mirror of
https://github.com/LCPQ/quantum_package
synced 2024-09-27 03:51:01 +02:00
qp_plugins improved
This commit is contained in:
parent
485dcb83b0
commit
69f98a8160
4
TODO
4
TODO
@ -1,12 +1,10 @@
|
||||
* Virer tous les modules qui sont dans plugins
|
||||
* Separer integrales ERF
|
||||
|
||||
# qp_module
|
||||
|
||||
* Permettre aux utilisateurs de facilement deposer des plugins dans plugins via une commande
|
||||
* Permettre de descendre plus bas dans l'arborescence de plugins pour permettre des `git clone` dans le repertoire plugins
|
||||
* Mettre les fichiers de test dans le directory source
|
||||
* Mettre le fichier LIB
|
||||
* Mettre les fichiers install.sh dans les modules externes
|
||||
|
||||
# Web/doc
|
||||
|
||||
|
||||
@ -1,29 +1,32 @@
|
||||
IRPF90_temp/
|
||||
IRPF90_man/
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
tags
|
||||
# Automatically created by $QP_ROOT/scripts/module/module_handler.py
|
||||
.ninja_deps
|
||||
.ninja_log
|
||||
/home/scemama/quantum_package/src/tools/diagonalize_h
|
||||
/home/scemama/quantum_package/src/tools/fcidump
|
||||
/home/scemama/quantum_package/src/tools/four_idx_transform
|
||||
/home/scemama/quantum_package/src/tools/molden
|
||||
/home/scemama/quantum_package/src/tools/save_natorb
|
||||
/home/scemama/quantum_package/src/tools/save_ortho_mos
|
||||
/home/scemama/quantum_package/src/tools/write_integrals_erf
|
||||
IRPF90_man
|
||||
IRPF90_temp
|
||||
Makefile
|
||||
Makefile.depend
|
||||
ao_basis
|
||||
ao_one_e_integrals
|
||||
ao_two_e_integrals
|
||||
becke_numerical_grid
|
||||
bitmask
|
||||
cis
|
||||
cisd
|
||||
davidson
|
||||
davidson_dressed
|
||||
davidson_undressed
|
||||
determinants
|
||||
dressing
|
||||
dummy
|
||||
electrons
|
||||
ezfio_files
|
||||
ezfio_interface.irp.f
|
||||
fci
|
||||
generators_cas
|
||||
generators_full
|
||||
hartree_fock
|
||||
integrals_bielec
|
||||
irpf90.make
|
||||
irpf90_entities
|
||||
iterations
|
||||
mo_basis
|
||||
mo_guess
|
||||
@ -36,11 +39,9 @@ perturbation
|
||||
pseudo
|
||||
psiref_cas
|
||||
psiref_utils
|
||||
selectors_cassd
|
||||
scf_utils
|
||||
selectors_full
|
||||
selectors_utils
|
||||
single_ref_method
|
||||
slave
|
||||
tools
|
||||
tags
|
||||
utils
|
||||
zmq
|
||||
zmq
|
||||
@ -1,106 +0,0 @@
|
||||
! DO NOT MODIFY BY HAND
|
||||
! Created by $QP_ROOT/scripts/ezfio_interface/ei_handler.py
|
||||
! from file /home/loos/quantum_package/src/NOFT/EZFIO.cfg
|
||||
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ logical, do_jk_functionals ]
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Compute energies for JK-only functionals
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
logical :: has
|
||||
PROVIDE ezfio_filename
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
|
||||
call ezfio_has_noft_do_jk_functionals(has)
|
||||
if (has) then
|
||||
call ezfio_get_noft_do_jk_functionals(do_jk_functionals)
|
||||
else
|
||||
print *, 'noft/do_jk_functionals not found in EZFIO file'
|
||||
stop 1
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
include 'mpif.h'
|
||||
integer :: ierr
|
||||
call MPI_BCAST( do_jk_functionals, 1, MPI_LOGICAL, 0, MPI_COMM_WORLD, ierr)
|
||||
if (ierr /= MPI_SUCCESS) then
|
||||
stop 'Unable to read do_jk_functionals with MPI'
|
||||
endif
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
|
||||
call write_time(6)
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
write(6, *) 'Read do_jk_functionals'
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ logical, do_jkl_functionals ]
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Compute energies for JKL-only functionals (PNOFs)
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
logical :: has
|
||||
PROVIDE ezfio_filename
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
|
||||
call ezfio_has_noft_do_jkl_functionals(has)
|
||||
if (has) then
|
||||
call ezfio_get_noft_do_jkl_functionals(do_jkl_functionals)
|
||||
else
|
||||
print *, 'noft/do_jkl_functionals not found in EZFIO file'
|
||||
stop 1
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
include 'mpif.h'
|
||||
integer :: ierr
|
||||
call MPI_BCAST( do_jkl_functionals, 1, MPI_LOGICAL, 0, MPI_COMM_WORLD, ierr)
|
||||
if (ierr /= MPI_SUCCESS) then
|
||||
stop 'Unable to read do_jkl_functionals with MPI'
|
||||
endif
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
|
||||
call write_time(6)
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
write(6, *) 'Read do_jkl_functionals'
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ logical, do_pt2_noft ]
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Compute PT2 correction for NOFT
|
||||
END_DOC
|
||||
|
||||
logical :: has
|
||||
PROVIDE ezfio_filename
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
|
||||
call ezfio_has_noft_do_pt2_noft(has)
|
||||
if (has) then
|
||||
call ezfio_get_noft_do_pt2_noft(do_pt2_noft)
|
||||
else
|
||||
print *, 'noft/do_pt2_noft not found in EZFIO file'
|
||||
stop 1
|
||||
endif
|
||||
endif
|
||||
IRP_IF MPI
|
||||
include 'mpif.h'
|
||||
integer :: ierr
|
||||
call MPI_BCAST( do_pt2_noft, 1, MPI_LOGICAL, 0, MPI_COMM_WORLD, ierr)
|
||||
if (ierr /= MPI_SUCCESS) then
|
||||
stop 'Unable to read do_pt2_noft with MPI'
|
||||
endif
|
||||
IRP_ENDIF
|
||||
|
||||
call write_time(6)
|
||||
if (mpi_master) then
|
||||
write(6, *) 'Read do_pt2_noft'
|
||||
endif
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
@ -16,8 +16,11 @@ Options:
|
||||
import os
|
||||
import sys
|
||||
import os.path
|
||||
from collections import namedtuple
|
||||
import shutil
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
try:
|
||||
from docopt import docopt
|
||||
from qp_path import QP_SRC, QP_ROOT, QP_PLUGINS
|
||||
@ -34,8 +37,30 @@ def is_plugin(path_module_rel):
|
||||
return os.path.isfile(os.path.join(QP_PLUGINS, path_module_rel, "NEED"))
|
||||
|
||||
|
||||
def is_exe(fpath):
|
||||
return os.path.isfile(fpath) and os.access(fpath, os.X_OK) and not fpath.endswith(".py")
|
||||
def get_binaries(path_module):
|
||||
"""
|
||||
Return the list of binaries
|
||||
"""
|
||||
import subprocess
|
||||
|
||||
try:
|
||||
cmd = 'grep -l -i --regexp="^\\s*program\\s" {0}/*.irp.f'.format(path_module)
|
||||
process = subprocess.Popen([cmd],
|
||||
shell=True,
|
||||
stdout=subprocess.PIPE,
|
||||
stderr=subprocess.PIPE)
|
||||
stdout, stderr = process.communicate()
|
||||
except OSError:
|
||||
return []
|
||||
else:
|
||||
if not stdout:
|
||||
return []
|
||||
elif "No such file or directory" not in stdout:
|
||||
l_bin = [i.replace(".irp.f", "", 1) for i in stdout.split()]
|
||||
return [os.path.realpath(bin_) for bin_ in l_bin]
|
||||
else:
|
||||
return []
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
def get_dict_child(l_root_abs=None):
|
||||
@ -210,8 +235,7 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
for module in l_module:
|
||||
module_abs = os.path.realpath(os.path.join(QP_SRC, module))
|
||||
l_symlink = m.l_descendant_unique([module])
|
||||
l_exe = [f for f in os.listdir(module_abs)
|
||||
if is_exe(os.path.join(module_abs, f))]
|
||||
l_exe = get_binaries(module_abs)
|
||||
|
||||
if arguments["clean"]:
|
||||
for f in l_dir:
|
||||
@ -241,11 +265,6 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
|
||||
if arguments["create_git_ignore"]:
|
||||
|
||||
# Don't update if we are not in the main repository
|
||||
from is_master_repository import is_master_repository
|
||||
if not is_master_repository:
|
||||
sys.exit(0)
|
||||
|
||||
path = os.path.join(module_abs, ".gitignore")
|
||||
|
||||
with open(path, "w+") as f:
|
||||
@ -253,3 +272,5 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
l_text = l_dir + l_file + l_symlink + l_exe
|
||||
l_text.sort()
|
||||
f.write("\n".join(l_text))
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@ -23,6 +23,7 @@ Options:
|
||||
uninstall Uninstall a plugin
|
||||
|
||||
create -n <name> Create a new plugin named <name>
|
||||
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import sys
|
||||
@ -154,7 +155,7 @@ def main(arguments):
|
||||
)
|
||||
os.chdir(QP_PLUGINS)
|
||||
if is_repo:
|
||||
os.system("git clone %s"%(url))
|
||||
subprocess.check_call(["git", "clone", url])
|
||||
else:
|
||||
filename = url.split('/')[-1]
|
||||
|
||||
@ -171,7 +172,7 @@ def main(arguments):
|
||||
filename.endswith(".tgz") or \
|
||||
filename.endswith(".tar.bz2") or \
|
||||
filename.endswith(".tar"):
|
||||
os.system("tar xf "+filename)
|
||||
subprocess.check_call(["tar", "xf", filename])
|
||||
os.remove(filename)
|
||||
|
||||
elif arguments["install"]:
|
||||
@ -214,18 +215,13 @@ def main(arguments):
|
||||
des = os.path.join(QP_SRC, module_to_cp)
|
||||
try:
|
||||
os.symlink(src, des)
|
||||
install = os.path.join(src,"install")
|
||||
if os.path.isfile(install):
|
||||
subprocess.check_call([install])
|
||||
except OSError:
|
||||
print "Your src directory is broken. Please remove %s" % des
|
||||
print "The src directory is broken. Please remove %s" % des
|
||||
raise
|
||||
try:
|
||||
subprocess.check_call(["qp_create_ninja", "update"])
|
||||
except:
|
||||
raise
|
||||
|
||||
print "[ OK ]"
|
||||
print ""
|
||||
print "You can now compile as usual"
|
||||
print "`cd {0} ; ninja` for example".format(QP_ROOT)
|
||||
|
||||
elif arguments["uninstall"]:
|
||||
|
||||
@ -250,13 +246,15 @@ def main(arguments):
|
||||
|
||||
for module in set(l_name_to_remove):
|
||||
|
||||
try:
|
||||
subprocess.check_call(["module_handler.py", "clean", module])
|
||||
except:
|
||||
raise
|
||||
subprocess.check_call(["module_handler.py", "clean", module])
|
||||
|
||||
for module in set(l_name_to_remove):
|
||||
|
||||
uninstall = os.path.join(QP_SRC,module,"uninstall")
|
||||
print uninstall
|
||||
if os.path.isfile(uninstall):
|
||||
subprocess.check_call([uninstall])
|
||||
|
||||
try:
|
||||
os.unlink(os.path.join(QP_SRC, module))
|
||||
except OSError:
|
||||
|
||||
@ -1,15 +0,0 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python2
|
||||
|
||||
import os
|
||||
|
||||
QP_ROOT=os.environ["QP_ROOT"]
|
||||
|
||||
name_to_elec = {}
|
||||
with open(QP_ROOT+"/data/list_element.txt","r") as f:
|
||||
data = f.readlines()
|
||||
for line in data:
|
||||
b = line.split()
|
||||
name_to_elec[b[1]] = int(b[0])
|
||||
|
||||
if __name__ == '__main__':
|
||||
print name_to_elec
|
||||
@ -1,370 +0,0 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python2
|
||||
# -*- coding: utf-8 -*-
|
||||
"""
|
||||
Create the pseudo potential for a given atom
|
||||
|
||||
Usage:
|
||||
put_pseudo_in_ezfio.py <ezfio_path> <pseudo_name> [<db_dump_path>]
|
||||
|
||||
Help:
|
||||
atom is the Abreviation of the atom
|
||||
"""
|
||||
|
||||
|
||||
import os
|
||||
import sys
|
||||
from docopt import docopt
|
||||
|
||||
from subprocess import Popen, PIPE
|
||||
|
||||
qpackage_root = os.environ['QP_ROOT']
|
||||
|
||||
EZFIO = "{0}/install/EZFIO".format(qpackage_root)
|
||||
sys.path = [EZFIO + "/Python"] + sys.path
|
||||
|
||||
from ezfio import ezfio
|
||||
|
||||
import re
|
||||
p = re.compile(ur'\|(\d+)><\d+\|')
|
||||
|
||||
|
||||
def get_pseudo_str(db_dump_path,pseudo_name,l_atom):
|
||||
"""
|
||||
Run EMSL_local for getting the str of the pseudo potential
|
||||
|
||||
str_ele :
|
||||
Element Symbol: Na
|
||||
Number of replaced protons: 10
|
||||
Number of projectors: 2
|
||||
|
||||
Pseudopotential data:
|
||||
|
||||
Local component:
|
||||
Coeff. r^n Exp.
|
||||
1.00000000 -1 5.35838717
|
||||
5.35838717 1 3.67918975
|
||||
-2.07764789 0 1.60507673
|
||||
|
||||
Non-local component:
|
||||
Coeff. r^n Exp. Proj.
|
||||
10.69640234 0 1.32389367 |0><0|
|
||||
10.11238853 0 1.14052020 |1><1|
|
||||
"""
|
||||
|
||||
EMSL_root = "{0}/install/emsl/".format(qpackage_root)
|
||||
EMSL_path = "{0}/EMSL_api.py".format(EMSL_root)
|
||||
|
||||
str_ = ""
|
||||
|
||||
for a in l_atom:
|
||||
|
||||
if a is not 'X':
|
||||
l_cmd_atom = ["--atom", a]
|
||||
|
||||
l_cmd_head = [EMSL_path, "get_basis_data",
|
||||
"--db_dump_path", db_dump_path,
|
||||
"--basis", pseudo_name]
|
||||
|
||||
process = Popen(l_cmd_head + l_cmd_atom, stdout=PIPE, stderr=PIPE)
|
||||
|
||||
stdout, _ = process.communicate()
|
||||
str_ += stdout.strip() + "\n"
|
||||
|
||||
else: # Dummy atoms
|
||||
str_ += """Element Symbol: X
|
||||
Number of replaced protons: 0
|
||||
Number of projectors: 0
|
||||
|
||||
Pseudopotential data:
|
||||
|
||||
Local component:
|
||||
Coeff. r^n Exp.
|
||||
0.0 -1 0.
|
||||
0.0 1 0.
|
||||
0.0 0 0.
|
||||
|
||||
Non-local component:
|
||||
Coeff. r^n Exp. Proj.
|
||||
"""
|
||||
return str_
|
||||
|
||||
|
||||
def get_v_n_dz_local(str_ele):
|
||||
"""
|
||||
From a str_ele of the pseudo (aka only one ele in the str)
|
||||
get the list ussefull for the Local potential : v_k n_k and dz_k
|
||||
"""
|
||||
l_v_k = []
|
||||
l_n_k = []
|
||||
l_dz_k = []
|
||||
|
||||
for l in str_ele.splitlines():
|
||||
try:
|
||||
v, n, dz = l.split()
|
||||
v = float(v)
|
||||
n = int(n)
|
||||
dz = float(dz)
|
||||
except ValueError:
|
||||
pass
|
||||
else:
|
||||
l_v_k.append(v)
|
||||
l_n_k.append(n)
|
||||
l_dz_k.append(dz)
|
||||
|
||||
return l_v_k, l_n_k, l_dz_k
|
||||
|
||||
|
||||
def get_v_n_dz_l_nonlocal(str_ele):
|
||||
"""
|
||||
From a str_ele of the pseudo (aka only one ele in the str)
|
||||
get the list ussefull for the non Local potential
|
||||
v_kl (v, l)
|
||||
n_k (v, l)
|
||||
dz_k (dz ,l)
|
||||
"""
|
||||
l_v_kl = []
|
||||
l_n_kl = []
|
||||
l_dz_kl = []
|
||||
|
||||
for l in str_ele.splitlines():
|
||||
try:
|
||||
v, n, dz, proj = l.split()
|
||||
v = float(v)
|
||||
n = int(n)
|
||||
dz = float(dz)
|
||||
l = int(p.match(proj).group(1))
|
||||
|
||||
except ValueError:
|
||||
pass
|
||||
else:
|
||||
l_v_kl.append([v])
|
||||
l_n_kl.append([n])
|
||||
l_dz_kl.append([dz])
|
||||
|
||||
if not l_v_kl:
|
||||
l_v_kl.append([0.])
|
||||
l_n_kl.append([0])
|
||||
l_dz_kl.append([0.])
|
||||
|
||||
return l_v_kl, l_n_kl, l_dz_kl
|
||||
|
||||
|
||||
def get_zeff_alpha_beta(str_ele):
|
||||
"""
|
||||
Return the the zeff, alpha num elec and beta num elec
|
||||
Assert ezfio_set_file alredy defined
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import re
|
||||
|
||||
# ___
|
||||
# | ._ o _|_
|
||||
# _|_ | | | |_
|
||||
#
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# s t r _ e l e #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
# m = re.search('Element Symbol: ([a-zA-Z]+)', str_ele)
|
||||
# name = m.group(1).capitalize()
|
||||
name = str_ele.split("\n")[0].strip().capitalize()
|
||||
|
||||
m = re.search('Number of replaced protons: (\d+)', str_ele)
|
||||
z_remove = int(m.group(1))
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# |_) _. ._ _ _
|
||||
# | (_| | _> (/_
|
||||
#
|
||||
|
||||
from elts_num_ele import name_to_elec
|
||||
from math import ceil, floor
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||||
z = name_to_elec[name]
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||||
|
||||
z_eff = z - z_remove
|
||||
|
||||
alpha = int(ceil(z_remove / 2.))
|
||||
beta = int(floor(z_remove / 2.))
|
||||
|
||||
# Remove more alpha, than beta
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# |_) _ _|_ ._ ._
|
||||
# | \ (/_ |_ |_| | | |
|
||||
#
|
||||
|
||||
return [z_remove, z_eff, alpha, beta]
|
||||
|
||||
|
||||
def add_zero(array, size, type):
|
||||
for add in xrange(len(array), size):
|
||||
array.append([type(0)])
|
||||
|
||||
return array
|
||||
|
||||
|
||||
def make_it_square(matrix, dim, type=float):
|
||||
"""
|
||||
matix the matrix to square
|
||||
dim array [lmax, kmax]
|
||||
type the null value you want
|
||||
[[[28.59107316], [19.37583724]], [[50.25646328]]]
|
||||
=>
|
||||
[[[28.59107316], [19.37583724]], [[50.25646328], [0.0]]]
|
||||
"""
|
||||
|
||||
lmax = dim[0]
|
||||
kmax = dim[1]
|
||||
|
||||
for l_list in matrix:
|
||||
|
||||
l_list = add_zero(l_list, lmax, type)
|
||||
|
||||
for k_list in list_:
|
||||
k_list = add_zero(k_list, kmax, type)
|
||||
|
||||
return matrix
|
||||
|
||||
def full_path(path):
|
||||
path = os.path.expanduser(path)
|
||||
path = os.path.expandvars(path)
|
||||
path = os.path.abspath(path)
|
||||
return path
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
arguments = docopt(__doc__)
|
||||
# ___
|
||||
# | ._ o _|_
|
||||
# _|_ | | | |_
|
||||
#
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
# E Z F I O #
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
ezfio_path = full_path(arguments["<ezfio_path>"])
|
||||
ezfio.set_file("{0}".format(ezfio_path))
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# P s e u d o _ d a t a #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
if arguments["<db_dump_path>"]:
|
||||
db_dump_path = full_path(arguments["<db_dump_path>"])
|
||||
else:
|
||||
db_dump_path= full_path("{0}/data/BFD-Pseudo.dump".format(qpackage_root))
|
||||
|
||||
pseudo_name = arguments["<pseudo_name>"]
|
||||
l_ele = ezfio.get_nuclei_nucl_label()
|
||||
|
||||
str_ = get_pseudo_str(db_dump_path,pseudo_name,l_ele)
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# |_) _. ._ _ _
|
||||
# | (_| | _> (/_
|
||||
#
|
||||
|
||||
l_str_ele = [str_ele for str_ele in str_.split("Element Symbol: ")
|
||||
if str_ele]
|
||||
|
||||
for i in "l_zeff l_remove v_k n_k dz_k v_kl n_kl dz_kl".split():
|
||||
exec("{0} = []".format(i))
|
||||
|
||||
alpha_tot = 0
|
||||
beta_tot = 0
|
||||
|
||||
for str_ele in l_str_ele:
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
# S p l i t #
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
l = str_ele.find("Local component:")
|
||||
nl = str_ele.find("Non-local component")
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
# L o c a l #
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
l_v, l_n, l_dz = get_v_n_dz_local(str_ele[l:nl])
|
||||
|
||||
v_k.append(l_v)
|
||||
n_k.append(l_n)
|
||||
dz_k.append(l_dz)
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# N o n _ L o c a l #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
l_v_kl, l_n_kl, l_dz_kl = get_v_n_dz_l_nonlocal(str_ele[nl:])
|
||||
|
||||
v_kl.append(l_v_kl)
|
||||
n_kl.append(l_n_kl)
|
||||
dz_kl.append(l_dz_kl)
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# Z _ e f f , a l p h a / b e t a _ e l e c #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
zremove, zeff, alpha, beta = get_zeff_alpha_beta(str_ele)
|
||||
|
||||
alpha_tot += alpha
|
||||
beta_tot += beta
|
||||
l_zeff.append(zeff)
|
||||
l_remove.append(zremove)
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# /\ _| _| _|_ _ _ _ _|_ o _
|
||||
# /--\ (_| (_| |_ (_) (/_ /_ | | (_)
|
||||
#
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# Z _ e f f , a l p h a / b e t a _ e l e c #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
ezfio.nuclei_nucl_charge = l_zeff
|
||||
ezfio.pseudo_nucl_charge_remove = l_remove
|
||||
|
||||
alpha_tot = ezfio.get_electrons_elec_alpha_num() - alpha_tot
|
||||
beta_tot = ezfio.get_electrons_elec_beta_num() - beta_tot
|
||||
|
||||
ezfio.electrons_elec_alpha_num = alpha_tot
|
||||
ezfio.electrons_elec_beta_num = beta_tot
|
||||
|
||||
# Change all the array 'cause EZFIO
|
||||
# v_kl (v, l) => v_kl(l,v)
|
||||
# v_kl => zip(*_v_kl)
|
||||
# [[7.0, 79.74474797, -49.45159098], [1.0, 5.41040609, -4.60151975]]
|
||||
# [(7.0, 1.0), (79.74474797, 5.41040609), (-49.45159098, -4.60151975)]
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
# L o c a l #
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
klocmax = max([len(i) for i in v_k])
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_klocmax = klocmax
|
||||
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_v_k = zip(*v_k)
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_n_k = zip(*n_k)
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_dz_k = zip(*dz_k)
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# N o n _ L o c a l #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
lmax = max([len(i) for i in v_kl])
|
||||
kmax = max([len(sublist) for list_ in v_kl for sublist in list_])
|
||||
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_lmax = lmax - 1
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_kmax = kmax
|
||||
|
||||
v_kl = make_it_square(v_kl, [lmax, kmax])
|
||||
n_kl = make_it_square(n_kl, [lmax, kmax], int)
|
||||
dz_kl = make_it_square(dz_kl, [lmax, kmax])
|
||||
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_v_kl = zip(*v_kl)
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_n_kl = zip(*n_kl)
|
||||
ezfio.pseudo_pseudo_dz_kl = zip(*dz_kl)
|
||||
|
||||
ezfio.pseudo_do_pseudo = True
|
||||
@ -1,14 +0,0 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python2
|
||||
|
||||
import subprocess
|
||||
pipe = subprocess.Popen("git config --get remote.origin.url", \
|
||||
shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
|
||||
result = pipe.stdout.read()
|
||||
is_master_repository = "LCPQ/quantum_package" in result
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
import sys
|
||||
if is_master_repository:
|
||||
sys.exit(0)
|
||||
else:
|
||||
sys.exit(-1)
|
||||
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