mirror of
https://github.com/LCPQ/quantum_package
synced 2024-08-28 23:32:01 +02:00
Added bielec_integrals input in ocaml
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fea8dfd891
commit
844553e9e2
115
ocaml/Input.ml
115
ocaml/Input.ml
@ -2,119 +2,8 @@ open Qputils;;
|
|||||||
open Qptypes;;
|
open Qptypes;;
|
||||||
open Core.Std;;
|
open Core.Std;;
|
||||||
|
|
||||||
module Ao_basis : sig
|
|
||||||
type t
|
|
||||||
val read : unit -> t
|
|
||||||
val to_string : t -> string
|
|
||||||
end = struct
|
|
||||||
type t =
|
|
||||||
{ ao_basis : string ;
|
|
||||||
ao_num : AO_number.t ;
|
|
||||||
ao_prim_num : Strictly_positive_int.t array;
|
|
||||||
ao_prim_num_max : Strictly_positive_int.t;
|
|
||||||
ao_nucl : Nucl_number.t array;
|
|
||||||
ao_power : Symmetry.Xyz.t array;
|
|
||||||
ao_coef : float array;
|
|
||||||
ao_expo : Positive_float.t array;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_basis () =
|
include Input_ao_basis;;
|
||||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_basis ()) then
|
include Input_bi_integrals;;
|
||||||
Ezfio.set_ao_basis_ao_basis ""
|
|
||||||
;
|
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_basis ()
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_num () =
|
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_num ()
|
|
||||||
|> AO_number.of_int
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_prim_num () =
|
|
||||||
(Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num () ).Ezfio.data
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
|
||||||
|> Array.map ~f:Strictly_positive_int.of_int
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_prim_num_max () =
|
|
||||||
(Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num () ).Ezfio.data
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
|
||||||
|> Array.fold ~f:(fun x y -> if x>y then x else y) ~init:0
|
|
||||||
|> Strictly_positive_int.of_int
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_nucl () =
|
|
||||||
(Ezfio.get_ao_basis_ao_nucl () ).Ezfio.data
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
|
||||||
|> Array.map ~f:Nucl_number.of_int
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_power () =
|
|
||||||
let x = Ezfio.get_ao_basis_ao_power () in
|
|
||||||
let dim = x.Ezfio.dim.(0) in
|
|
||||||
let data = Ezfio.flattened_ezfio_data x.Ezfio.data in
|
|
||||||
let result = Array.init dim ~f:(fun x -> "") in
|
|
||||||
for i=1 to dim
|
|
||||||
do
|
|
||||||
if (data.(i-1) > 0) then
|
|
||||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"x"^(Int.to_string data.(i-1));
|
|
||||||
if (data.(dim+i-1) > 0) then
|
|
||||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"y"^(Int.to_string data.(dim+i-1));
|
|
||||||
if (data.(2*dim+i-1) > 0) then
|
|
||||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"z"^(Int.to_string data.(2*dim+i-1));
|
|
||||||
done;
|
|
||||||
Array.map ~f:Symmetry.Xyz.of_string result
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_coef () =
|
|
||||||
(Ezfio.get_ao_basis_ao_coef () ).Ezfio.data
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_expo () =
|
|
||||||
(Ezfio.get_ao_basis_ao_expo () ).Ezfio.data
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
|
||||||
|> Array.map ~f:Positive_float.of_float
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read () =
|
|
||||||
{ ao_basis = read_ao_basis ();
|
|
||||||
ao_num = read_ao_num () ;
|
|
||||||
ao_prim_num = read_ao_prim_num ();
|
|
||||||
ao_prim_num_max = read_ao_prim_num_max ();
|
|
||||||
ao_nucl = read_ao_nucl ();
|
|
||||||
ao_power = read_ao_power ();
|
|
||||||
ao_coef = read_ao_coef () ;
|
|
||||||
ao_expo = read_ao_expo () ;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let to_string b =
|
|
||||||
Printf.sprintf "
|
|
||||||
ao_basis = \"%s\"
|
|
||||||
ao_num = %s
|
|
||||||
ao_prim_num = %s
|
|
||||||
ao_prim_num_max = %s
|
|
||||||
ao_nucl = %s
|
|
||||||
ao_power = %s
|
|
||||||
ao_coef = %s
|
|
||||||
ao_expo = %s
|
|
||||||
"
|
|
||||||
b.ao_basis
|
|
||||||
(AO_number.to_string b.ao_num)
|
|
||||||
(b.ao_prim_num |> Array.to_list |> List.map
|
|
||||||
~f:(Strictly_positive_int.to_string) |> String.concat ~sep:", " )
|
|
||||||
(Strictly_positive_int.to_string b.ao_prim_num_max)
|
|
||||||
(b.ao_nucl |> Array.to_list |> List.map ~f:Nucl_number.to_string |>
|
|
||||||
String.concat ~sep:", ")
|
|
||||||
(b.ao_power |> Array.to_list |> List.map ~f:(fun x->
|
|
||||||
"("^(Symmetry.Xyz.to_string x)^")" )|> String.concat ~sep:", ")
|
|
||||||
(b.ao_coef |> Array.to_list |> List.map ~f:Float.to_string
|
|
||||||
|> String.concat ~sep:", ")
|
|
||||||
(b.ao_expo |> Array.to_list |> List.map ~f:Positive_float.to_string
|
|
||||||
|> String.concat ~sep:", ")
|
|
||||||
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
120
ocaml/Input_ao_basis.ml
Normal file
120
ocaml/Input_ao_basis.ml
Normal file
@ -0,0 +1,120 @@
|
|||||||
|
open Qptypes;;
|
||||||
|
open Qputils;;
|
||||||
|
open Core.Std;;
|
||||||
|
|
||||||
|
module Ao_basis : sig
|
||||||
|
type t
|
||||||
|
val read : unit -> t
|
||||||
|
val to_string : t -> string
|
||||||
|
end = struct
|
||||||
|
type t =
|
||||||
|
{ ao_basis : string ;
|
||||||
|
ao_num : AO_number.t ;
|
||||||
|
ao_prim_num : Strictly_positive_int.t array;
|
||||||
|
ao_prim_num_max : Strictly_positive_int.t;
|
||||||
|
ao_nucl : Nucl_number.t array;
|
||||||
|
ao_power : Symmetry.Xyz.t array;
|
||||||
|
ao_coef : float array;
|
||||||
|
ao_expo : Positive_float.t array;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_ao_basis () =
|
||||||
|
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_basis ()) then
|
||||||
|
Ezfio.set_ao_basis_ao_basis ""
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_ao_basis_ao_basis ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_ao_num () =
|
||||||
|
Ezfio.get_ao_basis_ao_num ()
|
||||||
|
|> AO_number.of_int
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_ao_prim_num () =
|
||||||
|
(Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num () ).Ezfio.data
|
||||||
|
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
||||||
|
|> Array.map ~f:Strictly_positive_int.of_int
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_ao_prim_num_max () =
|
||||||
|
(Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num () ).Ezfio.data
|
||||||
|
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
||||||
|
|> Array.fold ~f:(fun x y -> if x>y then x else y) ~init:0
|
||||||
|
|> Strictly_positive_int.of_int
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_ao_nucl () =
|
||||||
|
(Ezfio.get_ao_basis_ao_nucl () ).Ezfio.data
|
||||||
|
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
||||||
|
|> Array.map ~f:Nucl_number.of_int
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_ao_power () =
|
||||||
|
let x = Ezfio.get_ao_basis_ao_power () in
|
||||||
|
let dim = x.Ezfio.dim.(0) in
|
||||||
|
let data = Ezfio.flattened_ezfio_data x.Ezfio.data in
|
||||||
|
let result = Array.init dim ~f:(fun x -> "") in
|
||||||
|
for i=1 to dim
|
||||||
|
do
|
||||||
|
if (data.(i-1) > 0) then
|
||||||
|
result.(i-1) <- result.(i-1)^"x"^(Int.to_string data.(i-1));
|
||||||
|
if (data.(dim+i-1) > 0) then
|
||||||
|
result.(i-1) <- result.(i-1)^"y"^(Int.to_string data.(dim+i-1));
|
||||||
|
if (data.(2*dim+i-1) > 0) then
|
||||||
|
result.(i-1) <- result.(i-1)^"z"^(Int.to_string data.(2*dim+i-1));
|
||||||
|
done;
|
||||||
|
Array.map ~f:Symmetry.Xyz.of_string result
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_ao_coef () =
|
||||||
|
(Ezfio.get_ao_basis_ao_coef () ).Ezfio.data
|
||||||
|
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_ao_expo () =
|
||||||
|
(Ezfio.get_ao_basis_ao_expo () ).Ezfio.data
|
||||||
|
|> Ezfio.flattened_ezfio_data
|
||||||
|
|> Array.map ~f:Positive_float.of_float
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read () =
|
||||||
|
{ ao_basis = read_ao_basis ();
|
||||||
|
ao_num = read_ao_num () ;
|
||||||
|
ao_prim_num = read_ao_prim_num ();
|
||||||
|
ao_prim_num_max = read_ao_prim_num_max ();
|
||||||
|
ao_nucl = read_ao_nucl ();
|
||||||
|
ao_power = read_ao_power ();
|
||||||
|
ao_coef = read_ao_coef () ;
|
||||||
|
ao_expo = read_ao_expo () ;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let to_string b =
|
||||||
|
Printf.sprintf "
|
||||||
|
ao_basis = \"%s\"
|
||||||
|
ao_num = %s
|
||||||
|
ao_prim_num = %s
|
||||||
|
ao_prim_num_max = %s
|
||||||
|
ao_nucl = %s
|
||||||
|
ao_power = %s
|
||||||
|
ao_coef = %s
|
||||||
|
ao_expo = %s
|
||||||
|
"
|
||||||
|
b.ao_basis
|
||||||
|
(AO_number.to_string b.ao_num)
|
||||||
|
(b.ao_prim_num |> Array.to_list |> List.map
|
||||||
|
~f:(Strictly_positive_int.to_string) |> String.concat ~sep:", " )
|
||||||
|
(Strictly_positive_int.to_string b.ao_prim_num_max)
|
||||||
|
(b.ao_nucl |> Array.to_list |> List.map ~f:Nucl_number.to_string |>
|
||||||
|
String.concat ~sep:", ")
|
||||||
|
(b.ao_power |> Array.to_list |> List.map ~f:(fun x->
|
||||||
|
"("^(Symmetry.Xyz.to_string x)^")" )|> String.concat ~sep:", ")
|
||||||
|
(b.ao_coef |> Array.to_list |> List.map ~f:Float.to_string
|
||||||
|
|> String.concat ~sep:", ")
|
||||||
|
(b.ao_expo |> Array.to_list |> List.map ~f:Positive_float.to_string
|
||||||
|
|> String.concat ~sep:", ")
|
||||||
|
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
|
126
ocaml/Input_bi_integrals.ml
Normal file
126
ocaml/Input_bi_integrals.ml
Normal file
@ -0,0 +1,126 @@
|
|||||||
|
open Qptypes;;
|
||||||
|
open Qputils;;
|
||||||
|
open Core.Std;;
|
||||||
|
|
||||||
|
module Bielec_integrals : sig
|
||||||
|
type t
|
||||||
|
val read : unit -> t
|
||||||
|
val to_string : t -> string
|
||||||
|
end = struct
|
||||||
|
type t =
|
||||||
|
{ read_ao_integrals : bool;
|
||||||
|
read_mo_integrals : bool;
|
||||||
|
write_ao_integrals : bool;
|
||||||
|
write_mo_integrals : bool;
|
||||||
|
threshold_ao : Positive_float.t;
|
||||||
|
threshold_mo : Positive_float.t;
|
||||||
|
direct : bool;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let get_default = Qpackage.get_ezfio_default "bielec_integrals";;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_read_ao_integrals () =
|
||||||
|
if not (Ezfio.has_bielec_integrals_read_ao_integrals ()) then
|
||||||
|
get_default "read_ao_integrals"
|
||||||
|
|> Bool.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_bielec_integrals_read_ao_integrals
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_bielec_integrals_read_ao_integrals ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_read_mo_integrals () =
|
||||||
|
if not (Ezfio.has_bielec_integrals_read_mo_integrals ()) then
|
||||||
|
get_default "read_mo_integrals"
|
||||||
|
|> Bool.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_bielec_integrals_read_mo_integrals
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_bielec_integrals_read_mo_integrals ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_write_ao_integrals () =
|
||||||
|
if not (Ezfio.has_bielec_integrals_write_ao_integrals ()) then
|
||||||
|
get_default "write_ao_integrals"
|
||||||
|
|> Bool.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_bielec_integrals_write_ao_integrals
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_bielec_integrals_write_ao_integrals ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_write_mo_integrals () =
|
||||||
|
if not (Ezfio.has_bielec_integrals_write_mo_integrals ()) then
|
||||||
|
get_default "write_mo_integrals"
|
||||||
|
|> Bool.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_bielec_integrals_write_mo_integrals
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_bielec_integrals_write_mo_integrals ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_direct () =
|
||||||
|
if not (Ezfio.has_bielec_integrals_direct ()) then
|
||||||
|
get_default "direct"
|
||||||
|
|> Bool.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_bielec_integrals_direct
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_bielec_integrals_direct ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_threshold_ao () =
|
||||||
|
if not (Ezfio.has_bielec_integrals_threshold_ao ()) then
|
||||||
|
get_default "threshold_ao"
|
||||||
|
|> Float.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_bielec_integrals_threshold_ao
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_bielec_integrals_threshold_ao ()
|
||||||
|
|> Positive_float.of_float
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read_threshold_mo () =
|
||||||
|
if not (Ezfio.has_bielec_integrals_threshold_mo ()) then
|
||||||
|
get_default "threshold_mo"
|
||||||
|
|> Float.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_bielec_integrals_threshold_mo
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_bielec_integrals_threshold_mo ()
|
||||||
|
|> Positive_float.of_float
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let read ()=
|
||||||
|
let result =
|
||||||
|
{ read_ao_integrals = read_read_ao_integrals();
|
||||||
|
read_mo_integrals = read_read_mo_integrals () ;
|
||||||
|
write_ao_integrals = read_write_ao_integrals ();
|
||||||
|
write_mo_integrals = read_write_mo_integrals ();
|
||||||
|
threshold_ao = read_threshold_ao ();
|
||||||
|
threshold_mo = read_threshold_mo ();
|
||||||
|
direct = read_direct () ;
|
||||||
|
} in
|
||||||
|
if (result.read_ao_integrals &&
|
||||||
|
result.write_ao_integrals) then
|
||||||
|
failwith "Read and Write AO integrals are both true.";
|
||||||
|
if (result.read_mo_integrals &&
|
||||||
|
result.write_mo_integrals) then
|
||||||
|
failwith "Read and Write MO integrals are both true.";
|
||||||
|
result
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
let to_string b =
|
||||||
|
Printf.sprintf "
|
||||||
|
read_ao_integrals = %s
|
||||||
|
read_mo_integrals = %s
|
||||||
|
write_ao_integrals = %s
|
||||||
|
write_mo_integrals = %s
|
||||||
|
threshold_ao = %s
|
||||||
|
threshold_mo = %s
|
||||||
|
direct = %s
|
||||||
|
"
|
||||||
|
(Bool.to_string b.read_ao_integrals)
|
||||||
|
(Bool.to_string b.read_mo_integrals)
|
||||||
|
(Bool.to_string b.write_ao_integrals)
|
||||||
|
(Bool.to_string b.write_mo_integrals)
|
||||||
|
(Positive_float.to_string b.threshold_ao)
|
||||||
|
(Positive_float.to_string b.threshold_mo)
|
||||||
|
(Bool.to_string b.direct)
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -63,3 +63,34 @@ let executables = lazy (
|
|||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
let get_ezfio_default directory data =
|
||||||
|
let filename = root / "data/ezfio_defaults" in
|
||||||
|
let lines = In_channel.with_file filename ~f:(fun in_channel ->
|
||||||
|
In_channel.input_lines in_channel) in
|
||||||
|
let rec find_dir = function
|
||||||
|
| line :: rest ->
|
||||||
|
if ((String.strip line) = directory) then
|
||||||
|
rest
|
||||||
|
else
|
||||||
|
find_dir rest
|
||||||
|
| [] -> raise Not_found
|
||||||
|
in
|
||||||
|
let rec find_data = function
|
||||||
|
| line :: rest ->
|
||||||
|
if (line = "") then
|
||||||
|
raise Not_found
|
||||||
|
else if (line.[0] <> ' ') then
|
||||||
|
raise Not_found
|
||||||
|
else
|
||||||
|
begin
|
||||||
|
match (String.lsplit2 ~on:' ' (String.strip line)) with
|
||||||
|
| Some (l,r) ->
|
||||||
|
if (l = data) then (String.lowercase (String.strip r))
|
||||||
|
else find_data rest
|
||||||
|
| None -> raise Not_found
|
||||||
|
end
|
||||||
|
| [] -> raise Not_found
|
||||||
|
in
|
||||||
|
find_dir lines
|
||||||
|
|> find_data ;
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
@ -1,8 +1,15 @@
|
|||||||
let test_module () =
|
let test_ao () =
|
||||||
Ezfio.set_file "F2.ezfio" ;
|
Ezfio.set_file "F2.ezfio" ;
|
||||||
let b = Input.Ao_basis.read ()
|
let b = Input.Ao_basis.read ()
|
||||||
in
|
in
|
||||||
print_endline (Input.Ao_basis.to_string b);
|
print_endline (Input.Ao_basis.to_string b);
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
test_module ();;
|
let test_bielec_intergals () =
|
||||||
|
Ezfio.set_file "F2.ezfio" ;
|
||||||
|
let b = Input.Bielec_integrals.read ()
|
||||||
|
in
|
||||||
|
print_endline (Input.Bielec_integrals.to_string b);
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
test_bielec_intergals ();;
|
||||||
|
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