mirror of
https://github.com/pfloos/quack
synced 2024-12-22 12:23:42 +01:00
mol
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92ba237c47
commit
7562686ea3
9
INSTALL.txt
Normal file
9
INSTALL.txt
Normal file
@ -0,0 +1,9 @@
|
||||
* define $QUACK_ROOT
|
||||
* ninja
|
||||
* gfortran
|
||||
* python3
|
||||
* libtool
|
||||
* opam
|
||||
* cmake
|
||||
* wget
|
||||
|
321
PyDuck
321
PyDuck
@ -1,321 +0,0 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python2
|
||||
import sys
|
||||
from termcolor import colored
|
||||
import shlex
|
||||
from subprocess import Popen, PIPE
|
||||
import itertools
|
||||
import re
|
||||
import numpy as np
|
||||
import os
|
||||
from shutil import copy2
|
||||
import matplotlib.pyplot as plt
|
||||
import json
|
||||
from math import *
|
||||
from collections import OrderedDict
|
||||
import csv
|
||||
import argparse
|
||||
def GetDuckDir():
|
||||
return os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
|
||||
|
||||
def nNucl(molbaselines):
|
||||
return float(molbaselines[1].split()[0])
|
||||
|
||||
def isMononucle(molbaselines):
|
||||
return nNucl(molbaselines)==1
|
||||
|
||||
def openfileindir(path,readwrite):
|
||||
mydir=os.path.dirname(path)
|
||||
if not os.path.exists(mydir) and mydir!="":
|
||||
os.makedirs(mydir)
|
||||
return open(path,readwrite)
|
||||
def outfile(Outdic,item,index=None):
|
||||
itemdata=Outdic[item]
|
||||
if itemdata["Enabled"]:
|
||||
fmt=itemdata["Format"]
|
||||
if index is not None:
|
||||
filename=fmt.format(index)
|
||||
else:
|
||||
filename=fmt
|
||||
if "Parent" in Outdic:
|
||||
path=os.path.join(Outdic["Parent"],filename)
|
||||
else:
|
||||
path=filename
|
||||
return openfileindir(path,'w')
|
||||
else:
|
||||
return
|
||||
|
||||
def runDuck(mol,basis,x,molbaselines,molbase,basisbase):
|
||||
#gennerate molecule file
|
||||
currdir=os.getcwd()
|
||||
os.chdir(GetDuckDir())
|
||||
molname='.'.join([mol,str(x)])
|
||||
lstw=list()
|
||||
for i,line in enumerate(molbaselines):
|
||||
if i<3:
|
||||
lstw.append(line)
|
||||
else:
|
||||
if isMononucle(molbaselines):
|
||||
if i==3:
|
||||
lstw.append(' '.join([str(x)]+line.split()[1:]))
|
||||
else:
|
||||
v=[float(abs(x))/float(2),float(-abs(x)/float(2))]
|
||||
val=v[i-3]
|
||||
lstw.append(' '.join([line.split()[0],'0.','0.',str(val)]))
|
||||
junkfiles=list()
|
||||
with open(molbase+molname,'w') as n:
|
||||
junkfiles.append(n.name)
|
||||
n.write(os.linesep.join(lstw))
|
||||
#Copy basis
|
||||
basisfile=basisbase+'.'.join([mol,basis])
|
||||
newbasisfile=basisbase+'.'.join([molname,basis])
|
||||
copy2(basisfile,newbasisfile)
|
||||
junkfiles.append(newbasisfile)
|
||||
#start child process Goduck
|
||||
cmd=" ".join(["./GoDuck",molname, basis])
|
||||
Duck=Popen(shlex.split(cmd),stdout=PIPE)
|
||||
(DuckOut, DuckErr) = Duck.communicate()
|
||||
excode=Duck.wait()
|
||||
for junk in junkfiles:
|
||||
os.remove(junk)
|
||||
os.chdir(currdir)
|
||||
return (excode,DuckOut,DuckErr)
|
||||
|
||||
def addvalue(dic,key,x,y):
|
||||
if key not in dic:
|
||||
dic[key]=list()
|
||||
dic[key].append(y)
|
||||
print(key)
|
||||
print(x,y)
|
||||
|
||||
def main(mol):
|
||||
#get basepath for files
|
||||
molbase='examples/molecule.'
|
||||
basisbase=molbase.replace('molecule','basis')
|
||||
with open('PyOptions.json','r') as jfile:
|
||||
options=json.loads(jfile.read())
|
||||
basis=str(options['Basis'])
|
||||
#Get mehtod to analyse
|
||||
methodsdic=options['Methods']
|
||||
#Get datas to analyse in this method
|
||||
scandic=options['Scan']
|
||||
scan=np.arange(scandic['Start'],scandic['Stop']+scandic['Step'],scandic['Step'])
|
||||
print(scan)
|
||||
mymethods=dict()
|
||||
alllabels=list()
|
||||
for method,methoddatas in methodsdic.iteritems():
|
||||
if methoddatas['Enabled']:
|
||||
mymethods[method]=methoddatas
|
||||
for label,labeldatas in methoddatas['Labels'].iteritems():
|
||||
if type(labeldatas) is dict:
|
||||
enabled=labeldatas['Enabled']
|
||||
else:
|
||||
enabled=labeldatas
|
||||
if enabled and label not in alllabels:
|
||||
alllabels.append(label)
|
||||
graphdic=dict()
|
||||
errorconvstring="Convergence failed"
|
||||
with open(os.path.join(GetDuckDir(),molbase+mol),'r') as b:
|
||||
molbaselines=b.read().splitlines()
|
||||
if isMononucle(molbaselines):
|
||||
print('monoatomic system: variation of the nuclear charge')
|
||||
else:
|
||||
print('polyatomic system: variation is on the distance')
|
||||
for x in scan:
|
||||
(DuckExit,DuckOut,DuckErr)=runDuck(mol,basis,x,molbaselines,molbase,basisbase)
|
||||
#print DuckOut on file or not
|
||||
if "Outputs" in options:
|
||||
outdat=options["Outputs"]
|
||||
if 'DuckOutput' in outdat:
|
||||
outopt=outdat["DuckOutput"]
|
||||
if outopt['Enabled']:
|
||||
if outopt['Multiple']:
|
||||
duckoutf=outfile(outopt,"DuckOutput",x)
|
||||
else:
|
||||
if x==scan[0]:
|
||||
duckoutf=outfile(outdat,"DuckOutput")
|
||||
duckoutf.write('Z' if isMononucle(molbaselines) else 'Distance'+' '+str(x)+os.linesep+os.linesep)
|
||||
duckoutf.write(DuckOut)
|
||||
if outopt['Multiple']:
|
||||
duckoutf.close()
|
||||
print("GoDuk exit code " + str(DuckExit))
|
||||
if DuckExit !=0:
|
||||
#if GoDuck is not happy
|
||||
print(DuckErr)
|
||||
sys.exit(-1)
|
||||
#get all data for the method
|
||||
for method,methoddatas in mymethods.iteritems():
|
||||
isnan=False
|
||||
if '{0}' in method:
|
||||
if "index" in methoddatas:
|
||||
methodheaders=[method.format(str(x)) for x in methoddatas['Index']]
|
||||
else:
|
||||
try:
|
||||
print(method)
|
||||
reglist=re.findall('(\d+)'.join([re.escape(s) for s in method.split('{0}')]),DuckOut)
|
||||
print(reglist)
|
||||
final=max([(int(i[0]) if type(i) is tuple else int(i)) for i in reglist])
|
||||
print(final)
|
||||
methodheaders=[method.format(str(final))]
|
||||
except:
|
||||
isnan=True
|
||||
methodheaders=[None]
|
||||
method=method.replace('{0}','')
|
||||
else:
|
||||
methodheaders=list([method])
|
||||
for methodheader in methodheaders:
|
||||
if len(methodheaders)!=1:
|
||||
method=methodheader
|
||||
lbldic=methoddatas['Labels']
|
||||
print(methodheader)
|
||||
if methodheader is None:
|
||||
methodtxt=''
|
||||
else:
|
||||
it=itertools.dropwhile(lambda line: methodheader + ' calculation' not in line , DuckOut.splitlines())
|
||||
it=itertools.takewhile(lambda line: 'Total CPU time for ' not in line, it)
|
||||
methodtxt=os.linesep.join(it)
|
||||
if errorconvstring in methodtxt:
|
||||
print(colored(' '.join([method, errorconvstring, '!!!!!']),'red'))
|
||||
isnan=True
|
||||
if methodtxt=='':
|
||||
print(colored('No data' +os.linesep+ 'RHF scf not converged or method not enabled','red'))
|
||||
isnan=True
|
||||
#find the expected values
|
||||
for label,labeldatas in lbldic.iteritems():
|
||||
if type(labeldatas) is dict:
|
||||
indexed=('Index' in labeldatas)
|
||||
enabled=labeldatas['Enabled']
|
||||
graph=labeldatas['Graph'] if 'Graph' in labeldatas else 1
|
||||
else:
|
||||
enabled=labeldatas
|
||||
graph=1
|
||||
indexed=False
|
||||
if enabled:
|
||||
if graph not in graphdic:
|
||||
graphdic[graph]=OrderedDict()
|
||||
y=graphdic[graph]
|
||||
if not indexed:
|
||||
v=np.nan
|
||||
print(method)
|
||||
print(label)
|
||||
if not isnan:
|
||||
try:
|
||||
m=re.search('\s+'.join([re.escape(w) for w in label.split()]) + "\s+(?:"+re.escape("(eV):")+"\s+)?(?:=\s+)?(-?\d+.?\d*)",methodtxt)
|
||||
v=m.group(1)
|
||||
except:
|
||||
v=np.nan
|
||||
addvalue(y,(method,label),x,v)
|
||||
else:
|
||||
startindex=-1
|
||||
columnindex=-1
|
||||
linedtxt=methodtxt.split(os.linesep)
|
||||
for n,line in enumerate(linedtxt):
|
||||
if all(x in line for x in ['|',' '+label+' ','#']):
|
||||
startindex=n+2
|
||||
columnindex=[s.strip() for s in line.split('|')].index(label)
|
||||
break
|
||||
with open(os.path.join(GetDuckDir(),'input','molecule'),'r') as molfile:
|
||||
molfile.readline()
|
||||
line=molfile.readline()
|
||||
nel=int(line.split()[1])
|
||||
print(nel)
|
||||
HOMO=int(nel/2)
|
||||
HO=HOMO
|
||||
LUMO=HOMO+1
|
||||
BV=LUMO
|
||||
for i in labeldatas['Index']:
|
||||
v=np.nan
|
||||
if type(i) is str or type(i) is unicode:
|
||||
ival=eval(i)
|
||||
if type(ival) is not int:
|
||||
print('Index '+ str(i) + 'must be integer')
|
||||
sys.exit(-2)
|
||||
else:
|
||||
ival=i
|
||||
v=np.nan
|
||||
if not isnan:
|
||||
try:
|
||||
if startindex!=-1 and columnindex!=-1:
|
||||
line=linedtxt[startindex+ival-1]
|
||||
v=float(line.split('|')[columnindex].split()[0])
|
||||
print(method)
|
||||
print(label)
|
||||
print(i)
|
||||
else:
|
||||
v=np.nan
|
||||
except:
|
||||
v=np.nan
|
||||
key=(method,label,i)
|
||||
addvalue(y,key,x,v)
|
||||
tpl=(x,scan.tolist().index(x)+1,len(y[key]))
|
||||
print(tpl)
|
||||
if tpl[1]-tpl[2]:
|
||||
sys.exit()
|
||||
#define graph grid
|
||||
maxgraph=max(graphdic.keys())
|
||||
maxrow=int(round(sqrt(maxgraph)))
|
||||
maxcol=int(ceil(float(maxgraph)/float(maxrow)))
|
||||
#define label ls
|
||||
for graph,y in graphdic.iteritems():
|
||||
datas=list()
|
||||
datas.append(["#x"]+scan.tolist())
|
||||
if len(y.keys())!=0:
|
||||
plt.subplot(maxrow,maxcol,graph)
|
||||
plt.xlabel('Z' if isMononucle(molbaselines) else 'Distance '+mol)
|
||||
ylbls=list([basis])
|
||||
for i in range(0,2):
|
||||
lst=list(set([key[i] for key in y.keys()]))
|
||||
if len(lst)==1:
|
||||
ylbls.append(lst[0])
|
||||
plt.ylabel(' '.join(ylbls))
|
||||
print('Legend')
|
||||
print(list(y.keys()))
|
||||
for key,values in y.iteritems():
|
||||
legend=list()
|
||||
for el in key[0:2]:
|
||||
if el not in ylbls:
|
||||
legend.append(el)
|
||||
if len(key)>2:
|
||||
legend.append(str(key[2]))
|
||||
#plot curves
|
||||
lbl=' '.join(legend)
|
||||
plt.plot(scan,y[key],'-o',label=lbl)
|
||||
#print("min",x[y.index(min(y))]/2)
|
||||
#generate legends
|
||||
plt.legend()
|
||||
dataout=False
|
||||
if "Outputs" in options:
|
||||
outputs=options['Outputs']
|
||||
if "DataOutput" in outputs:
|
||||
DataOutput=outputs['DataOutput']
|
||||
dataout=DataOutput['Enabled']
|
||||
if dataout:
|
||||
fmtlegendf='{0}({1})'
|
||||
datas.append([fmtlegendf.format("y",lbl)]+y[key])
|
||||
if dataout:
|
||||
csvdatas=zip(*datas)
|
||||
with outfile(outputs,"DataOutput",graph) as csvf:
|
||||
writer = csv.writer(csvf, delimiter=' ')
|
||||
writer.writerow(['#']+ylbls)
|
||||
writer.writerows(csvdatas)
|
||||
#show graph
|
||||
if "Outputs" in options:
|
||||
outputs=options['Outputs']
|
||||
if "FigureOutput" in outputs:
|
||||
figout=outputs["FigureOutput"]
|
||||
if figout["Enabled"]:
|
||||
plt.savefig(figout['Path'])
|
||||
plt.show()
|
||||
if __name__ == '__main__':
|
||||
parser=argparse.ArgumentParser()
|
||||
parser.add_argument("mol",nargs='?', help="molecule to compute",type=str)
|
||||
parser.add_argument("-c,--copy", help="Copy sample option file",action="store_true",dest="copy")
|
||||
args = parser.parse_args()
|
||||
if len(sys.argv)==1:
|
||||
parser.print_help()
|
||||
else:
|
||||
if args.copy:
|
||||
copy2(os.path.join(GetDuckDir(),"PyOptions.template.json"),"PyOptions.json")
|
||||
if args.mol is not None:
|
||||
os.system("vim PyOptions.json")
|
||||
if args.mol is not None:
|
||||
main(args.mol)
|
145
PyOptions.json
145
PyOptions.json
@ -1,145 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"Scan": {
|
||||
"Start":1.8,
|
||||
"Stop":1.9,
|
||||
"Step":0.1
|
||||
},
|
||||
"Basis":"VDZ",
|
||||
"Outputs": {
|
||||
"DataOutput": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Format":"Duck{0}.dat"
|
||||
},
|
||||
"DuckOutput": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Multiple":false,
|
||||
"Format":"DuckOut.out"
|
||||
},
|
||||
"FigureOutput":{
|
||||
"Enabled":false,
|
||||
"Path":"Figure.png"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"Methods": {
|
||||
"RHF":{
|
||||
"Enabled": true,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"One-electron energy":false,
|
||||
"Kinetic energy":false,
|
||||
"Potential energy":false,
|
||||
"Two-electron energy":false,
|
||||
"Coulomb energy":false,
|
||||
"Exchange energy":false,
|
||||
"Electronic energy":false,
|
||||
"Nuclear repulsion":false,
|
||||
"Hartree-Fock energy":true,
|
||||
"HF HOMO energy":false,
|
||||
"HF LUMO energy":false,
|
||||
"HF HOMO-LUMO gap":false
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"One-shot G0W0": {
|
||||
"Enabled": true,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"G0W0 HOMO energy":true,
|
||||
"G0W0 LUMO energy":true,
|
||||
"G0W0 HOMO-LUMO gap":false,
|
||||
"G0W0 total energy":false,
|
||||
"RPA correlation energy" :false,
|
||||
"Z": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":1
|
||||
},
|
||||
"Sigma_c (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":2
|
||||
},
|
||||
"e_QP (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":3
|
||||
},
|
||||
"e_HF (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":4
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"Self-consistent evG{0}W{0}": {
|
||||
"Enabled":false,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"evGW HOMO energy":false,
|
||||
"evGW LUMO energy":false,
|
||||
"evGW HOMO-LUMO gap":false,
|
||||
"evGW total energy":false,
|
||||
"RPA correlation energy" :false,
|
||||
"Z": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":1
|
||||
},
|
||||
"Sigma_c (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":2
|
||||
},
|
||||
"e_QP (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":3
|
||||
},
|
||||
"e_HF (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":4
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"Self-consistent qsG{0}W{0}": {
|
||||
"Enabled": false,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"qsGW HOMO energy":false,
|
||||
"qsGW LUMO energy":false,
|
||||
"qsGW HOMO-LUMO gap":false,
|
||||
"qsGW total energy":false,
|
||||
"qsGW exchange energy":false,
|
||||
"qsGW correlation energy":false,
|
||||
"RPA correlation energy":{
|
||||
"Enabled":false,
|
||||
"Graph":2
|
||||
},
|
||||
"Z": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":4
|
||||
},
|
||||
"e_QP-e_HF (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":5
|
||||
},
|
||||
"e_QP (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":6
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"MP2": {
|
||||
"Enabled": false,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"MP2 correlation energy": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Graph":4
|
||||
},
|
||||
"Direct part":false,
|
||||
"Exchange part":false,
|
||||
"MP2 total energy":true,
|
||||
"MP2 energy":false
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
@ -1,145 +0,0 @@
|
||||
{
|
||||
"Scan": {
|
||||
"Start":1.8,
|
||||
"Stop":1.9,
|
||||
"Step":0.1
|
||||
},
|
||||
"Basis":"VDZ",
|
||||
"Outputs": {
|
||||
"DataOutput": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Format":"Duck{0}.dat"
|
||||
},
|
||||
"DuckOutput": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Multiple":false,
|
||||
"Format":"DuckOut.out"
|
||||
},
|
||||
"FigureOutput":{
|
||||
"Enabled":false,
|
||||
"Path":"Figure.png"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"Methods": {
|
||||
"RHF":{
|
||||
"Enabled": true,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"One-electron energy":false,
|
||||
"Kinetic energy":false,
|
||||
"Potential energy":false,
|
||||
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|
||||
"Coulomb energy":false,
|
||||
"Exchange energy":false,
|
||||
"Electronic energy":false,
|
||||
"Nuclear repulsion":false,
|
||||
"Hartree-Fock energy":true,
|
||||
"HF HOMO energy":false,
|
||||
"HF LUMO energy":false,
|
||||
"HF HOMO-LUMO gap":false
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"One-shot G0W0": {
|
||||
"Enabled": true,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"G0W0 HOMO energy":true,
|
||||
"G0W0 LUMO energy":true,
|
||||
"G0W0 HOMO-LUMO gap":false,
|
||||
"G0W0 total energy":false,
|
||||
"RPA correlation energy" :false,
|
||||
"Z": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":1
|
||||
},
|
||||
"Sigma_c (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":2
|
||||
},
|
||||
"e_QP (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":3
|
||||
},
|
||||
"e_HF (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":4
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"Self-consistent evG{0}W{0}": {
|
||||
"Enabled":false,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"evGW HOMO energy":false,
|
||||
"evGW LUMO energy":false,
|
||||
"evGW HOMO-LUMO gap":false,
|
||||
"evGW total energy":false,
|
||||
"RPA correlation energy" :false,
|
||||
"Z": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":1
|
||||
},
|
||||
"Sigma_c (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":2
|
||||
},
|
||||
"e_QP (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":3
|
||||
},
|
||||
"e_HF (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":4
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"Self-consistent qsG{0}W{0}": {
|
||||
"Enabled": false,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"qsGW HOMO energy":false,
|
||||
"qsGW LUMO energy":false,
|
||||
"qsGW HOMO-LUMO gap":false,
|
||||
"qsGW total energy":false,
|
||||
"qsGW exchange energy":false,
|
||||
"qsGW correlation energy":false,
|
||||
"RPA correlation energy":{
|
||||
"Enabled":false,
|
||||
"Graph":2
|
||||
},
|
||||
"Z": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":4
|
||||
},
|
||||
"e_QP-e_HF (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":5
|
||||
},
|
||||
"e_QP (eV)" : {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Index":["HOMO","LUMO","LUMO+1","LUMO+2"],
|
||||
"Graph":6
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"MP2": {
|
||||
"Enabled": false,
|
||||
"Labels": {
|
||||
"MP2 correlation energy": {
|
||||
"Enabled":true,
|
||||
"Graph":4
|
||||
},
|
||||
"Direct part":false,
|
||||
"Exchange part":false,
|
||||
"MP2 total energy":true,
|
||||
"MP2 energy":false
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
87
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87
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1 14
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S 8
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
S 8
|
||||
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|
||||
2 820.9000000 -0.0008680
|
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3 186.8000000 -0.0044840
|
||||
4 52.8300000 -0.0176830
|
||||
5 17.0800000 -0.0536390
|
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|
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|
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|
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S 1
|
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|
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S 1
|
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|
||||
S 1
|
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|
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P 3
|
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|
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|
||||
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|
||||
P 1
|
||||
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|
||||
P 1
|
||||
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|
||||
P 1
|
||||
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|
||||
D 1
|
||||
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|
||||
D 1
|
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|
||||
D 1
|
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|
||||
F 1
|
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|
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F 1
|
||||
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|
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2 9
|
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S 3
|
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|
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|
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|
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S 1
|
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|
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S 1
|
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|
||||
S 1
|
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|
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P 1
|
||||
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|
||||
P 1
|
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|
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P 1
|
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|
||||
D 1
|
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|
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D 1
|
||||
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|
||||
3 9
|
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S 3
|
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|
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2 5.0950000 0.0453080
|
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|
||||
S 1
|
||||
1 0.3258000 1.0000000
|
||||
S 1
|
||||
1 0.1027000 1.0000000
|
||||
S 1
|
||||
1 0.0252600 1.0000000
|
||||
P 1
|
||||
1 1.4070000 1.0000000
|
||||
P 1
|
||||
1 0.3880000 1.0000000
|
||||
P 1
|
||||
1 0.1020000 1.0000000
|
||||
D 1
|
||||
1 1.0570000 1.0000000
|
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D 1
|
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1 0.2470000 1.0000000
|
106
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106
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1 14
|
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S 11
|
||||
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
S 11
|
||||
1 6.863000E+03 -4.300000E-05
|
||||
2 1.030000E+03 -3.330000E-04
|
||||
3 2.347000E+02 -1.736000E-03
|
||||
4 6.656000E+01 -7.012000E-03
|
||||
5 2.169000E+01 -2.312600E-02
|
||||
6 7.734000E+00 -5.813800E-02
|
||||
7 2.916000E+00 -1.145560E-01
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
S 1
|
||||
1 2.577000E-01 1.000000E+00
|
||||
S 1
|
||||
1 4.409000E-02 1.000000E+00
|
||||
S 1
|
||||
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|
||||
P 5
|
||||
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|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
5 4.994000E-02 3.534250E-01
|
||||
P 1
|
||||
1 1.438000E-01 1.000000E+00
|
||||
P 1
|
||||
1 4.994000E-02 1.000000E+00
|
||||
P 1
|
||||
1 7.060000E-03 1.000000E+00
|
||||
D 1
|
||||
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|
||||
D 1
|
||||
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|
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D 1
|
||||
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|
||||
F 1
|
||||
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|
||||
F 1
|
||||
1 1.533000E-01 1.000000E+00
|
||||
2 14
|
||||
S 10
|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
S 10
|
||||
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|
||||
2 2.923000E+03 -9.120000E-04
|
||||
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|
||||
4 1.875000E+02 -1.908600E-02
|
||||
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|
||||
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|
||||
7 7.950000E+00 -1.767820E-01
|
||||
8 2.257000E+00 1.716250E-01
|
||||
9 8.815000E-01 6.050430E-01
|
||||
10 3.041000E-01 3.695120E-01
|
||||
S 1
|
||||
1 2.257000E+00 1.000000E+00
|
||||
S 1
|
||||
1 3.041000E-01 1.000000E+00
|
||||
S 1
|
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|
||||
P 5
|
||||
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|
||||
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|
||||
3 2.930000E+00 3.172600E-01
|
||||
4 9.132000E-01 4.873430E-01
|
||||
5 2.672000E-01 3.346040E-01
|
||||
P 1
|
||||
1 9.132000E-01 1.000000E+00
|
||||
P 1
|
||||
1 2.672000E-01 1.000000E+00
|
||||
P 1
|
||||
1 0.0736100 1.0000000
|
||||
D 1
|
||||
1 3.107000E+00 1.000000E+00
|
||||
D 1
|
||||
1 8.550000E-01 1.000000E+00
|
||||
D 1
|
||||
1 0.2920000 1.0000000
|
||||
F 1
|
||||
1 1.917000E+00 1.0000000
|
||||
F 1
|
||||
1 0.7240000 1.0000000
|
||||
|
||||
|
77
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77
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@ -0,0 +1,77 @@
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1 14
|
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S 11
|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
7 2.916000E+00 4.274040E-01
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
11 4.409000E-02 1.903000E-03
|
||||
S 11
|
||||
1 6.863000E+03 -4.300000E-05
|
||||
2 1.030000E+03 -3.330000E-04
|
||||
3 2.347000E+02 -1.736000E-03
|
||||
4 6.656000E+01 -7.012000E-03
|
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5 2.169000E+01 -2.312600E-02
|
||||
6 7.734000E+00 -5.813800E-02
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F 1
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|
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F 1
|
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F 1
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S 8
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S 8
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S 1
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P 1
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P 1
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D 1
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D 1
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D 1
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F 1
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F 1
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S 8
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S 8
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P 1
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P 1
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P 1
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D 1
|
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D 1
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D 1
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F 1
|
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F 1
|
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2 14
|
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S 8
|
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S 8
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S 1
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S 1
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P 3
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|
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P 1
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|
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P 1
|
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P 1
|
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D 1
|
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D 1
|
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|
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D 1
|
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|
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F 1
|
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|
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F 1
|
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3 14
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S 8
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|
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S 8
|
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S 1
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|
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S 1
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S 1
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P 3
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|
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P 1
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|
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P 1
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|
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P 1
|
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D 1
|
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D 1
|
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D 1
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F 1
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F 1
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S 8
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S 8
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S 1
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S 1
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S 1
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|
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P 1
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|
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P 1
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P 1
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|
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D 1
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D 1
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|
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D 1
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F 1
|
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F 1
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2 14
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S 8
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|
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S 8
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|
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|
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S 1
|
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S 1
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S 1
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P 3
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|
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P 1
|
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|
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P 1
|
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|
||||
P 1
|
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|
||||
D 1
|
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|
||||
D 1
|
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|
||||
D 1
|
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|
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F 1
|
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F 1
|
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S 8
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|
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S 8
|
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|
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S 1
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S 1
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P 3
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P 1
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P 1
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P 1
|
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D 1
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F 1
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S 8
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S 8
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S 1
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P 1
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P 1
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D 1
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D 1
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F 1
|
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3 14
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S 8
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S 8
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S 1
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S 1
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|
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P 1
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P 1
|
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D 1
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D 1
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D 1
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F 1
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F 1
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S 8
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S 8
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D 1
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D 1
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F 1
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P 1
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D 1
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D 1
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1 9
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S 3
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P 1
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P 1
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P 1
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D 1
|
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|
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2 14
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S 8
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S 8
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P 3
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P 1
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P 1
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D 1
|
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D 1
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D 1
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F 1
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3 14
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S 8
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|
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S 8
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|
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S 1
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S 1
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S 1
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P 3
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P 1
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P 1
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D 1
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|
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D 1
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D 1
|
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|
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F 1
|
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F 1
|
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S 8
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|
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S 8
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D 1
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F 1
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S 8
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S 8
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P 1
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D 1
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D 1
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D 1
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F 1
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3 9
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S 3
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P 1
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P 1
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D 1
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S 8
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D 1
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F 1
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2 14
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S 8
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D 1
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P 1
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P 1
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D 1
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D 1
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2 14
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S 8
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S 8
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P 3
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P 1
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|
||||
1 0.3180000 1.0000000
|
||||
D 1
|
||||
1 0.1000000 1.0000000
|
||||
F 1
|
||||
1 0.7610000 1.0000000
|
||||
F 1
|
||||
1 0.2680000 1.0000000
|
||||
3 14
|
||||
S 8
|
||||
1 15330.0000000 0.0005080
|
||||
2 2299.0000000 0.0039290
|
||||
3 522.4000000 0.0202430
|
||||
4 147.3000000 0.0791810
|
||||
5 47.5500000 0.2306870
|
||||
6 16.7600000 0.4331180
|
||||
7 6.2070000 0.3502600
|
||||
8 0.6882000 -0.0081540
|
||||
S 8
|
||||
1 15330.0000000 -0.0001150
|
||||
2 2299.0000000 -0.0008950
|
||||
3 522.4000000 -0.0046360
|
||||
4 147.3000000 -0.0187240
|
||||
5 47.5500000 -0.0584630
|
||||
6 16.7600000 -0.1364630
|
||||
7 6.2070000 -0.1757400
|
||||
8 0.6882000 0.6034180
|
||||
S 1
|
||||
1 1.7520000 1.0000000
|
||||
S 1
|
||||
1 0.2384000 1.0000000
|
||||
S 1
|
||||
1 0.0737600 1.0000000
|
||||
P 3
|
||||
1 34.4600000 0.0159280
|
||||
2 7.7490000 0.0997400
|
||||
3 2.2800000 0.3104920
|
||||
P 1
|
||||
1 0.7156000 1.0000000
|
||||
P 1
|
||||
1 0.2140000 1.0000000
|
||||
P 1
|
||||
1 0.0597400 1.0000000
|
||||
D 1
|
||||
1 2.3140000 1.0000000
|
||||
D 1
|
||||
1 0.6450000 1.0000000
|
||||
D 1
|
||||
1 0.2140000 1.0000000
|
||||
F 1
|
||||
1 1.4280000 1.0000000
|
||||
F 1
|
||||
1 0.5000000 1.0000000
|
||||
|
6
examples/molecule.BH2
Normal file
6
examples/molecule.BH2
Normal file
@ -0,0 +1,6 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
3 4 3 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
B 0.00000000 0.00000000 0.14984923
|
||||
H 0.00000000 2.01119016 -0.81846345
|
||||
H 0.00000000 -2.01119016 -0.81846345
|
5
examples/molecule.BeF
Normal file
5
examples/molecule.BeF
Normal file
@ -0,0 +1,5 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
2 7 6 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
Be 0.00000000 0.00000000 -1.77936990
|
||||
F 0.00000000 0.00000000 0.79083149
|
5
examples/molecule.BeH
Normal file
5
examples/molecule.BeH
Normal file
@ -0,0 +1,5 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
2 3 2 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
Be 0.00000000 0.00000000 0.25103976
|
||||
H 0.00000000 0.00000000 -2.24485003
|
8
examples/molecule.C2H3
Normal file
8
examples/molecule.C2H3
Normal file
@ -0,0 +1,8 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
5 8 7 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
C 0.00000000 1.16769663 -0.04303146
|
||||
C 0.00000000 -1.29945364 0.15810072
|
||||
H 0.00000000 2.38429609 1.59801822
|
||||
H 0.00000000 2.08759130 -1.87998309
|
||||
H 0.00000000 -2.90307925 -1.08814513
|
11
examples/molecule.C3H5
Normal file
11
examples/molecule.C3H5
Normal file
@ -0,0 +1,11 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
8 12 11 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
C 0.00000000 0.00000000 0.83050732
|
||||
C 0.00000000 2.30981224 -0.38722841
|
||||
C 0.00000000 -2.30981224 -0.38722841
|
||||
H 0.00000000 0.00000000 2.87547067
|
||||
H 0.00000000 4.06036949 0.65560561
|
||||
H 0.00000000 -4.06036949 0.65560561
|
||||
H 0.00000000 2.41059890 -2.42703281
|
||||
H 0.00000000 -2.41059890 -2.42703281
|
9
examples/molecule.CH2NO2
Normal file
9
examples/molecule.CH2NO2
Normal file
@ -0,0 +1,9 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
6 16 15 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
C 0.00000000 0.00000000 -2.58417104
|
||||
N 0.00000000 0.00000000 0.08692471
|
||||
O 0.00000000 -2.06715629 1.15098225
|
||||
O 0.00000000 2.06715629 1.15098225
|
||||
H 0.00000000 1.81656349 -3.48616378
|
||||
H 0.00000000 -1.81656349 -3.48616378
|
7
examples/molecule.CH3
Normal file
7
examples/molecule.CH3
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
4 5 4 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
C 0.00000000 0.00000000 0.00000000
|
||||
H 0.00000000 0.00000000 2.03379507
|
||||
H 0.00000000 1.76131924 -1.01689753
|
||||
H 0.00000000 -1.76131924 -1.01689753
|
5
examples/molecule.CN
Normal file
5
examples/molecule.CN
Normal file
@ -0,0 +1,5 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
2 7 6 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
C 0.00000000 0.00000000 -1.18953886
|
||||
N 0.00000000 0.00000000 1.01938091
|
6
examples/molecule.CNO
Normal file
6
examples/molecule.CNO
Normal file
@ -0,0 +1,6 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
3 11 10 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
C 0.00000000 0.00000000 -2.50680714
|
||||
N 0.00000000 0.00000000 -0.22402176
|
||||
O 0.00000000 0.00000000 2.07682752
|
5
examples/molecule.CO+
Normal file
5
examples/molecule.CO+
Normal file
@ -0,0 +1,5 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
2 7 6 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
C 0.00000000 0.00000000 -1.20324172
|
||||
O 0.00000000 0.00000000 0.90271821
|
6
examples/molecule.CON
Normal file
6
examples/molecule.CON
Normal file
@ -0,0 +1,6 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
3 11 10 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
C 0.00000000 0.00000000 -2.44062558
|
||||
O 0.00000000 0.00000000 -0.20455596
|
||||
N 0.00000000 0.00000000 2.32515818
|
7
examples/molecule.F2BO
Normal file
7
examples/molecule.F2BO
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
4 16 15 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
O 0.00000000 0.00000000 2.65260017
|
||||
B 0.00000000 0.00000000 0.07681654
|
||||
F 0.00000000 2.16433924 -1.13888019
|
||||
F 0.00000000 -2.16433924 -1.13888019
|
7
examples/molecule.F2BS
Normal file
7
examples/molecule.F2BS
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
4 20 19 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
S 0.00000000 0.00000000 2.64960984
|
||||
B 0.00000000 0.00000000 -0.74406239
|
||||
F 0.00000000 2.14169276 -2.01390354
|
||||
F 0.00000000 -2.14169276 -2.01390354
|
7
examples/molecule.H2BO
Normal file
7
examples/molecule.H2BO
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
4 8 7 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
O 0.00000000 0.00000000 1.17360276
|
||||
B 0.00000000 0.00000000 -1.27133435
|
||||
H 0.00000000 1.98370787 -2.36904602
|
||||
H 0.00000000 -1.98370787 -2.36904602
|
7
examples/molecule.H2PO
Normal file
7
examples/molecule.H2PO
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
4 13 12 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
P 0.00000000 0.87766783 -0.10010856
|
||||
O 0.00000000 -1.95912323 0.05701315
|
||||
H 2.08101554 2.05955113 1.08591181
|
||||
H -2.08101554 2.05955113 1.08591181
|
7
examples/molecule.H2PS
Normal file
7
examples/molecule.H2PS
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
4 17 16 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
P 0.00000000 1.81994516 -0.10769248
|
||||
S 0.00000000 -1.93707861 0.02086846
|
||||
H 2.03762554 2.75934101 1.32385757
|
||||
H -2.03762554 2.75934101 1.32385757
|
6
examples/molecule.HCO
Normal file
6
examples/molecule.HCO
Normal file
@ -0,0 +1,6 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
3 8 7 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
H 0.00000000 -2.55038496 1.39798104
|
||||
C 0.00000000 -1.17300976 -0.19046167
|
||||
O 0.00000000 1.04073447 0.05480615
|
3
examples/molecule.HOC
Normal file
3
examples/molecule.HOC
Normal file
@ -0,0 +1,3 @@
|
||||
H 0.00000000 1.82002973 1.50851586
|
||||
O 0.00000000 0.96467865 -0.12887834
|
||||
C 0.00000000 -1.43868535 0.04508983
|
6
examples/molecule.NCO
Normal file
6
examples/molecule.NCO
Normal file
@ -0,0 +1,6 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
3 11 10 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
N 0.00000000 0.00000000 -2.39343558
|
||||
C 0.00000000 0.00000000 -0.07238136
|
||||
O 0.00000000 0.00000000 2.14968523
|
6
examples/molecule.NH2
Normal file
6
examples/molecule.NH2
Normal file
@ -0,0 +1,6 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
3 5 4 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
N 0.00000000 0.00000000 0.15111603
|
||||
H 0.00000000 1.51574744 -1.04982949
|
||||
H 0.00000000 -1.51574744 -1.04982949
|
5
examples/molecule.NO
Normal file
5
examples/molecule.NO
Normal file
@ -0,0 +1,5 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
2 8 7 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
N 0.00000000 0.00000000 -1.15775086
|
||||
O 0.00000000 0.00000000 1.01357658
|
5
examples/molecule.OH
Normal file
5
examples/molecule.OH
Normal file
@ -0,0 +1,5 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
2 5 4 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
O 0.00000000 0.00000000 -0.10864763
|
||||
H 0.00000000 0.00000000 1.72431679
|
6
examples/molecule.PH2
Normal file
6
examples/molecule.PH2
Normal file
@ -0,0 +1,6 @@
|
||||
# nAt nEla nElb nCore nRyd
|
||||
3 9 8 0 0
|
||||
# Znuc x y z
|
||||
P 0.00000000 0.00000000 0.11427641
|
||||
H 0.00000000 1.91899987 -1.75604411
|
||||
H 0.00000000 -1.91899987 -1.75604411
|
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