mirror of
https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-12-22 20:35:44 +01:00
better error handling for HDF5
This commit is contained in:
parent
32192f53aa
commit
070ef06818
@ -406,8 +406,20 @@ trexio_hdf5_write_$group_dset$ (trexio_t* const file,
|
||||
if ( H5LTfind_dataset(f->$group$_group, $GROUP_DSET$_NAME) != 1 ) {
|
||||
|
||||
hid_t dspace = H5Screate_simple(h5_rank, chunk_dims, maxdims);
|
||||
if (dspace < 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
hid_t prop = H5Pcreate(H5P_DATASET_CREATE);
|
||||
if (prop < 0) {
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
herr_t status = H5Pset_chunk(prop, h5_rank, chunk_dims);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
H5Pclose(prop);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
hid_t dset_id = H5Dcreate(f->$group$_group,
|
||||
$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
@ -416,19 +428,21 @@ trexio_hdf5_write_$group_dset$ (trexio_t* const file,
|
||||
H5P_DEFAULT,
|
||||
prop,
|
||||
H5P_DEFAULT);
|
||||
if (dset_id < 0) {
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
H5Pclose(prop);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert(dset_id >= 0);
|
||||
status = H5Dwrite(dset_id, H5T_NATIVE_INT32, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, index_sparse);
|
||||
|
||||
/*const herr_t status = H5LTmake_dataset(f->$group$_group,
|
||||
$GROUP_DSET$_NAME,
|
||||
(int) rank, (const hsize_t*) dims,
|
||||
H5T_$GROUP_DSET_H5_DTYPE$,
|
||||
$group_dset$);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;*/
|
||||
status = H5Dwrite(dset_id,
|
||||
H5T_NATIVE_INT32,
|
||||
H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,
|
||||
index_sparse);
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
H5Pclose(prop);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
@ -436,6 +450,11 @@ trexio_hdf5_write_$group_dset$ (trexio_t* const file,
|
||||
if (dset_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
hid_t fspace = H5Dget_space(dset_id);
|
||||
if (fspace < 0) {
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
hsize_t offset[1] = {(hsize_t) offset_file * $group_dset_rank$};
|
||||
|
||||
// allocate space for the dimensions to be read
|
||||
@ -447,26 +466,46 @@ trexio_hdf5_write_$group_dset$ (trexio_t* const file,
|
||||
|
||||
// extend the dset size
|
||||
herr_t status = H5Dset_extent(dset_id, ddims);
|
||||
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
H5Sclose(fspace);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// close and reopen the file dataspace to take into account the extension
|
||||
H5Sclose(fspace);
|
||||
fspace = H5Dget_space(dset_id);
|
||||
if (fspace < 0) {
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// select hyperslab to be written using chunk_dims and offset values
|
||||
status = H5Sselect_hyperslab(fspace, H5S_SELECT_SET, offset, NULL, chunk_dims, NULL);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
H5Sclose(fspace);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// create memory dataspace to write from
|
||||
hid_t dspace = H5Screate_simple(h5_rank, chunk_dims, NULL);
|
||||
if (dspace < 0) {
|
||||
H5Sclose(fspace);
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
status = H5Dwrite(dset_id,
|
||||
H5T_NATIVE_INT32,
|
||||
dspace, fspace, H5P_DEFAULT,
|
||||
index_sparse);
|
||||
assert(status >= 0);
|
||||
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
H5Sclose(dspace);
|
||||
H5Sclose(fspace);
|
||||
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
@ -496,20 +535,24 @@ trexio_hdf5_read_$group_dset$ (trexio_t* const file,
|
||||
|
||||
// get the dataspace of the dataset
|
||||
hid_t fspace_id = H5Dget_space(dset_id);
|
||||
if (fspace_id < 0) {
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// TODO: check for possible overflow HERE ?
|
||||
hsize_t offset[1] = {(hsize_t) offset_file * $group_dset_rank$};
|
||||
hsize_t count[1] = {(hsize_t) size * $group_dset_rank$};
|
||||
|
||||
/* get dimensions of the dataset in the file to check whether reading with user-provided chunk size
|
||||
/* get dims of the dset stored in the file to check whether reading with user-provided chunk size
|
||||
will reach end of the dataset (i.e. EOF in TEXT back end)
|
||||
,*/
|
||||
*/
|
||||
hsize_t ddims[1] = {0};
|
||||
int rrank = H5Sget_simple_extent_dims(fspace_id, ddims, NULL);
|
||||
|
||||
hsize_t max_offset = offset[0] + count[0];
|
||||
|
||||
int eof_reachable = 0;
|
||||
// if max_offset exceed current dim of the dset => EOF
|
||||
if (max_offset > ddims[0]) {
|
||||
eof_reachable = 1;
|
||||
// lower the value of count to reduce the number of elements which will be read
|
||||
@ -519,15 +562,28 @@ trexio_hdf5_read_$group_dset$ (trexio_t* const file,
|
||||
}
|
||||
|
||||
herr_t status = H5Sselect_hyperslab(fspace_id, H5S_SELECT_SET, offset, NULL, count, NULL);
|
||||
if (status < 0) {
|
||||
H5Sclose(fspace_id);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
hid_t memspace_id = H5Screate_simple(1, count, NULL);
|
||||
if (memspace_id < 0) {
|
||||
H5Sclose(fspace_id);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
status = H5Dread(dset_id, H5T_NATIVE_INT32, memspace_id, fspace_id, H5P_DEFAULT, index_read);
|
||||
|
||||
status = H5Dread(dset_id,
|
||||
H5T_NATIVE_INT32,
|
||||
memspace_id, fspace_id, H5P_DEFAULT,
|
||||
index_read);
|
||||
H5Sclose(fspace_id);
|
||||
H5Sclose(memspace_id);
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
|
||||
assert (status >= 0);
|
||||
if (status < 0) return TREXIO_FAILURE;
|
||||
|
||||
if (eof_reachable == 1) return TREXIO_END;
|
||||
|
||||
@ -549,6 +605,10 @@ trexio_hdf5_read_$group_dset$_size (trexio_t* const file, int64_t* const size_ma
|
||||
if (dset_id <= 0) return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
|
||||
hid_t fspace_id = H5Dget_space(dset_id);
|
||||
if (fspace_id < 0) {
|
||||
H5Dclose(dset_id);
|
||||
return TREXIO_INVALID_ID;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// allocate space for the dimensions to be read
|
||||
hsize_t ddims[1] = {0};
|
||||
|
Loading…
Reference in New Issue
Block a user