diff --git a/src/MOs/README.rst b/src/MOs/README.rst index 87e9cf11..5cfe9da1 100644 --- a/src/MOs/README.rst +++ b/src/MOs/README.rst @@ -13,7 +13,8 @@ When the orbitals are modified, the label should also be updated to keep everything consistent. When saving the MOs, the ``mo_basis`` directory of the EZFIO file is copied -in the ``save`` directory, named by the current ``mo_label``. +in the ``save`` directory, named by the current ``mo_label``. All this is +done with the script named ``save_current_mos.sh`` in the ``scripts`` directory. Needed Modules ============== diff --git a/src/Nuclei/README.rst b/src/Nuclei/README.rst index b7b49b6a..7f0d34f3 100644 --- a/src/Nuclei/README.rst +++ b/src/Nuclei/README.rst @@ -2,6 +2,10 @@ Nuclei Module ============= +This module contains data relative to the nuclei (coordinates, charge, +nuclear repulsion energy, etc). +The coordinates are expressed in atomic units. + Needed Modules ============== diff --git a/src/Nuclei/test.irp.f b/src/Nuclei/test.irp.f deleted file mode 100644 index 46f28cce..00000000 --- a/src/Nuclei/test.irp.f +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -program test - print *, nuclear_repulsion -end diff --git a/src/Nuclei/tests/Makefile b/src/Nuclei/tests/Makefile new file mode 100644 index 00000000..77bd84ba --- /dev/null +++ b/src/Nuclei/tests/Makefile @@ -0,0 +1,33 @@ +OPENMP =1 +PROFILE =0 +DEBUG = 0 + +IRPF90+= -I tests + +REF_FILES=$(subst %.irp.f, %.ref, $(wildcard *.irp.f)) + +.PHONY: clean executables serial_tests parallel_tests + +all: clean executables serial_tests parallel_tests + +parallel_tests: $(REF_FILES) + @echo ; echo " ---- Running parallel tests ----" ; echo + @OMP_NUM_THREADS=10 ${QPACKAGE_ROOT}/scripts/run_tests.py + +serial_tests: $(REF_FILES) + @echo ; echo " ---- Running serial tests ----" ; echo + @OMP_NUM_THREADS=1 ${QPACKAGE_ROOT}/scripts/run_tests.py + +executables: $(wildcard *.irp.f) veryclean + $(MAKE) -C .. + +%.ref: $(wildcard $(QPACKAGE_ROOT)/data/inputs/*.md5) executables + $(QPACKAGE_ROOT)/scripts/create_test_ref.sh $* + +clean: + $(MAKE) -C .. clean + +veryclean: + $(MAKE) -C .. veryclean + + diff --git a/src/Nuclei/tests/test_nuclear_repulsion.irp.f b/src/Nuclei/tests/test_nuclear_repulsion.irp.f new file mode 100644 index 00000000..a27e2f86 --- /dev/null +++ b/src/Nuclei/tests/test_nuclear_repulsion.irp.f @@ -0,0 +1,4 @@ +program nucl_rep + implicit none + print *, 'nuclear_repulsion : ', nuclear_repulsion +end program diff --git a/src/Nuclei/tests/test_nuclear_repulsion.ref b/src/Nuclei/tests/test_nuclear_repulsion.ref new file mode 100644 index 00000000..0d39d007 --- /dev/null +++ b/src/Nuclei/tests/test_nuclear_repulsion.ref @@ -0,0 +1,635 @@ +data = { + 'AlCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 53.8264171154573, + }, + 'Al.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'Al+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'AlH2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 8.75018136627833, + }, + 'AlH3.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 13.5648754609241, + }, + 'AlH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 4.11171133644134, + }, + 'BCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 25.7868865246804, + }, + 'BeCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 19.8379474789128, + }, + 'Be.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'Be+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'BeF.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 13.9104643767798, + }, + 'BeH2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 3.38195986203008, + }, + 'BeH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 1.56862975841115, + }, + 'BeO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 12.7522192695233, + }, + 'BeOH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 17.4134832711231, + }, + 'BeS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 19.3505564712604, + }, + 'B.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'B+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'BH2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 4.68444160214275, + }, + 'BH3.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 7.41726181517049, + }, + 'BH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 2.12486849100546, + }, + 'BO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 17.5079321422663, + }, + 'BS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 26.1048158845656, + }, + 'C2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 15.1675007675159, + }, + 'C2H2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 24.7170250827893, + }, + 'C2H2+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 23.9531133720812, + }, + 'C2H3.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 28.3655599991988, + }, + 'C2H3+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 28.8129123841814, + }, + 'C2H4.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 33.3313308168267, + }, + 'C2H4+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 32.3825197661312, + }, + 'C2H5.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 36.8638595064922, + }, + 'C2H6.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 42.1072512860833, + }, + 'C2H.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 19.9043330656836, + }, + 'CCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 31.9233968523776, + }, + 'C-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'C.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'C+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'CF.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 22.2084180041968, + }, + 'CH2_1A1.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 5.98037573959508, + }, + 'CH2_3B1.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 6.13464657973682, + }, + 'CH2-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 5.79972023084143, + }, + 'CH3-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 9.32246288359638, + }, + 'CH3.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 9.64345422937034, + }, + 'CH4.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 13.3951988521433, + }, + 'CH4+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 13.0297753686001, + }, + 'CH-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 2.69347089752290, + }, + 'CH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 2.80086758468596, + }, + 'Cl2-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 55.6117181676364, + }, + 'Cl2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 74.8713526686576, + }, + 'Cl2+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 78.8310437943299, + }, + 'Cl-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'Cl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'Cl+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'ClH2+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 13.9628135517284, + }, + 'ClH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 6.97581671293424, + }, + 'ClH+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 6.79149421183753, + }, + 'ClS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 71.1323013234495, + }, + 'ClSiH3.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 85.4851604920318, + }, + 'CN-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 18.7699049556625, + }, + 'CN.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 18.9297712784260, + }, + 'CO2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 57.9325075880944, + }, + 'CO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 22.3222672923807, + }, + 'CO+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 22.6466725677603, + }, + 'COS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 78.7901165097457, + }, + 'CP.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 30.4260859962946, + }, + 'CS2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 108.326970112590, + }, + 'CS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 32.8256758232101, + }, + 'CS+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 33.8921982146908, + }, + 'CSi.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 25.7895619145973, + }, + 'F2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 30.5425090273621, + }, + 'FAl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 37.1118732440209, + }, + 'FCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 48.6475509805924, + }, + 'FCl+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 51.4809684599733, + }, + 'F-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'F.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'F+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'FH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 5.10023050010709, + }, + 'FH+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 4.60777403347523, + }, + 'FMg.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 32.6186535540209, + }, + 'FNa.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 27.6953624714527, + }, + 'FP.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 44.1498575274349, + }, + 'FS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 46.7809711191602, + }, + 'FSi.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 41.0038333275936, + }, + 'FSiH3.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 62.6114418264995, + }, + 'H2CNH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 32.8526344177161, + }, + 'H2CO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 31.2229935058079, + }, + 'H2CPH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 48.3421802716313, + }, + 'H2CS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 44.5767854484600, + }, + 'H2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.712408789714593, + }, + 'H2NNH2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 41.4249939574431, + }, + 'H2PPH2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 87.6585134562217, + }, + 'H3CCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 50.8666776054764, + }, + 'H3CF.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 37.2593143737816, + }, + 'H3CNH2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 41.8963874719951, + }, + 'H3COH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 40.2232086572262, + }, + 'H3CSH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 55.8675881504883, + }, + 'H3SiSiH3.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 90.4359603586041, + }, + 'HBO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 21.5991527268018, + }, + 'HBS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 31.3399059598771, + }, + 'HCF.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 27.0123026654602, + }, + 'HCN.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 23.8384676747563, + }, + 'HCO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 26.3686844796402, + }, + 'HCP.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 36.8574419611040, + }, + 'H.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'HNO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 30.2952957776046, + }, + 'HOCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 50.1505535042340, + }, + 'HOF.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 33.4838543459643, + }, + 'HOMg.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 34.8178282640639, + }, + 'HONa.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 30.1010353429222, + }, + 'HOO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 32.0229599958311, + }, + 'HOOH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 36.6750623000048, + }, + 'HSSH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 83.5895729800440, + }, + 'Li2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 1.74902506096217, + }, + 'LiCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 13.1379805758933, + }, + 'Li.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'Li+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'LiF.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 9.21020158770064, + }, + 'LiH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.979051339500463, + }, + 'LiN.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 5.88659933732387, + }, + 'LiO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 7.93170995253560, + }, + 'LiOH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 13.0547027859191, + }, + 'MgCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 48.2403069067834, + }, + 'Mg.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'Mg+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'MgH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 3.61851215909738, + }, + 'MgS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 46.9879442297553, + }, + 'N2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 23.4530437780391, + }, + 'N2+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 23.2136841548791, + }, + 'Na2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 21.0765132090191, + }, + 'NaCl.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 41.6482094120370, + }, + 'Na.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'Na+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'NaH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 3.08918417396381, + }, + 'N.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'N+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 0.000000000000000E+000, + }, + 'NF.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 25.1988975722618, + }, + 'NH2-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 7.37988583449242, + }, + 'NH2.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 7.49158056474290, + }, + 'NH3.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 11.8776194840762, + }, + 'NH3+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 11.6891164726197, + }, + 'NH4+.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 16.2832441933528, + }, + 'NH-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 3.46352246795468, + }, + 'NH.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 3.53491478966047, + }, + 'NO-.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 23.1696058983581, + }, + 'NO.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 25.5751496884440, + }, + 'NP.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 37.1737546965946, + }, + 'NS.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 39.1258594454714, + }, + 'NSi.ezfio' : { + 'nuclear_repulsion' : 32.8744027904913, 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