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0
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Mickaël Véril 2020-05-22 15:29:57 +02:00
commit 5eb77d162d
654 changed files with 2803 additions and 2826 deletions

View File

@ -1,7 +1,7 @@
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@ -74,27 +74,33 @@ theme = "beautifulhugo"
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View File

@ -34,7 +34,7 @@ draft: false
} }
window.onload = async () => { window.onload = async () => {
window.browser = bowser.getParser(window.navigator.userAgent); window.browser = bowser.getParser(window.navigator.userAgent);
$("input[type='checkbox']:checked").trigger("change") $("input[type='checkbox']").trigger("change")
$("input[type='number'].range").trigger("change") $("input[type='number'].range").trigger("change")
adjustSticky(); adjustSticky();
$(window).resize(adjustSticky) $(window).resize(adjustSticky)
@ -136,7 +136,7 @@ draft: false
async function reloadCustomFiles() { async function reloadCustomFiles() {
window.dats = window.defaultDats; window.dats = window.defaultDats;
const kinds = new Map([["file_abs", VertExcitationKinds.Absorbtion], ["file_fluo", VertExcitationKinds.Fluorescence]]) const kinds = new Map([["file_abs", VertExcitationKinds.Absorbtion], ["file_fluo", VertExcitationKinds.Fluorescence]])
for (const el of $('#form_dat > fieldset > div > input[type="file"')) { for (const el of $('#form_dat > fieldset > fieldset > div > input[type="file"')) {
if (kinds.has(el.name)) { if (kinds.has(el.name)) {
for (const f of el.files) { for (const f of el.files) {
const dat = await VertDataFile.loadAsync(f, kinds.get(this.name)) const dat = await VertDataFile.loadAsync(f, kinds.get(this.name))
@ -155,7 +155,7 @@ draft: false
} }
function getAllSelect() { function getAllSelect() {
return $('#form_dat > fieldset > div > select') return $('#form_dat > fieldset > fieldset > div > select')
} }
function getAllSelectAfter(Name, include = false) { function getAllSelectAfter(Name, include = false) {
@ -184,9 +184,6 @@ draft: false
if (fillArray.includes(afters.prop("name"))) { if (fillArray.includes(afters.prop("name"))) {
selectSelectAll(afters.first()) selectSelectAll(afters.first())
} }
var submit = $(e.target.form).find(':submit')
submit.prop("disabled", !isLast)
} }
async function reloadSelect(name) { async function reloadSelect(name) {
clearSelect(name) clearSelect(name)
@ -253,14 +250,13 @@ draft: false
} }
async function reloadStat() { async function reloadStat() {
processingIndicator.isActive = true processingIndicator.isActive = true
const combbasis = $("#cb_combbasis").is(":checked")
const refstr = $("#sel_ref option:selected").val()
var stb = $("#stat_table > tbody") var stb = $("#stat_table > tbody")
$("#graph_div").empty() $("#graph_div").empty()
$(stb).empty() $(stb).empty()
var refstr = $("#sel_ref option:selected").val()
var sdatdic = new Map() var sdatdic = new Map()
for (const d of window.filtData) { for (const d of window.filtData) {
const key = JSON.stringify([d.method, d.DOI.string]) const key = JSON.stringify(d.method)
if (!(sdatdic.has(key))) { if (!(sdatdic.has(key))) {
sdatdic.set(key, new Map()) sdatdic.set(key, new Map())
} }
@ -286,75 +282,25 @@ draft: false
} }
} }
} }
if (combbasis) {
var sdatdic2 = new Map()
for (const [strkey, sdat] of sdatdic) {
if (refstr === strkey) {
sdatdic2.set(strkey, sdatdic.get(strkey))
}
else {
const key = JSON.parse(strkey)
const newkey = JSON.stringify([key[0].name, key[1]])
const newkeybasis = JSON.stringify(key[0].basis)
if (!sdatdic2.has(newkey)) {
sdatdic2.set(newkey, new Map())
}
if (!sdatdic2.get(newkey).has(newkeybasis)) {
sdatdic2.get(newkey).set(newkeybasis, new Map())
}
for (const [strkey2, exval] of sdat) {
sdatdic2.get(newkey).get(newkeybasis).set(strkey2, exval)
}
}
}
sdatdic = sdatdic2
}
var sdic = new Map() var sdic = new Map()
for (const [key, sdat] of sdatdic) { for (const [key, sdat] of sdatdic) {
if (key !== refstr) { for (const [key2, exval] of sdat) {
if (!(sdic.has(key))) { if (!(sdic.has(key))) {
sdic.set(key, []) sdic.set(key, [])
} }
if (combbasis) {
for (const [key2, dic] of sdat) {
for (const [key3, exval] of dic) {
sdic.get(key).push(exval - ((sdatdic.has(refstr)) ? sdatdic.get(refstr).get(key3) : NaN))
}
}
} else {
for (const [key2, exval] of sdat) {
sdic.get(key).push(exval - ((sdatdic.has(refstr)) ? sdatdic.get(refstr).get(key2) : NaN)) sdic.get(key).push(exval - ((sdatdic.has(refstr)) ? sdatdic.get(refstr).get(key2) : NaN))
} }
} }
} sdic.delete(refstr)
}
var graphdat = [] var graphdat = []
for (const [keystr, vals] of sdic) { for (const [keystr, vals] of sdic) {
row = $("<tr/>") row = $("<tr/>")
key = JSON.parse(keystr) key = JSON.parse(keystr)
if (!combbasis) { Reflect.setPrototypeOf(key, method.prototype)
Reflect.setPrototypeOf(key[0], method.prototype)
}
//Reflect.setPrototypeOf(key[1], DOI.prototype)
th = $("<th/>", { scope: "column" }) th = $("<th/>", { scope: "column" })
const [meth, doi] = key const meth = key
th.clone().text(meth.toString("\n").split('-').join('\u2011')).appendTo(row) th.clone().text(meth.toString("\n").split('-').join('\u2011')).appendTo(row)
var thdoi = th.clone()
var publi = doiCache.get(doi, true)
const publis = await getPublis()
const sets = publis.sets
if (sets.has(doi)) {
var str = sets.get(doi)
$(thdoi).append(str + " ")
}
$("<a/>", {
href: new DOI(doi).url,
target: "_blank"
}).html(publi.format('citation', {
format: 'html',
lang: 'en-US'
})).appendTo(thdoi)
$(row).append(thdoi)
const noNanVals = (vals.every((v) => Number.isNaN(v))) ? vals : (vals.filter((v) => !Number.isNaN(v))) const noNanVals = (vals.every((v) => Number.isNaN(v))) ? vals : (vals.filter((v) => !Number.isNaN(v)))
const avals = noNanVals.map(v => Math.abs(v)) const avals = noNanVals.map(v => Math.abs(v))
th.clone().text(noNanVals.length).appendTo(row) th.clone().text(noNanVals.length).appendTo(row)
@ -365,7 +311,7 @@ draft: false
var box = { var box = {
x: noNanVals, x: noNanVals,
amean: ss.mean(avals).toFixed(3), amean: ss.mean(avals).toFixed(3),
name: key[0].toString() + " MAD : " + ss.mean(avals).toPrecision(4), name: key.toString() + " MAD : " + ss.mean(avals).toPrecision(4),
type: 'box', type: 'box',
boxmean: 'sd' boxmean: 'sd'
}; };
@ -413,7 +359,7 @@ draft: false
doiCache.clear() doiCache.clear()
processingIndicator.isActive = true processingIndicator.isActive = true
window.filtData = window.dats window.filtData = window.dats
$('#form_dat > fieldset > div > select').each(function () { getAllSelect().each(function () {
const prop = $(this).attr("name") const prop = $(this).attr("name")
const values = $(this).val() const values = $(this).val()
window.filtData = window.filtData.filter((d) => { window.filtData = window.filtData.filter((d) => {
@ -455,6 +401,19 @@ draft: false
} }
} }
} }
$(sel_ref).empty()
for (const el of uniq(window.filtData.map(d => [d.method, d.DOI.string]))) {
op = $("<option/>", {
value: JSON.stringify(el)
}).text(el[0])
if (el[0].name.includes("TBE")) {
$(sel_ref).prepend(op)
}
else {
$(sel_ref).append(op)
}
}
$(sel_ref).prop("selectedIndex", 0);
var data = $("#data") var data = $("#data")
$(data).empty(); $(data).empty();
if (window.filtData.length > 0) { if (window.filtData.length > 0) {
@ -575,13 +534,12 @@ draft: false
await reloadRef() await reloadRef()
} }
async function reloadRef() { async function reloadRef() {
const combbasis = $("#cb_combbasis").is(':checked')
$(sel_ref).empty() $(sel_ref).empty()
for (const el of uniq(window.filtData.map(d => [d.method, d.DOI.string]))) { for (const el of uniq(window.filtData.map(d => d.method))) {
op = $("<option/>", { op = $("<option/>", {
value: JSON.stringify(el) value: JSON.stringify(el)
}).text(el[0]) }).text(el)
if (el[0].name.includes("TBE")) { if (el.name.includes("TBE")) {
$(sel_ref).prepend(op) $(sel_ref).prepend(op)
} }
else { else {
@ -606,79 +564,61 @@ draft: false
</p> </p>
</noscript> </noscript>
<p> <p>
In this page you can compare multiple dataset and have somme statistics to evaluate method or basis accuracy. On this page you can compare multiple dataset and have some statistics to evaluate method accuracy (All fields marked with a red asterisk (<span style="color: red;">*</span>) are mandatory).
For this follow this steps
<ol>
<li>Add custom files</li>
<ul>
<li>Absorption</li>
<li>Fluorescence</li>
</ul>
<li>Choose each parameter (of course you can select multiples values for each) you can use the the <buttongit
disabled>Select all</button> button to select all items <span hidden
data-needbrowser='{"Engine":["WebKit","Blink"],"Platform":["desktop"]}'>or use the <kbd
data-needbrowser='{"OS":["MacOS"]}'>⌘</kbd><kbd
data-neednotbrowser='{"OS":["MacOS"]}'>Ctrl</kbd>+<kbd>A</kbd> shortcut key</span></li>
<ul id="SelectList"></ul>
<li>Choose filters:</li>
<ul>
<li>Choose what kind of vertical excitations you want</li>
<ul id="exVertKindList"></ul>
<li>Choose other excitation parameters you want</li>
<ul id="exTypeList"></ul>
<li>Choose if you want to include unsafe values in statistics</li>
<li>Chse the range of \(\mathrm{\%T_1}\) range using the two number box</li>
</ul>
<li>Choose parameters for the statistics</li>
<ul>
<li>Choose if you want to combine basis sets in the statistics</li>
<li>Select a reference from <strong>already selected data</strong> (by default first is selected -it's the <abbr
title="Theoretical best estimate">TBE</abbr> if present- is already selected)</li>
</ul>
<li>Now you can see the list of selected data and some statistics about these data</li>
</ol>
</p> </p>
<form id="form_dat" action="javascript:submitdat()" method="post"> <form id="form_dat" action="javascript:submitdat()" method="post">
<fieldset class="main">
<fieldset> <fieldset>
<legend>Import custom files</legend> <legend>Import custom files</legend>
<p>
Import custom files to compare it's data to the reference datasets.
</p>
<div> <div>
<label for="absFiles_input">Add custom absorption data files</label> <label for="absFiles_input">Import custom absorption data files</label>
<input type="file" multiple onchange="reloadCustomFiles()" id="absFiles_input" name="file_abs"></input> <input type="file" multiple onchange="reloadCustomFiles()" id="absFiles_input" name="file_abs"></input>
</div> </div>
<div> <div>
<label for="fluoFiles_input">Add custom fluorescence data files</label> <label for="fluoFiles_input">import custom fluorescence data files</label>
<input type="file" multiple onchange="reloadCustomFiles()" id="fluoFiles_input" name="file_fluo"></input> <input type="file" multiple onchange="reloadCustomFiles()" id="fluoFiles_input" name="file_fluo"></input>
</div> </div>
</fieldset> </fieldset>
<fieldset class="table"> <fieldset class="table">
<legend>Data selection</legend> <legend>Data selection</legend>
<p>Choose each parameter (of course you can select multiple values for each) you can use the <button
disabled>Select all</button> button to select all items <span hidden
data-needbrowser='{"Engine":["WebKit","Blink"],"Platform":["desktop"]}'>or use the <kbd
data-needbrowser='{"OS":["MacOS"]}'>⌘</kbd><kbd
data-neednotbrowser='{"OS":["MacOS"]}'>Ctrl</kbd>+<kbd>A</kbd> shortcut key</span>
</p>
<div style="display: inline-block;"> <div style="display: inline-block;">
<label for="DOI_select">Sets</label> <label for="DOI_select" class="required">Sets</label>
<button class="SelectAll" type="button" onclick="selectSelectAll_click(event)">Select all</button> <button class="SelectAll" type="button" onclick="selectSelectAll_click(event)">Select all</button>
<select multiple id="DOI_select" name="DOI" onchange="reloadNextSelect(event)"></select> <select multiple id="DOI_select" required name="DOI" onchange="reloadNextSelect(event)"></select>
</div> </div>
<div style="display:inline-block"> <div style="display:inline-block">
<label for="mol_select">Molecules</label> <label for="mol_select" class="required">Molecules</label>
<button class="SelectAll" type="button" onclick="selectSelectAll_click(event)">Select all</button> <button class="SelectAll" type="button" onclick="selectSelectAll_click(event)">Select all</button>
<select multiple id="mol_select" name="molecule" onchange="reloadNextSelect(event)"></select> <select multiple id="mol_select" required name="molecule" onchange="reloadNextSelect(event)"></select>
</div> </div>
<br /> <br />
<div style="display: inline-block;"> <div style="display: inline-block;">
<label for="method_select">Methods</label> <label for="method_select" class="required">Methods</label>
<button class="SelectAll" type="button" onclick="selectSelectAll_click(event)">Select all</button> <button class="SelectAll" type="button" onclick="selectSelectAll_click(event)">Select all</button>
<select multiple id="method_select" name="method" onchange="reloadNextSelect(event)"></select> <select multiple id="method_select" required name="method" onchange="reloadNextSelect(event)"></select>
</div> </div>
<div style="display: inline-block;"> <div style="display: inline-block;">
<label for="basis_select">Basis sets</label> <label for="basis_select" class="required">Basis sets</label>
<button class="SelectAll" type="button" onclick="selectSelectAll_click(event)">Select all</button> <button class="SelectAll" type="button" onclick="selectSelectAll_click(event)">Select all</button>
<select multiple id="basis_select" name="basis" onchange="reloadNextSelect(event)"></select> <select multiple id="basis_select" required name="basis" onchange="reloadNextSelect(event)"></select>
</div> </div>
</fieldset> </fieldset>
<fieldset> <fieldset>
<legend>Vertical excitation kind</legend> <legend class="required"
>Vertical excitation kind</legend>
<p>Choose what kind of vertical excitations you want</p>
<ul class="nestedCbList" style="padding-left: 0em;"> <ul class="nestedCbList" style="padding-left: 0em;">
<li> <li>
<input type="checkbox" checked onchange="nestedCheckbox_change(event)" id="cb_fileType_All"></input> <input type="checkbox" data-onerequired="true" checked onchange="nestedCheckbox_change(event)" id="cb_fileType_All"></input>
<label for="cb_fileType_All"> All</label> <label for="cb_fileType_All"> All</label>
</li> </li>
<ul class="nestedCbList" id="cb_exVertKindList"> <ul class="nestedCbList" id="cb_exVertKindList">
@ -689,18 +629,21 @@ draft: false
<li> <li>
<input type="checkbox" onchange="nestedCheckbox_change(event)" id="cb_fluo" value="2" name="datatype"> <input type="checkbox" onchange="nestedCheckbox_change(event)" id="cb_fluo" value="2" name="datatype">
<label for="fluo">Fluorescence</label> <label for="fluo">Fluorescence</label>
</ul>
</li> </li>
</ul>
</ul>
</fieldset> </fieldset>
<fieldset id="excitationFilter"> <fieldset id="excitationFilter">
<legend>Filters</legend> <legend class="required">Filters</legend>
<p>Choose other excitation parameters you want</p>
<ul class="nestedCbList" style="padding-left: 0em;"> <ul class="nestedCbList" style="padding-left: 0em;">
<li> <li>
<input type="checkbox" onchange="nestedCheckbox_change(event)" id="cb_exType_All"></input> <input type="checkbox" data-onerequired="true" onchange="nestedCheckbox_change(event)" id="cb_exType_All"></input>
<label for="cb_exType_All"> All</label> <label for="cb_exType_All"> All</label>
</li> </li>
<ul id="cb_exTypeList" class="nestedCbList"> <ul id="cb_exTypeList" class="nestedCbList">
</ul> </ul>
<p>Choose if you want to include unsafe values in statistics</p>
<li id="li_cb_unsafe"> <li id="li_cb_unsafe">
<input type="checkbox" id="cb_unsafe" name="unsafe"> <input type="checkbox" id="cb_unsafe" name="unsafe">
<label for="cb_unsafe">Unsafe</label> <label for="cb_unsafe">Unsafe</label>
@ -708,32 +651,34 @@ draft: false
</fieldset> </fieldset>
<fieldset> <fieldset>
<legend>\(\mathrm{\%T_1}\)</legend> <legend>\(\mathrm{\%T_1}\)</legend>
<p>Chose the range of \(\mathrm{\%T_1}\) range using the two number box</p>
<input class="range min" airia-label="Minimum value" type="number" id="T1min" <input class="range min" airia-label="Minimum value" type="number" id="T1min"
onchange="numberRangeChange(event)" min="0" value="0"> onchange="numberRangeChange(event)" min="0" value="0">
<span>\(\leq \mathrm{\%T_1} \leq\)</span> <span>\(\leq \mathrm{\%T_1} \leq\)</span>
<input class="range max" airia-label="Maximum value" type="number" id="T1max" <input class="range max" airia-label="Maximum value" type="number" id="T1max"
onchange="numberRangeChange(event)" max="100" value="100"> onchange="numberRangeChange(event)" max="100" value="100">
</fieldset> </fieldset>
<input type="submit" disabled=true value="Load"></input> </fieldset>
<input type="submit" value="Load"></input>
</form> </form>
<form id="form_ref"> <form id="form_ref">
<legend>Statistics</legend> <fieldset class="main">
<div> <fieldset>
<input type="checkbox" id="cb_combbasis" onchange="reloadRef()"> <legend>statistics</legend>
<label for="cb_combbasis">Combine basis sets</label> <p>Select a reference from <strong>already selected data</strong> (by default first is selected -it's the <abbr
</div> title="Theoretical best estimate">TBE</abbr> if present- is already selected)</p>
<div>
<label for="sel_ref">Reference</label> <label for="sel_ref">Reference</label>
<select id="sel_ref" onchange="reloadStat()"></select> <select id="sel_ref" onchange="reloadStat()"></select>
</div> </fieldset>
</fieldset>
</form> </form>
<p>Now you can see the list of selected data and some statistics about these data</p>
<section id="data"> <section id="data">
</section> </section>
<section> <section>
<table id="stat_table" class="datatable"> <table id="stat_table" class="datatable">
<thead class="sticky"> <thead class="sticky">
<th scope="col">Method</th> <th scope="col">Method</th>
<th scope="col">Set</th>
<th scope="col">Count</th> <th scope="col">Count</th>
<th scope="col">Min</th> <th scope="col">Min</th>
<th scope="col">Max</th> <th scope="col">Max</th>

View File

@ -1,6 +1,9 @@
form fieldset.table { form fieldset.table {
display: table; display: table;
} }
form {
margin-bottom: 15px;
}
ul.nestedCbList { ul.nestedCbList {
list-style-type: none; list-style-type: none;
padding-left: 1em; padding-left: 1em;
@ -8,10 +11,22 @@ ul.nestedCbList {
form button.SelectAll { form button.SelectAll {
display: block; display: block;
} }
form fieldset.main {
padding: 10px;
border-style: solid;
border-width: 1px;
}
form input[type="submit"] {
margin-top:10px;
}
form label{ form label{
padding-left: 5px; padding-left: 5px;
padding-right: 5px; padding-right: 5px;
} }
form legend.required::after,form label.required::after {
content: " *";
color: red;
}
form fieldset.table div { form fieldset.table div {
display: table-row; display: table-row;
} }

View File

@ -8,5 +8,5 @@
# Initial state Final state Transition Energies (eV) %T1 Oscilator forces unsafe # Initial state Final state Transition Energies (eV) %T1 Oscilator forces unsafe
####################### ####################### ######################################## ############# ####### ################### ############## ####################### ####################### ######################################## ############# ####### ################### ##############
# Number Spin Symm Number Spin Symm type E_abs %T1 f is unsafe # Number Spin Symm Number Spin Symm type E_abs %T1 f is unsafe
1 1 A_1 1 1 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 4.24 _ _ false 1 1 A^\prime 1 1 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 4.24 _ _ false
1 1 A_1 1 3 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 3.83 _ _ false 1 1 A^\prime 1 3 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 3.83 _ _ false

View File

@ -8,5 +8,5 @@
# Initial state Final state Transition Energies (eV) %T1 Oscilator forces unsafe # Initial state Final state Transition Energies (eV) %T1 Oscilator forces unsafe
####################### ####################### ######################################## ############# ####### ################### ############## ####################### ####################### ######################################## ############# ####### ################### ##############
# Number Spin Symm Number Spin Symm type E_abs %T1 f is unsafe # Number Spin Symm Number Spin Symm type E_abs %T1 f is unsafe
1 1 A_1 1 1 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 4.29 _ _ false 1 1 A^\prime 1 1 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 4.29 _ _ false
1 1 A_1 1 3 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 3.89 _ _ false 1 1 A^\prime 1 3 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 3.89 _ _ false

View File

@ -8,5 +8,5 @@
# Initial state Final state Transition Energies (eV) %T1 Oscilator forces unsafe # Initial state Final state Transition Energies (eV) %T1 Oscilator forces unsafe
####################### ####################### ######################################## ############# ####### ################### ############## ####################### ####################### ######################################## ############# ####### ################### ##############
# Number Spin Symm Number Spin Symm type E_abs %T1 f is unsafe # Number Spin Symm Number Spin Symm type E_abs %T1 f is unsafe
1 1 A_1 1 1 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 4.41 _ _ false 1 1 A^\prime 1 1 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 4.41 _ _ false
1 1 A_1 1 3 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 3.98 _ _ false 1 1 A^\prime 1 3 A^{\prime\prime} (\mathrm{V};n \rightarrow \pi^\star) 3.98 _ _ false

View File

@ -8,5 +8,5 @@
# Initial state Final state Transition Energies (eV) %T1 Oscilator forces unsafe # Initial state Final state Transition Energies (eV) %T1 Oscilator forces unsafe
####################### ####################### ######################################## ############# ####### ################### ############## ####################### ####################### ######################################## ############# ####### ################### ##############
# Number Spin Symm Number Spin Symm type E_abs %T1 f is unsafe # Number Spin Symm Number Spin Symm type E_abs %T1 f is unsafe
1 1 A_1 1 1 A^{\prime\prime} (n \rightarrow \pi^\star) 4.34 _ _ false 1 1 A^\prime 1 1 A^{\prime\prime} (n \rightarrow \pi^\star) 4.34 _ _ false
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