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1277f78d72
@ -553,14 +553,25 @@ def df_ao_to_mo_test(j3ao,mo_coef):
|
||||
np.einsum('mij,ik,jl->mkl',j3ao[idx2_tri((ki,kj))],mo_coef[ki].conj(),mo_coef[kj])
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||||
for ki,kj in product(range(Nk),repeat=2) if (ki>=kj)])
|
||||
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||||
def pyscf2QP2_mo(cell,mf,kpts,kmesh=None,cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,qph5path='qpdat.h5'):
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||||
pyscf2QP2(cell,mf,kpts,kmesh,cas_idx,int_threshold,qph5path,
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||||
print_ao_ints_df=False,
|
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print_mo_ints_df=True,
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print_ao_ints_mono=False,
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print_mo_ints_mono=True)
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return
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||||
def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
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||||
qph5path = 'qpdat.h5',
|
||||
print_ao_ints_bi=False,
|
||||
print_mo_ints_bi=False,
|
||||
print_ao_ints_df=True,
|
||||
print_mo_ints_df=False,
|
||||
print_ao_ints_mono=True,
|
||||
print_mo_ints_mono=False):
|
||||
print_mo_ints_mono=False,
|
||||
print_debug=False):
|
||||
'''
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||||
kpts = List of kpoints coordinates. Cannot be null, for gamma is other script
|
||||
kmesh = Mesh of kpoints (optional)
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||||
@ -582,7 +593,7 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
thresh_mono = int_threshold
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||||
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||||
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||||
qph5path = 'qpdat.h5'
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||||
# qph5path = 'qpdat.h5'
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||||
# create hdf5 file, delete old data if exists
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||||
with h5py.File(qph5path,'w') as qph5:
|
||||
qph5.create_group('nuclei')
|
||||
@ -685,14 +696,15 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
mo_coef_f = np.array(mo_k.transpose((0,2,1)),order='c')
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||||
mo_coef_blocked=block_diag(*mo_k)
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||||
mo_coef_blocked_f = block_diag(*mo_coef_f)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_real',data=mo_coef_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_imag',data=mo_coef_blocked.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_kpts_real',data=mo_k.real)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_kpts_imag',data=mo_k.imag)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_real',data=mo_coef_blocked.real)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_imag',data=mo_coef_blocked.imag)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_kpts_real',data=mo_k.real)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_kpts_imag',data=mo_k.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_complex',data=mo_coef_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nao,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('mo_basis/mo_coef_kpts',data=mo_coef_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk,nmo,nao,2)))
|
||||
|
||||
print_kpts_unblocked(mo_k,'C.qp',mo_coef_threshold)
|
||||
if print_debug:
|
||||
print_kpts_unblocked(mo_k,'C.qp',mo_coef_threshold)
|
||||
|
||||
##########################################
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||||
# #
|
||||
@ -719,23 +731,24 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
ovlp_ao_blocked_f = block_diag(*ovlp_ao_f)
|
||||
ne_ao_blocked_f = block_diag(*ne_ao_f)
|
||||
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_real',data=kin_ao_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_imag',data=kin_ao_blocked.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_real',data=ovlp_ao_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_imag',data=ovlp_ao_blocked.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_real', data=ne_ao_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_imag', data=ne_ao_blocked.imag)
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_real',data=kin_ao_blocked.real)
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_imag',data=kin_ao_blocked.imag)
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_real',data=ovlp_ao_blocked.real)
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_imag',data=ovlp_ao_blocked.imag)
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_real', data=ne_ao_blocked.real)
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_imag', data=ne_ao_blocked.imag)
|
||||
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic',data=kin_ao_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nao,Nk*nao,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap',data=ovlp_ao_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nao,Nk*nao,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e', data=ne_ao_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nao,Nk*nao,2)))
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic',data=kin_ao_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nao,Nk*nao,2)))
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap',data=ovlp_ao_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nao,Nk*nao,2)))
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e', data=ne_ao_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nao,Nk*nao,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_kpts',data=kin_ao_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk,nao,nao,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_kpts',data=ovlp_ao_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk,nao,nao,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_kpts', data=ne_ao_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk,nao,nao,2)))
|
||||
|
||||
for fname,ints in zip(('S.qp','V.qp','T.qp'),
|
||||
(ovlp_ao, ne_ao, kin_ao)):
|
||||
print_kpts_unblocked_upper(ints,fname,thresh_mono)
|
||||
if print_debug:
|
||||
for fname,ints in zip(('S.qp','V.qp','T.qp'),
|
||||
(ovlp_ao, ne_ao, kin_ao)):
|
||||
print_kpts_unblocked_upper(ints,fname,thresh_mono)
|
||||
|
||||
if print_mo_ints_mono:
|
||||
kin_mo = ao_to_mo_1e(kin_ao,mo_k)
|
||||
@ -754,23 +767,24 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
kin_mo_blocked_f = block_diag(*kin_mo_f)
|
||||
ovlp_mo_blocked_f = block_diag(*ovlp_mo_f)
|
||||
ne_mo_blocked_f = block_diag(*ne_mo_f)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic_real',data=kin_mo_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic_imag',data=kin_mo_blocked.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap_real',data=ovlp_mo_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap_imag',data=ovlp_mo_blocked.imag)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e_real', data=ne_mo_blocked.real)
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e_imag', data=ne_mo_blocked.imag)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic_real',data=kin_mo_blocked.real)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic_imag',data=kin_mo_blocked.imag)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap_real',data=ovlp_mo_blocked.real)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap_imag',data=ovlp_mo_blocked.imag)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e_real', data=ne_mo_blocked.real)
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e_imag', data=ne_mo_blocked.imag)
|
||||
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic',data=kin_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap',data=ovlp_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e', data=ne_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic',data=kin_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap',data=ovlp_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e', data=ne_mo_blocked_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk*nmo,Nk*nmo,2)))
|
||||
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic_kpts',data=kin_mo_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk,nmo,nmo,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap_kpts',data=ovlp_mo_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk,nmo,nmo,2)))
|
||||
qph5.create_dataset('mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e_kpts', data=ne_mo_f.view(dtype=np.float64).reshape((Nk,nmo,nmo,2)))
|
||||
for fname,ints in zip(('S.mo.qp','V.mo.qp','T.mo.qp'),
|
||||
(ovlp_mo, ne_mo, kin_mo)):
|
||||
print_kpts_unblocked_upper(ints,fname,thresh_mono)
|
||||
if print_debug:
|
||||
for fname,ints in zip(('S.mo.qp','V.mo.qp','T.mo.qp'),
|
||||
(ovlp_mo, ne_mo, kin_mo)):
|
||||
print_kpts_unblocked_upper(ints,fname,thresh_mono)
|
||||
|
||||
|
||||
##########################################
|
||||
@ -785,7 +799,8 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
kcon_f_phys = np.array(kconserv.transpose((1,2,0)),order='c')
|
||||
qph5.create_dataset('nuclei/kconserv',data=kcon_f_phys+1)
|
||||
|
||||
print_kcon_chem_to_phys(kconserv,'K.qp')
|
||||
if print_debug:
|
||||
print_kcon_chem_to_phys(kconserv,'K.qp')
|
||||
|
||||
##########################################
|
||||
# #
|
||||
@ -805,7 +820,8 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
|
||||
j3ao_new = get_j3ao_new(mf.with_df._cderi,nao,Nk)
|
||||
if print_ao_ints_df:
|
||||
print_df(j3arr,'D.qp',bielec_int_threshold)
|
||||
if print_debug:
|
||||
print_df(j3arr,'D.qp',bielec_int_threshold)
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'a') as qph5:
|
||||
#qph5.create_dataset('ao_two_e_ints/df_ao_integrals_real',data=j3arr.transpose((2,3,1,0)).real)
|
||||
@ -817,7 +833,8 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
|
||||
j3mo = df_ao_to_mo(j3arr,mo_k)
|
||||
j3mo_new = df_ao_to_mo_new(j3ao_new,mo_k)
|
||||
|
||||
print_df(j3mo,'D.mo.qp',bielec_int_threshold)
|
||||
if print_debug:
|
||||
print_df(j3mo,'D.mo.qp',bielec_int_threshold)
|
||||
|
||||
with h5py.File(qph5path,'a') as qph5:
|
||||
#qph5.create_dataset('mo_two_e_ints/df_mo_integrals_real',data=j3mo.transpose((2,3,1,0)).real)
|
||||
|
@ -139,7 +139,7 @@ def convert_kpts(filename,qph5path):
|
||||
with h5py.File(qph5path,'r') as qph5:
|
||||
if 'mo_one_e_ints' in qph5.keys():
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||||
kin_mo_reim=qph5['mo_one_e_ints/mo_integrals_kinetic_kpts'][()].tolist()
|
||||
ovlp_mo_reim=qph5['mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap'][()].tolist()
|
||||
ovlp_mo_reim=qph5['mo_one_e_ints/mo_integrals_overlap_kpts'][()].tolist()
|
||||
ne_mo_reim=qph5['mo_one_e_ints/mo_integrals_n_e_kpts'][()].tolist()
|
||||
|
||||
ezfio.set_mo_one_e_ints_mo_integrals_kinetic_kpts(kin_mo_reim)
|
||||
|
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