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348a6f9f69
commit
a10f439468
@ -263,160 +263,75 @@ def write_ezfio(res, filename):
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||||
ezfio.set_mo_basis_mo_occ(OccNum)
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||||
ezfio.set_mo_basis_mo_coef(MoMatrix)
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# ______ _
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||||
# | ___ \ | |
|
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# | |_/ /__ ___ _ _ __| | ___
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# | __/ __|/ _ \ | | |/ _` |/ _ \
|
||||
# | | \__ \ __/ |_| | (_| | (_) |
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# \_| |___/\___|\__,_|\__,_|\___/
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#
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# INPUT
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# {% for label,zcore, l_block in l_atom $}
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# #local l_block l=0}
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# {label} GEN {zcore} {len(l_block)-1 #lmax_block}
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# {% for l_param in l_block%}
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# {len(l_param) # list of parameter aka n_max_bock_max(n)}
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# {% for coef,n,zeta for l_param}
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# {coef,n, zeta}
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# OUTPUT
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# Local are 1 array padded by max(n_max_block) when l == 0 (output:k_loc_max)
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# v_k[n-2][atom] = value
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#Non Local are 2 array padded with max of lmax_block when l!=0 (output:lmax+1) and max(n_max_block)whem l !=0 (kmax)
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# v_kl[l][n-2][atom] = value
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def pad(array, size, value=0):
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new_array = array
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for add in xrange(len(array), size):
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new_array.append(value)
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return new_array
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def parse_str(pseudo_str):
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||||
'''Return 4d array atom,l,n, attribute (attribute is coef, n, zeta)'''
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matrix = []
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array_l_max_block = []
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array_z_remove = []
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for block in [b for b in pseudo_str.split('\n\n') if b]:
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#First element is header, the rest are l_param
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array_party = [i for i in re.split(r"\n\d+\n", block) if i]
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||||
z_remove, l_max_block = map(int, array_party[0].split()[-2:])
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||||
array_l_max_block.append(l_max_block)
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||||
array_z_remove.append(z_remove)
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x = []
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for l in array_party[1:]:
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y = []
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for coef_n_zeta in l.split('\n'):
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z = coef_n_zeta.split()
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if z : y.append(z)
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x.append(y)
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matrix.append(x)
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return (matrix, array_l_max_block, array_z_remove)
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def get_local_stuff(matrix):
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matrix_local_unpad = [atom[0] for atom in matrix]
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||||
k_loc_max = max(len(i) for i in matrix_local_unpad)
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||||
matrix_local = [ pad(ll, k_loc_max, [0., 2, 0.]) for ll in matrix_local_unpad]
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||||
m_coef = [[float(i[0]) for i in atom] for atom in matrix_local]
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||||
m_n = [[int(i[1]) - 2 for i in atom] for atom in matrix_local]
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||||
m_zeta = [[float(i[2]) for i in atom] for atom in matrix_local]
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||||
return (k_loc_max, m_coef, m_n, m_zeta)
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||||
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||||
def get_non_local_stuff(matrix):
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||||
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||||
matrix_unlocal_unpad = [atom[1:] for atom in matrix]
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||||
l_max_block = max(len(i) for i in matrix_unlocal_unpad)
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||||
k_max = max([len(item) for row in matrix_unlocal_unpad for item in row])
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||||
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||||
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||||
matrix_unlocal_semipaded = [[pad(item, k_max, [0., 2, 0.]) for item in row] for row in matrix_unlocal_unpad]
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||||
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||||
empty_row = [[0., 2, 0.] for k in range(l_max_block)]
|
||||
matrix_unlocal = [ pad(ll, l_max_block, empty_row) for ll in matrix_unlocal_semipaded ]
|
||||
|
||||
m_coef_noloc = [[[float(k[0]) for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
|
||||
m_n_noloc = [[[int(k[1]) - 2 for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
|
||||
m_zeta_noloc = [[[float(k[2]) for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
|
||||
|
||||
return (l_max_block, k_max, m_coef_noloc, m_n_noloc, m_zeta_noloc)
|
||||
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||||
try:
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||||
pseudo_str = []
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||||
label = ezfio.get_nuclei_nucl_label()
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||||
lmax = 0
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||||
nucl_charge_remove = []
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||||
klocmax = 0
|
||||
kmax = 0
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||||
nucl_num = len(res.geometry)
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||||
for ecp in res.pseudo:
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||||
pseudo_str += [ "%(label)s GEN %(zcore)d %(lmax)d" % { "label": label[ ecp["atom"]-1 ],
|
||||
"zcore": ecp["zcore"], "lmax": ecp["lmax"] } ]
|
||||
lmax = ecp["lmax"]
|
||||
for l in [lmax] + list(range(0,lmax)):
|
||||
pseudo_str += [ "%d"%len(ecp[str(l)]) ]
|
||||
for t in ecp[str(l)]:
|
||||
pseudo_str += [ "%f %d %f"%t ]
|
||||
pseudo_str += [""]
|
||||
pseudo_str = "\n".join(pseudo_str)
|
||||
lmax_local = ecp['lmax']
|
||||
lmax = max(lmax_local,lmax)
|
||||
nucl_charge_remove.append(ecp['zcore'])
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||||
klocmax = max(klocmax, len(ecp[str(lmax_local)]))
|
||||
for l in range(lmax_local):
|
||||
kmax = max(kmax,len(ecp[str(l)]))
|
||||
lmax = lmax-1
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_lmax(lmax)
|
||||
ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(nucl_charge_remove)
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_klocmax(klocmax)
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_kmax(kmax)
|
||||
pseudo_n_k = [ [ 0 for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(klocmax) ]
|
||||
pseudo_v_k = [ [ 0. for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(klocmax) ]
|
||||
pseudo_dz_k = [ [ 0. for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(klocmax) ]
|
||||
pseudo_n_kl = [ [ [ 0 for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(kmax) ] for _ in range(lmax+1) ]
|
||||
pseudo_v_kl = [ [ [ 0. for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(kmax) ] for _ in range(lmax+1) ]
|
||||
pseudo_dz_kl = [ [ [ 0. for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(kmax) ] for _ in range(lmax+1) ]
|
||||
for ecp in res.pseudo:
|
||||
lmax_local = ecp['lmax']
|
||||
klocmax = len(ecp[str(lmax_local)])
|
||||
atom = ecp['atom']-1
|
||||
for kloc in range(klocmax):
|
||||
try:
|
||||
v, n, dz = ecp[str(lmax_local)][kloc]
|
||||
pseudo_n_k[kloc][atom] = n-2
|
||||
pseudo_v_k[kloc][atom] = v
|
||||
pseudo_dz_k[kloc][atom] = dz
|
||||
except:
|
||||
pass
|
||||
for l in range(lmax_local):
|
||||
for k in range(kmax):
|
||||
try:
|
||||
v, n, dz = ecp[str(l)][k]
|
||||
pseudo_n_kl[l][k][atom] = n-2
|
||||
pseudo_v_kl[l][k][atom] = v
|
||||
pseudo_dz_kl[l][k][atom] = dz
|
||||
except:
|
||||
pass
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_k(pseudo_n_k)
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_k(pseudo_v_k)
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_k(pseudo_dz_k)
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_kl(pseudo_n_kl)
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_kl(pseudo_v_kl)
|
||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_kl(pseudo_dz_kl)
|
||||
|
||||
n_alpha = res.num_alpha
|
||||
n_beta = res.num_beta
|
||||
for i in range(nucl_num):
|
||||
charge[i] -= nucl_charge_remove[i]
|
||||
n_alpha -= nucl_charge_remove[i]/2
|
||||
n_beta -= nucl_charge_remove[i]/2
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
|
||||
ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(n_alpha)
|
||||
ezfio.set_electrons_elec_beta_num(n_beta)
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||||
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||||
matrix, array_l_max_block, array_z_remove = parse_str(pseudo_str)
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||||
array_z_remove = map(float,array_z_remove)
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||||
except:
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||||
raise
|
||||
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(False)
|
||||
else:
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||||
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(True)
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# Z _ e f f , a l p h a / b e t a _ e l e c #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(array_z_remove)
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||||
charge = ezfio.get_nuclei_nucl_charge()
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||||
charge = [ i - j for i, j in zip(charge, array_z_remove) ]
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge (charge)
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||||
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||||
import math
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||||
num_elec_diff = sum(array_z_remove)/2
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||||
nalpha = ezfio.get_electrons_elec_alpha_num() - num_elec_diff
|
||||
nbeta = ezfio.get_electrons_elec_beta_num() - num_elec_diff
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||||
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||||
ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(nalpha)
|
||||
ezfio.set_electrons_elec_beta_num( nbeta )
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||||
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||||
# Change all the array 'cause EZFIO
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||||
# v_kl (v, l) => v_kl(l,v)
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||||
# v_kl => zip(*_v_kl)
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||||
# [[7.0, 79.74474797, -49.45159098], [1.0, 5.41040609, -4.60151975]]
|
||||
# [(7.0, 1.0), (79.74474797, 5.41040609), (-49.45159098, -4.60151975)]
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
# L o c a l #
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
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||||
klocmax, m_coef, m_n, m_zeta = get_local_stuff(matrix)
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||||
ezfio.pseudo_pseudo_klocmax = klocmax
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||||
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||||
ezfio.pseudo_pseudo_v_k = zip(*m_coef)
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_n_k = zip(*m_n)
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_dz_k = zip(*m_zeta)
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# N o n _ L o c a l #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
l_max_block, k_max, m_coef_noloc, m_n_noloc, m_zeta_noloc = get_non_local_stuff(
|
||||
matrix)
|
||||
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_lmax = l_max_block - 1
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_kmax = k_max
|
||||
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_v_kl = zip(*m_coef_noloc)
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_n_kl = zip(*m_n_noloc)
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_dz_kl = zip(*m_zeta_noloc)
|
||||
|
||||
|
||||
def get_full_path(file_path):
|
||||
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