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synced 2024-12-22 12:23:43 +01:00
Interatomic distance
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parent
512525508b
commit
9c52a612dd
@ -42,6 +42,7 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, nucl_coord, (nucl_num,3) ]
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' Atom Charge X Y Z '
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' Atom Charge X Y Z '
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write(6,ft) &
|
write(6,ft) &
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||||||
'================','============','============','============','============'
|
'================','============','============','============','============'
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||||||
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||||||
do i=1,nucl_num
|
do i=1,nucl_num
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||||||
write(6,f) nucl_label(i), nucl_charge(i), &
|
write(6,f) nucl_label(i), nucl_charge(i), &
|
||||||
nucl_coord(i,1)*a0, &
|
nucl_coord(i,1)*a0, &
|
||||||
@ -52,6 +53,19 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, nucl_coord, (nucl_num,3) ]
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|||||||
'================','============','============','============','============'
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'================','============','============','============','============'
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write(6,'(A)') ''
|
write(6,'(A)') ''
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double precision :: dist_min, x, y, z
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dist_min = huge(1.d0)
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do i=1,nucl_num
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do j=i+1,nucl_num
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x = nucl_coord(i,1)-nucl_coord(j,1)
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||||||
|
y = nucl_coord(i,2)-nucl_coord(j,2)
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||||||
|
z = nucl_coord(i,3)-nucl_coord(j,3)
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||||||
|
dist_min = min(x*x + y*y + z*z, dist_min)
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||||||
|
enddo
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||||||
|
enddo
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||||||
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write(6,'(A,F12.4,A)') 'Minimal interatomic distance found: ', &
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dsqrt(dist_min)*a0,' Angstrom'
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||||||
endif
|
endif
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||||||
IRP_IF MPI_DEBUG
|
IRP_IF MPI_DEBUG
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|||||||
@ -1,210 +0,0 @@
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||||||
double precision function SABpartial(zA,zB,A,B,nA,nB,gamA,gamB,l)
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||||||
implicit double precision(a-h,o-z)
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||||||
dimension nA(3),nB(3)
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||||||
dimension A(3),B(3)
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gamtot=gamA+gamB
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SABpartial=1.d0
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||||||
u=gamA/gamtot*A(l)+gamB/gamtot*B(l)
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arg=gamtot*u**2-gamA*A(l)**2-gamB*B(l)**2
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alpha=dexp(arg)
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||||||
&/gamtot**((1.d0+dfloat(nA(l))+dfloat(nB(l)))/2.d0)
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||||||
wA=dsqrt(gamtot)*(u-A(l))
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||||||
wB=dsqrt(gamtot)*(u-B(l))
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boundA=dsqrt(gamtot)*(zA-u)
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boundB=dsqrt(gamtot)*(zB-u)
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accu=0.d0
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do n=0,nA(l)
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||||||
do m=0,nB(l)
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||||||
integ=nA(l)+nB(l)-n-m
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||||||
accu=accu
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||||||
& +wA**n*wB**m*binom(nA(l),n)*binom(nB(l),m)
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||||||
& *(rinteg(integ,boundB)-rinteg(integ,boundA))
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||||||
enddo
|
|
||||||
enddo
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||||||
SABpartial=SABpartial*accu*alpha
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|
||||||
end
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||||||
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||||||
double precision function rintgauss(n)
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implicit double precision(a-h,o-z)
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||||||
rintgauss=dsqrt(dacos(-1.d0))
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||||||
if(n.eq.0)return
|
|
||||||
if(n.eq.1)then
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|
||||||
rintgauss=0.d0
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|
||||||
return
|
|
||||||
endif
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|
||||||
if(iand(n,1).eq.1)then
|
|
||||||
rintgauss=0.d0
|
|
||||||
return
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
rintgauss=rintgauss/2.d0**(n/2)
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|
||||||
rintgauss=rintgauss*ddfact2(n-1)
|
|
||||||
end
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||||||
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||||||
double precision function rinteg(n,u)
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||||||
implicit double precision(a-h,o-z)
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||||||
include 'constants.include.F'
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||||||
ichange=1
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||||||
factor=1.d0
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||||||
if(u.lt.0.d0)then
|
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||||||
u=-u
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||||||
factor=(-1.d0)**(n+1)
|
|
||||||
ichange=-1
|
|
||||||
endif
|
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||||||
if(iand(n,1).eq.0)then
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||||||
rinteg=0.d0
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||||||
do l=0,n-2,2
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||||||
prod=b_coef(l,u)
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|
||||||
do k=l+2,n-2,2
|
|
||||||
prod=prod*a_coef(k)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
rinteg=rinteg+prod
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
prod=dsqrt(pi)/2.d0*erf0(u)
|
|
||||||
do k=0,n-2,2
|
|
||||||
prod=prod*a_coef(k)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
rinteg=rinteg+prod
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if(iand(n,1).eq.1)then
|
|
||||||
rinteg=0.d0
|
|
||||||
do l=1,n-2,2
|
|
||||||
prod=b_coef(l,u)
|
|
||||||
do k=l+2,n-2,2
|
|
||||||
prod=prod*a_coef(k)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
rinteg=rinteg+prod
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
prod=0.5d0*(1.d0-dexp(-u**2))
|
|
||||||
do k=1,n-2,2
|
|
||||||
prod=prod*a_coef(k)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
rinteg=rinteg+prod
|
|
||||||
endif
|
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||||||
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||||||
rinteg=rinteg*factor
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||||||
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||||||
if(ichange.eq.-1)u=-u
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||||||
|
|
||||||
end
|
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||||||
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double precision function erf0(x)
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||||||
implicit none
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||||||
double precision, intent(in) :: x
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||||||
double precision, external :: gammp
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||||||
if(x < 0.d0)then
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|
||||||
erf0=-gammp(0.5d0,x*x)
|
|
||||||
else
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|
||||||
erf0=gammp(0.5d0,x*x)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision function gammp(a,x)
|
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||||||
implicit none
|
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||||||
double precision, intent(in) :: a, x
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|
||||||
double precision :: gln, gammcf
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||||||
if(x<0.d0.or.a<=0.d0) then
|
|
||||||
stop 'error in gammp'
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
if(x < a+1.d0)then
|
|
||||||
call gser(gammp,a,x,gln)
|
|
||||||
else
|
|
||||||
call gcf(gammcf,a,x,gln)
|
|
||||||
gammp=1.d0-gammcf
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
subroutine gser(gamser,a,x,gln)
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|
||||||
implicit double precision (a-h,o-z)
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||||||
parameter (itmax=100,eps=3.d-7)
|
|
||||||
gln=gammln(a)
|
|
||||||
if(x.le.0.d0)then
|
|
||||||
if(x.lt.0.d0) stop 'error in gser'
|
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||||||
gamser=0.d0
|
|
||||||
return
|
|
||||||
endif
|
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||||||
ap=a
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||||||
sum=1.d0/a
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||||||
del=sum
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||||||
do 11 n=1,itmax
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||||||
ap=ap+1.d0
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|
||||||
del=del*x/ap
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||||||
sum=sum+del
|
|
||||||
if(abs(del).lt.abs(sum)*eps)go to 1
|
|
||||||
11 continue
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|
||||||
stop 'a too large, itmax too small'
|
|
||||||
1 gamser=sum*exp(-x+a*log(x)-gln)
|
|
||||||
return
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
subroutine gcf(gammcf,a,x,gln)
|
|
||||||
implicit double precision (a-h,o-z)
|
|
||||||
parameter (itmax=100,eps=3.d-7)
|
|
||||||
gln=gammln(a)
|
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||||||
gold=0.d0
|
|
||||||
a0=1.d0
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||||||
a1=x
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||||||
b0=0.d0
|
|
||||||
b1=1.d0
|
|
||||||
fac=1.d0
|
|
||||||
do 11 n=1,itmax
|
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||||||
an=float(n)
|
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||||||
ana=an-a
|
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||||||
a0=(a1+a0*ana)*fac
|
|
||||||
b0=(b1+b0*ana)*fac
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||||||
anf=an*fac
|
|
||||||
a1=x*a0+anf*a1
|
|
||||||
b1=x*b0+anf*b1
|
|
||||||
if(a1.ne.0.d0)then
|
|
||||||
fac=1.d0/a1
|
|
||||||
g=b1*fac
|
|
||||||
if(abs((g-gold)/g).lt.eps)go to 1
|
|
||||||
gold=g
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
11 continue
|
|
||||||
stop 'a too large, itmax too small'
|
|
||||||
1 gammcf=exp(-x+a*log(x)-gln)*g
|
|
||||||
return
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision function ddfact2(n)
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||||||
implicit double precision(a-h,o-z)
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|
||||||
if(iand(n,1).eq.0)stop 'error in ddfact2'
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||||||
ddfact2=1.d0
|
|
||||||
do i=1,n,2
|
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||||||
ddfact2=ddfact2*dfloat(i)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
end
|
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||||||
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|
||||||
double precision function a_coef(n)
|
|
||||||
implicit double precision(a-h,o-z)
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|
||||||
a_coef=dfloat(n+1)/2.d0
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision function b_coef(n,u)
|
|
||||||
implicit double precision(a-h,o-z)
|
|
||||||
b_coef=-0.5d0*u**(n+1)*dexp(-u**2)
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision function gammln(xx)
|
|
||||||
implicit double precision (a-h,o-z)
|
|
||||||
real*8 cof(6),stp,half,one,fpf,x,tmp,ser
|
|
||||||
data cof,stp/76.18009173d0,-86.50532033d0,24.01409822d0,
|
|
||||||
* -1.231739516d0,.120858003d-2,-.536382d-5,2.50662827465d0/
|
|
||||||
data half,one,fpf/0.5d0,1.0d0,5.5d0/
|
|
||||||
x=xx-one
|
|
||||||
tmp=x+fpf
|
|
||||||
tmp=(x+half)*log(tmp)-tmp
|
|
||||||
ser=one
|
|
||||||
do 11 j=1,6
|
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||||||
x=x+one
|
|
||||||
ser=ser+cof(j)/x
|
|
||||||
11 continue
|
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||||||
gammln=tmp+log(stp*ser)
|
|
||||||
return
|
|
||||||
end
|
|
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