mirror of
https://github.com/QuantumPackage/qp2.git
synced 2024-11-19 04:22:32 +01:00
updated qmcpack converter
This commit is contained in:
Kevin Gasperich
Kevin Gasperich
parent
620a9b7044
commit
9f58d723e3
@ -3,11 +3,12 @@
|
||||
convert hdf5 output (e.g. from PySCF) to ezfio
|
||||
|
||||
Usage:
|
||||
qp_convert_h5_to_ezfio [-o EZFIO_DIR] FILE
|
||||
qp_convert_h5_to_ezfio [--qmc] [-o EZFIO_DIR] FILE
|
||||
|
||||
Options:
|
||||
-o --output=EZFIO_DIR Produced directory
|
||||
by default is FILE.ezfio
|
||||
--qmc include basis, cell, etc. for QMCPACK
|
||||
|
||||
"""
|
||||
from ezfio import ezfio
|
||||
@ -137,7 +138,7 @@ def convert_mol(filename,qph5path):
|
||||
|
||||
return
|
||||
|
||||
def convert_kpts(filename,qph5path):
|
||||
def convert_kpts(filename,qph5path,qmcpack=False):
|
||||
ezfio.set_file(filename)
|
||||
ezfio.set_nuclei_is_complex(True)
|
||||
|
||||
@ -210,61 +211,83 @@ def convert_kpts(filename,qph5path):
|
||||
|
||||
##########################################
|
||||
# #
|
||||
# Basis #
|
||||
# Basis(Dummy) #
|
||||
# #
|
||||
##########################################
|
||||
|
||||
#with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_basis(qph5['ao_basis'].attrs['ao_basis'])
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(qph5['ao_basis/ao_nucl'][()].tolist())
|
||||
#
|
||||
#
|
||||
#Just need one (can clean this up later)
|
||||
# ao_prim_num_max = 5
|
||||
#
|
||||
# d = [ [0] *ao_prim_num_max]*ao_num
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num([ao_prim_num_max]*ao_num)
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_power(d)
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_coef(d)
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_expo(d)
|
||||
|
||||
|
||||
##########################################
|
||||
# #
|
||||
# Basis #
|
||||
# #
|
||||
##########################################
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
do_pseudo = qph5['pseudo'].attrs['do_pseudo']
|
||||
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(do_pseudo)
|
||||
if (do_pseudo):
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_lmax(qph5['pseudo'].attrs['pseudo_lmax'])
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_klocmax(qph5['pseudo'].attrs['pseudo_klocmax'])
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_kmax(qph5['pseudo'].attrs['pseudo_kmax'])
|
||||
ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(qph5['pseudo/nucl_charge_remove'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_k(qph5['pseudo/pseudo_n_k'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_kl(qph5['pseudo/pseudo_n_kl'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_k(qph5['pseudo/pseudo_v_k'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_kl(qph5['pseudo/pseudo_v_kl'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_k(qph5['pseudo/pseudo_dz_k'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_kl(qph5['pseudo/pseudo_dz_kl'][()].tolist())
|
||||
|
||||
##########################################
|
||||
# #
|
||||
# Basis #
|
||||
# #
|
||||
##########################################
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
coeftmp = qph5['ao_basis/ao_coef'][()]
|
||||
expotmp = qph5['ao_basis/ao_expo'][()]
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_basis(qph5['ao_basis'].attrs['ao_basis'])
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(qph5['ao_basis/ao_nucl'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(qph5['ao_basis/ao_prim_num'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_power(qph5['ao_basis/ao_power'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_coef(qph5['ao_basis/ao_coef'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_expo(qph5['ao_basis/ao_expo'][()].tolist())
|
||||
|
||||
|
||||
#Just need one (can clean this up later)
|
||||
ao_prim_num_max = 5
|
||||
|
||||
d = [ [0] *ao_prim_num_max]*ao_num
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num([ao_prim_num_max]*ao_num)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_power(d)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_coef(d)
|
||||
ezfio.set_ao_basis_ao_expo(d)
|
||||
|
||||
|
||||
###########################################
|
||||
## #
|
||||
## Pseudo #
|
||||
## #
|
||||
###########################################
|
||||
|
||||
#with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
# do_pseudo = qph5['pseudo'].attrs['do_pseudo']
|
||||
# ezfio.set_pseudo_do_pseudo(do_pseudo)
|
||||
# if (do_pseudo):
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_lmax(qph5['pseudo'].attrs['pseudo_lmax'])
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_klocmax(qph5['pseudo'].attrs['pseudo_klocmax'])
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_kmax(qph5['pseudo'].attrs['pseudo_kmax'])
|
||||
# ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(qph5['pseudo/nucl_charge_remove'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_n_k(qph5['pseudo/pseudo_n_k'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_n_kl(qph5['pseudo/pseudo_n_kl'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_v_k(qph5['pseudo/pseudo_v_k'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_v_kl(qph5['pseudo/pseudo_v_kl'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_k(qph5['pseudo/pseudo_dz_k'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_kl(qph5['pseudo/pseudo_dz_kl'][()].tolist())
|
||||
|
||||
##########################################
|
||||
# #
|
||||
# Basis(Dummy) #
|
||||
# #
|
||||
##########################################
|
||||
|
||||
#with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
# coeftmp = qph5['ao_basis/ao_coef'][()]
|
||||
# expotmp = qph5['ao_basis/ao_expo'][()]
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_basis(qph5['ao_basis'].attrs['ao_basis'])
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(qph5['ao_basis/ao_nucl'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(qph5['ao_basis/ao_prim_num'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_power(qph5['ao_basis/ao_power'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_coef(qph5['ao_basis/ao_coef'][()].tolist())
|
||||
# ezfio.set_ao_basis_ao_expo(qph5['ao_basis/ao_expo'][()].tolist())
|
||||
|
||||
|
||||
##########################################
|
||||
# #
|
||||
# Basis(QMC) #
|
||||
# #
|
||||
##########################################
|
||||
|
||||
if qmcpack:
|
||||
with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_nshell(qph5['qmcpack'].attrs['qmc_nshell'])
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_prim_num_max(qph5['qmcpack'].attrs['qmc_prim_num_max'])
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_nucl(qph5['qmcpack/qmc_nucl'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_prim_num(qph5['qmcpack/qmc_prim_num'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_lbas(qph5['qmcpack/qmc_lbas'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_coef(qph5['qmcpack/qmc_coef'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_expo(qph5['qmcpack/qmc_expo'][()].tolist())
|
||||
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_pbc(qph5['qmcpack'].attrs['PBC'])
|
||||
ezfio.set_qmcpack_supertwist(qph5['qmcpack/Super_Twist'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_qmcpack_latticevectors(qph5['qmcpack/LatticeVectors'][()].tolist())
|
||||
ezfio.set_qmcpack_qmc_mo_energy(qph5['qmcpack/eigenval'][()].tolist())
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@ -596,17 +619,19 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
ARGUMENTS = docopt(__doc__)
|
||||
|
||||
FILE = get_full_path(ARGUMENTS['FILE'])
|
||||
|
||||
qmcpack = False
|
||||
if ARGUMENTS["--output"]:
|
||||
EZFIO_FILE = get_full_path(ARGUMENTS["--output"])
|
||||
else:
|
||||
EZFIO_FILE = "{0}.ezfio".format(FILE)
|
||||
|
||||
if ARGUMENTS["--qmc"]:
|
||||
qmcpack = True
|
||||
with h5py.File(FILE,'r') as qph5:
|
||||
do_kpts = ('kconserv' in qph5['nuclei'].keys())
|
||||
if (do_kpts):
|
||||
print("converting HDF5 to EZFIO for periodic system")
|
||||
convert_kpts(EZFIO_FILE,FILE)
|
||||
convert_kpts(EZFIO_FILE,FILE,qmcpack)
|
||||
else:
|
||||
print("converting HDF5 to EZFIO for molecular system")
|
||||
convert_mol(EZFIO_FILE,FILE)
|
||||
|
||||
@ -892,9 +892,9 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'a') as qph5:
|
||||
qph5.create_dataset('qmcpack/PBE',(1,),dtype="b1",data=True)
|
||||
qph5['qmcpack'].attrs['PBC']=True
|
||||
qph5.create_dataset('qmcpack/Super_Twist',(1,3),dtype="f8",data=sp_twist)
|
||||
qph5.create_dataset('qmcpack/LatticeVectors',(3,3),dtype="f8",data=cell.lattice_vectors())
|
||||
qph5.create_dataset('qmcpack/LatticeVectors',(3,3),dtype="f8",data=cell.lattice_vectors().T)
|
||||
qph5.create_dataset('qmcpack/eigenval',(1,Nk*nmo),dtype="f8",data=mf.mo_energy)
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
Loading…
Reference in New Issue
Block a user