mirror of
https://github.com/TREX-CoE/qmckl.git
synced 2024-09-27 03:51:09 +02:00
Documentation in MOs
This commit is contained in:
parent
5512c1b41c
commit
d5289057cd
309
org/qmckl_mo.org
309
org/qmckl_mo.org
@ -3,16 +3,16 @@
|
|||||||
#+INCLUDE: ../tools/lib.org
|
#+INCLUDE: ../tools/lib.org
|
||||||
|
|
||||||
The molecular orbitals (MOs) are defined in the basis of AOs along with a AO to MO
|
The molecular orbitals (MOs) are defined in the basis of AOs along with a AO to MO
|
||||||
coefficient matrix \[C\]. Using these coefficients (e.g. from Hartree Fock SCF method)
|
coefficient matrix $C$. Using these coefficients (e.g. from Hartree Fock method)
|
||||||
the MOs are defined as follows:
|
the MOs are defined as follows:
|
||||||
|
|
||||||
\[
|
\[
|
||||||
\phi_i(\mathbf{r}) = C_i * \chi_i (\mathbf{r})
|
\phi_i(\mathbf{r}) = C_i * \chi_i (\mathbf{r})
|
||||||
\]
|
\]
|
||||||
|
|
||||||
|
By default, all the MOs are computed. A subset of MOs can be selected
|
||||||
In this section we demonstrate how to use the QMCkl specific DGEMM
|
for computation, for example to remove computation of the useless
|
||||||
function to calculate the MOs.
|
virtual MOs present in a MO coefficient matrix.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
* Headers :noexport:
|
* Headers :noexport:
|
||||||
@ -84,11 +84,11 @@ int main() {
|
|||||||
The following arrays are stored in the context:
|
The following arrays are stored in the context:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|-----------------+--------------------+----------------------------------------|
|
|-------------------+--------------------+----------------------------------------|
|
||||||
| ~mo_num~ | | Number of MOs |
|
| ~mo_num~ | | Number of MOs |
|
||||||
| ~coefficient~ | ~[mo_num][ao_num]~ | Orbital coefficients |
|
| ~coefficient~ | ~[mo_num][ao_num]~ | MO coefficients |
|
||||||
| ~coefficient_t~ | ~[ao_num][mo_num]~ | Transposed of the Orbital coefficients |
|
| ~coefficient_t~ | ~[ao_num][mo_num]~ | Transposed of the Orbital coefficients |
|
||||||
|-----------------+--------------------+----------------------------------------|
|
|-------------------+--------------------+----------------------------------------|
|
||||||
|
|
||||||
Computed data:
|
Computed data:
|
||||||
|
|
||||||
@ -103,7 +103,7 @@ int main() {
|
|||||||
|
|
||||||
#+begin_src c :comments org :tangle (eval h_private_type)
|
#+begin_src c :comments org :tangle (eval h_private_type)
|
||||||
typedef struct qmckl_mo_basis_struct {
|
typedef struct qmckl_mo_basis_struct {
|
||||||
int64_t mo_num;
|
int64_t mo_num;
|
||||||
double * restrict coefficient;
|
double * restrict coefficient;
|
||||||
double * restrict coefficient_t;
|
double * restrict coefficient_t;
|
||||||
|
|
||||||
@ -144,150 +144,6 @@ qmckl_exit_code qmckl_init_mo_basis(qmckl_context context) {
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
#+end_src
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
** Access functions
|
|
||||||
|
|
||||||
#+begin_src c :comments org :tangle (eval h_func) :exports none
|
|
||||||
qmckl_exit_code
|
|
||||||
qmckl_get_mo_basis_mo_num (const qmckl_context context,
|
|
||||||
int64_t* mo_num);
|
|
||||||
#+end_src
|
|
||||||
|
|
||||||
#+begin_src c :comments org :tangle (eval c) :noweb yes :exports none
|
|
||||||
qmckl_exit_code
|
|
||||||
qmckl_get_mo_basis_mo_num (const qmckl_context context,
|
|
||||||
int64_t* mo_num)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (qmckl_context_check(context) == QMCKL_NULL_CONTEXT) {
|
|
||||||
return qmckl_failwith( context,
|
|
||||||
QMCKL_INVALID_CONTEXT,
|
|
||||||
"qmckl_get_mo_basis_mo_num",
|
|
||||||
NULL);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
qmckl_context_struct* const ctx = (qmckl_context_struct*) context;
|
|
||||||
assert (ctx != NULL);
|
|
||||||
|
|
||||||
int32_t mask = 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
if ( (ctx->mo_basis.uninitialized & mask) != 0) {
|
|
||||||
return qmckl_failwith( context,
|
|
||||||
QMCKL_NOT_PROVIDED,
|
|
||||||
"qmckl_get_mo_basis_mo_num",
|
|
||||||
NULL);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
assert (ctx->mo_basis.mo_num > (int64_t) 0);
|
|
||||||
,*mo_num = ctx->mo_basis.mo_num;
|
|
||||||
return QMCKL_SUCCESS;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
#+end_src
|
|
||||||
|
|
||||||
#+begin_src c :comments org :tangle (eval h_func) :exports none
|
|
||||||
qmckl_exit_code
|
|
||||||
qmckl_get_mo_basis_coefficient (const qmckl_context context,
|
|
||||||
double* const coefficient,
|
|
||||||
const int64_t size_max);
|
|
||||||
#+end_src
|
|
||||||
|
|
||||||
#+begin_src c :comments org :tangle (eval c) :exports none
|
|
||||||
qmckl_exit_code
|
|
||||||
qmckl_get_mo_basis_coefficient (const qmckl_context context,
|
|
||||||
double* const coefficient,
|
|
||||||
const int64_t size_max)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (qmckl_context_check(context) == QMCKL_NULL_CONTEXT) {
|
|
||||||
return qmckl_failwith( context,
|
|
||||||
QMCKL_INVALID_CONTEXT,
|
|
||||||
"qmckl_get_mo_basis_coefficient",
|
|
||||||
NULL);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
qmckl_context_struct* const ctx = (qmckl_context_struct*) context;
|
|
||||||
assert (ctx != NULL);
|
|
||||||
|
|
||||||
int32_t mask = 1 << 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
if ( (ctx->ao_basis.uninitialized & mask) != 0) {
|
|
||||||
return qmckl_failwith( context,
|
|
||||||
QMCKL_NOT_PROVIDED,
|
|
||||||
"qmckl_get_mo_basis_coefficient",
|
|
||||||
NULL);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (coefficient == NULL) {
|
|
||||||
return qmckl_failwith( context,
|
|
||||||
QMCKL_INVALID_ARG_2,
|
|
||||||
"qmckl_get_mo_basis_coefficient",
|
|
||||||
"NULL pointer");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (size_max < ctx->ao_basis.ao_num * ctx->mo_basis.mo_num) {
|
|
||||||
return qmckl_failwith( context,
|
|
||||||
QMCKL_INVALID_ARG_3,
|
|
||||||
"qmckl_get_mo_basis_coefficient",
|
|
||||||
"Array too small. Expected mo_num * ao_num");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
assert (ctx->mo_basis.coefficient != NULL);
|
|
||||||
memcpy(coefficient, ctx->mo_basis.coefficient,
|
|
||||||
ctx->ao_basis.ao_num * ctx->mo_basis.mo_num * sizeof(double));
|
|
||||||
|
|
||||||
return QMCKL_SUCCESS;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
#+end_src
|
|
||||||
|
|
||||||
When all the data for the AOs have been provided, the following
|
|
||||||
function returns ~true~.
|
|
||||||
|
|
||||||
#+begin_src c :comments org :tangle (eval h_func)
|
|
||||||
bool qmckl_mo_basis_provided (const qmckl_context context);
|
|
||||||
#+end_src
|
|
||||||
|
|
||||||
#+begin_src c :comments org :tangle (eval c) :exports none
|
|
||||||
bool qmckl_mo_basis_provided(const qmckl_context context) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (qmckl_context_check(context) == QMCKL_NULL_CONTEXT) {
|
|
||||||
return false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
qmckl_context_struct* const ctx = (qmckl_context_struct*) context;
|
|
||||||
assert (ctx != NULL);
|
|
||||||
|
|
||||||
return ctx->mo_basis.provided;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
#+end_src
|
|
||||||
|
|
||||||
*** Fortran interfaces
|
|
||||||
|
|
||||||
#+begin_src f90 :tangle (eval fh_func) :comments org :exports none
|
|
||||||
interface
|
|
||||||
integer(c_int32_t) function qmckl_get_mo_basis_mo_num (context, &
|
|
||||||
mo_num) bind(C)
|
|
||||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
|
||||||
import
|
|
||||||
implicit none
|
|
||||||
integer (c_int64_t) , intent(in) , value :: context
|
|
||||||
integer (c_int64_t) , intent(out) :: mo_num
|
|
||||||
end function qmckl_get_mo_basis_mo_num
|
|
||||||
end interface
|
|
||||||
|
|
||||||
interface
|
|
||||||
integer(c_int32_t) function qmckl_get_mo_basis_coefficient(context, &
|
|
||||||
coefficient, size_max) bind(C)
|
|
||||||
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
|
||||||
import
|
|
||||||
implicit none
|
|
||||||
integer (c_int64_t) , intent(in) , value :: context
|
|
||||||
double precision, intent(out) :: coefficient(*)
|
|
||||||
integer (c_int64_t) , intent(in), value :: size_max
|
|
||||||
end function qmckl_get_mo_basis_coefficient
|
|
||||||
end interface
|
|
||||||
|
|
||||||
#+end_src
|
|
||||||
|
|
||||||
** Initialization functions
|
** Initialization functions
|
||||||
|
|
||||||
To set the basis set, all the following functions need to be
|
To set the basis set, all the following functions need to be
|
||||||
@ -431,6 +287,151 @@ qmckl_exit_code qmckl_finalize_mo_basis(qmckl_context context) {
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
#+end_src
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
** Access functions
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src c :comments org :tangle (eval h_func) :exports none
|
||||||
|
qmckl_exit_code
|
||||||
|
qmckl_get_mo_basis_mo_num (const qmckl_context context,
|
||||||
|
int64_t* mo_num);
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src c :comments org :tangle (eval c) :noweb yes :exports none
|
||||||
|
qmckl_exit_code
|
||||||
|
qmckl_get_mo_basis_mo_num (const qmckl_context context,
|
||||||
|
int64_t* mo_num)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (qmckl_context_check(context) == QMCKL_NULL_CONTEXT) {
|
||||||
|
return qmckl_failwith( context,
|
||||||
|
QMCKL_INVALID_CONTEXT,
|
||||||
|
"qmckl_get_mo_basis_mo_num",
|
||||||
|
NULL);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
qmckl_context_struct* const ctx = (qmckl_context_struct*) context;
|
||||||
|
assert (ctx != NULL);
|
||||||
|
|
||||||
|
int32_t mask = 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( (ctx->mo_basis.uninitialized & mask) != 0) {
|
||||||
|
return qmckl_failwith( context,
|
||||||
|
QMCKL_NOT_PROVIDED,
|
||||||
|
"qmckl_get_mo_basis_mo_num",
|
||||||
|
NULL);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
assert (ctx->mo_basis.mo_num > (int64_t) 0);
|
||||||
|
,*mo_num = ctx->mo_basis.mo_num;
|
||||||
|
return QMCKL_SUCCESS;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src c :comments org :tangle (eval h_func) :exports none
|
||||||
|
qmckl_exit_code
|
||||||
|
qmckl_get_mo_basis_coefficient (const qmckl_context context,
|
||||||
|
double* const coefficient,
|
||||||
|
const int64_t size_max);
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src c :comments org :tangle (eval c) :exports none
|
||||||
|
qmckl_exit_code
|
||||||
|
qmckl_get_mo_basis_coefficient (const qmckl_context context,
|
||||||
|
double* const coefficient,
|
||||||
|
const int64_t size_max)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (qmckl_context_check(context) == QMCKL_NULL_CONTEXT) {
|
||||||
|
return qmckl_failwith( context,
|
||||||
|
QMCKL_INVALID_CONTEXT,
|
||||||
|
"qmckl_get_mo_basis_coefficient",
|
||||||
|
NULL);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
qmckl_context_struct* const ctx = (qmckl_context_struct*) context;
|
||||||
|
assert (ctx != NULL);
|
||||||
|
|
||||||
|
int32_t mask = 1 << 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( (ctx->mo_basis.uninitialized & mask) != 0) {
|
||||||
|
return qmckl_failwith( context,
|
||||||
|
QMCKL_NOT_PROVIDED,
|
||||||
|
"qmckl_get_mo_basis_coefficient",
|
||||||
|
NULL);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (coefficient == NULL) {
|
||||||
|
return qmckl_failwith( context,
|
||||||
|
QMCKL_INVALID_ARG_2,
|
||||||
|
"qmckl_get_mo_basis_coefficient",
|
||||||
|
"NULL pointer");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (size_max < ctx->ao_basis.ao_num * ctx->mo_basis.mo_num) {
|
||||||
|
return qmckl_failwith( context,
|
||||||
|
QMCKL_INVALID_ARG_3,
|
||||||
|
"qmckl_get_mo_basis_coefficient",
|
||||||
|
"Array too small: expected mo_num * ao_num.");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
assert (ctx->mo_basis.coefficient != NULL);
|
||||||
|
memcpy(coefficient, ctx->mo_basis.coefficient,
|
||||||
|
ctx->ao_basis.ao_num * ctx->mo_basis.mo_num * sizeof(double));
|
||||||
|
|
||||||
|
return QMCKL_SUCCESS;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
When all the data for the AOs have been provided, the following
|
||||||
|
function returns ~true~.
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src c :comments org :tangle (eval h_func)
|
||||||
|
bool qmckl_mo_basis_provided (const qmckl_context context);
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src c :comments org :tangle (eval c) :exports none
|
||||||
|
bool qmckl_mo_basis_provided(const qmckl_context context) {
|
||||||
|
|
||||||
|
if (qmckl_context_check(context) == QMCKL_NULL_CONTEXT) {
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
qmckl_context_struct* const ctx = (qmckl_context_struct*) context;
|
||||||
|
assert (ctx != NULL);
|
||||||
|
|
||||||
|
return ctx->mo_basis.provided;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
*** Fortran interfaces
|
||||||
|
|
||||||
|
#+begin_src f90 :tangle (eval fh_func) :comments org :exports none
|
||||||
|
interface
|
||||||
|
integer(c_int32_t) function qmckl_get_mo_basis_mo_num (context, &
|
||||||
|
mo_num) bind(C)
|
||||||
|
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||||
|
import
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer (c_int64_t) , intent(in) , value :: context
|
||||||
|
integer (c_int64_t) , intent(out) :: mo_num
|
||||||
|
end function qmckl_get_mo_basis_mo_num
|
||||||
|
end interface
|
||||||
|
|
||||||
|
interface
|
||||||
|
integer(c_int32_t) function qmckl_get_mo_basis_coefficient(context, &
|
||||||
|
coefficient, size_max) bind(C)
|
||||||
|
use, intrinsic :: iso_c_binding
|
||||||
|
import
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer (c_int64_t) , intent(in) , value :: context
|
||||||
|
double precision, intent(out) :: coefficient(*)
|
||||||
|
integer (c_int64_t) , intent(in), value :: size_max
|
||||||
|
end function qmckl_get_mo_basis_coefficient
|
||||||
|
end interface
|
||||||
|
|
||||||
|
#+end_src
|
||||||
|
|
||||||
* Computation
|
* Computation
|
||||||
|
|
||||||
** Computation of MOs: values only
|
** Computation of MOs: values only
|
||||||
|
|||||||
Loading…
Reference in New Issue
Block a user