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https://github.com/TREX-CoE/trexio.git
synced 2024-12-23 04:43:57 +01:00
working has_ functions [all]
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parent
679c462d63
commit
068beacb07
@ -94,11 +94,11 @@ files_front = [f for f in listdir(templ_path_front) if isfile(join(templ_path_fr
|
||||
|
||||
files = files_text + files_hdf5 + files_front
|
||||
|
||||
files_funcs = [f for f in files if 'read_' in f or 'write_' in f or 'flush_' in f or 'free_' in f or 'rw_' in f ]
|
||||
files_funcs = [f for f in files if 'read_' in f or 'write_' in f or 'flush_' in f or 'free_' in f or 'hrw_' in f or 'has_' in f]
|
||||
files_funcs_dsets = [f for f in files_funcs if 'dset' in f]
|
||||
files_funcs_nums = [f for f in files_funcs if 'num' in f]
|
||||
files_funcs_groups = [f for f in files_funcs if 'group' in f]
|
||||
files_auxil = [f for f in files if not ('read_' in f or 'write_' in f or 'rw_' in f)]
|
||||
files_auxil = [f for f in files if not ('read_' in f or 'write_' in f or 'hrw_' in f or 'has_' in f)]
|
||||
|
||||
files_funcs_groups.append('struct_text_group_dset.h')
|
||||
|
||||
|
||||
@ -12,7 +12,6 @@
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src fortran :tangle prefix_fortran.f90 :noweb yes
|
||||
|
||||
module trexio
|
||||
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
@ -36,7 +35,8 @@ module trexio
|
||||
integer, parameter :: TREXIO_INVALID_ID = 20
|
||||
integer, parameter :: TREXIO_ALLOCATION_FAILED = 21
|
||||
integer, parameter :: TREXIO_INVALID_NUM = 22
|
||||
|
||||
integer, parameter :: TREXIO_HAS_NOT = 30
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle prefix_front.h :noweb yes
|
||||
@ -128,6 +128,7 @@ typedef int32_t trexio_exit_code;
|
||||
#define TREXIO_INVALID_ID ( (trexio_exit_code) 20 )
|
||||
#define TREXIO_ALLOCATION_FAILED ( (trexio_exit_code) 21 )
|
||||
#define TREXIO_INVALID_NUM ( (trexio_exit_code) 22 )
|
||||
#define TREXIO_HAS_NOT ( (trexio_exit_code) 30 )
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -401,15 +402,16 @@ end interface
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
* Templates for front end
|
||||
** Template for frontend read/write a number
|
||||
** Template for frontend has/read/write a number
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_num_front.h
|
||||
#+begin_src c :tangle hrw_num_front.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_has_$group_num$(trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_$group_num$(trexio_t* const file, int64_t* const num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_$group_num$(trexio_t* const file, const int64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_num_front.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_$group_num$(trexio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_$group_num$(trexio_t* const file, int64_t* const num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
uint64_t u_num = 0;
|
||||
@ -433,13 +435,12 @@ trexio_exit_code trexio_read_$group_num$(trexio_t* file, int64_t* num) {
|
||||
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
/**/ *num = (int64_t) u_num;
|
||||
*num = (int64_t) u_num;
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_num_front.c
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_$group_num$(trexio_t* const file, const int64_t num) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num < 0 ) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
@ -459,7 +460,7 @@ trexio_exit_code trexio_write_$group_num$(trexio_t* const file, const int64_t nu
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
rc = trexio_json_write_$group_num$(file, (uint64_t) num);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
,*/
|
||||
}
|
||||
if (rc != TREXIO_SUCCESS) return rc;
|
||||
|
||||
@ -467,9 +468,32 @@ trexio_exit_code trexio_write_$group_num$(trexio_t* const file, const int64_t nu
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle has_num_front.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_has_$group_num$(trexio_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_has_$group_num$(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_has_$group_num$(file);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_has_$group_num$(file);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src fortran :tangle write_num_front_fortran.f90
|
||||
|
||||
interface
|
||||
integer function trexio_write_$group_num$ (trex_file, num) bind(C)
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
@ -477,12 +501,9 @@ interface
|
||||
integer(8), intent(in), value :: num
|
||||
end function trexio_write_$group_num$
|
||||
end interface
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src fortran :tangle read_num_front_fortran.f90
|
||||
|
||||
interface
|
||||
integer function trexio_read_$group_num$ (trex_file, num) bind(C)
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
@ -490,13 +511,21 @@ interface
|
||||
integer(8), intent(out) :: num
|
||||
end function trexio_read_$group_num$
|
||||
end interface
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src fortran :tangle has_num_front_fortran.f90
|
||||
interface
|
||||
integer function trexio_has_$group_num$ (trex_file) bind(C)
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
integer(8), intent(in), value :: trex_file
|
||||
end function trexio_has_$group_num$
|
||||
end interface
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Template for frontend read/write a dataset
|
||||
** Template for frontend has/read/write a dataset
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_dset_front.h
|
||||
#+begin_src c :tangle hrw_dset_front.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_has_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $group_dset$);
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$);
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -553,7 +582,6 @@ trexio_exit_code trexio_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $group_d
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_dset_front.c
|
||||
|
||||
trexio_exit_code trexio_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
@ -601,9 +629,33 @@ trexio_exit_code trexio_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, const $
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle has_dset_front.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_has_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
switch (file->back_end) {
|
||||
|
||||
case TREXIO_TEXT:
|
||||
return trexio_text_has_$group$_$group_dset$(file);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case TREXIO_HDF5:
|
||||
return trexio_hdf5_has_$group$_$group_dset$(file);
|
||||
break;
|
||||
/*
|
||||
case TREXIO_JSON:
|
||||
return trexio_json_has_$group$_$group_dset$(file);
|
||||
break;
|
||||
,*/
|
||||
default:
|
||||
return TREXIO_FAILURE; /* Impossible case */
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src fortran :tangle write_dset_front_fortran.f90
|
||||
|
||||
interface
|
||||
integer function trexio_write_$group$_$group_dset$ (trex_file, dset) bind(C)
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
@ -611,11 +663,9 @@ interface
|
||||
$group_dset_f_dtype$, intent(in) :: dset(*)
|
||||
end function trexio_write_$group$_$group_dset$
|
||||
end interface
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src fortran :tangle read_dset_front_fortran.f90
|
||||
|
||||
interface
|
||||
integer function trexio_read_$group$_$group_dset$ (trex_file, dset) bind(C)
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
@ -623,7 +673,15 @@ interface
|
||||
$group_dset_f_dtype$, intent(out) :: dset(*)
|
||||
end function trexio_read_$group$_$group_dset$
|
||||
end interface
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src fortran :tangle has_dset_front_fortran.f90
|
||||
interface
|
||||
integer function trexio_has_$group$_$group_dset$ (trex_file) bind(C)
|
||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||
integer(8), intent(in), value :: trex_file
|
||||
end function trexio_has_$group$_$group_dset$
|
||||
end interface
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
* Back ends
|
||||
|
||||
@ -7,12 +7,14 @@ cat populated/pop_def_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_struct_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
|
||||
cat populated/pop_basic_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_has_dset_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_has_num_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_read_dset_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_read_num_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_write_dset_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_write_num_hdf5.c >> trexio_hdf5.c
|
||||
cat populated/pop_rw_num_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
cat populated/pop_rw_dset_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
cat populated/pop_hrw_num_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
cat populated/pop_hrw_dset_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
|
||||
cat suffix_hdf5.h >> trexio_hdf5.h
|
||||
|
||||
|
||||
@ -118,15 +118,12 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_init(trexio_t* const file) {
|
||||
case 'r':
|
||||
case 'a':
|
||||
f->$group$_group = H5Gopen(f->file_id, $GROUP$_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gopen(f->file_id, ELECTRON_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
case 'w':
|
||||
f->$group$_group = H5Gcreate(f->file_id, $GROUP$_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
//f->electron_group = H5Gcreate(f->file_id, ELECTRON_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
assert (f->$group$_group > 0L);
|
||||
//assert (f->electron_group > 0L);
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
@ -138,11 +135,6 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* const file) {
|
||||
H5Gclose(f->$group$_group);
|
||||
f->$group$_group = 0;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
H5Gclose(f->electron_group);
|
||||
f->electron_group = 0;
|
||||
*/
|
||||
|
||||
H5Fclose(f->file_id);
|
||||
f->file_id = 0;
|
||||
|
||||
@ -152,10 +144,10 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_finalize(trexio_t* const file) {
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 has/read/write a number
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 read/write a number
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_num_hdf5.h
|
||||
#+begin_src c :tangle hrw_num_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_has_$group_num$ (trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group_num$ (trexio_t* const file, uint64_t* const num);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$(trexio_t* const file, const uint64_t num);
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -163,9 +155,8 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$(trexio_t* const file, const uint6
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_num_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group_num$ (trexio_t* const file, uint64_t* const num) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (num != NULL);
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
const trexio_hdf5_t* f = (const trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
/* Quit if the dimensioning attribute is missing in the file */
|
||||
@ -180,14 +171,13 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group_num$ (trexio_t* const file, uint64_t* c
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_num_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$ (trexio_t* const file, const uint64_t num) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert (num > 0L);
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if (num == 0L ) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
trexio_hdf5_t* const f = (trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
@ -251,20 +241,36 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group_num$ (trexio_t* const file, const uint
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle has_num_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_has_$group_num$ (trexio_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 read/write a dataset
|
||||
const trexio_hdf5_t* f = (const trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
htri_t status = H5Aexists(f->$group$_group, $GROUP_NUM$_NAME);
|
||||
/* H5Aexists returns positive value if attribute exists, 0 if does not, negative if error */
|
||||
if (status > 0){
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
} else if (status == 0) {
|
||||
return TREXIO_HAS_NOT;
|
||||
} else {
|
||||
return TREXIO_FAILURE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Template for HDF5 has/read/write a dataset
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle rw_dset_hdf5.h
|
||||
#+begin_src c :tangle hrw_dset_hdf5.h
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_has_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims);
|
||||
#+end_src
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle read_dset_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $group_dset_dtype$* const $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert ($group_dset$ != NULL);
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
const trexio_hdf5_t* f = (const trexio_hdf5_t*) file;
|
||||
|
||||
@ -312,13 +318,12 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_read_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, $gr
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle write_dset_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, const $group_dset_dtype$* $group_dset$, const uint32_t rank, const uint64_t* dims) {
|
||||
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
assert ($group_dset$ != NULL);
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
|
||||
if ($group_dset$ == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_2;
|
||||
|
||||
trexio_exit_code rc;
|
||||
uint64_t $group_dset_dim$;
|
||||
@ -351,8 +356,25 @@ trexio_exit_code trexio_hdf5_write_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file, co
|
||||
|
||||
return TREXIO_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle has_dset_hdf5.c
|
||||
trexio_exit_code trexio_hdf5_has_$group$_$group_dset$(trexio_t* const file) {
|
||||
if (file == NULL) return TREXIO_INVALID_ARG_1;
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trexio_hdf5_t* f = (trexio_hdf5_t*) file;
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herr_t status = H5LTfind_dataset(f->$group$_group, $GROUP$_$GROUP_DSET$_NAME);
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/* H5LTfind_dataset returns 1 if dataset exists, 0 otherwise */
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if (status == 1){
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return TREXIO_SUCCESS;
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} else if (status == 0) {
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return TREXIO_HAS_NOT;
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} else {
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return TREXIO_FAILURE;
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}
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}
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#+end_src
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** Constant file suffixes (not used by generator) for HDF5 :noxport:
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@ -17,12 +17,14 @@ cat populated/pop_free_group_text.h >> trexio_text.h
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cat populated/pop_read_group_text.h >> trexio_text.h
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cat populated/pop_flush_group_text.h >> trexio_text.h
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cat populated/pop_has_dset_text.c >> trexio_text.c
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cat populated/pop_has_num_text.c >> trexio_text.c
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cat populated/pop_read_dset_text.c >> trexio_text.c
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cat populated/pop_read_num_text.c >> trexio_text.c
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cat populated/pop_write_dset_text.c >> trexio_text.c
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cat populated/pop_write_num_text.c >> trexio_text.c
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cat populated/pop_rw_num_text.h >> trexio_text.h
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cat populated/pop_rw_dset_text.h >> trexio_text.h
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cat populated/pop_hrw_num_text.h >> trexio_text.h
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cat populated/pop_hrw_dset_text.h >> trexio_text.h
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cat rdm_text.c >> trexio_text.c
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cat rdm_text.h >> trexio_text.h
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