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Fixed pseudos with GAMESS interface
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parent
348a6f9f69
commit
a10f439468
@ -263,160 +263,75 @@ def write_ezfio(res, filename):
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ezfio.set_mo_basis_mo_occ(OccNum)
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ezfio.set_mo_basis_mo_occ(OccNum)
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ezfio.set_mo_basis_mo_coef(MoMatrix)
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ezfio.set_mo_basis_mo_coef(MoMatrix)
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# ______ _
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# | ___ \ | |
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# | |_/ /__ ___ _ _ __| | ___
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# | __/ __|/ _ \ | | |/ _` |/ _ \
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# | | \__ \ __/ |_| | (_| | (_) |
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# \_| |___/\___|\__,_|\__,_|\___/
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#
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# INPUT
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# {% for label,zcore, l_block in l_atom $}
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# #local l_block l=0}
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# {label} GEN {zcore} {len(l_block)-1 #lmax_block}
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# {% for l_param in l_block%}
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# {len(l_param) # list of parameter aka n_max_bock_max(n)}
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# {% for coef,n,zeta for l_param}
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# {coef,n, zeta}
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# OUTPUT
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# Local are 1 array padded by max(n_max_block) when l == 0 (output:k_loc_max)
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# v_k[n-2][atom] = value
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#Non Local are 2 array padded with max of lmax_block when l!=0 (output:lmax+1) and max(n_max_block)whem l !=0 (kmax)
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# v_kl[l][n-2][atom] = value
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def pad(array, size, value=0):
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new_array = array
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for add in xrange(len(array), size):
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new_array.append(value)
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return new_array
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def parse_str(pseudo_str):
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'''Return 4d array atom,l,n, attribute (attribute is coef, n, zeta)'''
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matrix = []
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array_l_max_block = []
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array_z_remove = []
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for block in [b for b in pseudo_str.split('\n\n') if b]:
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#First element is header, the rest are l_param
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array_party = [i for i in re.split(r"\n\d+\n", block) if i]
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z_remove, l_max_block = map(int, array_party[0].split()[-2:])
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array_l_max_block.append(l_max_block)
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array_z_remove.append(z_remove)
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x = []
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for l in array_party[1:]:
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y = []
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for coef_n_zeta in l.split('\n'):
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z = coef_n_zeta.split()
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if z : y.append(z)
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x.append(y)
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matrix.append(x)
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return (matrix, array_l_max_block, array_z_remove)
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def get_local_stuff(matrix):
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matrix_local_unpad = [atom[0] for atom in matrix]
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k_loc_max = max(len(i) for i in matrix_local_unpad)
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matrix_local = [ pad(ll, k_loc_max, [0., 2, 0.]) for ll in matrix_local_unpad]
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m_coef = [[float(i[0]) for i in atom] for atom in matrix_local]
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m_n = [[int(i[1]) - 2 for i in atom] for atom in matrix_local]
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m_zeta = [[float(i[2]) for i in atom] for atom in matrix_local]
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return (k_loc_max, m_coef, m_n, m_zeta)
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def get_non_local_stuff(matrix):
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matrix_unlocal_unpad = [atom[1:] for atom in matrix]
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l_max_block = max(len(i) for i in matrix_unlocal_unpad)
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k_max = max([len(item) for row in matrix_unlocal_unpad for item in row])
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matrix_unlocal_semipaded = [[pad(item, k_max, [0., 2, 0.]) for item in row] for row in matrix_unlocal_unpad]
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empty_row = [[0., 2, 0.] for k in range(l_max_block)]
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matrix_unlocal = [ pad(ll, l_max_block, empty_row) for ll in matrix_unlocal_semipaded ]
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m_coef_noloc = [[[float(k[0]) for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
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m_n_noloc = [[[int(k[1]) - 2 for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
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||||||
m_zeta_noloc = [[[float(k[2]) for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
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return (l_max_block, k_max, m_coef_noloc, m_n_noloc, m_zeta_noloc)
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try:
|
try:
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pseudo_str = []
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lmax = 0
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label = ezfio.get_nuclei_nucl_label()
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nucl_charge_remove = []
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klocmax = 0
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kmax = 0
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nucl_num = len(res.geometry)
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for ecp in res.pseudo:
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for ecp in res.pseudo:
|
||||||
pseudo_str += [ "%(label)s GEN %(zcore)d %(lmax)d" % { "label": label[ ecp["atom"]-1 ],
|
lmax_local = ecp['lmax']
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||||||
"zcore": ecp["zcore"], "lmax": ecp["lmax"] } ]
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lmax = max(lmax_local,lmax)
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||||||
lmax = ecp["lmax"]
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nucl_charge_remove.append(ecp['zcore'])
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||||||
for l in [lmax] + list(range(0,lmax)):
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klocmax = max(klocmax, len(ecp[str(lmax_local)]))
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||||||
pseudo_str += [ "%d"%len(ecp[str(l)]) ]
|
for l in range(lmax_local):
|
||||||
for t in ecp[str(l)]:
|
kmax = max(kmax,len(ecp[str(l)]))
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||||||
pseudo_str += [ "%f %d %f"%t ]
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lmax = lmax-1
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||||||
pseudo_str += [""]
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ezfio.set_pseudo_pseudo_lmax(lmax)
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||||||
pseudo_str = "\n".join(pseudo_str)
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ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(nucl_charge_remove)
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||||||
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_klocmax(klocmax)
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||||||
matrix, array_l_max_block, array_z_remove = parse_str(pseudo_str)
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_kmax(kmax)
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array_z_remove = map(float,array_z_remove)
|
pseudo_n_k = [ [ 0 for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(klocmax) ]
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||||||
|
pseudo_v_k = [ [ 0. for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(klocmax) ]
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||||||
|
pseudo_dz_k = [ [ 0. for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(klocmax) ]
|
||||||
|
pseudo_n_kl = [ [ [ 0 for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(kmax) ] for _ in range(lmax+1) ]
|
||||||
|
pseudo_v_kl = [ [ [ 0. for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(kmax) ] for _ in range(lmax+1) ]
|
||||||
|
pseudo_dz_kl = [ [ [ 0. for _ in range(nucl_num) ] for _ in range(kmax) ] for _ in range(lmax+1) ]
|
||||||
|
for ecp in res.pseudo:
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|
lmax_local = ecp['lmax']
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klocmax = len(ecp[str(lmax_local)])
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atom = ecp['atom']-1
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for kloc in range(klocmax):
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try:
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v, n, dz = ecp[str(lmax_local)][kloc]
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pseudo_n_k[kloc][atom] = n-2
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||||||
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pseudo_v_k[kloc][atom] = v
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||||||
|
pseudo_dz_k[kloc][atom] = dz
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except:
|
except:
|
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|
pass
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for l in range(lmax_local):
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for k in range(kmax):
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try:
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v, n, dz = ecp[str(l)][k]
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pseudo_n_kl[l][k][atom] = n-2
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||||||
|
pseudo_v_kl[l][k][atom] = v
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||||||
|
pseudo_dz_kl[l][k][atom] = dz
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||||||
|
except:
|
||||||
|
pass
|
||||||
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ezfio.set_pseudo_pseudo_n_k(pseudo_n_k)
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ezfio.set_pseudo_pseudo_v_k(pseudo_v_k)
|
||||||
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_k(pseudo_dz_k)
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||||||
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_kl(pseudo_n_kl)
|
||||||
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_kl(pseudo_v_kl)
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||||||
|
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_kl(pseudo_dz_kl)
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n_alpha = res.num_alpha
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|
n_beta = res.num_beta
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for i in range(nucl_num):
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charge[i] -= nucl_charge_remove[i]
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n_alpha -= nucl_charge_remove[i]/2
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n_beta -= nucl_charge_remove[i]/2
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ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
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ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(n_alpha)
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ezfio.set_electrons_elec_beta_num(n_beta)
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||||||
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except:
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raise
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ezfio.set_pseudo_do_pseudo(False)
|
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(False)
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||||||
else:
|
else:
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ezfio.set_pseudo_do_pseudo(True)
|
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(True)
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||||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
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# Z _ e f f , a l p h a / b e t a _ e l e c #
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# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
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ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(array_z_remove)
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charge = ezfio.get_nuclei_nucl_charge()
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charge = [ i - j for i, j in zip(charge, array_z_remove) ]
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ezfio.set_nuclei_nucl_charge (charge)
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import math
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num_elec_diff = sum(array_z_remove)/2
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nalpha = ezfio.get_electrons_elec_alpha_num() - num_elec_diff
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nbeta = ezfio.get_electrons_elec_beta_num() - num_elec_diff
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ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(nalpha)
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ezfio.set_electrons_elec_beta_num( nbeta )
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# Change all the array 'cause EZFIO
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# v_kl (v, l) => v_kl(l,v)
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# v_kl => zip(*_v_kl)
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# [[7.0, 79.74474797, -49.45159098], [1.0, 5.41040609, -4.60151975]]
|
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||||||
# [(7.0, 1.0), (79.74474797, 5.41040609), (-49.45159098, -4.60151975)]
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# ~#~#~#~#~ #
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# L o c a l #
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# ~#~#~#~#~ #
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klocmax, m_coef, m_n, m_zeta = get_local_stuff(matrix)
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ezfio.pseudo_pseudo_klocmax = klocmax
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ezfio.pseudo_pseudo_v_k = zip(*m_coef)
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||||||
ezfio.pseudo_pseudo_n_k = zip(*m_n)
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||||||
ezfio.pseudo_pseudo_dz_k = zip(*m_zeta)
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||||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
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||||||
# N o n _ L o c a l #
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# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
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l_max_block, k_max, m_coef_noloc, m_n_noloc, m_zeta_noloc = get_non_local_stuff(
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matrix)
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ezfio.pseudo_pseudo_lmax = l_max_block - 1
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ezfio.pseudo_pseudo_kmax = k_max
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ezfio.pseudo_pseudo_v_kl = zip(*m_coef_noloc)
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ezfio.pseudo_pseudo_n_kl = zip(*m_n_noloc)
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ezfio.pseudo_pseudo_dz_kl = zip(*m_zeta_noloc)
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def get_full_path(file_path):
|
def get_full_path(file_path):
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