mirror of
https://github.com/LCPQ/quantum_package
synced 2025-01-03 18:16:12 +01:00
Merge branch 'LCPQ-master'
Conflicts: scripts/module/module_handler.py
This commit is contained in:
commit
9e32c9250e
@ -35,7 +35,7 @@ OPENMP : 1 ; Append OpenMP flags
|
||||
# -ffast-math and the Fortran-specific
|
||||
# -fno-protect-parens and -fstack-arrays.
|
||||
[OPT]
|
||||
FCFLAGS : -Ofast -march=native
|
||||
FCFLAGS : -Ofast
|
||||
|
||||
# Profiling flags
|
||||
#################
|
||||
|
||||
34
plugins/CAS_SD/.gitignore
vendored
34
plugins/CAS_SD/.gitignore
vendored
@ -1,34 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Davidson
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Generators_CAS
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
cas_s
|
||||
cas_s_selected
|
||||
cas_sd
|
||||
cas_sd_selected
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
28
plugins/CID/.gitignore
vendored
28
plugins/CID/.gitignore
vendored
@ -1,28 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Utils
|
||||
cid
|
||||
cid_lapack
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
31
plugins/CID_SC2_selected/.gitignore
vendored
31
plugins/CID_SC2_selected/.gitignore
vendored
@ -1,31 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
CID
|
||||
CID_selected
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Utils
|
||||
cid_sc2_selection
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
30
plugins/CID_selected/.gitignore
vendored
30
plugins/CID_selected/.gitignore
vendored
@ -1,30 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
CID
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Utils
|
||||
cid_selection
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
28
plugins/CIS/.gitignore
vendored
28
plugins/CIS/.gitignore
vendored
@ -1,28 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Utils
|
||||
cis
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
super_ci
|
||||
tags
|
||||
29
plugins/CISD/.gitignore
vendored
29
plugins/CISD/.gitignore
vendored
@ -1,29 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
cisd
|
||||
cisd_lapack
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
31
plugins/CISD_SC2_selected/.gitignore
vendored
31
plugins/CISD_SC2_selected/.gitignore
vendored
@ -1,31 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
CISD
|
||||
CISD_selected
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Utils
|
||||
cisd_sc2_selection
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
31
plugins/CISD_selected/.gitignore
vendored
31
plugins/CISD_selected/.gitignore
vendored
@ -1,31 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
CISD
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
cisd_selection
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
23
plugins/Casino/.gitignore
vendored
23
plugins/Casino/.gitignore
vendored
@ -1,23 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Utils
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
save_for_casino
|
||||
tags
|
||||
29
plugins/DDCI_selected/.gitignore
vendored
29
plugins/DDCI_selected/.gitignore
vendored
@ -1,29 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Generators_CAS
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
Utils
|
||||
ddci
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
13
plugins/DensityMatrix/.gitignore
vendored
13
plugins/DensityMatrix/.gitignore
vendored
@ -1,13 +0,0 @@
|
||||
#
|
||||
# Do not modify this file. Add your ignored files to the gitignore
|
||||
# (without the dot at the beginning) file.
|
||||
#
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90.make
|
||||
tags
|
||||
Makefile.depend
|
||||
irpf90_entities
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
24
plugins/FCIdump/.gitignore
vendored
24
plugins/FCIdump/.gitignore
vendored
@ -1,24 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
fcidump
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
34
plugins/Full_CI/.gitignore
vendored
34
plugins/Full_CI/.gitignore
vendored
@ -1,34 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Davidson
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Generators_full
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
full_ci
|
||||
full_ci_no_skip
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
target_pt2
|
||||
var_pt2_ratio
|
||||
23
plugins/Generators_CAS/.gitignore
vendored
23
plugins/Generators_CAS/.gitignore
vendored
@ -1,23 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Determinants
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Utils
|
||||
Pseudo
|
||||
Bitmask
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
Nuclei
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
25
plugins/Generators_full/.gitignore
vendored
25
plugins/Generators_full/.gitignore
vendored
@ -1,25 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Determinants
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Utils
|
||||
Pseudo
|
||||
Bitmask
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
MOGuess
|
||||
Nuclei
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
13
plugins/Generators_restart/.gitignore
vendored
13
plugins/Generators_restart/.gitignore
vendored
@ -1,13 +0,0 @@
|
||||
#
|
||||
# Do not modify this file. Add your ignored files to the gitignore
|
||||
# (without the dot at the beginning) file.
|
||||
#
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90.make
|
||||
tags
|
||||
Makefile.depend
|
||||
irpf90_entities
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
25
plugins/Hartree_Fock/.gitignore
vendored
25
plugins/Hartree_Fock/.gitignore
vendored
@ -1,25 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Huckel_guess
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
SCF
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
31
plugins/MP2/.gitignore
vendored
31
plugins/MP2/.gitignore
vendored
@ -1,31 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
mp2
|
||||
mp2_wf
|
||||
tags
|
||||
33
plugins/MRCC_Utils/.gitignore
vendored
33
plugins/MRCC_Utils/.gitignore
vendored
@ -1,33 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Davidson
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Generators_full
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Psiref_CAS
|
||||
Psiref_Utils
|
||||
Selectors_full
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
mrcc_dummy
|
||||
tags
|
||||
18
plugins/Molden/.gitignore
vendored
18
plugins/Molden/.gitignore
vendored
@ -1,18 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Utils
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
print_mo
|
||||
tags
|
||||
26
plugins/Perturbation/.gitignore
vendored
26
plugins/Perturbation/.gitignore
vendored
@ -1,26 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Determinants
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Utils
|
||||
Pseudo
|
||||
Properties
|
||||
Bitmask
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
MOGuess
|
||||
Nuclei
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
25
plugins/Properties/.gitignore
vendored
25
plugins/Properties/.gitignore
vendored
@ -1,25 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
print_hcc
|
||||
print_mulliken
|
||||
tags
|
||||
26
plugins/Psiref_CAS/.gitignore
vendored
26
plugins/Psiref_CAS/.gitignore
vendored
@ -1,26 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Davidson
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Psiref_Utils
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
overwrite_with_cas
|
||||
tags
|
||||
29
plugins/Psiref_Utils/.gitignore
vendored
29
plugins/Psiref_Utils/.gitignore
vendored
@ -1,29 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Generators_full
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MOGuess
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
Pseudo
|
||||
Selectors_full
|
||||
Utils
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
mrcc_general
|
||||
tags
|
||||
25
plugins/QmcChem/.gitignore
vendored
25
plugins/QmcChem/.gitignore
vendored
@ -1,25 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Determinants
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
save_for_qmcchem
|
||||
tags
|
||||
target_pt2_qmc
|
||||
25
plugins/Selectors_full/.gitignore
vendored
25
plugins/Selectors_full/.gitignore
vendored
@ -1,25 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Determinants
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Utils
|
||||
Pseudo
|
||||
Bitmask
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
MOGuess
|
||||
Nuclei
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
Integrals_Bielec
|
||||
13
plugins/Selectors_no_sorted/.gitignore
vendored
13
plugins/Selectors_no_sorted/.gitignore
vendored
@ -1,13 +0,0 @@
|
||||
#
|
||||
# Do not modify this file. Add your ignored files to the gitignore
|
||||
# (without the dot at the beginning) file.
|
||||
#
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90.make
|
||||
tags
|
||||
Makefile.depend
|
||||
irpf90_entities
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
19
plugins/SingleRefMethod/.gitignore
vendored
19
plugins/SingleRefMethod/.gitignore
vendored
@ -1,19 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Ezfio_files
|
||||
MO_Basis
|
||||
Utils
|
||||
Bitmask
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
Nuclei
|
||||
18
plugins/loc_cele/.gitignore
vendored
18
plugins/loc_cele/.gitignore
vendored
@ -1,18 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Utils
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
loc_cele
|
||||
tags
|
||||
@ -3,7 +3,7 @@
|
||||
convert output of gamess/GAU$$IAN to ezfio
|
||||
|
||||
Usage:
|
||||
qp_convert_output_to_ezfio.py <file.out> [-o <ezfio_directory>]
|
||||
qp_convert_output_to_ezfio.py <file.out> [--ezfio=<folder.ezfio>]
|
||||
|
||||
Option:
|
||||
file.out is the file to check (like gamess.out)
|
||||
@ -20,17 +20,18 @@ from functools import reduce
|
||||
# Add to the path #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
|
||||
try:
|
||||
QP_ROOT = os.environ["QP_ROOT"]
|
||||
except:
|
||||
print "Error: QP_ROOT environment variable not found."
|
||||
sys.exit(1)
|
||||
else:
|
||||
|
||||
sys.path = [ QP_ROOT + "/install/EZFIO/Python",
|
||||
QP_ROOT + "/resultsFile",
|
||||
QP_ROOT + "/scripts"] + sys.path
|
||||
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# I m p o r t #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~ #
|
||||
@ -271,7 +272,7 @@ def write_ezfio(res, filename):
|
||||
#
|
||||
|
||||
# INPUT
|
||||
# {% for label,zcore, l_block in l_atom $}
|
||||
# {% for lanel,zcore, l_block in l_atom $}
|
||||
# #local l_block l=0}
|
||||
# {label} GEN {zcore} {len(l_block)-1 #lmax_block}
|
||||
# {% for l_param in l_block%}
|
||||
@ -279,7 +280,6 @@ def write_ezfio(res, filename):
|
||||
# {% for coef,n,zeta for l_param}
|
||||
# {coef,n, zeta}
|
||||
|
||||
|
||||
# OUTPUT
|
||||
|
||||
# Local are 1 array padded by max(n_max_block) when l == 0 (output:k_loc_max)
|
||||
@ -309,16 +309,8 @@ def write_ezfio(res, filename):
|
||||
array_l_max_block.append(l_max_block)
|
||||
array_z_remove.append(z_remove)
|
||||
|
||||
x = [[coef_n_zeta.split() for coef_n_zeta in l.split('\n')] \
|
||||
for l in array_party[1:] ]
|
||||
x = []
|
||||
for l in array_party[1:]:
|
||||
y = []
|
||||
for coef_n_zeta in l.split('\n'):
|
||||
z = coef_n_zeta.split()
|
||||
if z : y.append(z)
|
||||
x.append(y)
|
||||
matrix.append(x)
|
||||
matrix.append([[coef_n_zeta.split()[1:] for coef_n_zeta in l.split('\n')] for l in array_party[1:]])
|
||||
|
||||
return (matrix, array_l_max_block, array_z_remove)
|
||||
|
||||
def get_local_stuff(matrix):
|
||||
@ -327,6 +319,7 @@ def write_ezfio(res, filename):
|
||||
k_loc_max = max(len(i) for i in matrix_local_unpad)
|
||||
|
||||
matrix_local = [ pad(ll, k_loc_max, [0., 2, 0.]) for ll in matrix_local_unpad]
|
||||
|
||||
m_coef = [[float(i[0]) for i in atom] for atom in matrix_local]
|
||||
m_n = [[int(i[1]) - 2 for i in atom] for atom in matrix_local]
|
||||
m_zeta = [[float(i[2]) for i in atom] for atom in matrix_local]
|
||||
@ -350,42 +343,26 @@ def write_ezfio(res, filename):
|
||||
return (l_max_block, k_max, m_coef_noloc, m_n_noloc, m_zeta_noloc)
|
||||
|
||||
try:
|
||||
pseudo_str = []
|
||||
label = ezfio.get_nuclei_nucl_label()
|
||||
for ecp in res.pseudo:
|
||||
pseudo_str += [ "%(label)s GEN %(zcore)d %(lmax)d" % { "label": label[ ecp["atom"]-1 ],
|
||||
"zcore": ecp["zcore"], "lmax": ecp["lmax"] } ]
|
||||
lmax = ecp["lmax"]
|
||||
for l in [lmax] + list(range(0,lmax)):
|
||||
pseudo_str += [ "%d"%len(ecp[str(l)]) ]
|
||||
for t in ecp[str(l)]:
|
||||
pseudo_str += [ "%f %d %f"%t ]
|
||||
pseudo_str += [""]
|
||||
pseudo_str = "\n".join(pseudo_str)
|
||||
|
||||
pseudo_str = res_file.get_pseudo()
|
||||
matrix, array_l_max_block, array_z_remove = parse_str(pseudo_str)
|
||||
array_z_remove = map(float,array_z_remove)
|
||||
|
||||
except:
|
||||
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(False)
|
||||
else:
|
||||
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(True)
|
||||
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# Z _ e f f , a l p h a / b e t a _ e l e c #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(array_z_remove)
|
||||
charge = ezfio.get_nuclei_nucl_charge()
|
||||
charge = [ i - j for i, j in zip(charge, array_z_remove) ]
|
||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge (charge)
|
||||
ezfio.pseudo_charge_remove = array_z_remove
|
||||
ezfio.nuclei_nucl_charge = [i - j for i, j in zip(ezfio.nuclei_nucl_charge, array_z_remove)]
|
||||
|
||||
import math
|
||||
num_elec_diff = sum(array_z_remove)/2
|
||||
nalpha = ezfio.get_electrons_elec_alpha_num() - num_elec_diff
|
||||
nbeta = ezfio.get_electrons_elec_beta_num() - num_elec_diff
|
||||
num_elec = sum(ezfio.nuclei_nucl_charge)
|
||||
|
||||
ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(nalpha)
|
||||
ezfio.set_electrons_elec_beta_num( nbeta )
|
||||
ezfio.electrons_elec_alpha_num = int(math.ceil(num_elec / 2.))
|
||||
ezfio.electrons_elec_beta_num = int(math.floor(num_elec / 2.))
|
||||
|
||||
# Change all the array 'cause EZFIO
|
||||
# v_kl (v, l) => v_kl(l,v)
|
||||
@ -431,8 +408,8 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
|
||||
file_ = get_full_path(arguments['<file.out>'])
|
||||
|
||||
if arguments["-o"]:
|
||||
ezfio_file = get_full_path(arguments["<ezfio_directory>"])
|
||||
if arguments["--ezfio"]:
|
||||
ezfio_file = get_full_path(arguments["--ezfio"])
|
||||
else:
|
||||
ezfio_file = "{0}.ezfio".format(file_)
|
||||
|
||||
@ -444,4 +421,3 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
print file_, 'recognized as', str(res_file).split('.')[-1].split()[0]
|
||||
|
||||
write_ezfio(res_file, ezfio_file)
|
||||
os.system("qp_run save_ortho_mos "+ezfio_file)
|
||||
|
||||
@ -253,6 +253,9 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
m.create_png(l_module)
|
||||
except RuntimeError:
|
||||
pass
|
||||
except SyntaxError:
|
||||
print "Warning: The graphviz API dropped support for python 2.6."
|
||||
pass
|
||||
|
||||
if arguments["clean"] or arguments["create_git_ignore"]:
|
||||
|
||||
@ -298,6 +301,7 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
# Don't update if we are not in the main repository
|
||||
from is_master_repository import is_master_repository
|
||||
if not is_master_repository:
|
||||
print >> sys.stderr, 'Not in the master repo'
|
||||
sys.exit(0)
|
||||
|
||||
path = os.path.join(module_abs, ".gitignore")
|
||||
|
||||
28
src/.gitignore
vendored
28
src/.gitignore
vendored
@ -1,28 +0,0 @@
|
||||
CAS_SD
|
||||
CID
|
||||
CID_SC2_selected
|
||||
CID_selected
|
||||
CIS
|
||||
CISD
|
||||
CISD_SC2_selected
|
||||
CISD_selected
|
||||
DDCI_selected
|
||||
DensityMatrix
|
||||
FCIdump
|
||||
Full_CI
|
||||
Generators_CAS
|
||||
Generators_full
|
||||
Generators_restart
|
||||
Hartree_Fock
|
||||
Molden
|
||||
MP2
|
||||
MRCC
|
||||
Perturbation
|
||||
Properties
|
||||
QmcChem
|
||||
Selectors_full
|
||||
Selectors_no_sorted
|
||||
SingleRefMethod
|
||||
Casino
|
||||
loc_cele
|
||||
Alavi
|
||||
15
src/AO_Basis/.gitignore
vendored
15
src/AO_Basis/.gitignore
vendored
@ -1,15 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Nuclei
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Utils
|
||||
18
src/Bitmask/.gitignore
vendored
18
src/Bitmask/.gitignore
vendored
@ -1,18 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Ezfio_files
|
||||
MO_Basis
|
||||
Utils
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
Nuclei
|
||||
13
src/Electrons/.gitignore
vendored
13
src/Electrons/.gitignore
vendored
@ -1,13 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Ezfio_files
|
||||
13
src/Ezfio_files/.gitignore
vendored
13
src/Ezfio_files/.gitignore
vendored
@ -1,13 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
README.rst
|
||||
22
src/Integrals_Bielec/.gitignore
vendored
22
src/Integrals_Bielec/.gitignore
vendored
@ -1,22 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Bitmask
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Utils
|
||||
ZMQ
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
qp_ao_ints
|
||||
tags
|
||||
test_integrals
|
||||
20
src/Integrals_Monoelec/.gitignore
vendored
20
src/Integrals_Monoelec/.gitignore
vendored
@ -1,20 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Utils
|
||||
check_orthonormality
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
save_ortho_mos
|
||||
tags
|
||||
20
src/MOGuess/.gitignore
vendored
20
src/MOGuess/.gitignore
vendored
@ -1,20 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
H_CORE_guess
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Integrals_Monoelec
|
||||
MO_Basis
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Pseudo
|
||||
Utils
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
17
src/MO_Basis/.gitignore
vendored
17
src/MO_Basis/.gitignore
vendored
@ -1,17 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
AO_Basis
|
||||
Electrons
|
||||
Ezfio_files
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
Nuclei
|
||||
Utils
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
swap_mos
|
||||
tags
|
||||
14
src/Nuclei/.gitignore
vendored
14
src/Nuclei/.gitignore
vendored
@ -1,14 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Utils
|
||||
15
src/Pseudo/.gitignore
vendored
15
src/Pseudo/.gitignore
vendored
@ -1,15 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
Nuclei
|
||||
Ezfio_files
|
||||
Utils
|
||||
12
src/Utils/.gitignore
vendored
12
src/Utils/.gitignore
vendored
@ -1,12 +0,0 @@
|
||||
# Automatically created by /home/razoa/quantum_package/scripts/module/module_handler.py
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
IRPF90_man
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
irpf90.make
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
build.ninja
|
||||
.ninja_log
|
||||
.ninja_deps
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
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