mirror of
https://github.com/QuantumPackage/qp2.git
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Fixes for numerical orbitals in qp_import
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parent
5817bbf573
commit
f0ad63966a
@ -44,8 +44,12 @@ end = struct
|
||||
let get_default = Qpackage.get_ezfio_default "ao_basis";;
|
||||
|
||||
let read_ao_basis () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_basis ()
|
||||
|> AO_basis_name.of_string
|
||||
let result =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_basis ()
|
||||
in
|
||||
if result <> "None" then
|
||||
AO_basis_name.of_string result
|
||||
else failwith "No basis"
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_num () =
|
||||
@ -267,7 +271,10 @@ end = struct
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_md5 ;
|
||||
Some result
|
||||
with
|
||||
| _ -> (Ezfio.set_ao_basis_ao_md5 "None" ; None)
|
||||
| _ -> ( "None"
|
||||
|> Digest.string
|
||||
|> Digest.to_hex
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_md5 ; None)
|
||||
;;
|
||||
|
||||
|
||||
|
@ -56,7 +56,10 @@ end = struct
|
||||
let read_ao_md5 () =
|
||||
let ao_md5 =
|
||||
match (Input_ao_basis.Ao_basis.read ()) with
|
||||
| None -> failwith "Unable to read AO basis"
|
||||
| None -> ("None"
|
||||
|> Digest.string
|
||||
|> Digest.to_hex
|
||||
|> MD5.of_string)
|
||||
| Some result -> Input_ao_basis.Ao_basis.to_md5 result
|
||||
in
|
||||
let result =
|
||||
|
@ -132,60 +132,113 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
||||
try:
|
||||
basis_type = trexio.read_basis_type(trexio_file)
|
||||
|
||||
if basis_type.lower() not in ["gaussian", "slater"]:
|
||||
raise TypeError
|
||||
if basis_type.lower() in ["gaussian", "slater"]:
|
||||
shell_num = trexio.read_basis_shell_num(trexio_file)
|
||||
prim_num = trexio.read_basis_prim_num(trexio_file)
|
||||
ang_mom = trexio.read_basis_shell_ang_mom(trexio_file)
|
||||
nucl_index = trexio.read_basis_nucleus_index(trexio_file)
|
||||
exponent = trexio.read_basis_exponent(trexio_file)
|
||||
coefficient = trexio.read_basis_coefficient(trexio_file)
|
||||
shell_index = trexio.read_basis_shell_index(trexio_file)
|
||||
ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
|
||||
|
||||
shell_num = trexio.read_basis_shell_num(trexio_file)
|
||||
prim_num = trexio.read_basis_prim_num(trexio_file)
|
||||
ang_mom = trexio.read_basis_shell_ang_mom(trexio_file)
|
||||
nucl_index = trexio.read_basis_nucleus_index(trexio_file)
|
||||
exponent = trexio.read_basis_exponent(trexio_file)
|
||||
coefficient = trexio.read_basis_coefficient(trexio_file)
|
||||
shell_index = trexio.read_basis_shell_index(trexio_file)
|
||||
ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
|
||||
ezfio.set_basis_basis("Read from TREXIO")
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_basis("Read from TREXIO")
|
||||
ezfio.set_basis_shell_num(shell_num)
|
||||
ezfio.set_basis_prim_num(prim_num)
|
||||
ezfio.set_basis_shell_ang_mom(ang_mom)
|
||||
ezfio.set_basis_basis_nucleus_index([ x+1 for x in nucl_index ])
|
||||
ezfio.set_basis_prim_expo(exponent)
|
||||
ezfio.set_basis_prim_coef(coefficient)
|
||||
|
||||
ezfio.set_basis_basis("Read from TREXIO")
|
||||
ezfio.set_basis_shell_num(shell_num)
|
||||
ezfio.set_basis_prim_num(prim_num)
|
||||
ezfio.set_basis_shell_ang_mom(ang_mom)
|
||||
ezfio.set_basis_basis_nucleus_index([ x+1 for x in nucl_index ])
|
||||
ezfio.set_basis_prim_expo(exponent)
|
||||
ezfio.set_basis_prim_coef(coefficient)
|
||||
nucl_shell_num = []
|
||||
prev = None
|
||||
m = 0
|
||||
for i in ao_shell:
|
||||
if i != prev:
|
||||
m += 1
|
||||
if prev is None or nucl_index[i] != nucl_index[prev]:
|
||||
nucl_shell_num.append(m)
|
||||
m = 0
|
||||
prev = i
|
||||
assert (len(nucl_shell_num) == nucl_num)
|
||||
|
||||
nucl_shell_num = []
|
||||
prev = None
|
||||
m = 0
|
||||
for i in ao_shell:
|
||||
if i != prev:
|
||||
m += 1
|
||||
if prev is None or nucl_index[i] != nucl_index[prev]:
|
||||
nucl_shell_num.append(m)
|
||||
m = 0
|
||||
prev = i
|
||||
assert (len(nucl_shell_num) == nucl_num)
|
||||
shell_prim_num = []
|
||||
prev = shell_index[0]
|
||||
count = 0
|
||||
for i in shell_index:
|
||||
if i != prev:
|
||||
shell_prim_num.append(count)
|
||||
count = 0
|
||||
count += 1
|
||||
prev = i
|
||||
shell_prim_num.append(count)
|
||||
|
||||
shell_prim_num = []
|
||||
prev = shell_index[0]
|
||||
count = 0
|
||||
for i in shell_index:
|
||||
if i != prev:
|
||||
shell_prim_num.append(count)
|
||||
count = 0
|
||||
count += 1
|
||||
prev = i
|
||||
shell_prim_num.append(count)
|
||||
assert (len(shell_prim_num) == shell_num)
|
||||
|
||||
assert (len(shell_prim_num) == shell_num)
|
||||
|
||||
ezfio.set_basis_shell_prim_num(shell_prim_num)
|
||||
ezfio.set_basis_shell_index([x+1 for x in shell_index])
|
||||
ezfio.set_basis_nucleus_shell_num(nucl_shell_num)
|
||||
ezfio.set_basis_shell_prim_num(shell_prim_num)
|
||||
ezfio.set_basis_shell_index([x+1 for x in shell_index])
|
||||
ezfio.set_basis_nucleus_shell_num(nucl_shell_num)
|
||||
|
||||
|
||||
shell_factor = trexio.read_basis_shell_factor(trexio_file)
|
||||
prim_factor = trexio.read_basis_prim_factor(trexio_file)
|
||||
shell_factor = trexio.read_basis_shell_factor(trexio_file)
|
||||
prim_factor = trexio.read_basis_prim_factor(trexio_file)
|
||||
|
||||
print("OK")
|
||||
elif basis_type.lower() == "numerical":
|
||||
|
||||
shell_num = trexio.read_basis_shell_num(trexio_file)
|
||||
prim_num = shell_num
|
||||
ang_mom = trexio.read_basis_shell_ang_mom(trexio_file)
|
||||
nucl_index = trexio.read_basis_nucleus_index(trexio_file)
|
||||
exponent = [1.]*prim_num
|
||||
coefficient = [1.]*prim_num
|
||||
shell_index = [i for i in range(shell_num)]
|
||||
ao_shell = trexio.read_ao_shell(trexio_file)
|
||||
|
||||
ezfio.set_basis_basis("None")
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_basis("None")
|
||||
ezfio.set_basis_shell_num(shell_num)
|
||||
ezfio.set_basis_prim_num(prim_num)
|
||||
ezfio.set_basis_shell_ang_mom(ang_mom)
|
||||
ezfio.set_basis_basis_nucleus_index([ x+1 for x in nucl_index ])
|
||||
ezfio.set_basis_prim_expo(exponent)
|
||||
ezfio.set_basis_prim_coef(coefficient)
|
||||
|
||||
nucl_shell_num = []
|
||||
prev = None
|
||||
m = 0
|
||||
for i in ao_shell:
|
||||
if i != prev:
|
||||
m += 1
|
||||
if prev is None or nucl_index[i] != nucl_index[prev]:
|
||||
nucl_shell_num.append(m)
|
||||
m = 0
|
||||
prev = i
|
||||
assert (len(nucl_shell_num) == nucl_num)
|
||||
|
||||
shell_prim_num = []
|
||||
prev = shell_index[0]
|
||||
count = 0
|
||||
for i in shell_index:
|
||||
if i != prev:
|
||||
shell_prim_num.append(count)
|
||||
count = 0
|
||||
count += 1
|
||||
prev = i
|
||||
shell_prim_num.append(count)
|
||||
|
||||
assert (len(shell_prim_num) == shell_num)
|
||||
|
||||
ezfio.set_basis_shell_prim_num(shell_prim_num)
|
||||
ezfio.set_basis_shell_index([x+1 for x in shell_index])
|
||||
ezfio.set_basis_nucleus_shell_num(nucl_shell_num)
|
||||
|
||||
shell_factor = trexio.read_basis_shell_factor(trexio_file)
|
||||
prim_factor = [1.]*prim_num
|
||||
else:
|
||||
raise TypeError
|
||||
|
||||
print(basis_type)
|
||||
except:
|
||||
print("None")
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_cartesian(True)
|
||||
@ -262,7 +315,6 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max(prim_num_max)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_coef(coef)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_expo(expo)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_basis("Read from TREXIO")
|
||||
|
||||
print("OK")
|
||||
|
||||
|
@ -3,6 +3,7 @@ program import_integrals_ao
|
||||
implicit none
|
||||
integer(trexio_t) :: f ! TREXIO file handle
|
||||
integer(trexio_exit_code) :: rc
|
||||
PROVIDE mo_num
|
||||
|
||||
f = trexio_open(trexio_filename, 'r', TREXIO_AUTO, rc)
|
||||
if (f == 0_8) then
|
||||
@ -42,10 +43,10 @@ subroutine run(f)
|
||||
|
||||
if (trexio_has_nucleus_repulsion(f) == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
rc = trexio_read_nucleus_repulsion(f, s)
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
print *, irp_here, rc
|
||||
print *, 'Error reading nuclear repulsion'
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
stop -1
|
||||
endif
|
||||
call ezfio_set_nuclei_nuclear_repulsion(s)
|
||||
@ -63,6 +64,7 @@ subroutine run(f)
|
||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
print *, irp_here
|
||||
print *, 'Error reading AO overlap'
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
stop -1
|
||||
endif
|
||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_overlap(A)
|
||||
@ -74,6 +76,7 @@ subroutine run(f)
|
||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
print *, irp_here
|
||||
print *, 'Error reading AO kinetic integrals'
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
stop -1
|
||||
endif
|
||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_kinetic(A)
|
||||
@ -85,6 +88,7 @@ subroutine run(f)
|
||||
! if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
! print *, irp_here
|
||||
! print *, 'Error reading AO ECP local integrals'
|
||||
! call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
! stop -1
|
||||
! endif
|
||||
! call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_pseudo(A)
|
||||
@ -96,6 +100,7 @@ subroutine run(f)
|
||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
print *, irp_here
|
||||
print *, 'Error reading AO potential N-e integrals'
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
stop -1
|
||||
endif
|
||||
call ezfio_set_ao_one_e_ints_ao_integrals_n_e(A)
|
||||
@ -106,41 +111,112 @@ subroutine run(f)
|
||||
|
||||
! AO 2e integrals
|
||||
! ---------------
|
||||
PROVIDE ao_integrals_map
|
||||
|
||||
integer*4 :: BUFSIZE
|
||||
BUFSIZE=ao_num**2
|
||||
allocate(buffer_i(BUFSIZE), buffer_values(BUFSIZE))
|
||||
allocate(Vi(4,BUFSIZE), V(BUFSIZE))
|
||||
rc = trexio_has_ao_2e_int(f)
|
||||
PROVIDE ao_num
|
||||
if (rc /= TREXIO_HAS_NOT) then
|
||||
PROVIDE ao_integrals_map
|
||||
|
||||
integer*8 :: offset, icount
|
||||
integer*4 :: BUFSIZE
|
||||
BUFSIZE=ao_num**2
|
||||
allocate(buffer_i(BUFSIZE), buffer_values(BUFSIZE))
|
||||
allocate(Vi(4,BUFSIZE), V(BUFSIZE))
|
||||
|
||||
offset = 0_8
|
||||
icount = BUFSIZE
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS
|
||||
do while (icount == size(V))
|
||||
rc = trexio_read_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, Vi, V)
|
||||
do m=1,icount
|
||||
i = Vi(1,m)
|
||||
j = Vi(2,m)
|
||||
k = Vi(3,m)
|
||||
l = Vi(4,m)
|
||||
integral = V(m)
|
||||
call two_e_integrals_index(i, j, k, l, buffer_i(m) )
|
||||
buffer_values(m) = integral
|
||||
enddo
|
||||
call insert_into_ao_integrals_map(int(icount,4),buffer_i,buffer_values)
|
||||
offset = offset + icount
|
||||
integer*8 :: offset, icount
|
||||
|
||||
offset = 0_8
|
||||
icount = BUFSIZE
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS
|
||||
do while (icount == size(V))
|
||||
rc = trexio_read_ao_2e_int_eri(f, offset, icount, Vi, V)
|
||||
do m=1,icount
|
||||
i = Vi(1,m)
|
||||
j = Vi(2,m)
|
||||
k = Vi(3,m)
|
||||
l = Vi(4,m)
|
||||
integral = V(m)
|
||||
call two_e_integrals_index(i, j, k, l, buffer_i(m) )
|
||||
buffer_values(m) = integral
|
||||
enddo
|
||||
call insert_into_ao_integrals_map(int(icount,4),buffer_i,buffer_values)
|
||||
offset = offset + icount
|
||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
exit
|
||||
endif
|
||||
end do
|
||||
n_integrals = offset
|
||||
|
||||
call map_sort(ao_integrals_map)
|
||||
call map_unique(ao_integrals_map)
|
||||
|
||||
call map_save_to_disk(trim(ezfio_filename)//'/work/ao_ints',ao_integrals_map)
|
||||
call ezfio_set_ao_two_e_ints_io_ao_two_e_integrals('Read')
|
||||
|
||||
deallocate(buffer_i, buffer_values, Vi, V)
|
||||
print *, 'AO integrals read from TREXIO file'
|
||||
else
|
||||
print *, 'AO integrals not found in TREXIO file'
|
||||
endif
|
||||
|
||||
! MO integrals
|
||||
! ------------
|
||||
|
||||
allocate(A(mo_num, mo_num))
|
||||
if (trexio_has_mo_1e_int_core_hamiltonian(f) == TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
rc = trexio_read_mo_1e_int_core_hamiltonian(f, A)
|
||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
exit
|
||||
print *, irp_here
|
||||
print *, 'Error reading MO 1e integrals'
|
||||
call trexio_assert(rc, TREXIO_SUCCESS)
|
||||
stop -1
|
||||
endif
|
||||
end do
|
||||
n_integrals = offset
|
||||
call ezfio_set_mo_one_e_ints_mo_one_e_integrals(A)
|
||||
call ezfio_set_mo_one_e_ints_io_mo_one_e_integrals('Read')
|
||||
endif
|
||||
deallocate(A)
|
||||
|
||||
call map_sort(ao_integrals_map)
|
||||
call map_unique(ao_integrals_map)
|
||||
! MO 2e integrals
|
||||
! ---------------
|
||||
|
||||
call map_save_to_disk(trim(ezfio_filename)//'/work/ao_ints',ao_integrals_map)
|
||||
call ezfio_set_ao_two_e_ints_io_ao_two_e_integrals('Read')
|
||||
rc = trexio_has_mo_2e_int(f)
|
||||
if (rc /= TREXIO_HAS_NOT) then
|
||||
|
||||
BUFSIZE=mo_num**2
|
||||
allocate(buffer_i(BUFSIZE), buffer_values(BUFSIZE))
|
||||
allocate(Vi(4,BUFSIZE), V(BUFSIZE))
|
||||
|
||||
|
||||
offset = 0_8
|
||||
icount = BUFSIZE
|
||||
rc = TREXIO_SUCCESS
|
||||
do while (icount == size(V))
|
||||
rc = trexio_read_mo_2e_int_eri(f, offset, icount, Vi, V)
|
||||
do m=1,icount
|
||||
i = Vi(1,m)
|
||||
j = Vi(2,m)
|
||||
k = Vi(3,m)
|
||||
l = Vi(4,m)
|
||||
integral = V(m)
|
||||
call two_e_integrals_index(i, j, k, l, buffer_i(m) )
|
||||
buffer_values(m) = integral
|
||||
enddo
|
||||
call map_append(mo_integrals_map, buffer_i, buffer_values, int(icount,4))
|
||||
offset = offset + icount
|
||||
if (rc /= TREXIO_SUCCESS) then
|
||||
exit
|
||||
endif
|
||||
end do
|
||||
n_integrals = offset
|
||||
|
||||
call map_sort(mo_integrals_map)
|
||||
call map_unique(mo_integrals_map)
|
||||
|
||||
call map_save_to_disk(trim(ezfio_filename)//'/work/mo_ints',mo_integrals_map)
|
||||
call ezfio_set_mo_two_e_ints_io_mo_two_e_integrals('Read')
|
||||
deallocate(buffer_i, buffer_values, Vi, V)
|
||||
print *, 'MO integrals read from TREXIO file'
|
||||
else
|
||||
print *, 'MO integrals not found in TREXIO file'
|
||||
endif
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
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