
||||
/* This file was generated from the trio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#include "trio_text.h"
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_init(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
trio_text_t* f = (trio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
/* If directory doesn't exist, create it */
|
||||
struct stat st;
|
||||
|
||||
if (stat(file->file_name, &st) == 0 && S_ISDIR(st.st_mode)) {
|
||||
/* Do nothing */
|
||||
} else {
|
||||
if (mkdir(file->file_name, 0777) != 0) {
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create name of files in the directory */
|
||||
const char* nucleus_file_name = "/nucleus.txt";
|
||||
f->nucleus_file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->file_name) + strlen(nucleus_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (f->nucleus_file_name != NULL);
|
||||
strcpy (f->nucleus_file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (f->nucleus_file_name, nucleus_file_name);
|
||||
|
||||
|
||||
const char* electron_file_name = "/electron.txt";
|
||||
f->electron_file_name = (char*)
|
||||
calloc( strlen(file->file_name) + strlen(electron_file_name) + 1,
|
||||
sizeof(char));
|
||||
assert (f->electron_file_name != NULL);
|
||||
strcpy (f->electron_file_name, file->file_name);
|
||||
strcat (f->electron_file_name, electron_file_name);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_finalize(trio_t* file) {
|
||||
|
||||
trio_text_t* f = (trio_text_t*) file;
|
||||
|
||||
free (f->nucleus_file_name);
|
||||
f->nucleus_file_name = NULL;
|
||||
|
||||
free (f->electron_file_name);
|
||||
f->electron_file_name = NULL;
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
nucleus_t* trio_text_read_nucleus(const trio_text_t* file) {
|
||||
|
||||
/* Allocate the data structure */
|
||||
nucleus_t* nucleus = (nucleus_t*) malloc(sizeof(nucleus_t));
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->num = 0;
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
|
||||
/* Try to open the file. If the file does not exist, return */
|
||||
FILE* f = fopen(file->nucleus_file_name,"r");
|
||||
if (f == NULL) {
|
||||
return nucleus;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Find size of file to allocate the max size of the string buffer */
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_END);
|
||||
size_t sz = ftell(f);
|
||||
fseek(f, 0L, SEEK_SET);
|
||||
char* buffer = (char*) malloc(sz*sizeof(char));
|
||||
|
||||
/* Read the dimensioning variables */
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "num") == 0);
|
||||
|
||||
fscanf(f, "%ld", &(nucleus->num));
|
||||
assert (nucleus->num > 0);
|
||||
|
||||
/* Allocate arrays */
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(3 * nucleus->num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
/* Read arrays */
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "charge") == 0);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
fscanf(f, "%lf", &(nucleus->charge[i]));
|
||||
}
|
||||
|
||||
fscanf(f, "%s", buffer);
|
||||
assert (strcmp(buffer, "coord") == 0);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
fscanf(f, "%lf", &(nucleus->coord[i]));
|
||||
}
|
||||
free(buffer);
|
||||
fclose(f);
|
||||
return nucleus;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_write_nucleus(const trio_text_t* file, nucleus_t* nucleus) {
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
FILE* f = fopen(file->nucleus_file_name,"w");
|
||||
assert (f != NULL);
|
||||
|
||||
/* Write the dimensioning variables */
|
||||
fprintf(f, "num %ld\n", nucleus->num);
|
||||
|
||||
/* Write arrays */
|
||||
fprintf(f, "charge\n");
|
||||
for (int i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->charge[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fprintf(f, "coord\n");
|
||||
for (int i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
fprintf(f, "%lf\n", nucleus->coord[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fclose(f);
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_free_nucleus(nucleus_t* nucleus) {
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) {
|
||||
free (nucleus->coord);
|
||||
}
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) {
|
||||
free (nucleus->charge);
|
||||
}
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
|
||||
free (nucleus);
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_read_nucleus_num(const trio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (num != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trio_text_read_nucleus((trio_text_t*) file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/**/ *num = nucleus->num;
|
||||
|
||||
trio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_write_nucleus_num(const trio_t* file, const int64_t num) {
|
||||
|
||||
assert (num > 0L);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trio_text_read_nucleus((trio_text_t*) file);
|
||||
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
if (nucleus->num != num) {
|
||||
|
||||
nucleus->num = num;
|
||||
|
||||
if (nucleus->charge != NULL) free(nucleus->charge);
|
||||
nucleus->charge = NULL;
|
||||
|
||||
nucleus->charge = (double*) calloc(num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->charge != NULL);
|
||||
|
||||
if (nucleus->coord != NULL) free(nucleus->coord );
|
||||
nucleus->coord = NULL;
|
||||
|
||||
nucleus->coord = (double*) calloc(3*num, sizeof(double));
|
||||
assert (nucleus->coord != NULL);
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
nucleus->num = num;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code rc = trio_text_write_nucleus((trio_text_t*) file, nucleus);
|
||||
assert (rc == TRIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
trio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_read_nucleus_coord(const trio_t* file, double* coord) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
nucleus_t* nucleus = trio_text_read_nucleus((trio_text_t*) file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
coord[i] = nucleus->coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_write_nucleus_coord(const trio_t* file, const double* coord) {
|
||||
|
||||
assert (coord != NULL);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trio_text_read_nucleus((trio_text_t*) file);
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<3*nucleus->num ; i++) {
|
||||
nucleus->coord[i] = coord[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code rc = trio_text_write_nucleus((trio_text_t*) file, nucleus);
|
||||
assert (rc == TRIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
trio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_read_nucleus_charge(const trio_t* file, double* charge) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
nucleus_t* nucleus = trio_text_read_nucleus((trio_text_t*)file);
|
||||
|
||||
if (nucleus == NULL) {
|
||||
return TRIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (charge != NULL);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
charge[i] = nucleus->charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_write_nucleus_charge(const trio_t* file, const double* charge) {
|
||||
|
||||
assert (charge != NULL);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
nucleus_t* nucleus = trio_text_read_nucleus((trio_text_t*)file);
|
||||
assert (nucleus != NULL);
|
||||
|
||||
for (int i=0 ; i<nucleus->num ; i++) {
|
||||
nucleus->charge[i] = charge[i];
|
||||
}
|
||||
|
||||
trio_exit_code rc = trio_text_write_nucleus((trio_text_t*) file, nucleus);
|
||||
assert (rc == TRIO_SUCCESS);
|
||||
|
||||
trio_text_free_nucleus(nucleus);
|
||||
|
||||
return TRIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
50
src/trio_text.h
Normal file
50
src/trio_text.h
Normal file
@ -0,0 +1,50 @@
|
||||
/* This file was generated from the trio.org org-mode file.
|
||||
To generate it, open trio.org in Emacs and execute
|
||||
M-x org-babel-tangle
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#ifndef _TRIO_TEXT_H
|
||||
#define _TRIO_TEXT_H
|
||||
|
||||
#include "trio.h"
|
||||
#include "trio_s.h"
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <sys/stat.h>
|
||||
|
||||
typedef struct nucleus_s {
|
||||
double* coord;
|
||||
double* charge;
|
||||
int64_t num;
|
||||
} nucleus_t;
|
||||
|
||||
typedef struct electron_s {
|
||||
int64_t alpha_num;
|
||||
int64_t beta_num;
|
||||
} electron_t;
|
||||
|
||||
typedef struct trio_text_s {
|
||||
trio_t parent ;
|
||||
char* nucleus_file_name;
|
||||
char* electron_file_name;
|
||||
} trio_text_t;
|
||||
|
||||
trio_exit_code trio_text_init(trio_t* file);
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trio_exit_code trio_text_finalize(trio_t* file);
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trio_exit_code trio_text_read_nucleus_num(const trio_t* file, int64_t* num);
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trio_exit_code trio_text_write_nucleus_num(const trio_t* file, const int64_t num);
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trio_exit_code trio_text_read_nucleus_coord(const trio_t* file, double* coord);
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trio_exit_code trio_text_write_nucleus_coord(const trio_t* file, const double* coord);
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trio_exit_code trio_text_read_nucleus_charge(const trio_t* file, double* coord);
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trio_exit_code trio_text_write_nucleus_charge(const trio_t* file, const double* coord);
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#endif
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