Cleaning
This commit is contained in:
parent
b4f7bc3724
commit
7d7626df53
|
|
@ -43,11 +43,6 @@ all_singles
|
|||
pt2_max 1.e-8
|
||||
do_pt2_end False
|
||||
|
||||
cassd
|
||||
n_det_max_cassd 10000
|
||||
pt2_max 1.e-4
|
||||
do_pt2_end True
|
||||
|
||||
hartree_fock
|
||||
n_it_scf_max 200
|
||||
thresh_scf 1.e-10
|
||||
|
|
@ -63,4 +58,4 @@ cisd_sc2_selected
|
|||
do_pt2_end True
|
||||
|
||||
properties
|
||||
z_one_point 3.9
|
||||
z_one_point 3.9
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -1,23 +0,0 @@
|
|||
cis_dressed
|
||||
n_state_cis 10
|
||||
n_core_cis 0
|
||||
n_act_cis mo_basis_mo_tot_num
|
||||
mp2_dressing false
|
||||
standard_doubles True
|
||||
en_2_2 false
|
||||
|
||||
cas_sd
|
||||
n_det_max_cas_sd 100000
|
||||
pt2_max 1.e-4
|
||||
do_pt2_end True
|
||||
var_pt2_ratio 0.75
|
||||
|
||||
all_singles
|
||||
n_det_max_fci 50000
|
||||
pt2_max 1.e-8
|
||||
do_pt2_end false
|
||||
|
||||
cassd
|
||||
n_det_max_cassd 10000
|
||||
pt2_max 1.e-4
|
||||
do_pt2_end True
|
||||
|
|
@ -12,6 +12,8 @@ fi
|
|||
source ${QPACKAGE_ROOT}/scripts/qp_include.sh
|
||||
|
||||
check_current_dir_is_module
|
||||
MODULE=$(basename $PWD)
|
||||
|
||||
|
||||
README="True"
|
||||
if [[ -f README.rst ]]
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -1,333 +0,0 @@
|
|||
#!/usr/bin/env python
|
||||
# -*- coding: utf-8 -*-
|
||||
"""
|
||||
Take a path in argv
|
||||
Check if EZFIO.cfg exists.
|
||||
EZFIO.cfg are in MODULE directories.
|
||||
create : ezfio_interface.irp.f
|
||||
folder_ezfio_inteface_config
|
||||
|
||||
Example EZFIO.cfg:
|
||||
```
|
||||
[thresh_SCF]
|
||||
doc: Threshold on the convergence of the Hartree Fock energy
|
||||
type: Threshold
|
||||
default: 1.e-10
|
||||
|
||||
[do_pt2_end]
|
||||
type: logical
|
||||
doc: If true, compute the PT2 at the end of the selection
|
||||
default: true
|
||||
```
|
||||
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import sys
|
||||
import os
|
||||
import os.path
|
||||
|
||||
import ConfigParser
|
||||
|
||||
from collections import defaultdict
|
||||
from collections import namedtuple
|
||||
|
||||
Type = namedtuple('Type', 'ocaml fortran')
|
||||
def bool_convertor(b):
|
||||
return ( b.lower() in [ "true", ".true." ] )
|
||||
|
||||
|
||||
def get_type_dict():
|
||||
"""
|
||||
This function makes the correspondance between the type of value read in
|
||||
ezfio.cfg into the f90 and Ocam Type
|
||||
return fancy_type[fancy_type] = namedtuple('Type', 'ocaml fortran')
|
||||
For example fancy_type['Ndet'].fortran = interger
|
||||
.ocaml = int
|
||||
"""
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~ #
|
||||
# I n i t #
|
||||
# ~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
# Dict to change ocaml LowLevel type into FortranLowLevel type
|
||||
ocaml_to_fortran = {"int": "integer",
|
||||
"float": "double precision",
|
||||
"logical": "logical",
|
||||
"string": "character*60"}
|
||||
|
||||
fancy_type = defaultdict(dict)
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# R a w _ t y p e #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
fancy_type['integer'] = Type("int", "integer")
|
||||
fancy_type['int'] = Type("int", "integer")
|
||||
|
||||
fancy_type['float'] = Type("float", "double precision")
|
||||
fancy_type['double precision'] = Type("float", "double precision")
|
||||
|
||||
fancy_type['logical'] = Type("bool", "logical")
|
||||
fancy_type['bool'] = Type("bool", "logical")
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# q p _ t y p e s #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
src = os.environ['QPACKAGE_ROOT'] + "/ocaml/qptypes_generator.ml"
|
||||
|
||||
with open(src, "r") as f:
|
||||
l = [i for i in f.read().splitlines() if i.strip().startswith("*")]
|
||||
|
||||
for i in l:
|
||||
ocaml_fancy_type = i.split()[1].strip()
|
||||
ocaml_type = i.split()[3]
|
||||
fortran_type = ocaml_to_fortran[ocaml_type]
|
||||
|
||||
fancy_type[ocaml_fancy_type] = Type(ocaml_type, fortran_type)
|
||||
|
||||
return dict(fancy_type)
|
||||
|
||||
|
||||
type_dict = get_type_dict()
|
||||
|
||||
|
||||
def get_dict_config_file(config_file_path, module_lower):
|
||||
"""
|
||||
Input:
|
||||
config_file_path is the config file path
|
||||
(for example FULL_PATH/EZFIO.cfg)
|
||||
module_lower is the MODULE name lowered
|
||||
(Ex fullci)
|
||||
|
||||
Return a dict d[provider_name] = {type,
|
||||
doc,
|
||||
ezfio_name,
|
||||
ezfio_dir,
|
||||
interface,
|
||||
default}
|
||||
|
||||
Type : Is a fancy_type named typle who containt fortran and ocaml type
|
||||
doc : Is the doc
|
||||
ezfio_name : Will be the name of the file
|
||||
ezfio_dir : Will be the folder who containt the ezfio_name
|
||||
* /ezfio_dir/ezfio_name
|
||||
* equal to MODULE_lower name for the moment.
|
||||
interface : The provider is a imput or a output
|
||||
if is a output:
|
||||
default : The default value
|
||||
|
||||
"""
|
||||
# ~#~#~#~ #
|
||||
# I n i t #
|
||||
# ~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
d = defaultdict(dict)
|
||||
l_info_required = ["doc", "interface"]
|
||||
l_info_optional = ["ezfio_name"]
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# L o a d _ C o n f i g #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
config_file = ConfigParser.ConfigParser()
|
||||
config_file.readfp(open(config_file_path))
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# F i l l _ d i c t #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
def error(o, p, c):
|
||||
"o option ; p provider_name ;c config_file_path"
|
||||
print "You need a {0} for {1} in {2}".format(o, p, c)
|
||||
|
||||
for section in config_file.sections():
|
||||
# pvd = provider
|
||||
pvd = section.lower()
|
||||
|
||||
# Create the dictionary who containt the value per default
|
||||
d_default = {"ezfio_name": pvd}
|
||||
|
||||
# Set the ezfio_dir
|
||||
d[pvd]["ezfio_dir"] = module_lower
|
||||
|
||||
# Check if type if avalaible
|
||||
type_ = config_file.get(section, "type")
|
||||
if type_ not in type_dict:
|
||||
print "{0} not avalaible. Choose in:".format(type_)
|
||||
print ", ".join([i for i in type_dict])
|
||||
sys.exit(1)
|
||||
else:
|
||||
d[pvd]["type"] = type_dict[type_]
|
||||
|
||||
# Fill the dict with REQUIRED information
|
||||
for option in l_info_required:
|
||||
try:
|
||||
d[pvd][option] = config_file.get(section, option)
|
||||
except ConfigParser.NoOptionError:
|
||||
error(option, pvd, config_file_path)
|
||||
sys.exit(1)
|
||||
|
||||
# Fill the dict with OPTIONAL information
|
||||
for option in l_info_optional:
|
||||
try:
|
||||
d[pvd][option] = config_file.get(section, option).lower()
|
||||
except ConfigParser.NoOptionError:
|
||||
d[pvd][option] = d_default[option]
|
||||
|
||||
# If interface is output we need a default value information
|
||||
if d[pvd]["interface"] == "input":
|
||||
try:
|
||||
d[pvd]["default"] = config_file.get(section, "default")
|
||||
except ConfigParser.NoOptionError:
|
||||
error("default", pvd, config_file_path)
|
||||
sys.exit(1)
|
||||
|
||||
return dict(d)
|
||||
|
||||
|
||||
def create_ezfio_provider(dict_ezfio_cfg):
|
||||
"""
|
||||
From dict d[provider_name] = {type,
|
||||
doc,
|
||||
ezfio_name,
|
||||
ezfio_dir,
|
||||
interface,
|
||||
default}
|
||||
create the a list who containt all the code for the provider
|
||||
return [code, ...]
|
||||
"""
|
||||
from ezfio_with_default import EZFIO_Provider
|
||||
|
||||
dict_code_provider = dict()
|
||||
|
||||
ez_p = EZFIO_Provider()
|
||||
for provider_name, dict_info in dict_ezfio_cfg.iteritems():
|
||||
if "default" in dict_info:
|
||||
ez_p.set_type(dict_info['type'].fortran)
|
||||
ez_p.set_name(provider_name)
|
||||
ez_p.set_doc(dict_info['doc'])
|
||||
ez_p.set_ezfio_dir(dict_info['ezfio_dir'])
|
||||
ez_p.set_ezfio_name(dict_info['ezfio_name'])
|
||||
ez_p.set_default(dict_info['default'])
|
||||
ez_p.set_output("output_%s" % dict_info['ezfio_dir'])
|
||||
|
||||
dict_code_provider[provider_name] = str(ez_p)
|
||||
|
||||
return dict_code_provider
|
||||
|
||||
|
||||
def save_ezfio_provider(path_head, dict_code_provider):
|
||||
"""
|
||||
Write in path_head/"ezfio_interface.irp.f" the value of dict_code_provider
|
||||
"""
|
||||
|
||||
path = "{0}/ezfio_interface.irp.f".format(path_head)
|
||||
|
||||
# print "Path = {}".format(path)
|
||||
|
||||
try:
|
||||
f = open(path, "r")
|
||||
except IOError:
|
||||
old_output = ""
|
||||
else:
|
||||
old_output = f.read()
|
||||
f.close()
|
||||
|
||||
output = "! DO NOT MODIFY BY HAND\n" + \
|
||||
"! Created by $QPACKAGE_ROOT/scripts/ezfio_interface.py\n" + \
|
||||
"! from file {0}/EZFIO.cfg\n".format(path_head) + \
|
||||
"\n"
|
||||
for provider_name, code in dict_code_provider.iteritems():
|
||||
output += str(code) + "\n"
|
||||
|
||||
if output != old_output:
|
||||
with open(path, "w") as f:
|
||||
f.write(output)
|
||||
|
||||
|
||||
def create_ezfio_config(dict_ezfio_cfg, opt, module_lower):
|
||||
"""
|
||||
From dict_ezfio_cfg[provider_name] = {type, default, ezfio_name,ezfio_dir,doc}
|
||||
Return the string ezfio_interface_config
|
||||
"""
|
||||
|
||||
result = [module_lower]
|
||||
lenmax = max([len(i) for i in dict_ezfio_cfg]) + 2
|
||||
l = sorted(dict_ezfio_cfg.keys())
|
||||
for provider_name in l:
|
||||
provider_info = dict_ezfio_cfg[provider_name]
|
||||
s = " {0} {1}".format(
|
||||
provider_name.lower().ljust(lenmax),
|
||||
provider_info["type"].fortran)
|
||||
result.append(s)
|
||||
return "\n".join(result)
|
||||
|
||||
|
||||
def save_ezfio_config(module_lower, str_ezfio_config):
|
||||
"""
|
||||
Write the str_ezfio_config in
|
||||
$QPACKAGE_ROOT/EZFIO/{0}.ezfio_interface_config".format(module_lower)
|
||||
"""
|
||||
|
||||
ezfio_dir = "{0}/EZFIO".format(os.environ['QPACKAGE_ROOT'])
|
||||
path = "{0}/config/{1}.ezfio_interface_config".format(ezfio_dir,
|
||||
module_lower)
|
||||
|
||||
# print "Path = {}".format(path)
|
||||
|
||||
try:
|
||||
f = open(path, "r")
|
||||
except IOError:
|
||||
old_output = ""
|
||||
else:
|
||||
old_output = f.read()
|
||||
f.close()
|
||||
|
||||
if str_ezfio_config != old_output:
|
||||
with open(path, "w") as f:
|
||||
f.write(str_ezfio_config)
|
||||
|
||||
|
||||
def main():
|
||||
"""
|
||||
Two condition:
|
||||
-Take the EZFIO.cfg path in arg
|
||||
or
|
||||
-Look if EZFIO.cfg is present in the pwd
|
||||
"""
|
||||
|
||||
try:
|
||||
config_file_path = sys.argv[1]
|
||||
except:
|
||||
config_file_path = "EZFIO.cfg"
|
||||
if "EZFIO.cfg" not in os.listdir(os.getcwd()):
|
||||
sys.exit(0)
|
||||
|
||||
config_file_path = os.path.expanduser(config_file_path)
|
||||
config_file_path = os.path.expandvars(config_file_path)
|
||||
config_file_path = os.path.abspath(config_file_path)
|
||||
# print config_file_path
|
||||
|
||||
path_dirname = os.path.dirname(config_file_path)
|
||||
module = [i for i in path_dirname.split("/") if i][-1]
|
||||
module_lower = module.lower()
|
||||
|
||||
# print "Read {0}".format(config_file_path)
|
||||
dict_info_provider = get_dict_config_file(config_file_path, module_lower)
|
||||
|
||||
# print "Generating the ezfio_interface.irp.f: \n"
|
||||
d_config = create_ezfio_provider(dict_info_provider)
|
||||
|
||||
# print "Saving the ezfio_interface.irp.f"
|
||||
save_ezfio_provider(path_dirname, d_config)
|
||||
|
||||
# print "Generating the ezfio_config"
|
||||
config_ezfio = create_ezfio_config(dict_info_provider, "config", module_lower)
|
||||
|
||||
# print "Saving ezfio_config"
|
||||
save_ezfio_config(module_lower, config_ezfio)
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
main()
|
||||
|
|
@ -48,16 +48,6 @@ then
|
|||
fi
|
||||
|
||||
|
||||
echo "${BLUE}===== Installing EZFIO ===== ${BLACK}"
|
||||
${QPACKAGE_ROOT}/scripts/install_ezfio.sh | tee install_ezfio.log
|
||||
|
||||
if [[ ! -d ${QPACKAGE_ROOT}/EZFIO ]]
|
||||
then
|
||||
echo $RED "Error in EZFIO installation" $BLACK
|
||||
exit 1
|
||||
fi
|
||||
|
||||
|
||||
echo "${BLUE}===== Installing Zlib ===== ${BLACK}"
|
||||
${QPACKAGE_ROOT}/scripts/install_zlib.sh | tee install_zlib.log
|
||||
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -1,82 +1,9 @@
|
|||
E(CAS+SD) = -3.93510180989509
|
||||
|
||||
-0.726935163332
|
||||
++++----
|
||||
++++----
|
||||
|
||||
0.685482292841
|
||||
+++-+---
|
||||
+++-+---
|
||||
|
||||
0.0409791961003
|
||||
++-+-+--
|
||||
++-+-+--
|
||||
|
||||
c2*c3/c1 = -0.038642391672
|
||||
|
||||
|
||||
-0.996413146877
|
||||
++++----
|
||||
++++----
|
||||
|
||||
-0.0598366139154
|
||||
++-+-+--
|
||||
+++-+---
|
||||
|
||||
-0.0598366139154
|
||||
+++-+---
|
||||
++-+-+--
|
||||
|
||||
|
||||
=======
|
||||
|
||||
0.706616635698
|
||||
+++-+---
|
||||
+++-+---
|
||||
|
||||
-0.692594178414
|
||||
++++----
|
||||
++++----
|
||||
|
||||
-0.0915716740265
|
||||
++-+-+--
|
||||
+++-+---
|
||||
|
||||
-0.0915716740265
|
||||
+++-+---
|
||||
++-+-+--
|
||||
|
||||
0.0461418323107
|
||||
++-+-+--
|
||||
++-+-+--
|
||||
|
||||
-0.0458957789452
|
||||
++--++--
|
||||
++--++--
|
||||
|
||||
|
||||
----
|
||||
|
||||
0.713102867186
|
||||
++++----
|
||||
++++----
|
||||
|
||||
-0.688067688244
|
||||
+++-+---
|
||||
+++-+---
|
||||
|
||||
0.089262694488
|
||||
+++-+---
|
||||
++-+-+--
|
||||
|
||||
0.089262694488
|
||||
++-+-+--
|
||||
+++-+---
|
||||
|
||||
-0.0459510603899
|
||||
++-+-+--
|
||||
++-+-+--
|
||||
|
||||
|
||||
===========
|
||||
MRCC Module
|
||||
===========
|
||||
|
||||
Needed Modules
|
||||
==============
|
||||
|
||||
Documentation
|
||||
=============
|
||||
|
|
|
|||
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