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working on converter
find cleaner way to provide kpt_pair_num
This commit is contained in:
parent
0b22e78da1
commit
059efc649d
@ -58,5 +58,6 @@ default: false
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[ao_kpt_num]
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[ao_kpt_num]
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type: integer
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type: integer
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doc: Number of |AOs| per kpt
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doc: Number of |AOs| per kpt
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default: =(ao_basis.ao_num/nuclei.kpt_num)
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interface: ezfio
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interface: ezfio
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@ -589,12 +589,15 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
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ovlp_ao = ('S',np.reshape(mf.get_ovlp(cell=cell,kpts=kpts),(Nk,nao,nao)),ovlp_threshold)
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ovlp_ao = ('S',np.reshape(mf.get_ovlp(cell=cell,kpts=kpts),(Nk,nao,nao)),ovlp_threshold)
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kin_ao = ('T',np.reshape(cell.pbc_intor('int1e_kin',1,1,kpts=kpts),(Nk,nao,nao)),kin_threshold)
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kin_ao = ('T',np.reshape(cell.pbc_intor('int1e_kin',1,1,kpts=kpts),(Nk,nao,nao)),kin_threshold)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic', data=kin_ao[1].real)
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kin_ao_blocked=scipy.linalg.block_diag(*kin_ao[1])
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_imag',data=kin_ao[1].imag)
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ovlp_ao_blocked=scipy.linalg.block_diag(*ovlp_ao[1])
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap', data=ovlp_ao[1].real)
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ne_ao_blocked=scipy.linalg.block_diag(*v_kpts_ao)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_imag',data=ovlp_ao[1].imag)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_real',data=kin_ao_blocked.real)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e', data=v_kpts_ao.real)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_imag',data=kin_ao_blocked.imag)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_imag', data=v_kpts_ao.imag)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_real',data=ovlp_ao_blocked.real)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_imag',data=ovlp_ao_blocked.imag)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_real', data=ne_ao_blocked.real)
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qph5.create_dataset('ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_imag', data=ne_ao_blocked.imag)
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@ -680,8 +683,8 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
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outfile.write('%s %s %s %s %s %s\n' % (i+1,j+1,iaux+1,k+1,v.real,v.imag))
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outfile.write('%s %s %s %s %s %s\n' % (i+1,j+1,iaux+1,k+1,v.real,v.imag))
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df_ao_tmp[i,j,iaux,k]=v
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df_ao_tmp[i,j,iaux,k]=v
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qph5.create_dataset('ao_two_e_ints/df_ao_array_real',data=df_ao_tmp.real)
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qph5.create_dataset('ao_two_e_ints/df_ao_integrals_real',data=df_ao_tmp.real)
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qph5.create_dataset('ao_two_e_ints/df_ao_array_imag',data=df_ao_tmp.imag)
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qph5.create_dataset('ao_two_e_ints/df_ao_integrals_imag',data=df_ao_tmp.imag)
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if print_mo_ints_df:
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if print_mo_ints_df:
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kpair_list=[]
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kpair_list=[]
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@ -701,8 +704,8 @@ def pyscf2QP2(cell,mf, kpts, kmesh=None, cas_idx=None, int_threshold = 1E-8,
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if (abs(v) > bielec_int_threshold):
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if (abs(v) > bielec_int_threshold):
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outfile.write('%s %s %s %s %s %s\n' % (i+1,j+1,iaux+1,k+1,v.real,v.imag))
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outfile.write('%s %s %s %s %s %s\n' % (i+1,j+1,iaux+1,k+1,v.real,v.imag))
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df_mo_tmp[i,j,iaux,k]=v
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df_mo_tmp[i,j,iaux,k]=v
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qph5.create_dataset('mo_two_e_ints/df_mo_array_real',data=df_mo_tmp.real)
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qph5.create_dataset('mo_two_e_ints/df_mo_integrals_real',data=df_mo_tmp.real)
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qph5.create_dataset('mo_two_e_ints/df_mo_array_imag',data=df_mo_tmp.imag)
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qph5.create_dataset('mo_two_e_ints/df_mo_integrals_imag',data=df_mo_tmp.imag)
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@ -17,6 +17,8 @@ qph5=h5py.File(h5filename,'r')
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kpt_num = qph5['nuclei'].attrs['kpt_num']
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kpt_num = qph5['nuclei'].attrs['kpt_num']
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ezfio.set_nuclei_kpt_num(kpt_num)
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ezfio.set_nuclei_kpt_num(kpt_num)
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kpt_pair_num = (kpt_num*kpt_num + kpt_num)//2
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ezfio.set_nuclei_kpt_pair_num(kpt_pair_num)
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# should this be in ao_basis? ao_two_e_ints?
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# should this be in ao_basis? ao_two_e_ints?
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df_num = qph5['ao_two_e_ints'].attrs['df_num']
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df_num = qph5['ao_two_e_ints'].attrs['df_num']
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@ -110,4 +112,30 @@ ezfio.set_mo_basis_mo_coef_imag(qph5['mo_basis/mo_coef_imag'][()].tolist())
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#maybe fix qp so we don't need this?
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#maybe fix qp so we don't need this?
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ezfio.set_mo_basis_mo_coef([[i for i in range(mo_num)] * ao_num])
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ezfio.set_mo_basis_mo_coef([[i for i in range(mo_num)] * ao_num])
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ezfio.set_nuclei_is_periodic(True)
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ezfio.set_nuclei_is_complex(True)
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kin_ao_re=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_real'][()].T.tolist()
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kin_ao_im=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_kinetic_imag'][()].T.tolist()
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ovlp_ao_re=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_real'][()].T.tolist()
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ovlp_ao_im=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_overlap_imag'][()].T.tolist()
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ne_ao_re=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_real'][()].T.tolist()
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ne_ao_im=qph5['ao_one_e_ints/ao_integrals_n_e_imag'][()].T.tolist()
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ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_kinetic(kin_ao_re)
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ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_kinetic_imag(kin_ao_im)
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ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_overlap(ovlp_ao_re)
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ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_overlap_imag(ovlp_ao_im)
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ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_n_e(ne_ao_re)
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ezfio.set_ao_one_e_ints_ao_integrals_n_e_imag(ne_ao_im)
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dfao_re=qph5['ao_two_e_ints/df_ao_integrals_real'][()].transpose((3,2,1,0)).tolist()
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dfao_im=qph5['ao_two_e_ints/df_ao_integrals_imag'][()].transpose((3,2,1,0)).tolist()
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ezfio.set_ao_two_e_ints_df_ao_integrals_real(dfao_re)
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ezfio.set_ao_two_e_ints_df_ao_integrals_imag(dfao_im)
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#TODO: add check and only do this if ints exist
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#dfmo_re=qph5['mo_two_e_ints/df_mo_integrals_real'][()].transpose((3,2,1,0)).tolist()
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#dfmo_im=qph5['mo_two_e_ints/df_mo_integrals_imag'][()].transpose((3,2,1,0)).tolist()
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#ezfio.set_mo_two_e_ints_df_mo_integrals_real(dfmo_re)
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#ezfio.set_mo_two_e_ints_df_mo_integrals_imag(dfmo_im)
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