mirror of
https://github.com/QuantumPackage/qp2.git
synced 2024-12-23 04:43:45 +01:00
small converter patch
This commit is contained in:
parent
3ebad92f76
commit
13f685722d
@ -399,7 +399,7 @@ def get_pot_ao(mf):
|
||||
return v_kpts_ao
|
||||
|
||||
def ao_to_mo_1e(ao_kpts,mo_coef):
|
||||
return np.einsum('kim,kij,kjn->kmn',mo_coef.conj(),ao_kpts_ao,mo_coef)
|
||||
return np.einsum('kim,kij,kjn->kmn',mo_coef.conj(),ao_kpts,mo_coef)
|
||||
|
||||
def get_j3ao_old(fname,nao,Nk):
|
||||
'''
|
||||
@ -744,12 +744,22 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
ne_mo_blocked=block_diag(*ne_mo)
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'a') as qph5:
|
||||
kin_mo_f = np.array(kin_mo.transpose((0,2,1)),order='c')
|
||||
ovlp_mo_f = np.array(ovlp_mo.transpose((0,2,1)),order='c')
|
||||
ne_mo_f = np.array(ne_mo.transpose((0,2,1)),order='c')
|
||||
|
||||
kin_mo_blocked_f = block_diag(*kin_mo_f)
|
||||
ovlp_mo_blocked_f = block_diag(*ovlp_mo_f)
|
||||
ne_mo_blocked_f = block_diag(*ne_mo_f)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic_real',data=kin_mo_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic_imag',data=kin_mo_blocked.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap_real',data=ovlp_mo_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap_imag',data=ovlp_mo_blocked.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e_real', data=ne_mo_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e_imag', data=ne_mo_blocked.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic',data=kin_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap',data=ovlp_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e', data=ne_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
for fname,ints in zip(('S.mo.qp','V.mo.qp','T.mo.qp'),
|
||||
(ovlp_mo, ne_mo, kin_mo)):
|
||||
print_kpts_unblocked_upper(ints,fname,thresh_mono)
|
||||
@ -785,9 +795,9 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
qph5.create_group('ao_two_e_ints')
|
||||
qph5['ao_two_e_ints'].attrs['df_num']=naux
|
||||
|
||||
j3ao_new = get_j3ao_new(mf.with_df._cderi,nao,Nk)
|
||||
if print_ao_ints_df:
|
||||
print_df(j3arr,'D.qp',bielec_int_threshold)
|
||||
j3ao_new = get_j3ao_new(mf.with_df._cderi,nao,Nk)
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'a') as qph5:
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_two_e_ints/df_ao_integrals_real',data=j3arr.transpose((2,3,1,0)).real)
|
||||
|
@ -120,17 +120,35 @@ ezfio.set_mo_basis_mo_coef_complex(mo_coef_reim)
|
||||
##########################################
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
kin_ao_reim=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic'][()].tolist()
|
||||
ovlp_ao_reim=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap'][()].tolist()
|
||||
ne_ao_reim=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e'][()].tolist()
|
||||
if 'ao_one_e_ints' in qph5.keys():
|
||||
kin_ao_reim=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic'][()].tolist()
|
||||
ovlp_ao_reim=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap'][()].tolist()
|
||||
ne_ao_reim=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e'][()].tolist()
|
||||
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_kinetic_complex(kin_ao_reim)
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_overlap_complex(ovlp_ao_reim)
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_n_e_complex(ne_ao_reim)
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_kinetic_complex(kin_ao_reim)
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_overlap_complex(ovlp_ao_reim)
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_n_e_complex(ne_ao_reim)
|
||||
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_kinetic('Read')
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_overlap('Read')
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_n_e('Read')
|
||||
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
if 'mo_one_e_ints' in qph5.keys():
|
||||
kin_mo_reim=qph5['mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic'][()].tolist()
|
||||
#ovlp_mo_reim=qph5['mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap'][()].tolist()
|
||||
ne_mo_reim=qph5['mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e'][()].tolist()
|
||||
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_kinetic('Read')
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_overlap('Read')
|
||||
ezfio.set_ao_one_e_ints_io_ao_integrals_n_e('Read')
|
||||
ezfio.set_mo_one_e_ints_mo_integrals_kinetic_complex(kin_mo_reim)
|
||||
#ezfio.set_mo_one_e_ints_mo_integrals_overlap_complex(ovlp_mo_reim)
|
||||
#ezfio.set_mo_one_e_ints_mo_integrals_n_e_complex(ne_mo_reim)
|
||||
ezfio.set_mo_one_e_ints_mo_integrals_e_n_complex(ne_mo_reim)
|
||||
|
||||
ezfio.set_mo_one_e_ints_io_mo_integrals_kinetic('Read')
|
||||
#ezfio.set_mo_one_e_ints_io_mo_integrals_overlap('Read')
|
||||
#ezfio.set_mo_one_e_ints_io_mo_integrals_n_e('Read')
|
||||
ezfio.set_mo_one_e_ints_io_mo_integrals_e_n('Read')
|
||||
|
||||
##########################################
|
||||
# #
|
||||
|
Loading…
Reference in New Issue
Block a user