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ce7d0118ab
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S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
||||
S 1 1.00
|
||||
1.0000000 1.0000000
|
4
examples/molecule.Sph_18
Normal file
4
examples/molecule.Sph_18
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
1 9 9 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
X 0.0 0.0 0.0
|
4
examples/molecule.Sph_2
Normal file
4
examples/molecule.Sph_2
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
1 1 1 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
X 0.0 0.0 0.0
|
4
examples/molecule.Sph_32
Normal file
4
examples/molecule.Sph_32
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
1 16 16 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
X 0.0 0.0 0.0
|
4
examples/molecule.Sph_50
Normal file
4
examples/molecule.Sph_50
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
1 25 25 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
X 0.0 0.0 0.0
|
4
examples/molecule.Sph_72
Normal file
4
examples/molecule.Sph_72
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
1 36 36 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
X 0.0 0.0 0.0
|
4
examples/molecule.Sph_8
Normal file
4
examples/molecule.Sph_8
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
1 4 4 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
X 0.0 0.0 0.0
|
4
examples/molecule.Sph_98
Normal file
4
examples/molecule.Sph_98
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
1 49 49 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
X 0.0 0.0 0.0
|
3017
src/eDFT/dft_grid.f90
Normal file
3017
src/eDFT/dft_grid.f90
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
902
src/utils/map_module.f90
Normal file
902
src/utils/map_module.f90
Normal file
@ -0,0 +1,902 @@
|
||||
module map_module
|
||||
|
||||
! A map is an array of maps (cache_maps)
|
||||
! A cache map is an array of keys and values sorted by keys
|
||||
! A cache map has its own OpenMP lock
|
||||
! To access a (key,value) pair in the map, the
|
||||
! index of the cache_map in the map array is obtained
|
||||
! by removing the first 15 bits of the key.
|
||||
! The key in the cache_map is composed of the first
|
||||
! 15 bits of the key. Therefore, it can be stored
|
||||
! as integer*2 and is found by applying the map_mask
|
||||
! to the initial key. The element are found in the
|
||||
! cache_map using a binary search
|
||||
!
|
||||
! When using the map_update subroutine to build the map,
|
||||
! the map_merge subroutine
|
||||
! should be called before getting data from the map.
|
||||
|
||||
use omp_lib
|
||||
|
||||
integer, parameter :: integral_kind = 8
|
||||
|
||||
integer, parameter :: cache_key_kind = 2
|
||||
integer, parameter :: cache_map_size_kind = 4
|
||||
|
||||
integer, parameter :: key_kind = 8
|
||||
integer, parameter :: map_size_kind = 8
|
||||
|
||||
integer, parameter :: map_shift = 15
|
||||
integer*8, parameter :: map_mask = ibset(0_8,15)-1_8
|
||||
|
||||
type cache_map_type
|
||||
real(integral_kind), pointer :: value(:)
|
||||
integer(cache_key_kind), pointer :: key(:)
|
||||
logical :: sorted
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: map_size
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: n_elements
|
||||
integer(omp_lock_kind) :: lock
|
||||
end type cache_map_type
|
||||
|
||||
type map_type
|
||||
type(cache_map_type), allocatable :: map(:)
|
||||
real(integral_kind), pointer :: consolidated_value(:)
|
||||
integer(cache_key_kind), pointer :: consolidated_key(:)
|
||||
integer*8, pointer :: consolidated_idx(:)
|
||||
logical :: sorted
|
||||
logical :: consolidated
|
||||
integer(map_size_kind) :: map_size
|
||||
integer(map_size_kind) :: n_elements
|
||||
integer(omp_lock_kind) :: lock
|
||||
end type map_type
|
||||
|
||||
end module map_module
|
||||
|
||||
|
||||
double precision function map_mb(map)
|
||||
use map_module
|
||||
use omp_lib
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(in) :: map
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
|
||||
map_mb = dble(8+map_size_kind+map_size_kind+omp_lock_kind+4)
|
||||
do i=0,map%map_size
|
||||
map_mb = map_mb + dble(map%map(i)%map_size*(cache_key_kind+integral_kind) +&
|
||||
8+8+4+cache_map_size_kind+cache_map_size_kind+omp_lock_kind)
|
||||
enddo
|
||||
map_mb = map_mb / (1024.d0*1024.d0)
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine cache_map_init(map,sze)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (cache_map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: sze
|
||||
call omp_set_lock(map%lock)
|
||||
map%n_elements = 0_8
|
||||
map%map_size = 0_8
|
||||
map%sorted = .True.
|
||||
NULLIFY(map%value, map%key)
|
||||
call cache_map_reallocate(map,sze)
|
||||
call omp_unset_lock(map%lock)
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_init(map,keymax)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
integer*8, intent(in) :: keymax
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: sze
|
||||
integer :: err
|
||||
|
||||
call omp_init_lock(map%lock)
|
||||
call omp_set_lock(map%lock)
|
||||
|
||||
map%n_elements = 0_8
|
||||
map%map_size = shiftr(keymax,map_shift)
|
||||
map%consolidated = .False.
|
||||
|
||||
allocate(map%map(0_8:map%map_size),stat=err)
|
||||
if (err /= 0) then
|
||||
print *, 'Unable to allocate map'
|
||||
stop 5
|
||||
endif
|
||||
sze = 2
|
||||
do i=0_8,map%map_size
|
||||
call omp_init_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
enddo
|
||||
!$OMP PARALLEL DEFAULT(NONE) SHARED(map,sze) PRIVATE(i)
|
||||
!$OMP DO SCHEDULE(STATIC,512)
|
||||
do i=0_8,map%map_size
|
||||
call cache_map_init(map%map(i),sze)
|
||||
enddo
|
||||
!$OMP ENDDO
|
||||
!$OMP END PARALLEL
|
||||
map%sorted = .True.
|
||||
|
||||
call omp_unset_lock(map%lock)
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine cache_map_reallocate(map,sze)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(in) :: sze
|
||||
type (cache_map_type), intent(inout) :: map
|
||||
|
||||
integer(cache_key_kind), pointer :: key_new(:)
|
||||
real(integral_kind), pointer :: value_new(:)
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
integer :: err
|
||||
!DIR$ ATTRIBUTES ALIGN : 64 :: key_new, value_new
|
||||
|
||||
if (sze < map%n_elements) then
|
||||
print *, 'Unable to resize map : map too large'
|
||||
stop 3
|
||||
endif
|
||||
|
||||
! Resize keys
|
||||
allocate( key_new(sze), stat=err )
|
||||
if (err /= 0) then
|
||||
print *, 'Unable to allocate map', sze
|
||||
stop 1
|
||||
endif
|
||||
if (associated(map%key)) then
|
||||
do i=1_8,min(size(map%key),map%n_elements)
|
||||
key_new(i) = map%key(i)
|
||||
enddo
|
||||
deallocate(map%key)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
! Resize values
|
||||
allocate( value_new(sze), stat=err )
|
||||
if (err /= 0) then
|
||||
print *, 'Unable to allocate map', sze
|
||||
stop 2
|
||||
endif
|
||||
if (associated(map%value)) then
|
||||
do i=1_8,min(size(map%key),map%n_elements)
|
||||
value_new(i) = map%value(i)
|
||||
enddo
|
||||
deallocate(map%value)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
! Set new pointers
|
||||
map%key => key_new
|
||||
map%value => value_new
|
||||
map%map_size = sze
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
subroutine cache_map_deinit(map)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (cache_map_type), intent(inout) :: map
|
||||
|
||||
integer :: err
|
||||
|
||||
if (associated( map % value )) then
|
||||
deallocate( map % value, stat=err )
|
||||
if (err /= 0) then
|
||||
print *, 'Unable to deallocate map'
|
||||
stop 2
|
||||
endif
|
||||
NULLIFY(map%value)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
if (associated( map % key )) then
|
||||
deallocate( map % key, stat=err )
|
||||
if (err /= 0) then
|
||||
print *, 'Unable to deallocate map'
|
||||
stop 4
|
||||
endif
|
||||
NULLIFY(map%key)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
map%n_elements = 0_8
|
||||
map%map_size = 0_8
|
||||
call omp_destroy_lock(map%lock)
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_deinit(map)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer :: err
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
|
||||
if (allocated( map % map )) then
|
||||
do i=0_8, map%map_size
|
||||
call cache_map_deinit(map%map(i))
|
||||
enddo
|
||||
deallocate( map % map, stat=err )
|
||||
if (err /= 0) then
|
||||
print *, 'Unable to deallocate map'
|
||||
stop 6
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
|
||||
map%n_elements = 0_8
|
||||
map%map_size = 0_8
|
||||
call omp_destroy_lock(map%lock)
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine cache_map_sort(map)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (cache_map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(cache_map_size_kind), allocatable :: iorder(:)
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: i
|
||||
!DIR$ ATTRIBUTES ALIGN : 64 :: iorder
|
||||
|
||||
if (.not.map%sorted) then
|
||||
allocate(iorder(map%n_elements))
|
||||
do i=1,map%n_elements
|
||||
iorder(i) = i
|
||||
enddo
|
||||
if (cache_key_kind == 2) then
|
||||
call i2radix_sort(map%key,iorder,map%n_elements,-1)
|
||||
else if (cache_key_kind == 4) then
|
||||
call iradix_sort(map%key,iorder,map%n_elements,-1)
|
||||
else if (cache_key_kind == 8) then
|
||||
call i8radix_sort(map%key,iorder,map%n_elements,-1)
|
||||
endif
|
||||
if (integral_kind == 4) then
|
||||
call set_order(map%value,iorder,map%n_elements)
|
||||
else if (integral_kind == 8) then
|
||||
call dset_order(map%value,iorder,map%n_elements)
|
||||
endif
|
||||
deallocate(iorder)
|
||||
map%sorted = .True.
|
||||
endif
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_sort(map)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
|
||||
if (.not.map%sorted) then
|
||||
!$OMP PARALLEL DO SCHEDULE(static,1024) DEFAULT(SHARED) PRIVATE(i)
|
||||
do i=0_8,map%map_size
|
||||
call omp_set_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
call cache_map_sort(map%map(i))
|
||||
call omp_unset_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
enddo
|
||||
!$OMP END PARALLEL DO
|
||||
map%sorted = .True.
|
||||
endif
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine cache_map_merge(map)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (cache_map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(cache_key_kind) :: prev_key
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: i, j
|
||||
|
||||
call cache_map_sort(map)
|
||||
prev_key = -1_8
|
||||
j=0
|
||||
do i=1,map%n_elements
|
||||
if (map%key(i) /= prev_key) then
|
||||
j = j+1
|
||||
map%value(j) = map%value(i)
|
||||
map%key(j) = map%key(i)
|
||||
prev_key = map%key(i)
|
||||
else
|
||||
map%value(j) = map%value(j)+map%value(i)
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
map%n_elements = j
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine cache_map_unique(map)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (cache_map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(cache_key_kind) :: prev_key
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: i, j
|
||||
|
||||
call cache_map_sort(map)
|
||||
prev_key = -1_8
|
||||
j=0
|
||||
do i=1,map%n_elements
|
||||
if (map%key(i) /= prev_key) then
|
||||
j = j+1
|
||||
map%value(j) = map%value(i)
|
||||
map%key(j) = map%key(i)
|
||||
prev_key = map%key(i)
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
map%n_elements = j
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine cache_map_shrink(map,thr)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (cache_map_type), intent(inout) :: map
|
||||
real(integral_kind) , intent(in) :: thr
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: i,j
|
||||
|
||||
j=0
|
||||
do i=1,map%n_elements
|
||||
if (abs(map%value(i)) > thr) then
|
||||
j = j+1
|
||||
map%value(j) = map%value(i)
|
||||
map%key(j) = map%key(i)
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
map%n_elements = j
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_unique(map)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
integer(map_size_kind) :: icount
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
!$OMP PARALLEL DO SCHEDULE(dynamic,1000) DEFAULT(SHARED) PRIVATE(i)&
|
||||
!$OMP REDUCTION(+:icount)
|
||||
do i=0_8,map%map_size
|
||||
call omp_set_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
call cache_map_unique(map%map(i))
|
||||
call omp_unset_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
icount = icount + map%map(i)%n_elements
|
||||
enddo
|
||||
!$OMP END PARALLEL DO
|
||||
map%n_elements = icount
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_merge(map)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
integer(map_size_kind) :: icount
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
!$OMP PARALLEL DO SCHEDULE(dynamic,1000) DEFAULT(SHARED) PRIVATE(i)&
|
||||
!$OMP REDUCTION(+:icount)
|
||||
do i=0_8,map%map_size
|
||||
call omp_set_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
call cache_map_merge(map%map(i))
|
||||
call omp_unset_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
icount = icount + map%map(i)%n_elements
|
||||
enddo
|
||||
!$OMP END PARALLEL DO
|
||||
map%n_elements = icount
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_shrink(map,thr)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
real(integral_kind), intent(in) :: thr
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
integer(map_size_kind) :: icount
|
||||
|
||||
icount = 0_8
|
||||
!$OMP PARALLEL DO SCHEDULE(dynamic,1000) DEFAULT(SHARED) PRIVATE(i)&
|
||||
!$OMP REDUCTION(+:icount)
|
||||
do i=0_8,map%map_size
|
||||
call omp_set_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
call cache_map_shrink(map%map(i),thr)
|
||||
call omp_unset_lock(map%map(i)%lock)
|
||||
icount = icount + map%map(i)%n_elements
|
||||
enddo
|
||||
!$OMP END PARALLEL DO
|
||||
map%n_elements = icount
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_update(map, key, value, sze, thr)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer, intent(in) :: sze
|
||||
integer(key_kind), intent(inout) :: key(sze)
|
||||
real(integral_kind), intent(inout) :: value(sze)
|
||||
real(integral_kind), intent(in) :: thr
|
||||
|
||||
integer :: i
|
||||
integer(map_size_kind) :: idx_cache, idx_cache_new
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: idx
|
||||
integer :: sze2
|
||||
integer(cache_key_kind) :: cache_key
|
||||
integer(map_size_kind) :: n_elements_temp
|
||||
type (cache_map_type) :: local_map
|
||||
logical :: map_sorted
|
||||
|
||||
sze2 = sze
|
||||
map_sorted = .True.
|
||||
|
||||
n_elements_temp = 0_8
|
||||
n_elements_temp = n_elements_temp + 1_8
|
||||
do while (sze2>0)
|
||||
i=1
|
||||
do while (i<=sze)
|
||||
if (key(i) /= 0_8) then
|
||||
idx_cache = shiftr(key(i),map_shift)
|
||||
if (omp_test_lock(map%map(idx_cache)%lock)) then
|
||||
local_map%key => map%map(idx_cache)%key
|
||||
local_map%value => map%map(idx_cache)%value
|
||||
local_map%sorted = map%map(idx_cache)%sorted
|
||||
local_map%map_size = map%map(idx_cache)%map_size
|
||||
local_map%n_elements = map%map(idx_cache)%n_elements
|
||||
do
|
||||
!DIR$ FORCEINLINE
|
||||
call search_key_big_interval(key(i),local_map%key, local_map%n_elements, idx, 1, local_map%n_elements)
|
||||
if (idx > 0_8) then
|
||||
local_map%value(idx) = local_map%value(idx) + value(i)
|
||||
else
|
||||
! Assert that the map has a proper size
|
||||
if (local_map%n_elements == local_map%map_size) then
|
||||
call cache_map_merge(local_map)
|
||||
call cache_map_reallocate(local_map, local_map%n_elements + local_map%n_elements)
|
||||
call cache_map_shrink(local_map,thr)
|
||||
endif
|
||||
cache_key = int(iand(key(i),map_mask),2)
|
||||
local_map%n_elements = local_map%n_elements + 1
|
||||
local_map%value(local_map%n_elements) = value(i)
|
||||
local_map%key(local_map%n_elements) = cache_key
|
||||
local_map%sorted = .False.
|
||||
n_elements_temp = n_elements_temp + 1_8
|
||||
endif ! idx > 0
|
||||
key(i) = 0_8
|
||||
i = i+1
|
||||
sze2 = sze2-1
|
||||
if (i>sze) then
|
||||
i=1
|
||||
endif
|
||||
if ( (shiftr(key(i),map_shift) /= idx_cache).or.(key(i)==0_8)) then
|
||||
exit
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
map%map(idx_cache)%key => local_map%key
|
||||
map%map(idx_cache)%value => local_map%value
|
||||
map%map(idx_cache)%sorted = local_map%sorted
|
||||
map%map(idx_cache)%n_elements = local_map%n_elements
|
||||
map%map(idx_cache)%map_size = local_map%map_size
|
||||
map_sorted = map_sorted .and. local_map%sorted
|
||||
call omp_unset_lock(map%map(idx_cache)%lock)
|
||||
endif ! omp_test_lock
|
||||
else
|
||||
i=i+1
|
||||
endif ! key = 0
|
||||
enddo ! i
|
||||
enddo ! sze2 > 0
|
||||
call omp_set_lock(map%lock)
|
||||
map%n_elements = map%n_elements + n_elements_temp
|
||||
map%sorted = map%sorted .and. map_sorted
|
||||
call omp_unset_lock(map%lock)
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_append(map, key, value, sze)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer, intent(in) :: sze
|
||||
integer(key_kind), intent(inout) :: key(sze)
|
||||
real(integral_kind), intent(inout) :: value(sze)
|
||||
|
||||
integer :: i
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: n_elements
|
||||
integer(map_size_kind) :: idx_cache
|
||||
integer(cache_key_kind) :: cache_key
|
||||
|
||||
do i=1,sze
|
||||
idx_cache = shiftr(key(i),map_shift)
|
||||
call omp_set_lock(map%map(idx_cache)%lock)
|
||||
n_elements = map%map(idx_cache)%n_elements + 1
|
||||
! Assert that the map has a proper size
|
||||
if (n_elements == map%map(idx_cache)%map_size) then
|
||||
call cache_map_reallocate(map%map(idx_cache), n_elements+ shiftr(n_elements,1))
|
||||
endif
|
||||
cache_key = int(iand(key(i),map_mask),2)
|
||||
map%map(idx_cache)%value(n_elements) = value(i)
|
||||
map%map(idx_cache)%key(n_elements) = cache_key
|
||||
map%map(idx_cache)%n_elements = n_elements
|
||||
if (map%map(idx_cache)%sorted.and.n_elements > 1) then
|
||||
map%map(idx_cache)%sorted = (map%map(idx_cache)%key(n_elements-1) <= cache_key)
|
||||
map%sorted = map%sorted .and. map%map(idx_cache)%sorted
|
||||
endif
|
||||
call omp_unset_lock(map%map(idx_cache)%lock)
|
||||
enddo
|
||||
call omp_set_lock(map%lock)
|
||||
map%n_elements = map%n_elements + sze
|
||||
call omp_unset_lock(map%lock)
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_get(map, key, value)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(key_kind), intent(in) :: key
|
||||
real(integral_kind), intent(out) :: value
|
||||
integer(map_size_kind) :: idx_cache
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: idx
|
||||
|
||||
! index in tha pointers array
|
||||
idx_cache = shiftr(key,map_shift)
|
||||
!DIR$ FORCEINLINE
|
||||
call cache_map_get_interval(map%map(idx_cache), key, value, 1, map%map(idx_cache)%n_elements,idx)
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine cache_map_get_interval(map, key, value, ibegin, iend, idx)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (cache_map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer(key_kind), intent(in) :: key
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(in) :: ibegin, iend
|
||||
real(integral_kind), intent(out) :: value
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(inout) :: idx
|
||||
double precision, pointer :: v(:)
|
||||
integer :: i
|
||||
|
||||
call search_key_big_interval(key,map%key, map%n_elements, idx, ibegin, iend)
|
||||
if (idx > 0) then
|
||||
value = map%value(idx)
|
||||
else
|
||||
value = 0._integral_kind
|
||||
endif
|
||||
! call search_key_value_big_interval(key, value, map%key, map%value, map%n_elements, idx, ibegin, iend)
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
subroutine map_get_many(map, key, value, sze)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer, intent(in) :: sze
|
||||
integer(key_kind), intent(in) :: key(sze)
|
||||
real(integral_kind), intent(out) :: value(sze)
|
||||
integer :: i
|
||||
integer(map_size_kind) :: idx_cache
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: ibegin, iend
|
||||
integer(cache_map_size_kind), allocatable :: idx(:)
|
||||
!DIR$ ATTRIBUTES ALIGN : 64 :: idx
|
||||
|
||||
allocate(idx(sze))
|
||||
do i=1,sze
|
||||
idx_cache = shiftr(key(i),map_shift)
|
||||
iend = map%map(idx_cache)%n_elements
|
||||
!DIR$ FORCEINLINE
|
||||
call search_key_big_interval(key(i),map%map(idx_cache)%key, iend, idx(i), 1, iend)
|
||||
enddo
|
||||
do i=1,sze
|
||||
idx_cache = shiftr(key(i),map_shift)
|
||||
if (idx(i) > 0) then
|
||||
value(i) = map%map(idx_cache)%value(idx(i))
|
||||
else
|
||||
value(i) = 0.
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
deallocate(idx)
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine map_exists_many(map, key, sze)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(inout) :: map
|
||||
integer, intent(in) :: sze
|
||||
integer(key_kind), intent(inout) :: key(sze)
|
||||
integer :: i
|
||||
integer(map_size_kind) :: idx_cache, idx_cache_prev
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: ibegin, iend
|
||||
integer(cache_map_size_kind), allocatable :: idx(:)
|
||||
!DIR$ ATTRIBUTES ALIGN : 64 :: idx
|
||||
|
||||
idx_cache_prev = -1_map_size_kind
|
||||
allocate(idx(sze))
|
||||
do i=1,sze
|
||||
idx_cache = shiftr(key(i),map_shift)
|
||||
iend = map%map(idx_cache)%n_elements
|
||||
if (idx_cache == idx_cache_prev) then
|
||||
if ((idx(i-1) > 0_cache_map_size_kind).and.(idx(i-1) < iend)) then
|
||||
if ((key(i) == key(i-1)+1).and.(map%map(idx_cache)%key(idx(i-1))+1) == key(i)) then
|
||||
idx(i) = idx(i-1)+1
|
||||
cycle
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
!DIR$ FORCEINLINE
|
||||
call search_key_big_interval(key(i),map%map(idx_cache)%key, iend, idx(i), 1, iend)
|
||||
idx_cache_prev = idx_cache
|
||||
enddo
|
||||
do i=1,sze
|
||||
idx_cache = shiftr(key(i),map_shift)
|
||||
if (idx(i) <= 0) then
|
||||
key(i) = 0_key_kind
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
deallocate(idx)
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine search_key_big(key,X,sze,idx)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(in) :: sze
|
||||
integer(key_kind) , intent(in) :: key
|
||||
integer(cache_key_kind) , intent(in) :: X(sze)
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(out) :: idx
|
||||
|
||||
call search_key_big_interval(key,X,sze,idx,1,sze)
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
subroutine search_key_big_interval(key,X,sze,idx,ibegin_in,iend_in)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(in) :: sze
|
||||
integer(key_kind) , intent(in) :: key
|
||||
integer(cache_key_kind) , intent(in) :: X(sze)
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(in) :: ibegin_in, iend_in
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(out) :: idx
|
||||
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: istep, ibegin, iend, i
|
||||
integer(cache_key_kind) :: cache_key
|
||||
|
||||
if (sze /= 0) then
|
||||
continue
|
||||
else
|
||||
idx = -1
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
cache_key = int(iand(key,map_mask),2)
|
||||
ibegin = min(ibegin_in,sze)
|
||||
iend = min(iend_in,sze)
|
||||
if ((cache_key > X(ibegin)) .and. (cache_key < X(iend))) then
|
||||
|
||||
istep = shiftr(iend-ibegin,1)
|
||||
idx = ibegin + istep
|
||||
do while (istep > 4)
|
||||
idx = ibegin + istep
|
||||
! TODO : Cache misses
|
||||
if (cache_key < X(idx)) then
|
||||
iend = idx
|
||||
istep = shiftr(idx-ibegin,1)
|
||||
idx = ibegin + istep
|
||||
if (cache_key < X(idx)) then
|
||||
iend = idx
|
||||
istep = shiftr(idx-ibegin,1)
|
||||
cycle
|
||||
else if (cache_key > X(idx)) then
|
||||
ibegin = idx
|
||||
istep = shiftr(iend-idx,1)
|
||||
cycle
|
||||
else
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
else if (cache_key > X(idx)) then
|
||||
ibegin = idx
|
||||
istep = shiftr(iend-idx,1)
|
||||
idx = idx + istep
|
||||
if (cache_key < X(idx)) then
|
||||
iend = idx
|
||||
istep = shiftr(idx-ibegin,1)
|
||||
cycle
|
||||
else if (cache_key > X(idx)) then
|
||||
ibegin = idx
|
||||
istep = shiftr(iend-idx,1)
|
||||
cycle
|
||||
else
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
else
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
idx = ibegin
|
||||
if (min(iend_in,sze) > ibegin+4) then
|
||||
iend = ibegin+4
|
||||
!DIR$ LOOP COUNT MAX(4)
|
||||
do while (cache_key > X(idx))
|
||||
idx = idx+1
|
||||
end do
|
||||
else
|
||||
!DIR$ LOOP COUNT MAX(4)
|
||||
do while (cache_key > X(idx))
|
||||
idx = idx+1
|
||||
if (idx == iend) then
|
||||
exit
|
||||
endif
|
||||
end do
|
||||
endif
|
||||
if (cache_key /= X(idx)) then
|
||||
idx = 1-idx
|
||||
endif
|
||||
return
|
||||
|
||||
else
|
||||
|
||||
if (cache_key < X(ibegin)) then
|
||||
idx = -ibegin
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
if (cache_key > X(iend)) then
|
||||
idx = -iend
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
if (cache_key == X(ibegin)) then
|
||||
idx = ibegin
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
if (cache_key == X(iend)) then
|
||||
idx = iend
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
subroutine search_key_value_big_interval(key,value,X,Y,sze,idx,ibegin_in,iend_in)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(in) :: sze
|
||||
integer(key_kind) , intent(in) :: key
|
||||
real(integral_kind) , intent(out) :: value
|
||||
integer(cache_key_kind) , intent(in) :: X(sze)
|
||||
real(integral_kind) , intent(in) :: Y(sze)
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(in) :: ibegin_in, iend_in
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(out) :: idx
|
||||
|
||||
integer(cache_map_size_kind) :: istep, ibegin, iend, i
|
||||
integer(cache_key_kind) :: cache_key
|
||||
|
||||
if (sze /= 0) then
|
||||
continue
|
||||
else
|
||||
idx = -1
|
||||
value = 0.d0
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
cache_key = int(iand(key,map_mask),2)
|
||||
ibegin = min(ibegin_in,sze)
|
||||
iend = min(iend_in,sze)
|
||||
if ((cache_key > X(ibegin)) .and. (cache_key < X(iend))) then
|
||||
|
||||
istep = shiftr(iend+ibegin,1)
|
||||
idx = ibegin + istep
|
||||
do while (istep > 4)
|
||||
idx = ibegin + istep
|
||||
! TODO : Cache misses
|
||||
if (cache_key < X(idx)) then
|
||||
iend = idx
|
||||
istep = shiftr(idx-ibegin,1)
|
||||
idx = ibegin + istep
|
||||
if (cache_key < X(idx)) then
|
||||
iend = idx
|
||||
istep = shiftr(idx-ibegin,1)
|
||||
cycle
|
||||
else if (cache_key > X(idx)) then
|
||||
ibegin = idx
|
||||
istep = shiftr(iend-idx,1)
|
||||
cycle
|
||||
else
|
||||
value = Y(idx)
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
else if (cache_key > X(idx)) then
|
||||
ibegin = idx
|
||||
istep = shiftr(iend-idx,1)
|
||||
idx = idx + istep
|
||||
if (cache_key < X(idx)) then
|
||||
iend = idx
|
||||
istep = shiftr(idx-ibegin,1)
|
||||
cycle
|
||||
else if (cache_key > X(idx)) then
|
||||
ibegin = idx
|
||||
istep = shiftr(iend-idx,1)
|
||||
cycle
|
||||
else
|
||||
value = Y(idx)
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
else
|
||||
value = Y(idx)
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
enddo
|
||||
idx = ibegin
|
||||
if (min(iend_in,sze) > ibegin+4) then
|
||||
iend = ibegin+4
|
||||
!DIR$ LOOP COUNT MAX(4)
|
||||
do while (cache_key > X(idx))
|
||||
idx = idx+1
|
||||
end do
|
||||
else
|
||||
!DIR$ LOOP COUNT MAX(4)
|
||||
do while (cache_key > X(idx))
|
||||
idx = idx+1
|
||||
if (idx == iend) then
|
||||
exit
|
||||
endif
|
||||
end do
|
||||
endif
|
||||
if (cache_key /= X(idx)) then
|
||||
idx = 1-idx
|
||||
value = 0.d0
|
||||
else
|
||||
value = Y(idx)
|
||||
endif
|
||||
return
|
||||
|
||||
else
|
||||
|
||||
if (cache_key < X(ibegin)) then
|
||||
idx = -ibegin
|
||||
value = 0.d0
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
if (cache_key > X(iend)) then
|
||||
idx = -iend
|
||||
value = 0.d0
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
if (cache_key == X(ibegin)) then
|
||||
idx = ibegin
|
||||
value = Y(idx)
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
if (cache_key == X(iend)) then
|
||||
idx = iend
|
||||
value = Y(idx)
|
||||
return
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
subroutine get_cache_map_n_elements_max(map,n_elements_max)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
! Returns the size of the largest cache_map
|
||||
type (map_type), intent(in) :: map
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(out) :: n_elements_max
|
||||
integer(map_size_kind) :: i
|
||||
n_elements_max = 0_cache_map_size_kind
|
||||
do i=0_8,map%map_size
|
||||
n_elements_max = max(n_elements_max, map%map(i)%n_elements)
|
||||
enddo
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
subroutine get_cache_map(map,map_idx,keys,values,n_elements)
|
||||
use map_module
|
||||
implicit none
|
||||
type (map_type), intent(in) :: map
|
||||
integer(map_size_kind), intent(in) :: map_idx
|
||||
integer(cache_map_size_kind), intent(inout) :: n_elements
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||||
integer(key_kind), intent(out) :: keys(n_elements)
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||||
double precision, intent(out) :: values(n_elements)
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||||
integer(cache_map_size_kind) :: i
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||||
integer(key_kind) :: shift
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||||
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||||
shift = shiftl(map_idx,map_shift)
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||||
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||||
n_elements = map%map(map_idx)%n_elements
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||||
do i=1,n_elements
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||||
keys(i) = map%map(map_idx)%key(i) + shift
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||||
values(i) = map%map(map_idx)%value(i)
|
||||
enddo
|
||||
|
||||
end
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||||
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BIN
src/utils/map_module.mod
Normal file
BIN
src/utils/map_module.mod
Normal file
Binary file not shown.
128
src/utils/read_integrals_sph.f90
Normal file
128
src/utils/read_integrals_sph.f90
Normal file
@ -0,0 +1,128 @@
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||||
subroutine read_integrals_sph(nEl,nBas,S,T,V,Hc,G)
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||||
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! Read one- and two-electron integrals from files
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||||
implicit none
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include 'parameters.h'
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! Input variables
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integer,intent(in) :: nBas
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||||
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||||
! Local variables
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||||
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logical :: debug
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||||
integer :: nEl(nspin)
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||||
integer :: mu,nu,la,si
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||||
double precision :: Ov,Kin,Nuc,ERI
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||||
double precision :: rs,R,Rinv
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||||
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||||
! Output variables
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||||
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||||
double precision,intent(out) :: S(nBas,nBas),T(nBas,nBas),V(nBas,nBas),Hc(nBas,nBas),G(nBas,nBas,nBas,nBas)
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||||
! Open file with integrals
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||||
debug = .false.
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||||
open(unit=1,file='input/sph')
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||||
read(1,*)
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||||
read(1,*) rs
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||||
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||||
R = sqrt(dble(sum(nEl(:))))/2d0*rs
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||||
Rinv = 1d0/R
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||||
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||||
print*, 'Scaling integrals by ',R
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||||
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||||
open(unit=8 ,file='/Users/loos/Integrals/QuAcK_Sph/Ov.dat')
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||||
open(unit=9 ,file='/Users/loos/Integrals/QuAcK_Sph/Kin.dat')
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||||
open(unit=10,file='/Users/loos/Integrals/QuAcK_Sph/Nuc.dat')
|
||||
open(unit=11,file='/Users/loos/Integrals/QuAcK_Sph/ERI.dat')
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||||
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||||
! Read overlap integrals
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||||
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S = 0d0
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do
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||||
read(8,*,end=8) mu,nu,Ov
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||||
S(mu,nu) = Ov
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||||
enddo
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||||
8 close(unit=8)
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||||
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||||
! Read kinetic integrals
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||||
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||||
T = 0d0
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||||
do
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||||
read(9,*,end=9) mu,nu,Kin
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||||
T(mu,nu) = Rinv**2*Kin
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||||
enddo
|
||||
9 close(unit=9)
|
||||
|
||||
! Read nuclear integrals
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||||
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||||
V = 0d0
|
||||
do
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||||
read(10,*,end=10) mu,nu,Nuc
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||||
V(mu,nu) = Nuc
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||||
enddo
|
||||
10 close(unit=10)
|
||||
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||||
! Define core Hamiltonian
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||||
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Hc = T + V
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||||
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||||
! Read nuclear integrals
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||||
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||||
G = 0d0
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||||
do
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||||
read(11,*,end=11) mu,nu,la,si,ERI
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||||
|
||||
ERI = Rinv*ERI
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||||
! <12|34>
|
||||
G(mu,nu,la,si) = ERI
|
||||
! <32|14>
|
||||
G(la,nu,mu,si) = ERI
|
||||
! <14|32>
|
||||
G(mu,si,la,nu) = ERI
|
||||
! <34|12>
|
||||
G(la,si,mu,nu) = ERI
|
||||
! <41|23>
|
||||
G(si,mu,nu,la) = ERI
|
||||
! <23|41>
|
||||
G(nu,la,si,mu) = ERI
|
||||
! <21|43>
|
||||
G(nu,mu,si,la) = ERI
|
||||
! <43|21>
|
||||
G(si,la,nu,mu) = ERI
|
||||
enddo
|
||||
11 close(unit=11)
|
||||
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||||
|
||||
! Print results
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||||
if(debug) then
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||||
write(*,'(A28)') '----------------------'
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||||
write(*,'(A28)') 'Overlap integrals'
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||||
write(*,'(A28)') '----------------------'
|
||||
call matout(nBas,nBas,S)
|
||||
write(*,*)
|
||||
write(*,'(A28)') '----------------------'
|
||||
write(*,'(A28)') 'Kinetic integrals'
|
||||
write(*,'(A28)') '----------------------'
|
||||
call matout(nBas,nBas,T)
|
||||
write(*,*)
|
||||
write(*,'(A28)') '----------------------'
|
||||
write(*,'(A28)') 'Nuclear integrals'
|
||||
write(*,'(A28)') '----------------------'
|
||||
call matout(nBas,nBas,V)
|
||||
write(*,*)
|
||||
write(*,'(A28)') '----------------------'
|
||||
write(*,'(A28)') 'Electron repulsion integrals'
|
||||
write(*,'(A28)') '----------------------'
|
||||
do la=1,nBas
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||||
do si=1,nBas
|
||||
call matout(nBas,nBas,G(1,1,la,si))
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
write(*,*)
|
||||
endif
|
||||
|
||||
end subroutine read_integrals_sph
|
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