mirror of
https://github.com/TREX-CoE/qmckl.git
synced 2024-12-22 20:36:01 +01:00
Added some functions for TREXIO basis
This commit is contained in:
parent
15d07b89a4
commit
5989eaac36
@ -62,6 +62,14 @@ int main() {
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||||
Functions defined in this section are all local: they should not be
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exposed in the API. To identify them, we append ~_X~ to
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their name.
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Users are not able to call directly these functions, so by
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construction the context can't be ~NULL~, hence we can check this
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with an ~assert~ statement.
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In the functions defined in this section, we use as local variables
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- ~rc~: the return code for QMCkl functions
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- ~rcio~: the return code for TREXIO functions.
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** Open file
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@ -94,13 +102,13 @@ trexio_t* qmckl_trexio_open_X(const char* file_name, qmckl_exit_code* rc)
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** Electron
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In this section we read all the data into the electron data structure.
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We read the number of up-spin and down-spin electrons.
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#+begin_src c :tangle (eval c)
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||||
#ifdef HAVE_TREXIO
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||||
qmckl_exit_code
|
||||
qmckl_trexio_read_electron_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
{
|
||||
// Should not be possible by construction.
|
||||
assert (context != (qmckl_context) 0);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
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||||
@ -139,21 +147,23 @@ qmckl_trexio_read_electron_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
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||||
** Nucleus
|
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||||
In this section we read the molecular geometry and nuclear charges.
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||||
In this section we read the number of nuclei, the molecular geometry and nuclear charges.
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||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
#ifdef HAVE_TREXIO
|
||||
qmckl_exit_code
|
||||
qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
{
|
||||
// Should not be possible by construction.
|
||||
assert (context != (qmckl_context) 0);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
qmckl_exit_code rc;
|
||||
int rcio = 0;
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
// Nucleus num
|
||||
*** Number of nuclei
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
int64_t num = 0;
|
||||
|
||||
rcio = trexio_read_nucleus_num_64(file, &num);
|
||||
@ -167,8 +177,13 @@ qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
assert (num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_nucleus_num(context, num);
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
// Nuclear charges
|
||||
*** Nuclear charges
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
{
|
||||
qmckl_memory_info_struct mem_info = qmckl_memory_info_struct_zero;
|
||||
mem_info.size = num * sizeof(double);
|
||||
@ -197,12 +212,18 @@ qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, nucl_charge);
|
||||
nucl_charge = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS) {
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
// Nuclear coordinates
|
||||
*** Nuclear coordinates
|
||||
|
||||
Now, we read the molecular geometry. It is stored in normal format
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||||
in the TREXIO file (~'N'~), so it will be automatically transposed internally.
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
{
|
||||
qmckl_memory_info_struct mem_info = qmckl_memory_info_struct_zero;
|
||||
mem_info.size = num * 3 * sizeof(double);
|
||||
@ -235,12 +256,174 @@ qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
|
||||
return QMCKL_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Basis set and AOs
|
||||
|
||||
In this section we read the atomic basis set and atomic orbitals.
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||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
#ifdef HAVE_TREXIO
|
||||
qmckl_exit_code
|
||||
qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
{
|
||||
assert (context != (qmckl_context) 0);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
qmckl_exit_code rc;
|
||||
int rcio = 0;
|
||||
int64_t nucleus_num = 0;
|
||||
|
||||
rc = qmckl_get_nucleus_num(context, &nucleus_num);
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Basis set type
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
#define MAX_STR_LEN 1024
|
||||
char basis_type[MAX_STR_LEN];
|
||||
|
||||
rcio = trexio_read_basis_type(file, basis_type, MAX_STR_LEN);
|
||||
if (rcio != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
return qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_FAILURE,
|
||||
"trexio_read_basis_type",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (basis_type[0] == 'G') {
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_type(context, basis_type[0]);
|
||||
} else {
|
||||
return qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_FAILURE,
|
||||
"trexio_read_basis_type",
|
||||
"Invalid basis type");
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Number of shells
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
int64_t shell_num = 0;
|
||||
|
||||
rcio = trexio_read_basis_num_64(file, &shell_num);
|
||||
if (rcio != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
return qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_FAILURE,
|
||||
"trexio_read_basis_shell_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (shell_num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_shell_num(context, shell_num);
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Number of primitives
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
int64_t prim_num = 0;
|
||||
|
||||
rcio = trexio_read_basis_prim_num_64(file, &prim_num);
|
||||
if (rcio != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
return qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_FAILURE,
|
||||
"trexio_read_basis_prim_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (prim_num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_prim_num(context, prim_num);
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Number of atomic orbitals
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
int64_t ao_num = 0;
|
||||
|
||||
rcio = trexio_read_ao_num_64(file, &ao_num);
|
||||
if (rcio != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
return qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_FAILURE,
|
||||
"trexio_read_ao_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (ao_num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_ao_num(context, ao_num);
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Nucleus index array
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
{
|
||||
qmckl_memory_info_struct mem_info = qmckl_memory_info_struct_zero;
|
||||
mem_info.size = nucleus_num * sizeof(int64_t);
|
||||
|
||||
int64_t* nucleus_index = (int64_t*) qmckl_malloc(context, mem_info);
|
||||
|
||||
if (nucleus_index == NULL) {
|
||||
return qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_ALLOCATION_FAILED,
|
||||
"qmckl_trexio_read_basis_nucleus_index_X",
|
||||
NULL);
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (nucleus_index != NULL);
|
||||
|
||||
rcio = trexio_read_basis_nucleus_index_64(file, nucleus_index);
|
||||
if (rcio != TREXIO_SUCCESS) {
|
||||
return qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_FAILURE,
|
||||
"trexio_read_basis_nucleus_index",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_nucleus_index(context, nucleus_index);
|
||||
|
||||
qmckl_free(context, nucleus_index);
|
||||
nucleus_index = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
|
||||
return QMCKL_SUCCESS;
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** TODO ECP
|
||||
* Read everything
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval h_func)
|
||||
@ -287,6 +470,15 @@ qmckl_trexio_read(const qmckl_context context, const char* file_name)
|
||||
"Error reading nucleus");
|
||||
}
|
||||
|
||||
rc = qmckl_trexio_read_ao_X(context, file);
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS) {
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
return qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_FAILURE,
|
||||
"qmckl_trexio_read",
|
||||
"Error reading AOs");
|
||||
}
|
||||
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
file = NULL;
|
||||
#else
|
||||
@ -318,7 +510,12 @@ if (rc != QMCKL_SUCCESS) {
|
||||
|
||||
assert ( rc == QMCKL_SUCCESS );
|
||||
|
||||
printf("Electrons");
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Electrons
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c_test)
|
||||
printf("Electrons\n");
|
||||
int64_t num;
|
||||
rc = qmckl_get_electron_up_num(context, &num);
|
||||
assert (rc == QMCKL_SUCCESS);
|
||||
@ -332,7 +529,12 @@ rc = qmckl_get_nucleus_num(context, &num);
|
||||
assert (rc == QMCKL_SUCCESS);
|
||||
assert (num == chbrclf_nucl_num);
|
||||
|
||||
printf("Nuclear charges");
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Nuclei
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c_test)
|
||||
printf("Nuclear charges\n");
|
||||
double * charge = (double*) malloc (num * sizeof(double));
|
||||
rc = qmckl_get_nucleus_charge(context, charge);
|
||||
assert (rc == QMCKL_SUCCESS);
|
||||
@ -342,7 +544,7 @@ for (int i=0 ; i<num ; i++) {
|
||||
free(charge);
|
||||
charge = NULL;
|
||||
|
||||
printf("Nuclear coordinates");
|
||||
printf("Nuclear coordinates\n");
|
||||
double * coord = (double*) malloc (num * 3 * sizeof(double));
|
||||
rc = qmckl_get_nucleus_coord(context, 'T', coord);
|
||||
assert (rc == QMCKL_SUCCESS);
|
||||
@ -357,9 +559,39 @@ for (int j=0 ; j<3 ; ++j) {
|
||||
free(coord);
|
||||
coord = NULL;
|
||||
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
*** Atomic basis
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c_test)
|
||||
printf("Atomic basis\n");
|
||||
|
||||
char basis_type;
|
||||
rc = qmckl_get_ao_basis_type(context, &basis_type);
|
||||
assert (basis_type == 'G');
|
||||
|
||||
int64_t shell_num;
|
||||
rc = qmckl_get_ao_basis_shell_num(context, &shell_num);
|
||||
assert (shell_num == chbrclf_shell_num);
|
||||
|
||||
int64_t prim_num;
|
||||
rc = qmckl_get_ao_basis_prim_num(context, &prim_num);
|
||||
assert (prim_num == chbrclf_prim_num);
|
||||
|
||||
int64_t ao_num;
|
||||
rc = qmckl_get_ao_basis_ao_num(context, &ao_num);
|
||||
assert (ao_num == chbrclf_ao_num);
|
||||
|
||||
int64_t* nucleus_index = (int64_t*) malloc (shell_num * sizeof(int64_t));
|
||||
rc = qmckl_get_ao_basis_nucleus_index(context, nucleus_index, num);
|
||||
assert (rc == QMCKL_SUCCESS);
|
||||
for (int i=0 ; i<num ; i++) {
|
||||
assert (nucleus_index[i] == chbrclf_basis_nucleus_index[i]);
|
||||
}
|
||||
free(charge);
|
||||
charge = NULL;
|
||||
#endif
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
* End of files :noexport:
|
||||
|
||||
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