mirror of
https://github.com/LCPQ/quantum_package
synced 2024-12-25 05:43:47 +01:00
Updated OCaml
This commit is contained in:
parent
bfa9fa8637
commit
a289df5503
@ -5,7 +5,7 @@ QP_ROOT=$PWD
|
||||
cd -
|
||||
|
||||
# Normal installation
|
||||
PACKAGES="core.v0.10.0 cryptokit ocamlfind sexplib.v0.10.0 zmq ppx_sexp_conv ppx_deriving"
|
||||
PACKAGES="core cryptokit ocamlfind sexplib zmq ppx_sexp_conv ppx_deriving"
|
||||
|
||||
# Needed for ZeroMQ
|
||||
export C_INCLUDE_PATH="${QP_ROOT}"/include:"${C_INCLUDE_PATH}"
|
||||
@ -65,7 +65,7 @@ fi
|
||||
cd Downloads || exit 1
|
||||
chmod +x ocaml.sh || exit 1
|
||||
|
||||
echo N | ./ocaml.sh ${QP_ROOT}/bin/ 4.06.0 || exit 1
|
||||
echo N | ./ocaml.sh ${QP_ROOT}/bin/ 4.07.1 || exit 1
|
||||
|
||||
${QP_ROOT}/bin/opam config setup -a -q || exit 1
|
||||
|
||||
|
||||
@ -79,14 +79,14 @@ let read_until_found f tries =
|
||||
begin
|
||||
try
|
||||
Some (read_mos x f)
|
||||
with Not_found ->
|
||||
with Caml.Not_found ->
|
||||
None
|
||||
end
|
||||
) None tries
|
||||
in
|
||||
match result with
|
||||
| Some mos -> mos
|
||||
| None -> raise Not_found
|
||||
| None -> raise Caml.Not_found
|
||||
|
||||
let read_natural_mos f =
|
||||
let tries = [
|
||||
@ -430,7 +430,7 @@ let create_cas_input ?(vecfile="") ~guess ~nstate s n_e n_a =
|
||||
in
|
||||
try
|
||||
string_of_guess (Natural (norb, vecfile))
|
||||
with Not_found ->
|
||||
with Caml.Not_found ->
|
||||
string_of_guess (Canonical (norb, vecfile))
|
||||
end
|
||||
;
|
||||
|
||||
@ -1,38 +1,101 @@
|
||||
(* =~=~ *)
|
||||
(* Init *)
|
||||
(* =~=~ *)
|
||||
|
||||
open Qptypes;;
|
||||
open Qputils;;
|
||||
open Core;;
|
||||
|
||||
module Ao_basis : sig
|
||||
(* Generate type *)
|
||||
type t =
|
||||
{
|
||||
disk_access_ao_one_integrals : Disk_access.t;
|
||||
{ ao_basis : AO_basis_name.t;
|
||||
ao_num : AO_number.t ;
|
||||
ao_prim_num : AO_prim_number.t array;
|
||||
ao_prim_num_max : AO_prim_number.t;
|
||||
ao_nucl : Nucl_number.t array;
|
||||
ao_power : Symmetry.Xyz.t array;
|
||||
ao_coef : AO_coef.t array;
|
||||
ao_expo : AO_expo.t array;
|
||||
ao_cartesian : bool;
|
||||
} [@@deriving sexp]
|
||||
;;
|
||||
val read : unit -> t option
|
||||
val write : t-> unit
|
||||
val to_string : t -> string
|
||||
val to_basis : t -> Basis.t
|
||||
val write : t -> unit
|
||||
val to_md5 : t -> MD5.t
|
||||
val to_rst : t -> Rst_string.t
|
||||
val of_rst : Rst_string.t -> t option
|
||||
end = struct
|
||||
(* Generate type *)
|
||||
type t =
|
||||
{
|
||||
disk_access_ao_one_integrals : Disk_access.t;
|
||||
{ ao_basis : AO_basis_name.t;
|
||||
ao_num : AO_number.t ;
|
||||
ao_prim_num : AO_prim_number.t array;
|
||||
ao_prim_num_max : AO_prim_number.t;
|
||||
ao_nucl : Nucl_number.t array;
|
||||
ao_power : Symmetry.Xyz.t array;
|
||||
ao_coef : AO_coef.t array;
|
||||
ao_expo : AO_expo.t array;
|
||||
ao_cartesian : bool;
|
||||
} [@@deriving sexp]
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let get_default = Qpackage.get_ezfio_default "ao_basis";;
|
||||
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~==~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
(* Generate Special Function *)
|
||||
(* =~=~=~==~=~~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
let read_ao_basis () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_basis ()
|
||||
|> AO_basis_name.of_string
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_num () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_num ()
|
||||
|> AO_number.of_int
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_prim_num () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:AO_prim_number.of_int
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_prim_num_max () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.fold ~f:(fun x y -> if x>y then x else y) ~init:0
|
||||
|> AO_prim_number.of_int
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_nucl () =
|
||||
let nmax = Nucl_number.get_max () in
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_nucl ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:(fun x-> Nucl_number.of_int ~max:nmax x)
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_power () =
|
||||
let x = Ezfio.get_ao_basis_ao_power () in
|
||||
let dim = x.Ezfio.dim.(0) in
|
||||
let data = Ezfio.flattened_ezfio x in
|
||||
let result = Array.init dim ~f:(fun x -> "") in
|
||||
for i=1 to dim
|
||||
do
|
||||
if (data.(i-1) > 0) then
|
||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"x"^(Int.to_string data.(i-1));
|
||||
if (data.(dim+i-1) > 0) then
|
||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"y"^(Int.to_string data.(dim+i-1));
|
||||
if (data.(2*dim+i-1) > 0) then
|
||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"z"^(Int.to_string data.(2*dim+i-1));
|
||||
done;
|
||||
Array.map ~f:Symmetry.Xyz.of_string result
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_coef () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_coef ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:AO_coef.of_float
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_expo () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_expo ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:AO_expo.of_float
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for ao_cartesian *)
|
||||
let read_ao_cartesian () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_cartesian ()) then
|
||||
get_default "ao_cartesian"
|
||||
@ -41,133 +104,191 @@ end = struct
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_cartesian ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for ao_cartesian *)
|
||||
let write_ao_cartesian =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_ao_cartesian
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for ao_prim_num_max *)
|
||||
let read_ao_prim_num_max () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_prim_num_max ()) then
|
||||
get_default "ao_prim_num_max"
|
||||
|> Int.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num_max ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for ao_prim_num_max *)
|
||||
let write_ao_prim_num_max =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for disk_access_ao_one_integrals *)
|
||||
let read_disk_access_ao_one_integrals () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_disk_access_ao_one_integrals ()) then
|
||||
get_default "disk_access_ao_one_integrals"
|
||||
|> String.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_disk_access_ao_one_integrals
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_disk_access_ao_one_integrals ()
|
||||
|> Disk_access.of_string
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for disk_access_ao_one_integrals *)
|
||||
let write_disk_access_ao_one_integrals var =
|
||||
Disk_access.to_string var
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_disk_access_ao_one_integrals
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_kinetic *)
|
||||
let read_integral_kinetic () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_kinetic ()) then
|
||||
get_default "integral_kinetic"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_kinetic
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_integral_kinetic ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_kinetic *)
|
||||
let write_integral_kinetic =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_integral_kinetic
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_nuclear *)
|
||||
let read_integral_nuclear () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_nuclear ()) then
|
||||
get_default "integral_nuclear"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_nuclear
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_integral_nuclear ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_nuclear *)
|
||||
let write_integral_nuclear =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_integral_nuclear
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_overlap *)
|
||||
let read_integral_overlap () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_overlap ()) then
|
||||
get_default "integral_overlap"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_overlap
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_integral_overlap ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_overlap *)
|
||||
let write_integral_overlap =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_integral_overlap
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_pseudo *)
|
||||
let read_integral_pseudo () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_pseudo ()) then
|
||||
get_default "integral_pseudo"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_pseudo
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_integral_pseudo ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_pseudo *)
|
||||
let write_integral_pseudo =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_integral_pseudo
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
(* Generate Global Function *)
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
|
||||
(* Read all *)
|
||||
let read() =
|
||||
Some
|
||||
{
|
||||
disk_access_ao_one_integrals = read_disk_access_ao_one_integrals ();
|
||||
let to_long_basis b =
|
||||
let ao_num = AO_number.to_int b.ao_num in
|
||||
let gto_array = Array.init (AO_number.to_int b.ao_num)
|
||||
~f:(fun i ->
|
||||
let s = Symmetry.Xyz.to_symmetry b.ao_power.(i) in
|
||||
let ao_prim_num = AO_prim_number.to_int b.ao_prim_num.(i) in
|
||||
let prims = List.init ao_prim_num ~f:(fun j ->
|
||||
let prim = { GaussianPrimitive.sym = s ;
|
||||
GaussianPrimitive.expo = b.ao_expo.(ao_num*j+i)
|
||||
}
|
||||
in
|
||||
let coef = b.ao_coef.(ao_num*j+i) in
|
||||
(prim,coef)
|
||||
) in
|
||||
Gto.of_prim_coef_list prims
|
||||
)
|
||||
in
|
||||
let rec do_work accu sym gto nucl =
|
||||
match (sym, gto, nucl) with
|
||||
| (s::srest, g::grest, n::nrest) ->
|
||||
do_work ((s,g,n)::accu) srest grest nrest
|
||||
| ([],[],[]) -> List.rev accu
|
||||
| _ -> assert false
|
||||
in
|
||||
do_work []
|
||||
(Array.to_list b.ao_power)
|
||||
(Array.to_list gto_array)
|
||||
(Array.to_list b.ao_nucl)
|
||||
;;
|
||||
(* Write all *)
|
||||
let write{
|
||||
disk_access_ao_one_integrals;
|
||||
} =
|
||||
write_disk_access_ao_one_integrals disk_access_ao_one_integrals;
|
||||
let to_basis b =
|
||||
to_long_basis b
|
||||
|> Long_basis.to_basis
|
||||
;;
|
||||
(* to_string*)
|
||||
let to_string b =
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
disk_access_ao_one_integrals = %s
|
||||
"
|
||||
(Disk_access.to_string b.disk_access_ao_one_integrals)
|
||||
|
||||
let to_md5 b =
|
||||
let short_basis = to_basis b in
|
||||
Basis.to_md5 short_basis
|
||||
;;
|
||||
(* to_rst*)
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
let write_md5 b =
|
||||
to_md5 b
|
||||
|> MD5.to_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_md5
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let write_ao_basis name =
|
||||
AO_basis_name.to_string name
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_basis
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let write b =
|
||||
let { ao_basis ;
|
||||
ao_num ;
|
||||
ao_prim_num ;
|
||||
ao_prim_num_max ;
|
||||
ao_nucl ;
|
||||
ao_power ;
|
||||
ao_coef ;
|
||||
ao_expo ;
|
||||
ao_cartesian ;
|
||||
} = b
|
||||
in
|
||||
write_md5 b ;
|
||||
write_ao_basis ao_basis;
|
||||
;;
|
||||
|
||||
|
||||
let read () =
|
||||
if (Ezfio.has_ao_basis_ao_basis ()) then
|
||||
begin
|
||||
let result =
|
||||
{ ao_basis = read_ao_basis ();
|
||||
ao_num = read_ao_num () ;
|
||||
ao_prim_num = read_ao_prim_num ();
|
||||
ao_prim_num_max = read_ao_prim_num_max ();
|
||||
ao_nucl = read_ao_nucl ();
|
||||
ao_power = read_ao_power ();
|
||||
ao_coef = read_ao_coef () ;
|
||||
ao_expo = read_ao_expo () ;
|
||||
ao_cartesian = read_ao_cartesian () ;
|
||||
}
|
||||
in
|
||||
to_md5 result
|
||||
|> MD5.to_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_md5 ;
|
||||
Some result
|
||||
end
|
||||
else
|
||||
None
|
||||
;;
|
||||
|
||||
|
||||
let to_rst b =
|
||||
let print_sym =
|
||||
let l = List.init (Array.length b.ao_power) ~f:(
|
||||
fun i -> ( (i+1),b.ao_nucl.(i),b.ao_power.(i) ) ) in
|
||||
let rec do_work = function
|
||||
| [] -> []
|
||||
| (i,n,x)::tail ->
|
||||
(Printf.sprintf " %5d %6d %-8s\n" i (Nucl_number.to_int n) (Symmetry.Xyz.to_string x))::
|
||||
(do_work tail)
|
||||
in do_work l
|
||||
|> String.concat
|
||||
in
|
||||
|
||||
let short_basis = to_basis b in
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
Read/Write AO one-electron integrals from/to disk [ Write | Read | None ] ::
|
||||
Name of the AO basis ::
|
||||
|
||||
disk_access_ao_one_integrals = %s
|
||||
ao_basis = %s
|
||||
|
||||
Cartesian coordinates (6d,10f,...) ::
|
||||
|
||||
ao_cartesian = %s
|
||||
|
||||
Basis set (read-only) ::
|
||||
|
||||
%s
|
||||
|
||||
|
||||
======= ========= ===========
|
||||
Basis Nucleus Symmetries
|
||||
======= ========= ===========
|
||||
%s
|
||||
======= ========= ===========
|
||||
|
||||
" (AO_basis_name.to_string b.ao_basis)
|
||||
(Bool.to_string b.ao_cartesian)
|
||||
(Basis.to_string short_basis
|
||||
|> String.split ~on:'\n'
|
||||
|> List.map ~f:(fun x-> " "^x)
|
||||
|> String.concat ~sep:"\n"
|
||||
) print_sym
|
||||
|
||||
"
|
||||
(Disk_access.to_string b.disk_access_ao_one_integrals)
|
||||
|> Rst_string.of_string
|
||||
;;
|
||||
include Generic_input_of_rst;;
|
||||
let of_rst = of_rst t_of_sexp;;
|
||||
|
||||
let read_rst s =
|
||||
let s = Rst_string.to_string s
|
||||
|> String.split ~on:'\n'
|
||||
in
|
||||
let rec extract_basis = function
|
||||
| [] -> failwith "Error in basis set"
|
||||
| line :: tail ->
|
||||
let line = String.strip line in
|
||||
if line = "Basis set (read-only) ::" then
|
||||
String.concat tail ~sep:"\n"
|
||||
else
|
||||
extract_basis tail
|
||||
in
|
||||
extract_basis s
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let to_string b =
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
ao_basis = %s
|
||||
ao_num = %s
|
||||
ao_prim_num = %s
|
||||
ao_prim_num_max = %s
|
||||
ao_nucl = %s
|
||||
ao_power = %s
|
||||
ao_coef = %s
|
||||
ao_expo = %s
|
||||
ao_cartesian = %s
|
||||
md5 = %s
|
||||
"
|
||||
(AO_basis_name.to_string b.ao_basis)
|
||||
(AO_number.to_string b.ao_num)
|
||||
(b.ao_prim_num |> Array.to_list |> List.map
|
||||
~f:(AO_prim_number.to_string) |> String.concat ~sep:", " )
|
||||
(AO_prim_number.to_string b.ao_prim_num_max)
|
||||
(b.ao_nucl |> Array.to_list |> List.map ~f:Nucl_number.to_string |>
|
||||
String.concat ~sep:", ")
|
||||
(b.ao_power |> Array.to_list |> List.map ~f:(fun x->
|
||||
"("^(Symmetry.Xyz.to_string x)^")" )|> String.concat ~sep:", ")
|
||||
(b.ao_coef |> Array.to_list |> List.map ~f:AO_coef.to_string
|
||||
|> String.concat ~sep:", ")
|
||||
(b.ao_expo |> Array.to_list |> List.map ~f:AO_expo.to_string
|
||||
|> String.concat ~sep:", ")
|
||||
(b.ao_cartesian |> Bool.to_string)
|
||||
(to_md5 b |> MD5.to_string )
|
||||
|
||||
;;
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
@ -1,131 +1,229 @@
|
||||
(* =~=~ *)
|
||||
(* Init *)
|
||||
(* =~=~ *)
|
||||
open Qptypes
|
||||
open Qputils
|
||||
open Core
|
||||
|
||||
open Qptypes;;
|
||||
open Qputils;;
|
||||
open Core;;
|
||||
|
||||
module Mo_basis : sig
|
||||
(* Generate type *)
|
||||
type t =
|
||||
{
|
||||
disk_access_mo_one_integrals : Disk_access.t;
|
||||
{ mo_tot_num : MO_number.t ;
|
||||
mo_label : MO_label.t;
|
||||
mo_class : MO_class.t array;
|
||||
mo_occ : MO_occ.t array;
|
||||
mo_coef : (MO_coef.t array) array;
|
||||
ao_md5 : MD5.t;
|
||||
} [@@deriving sexp]
|
||||
;;
|
||||
val read : unit -> t option
|
||||
val write : t-> unit
|
||||
val to_string : t -> string
|
||||
val to_rst : t -> Rst_string.t
|
||||
val of_rst : Rst_string.t -> t option
|
||||
end = struct
|
||||
(* Generate type *)
|
||||
type t =
|
||||
{
|
||||
disk_access_mo_one_integrals : Disk_access.t;
|
||||
{ mo_tot_num : MO_number.t ;
|
||||
mo_label : MO_label.t;
|
||||
mo_class : MO_class.t array;
|
||||
mo_occ : MO_occ.t array;
|
||||
mo_coef : (MO_coef.t array) array;
|
||||
ao_md5 : MD5.t;
|
||||
} [@@deriving sexp]
|
||||
;;
|
||||
let get_default = Qpackage.get_ezfio_default "mo_basis"
|
||||
|
||||
let get_default = Qpackage.get_ezfio_default "mo_basis";;
|
||||
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~==~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
(* Generate Special Function *)
|
||||
(* =~=~=~==~=~~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
|
||||
(* Read snippet for disk_access_mo_one_integrals *)
|
||||
let read_disk_access_mo_one_integrals () =
|
||||
if not (Ezfio.has_mo_basis_disk_access_mo_one_integrals ()) then
|
||||
get_default "disk_access_mo_one_integrals"
|
||||
|> String.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_mo_basis_disk_access_mo_one_integrals
|
||||
let read_mo_label () =
|
||||
if not (Ezfio.has_mo_basis_mo_label ()) then
|
||||
Ezfio.set_mo_basis_mo_label "None"
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_mo_basis_disk_access_mo_one_integrals ()
|
||||
|> Disk_access.of_string
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for disk_access_mo_one_integrals *)
|
||||
let write_disk_access_mo_one_integrals var =
|
||||
Disk_access.to_string var
|
||||
|> Ezfio.set_mo_basis_disk_access_mo_one_integrals
|
||||
;;
|
||||
Ezfio.get_mo_basis_mo_label ()
|
||||
|> MO_label.of_string
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_kinetic *)
|
||||
let read_integral_kinetic () =
|
||||
if not (Ezfio.has_mo_basis_integral_kinetic ()) then
|
||||
get_default "integral_kinetic"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_mo_basis_integral_kinetic
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_mo_basis_integral_kinetic ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_kinetic *)
|
||||
let write_integral_kinetic =
|
||||
Ezfio.set_mo_basis_integral_kinetic
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_nuclear *)
|
||||
let read_integral_nuclear () =
|
||||
if not (Ezfio.has_mo_basis_integral_nuclear ()) then
|
||||
get_default "integral_nuclear"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_mo_basis_integral_nuclear
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_mo_basis_integral_nuclear ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_nuclear *)
|
||||
let write_integral_nuclear =
|
||||
Ezfio.set_mo_basis_integral_nuclear
|
||||
;;
|
||||
let read_ao_md5 () =
|
||||
let ao_md5 =
|
||||
match (Input_ao_basis.Ao_basis.read ()) with
|
||||
| None -> failwith "Unable to read AO basis"
|
||||
| Some result -> Input_ao_basis.Ao_basis.to_md5 result
|
||||
in
|
||||
let result =
|
||||
if not (Ezfio.has_mo_basis_ao_md5 ()) then
|
||||
begin
|
||||
MD5.to_string ao_md5
|
||||
|> Ezfio.set_mo_basis_ao_md5
|
||||
end;
|
||||
Ezfio.get_mo_basis_ao_md5 ()
|
||||
|> MD5.of_string
|
||||
in
|
||||
if (ao_md5 <> result) then
|
||||
failwith "The current MOs don't correspond to the current AOs.";
|
||||
result
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_pseudo *)
|
||||
let read_integral_pseudo () =
|
||||
if not (Ezfio.has_mo_basis_integral_pseudo ()) then
|
||||
get_default "integral_pseudo"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_mo_basis_integral_pseudo
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_mo_basis_integral_pseudo ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_pseudo *)
|
||||
let write_integral_pseudo =
|
||||
Ezfio.set_mo_basis_integral_pseudo
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
(* Generate Global Function *)
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
let read_mo_tot_num () =
|
||||
Ezfio.get_mo_basis_mo_tot_num ()
|
||||
|> MO_number.of_int
|
||||
|
||||
(* Read all *)
|
||||
let read() =
|
||||
|
||||
let read_mo_class () =
|
||||
if not (Ezfio.has_mo_basis_mo_class ()) then
|
||||
begin
|
||||
let mo_tot_num = MO_number.to_int (read_mo_tot_num ()) in
|
||||
let data =
|
||||
Array.init mo_tot_num ~f:(fun _ -> MO_class.(to_string (Active [])))
|
||||
|> Array.to_list
|
||||
in
|
||||
Ezfio.ezfio_array_of_list ~rank:1
|
||||
~dim:[| mo_tot_num |] ~data:data
|
||||
|> Ezfio.set_mo_basis_mo_class
|
||||
end;
|
||||
Ezfio.flattened_ezfio (Ezfio.get_mo_basis_mo_class () )
|
||||
|> Array.map ~f:MO_class.of_string
|
||||
|
||||
|
||||
let read_mo_occ () =
|
||||
if not (Ezfio.has_mo_basis_mo_label ()) then
|
||||
begin
|
||||
let elec_alpha_num = Ezfio.get_electrons_elec_alpha_num ()
|
||||
and elec_beta_num = Ezfio.get_electrons_elec_beta_num ()
|
||||
and mo_tot_num = MO_number.to_int (read_mo_tot_num ()) in
|
||||
let data = Array.init mo_tot_num ~f:(fun i ->
|
||||
if (i<elec_beta_num) then 2.
|
||||
else if (i < elec_alpha_num) then 1.
|
||||
else 0.) |> Array.to_list in
|
||||
Ezfio.ezfio_array_of_list ~rank:1
|
||||
~dim:[| mo_tot_num |] ~data:data
|
||||
|> Ezfio.set_mo_basis_mo_occ
|
||||
end;
|
||||
Ezfio.flattened_ezfio (Ezfio.get_mo_basis_mo_occ () )
|
||||
|> Array.map ~f:MO_occ.of_float
|
||||
|
||||
|
||||
let read_mo_coef () =
|
||||
let a = Ezfio.get_mo_basis_mo_coef ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:MO_coef.of_float
|
||||
in
|
||||
let mo_tot_num = read_mo_tot_num () |> MO_number.to_int in
|
||||
let ao_num = (Array.length a)/mo_tot_num in
|
||||
Array.init mo_tot_num ~f:(fun j ->
|
||||
Array.sub ~pos:(j*ao_num) ~len:(ao_num) a
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
let read () =
|
||||
if (Ezfio.has_mo_basis_mo_tot_num ()) then
|
||||
Some
|
||||
{
|
||||
disk_access_mo_one_integrals = read_disk_access_mo_one_integrals ();
|
||||
{ mo_tot_num = read_mo_tot_num ();
|
||||
mo_label = read_mo_label () ;
|
||||
mo_class = read_mo_class ();
|
||||
mo_occ = read_mo_occ ();
|
||||
mo_coef = read_mo_coef ();
|
||||
ao_md5 = read_ao_md5 ();
|
||||
}
|
||||
;;
|
||||
(* Write all *)
|
||||
let write{
|
||||
disk_access_mo_one_integrals;
|
||||
} =
|
||||
write_disk_access_mo_one_integrals disk_access_mo_one_integrals;
|
||||
;;
|
||||
(* to_string*)
|
||||
let to_string b =
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
disk_access_mo_one_integrals = %s
|
||||
"
|
||||
(Disk_access.to_string b.disk_access_mo_one_integrals)
|
||||
;;
|
||||
(* to_rst*)
|
||||
else
|
||||
None
|
||||
|
||||
|
||||
let mo_coef_to_string mo_coef =
|
||||
let ao_num = Array.length mo_coef.(0)
|
||||
and mo_tot_num = Array.length mo_coef in
|
||||
let rec print_five imin imax =
|
||||
match (imax-imin+1) with
|
||||
| 1 ->
|
||||
let header = [ Printf.sprintf " #%15d" (imin+1) ; ] in
|
||||
let new_lines =
|
||||
List.init ao_num ~f:(fun i ->
|
||||
Printf.sprintf " %3d %15.10f " (i+1)
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin ).(i)) )
|
||||
in header @ new_lines
|
||||
| 2 ->
|
||||
let header = [ Printf.sprintf " #%15d %15d" (imin+1) (imin+2) ; ] in
|
||||
let new_lines =
|
||||
List.init ao_num ~f:(fun i ->
|
||||
Printf.sprintf " %3d %15.10f %15.10f" (i+1)
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin ).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+1).(i)) )
|
||||
in header @ new_lines
|
||||
| 3 ->
|
||||
let header = [ Printf.sprintf " #%15d %15d %15d"
|
||||
(imin+1) (imin+2) (imin+3); ] in
|
||||
let new_lines =
|
||||
List.init ao_num ~f:(fun i ->
|
||||
Printf.sprintf " %3d %15.10f %15.10f %15.10f" (i+1)
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin ).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+1).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+2).(i)) )
|
||||
in header @ new_lines
|
||||
| 4 ->
|
||||
let header = [ Printf.sprintf " #%15d %15d %15d %15d"
|
||||
(imin+1) (imin+2) (imin+3) (imin+4) ; ] in
|
||||
let new_lines =
|
||||
List.init ao_num ~f:(fun i ->
|
||||
Printf.sprintf " %3d %15.10f %15.10f %15.10f %15.10f" (i+1)
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin ).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+1).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+2).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+3).(i)) )
|
||||
in header @ new_lines
|
||||
| 5 ->
|
||||
let header = [ Printf.sprintf " #%15d %15d %15d %15d %15d"
|
||||
(imin+1) (imin+2) (imin+3) (imin+4) (imin+5) ; ] in
|
||||
let new_lines =
|
||||
List.init ao_num ~f:(fun i ->
|
||||
Printf.sprintf " %3d %15.10f %15.10f %15.10f %15.10f %15.10f" (i+1)
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin ).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+1).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+2).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+3).(i))
|
||||
(MO_coef.to_float mo_coef.(imin+4).(i)) )
|
||||
in header @ new_lines
|
||||
| _ -> assert false
|
||||
in
|
||||
let rec create_list accu i =
|
||||
if (i+4 < mo_tot_num) then
|
||||
create_list ( (print_five i (i+3) |> String.concat ~sep:"\n")::accu ) (i+4)
|
||||
else
|
||||
(print_five i (mo_tot_num-1) |> String.concat ~sep:"\n")::accu |> List.rev
|
||||
in
|
||||
create_list [] 0 |> String.concat ~sep:"\n\n"
|
||||
|
||||
|
||||
let to_rst b =
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
Read/Write MO one-electron integrals from/to disk [ Write | Read | None ] ::
|
||||
Label of the molecular orbitals ::
|
||||
|
||||
disk_access_mo_one_integrals = %s
|
||||
mo_label = %s
|
||||
|
||||
"
|
||||
(Disk_access.to_string b.disk_access_mo_one_integrals)
|
||||
Total number of MOs ::
|
||||
|
||||
mo_tot_num = %s
|
||||
|
||||
MO coefficients ::
|
||||
|
||||
%s
|
||||
"
|
||||
(MO_label.to_string b.mo_label)
|
||||
(MO_number.to_string b.mo_tot_num)
|
||||
(mo_coef_to_string b.mo_coef)
|
||||
|> Rst_string.of_string
|
||||
;;
|
||||
include Generic_input_of_rst;;
|
||||
let of_rst = of_rst t_of_sexp;;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
let to_string b =
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
mo_label = %s
|
||||
mo_tot_num = \"%s\"
|
||||
mo_clas = %s
|
||||
mo_occ = %s
|
||||
mo_coef = %s
|
||||
"
|
||||
(MO_label.to_string b.mo_label)
|
||||
(MO_number.to_string b.mo_tot_num)
|
||||
(b.mo_class |> Array.to_list |> List.map
|
||||
~f:(MO_class.to_string) |> String.concat ~sep:", " )
|
||||
(b.mo_occ |> Array.to_list |> List.map
|
||||
~f:(MO_occ.to_string) |> String.concat ~sep:", " )
|
||||
(b.mo_coef |> Array.map
|
||||
~f:(fun x-> Array.map ~f:MO_coef.to_string x |> String.concat_array
|
||||
~sep:"," ) |>
|
||||
String.concat_array ~sep:"\n" )
|
||||
|
||||
|
||||
end
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@ -196,7 +196,7 @@ Nuclear coordinates in xyz format (Angstroms) ::
|
||||
in
|
||||
(* Find lines containing the xyz data *)
|
||||
let rec extract_begin = function
|
||||
| [] -> raise Not_found
|
||||
| [] -> raise Caml.Not_found
|
||||
| line::tail ->
|
||||
let line = String.strip line in
|
||||
if (String.length line > 3) &&
|
||||
|
||||
@ -62,7 +62,7 @@ let name m =
|
||||
try
|
||||
let i = List.assoc e accu in
|
||||
build_list ( (e,i+1)::(List.remove_assoc e accu) ) rest
|
||||
with Not_found -> build_list ( (e,1)::accu ) rest
|
||||
with Caml.Not_found -> build_list ( (e,1)::accu ) rest
|
||||
end
|
||||
| [] -> accu
|
||||
in
|
||||
|
||||
@ -63,7 +63,7 @@ let executables = lazy (
|
||||
)
|
||||
in
|
||||
In_channel.with_file filename ~f:func
|
||||
|> List.sort ~cmp:(fun (x,_) (y,_) ->
|
||||
|> List.sort ~compare:(fun (x,_) (y,_) ->
|
||||
if x < y then -1
|
||||
else if x > y then 1
|
||||
else 0)
|
||||
@ -80,14 +80,14 @@ let get_ezfio_default_in_file ~directory ~data ~filename =
|
||||
rest
|
||||
else
|
||||
find_dir rest
|
||||
| [] -> raise Not_found
|
||||
| [] -> raise Caml.Not_found
|
||||
in
|
||||
let rec find_data = function
|
||||
| line :: rest ->
|
||||
if (line = "") then
|
||||
raise Not_found
|
||||
raise Caml.Not_found
|
||||
else if (line.[0] <> ' ') then
|
||||
raise Not_found
|
||||
raise Caml.Not_found
|
||||
else
|
||||
begin
|
||||
match (String.lsplit2 ~on:' ' (String.strip line)) with
|
||||
@ -96,9 +96,9 @@ let get_ezfio_default_in_file ~directory ~data ~filename =
|
||||
String.strip r
|
||||
else
|
||||
find_data rest
|
||||
| None -> raise Not_found
|
||||
| None -> raise Caml.Not_found
|
||||
end
|
||||
| [] -> raise Not_found
|
||||
| [] -> raise Caml.Not_found
|
||||
in
|
||||
find_dir lines
|
||||
|> find_data ;
|
||||
@ -111,7 +111,7 @@ let get_ezfio_default directory data =
|
||||
| [] ->
|
||||
begin
|
||||
Printf.printf "%s/%s not found\n%!" directory data;
|
||||
raise Not_found
|
||||
raise Caml.Not_found
|
||||
end
|
||||
| filename :: tail ->
|
||||
let filename =
|
||||
@ -120,7 +120,7 @@ let get_ezfio_default directory data =
|
||||
try
|
||||
get_ezfio_default_in_file ~directory ~data ~filename
|
||||
with
|
||||
| Not_found -> aux tail
|
||||
| Caml.Not_found -> aux tail
|
||||
in
|
||||
Sys.readdir dirname
|
||||
|> Array.to_list
|
||||
|
||||
@ -83,7 +83,7 @@ let pop_task ~client_id q =
|
||||
}
|
||||
and found =
|
||||
try Some (TasksMap.find task_id q.tasks)
|
||||
with Not_found -> None
|
||||
with Caml.Not_found -> None
|
||||
in new_q, Some task_id, found
|
||||
| [] -> q, None, None
|
||||
|
||||
@ -104,7 +104,7 @@ let end_task ~task_id ~client_id q =
|
||||
let () =
|
||||
let client_id_check =
|
||||
try RunningMap.find task_id running with
|
||||
Not_found -> failwith "Task already finished"
|
||||
Caml.Not_found -> failwith "Task already finished"
|
||||
in
|
||||
assert (client_id_check = client_id)
|
||||
in
|
||||
|
||||
@ -89,7 +89,7 @@ let list_basis () =
|
||||
| _ :: a :: _ -> String.strip a
|
||||
)
|
||||
in
|
||||
List.sort basis_list ~cmp:String.ascending
|
||||
List.sort basis_list ~compare:String.ascending
|
||||
|> String.concat ~sep:"\n"
|
||||
|
||||
|
||||
@ -131,7 +131,7 @@ let run ?o b au c d m p cart xyz_file =
|
||||
match Hashtbl.find basis_table key with
|
||||
| Some in_channel ->
|
||||
in_channel
|
||||
| None -> raise Not_found
|
||||
| None -> raise Caml.Not_found
|
||||
in
|
||||
|
||||
let temp_filename =
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@ -563,13 +563,13 @@ let run ?o b au c d m p cart xyz_file =
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||||
in
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||||
try
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||||
Basis.read_element (basis_channel key) i e
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||||
with Not_found ->
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||||
with Caml.Not_found ->
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||||
let key =
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||||
Element x.Atom.element
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||||
in
|
||||
try
|
||||
Basis.read_element (basis_channel key) i e
|
||||
with Not_found ->
|
||||
with Caml.Not_found ->
|
||||
failwith (Printf.sprintf "Basis not found for atom %d (%s)" (Nucl_number.to_int i)
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||||
(Element.to_string x.Atom.element) )
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||||
with
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||||
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||||
@ -99,8 +99,12 @@ let run ?(sym="None") ?(apply="no") fc ezfio_filename =
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||||
let ic =
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||||
Unix.open_process_in ("qp_set_frozen_core.py -q "^ezfio_filename)
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||||
in
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||||
let result = int_of_string @@ input_line ic in
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||||
close_in ic; result
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||||
let result = int_of_string @@
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||||
match In_channel.input_line ic with
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||||
| Some line -> line
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||||
| None -> failwith "Failed in qp_set_frozen_core"
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||||
in
|
||||
In_channel.close ic; result
|
||||
else 0
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||||
in
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||||
let command =
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||||
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||||
@ -54,7 +54,7 @@ let () =
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||||
Hashtbl.fold (fun k c (accu,norm,norm') ->
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||||
let (c',c) =
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||||
try (Hashtbl.find wf' k, c)
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||||
with Not_found -> (0.,0.)
|
||||
with Caml.Not_found -> (0.,0.)
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||||
in
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||||
(accu +. c *. c' ,
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||||
norm +. c *. c ,
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||||
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||||
@ -17,7 +17,7 @@ END_PROVIDER
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||||
e = elec_num - n_core_orb * 2
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||||
pt2_n_tasks_max = 1+min((e*(e-1))/2, int(dsqrt(dble(N_det_selectors)))/10)
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||||
do i=1,N_det_generators
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||||
pt2_F(i) = 1 + dble(pt2_n_tasks_max)*maxval(dsqrt(dabs(psi_coef_sorted_gen(i,1:N_states))))
|
||||
pt2_F(i) = 1 + int(dble(pt2_n_tasks_max)*maxval(dsqrt(dabs(psi_coef_sorted_gen(i,1:N_states)))))
|
||||
enddo
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||||
|
||||
if(N_det_generators < 1024) then
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||||
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||||
@ -86,10 +86,10 @@ double precision function get_phase_bi(phasemask, s1, s2, h1, p1, h2, p2, Nint)
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||||
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||||
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||||
! Put the phasemask bits at position 0, and add them all
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||||
h1_bit = ishft(phasemask(h1_int,s1),-h1_bit)
|
||||
p1_bit = ishft(phasemask(p1_int,s1),-p1_bit)
|
||||
h2_bit = ishft(phasemask(h2_int,s2),-h2_bit)
|
||||
p2_bit = ishft(phasemask(p2_int,s2),-p2_bit)
|
||||
h1_bit = int(ishft(phasemask(h1_int,s1),-h1_bit))
|
||||
p1_bit = int(ishft(phasemask(p1_int,s1),-p1_bit))
|
||||
h2_bit = int(ishft(phasemask(h2_int,s2),-h2_bit))
|
||||
p2_bit = int(ishft(phasemask(p2_int,s2),-p2_bit))
|
||||
|
||||
np = h1_bit + p1_bit + h2_bit + p2_bit
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||||
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||||
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||||
@ -3,28 +3,24 @@ type: double precision
|
||||
doc: Nucleus-electron integrals in AO basis set
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||||
size: (ao_basis.ao_num,ao_basis.ao_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
default: false
|
||||
|
||||
[integral_kinetic]
|
||||
type: double precision
|
||||
doc: Kinetic energy integrals in AO basis set
|
||||
size: (ao_basis.ao_num,ao_basis.ao_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
default: false
|
||||
|
||||
[integral_pseudo]
|
||||
type: double precision
|
||||
doc: Pseudopotential integrals in AO basis set
|
||||
size: (ao_basis.ao_num,ao_basis.ao_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
default: false
|
||||
|
||||
[integral_overlap]
|
||||
type: double precision
|
||||
doc: Overlap integrals in AO basis set
|
||||
size: (ao_basis.ao_num,ao_basis.ao_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
default: false
|
||||
|
||||
[disk_access_ao_one_integrals]
|
||||
type: Disk_access
|
||||
|
||||
@ -3,21 +3,18 @@ type: double precision
|
||||
doc: Nucleus-electron integrals in MO basis set
|
||||
size: (mo_basis.mo_tot_num,mo_basis.mo_tot_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
default: false
|
||||
|
||||
[integral_kinetic]
|
||||
type: double precision
|
||||
doc: Kinetic energy integrals in MO basis set
|
||||
size: (mo_basis.mo_tot_num,mo_basis.mo_tot_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
default: false
|
||||
|
||||
[integral_pseudo]
|
||||
type: double precision
|
||||
doc: Pseudopotential integrals in MO basis set
|
||||
size: (mo_basis.mo_tot_num,mo_basis.mo_tot_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
default: false
|
||||
|
||||
|
||||
[disk_access_mo_one_integrals]
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||||
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