mirror of
https://github.com/TREX-CoE/qmckl.git
synced 2024-12-22 12:23:56 +01:00
Fixed distcheck with updated trexio
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parent
6afb78429a
commit
4e36bba278
31
Makefile.am
31
Makefile.am
@ -54,12 +54,13 @@ src_qmckl_f = src/qmckl_f.f90
|
||||
src_qmckl_fo = src/qmckl_f.o
|
||||
header_tests = tests/chbrclf.h tests/n2.h
|
||||
|
||||
fortrandir = $(datadir)/$(PACKAGE_NAME)/fortran/
|
||||
testdatadir = $(datadir)/$(PACKAGE_NAME)/test_data/
|
||||
fortrandir = $(datadir)/qmckl/fortran/
|
||||
|
||||
dist_fortran_DATA = $(qmckl_f)
|
||||
|
||||
AM_CPPFLAGS = -I$(srcdir)/src -I$(srcdir)/include
|
||||
AM_CPPFLAGS += -DQMCKL_TEST_DIR="\"$(abs_srcdir)/share/qmckl/test_data/\""
|
||||
|
||||
AM_CPPFLAGS = -I$(srcdir)/src -I$(srcdir)/include
|
||||
|
||||
lib_LTLIBRARIES = src/libqmckl.la
|
||||
src_libqmckl_la_SOURCES = $(qmckl_h) $(src_qmckl_f) $(C_FILES) $(F_FILES) $(H_PRIVATE_FUNC_FILES) $(H_PRIVATE_TYPE_FILES) $(header_tests)
|
||||
@ -68,7 +69,7 @@ export qmckl_f qmckl_h srcdir
|
||||
|
||||
CLEANFILES+=$(test_qmckl_f) $(src_qmckl_f) $(test_qmckl_o) $(src_qmckl_o)
|
||||
|
||||
htmlize_el=share/doc/qmckl/html/htmlize.el
|
||||
htmlize_el=$(srcdir)/share/doc/qmckl/html/htmlize.el
|
||||
|
||||
include generated.mk
|
||||
|
||||
@ -114,17 +115,17 @@ BUILT_SOURCES = $(C_FILES) $(F_FILES) $(FH_FUNC_FILES) $(FH_TYPE_FILES) $(H_FUNC
|
||||
CLEANFILES += $(BUILT_SOURCES) $(C_TEST_FILES) $(F_TEST_FILES) $(TANGLED_FILES) $(C_TEST_FILES) $(F_TEST_FILES) $(qmckl_f) $(qmckl_h) $(HTML_FILES) $(TEXT_FILES) share/doc/qmckl/html/index.html $(EXPORTED_FILES) $(header_tests)
|
||||
|
||||
EXTRA_DIST += \
|
||||
tools/build_doc.sh \
|
||||
tools/build_makefile.py \
|
||||
tools/build_qmckl_f.sh \
|
||||
tools/build_qmckl_h.sh \
|
||||
tools/config_doc.el \
|
||||
tools/config_tangle.el \
|
||||
tools/init.el \
|
||||
tools/install_htmlize.sh \
|
||||
tools/lib.org \
|
||||
tools/tangle.sh \
|
||||
tools/theme.setup
|
||||
$(srcdir)/tools/build_doc.sh \
|
||||
$(srcdir)/tools/build_makefile.py \
|
||||
$(srcdir)/tools/build_qmckl_f.sh \
|
||||
$(srcdir)/tools/build_qmckl_h.sh \
|
||||
$(srcdir)/tools/config_doc.el \
|
||||
$(srcdir)/tools/config_tangle.el \
|
||||
$(srcdir)/tools/init.el \
|
||||
$(srcdir)/tools/install_htmlize.sh \
|
||||
$(srcdir)/tools/lib.org \
|
||||
$(srcdir)/tools/tangle.sh \
|
||||
$(srcdir)/tools/theme.setup
|
||||
|
||||
|
||||
## Silent
|
||||
|
||||
@ -49,9 +49,9 @@ AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])
|
||||
VERSION_MAJOR=`echo ${PACKAGE_VERSION} | cut -d. -f1`
|
||||
VERSION_MINOR=`echo ${PACKAGE_VERSION} | cut -d. -f2`
|
||||
VERSION_PATCH=`echo ${PACKAGE_VERSION} | cut -d. -f3 | cut -d- -f1`
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(QMCKL_VERSION_MAJOR, [$VERSION_MAJOR], [major version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(QMCKL_VERSION_MINOR, [$VERSION_MINOR], [minor version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED(QMCKL_VERSION_PATCH, [$VERSION_PATCH], [patch version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED([QMCKL_VERSION_MAJOR], [$VERSION_MAJOR], [major version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED([QMCKL_VERSION_MINOR], [$VERSION_MINOR], [minor version])
|
||||
AC_DEFINE_UNQUOTED([QMCKL_VERSION_PATCH], [$VERSION_PATCH], [patch version])
|
||||
AC_SUBST([VERSION_MAJOR])
|
||||
AC_SUBST([VERSION_MINOR])
|
||||
AC_SUBST([VERSION_PATCH])
|
||||
|
||||
@ -58,7 +58,7 @@ int main() {
|
||||
#include "qmckl_memory_private_type.h"
|
||||
#include "qmckl_memory_private_func.h"
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
* Local functions
|
||||
|
||||
Functions defined in this section are all local: they should not be
|
||||
@ -72,15 +72,15 @@ int main() {
|
||||
In the functions defined in this section, we use as local variables
|
||||
- ~rc~: the return code for QMCkl functions
|
||||
- ~rcio~: the return code for TREXIO functions.
|
||||
|
||||
|
||||
** Open file
|
||||
|
||||
|
||||
We first define a helper function to open a file by first trying to
|
||||
use the TEXT back end, and then the HDF5 back end. If both
|
||||
strategies fail, a ~NULL~ pointer is returned. This will allow to
|
||||
open only once the file and call multiple small functions to read
|
||||
groups of data by passing the ~trexio_t~ handle.
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
#ifdef HAVE_TREXIO
|
||||
trexio_t* qmckl_trexio_open_X(const char* file_name, qmckl_exit_code* rc)
|
||||
@ -93,7 +93,7 @@ trexio_t* qmckl_trexio_open_X(const char* file_name, qmckl_exit_code* rc)
|
||||
|
||||
file = trexio_open(file_name, 'r', TREXIO_HDF5, rc);
|
||||
if (file != NULL) return file;
|
||||
|
||||
|
||||
*rc = QMCKL_FAILURE;
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
@ -101,18 +101,18 @@ trexio_t* qmckl_trexio_open_X(const char* file_name, qmckl_exit_code* rc)
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Electron
|
||||
|
||||
|
||||
In this section we read all the data into the electron data structure.
|
||||
We read the number of up-spin and down-spin electrons.
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
#ifdef HAVE_TREXIO
|
||||
qmckl_exit_code
|
||||
qmckl_trexio_read_electron_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_trexio_read_electron_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
{
|
||||
assert (context != (qmckl_context) 0);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
|
||||
int rcio = 0;
|
||||
|
||||
int64_t up_num = 0L;
|
||||
@ -135,10 +135,10 @@ qmckl_trexio_read_electron_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
"trexio_read_electron_dn_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
assert (dn_num >= 0L);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
qmckl_exit_code rc;
|
||||
rc = qmckl_set_electron_num(context, up_num, dn_num);
|
||||
return rc;
|
||||
@ -147,17 +147,17 @@ qmckl_trexio_read_electron_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Nucleus
|
||||
|
||||
|
||||
In this section we read the number of nuclei, the molecular geometry and nuclear charges.
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
#ifdef HAVE_TREXIO
|
||||
qmckl_exit_code
|
||||
qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
{
|
||||
assert (context != (qmckl_context) 0);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
|
||||
qmckl_exit_code rc;
|
||||
int rcio = 0;
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -174,7 +174,7 @@ qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
"trexio_read_nucleus_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
assert (nucleus_num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_nucleus_num(context, nucleus_num);
|
||||
|
||||
@ -213,9 +213,9 @@ qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, nucl_charge);
|
||||
nucl_charge = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
|
||||
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -268,17 +268,17 @@ qmckl_trexio_read_nucleus_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Basis set and AOs
|
||||
|
||||
|
||||
In this section we read the atomic basis set and atomic orbitals.
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
#ifdef HAVE_TREXIO
|
||||
qmckl_exit_code
|
||||
qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
{
|
||||
assert (context != (qmckl_context) 0);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
|
||||
qmckl_exit_code rc;
|
||||
int rcio = 0;
|
||||
int64_t nucleus_num = 0L;
|
||||
@ -302,7 +302,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
"trexio_read_basis_type",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
if (basis_type[0] == 'G') {
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_type(context, basis_type[0]);
|
||||
} else {
|
||||
@ -329,7 +329,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
"trexio_read_basis_shell_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
assert (shell_num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_shell_num(context, shell_num);
|
||||
|
||||
@ -350,7 +350,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
"trexio_read_basis_prim_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
assert (prim_num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_prim_num(context, prim_num);
|
||||
|
||||
@ -371,7 +371,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
"trexio_read_ao_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
assert (ao_num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_ao_basis_ao_num(context, ao_num);
|
||||
|
||||
@ -411,7 +411,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, nucleus_index);
|
||||
nucleus_index = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -447,7 +447,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, nucleus_shell_num);
|
||||
nucleus_shell_num = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -483,11 +483,11 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, shell_ang_mom);
|
||||
shell_ang_mom = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
*** Number of primitives per shell
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
@ -519,7 +519,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, shell_prim_num);
|
||||
shell_prim_num = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -555,7 +555,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, shell_prim_index);
|
||||
shell_prim_index = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -591,11 +591,11 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, shell_factor);
|
||||
shell_factor = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
*** Exponents
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
@ -627,7 +627,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, exponent);
|
||||
exponent = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -663,7 +663,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, coefficient);
|
||||
coefficient = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -699,7 +699,7 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, prim_factor);
|
||||
prim_factor = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
@ -713,17 +713,17 @@ qmckl_trexio_read_ao_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
** Molecular orbitals
|
||||
|
||||
|
||||
In this section we read the MO coefficients.
|
||||
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c)
|
||||
#ifdef HAVE_TREXIO
|
||||
qmckl_exit_code
|
||||
qmckl_trexio_read_mo_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_trexio_read_mo_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
{
|
||||
assert (context != (qmckl_context) 0);
|
||||
assert (file != NULL);
|
||||
|
||||
|
||||
qmckl_exit_code rc;
|
||||
int rcio = 0;
|
||||
int64_t ao_num = 0L;
|
||||
@ -746,7 +746,7 @@ qmckl_trexio_read_mo_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
"trexio_read_mo_num",
|
||||
trexio_string_of_error(rcio));
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
assert (mo_num > 0);
|
||||
rc = qmckl_set_mo_basis_mo_num(context, mo_num);
|
||||
|
||||
@ -785,9 +785,9 @@ qmckl_trexio_read_mo_X(qmckl_context context, trexio_t* const file)
|
||||
qmckl_free(context, mo_coef);
|
||||
mo_coef = NULL;
|
||||
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS)
|
||||
return rc;
|
||||
|
||||
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
@ -835,7 +835,7 @@ qmckl_trexio_read(const qmckl_context context, const char* file_name)
|
||||
"qmckl_trexio_read",
|
||||
"Error reading electron");
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rc = qmckl_trexio_read_nucleus_X(context, file);
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS) {
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
@ -844,7 +844,7 @@ qmckl_trexio_read(const qmckl_context context, const char* file_name)
|
||||
"qmckl_trexio_read",
|
||||
"Error reading nucleus");
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rc = qmckl_trexio_read_ao_X(context, file);
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS) {
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
@ -853,7 +853,7 @@ qmckl_trexio_read(const qmckl_context context, const char* file_name)
|
||||
"qmckl_trexio_read",
|
||||
"Error reading AOs");
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rc = qmckl_trexio_read_mo_X(context, file);
|
||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS) {
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
@ -862,11 +862,11 @@ qmckl_trexio_read(const qmckl_context context, const char* file_name)
|
||||
"qmckl_trexio_read",
|
||||
"Error reading MOs");
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
trexio_close(file);
|
||||
file = NULL;
|
||||
#else
|
||||
|
||||
|
||||
rc = qmckl_failwith( context,
|
||||
QMCKL_FAILURE,
|
||||
"qmckl_trexio_read",
|
||||
@ -875,7 +875,7 @@ qmckl_trexio_read(const qmckl_context context, const char* file_name)
|
||||
return rc;
|
||||
}
|
||||
#+end_src
|
||||
|
||||
|
||||
* Test
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c_test)
|
||||
@ -885,14 +885,13 @@ qmckl_exit_code rc;
|
||||
char fname[256];
|
||||
char message[256];
|
||||
|
||||
if (getenv("QMCKL_TESTDIR") == NULL) {
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fprintf(stderr, "QMCKL_TESTDIR not set\n");
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exit(2);
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}
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#ifndef QMCKL_TEST_DIR
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#error "QMCKL_TEST_DIR is not defined"
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#endif
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strncpy(fname, getenv("QMCKL_TESTDIR"),255);
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||||
strncpy(fname, QMCKL_TEST_DIR,255);
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strncat(fname, "/chbrclf", 255);
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||||
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||||
printf("Test file: %s\n", fname);
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||||
rc = qmckl_trexio_read(context, fname);
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||||
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||||
if (rc != QMCKL_SUCCESS) {
|
||||
@ -901,11 +900,11 @@ if (rc != QMCKL_SUCCESS) {
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||||
printf("%s\n", fname);
|
||||
printf("%s\n", message);
|
||||
}
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||||
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||||
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||||
assert ( rc == QMCKL_SUCCESS );
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||||
#+end_src
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||||
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*** Electrons
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||||
#+begin_src c :tangle (eval c_test)
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||||
@ -914,13 +913,13 @@ int64_t up_num, dn_num;
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||||
rc = qmckl_get_electron_up_num(context, &up_num);
|
||||
assert (rc == QMCKL_SUCCESS);
|
||||
assert (up_num == chbrclf_elec_up_num);
|
||||
|
||||
|
||||
rc = qmckl_get_electron_down_num(context, &dn_num);
|
||||
assert (rc == QMCKL_SUCCESS);
|
||||
assert (dn_num == chbrclf_elec_dn_num);
|
||||
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||||
#+end_src
|
||||
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||||
|
||||
*** Nuclei
|
||||
|
||||
#+begin_src c :tangle (eval c_test)
|
||||
@ -955,11 +954,11 @@ for (int j=0 ; j<3 ; ++j) {
|
||||
}
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||||
free(coord);
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coord = NULL;
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||||
#+end_src
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||||
*** Atomic basis
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||||
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||||
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||||
#+begin_src c :tangle (eval c_test)
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||||
printf("Atomic basis\n");
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||||
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||||
@ -1084,7 +1083,7 @@ free(mo_coef);
|
||||
charge = NULL;
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||||
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||||
#+end_src
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||||
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||||
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||||
* End of files :noexport:
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||||
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||||
*** Test
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||||
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||||
@ -238,7 +238,7 @@ def main():
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||||
prefix + "_LDFLAGS = -no-install",
|
||||
"" ]
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||||
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||||
tmp = "dist_testdata_DATA = "
|
||||
tmp = "EXTRA_DIST += "
|
||||
for dir in glob("share/qmckl/test_data/*"):
|
||||
for f in glob("%s/*"%(dir)):
|
||||
tmp += " \\\n "+f
|
||||
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||||
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