mirror of
https://github.com/LCPQ/quantum_package
synced 2024-06-22 13:12:16 +02:00
Same phase for the MOs than gamess
This commit is contained in:
TApplencourt
parent
263bdd0f6c
commit
99a9ba01e1
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@ -2,6 +2,11 @@
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print "#QP -> QMCPACK"
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print "#QP -> QMCPACK"
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# ___
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# | ._ o _|_
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||||||
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# _|_ | | | |_
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#
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from ezfio import ezfio
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from ezfio import ezfio
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import sys
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import sys
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@ -9,76 +14,99 @@ ezfio_path = sys.argv[1]
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ezfio.set_file(ezfio_path)
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ezfio.set_file(ezfio_path)
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do_pseudo = ezfio.get_pseudo_do_pseudo()
|
do_pseudo = ezfio.get_pseudo_do_pseudo()
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||||||
if do_pseudo:
|
if do_pseudo:
|
||||||
print "do_pseudo True"
|
print "do_pseudo True"
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zcore = ezfio.get_pseudo_nucl_charge_remove()
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zcore = ezfio.get_pseudo_nucl_charge_remove()
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||||||
else:
|
else:
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||||||
print "do_pseudo False"
|
print "do_pseudo False"
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||||||
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try:
|
try:
|
||||||
n_det =ezfio.get_determinants_n_det()
|
n_det = ezfio.get_determinants_n_det()
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except IOError:
|
except IOError:
|
||||||
n_det = 1
|
n_det = 1
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||||||
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||||||
if n_det == 1:
|
if n_det == 1:
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||||||
print "multi_det False"
|
print "multi_det False"
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||||||
else:
|
else:
|
||||||
print "multi_det True"
|
print "multi_det True"
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||||||
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||||||
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#
|
||||||
|
# |\/| o _ _
|
||||||
|
# | | | _> (_
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||||||
|
#
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||||||
ao_num = ezfio.get_ao_basis_ao_num()
|
ao_num = ezfio.get_ao_basis_ao_num()
|
||||||
print "ao_num", ao_num
|
print "ao_num", ao_num
|
||||||
|
|
||||||
mo_num = ezfio.get_mo_basis_mo_tot_num()
|
mo_num = ezfio.get_mo_basis_mo_tot_num()
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||||||
print "mo_num", mo_num
|
print "mo_num", mo_num
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||||||
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||||||
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alpha = ezfio.get_electrons_elec_alpha_num()
|
alpha = ezfio.get_electrons_elec_alpha_num()
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||||||
beta = ezfio.get_electrons_elec_beta_num()
|
beta = ezfio.get_electrons_elec_beta_num()
|
||||||
print "elec_alpha_num", alpha
|
print "elec_alpha_num", alpha
|
||||||
print "elec_beta_num", beta
|
print "elec_beta_num", beta
|
||||||
print "elec_tot_num", alpha + beta
|
print "elec_tot_num", alpha + beta
|
||||||
print "spin_multiplicity", 2*(alpha-beta)+1
|
print "spin_multiplicity", 2 * (alpha - beta) + 1
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||||||
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||||||
l_label = ezfio.get_nuclei_nucl_label()
|
l_label = ezfio.get_nuclei_nucl_label()
|
||||||
l_charge = ezfio.get_nuclei_nucl_charge()
|
l_charge = ezfio.get_nuclei_nucl_charge()
|
||||||
l_coord = ezfio.get_nuclei_nucl_coord()
|
l_coord = ezfio.get_nuclei_nucl_coord()
|
||||||
|
|
||||||
l_coord_str = [" ".join(map(str,i)) for i in l_coord]
|
l_coord_str = [" ".join(map(str, i)) for i in l_coord]
|
||||||
|
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||||||
print "nucl_num",len(l_label)
|
print "nucl_num", len(l_label)
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||||||
|
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||||||
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# _
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||||||
|
# / _ _ ._ _|
|
||||||
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# \_ (_) (_) | (_|
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||||||
|
#
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||||||
print "Atomic coord in Bohr"
|
print "Atomic coord in Bohr"
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||||||
|
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||||||
for i,t in enumerate(zip(l_label,l_charge,l_coord_str)):
|
for i, t in enumerate(zip(l_label, l_charge, l_coord_str)):
|
||||||
try :
|
try:
|
||||||
l = (t[0],t[1]+zcore[i],t[2])
|
l = (t[0], t[1] + zcore[i], t[2])
|
||||||
except NameError:
|
except NameError:
|
||||||
l = t
|
l = t
|
||||||
print " ".join(map(str,l))
|
print " ".join(map(str, l))
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||||||
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||||||
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#
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||||||
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# Call externet process to get the sysmetry
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#
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||||||
import subprocess
|
import subprocess
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||||||
process = subprocess.Popen(['qp_print_basis', ezfio_path], stdout=subprocess.PIPE)
|
process = subprocess.Popen(
|
||||||
|
['qp_print_basis', ezfio_path],
|
||||||
|
stdout=subprocess.PIPE)
|
||||||
out, err = process.communicate()
|
out, err = process.communicate()
|
||||||
|
|
||||||
basis_raw, sym_raw, mo_raw = out.split("\n\n\n")
|
basis_raw, sym_raw, _ = out.split("\n\n\n")
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||||||
|
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||||||
|
# _ __
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||||||
|
# |_) _. _ o _ (_ _ _|_
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||||||
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# |_) (_| _> | _> __) (/_ |_
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||||||
|
#
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
basis_without_header = "\n".join(basis_raw.split("\n")[7:])
|
basis_without_header = "\n".join(basis_raw.split("\n")[7:])
|
||||||
for i,l in enumerate(l_label):
|
for i, l in enumerate(l_label):
|
||||||
basis_without_header=basis_without_header.replace('Atom {0}'.format(i+1),l)
|
basis_without_header = basis_without_header.replace('Atom {0}'.format(i + 1), l)
|
||||||
|
|
||||||
print "BEGIN_BASIS_SET"
|
print "BEGIN_BASIS_SET"
|
||||||
print ""
|
print ""
|
||||||
print basis_without_header
|
print basis_without_header
|
||||||
print "END_BASIS_SET"
|
print "END_BASIS_SET"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
# _
|
# _
|
||||||
# |\/| / \ _
|
# |\/| / \ _
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||||||
# | | \_/ _>
|
# | | \_/ _>
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||||||
#
|
#
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||||||
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||||||
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#
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||||||
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# Function
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||||||
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#
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||||||
def same_character(item1):
|
def same_character(item1):
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||||||
return item1==item1[0]* len(item1)
|
return item1 == item1[0] * len(item1)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def compare_gamess_style(item1, item2):
|
def compare_gamess_style(item1, item2):
|
||||||
if len(item1) < len(item2):
|
if len(item1) < len(item2):
|
||||||
|
|
@ -92,123 +120,190 @@ def compare_gamess_style(item1, item2):
|
||||||
return 1
|
return 1
|
||||||
elif same_character(item1) and not same_character(item2):
|
elif same_character(item1) and not same_character(item2):
|
||||||
return -1
|
return -1
|
||||||
elif not same_character(item1) and same_character(item2):
|
elif not same_character(item1) and same_character(item2):
|
||||||
return 1
|
return 1
|
||||||
else:
|
else:
|
||||||
return compare_gamess_style(item1[:-1],item2[:-1])
|
return compare_gamess_style(item1[:-1], item2[:-1])
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def expend_and_order_sym(str_):
|
def expend_and_order_sym(str_):
|
||||||
#Expend
|
#Expend
|
||||||
for i,c in enumerate(str_):
|
for i, c in enumerate(str_):
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
n = int(c)
|
n = int(c)
|
||||||
except ValueError:
|
except ValueError:
|
||||||
pass
|
pass
|
||||||
else:
|
else:
|
||||||
str_ = str_[:i-1] + str_[i-1]*n + str_[i+1:]
|
str_ = str_[:i - 1] + str_[i - 1] * n + str_[i + 1:]
|
||||||
|
|
||||||
|
#Order by frequency
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||||||
|
return "".join(sorted(str_, key=str_.count, reverse=True))
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||||||
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||||||
#Order by frequency
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||||||
return "".join(sorted(str_,key=str_.count,reverse=True))
|
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||||||
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||||||
def get_nb_permutation(str_):
|
def get_nb_permutation(str_):
|
||||||
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||||||
l = len(str_)-1
|
l = len(str_) - 1
|
||||||
if l==0:
|
if l == 0:
|
||||||
return 1
|
return 1
|
||||||
else:
|
else:
|
||||||
return 2*(2*l + 1)
|
return 2 * (2 * l + 1)
|
||||||
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|
||||||
|
#==========================
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|
# We will order the symetry
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#==========================
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## We will order the symetry
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l_sym_without_header = sym_raw.split("\n")[3:-2]
|
l_sym_without_header = sym_raw.split("\n")[3:-2]
|
||||||
|
|
||||||
l_l_sym = [i.split() for i in l_sym_without_header]
|
l_l_sym = [i.split() for i in l_sym_without_header]
|
||||||
|
|
||||||
for l in l_l_sym:
|
for l in l_l_sym:
|
||||||
l[2] = expend_and_order_sym(l[2])
|
l[2] = expend_and_order_sym(l[2])
|
||||||
|
|
||||||
l_l_sym_iter = iter(l_l_sym)
|
l_l_sym_iter = iter(l_l_sym)
|
||||||
for i,l in enumerate(l_l_sym_iter):
|
for i, l in enumerate(l_l_sym_iter):
|
||||||
n = get_nb_permutation(l[2])
|
n = get_nb_permutation(l[2])
|
||||||
if n !=1:
|
if n != 1:
|
||||||
l_l_sym[i:i+n] = sorted(l_l_sym[i:i+n],key=lambda x : x[2], cmp=compare_gamess_style)
|
l_l_sym[i:i + n] = sorted(l_l_sym[i:i + n],
|
||||||
for next_ in range(n-1):
|
key=lambda x: x[2],
|
||||||
next(l_l_sym_iter)
|
cmp=compare_gamess_style)
|
||||||
|
for next_ in range(n - 1):
|
||||||
#Is orderd now
|
next(l_l_sym_iter)
|
||||||
|
|
||||||
l_block = mo_raw.split("\n\n")[5:-1]
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
l_block_format=[]
|
#========
|
||||||
|
#MO COEF
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||||||
|
#========
|
||||||
|
def order_phase(mo_coef):
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||||||
|
#Order
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||||||
|
mo_coef_phase = []
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||||||
|
import math
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||||||
|
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||||||
print ""
|
for i in mo_coef:
|
||||||
print "BEGIN_MO"
|
if abs(max(i)) > abs(min(i)):
|
||||||
for block in l_block:
|
sign_max = math.copysign(1, max(i))
|
||||||
print ""
|
else:
|
||||||
l_ligne = block.split("\n")
|
sign_max = math.copysign(1, min(i))
|
||||||
print l_ligne.pop(0)
|
|
||||||
|
|
||||||
for l in l_l_sym:
|
if sign_max == -1:
|
||||||
i = int(l[0]) - 1
|
ii = [-1 * l for l in i]
|
||||||
i_a = int(l[1]) - 1
|
else:
|
||||||
sym = l[2]
|
ii = i
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||||||
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|
||||||
print l_label[i_a],sym,l_ligne[i]
|
mo_coef_phase.append(ii)
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return mo_coef_phase
|
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||||||
print "END_MO"
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||||||
|
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||||||
|
def order_by_sim(mo_coef, l_l_sym):
|
||||||
|
l_sym_oder = [int(l[0]) - 1 for l in l_l_sym]
|
||||||
|
mo_coef_order = [[x for (y, x) in sorted(zip(l_sym_oder, i))]
|
||||||
|
for i in mo_coef]
|
||||||
|
return mo_coef_order
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
def chunked(mo_coef, chunks_size):
|
||||||
|
mo_coef_block = []
|
||||||
|
for i in mo_coef:
|
||||||
|
chunks = [i[x:x + chunks_size] for x in xrange(0, len(i), chunks_size)]
|
||||||
|
mo_coef_block.append(chunks)
|
||||||
|
return mo_coef_block
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
def print_mo_coef(mo_coef_block, l_l_sym):
|
||||||
|
print ""
|
||||||
|
print "BEGIN_MO"
|
||||||
|
print ""
|
||||||
|
len_block_curent = 0
|
||||||
|
nb_block = len(mo_coef_block[0])
|
||||||
|
for i_block in range(0, nb_block):
|
||||||
|
a = [i[i_block] for i in mo_coef_block]
|
||||||
|
|
||||||
|
print " ".join([str(
|
||||||
|
i + 1) for i in range(len_block_curent, len_block_curent + len(a[
|
||||||
|
0]))])
|
||||||
|
|
||||||
|
len_block_curent += len(a[0])
|
||||||
|
|
||||||
|
for l in l_l_sym:
|
||||||
|
i = int(l[0]) - 1
|
||||||
|
i_a = int(l[1]) - 1
|
||||||
|
sym = l[2]
|
||||||
|
|
||||||
|
print l_label[i_a], sym, " ".join('{: 3.8f}'.format(i)
|
||||||
|
for i in a[i])
|
||||||
|
|
||||||
|
if i_block != nb_block - 1:
|
||||||
|
print ""
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
print "END_MO"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
mo_coef = ezfio.get_mo_basis_mo_coef()
|
||||||
|
mo_coef_phase = order_phase(mo_coef)
|
||||||
|
mo_coef_phase_order = order_by_sim(mo_coef_phase, l_l_sym)
|
||||||
|
mo_coef_transp = zip(*mo_coef_phase_order)
|
||||||
|
mo_coef_block = chunked(mo_coef_transp, 4)
|
||||||
|
print_mo_coef(mo_coef_block, l_l_sym)
|
||||||
|
|
||||||
|
# _
|
||||||
|
# |_) _ _ _| _
|
||||||
|
# | _> (/_ |_| (_| (_)
|
||||||
|
#
|
||||||
if do_pseudo:
|
if do_pseudo:
|
||||||
print ""
|
print ""
|
||||||
print "BEGIN_PSEUDO"
|
print "BEGIN_PSEUDO"
|
||||||
klocmax = ezfio.get_pseudo_pseudo_klocmax()
|
klocmax = ezfio.get_pseudo_pseudo_klocmax()
|
||||||
kmax = ezfio.get_pseudo_pseudo_kmax()
|
kmax = ezfio.get_pseudo_pseudo_kmax()
|
||||||
lmax = ezfio.get_pseudo_pseudo_lmax()
|
lmax = ezfio.get_pseudo_pseudo_lmax()
|
||||||
|
|
||||||
|
n_k = ezfio.get_pseudo_pseudo_n_k()
|
||||||
n_k = ezfio.get_pseudo_pseudo_n_k()
|
v_k = ezfio.get_pseudo_pseudo_v_k()
|
||||||
v_k = ezfio.get_pseudo_pseudo_v_k()
|
dz_k = ezfio.get_pseudo_pseudo_dz_k()
|
||||||
dz_k = ezfio.get_pseudo_pseudo_dz_k()
|
|
||||||
|
n_kl = ezfio.get_pseudo_pseudo_n_kl()
|
||||||
n_kl = ezfio.get_pseudo_pseudo_n_kl()
|
v_kl = ezfio.get_pseudo_pseudo_v_kl()
|
||||||
v_kl = ezfio.get_pseudo_pseudo_v_kl()
|
dz_kl = ezfio.get_pseudo_pseudo_dz_kl()
|
||||||
dz_kl = ezfio.get_pseudo_pseudo_dz_kl()
|
|
||||||
|
def list_to_string(l):
|
||||||
def list_to_string(l):
|
return " ".join(map(str, l))
|
||||||
return " ".join(map(str,l))
|
|
||||||
|
for i, a in enumerate(l_label):
|
||||||
for i,a in enumerate(l_label):
|
|
||||||
|
l_str = []
|
||||||
l_str = []
|
|
||||||
|
l_dump = []
|
||||||
l_dump = []
|
for k in range(klocmax):
|
||||||
for k in range(klocmax):
|
if v_k[k][i]:
|
||||||
if v_k[k][i]:
|
l_ = list_to_string([v_k[k][i], n_k[k][i] + 2, dz_k[k][i]])
|
||||||
l_ = list_to_string([v_k[k][i], n_k[k][i]+2, dz_k[k][i]])
|
l_dump.append(l_)
|
||||||
l_dump.append(l_)
|
|
||||||
|
l_str.append(l_dump)
|
||||||
l_str.append(l_dump)
|
for l in range(lmax + 1):
|
||||||
for l in range(lmax+1):
|
l_dump = []
|
||||||
l_dump = []
|
for k in range(kmax):
|
||||||
for k in range(kmax):
|
if v_kl[l][k][i]:
|
||||||
if v_kl[l][k][i]:
|
l_ = list_to_string([v_kl[l][k][i], n_kl[l][k][i] + 2,
|
||||||
l_ = list_to_string([v_kl[l][k][i], n_kl[l][k][i]+2, dz_kl[l][k][i]])
|
dz_kl[l][k][i]])
|
||||||
l_dump.append(l_)
|
l_dump.append(l_)
|
||||||
if l_dump:
|
if l_dump:
|
||||||
l_str.append(l_dump)
|
l_str.append(l_dump)
|
||||||
|
|
||||||
str_ = "PARAMETERS FOR {0} ON ATOM {1} WITH ZCORE {2} AND LMAX {3} ARE"
|
str_ = "PARAMETERS FOR {0} ON ATOM {1} WITH ZCORE {2} AND LMAX {3} ARE"
|
||||||
print str_.format(a,i+1,int(zcore[i]),int(len(l_str)-1))
|
print str_.format(a, i + 1, int(zcore[i]), int(len(l_str) - 1))
|
||||||
|
|
||||||
for i, l in enumerate(l_str):
|
for i, l in enumerate(l_str):
|
||||||
str_ = "FOR L= {0} COEFF N ZETA"
|
str_ = "FOR L= {0} COEFF N ZETA"
|
||||||
print str_.format(int(len(l_str)-i-1))
|
print str_.format(int(len(l_str) - i - 1))
|
||||||
for ii, ll in enumerate(l):
|
for ii, ll in enumerate(l):
|
||||||
print " ",ii+1, ll
|
print " ", ii + 1, ll
|
||||||
|
|
||||||
str_ = "THE ECP RUN REMOVES {0} CORE ELECTRONS, AND THE SAME NUMBER OF PROTONS."
|
str_ = "THE ECP RUN REMOVES {0} CORE ELECTRONS, AND THE SAME NUMBER OF PROTONS."
|
||||||
print str_.format(sum(zcore))
|
print str_.format(sum(zcore))
|
||||||
print "END_PSEUDO"
|
print "END_PSEUDO"
|
||||||
|
|
||||||
|
# _
|
||||||
|
# | \ _ _|_
|
||||||
|
# |_/ (/_ |_
|
||||||
|
#
|
||||||
print ""
|
print ""
|
||||||
print "BEGIN_DET"
|
print "BEGIN_DET"
|
||||||
print ""
|
print ""
|
||||||
|
|
@ -219,18 +314,17 @@ print ""
|
||||||
psi_det = ezfio.get_determinants_psi_det()
|
psi_det = ezfio.get_determinants_psi_det()
|
||||||
psi_coef = ezfio.get_determinants_psi_coef()[0]
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psi_coef = ezfio.get_determinants_psi_coef()[0]
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for c, (l_det_bit_alpha, l_det_bit_beta) in zip(psi_coef, psi_det):
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print c
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for det in l_det_bit_alpha:
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bin_det_raw = "{0:b}".format(det)[::-1]
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bin_det = bin_det_raw + "0" * (mo_num - len(bin_det_raw))
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print bin_det
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for c, (l_det_bit_alpha, l_det_bit_beta) in zip(psi_coef,psi_det):
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for det in l_det_bit_beta:
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print c
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bin_det_raw = "{0:b}".format(det)[::-1]
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for det in l_det_bit_alpha:
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bin_det = bin_det_raw + "0" * (mo_num - len(bin_det_raw))
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bin_det_raw = "{0:b}".format(det)[::-1]
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print bin_det
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bin_det = bin_det_raw+"0"*(mo_num-len(bin_det_raw))
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print ""
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print bin_det
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for det in l_det_bit_beta:
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bin_det_raw = "{0:b}".format(det)[::-1]
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bin_det = bin_det_raw+"0"*(mo_num-len(bin_det_raw))
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print bin_det
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print ""
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print "END_DET"
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print "END_DET"
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