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fixed qp_path
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e4cb08efc9
commit
f42affd833
2
TODO
2
TODO
@ -65,4 +65,6 @@ qp_stop : pour forcer a terminer proprement le programme (kill clean)
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Virer EMSL
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Virer EMSL
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qp_create... -> qp_create_ezfio
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56
etc/paths.rc
56
etc/paths.rc
@ -1,43 +1,41 @@
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# Configuration of all the paths to executables and libraries
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# Configuration of all the paths to executables and libraries
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if [[ -z $QP_PYTHON ]]
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QP_PYTHON=
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then
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# Load dependencies
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# Load dependencies
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for i in ezfio.rc irpf90.rc ninja.rc ocaml.rc
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for i in ezfio.rc irpf90.rc ninja.rc ocaml.rc
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do
|
do
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source $i
|
source $i
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done
|
done
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||||||
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||||||
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export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_EZFIO}/Python
|
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_EZFIO}/Python
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||||||
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts
|
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts
|
||||||
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts/ezfio_interface
|
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts/ezfio_interface
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||||||
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts/utility
|
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts/utility
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||||||
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts/module
|
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts/module
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||||||
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts/compilation
|
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/scripts/compilation
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||||||
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/external/Python
|
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/external/Python
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||||||
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/external/Python/resultsFile
|
export QP_PYTHON=${QP_PYTHON}:${QP_ROOT}/external/Python/resultsFile
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||||||
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||||||
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||||||
function qp_prepend_export () {
|
function qp_prepend_export () {
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eval "value_1="\${$1}""
|
eval "value_1="\${$1}""
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||||||
if [[ -z $value_1 ]] ; then
|
if [[ -z $value_1 ]] ; then
|
||||||
echo "${2}:"
|
echo "${2}:"
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||||||
else
|
else
|
||||||
echo "${2}:${value_1}"
|
echo "${2}:${value_1}"
|
||||||
fi
|
fi
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||||||
}
|
}
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||||||
|
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||||||
export PYTHONPATH=$(qp_prepend_export "PYTHONPATH" "${QP_EZFIO}/Python":"${QP_PYTHON}")
|
export PYTHONPATH=$(qp_prepend_export "PYTHONPATH" "${QP_EZFIO}/Python":"${QP_PYTHON}")
|
||||||
|
|
||||||
export PATH=$(qp_prepend_export "PATH" "${QP_PYTHON}":"${QP_ROOT}"/bin:"${QP_ROOT}"/ocaml)
|
export PATH=$(qp_prepend_export "PATH" "${QP_PYTHON}":"${QP_ROOT}"/bin:"${QP_ROOT}"/ocaml)
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||||||
|
|
||||||
export LD_LIBRARY_PATH=$(qp_prepend_export "LD_LIBRARY_PATH" "${QP_ROOT}"/lib:"${QP_ROOT}"/lib64)
|
export LD_LIBRARY_PATH=$(qp_prepend_export "LD_LIBRARY_PATH" "${QP_ROOT}"/lib:"${QP_ROOT}"/lib64)
|
||||||
|
|
||||||
export LIBRARY_PATH=$(qp_prepend_export "LIBRARY_PATH" "${QP_ROOT}"/lib:"${QP_ROOT}"/lib64)
|
export LIBRARY_PATH=$(qp_prepend_export "LIBRARY_PATH" "${QP_ROOT}"/lib:"${QP_ROOT}"/lib64)
|
||||||
|
|
||||||
export C_INCLUDE_PATH=$(qp_prepend_export "C_INCLUDE_PATH" "${QP_ROOT}"/include)
|
export C_INCLUDE_PATH=$(qp_prepend_export "C_INCLUDE_PATH" "${QP_ROOT}"/include)
|
||||||
|
|
||||||
fi
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||||||
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||||||
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13
etc/qp.rc
13
etc/qp.rc
@ -37,6 +37,18 @@ Usage:
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function qp()
|
function qp()
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{
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{
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|
function clean_ezfio() {
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RESULT=""
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while [[ -n $1 ]] ; do
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|
case "$1" in
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||||||
|
None) RESULT+='"None" ' ;;
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||||||
|
*) RESULT+="$1 " ;;
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|
esac
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|
shift
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||||||
|
done
|
||||||
|
eval set -- "$RESULT"
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||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
case $1 in
|
case $1 in
|
||||||
"set_file")
|
"set_file")
|
||||||
if [[ -d ${2} ]] ; then
|
if [[ -d ${2} ]] ; then
|
||||||
@ -46,6 +58,7 @@ function qp()
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|||||||
fi;;
|
fi;;
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||||||
|
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||||||
"has"|"set"|"get"|"unset_file")
|
"has"|"set"|"get"|"unset_file")
|
||||||
|
clean_ezfio
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ezfio "$@"
|
ezfio "$@"
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
118
scripts/qp_reset
Executable file
118
scripts/qp_reset
Executable file
@ -0,0 +1,118 @@
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#!/bin/bash
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||||||
|
#
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||||||
|
# Resets parts of the EZFIO directory.
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#
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# Wed Jan 16 16:50:36 CET 2019
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|
#
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|
# Check the QP_ROOT directory
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|
if [[ -z ${QP_ROOT} ]] ; then
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|
echo "The QP_ROOT environment variable is not set."
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|
echo "Please reload the quantum_package.rc file."
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|
exit 1
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|
fi
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|
source ${QP_ROOT}/quantum_package.rc
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|
TEMP=$(getopt -o adhm -l all,dets,help,mos -n $0 -- "$@") || exit 1
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|
eval set -- "$TEMP"
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|
function help() {
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|
cat << EOF
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|
This command resets parts of the EZFIO directory.
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Usage:
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$(basename $0) [OPTIONS] EZFIO_DIR
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Arguments:
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EZFIO_DIR EZFIO directory
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Options:
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|
-a --all Reset to the state after qp_create
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|
-d --dets Deletes the determinants and CI coefficients
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-h --help Prints the help message
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|
-m --mos Deletes the MOs
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Examples:
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To delete the complete set of determinants and CI coefficients:
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$(basename $0) --dets h2o.ezfio
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|
To delete the molecular orbitals (implies -dets):
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|
$(basename $0) --mos h2o.ezfio
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|
EOF
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|
exit 0
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|
}
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|
function error() {
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|
>&2 echo "$(basename $0): $@"
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|
exit 2
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}
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dets=0
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mos=0
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while true ; do
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case "$1" in
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|
-a|--all)
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|
dets=1
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|
mos=1
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|
;;
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|
-d|--dets)
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|
dets=1
|
||||||
|
;;
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|
-m|--mos)
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||||||
|
mos=1
|
||||||
|
;;
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||||||
|
-h|-help|--help)
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||||||
|
help
|
||||||
|
exit 0;;
|
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|
--) shift ; break ;;
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|
*)
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|
error $(basename $0)": unknown option $1, try --help"
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|
exit 2;;
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|
esac
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|
shift
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|
done
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|
|
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|
if [[ -z $1 ]] ; then
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|
help
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|
error "EZFIO directory not specified"
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|
fi
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|
if [[ ! -d $1 ]] ; then
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|
error "EZFIO directory not found"
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|
fi
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|
ezfio=$1
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|
qp set_file $ezfio
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if [[ $dets -eq 1 ]] ; then
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|
rm -- ${ezfio}/determinants/psi_{det,coef}.gz
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|
fi
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|
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|
set -x
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|
if [[ $mos -eq 1 ]] ; then
|
||||||
|
if [[ -f ${ezfio}/mo_basis/mo_class.gz ]] && [[ $(qp get mo_basis mo_num) -ne \
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|
$(zcat ${ezfio}/mo_basis/mo_class.gz |grep Active | wc -l) ]] ; then
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|
echo "Warning: You will need to re-define the MO classes"
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fi
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|
rm --recursive --force -- ${ezfio}/mo_basis
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|
rm --recursive --force -- ${ezfio}/work/mo_ints_*
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|
fi
|
||||||
|
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|
qp_edit --check ${ezfio}
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|
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||||||
|
if [[ $mos -eq 1 ]] ; then
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|
qp set mo_two_e_ints io_mo_two_e_integrals None
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||||||
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qp set mo_one_e_ints io_mo_integrals_e_n None
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||||||
|
qp set mo_one_e_ints io_mo_integrals_kinetic None
|
||||||
|
qp set mo_one_e_ints io_mo_integrals_pseudo None
|
||||||
|
qp set mo_one_e_ints io_mo_one_e_integrals None
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
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